基于元胞自动机的传染病传播模型研究
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基于元胞自动机的传染病传播模型研究作者:吴成来来源:《电脑知识与技术》2019年第09期摘要:文章讨论了一种基于元胞自动机的建模方法,并在该模型的基础上模拟了流感病毒传播与控制这一复杂的过程。
模拟结果与现实生活中流感病毒的宏观特征的结果大致相同,对传染病的傳播与控制有着一定的参考意义。
关键词:元胞自动机;传染病;模型;模拟中图分类号:TP311 文献标识码:A文章编号:1009-3044(2019)09-0185-02传染病是由病原体引起的一种具有传染性的疾病,它主要通过人与人之间的交流、接触、联系来传播,并且随着时间、外界干预程度的变化而变化,因此对传染病传播的描述和控制是一个十分复杂的研究课题。
20世纪40年代初冯·诺依曼提出了元胞自动机的概念,20世纪80年代S.Wolfram对元胞自动机进行了全面研究。
由于元胞自动机具有时间、空间和状态都离散的特点,并且能够以局部规则同步演化来反映整个系统的复杂变化,这与传染病的传播机制十分类似,因此元胞自动机成为研究传染病传播的一个重要方法。
1 模型元胞自动机可以用一个四元组[A=(Ld,S,N,f)],[A]表示元胞自动机系统,[Ld]表示一个[d]维的网格空间,这里取[d=2],每一个网格单元就是一个元胞,[S]是离散集合,表示各个元胞的状态,[N]表示元胞的邻居集合,[f]是局部演化规则,就是根据[t]时刻某个元胞所有邻居的状态组合确定[t+1]时刻该元胞的状态值。
本文采用的是Moore邻居,如图1所示。
根据传染病在人群中传播的特点,将传染病传播中的人群分为三类:易感染者(S)、染病者(I)、免疫者(已经治愈或死亡)(R)。
从一轮病毒开始爆发,到治愈,再到新一轮的病毒开始肆虐,其状态可以用图2表示。
考虑一个2维的网格,每一个小格子[(i,j)]都有一个人,[Sti,j]表示[t]时刻[(i,j)]处人的状态。
根据上面的叙述,[Sti,j]有三个取值。
基于元胞自动机的甲型H1N1传染病模型元胞自动机可以定义为如下四元组:[1]其中,A 表示一个元胞自动机系统,Ld 表示d 维的元胞空间,d 为正整数,是元胞状态的离散有限集,N 表示单个元胞的邻域内元胞状态的组合(包括中心的元胞),表示将映射到上的一个局部转换函数,演化规则可表示为其中,为第i 个元胞在t+1时刻的状态,12,{,...,}Nt t t j j j s s s为所有邻元的集合。
随机行走元胞自动机与普通的元胞自动机类似,只是演化时对所有元胞先做一次随机的行走。
根据流行病学的研究方法,采用二维随机行走元胞自动机建立流行病模型。
其中,t 时刻每个元胞状态有四种不同取值,分别对应流行病传播过程中个体的4种状态。
:易感状态,即个体未被传染,并且没有免疫;:潜伏期状态,即个体已被传染,但尚未发病,此时个体具一定的传染性;:发病期状态,此时个体出现发病症状,免疫力逐渐提高,个体趋向恢复,此时传染力最强;:退出期状态,个体退出患病状态,保留较高免疫。
另外,对每个元胞引入时间参数通过下列参数刻画流行病的传播特性:1.易感个体先天免疫力,描述了个体对疾病的抵抗能力。
越小,其被疾病传染的可能性越大;2.提升后的免疫力,即个体被治愈或接种疫苗后对疾病的免疫能力;3.潜伏期传染强度.,. 越大,病源就越容易把疾病传染给邻元;4.发病期传染强度. ,一般.5.平均潜伏时间T16.平均发病时间T27.获免疫后,维持高免疫力的平均时间T3H1N1传染病控制参数1.隔离强度L,描述了隔离措施的力度。
L越大,则易感人群与患者接触的机会就越少,被传染的概率也会减小。
该文模型采用两种方式描述对流行病进行的控制策略:1.提高医疗水平,使患者尽快退出发病状态,表现为减小T2值;2.对患者隔离治疗,表现为增大K值;元胞自动机的演化方式:将所要进行模拟的二维空间进行均匀的网格划分,设定流行病特性参数。
置所有元胞初始状态,将病原体状态设为1。
基于元胞自动机的传染病传播模型院系:班级:学生姓名:一、问题背景:人类历史上曾多次受到危害极其严重的传染病的威胁,对传染病的描述和预测是人们由来已久的研究课题。
传染疾病的传播过程中充满了偶然因素的影响,它的传播显然是一种复杂现象。
这是因为传染病传播的载体—人和人之间的交流、接触、联系所形成的系统是复杂的。
元胞自动机是描述自然界复杂现象的常用工具,最初被用于模拟生命系统特有的自复制现象。
它是时间和空间都离散的动力模型。
鉴于元胞自动机对复杂问题的建模能力,该文尝试利用元胞自动机建立流行病传播模型来模拟传染病传播这一复杂现象。
二、基于元胞自动机的模型构建模型构架:1)元胞:某特定空间的所有人群;2)元胞空间:N=n*n的二维空间;3)邻居形式:邻居半径为1的Moore型邻居。
对人群分类:1)易感人群:很容易被感染而还没有被感染;2)被感染者:已经被感染而且又将感染他人;3)恢复者:从流行病中获得免疫并恢复为正常人(认为不会再次患病)。
元胞自动机规则:1)元胞模型采用Moore邻居,排列在二维方格上,元胞与上下左右以及两个对角线上的8个元胞互为邻居。
认为中心元胞与各邻居间接触机会相等,不考虑传染概率问题。
每个元胞是否患病,由其周围相邻的8个元胞状态所决定。
2)每个元胞都有0(白色)、1(黑色)和2(灰色)三种状态。
0(白色)表示健康不患病;1(黑色)表示患病;3(灰色)表示健康且有免疫力,不会患病,如右图。
3)初始状态时,设二方格上中心点处的元胞为患病1(黑色),其余元胞均为健康0(白色)。
4)健康0(白色)和免疫2(灰色)的元胞不会对其周围8个邻居造成感染,患病1(黑色)的元胞有能力对邻居中的健康元胞造成感染。
5)对于一个健康0(白色)的元胞,当其周围的8个邻居中,有4个或4个以上的邻居处于患病1(黑色)状态时,在状态更新后的下一轮,该元胞将变为患病1(黑色)状态。
6)对于一个患病1(黑色)的元胞,在状态更新后的下一轮,该元胞会随机对1个处于健康0(白色)状态的邻居造成感染。
基于元胞自动机的传染病传播模拟研究李光亮;温利华;闫俊霞;程海峰【摘要】随着全球化进一步发展,传染病的危害性愈发严重,因而对传染病的研究显得十分重要.在考虑到高校学生的接触关系基础上,利用元胞自动机理论,对于高校传染病传播扩散机制进行动态模拟.研究表明,上述研究方法具有可行性.【期刊名称】《长江大学学报(自然版)理工卷》【年(卷),期】2013(010)009【总页数】3页(P85-87)【关键词】传染病;元胞自动机;约束条件;传播模拟【作者】李光亮;温利华;闫俊霞;程海峰【作者单位】邯郸学院地理与旅游系,河北邯郸056005;邯郸学院地理与旅游系,河北邯郸056005;邯郸学院地理与旅游系,河北邯郸056005;邯郸学院地理与旅游系,河北邯郸056005【正文语种】中文【中图分类】TP301.1传染病是由病原体引起的在动物之间传播的一种疾病,其最大特点是传染性和流行性,其中传染性主要与健康个体与染病个体的直接或者间接接触有关[1]。
在前人的研究中,对个体之间相互接触感染率一般采取无差别计算模拟的方式,缺乏细化和量化标准,对个体之间相互接触感染率采取无差别计算模拟。
而在实际生活中,如某大学中的某学生,与他人的接触率,因班级、宿舍等会有较大的区别,这样其染病可能性会极大地受本班级或者本宿舍的染病状态的影响。
为此,笔者将就某大学传染性疾病的传播机制,基于边界约束条件,利用元胞理论对传染病的传播进行动态模拟。
传染病的传播模型中被广泛引用的是SIS模型和SIR模型[2]。
在SIS模型中,传染病人存在2种状态,即易感染状态S(susceptible)和感染状态I(Infected)。
考虑到有很多传染病患者得病治愈后,会产生病原抗体,从而对该传染病具有抗病免疫能力,因而有学者提出SIR模型,在该模型中,除了易感染状态S和感染状态I 外,还增加了免疫状态R(Recovered)。
1.1 模型假设(1)对于一个学校而言,一定时间内的人口总数基本维持不变,假设为常数N。
研究传染病模型的预测方法在进行传染病模型的预测方法研究时,我关注了基本的传染病模型及其预测方法。
基本的传染病模型包括SIR模型、SEIR模型和SIS模型等,它们分别描述了感染、易感者和康复者之间的动态变化。
在这些模型中,感染者的传播动力学是预测传染病传播的关键因素。
针对这些基本模型,我研究了多种预测方法。
是基于数学方程的预测方法,通过求解模型方程得到感染者的数量随时间的变化情况。
这种方法需要对模型参数进行估计,常用的参数估计方法包括最大似然估计和贝叶斯估计。
在实际应用中,还可以根据已知的疫情数据,利用机器学习方法对模型参数进行优化,从而提高预测的准确性。
除了基于数学方程的预测方法,我还研究了基于模拟的预测方法。
这种方法通过大量的随机样本,模拟感染者的传播过程,从而得到感染者的数量随时间的变化情况。
常用的模拟方法包括蒙特卡洛模拟和元胞自动机模拟。
这种方法的优点是可以考虑复杂的接触网络和疫情动态,但需要大量的计算资源。
在实际应用中,为了提高预测的准确性,我还研究了结合多种预测方法的集成学习方法。
例如,可以将基于数学方程的预测方法和基于模拟的预测方法进行集成,从而充分利用两者的优点。
还可以将不同模型和预测方法进行集成,以提高预测的鲁棒性。
在研究过程中,我注意到传染病模型的预测结果受到很多因素的影响,如模型参数、数据质量和预测方法等。
因此,为了提高预测的可靠性,我重点关注了这些因素对预测结果的影响。
我研究了模型参数对预测结果的影响。
通过敏感性分析,可以得到模型参数对预测结果的敏感程度,从而为参数估计提供依据。
我研究了数据质量对预测结果的影响。
在实际应用中,疫情数据可能存在噪声和缺失,这会影响预测的准确性。
因此,我研究了数据清洗和缺失数据处理的方法,以提高数据质量。
我还研究了预测方法的选择对预测结果的影响。
针对不同的疫情和预测目标,选择合适的预测方法至关重要。
在研究传染病模型的预测方法过程中,我不断关注最新的研究成果和技术动态。
基于元胞自动机的传染病传播动态仿真
传染病传播动态仿真是指利用计算机模拟传染病的传播过程。
传染病的传播受到许多因素的影响,因此传染病传播动态的模拟需要考虑各种人口因素、病原体因素和环境因素的影响。
元胞自动机是一种离散化的、格局演化的复杂系统模型,它被广泛应用于仿真传染病的传播过程。
元胞自动机是将一个区域划分成若干小格子,每个格子称为元胞。
每个元胞上具有若干个状态和相应的状态转换规则,而且元胞之间的相互作用通过规则进行更新迭代。
这种模型可以方便地模拟传染病在不同人群密度、不同传染率、不同治疗力度等各种情况下的传播过程。
在传染病传播动态的模拟中,元胞自动机可以用来建立不同的状态,如易感者、感染者、治愈者和死亡者。
治愈者和死亡者可以从感染者状态转换而来,而感染者则可以通过感染率与周围易感者的相互作用转换为治愈者或者死亡者。
这种模型可以方便地模拟出各种不同的传染病传播过程,通过改变模型参数可以计算出不同控制措施的效果。
综上所述,基于元胞自动机的传染病传播动态仿真可以使得我们更好地理解传染病的传播行为,为制定科学、合理的防控策略提供理论指导。
基于元胞自动机的切换网络上病毒的传播与控制
基于元胞自动机的切换网络上病毒的传播与控制
网络病毒已成为互联网用户面临的一大威胁,随着网络规模的不断扩大和复杂性的增加,病毒传播已经成为一个极其复杂的问题。
为了解决这一问题,基于元胞自动机的切换网络上病毒的传播与控制被提出。
元胞自动机是一种数学模型,它由一些简单的规则和一些可以相互作用的小单元构成。
在网络传播场景中,这些小单元可以被看作是计算机节点,而它们之间的相互作用可以被看作是信息传递。
为了模拟网络病毒的传播过程,可以将每一个计算机节点看作元胞自动机中的一个小单元,节点之间的通信可以被视为单元之间的相互作用。
在这个模型中,病毒会感染某些节点并以一定的速率进行扩散,直到整个网络被感染。
为了控制网络病毒的传播,可以采用切换网络的方法。
切换网络是基于模拟随机漫步的思想,将一些与感染节点相邻的节点隔离开来。
具体来说,当一个节点被感染时,它的相邻节点将根据一定的概率被隔离,从而阻断病毒的传播。
这种方法不仅能够有效地控制网络病毒的传播,而且对于权衡隔离操作的强度和缓解病毒传播的速度也具有一定的优势。
另外,基于元胞自动机的切换网络方法还可以与其他方法结合使用,进一步增强病毒防控的效果。
综上所述,基于元胞自动机的切换网络方法可以有效地控制网络病毒的传播。
该方法可以模拟现实情况中节点之间的相互作用,准确地反映了病毒在网络中的传播过程。
此外,该方法的运行效率高且可扩展性强,具有广泛的应用前景。
基于元胞自动机的传染病跨区域传播模型研究陈长坤;童蕴贺【摘要】人口迁移是传染病跨区域传播的主要途径.基于元胞自动机方法,根据区域特性将区域划分为静态和动态区域,同时考虑了区域内传染病传播和区域间人口迁移过程,建立了具有移动性和人口迁移功能的SIR传染病跨区域传播模型,分析了动态区域位置与面积对传染病跨区域传播的影响规律.研究发现:动态区域偏离中心程度是影响传染病蔓延的关键因素,当其减小时,传染病蔓延速度增加,在更短时间内到达感染峰值,且存在一个临界值,使传染病危害最小;此外,动态区域面积的增加,使区域内易形成多个传播中心,大大加快传染病感染进程.【期刊名称】《武汉理工大学学报(信息与管理工程版)》【年(卷),期】2018(040)004【总页数】6页(P359-363,382)【关键词】公共安全;传染病传播;跨区域;元胞自动机;SIR模型【作者】陈长坤;童蕴贺【作者单位】中南大学土木工程学院,湖南长沙 410075;中南大学土木工程学院,湖南长沙 410075【正文语种】中文【中图分类】X43人类自有史以来就一直遭受着传染病的威胁,随着社会的发展和医学的进步,传染病的研究和预测已经逐渐成为社会共同关注的课题。
传染病流行是在人群中发生的一个复杂扩散过程,对这一过程建立模型,有助于理解传染病的流行机理与内在规律[1],以模型为基础对传染病流行进行分析和预测,可以为干预措施的选择提供理论依据[2]。
对传染病流动过程建立模型是研究传染病传播的主要方法。
传统的仓室模型是根据人群的不同状态,在一定的假设下将人群分为多个仓室,采用微分方程刻画人群状态的变化,其中最为经典的是SIR模型和SIS模型,许多模型都是在这两种经典模型上进行扩展,比如考虑远程感染机制的SIRS模型[3]、考虑传染病潜伏期的SEIR模型[4]及考虑母源免疫的MSIR模型[5]。
有些模型在人口动力学方面进行扩展,比如会考虑到人口的出生率与死亡率、时间滞后[6]、人口的年龄结构[7]等,这些模型被广泛应用在SARS[8] 、HIV[9]等传染病的研究中。
基于元胞自动机的传染病传播模型研究
作者:吴成来
来源:《电脑知识与技术》2019年第09期
摘要:文章讨论了一种基于元胞自动机的建模方法,并在该模型的基础上模拟了流感病毒传播与控制这一复杂的过程。
模拟结果与现实生活中流感病毒的宏观特征的结果大致相同,对传染病的傳播与控制有着一定的参考意义。
关键词:元胞自动机;传染病;模型;模拟
中图分类号:TP311 文献标识码:A
文章编号:1009-3044(2019)09-0185-02
传染病是由病原体引起的一种具有传染性的疾病,它主要通过人与人之间的交流、接触、联系来传播,并且随着时间、外界干预程度的变化而变化,因此对传染病传播的描述和控制是一个十分复杂的研究课题。
20世纪40年代初冯·诺依曼提出了元胞自动机的概念,20世纪80年代S.Wolfram对元胞自动机进行了全面研究。
由于元胞自动机具有时间、空间和状态都离散的特点,并且能够以局部规则同步演化来反映整个系统的复杂变化,这与传染病的传播机制十分类似,因此元胞自动机成为研究传染病传播的一个重要方法。
1 模型
元胞自动机可以用一个四元组[A=(Ld,S,N,f)],[A]表示元胞自动机系统,[Ld]表示一个[d]维的网格空间,这里取[d=2],每一个网格单元就是一个元胞,[S]是离散集合,表示各个元胞的状态,[N]表示元胞的邻居集合,[f]是局部演化规则,就是根据[t]时刻某个元胞所有邻居的状态组合确定[t+1]时刻该元胞的状态值。
本文采用的是Moore邻居,如图1所示。
根据传染病在人群中传播的特点,将传染病传播中的人群分为三类:易感染者(S)、染病者(I)、免疫者(已经治愈或死亡)(R)。
从一轮病毒开始爆发,到治愈,再到新一轮的病毒开始肆虐,其状态可以用图2表示。
考虑一个2维的网格,每一个小格子[(i,j)]都有一个人,[Sti,j]表示[t]时刻[(i,j)]处人的状态。
根据上面的叙述,[Sti,j]有三个取值。
[Sti,j=0]表示个体处于易感染状态,还没有被病毒传染,不能传染病毒给和他接触的人群,但是对病毒没有免疫力;[Sti,j=1]表示个体处于染病状态,已经感染了病毒,能把病毒传染给和他接触的易感染者,自身也在与病毒的对抗中逐渐产生抗体,到达一定时间后会自己治愈;[Sti,j=2]表示个体已被治愈或者已经死亡,不能把病毒传染给易感染者,自身的免疫力随着时间的流逝逐渐变差。
对每个元胞引入发病持续时间[t(Sti,j)]和免疫力持续时间[T(Sti,j)],[tmax,Tmax]分别表示发病时间和免疫力持续时间的最大值。
演化规则:对要模拟的在二维空间进行均匀的网格划分,每一个小格子就是一个元胞,把所有元胞初始状态设为[Sti,j=0],即所有元胞都认为是易感染者,此时发病持续时间[t(Sti,j)=0]。
随机在网格中取很小比例(大概千分之一)的元胞作为感染病毒的患者,病毒感染者所在的网格初始状态设[Sti,j=1],发病持续时间[t(Sti,j)=1]。
从[t=0]时刻开始,在每个时间步长对所有元胞进行扫描,并以下面的规则进行状态更新。
(1)当[Sti,j=0]时,此时元胞不能传染被人,但是很容易被别人感染。
考虑[(i,j)]处元胞的被它周围邻居传染的概率[pti,j]。
该处的元胞以概率[pti,j]被传染,状态由[Sti,j=0]变为[Sti,j=1],发病持续时间变为[t(Sti,j)=t(Sti,j)+1]。
其中[pti,j]的计算公式[2]:
[pti,j=k*(Cti,j-1+Cti,j+1+Cti-1,j+Cti+1,j)4+l*(Cti-1,j-1+Cti+1,j+1+Cti-1,
j+1+Cti+1,j-1)4]
其中[k]表示[(i,j)]处元胞的上、下、左、右邻居对它的影响因子,[l]表示[(i,j)]处元胞的左上、右下、左下、右上邻居对它的影响因子,且[k>l]。
(2)当[Sti,j=1]时,考虑元胞的发病持续时间,若[t(Sti,j)tmax],此时元胞已经自我治愈,状态由[Sti,j=1]变为[Sti,j=2],染病时间变为[t(Sti,j)=0],免疫力持续时间[T (Sti,j)=T(Sti,j)+1]。
(3)当[Sti,j=2],考虑元胞的免疫力持续时间[T(Sti,j)],若[T(Sti,j)>Tmax],此时元胞的免疫力随着时间的流逝逐渐消失,变为易感染者,元胞状态由[Sti,j=2]变为[Sti,
j=0]。
若[T(Sti,j)
基于以上的演化规则,网格空间中的所有元胞在每一仿真步都同步更新,局部的元胞相互作用的结果就是下一仿真步的初始状态。
2 仿真结果与分析
根据传染病传播的人群状态,将元胞演化规则应用到半径为1的Moore邻居,对传染病传播进行仿真模拟。
设定元胞空间为[L×L=100×100]的网格,元胞初始被感染病毒的概率为
0.0018。
采用2009年6月16日至7月15日发生在中国大陆的甲型H1N1流感病毒数据[6]进行仿真模拟。
假设[k=0.5,l=0.2],发病持续时间为7天,康复者的免疫力持续时间为365天。
图3为40天内的模拟仿真数据,仿真结果与实际数据基本吻合。
从图3 可以看到,病毒爆发初期,流感病毒传播速度比较快,患者人数增加迅速,到了后期流感病毒传播速度下降,患者人数开始缓慢下降。
患者人数下降的原因,一是随着医疗救治的进行,患者被治愈后有免疫力不再被感染;一是到病毒传播后期,部分患者已经死亡,不会再传染给其他人群。
在现实生活中,大家一旦发现自己身体不舒服都会走进医院,向医生寻求帮助,医生会对我们进行救治。
这里假设医生有特效药物,只要向医生求助,患者就会被治愈,因此就减少了发病的持续时间。
保持初始参数不变,研究发病持续时间对传染病传播过程的影响。
如图4所示。
从图4可以看出,当发病持续时间为[T=5]时,染病人数增加的速度比实际数据要小,而且染病人数也比实际数据要少;当发病持续时间为[T=9]时,染病人数增加的速度比实际数据要大,而且染病人数也比实际数据要多。
病人发病持续时间越长,病人在活动期间接触的易感染者就会越多,导致患者累计数量增多。
因此在传染爆发初期就当积极采取有效的方法对患者
进行救助,或者对患者进行有效隔离,减少患者与其他人群的接触,能够对传染病的传播起到抑制作用。
3 总结
利用元胞自动机建立模型来研究传染的传播过程,可以避免传统微分方程的模型的复杂计算过程,并且比微分方程模型更加直观、清晰、明了,更便于结果分析。
参考文献:
[1] 贺明峰,邓成瑞.基于元胞自动机的SARS传播模型[J].数学的实践与认识,2008,38(3):41-46.
[2] 余雷,薛慧锋,高晓燕,等.基于元胞自动机的传染病传播模型研究[J].计算机工程与应用,2007,43(2):196-198,237.
[3] 游爱丽,闫萍.基于元胞自动机的甲型H1N1流感病毒的模型[J].新疆大学学报(自然科学版), 2010,27(1):56-59.
[4] 郑三强,韩晓卓.多因素制约下的SIR传染病模型的元胞自动机仿真模型研究[J].广东工业大学学报, 2018,35(5):51-59.
[5] 李学伟,吴今培,李雪岩.实用元胞自动机导论[M].北京:北京交通大学出版社,2013.
【通联编辑:光文玲】。