分子克隆全过程

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本文以大肠杆菌DH10B为例介绍外源基因在大肠杆菌中表达全过程

克隆步骤包括:模板制备(基因组DNA提取)-感受态细胞的制备-PCR-纯化回收-酶切-连接-转化-挑菌摇菌-质粒抽提-酶切鉴定-测序

1) 基因组DNA提取(以家蚕为例)

1. 取家蚕五龄后部丝腺约0.5g,于10ml匀浆器内,加2mlDNA抽提缓冲液,在

冰上充分研磨,转入5ml的离心管;

2. 加入RnaseA(10ul)至终浓度20ug/ml,37℃水浴1h;

3. 加入ProteinaseK(25ul)至终浓度100ug/ml,55℃水浴2h;

4. 分装到1.5ml eppendorff管,0.6ml/管;

5. 加入等体积的平衡酚(pH8.0),充分混匀,5000g,15min,取上清;

6. 重复5,再抽提1次;

7. 用等体积的酚/氯仿(1/1,v/v),氯仿各抽提1次

8. 将上清移入新离心管,加入1/10体积的3mol/L NaAc(pH 5.2),2倍体积的

无水乙醇,充分混匀,4℃过夜

9. 用牙签将絮状沉淀物挑出。用75%冰酒精洗涤3次,37℃控干;

10. 200µl 0.1 TE(pH8.0)溶解DNA;

11. 检测OD值;

12. 做好标记,以供进一步实验之用。

2) 感受态细胞的制备

1. -20℃冻藏的DH10B甘油菌在LB平板上复苏(划板),37℃,8-12小时;

2. 用灭菌牙签挑取单菌落,放入3ml LB培养基中,37℃振荡培养过夜;

3. 取100μl过夜培养物接种到另一3 ml LB培养基中,37℃振荡培养2∼2.5 h,

使OD值在0.6左右(把握好浓度,OD值可以不用测);将菌液分装到1.5ml EP 管中(在超净台完成)

4. 5000 g离心4 min收集菌体,将菌体重悬于800 μl 75 mmol/L冷CaCl2中,

冰浴30 min;(CaCl2要用高纯度的,切记!)

5. 4℃,5 000 g离心4 min,弃上清;

6. 加入200μl 75 mmol/L冷CaCl2,轻轻敲打管壁,使混合均匀,冰上放4 h

后用于转化,或加0.1倍体积甘油混匀,-70℃保存备用。可以保存至少6个月。

3) PCR

1、PCR反应体系:

ddH2O 37.7 μL

10×PCR buffer 5 μL (25mM)

dNTP 4 μL

引物1/2 1μL/1μL

Taq酶 0.3μL

模板 1μL

PCR反应体系总体积 50 μL

充分混匀,稍离心。

2、PCR反应条件

Step 1 94℃ 5min

Step 2 94℃ 30s;

Step 3 55℃ 1 min;

Step 4 72℃ 1 min 30 s;

Go to step2 35 cycles;

72℃ 10 min ;

4℃保温

3、PCR完成后,取3μL电泳检测大小是否正确。

玻璃奶法纯化回收DNA片段,-20℃保存供进一步实验之用。

4) 玻璃奶纯化回收

1.对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳;

2.电泳后的胶在紫外光下切割目的片段;

3.放入EP管称重(此步可以大概估计一下,称重太麻烦),加入3倍体积的6M NaI;

4.65℃水浴至胶完全溶解;

5.加入glass-milk充分混匀。冰上放置10分钟(中间摇2-3次);

6.12000rmp5-10S,去上清;

7.沉淀用600μlNewWash或75%乙醇洗3次(充分弹起);

8.37℃烘干,0.1×TE溶解(30μl左右),37℃5-10min促进溶解;

9.12000rmp 2min,上清即为回收的DNA,用时不要动沉淀。

5) 酶切

酶切体系:

PCR产物 12 μl

10×K buffer 3 μl

EcorI/BamHI 1/1 μl

DdH2O 13 μl

Total30 μl

37℃ 2h酶切; 65℃ 15min,使酶失活

6) 连接

连接体系:

10×Ligase buffer 1 ul

PGEM4Z(EcorI/BamHI酶切)0.2 ul

目的片段(酶切产物) 7.8 ul

T4DNA Ligase 1 ul

Total 10 ul

16℃ 9h左右。

注:所有试剂、PCR、酶切、连接体系均为本实验所用,别的实验请自行调整!

7) 质粒DNA的转化

1. 连接混合物5 μl加到200 μl上述制备的感受态细胞中,轻轻混匀,冰浴

30 min;

2. 再进行热休克,42℃保温2 min,迅速置冰上1∼2 min,加入1 ml已温育至

37℃的LB培养基;

3. 37℃振荡培养1-2 h,3000rmp/min稍离心,去部分上清(800μl左右,确

保够涂板用)后涂布于数个含80 μg/ml Amp的LB平板上。37℃倒置培养过夜。

8) 挑菌摇菌

挑取单菌落于3mlLB液体培养基中,加入5ulAmp,37℃震荡培养10h左右(根据菌液混浊程度而定)。

9) 质粒抽提

1. 取过夜培养液1.5 mL 于Eppendorf中,5000 rpm,5 min,收集菌体细胞

2. 真空吸去上清后,向沉淀中加150 μL SolutionⅠ,振荡器混匀,室温放置15

min,

3. 加300 μL Solution Ⅱ,150 μL氯仿,轻轻混匀,冰上放置5 min。

4. 加450 μL的Solution Ⅲ,充分混匀后,冰浴10 min或更长的时间。

5. 4 ℃,12000 rpm离心5 min,将上清转移到新的1.5 mL 的Eppendorf中,

加入0.6倍体积的异丙醇,冰浴10 min或更长时间。

6. 4 ℃,12000 rpm离心5 min,去掉上清,沉淀用250 μL的TER溶解,(TER:

1×TE中含20μg/mLRNase),37 ℃保温20 min。

7. 再加入300 μL的PPT沉淀Buffer,4℃沉淀20 min,

8. 12000 rpm,5 min,沉淀用75%的酒精洗一次,37℃烘干直到没有酒精味道,

9. 用0.1×TE溶解DNA,-20℃备用。

10) 酶切鉴定

酶切体系:

DNA 4 μl

10×K buffer 1.5 μl

EcorI/BamHI 0.5/0.5 μl

ddH2O 8.5 μl

Total 15 μl

37 ℃2h.

进行琼脂糖凝胶电泳鉴定。

11) 测序

对鉴定正确的细菌做成甘油菌寄到生物公司测序

甘油菌制备:

1. 取100ul鉴定正确的菌液于3mlLB液体培养基中,加入5ulAmp,37℃震荡培

养7h左右(根据菌液混浊程度而定);

2. 分装至EP管中,每管加入3-4滴甘油,摇匀。用封口膜封装。