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利用微卫星标记分析浙江省近年来主要水稻品种的遗传多样性程本义;吴伟;夏俊辉;刘鑫;杨仕华【期刊名称】《中国水稻科学》【年(卷),期】2009(023)005【摘要】利用12个DNA微卫星标记分析了浙江省近年来主要的44个常规水稻品种和54个杂交水稻组合,共检测到等位基因68个,每个标记2～10个;带型数共127种,每个标记3～18种;平均多态性频率0.752,变幅为0.567～0.905.常规品种和杂交组合均表现为亚种间遗传差异明显、亚种内遗传差异较小,籼型遗传多样性高于粳型.平均遗传相似系数,常规品种籼型为0.672,粳型为0.711,籼粳间为0.103,杂交组合籼型为0.636,粳型为0.669,籼粳间为0.343.聚类分析显示,以遗传相似系数0.618为阈值将常规品种分成6类,以0.601为阈值将杂交组合分成7类,且多数同类型品种或组合聚为同一类.%Forty-four conventional rice varieties and 54 hybrid rice combinations in Zhejiang Province, China were assayed with a set of 12 microsatellite markers. A total of 68 alleles and 127 fingerprints from all tested materials were detected. The values of the frequency of polymorphism ranged from 0.567 to 0.905 with an average of 0.752. The conventional rice varieties and hybrid rice combinations both had obviously genetic difference among subspecies, but had less genetic difference within subspecies. The genetic diversity of indica type was higher than that of japonica type. The average genetic similarity coefficients within conventional indica, japonica and between indica and japonica rice varieties were 0.672, 0.711 and 0.103, respectively. Theaverage genetic similarity coefficient within indica, japonica, and between indica and japonica hybrid rice combinations were 0.636, 0.669 and 0.343, respectively. Cluster analysis results showed that the conventional rice varieties and hybrid rice combinations were classified into 6 and 7 groups, respectively. Most of varieties or combinations with same type gathered into same group.【总页数】4页(P551-554)【作者】程本义;吴伟;夏俊辉;刘鑫;杨仕华【作者单位】中国水稻研究所,浙江,杭州,310006;浙江省种子管理总站,浙江,杭州,310020;中国水稻研究所,浙江,杭州,310006;浙江省种子管理总站,浙江,杭州,310020;中国水稻研究所,浙江,杭州,310006【正文语种】中文【中图分类】Q943;S511.03【相关文献】1.微卫星分子标记鉴定黑龙江主要水稻品种及遗传多样性的研究 [J], 秦檬;陈颖;徐宝梁;唐英章;张青文2.利用微卫星标记分析军曹鱼养殖群体的遗传多样性 [J], 李伟强; 汤保贵; 陈刚; 马骞; 黄建盛; 施钢; 潘传豪; 周晖; 谢瑞涛; 张健东3.利用微卫星标记分析儋州鸡等5个地方种群遗传多样性 [J], 李义书;刘祎;侯冠彧;曹婷;周汉林;施力光;蔡克奇4.利用微卫星分子标记分析渤海湾的口虾蛄遗传多样性 [J], 谷德贤;王婷;许玉甫;吴宁;王娜;郝郁;王刚;李文雯;刘国山5.利用微卫星标记分析兰坪长毛山羊遗传多样性 [J], 朱兰;孙利民;袁跃云;洪琼花;马兴跃因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
水稻基因组中的微卫星标记及其应用何风华【期刊名称】《湖南农业大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2004(030)005【摘要】微卫星又叫简单重复序列,是指以少数几个核苷酸(多数为2～4个)为重复单位组成的串联重复序列,微卫星的两侧为保守的单拷贝序列.不同品种间微卫星基序重复次数的不同而形成了多态性,这种多态性可以通过设计PCR引物扩增检测出来,此即为简单序列长度多态性.微卫星标记具有共显性、高多态性、实验操作简单、快捷和检测结果稳定可靠等优点,是一种理想的分子标记.微卫星标记在水稻基因组中非常丰富,且分布均匀,水稻微卫星标记已发展了2 740多个.微卫星标记在水稻分子标记连锁图的构建、基因(QTL)定位、系谱分析和分子标记辅助选择、遗传多样性研究和种质鉴定等许多方面得到了广泛应用.【总页数】5页(P488-492)【作者】何风华【作者单位】华南师范大学生命科学学院,广东,广州,510631【正文语种】中文【中图分类】Q78;S511.03【相关文献】1.水稻细菌性条斑病抗性微卫星(SSR)标记的筛选及其在标记辅助选择中的应用 [J], 陈志伟;吴为人;周元昌;景艳军2.甜瓜中微卫星标记的形成及其在主要葫芦科作物中的应用 [J], NaokiChiba;KeitaSuwabe;谢国禄3.微卫星标记方法在大型猫科动物保护群遗传学研究中的应用与挑战 [J], 王萌;朱思雨;薛茂盛;刘霖;任迎丰;李立新;许青;姜广顺4.微卫星标记方法在大型猫科动物保护群遗传学研究中的应用与挑战 [J], 王萌;朱思雨;薛茂盛;刘霖;任迎丰;李立新;许青;姜广顺;5.线粒体NADH1基因和微卫星标记在棘球绦虫感染检测中的应用 [J], 吕凤军;陈云英;郭涛;王方;乌云花;张壮志;王冰洁;丁伟强;赵莉;班万里;段兰利;穆尼拉•特列吾汗;吴小霞;徐晶因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
水稻微卫星标记与遗传多样性的检测吴秋花;李晓方;毛兴学【期刊名称】《分子植物育种》【年(卷),期】2005(3)5【摘要】遗传多样性是种内不同群体之间或一个群体内不同个体遗传变异的总和。
千百年来,人类就是利用遗传多样性来培育新的农作物品种以对抗新虫害、新病害以及适应多变的气候和环境条件。
检测手段从形态到分子水平的发展使得对遗传多样性的检测产生了质的飞跃,微卫星标记等位基因多态性高,通过PCR对其进行测定简单经济,作为第二代分子标记在检测物种的遗传多样性方面是一类很有应用价值的遗传标记。
本文概述了微卫星标记在检测水稻遗传多样性中的应用及其数理统计的方法。
【总页数】5页(P744-748)【关键词】遗传多样性;微卫星标记;检测手段;水稻;农作物品种;基因多态性;遗传变异;分子水平;遗传标记;分子标记【作者】吴秋花;李晓方;毛兴学【作者单位】广东省农业科学院水稻研究所【正文语种】中文【中图分类】S511;Q943【相关文献】1.用微卫星标记评估中国水稻主栽品种的遗传多样性 [J], 应杰政;施勇烽;庄杰云;薛庆中2.微卫星分子标记鉴定黑龙江主要水稻品种及遗传多样性的研究 [J], 秦檬;陈颖;徐宝梁;唐英章;张青文3.利用微卫星标记比较云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性 [J], 徐福荣;张红生;董超;杨文毅;汤翠凤;阿新祥;张恩来;杨雅云;张斐斐;戴陆园4.利用微卫星标记分析浙江省近年来主要水稻品种的遗传多样性 [J], 程本义;吴伟;夏俊辉;刘鑫;杨仕华5.基于新开发微卫星标记评价番红砗磲两个野生群体的遗传多样性及近缘种通用性检测 [J], 高红梅; 马海涛; 喻子牛; 张跃环; 肖述; 黄飘逸; 彭建军因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
微卫星标记分析我国南方常规水稻品种的遗传差异程本义;夏俊辉;沈伟峰;庄杰云;杨仕华【期刊名称】《核农学报》【年(卷),期】2009(23)1【摘要】利用12个DNA微卫星标记对2005—2007年参加南方稻区国家水稻品种区域试验的23个长江中下游早籼、晚粳和华南早籼常规品种进行标记检测，结果共检测到等位基因47个，平均每个标记3．9个，变幅2～7个，多态性频率（FP）平均值0．632，变幅0．403～0．842。
遗传差异分析表明：长江中下游早籼与长江中下游晚粳（平均遗传相似系数AGSC=0．036）、华南早籼与长江中下游晚粳（AGSC=0．125）品种间的遗传差异明显，长江中下游早籼与华南早籼（AGSC=0．449）品种间的遗传差异中等，华南早籼（AGSC=0．606）、长江中下游早籼（AGSC=0．682）、长江中下游晚粳（AGSC=0．761）品种间的遗传差异较小。
【总页数】5页(P7-11)【关键词】水稻;品种;微卫星标记;遗传差异【作者】程本义;夏俊辉;沈伟峰;庄杰云;杨仕华【作者单位】中国水稻研究所【正文语种】中文【中图分类】S858.31;S512.1【相关文献】1.微卫星(SSR)分子标记在杂交水稻不育系不同株系遗传差异分析中的应用 [J], 欧立军2.微卫星标记分析水稻地方品种30年的遗传变异 [J], 严红梅;董超;张恩来;汤翠凤;阿新祥;杨文毅;杨雅云;张斐斐;徐福荣3.利用微卫星标记分析浙江省近年来主要水稻品种的遗传多样性 [J], 程本义;吴伟;夏俊辉;刘鑫;杨仕华4.南方稻区国家水稻区域试验品种的微卫星标记分析 [J], 程本义;施勇烽;沈伟峰;庄杰云;杨仕华5.用微卫星DNA标记对我国杂交水稻主要恢复系遗传差异的检测分析 [J], 段世华;毛加宁;朱英国因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
南方稻区国家水稻区域试验品种的微卫星标记分析程本义;施勇烽;沈伟峰;庄杰云;杨仕华【期刊名称】《中国水稻科学》【年(卷),期】2007(21)1【摘要】利用前期研究筛选的12个微卫星标记(SSR)首选标记对2005年南方稻区国家水稻区域试验199个水稻品种进行了DNA指纹鉴定,构建了199个水稻品种×12个首选标记的南方稻区国家水稻区域试验品种DNA指纹库.在首选标记座位上,常规稻和杂交稻的主导等位基因基本相同,籼稻和粳稻的主导等位基因差异较大;常规稻品种的纯合度高,多数杂交稻品种的杂合度较高、杂合座位数呈正态分布.比较相同母本的系列杂交稻组合,表明主导不育系系列组合具有较高的组内品种间母本一致性.此外,对南方稻区国家水稻区域试验品种特异性鉴定、DNA指纹库的扩充和鉴定标记数的确定进行了讨论.【总页数】6页(P7-12)【作者】程本义;施勇烽;沈伟峰;庄杰云;杨仕华【作者单位】中国水稻研究所,浙江,杭州,310006;中国水稻研究所,浙江,杭州,310006;中国水稻研究所,浙江,杭州,310006;中国水稻研究所,浙江,杭州,310006;中国水稻研究所,浙江,杭州,310006【正文语种】中文【中图分类】Q943;S511.037【相关文献】1.微卫星标记分析水稻地方品种30年的遗传变异 [J], 严红梅;董超;张恩来;汤翠凤;阿新祥;杨文毅;杨雅云;张斐斐;徐福荣2.南方稻区国家水稻品种区域试验进展及建议 [J], 杨仕华;廖琴;谷铁城;胡小军;程本义3.2002年南方稻区国家水稻品种区试优良品种介绍 [J], 杨仕华;程本义4.“九五”南方稻区国家水稻品种区域试验工作回顾及“十五”展望 [J], 廖琴;张首都;黄发松;杨仕华5.利用微卫星标记分析浙江省近年来主要水稻品种的遗传多样性 [J], 程本义;吴伟;夏俊辉;刘鑫;杨仕华因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
应用微卫星标记鉴别水稻籼粳亚种樊叶杨;庄杰云;吴建利;孙宝龙;郑康乐【期刊名称】《遗传》【年(卷),期】2000(22)6【摘要】应用70个微卫星标记分析了3个籼稻测验种和3个粳稻测验种的多态性,发现其中36个标记可以区分籼粳测验种.再以18个籼粳品种进一步筛选,找到了分布于12条染色体的21个籼粳特异性微卫星标记.在这21个标记中,20个在籼粳亚种间带型相异,其中7个在亚种内带型一致,13个在亚种内带型不一致;1个标记在12个籼稻品种和1个粳稻品种检测到相同的带型,其余11个粳稻品种具有另一种带型.微卫星标记和RFLP标记检测籼粳亚种不仅具有一致性,而且还有互补性.【总页数】3页(P392-394)【作者】樊叶杨;庄杰云;吴建利;孙宝龙;郑康乐【作者单位】中国水稻研究所国家水稻改良中心,杭州,310006;中国水稻研究所国家水稻改良中心,杭州,310006;中国水稻研究所国家水稻改良中心,杭州,310006;中国水稻研究所国家水稻改良中心,杭州,310006;中国水稻研究所国家水稻改良中心,杭州,310006【正文语种】中文【中图分类】Q943;S511【相关文献】1.利用InDel标记鉴定水稻籼粳交衍生株系的籼粳属性 [J], 陈萍萍;游月华;黄水明;叶胜海;李春维;江巍;张小明2.利用ILP标记分析水稻籼粳杂交亲本和衍生系的籼粳分化 [J], 许旭明;梁康迳;张受刚;尚伟;张瑛英;韦新宇;柯蓓3.籼粳亚种间杂交水稻育种进展及其应用分析 [J], 粟贵武4.水稻籼粳亚种间育种系谱的ISSR标记和聚类分析 [J], 赵建亚;韦新宇;梁康迳;柯蓓;王小明;黄姗5.微卫星标记分析籼粳亚种间的遗传多样性 [J], 张建勇;袁佐清;李仕贵因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
浙江构建转基因生物安全数据库
佚名
【期刊名称】《农药研究与应用》
【年(卷),期】2011(015)005
【摘要】日前．由省农科院承担的省重大科技专项农业项目“转基因产品定量、特异性检测及安全性评价技术研究”通过了验收。
项目建立了番茄、大豆等4种农产品高效核酸提取方法，并初步建立了转基因生物的安全数据库。
对于转基因食品，即使是将转基因番茄制成了番茄酱。
都可以通过检测验明其身份。
【总页数】1页(P28-28)
【正文语种】中文
【中图分类】TS201.6
【相关文献】
1.浙江省水稻品种DNA指纹数据库的初步构建及其应用 [J], 程本义;吴伟;夏俊辉;刘鑫;庄杰;杨仕华
2.浙江省基础测绘信息网上发布系统数据库构建 [J], 毛舒
3.浙江构建转基因生物安全数据库 [J], 江英华;杜琼
4.海洋领域信息数据库平台构建研究——以浙江海洋学院图书馆建库为例 [J], 董民辉
5.浙江省中小比例尺土壤数据库的构建 [J], 荆长伟;支俊俊;张操;林声盼;肖锐;李丹;吴嘉平;单英杰;陈红金;徐进;倪治华
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利用两个测序水稻品种构建微卫星连锁图谱(英文)张启军;叶少平;李杰勤;赵兵;梁永书;彭勇;李平【期刊名称】《遗传学报：英文版》【年(卷),期】2006(33)2【摘要】利用已完成基因组测序的两个水稻品种日本晴和 9311 的数据库成功开发出水稻微卫星新标记,并利用由 90 个单株组成的日本晴 9311 F2作图群体,构建了一张包含 152 个 SSR 标记位点、覆盖基因组总长度 2 455.7 cM 的连锁图谱,有46 个 SSR 新标记为自主开发,该图谱标记间的平均遗传距离为 16.16 cM;并将未能在 Temnykh 等人(2001)构建的图谱上定位的微卫星标记 RM345 和 RM494 定位在第 6 染色体上。
通过与 Temnykh 等人(2001)和兰涛等人(2003)所构建的图谱从作图群体的类型和大小、标记的类型和数量、标记在染色体上的线性排列顺序等几个方面进行比较,所绘制的图谱其标记在染色体线性排列上与 Temnykh 等人绘制的图谱具有很高的一致性,达 93.81%。
【总页数】9页(P152-160)【关键词】测序水稻品种;微卫星标记;遗传连锁图谱【作者】张启军;叶少平;李杰勤;赵兵;梁永书;彭勇;李平【作者单位】四川农业大学水稻研究所【正文语种】中文【中图分类】Q987;S511【相关文献】1.利用已测序水稻品种构建水稻单片断替换系 [J], 尚伟;周元昌2.利用ILP标记构建水稻连锁图谱 [J], 尚伟;周元昌3.利用微卫星标记比较云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性 [J], 徐福荣;张红生;董超;杨文毅;汤翠凤;阿新祥;张恩来;杨雅云;张斐斐;戴陆园4.测序水稻品种SSR遗传连锁图谱的构建及其农艺性状基因座分析 [J], 梁永书;张启军;王世全;邓启明;李平;李艳萍;阎双勇5.微卫星标记对资源猪群的遗传分析和连锁图谱构建(英文) [J], 张敬虎;熊远著;左波;雷明刚;蒋思文;李凤娥;郑嵘;李家连因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
鉴定水稻品种的微卫星标记筛选施勇烽;应杰政;王磊;朱智伟;庄杰云【期刊名称】《中国水稻科学》【年(卷),期】2005(019)003【摘要】选用58个水稻微卫星标记,对目前应用较广的28份杂交水稻亲本材料进行多态性分析,并比较了其中14个标记应用3.0%琼脂糖凝胶电泳和6.0%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测结果.研究表明,所应用的标记可将所有供试水稻材料区分开,不同标记的多态性检测能力差异较大;两种检测方法所得结果高度一致,但非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分辨率较高、带型清晰,能更准确反映水稻材料间的差异.对于一般水稻材料而言,选用12个标记可将不同材料区别开的几率大于99.9%,但要区分遗传相似性较高的材料,则可能需挑选高多态性标记和(或)增加检测的标记数.【总页数】7页(P195-201)【作者】施勇烽;应杰政;王磊;朱智伟;庄杰云【作者单位】中国水稻研究所,农业部稻米及制品质量监督检验测试中心,浙江,杭州,310006;中国水稻研究所,国家水稻改良中心/水稻生物学国家重点实验室,浙江,杭州,310006;中国水稻研究所科技信息中心,浙江,杭州,310006;中国水稻研究所,农业部稻米及制品质量监督检验测试中心,浙江,杭州,310006;中国水稻研究所,国家水稻改良中心/水稻生物学国家重点实验室,浙江,杭州,310006【正文语种】中文【中图分类】Q943;S323;S511.024【相关文献】1.四大家鱼微卫星标记的筛选及其在物种鉴定中的应用 [J], 杨计平;李新辉;李跃飞;吴锐全;王秀利;李捷;谭细畅;王超2.东北虎微卫星DNA遗传标记的筛选及在亲子鉴定中的应用 [J], 张于光;李迪强;饶力群;肖启明;刘丹3.筛选杂交鲤亲子鉴定的微卫星标记 [J], 武耀;贾智英;李池陶;葛会争;石连玉4.微卫星分子标记鉴定黑龙江主要水稻品种及遗传多样性的研究 [J], 秦檬;陈颖;徐宝梁;唐英章;张青文5.奶牛分子系谱构建或亲权鉴定的微卫星标记筛选 [J], 殷彬;岳书俭;俞英;曹巧巧;王中华;师科荣因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
70个水稻微卫星标记染色体位置的更正邵元健;陈宗祥;潘存红;张亚芳;潘学彪【期刊名称】《中国生物工程杂志》【年(卷),期】2005(25)6【摘要】微卫星标记(SSR)因其操作简单和稳定可靠的特点而成为一种重要的分子标记,被广泛应用于遗传作图和种质鉴定等方面。
但其在染色体上位置的正确性将直接影响到基因定位的正确性和后续研究的方向。
利用美国国家生物信息技术中心(NCBI)网站的Blast程序,将2740个SSR 标记的前后引物序列与水稻粳稻品种日本晴基因组进行比对,共发现70个标记位于另一条染色体,对这70个标记重新锚定的染色体进行了更正。
这将有助于今后水稻分子标记遗传连锁图的正确构建。
【总页数】4页(P76-79)【关键词】水稻;微卫星标记;染色体定位;基因定位;遗传连锁图;序列比对【作者】邵元健;陈宗祥;潘存红;张亚芳;潘学彪【作者单位】扬州大学植物功能基因组省级重点实验室【正文语种】中文【中图分类】Q949.714.2;S511【相关文献】1.水稻细菌性条斑病抗性微卫星(SSR)标记的筛选及其在标记辅助选择中的应用 [J], 陈志伟;吴为人;周元昌;景艳军2.无角陶赛特绵羊18号染色体微卫星标记与早期生长发育的关系 [J], 杨丹;牛志刚;史洪才;尹启宝;木合塔尔3.利用同工酶标记和微卫星标记分析梨树单倍体植株的染色体加倍和其纯合性 [J], LydieBouvier;PhilippeGuerif;邱敦莲4.微卫星DNA和AFLP标记在水稻分子标记连锁图上的分布 [J],5.绵羊第6号染色体微卫星标记的研究进展 [J], 段永杰;王利民;姜怀志因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
微卫星标记分析水稻地方品种30年的遗传变异严红梅;董超;张恩来;汤翠凤;阿新祥;杨文毅;杨雅云;张斐斐;徐福荣【期刊名称】《遗传》【年(卷),期】2012(34)1【摘要】为揭示水稻(Oryza sativa)地方品种30年的遗传变异状况,文章通过60个SSR标记,对元阳哈尼梯田农户在20世纪70年代种植的6个(简称“过去的品种”)和近10年间种植的对应6个(简称“当前的品种”)代表性水稻地方品种进行检测.结果表明,共检测到159个等位基因(Na),等位基因数1～4不等,当前的品种较过去的品种减少7个等位基因.平均每个标记检测到的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、基因型多样性(H')和位点多态信息含量(PIC)4个指标均为过去的品种高于当前的品种,分别是(Na)为2.567＞2.450,(Ne)为2.052＞1.968,(H')为0.768＞0.722,(PIC)为0.469＞0.439.基于60个SSR标记,过去6个品种间的遗传相似性系数(GS)平均值为0.437,变幅为0.117 ～ 0.667,而当前6个品种间平均值为0.473,变幅为0.200 ～ 0.700.总的说来,水稻地方品种经过30年自然和人工选择,遗传多样性降低,不同品种存在等位基因大小的差异程度不同.%To reveal the genetic variation of rice paddy landraces across 30 years, we compared the genetic variation of between 6 paddy rice landraces grown in Yuanyang Hani's terraced fields in Yuanyang County, Yunnan Province in the 1970s (past-grown landraces) and 6 paired ones that have been grown during the past decade (current-grown landraces) using 60 SSR markers. The results showed that one to four alleles were amplified in 60 loci and 159 alleles in all the land-races tested. The number of alleles from the current-grown landraces decreased by 7 alleles compared to the past-grownlandraces. The average number of alleles (Na), effective number of alleles (Ne), locus polymorphism information content (PIC), and genotype diversity (H1) of the past-grown landraces were higher than those of the current-grown landraces, with Na of 2.567>2.450, Ne of 2.052>l .968, PIC of 0.469>0.439, and H' of 0.768>0.722. The average genetic similarity coefficient (GS) of the past-grown landraces was 0.437 with a range from 0.200 to 0.700 based on the 60 SSR markers, and the average GS of the current-grown landraces was 0.473 with a range from 0.117 to 0.667. In conclusion, the genetic diversity in current-grown landraces was decreased compared to the past-grown landraces, and the degree of variation in some of the allele locus varied in different rice landraces as a result of 30 years' natural and artificial selection.【总页数】8页(P87-94)【作者】严红梅;董超;张恩来;汤翠凤;阿新祥;杨文毅;杨雅云;张斐斐;徐福荣【作者单位】云南省农业科学院质量标准与检测技术研究所,昆明650223;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所,农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室,昆明650223;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所;农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室,昆明650223;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所,农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室,昆明650223;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所,农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室,昆明650223;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所;农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室,昆明650223;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所;农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室,昆明650223;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所,农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室,昆明650223;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所,农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室,昆明650223【正文语种】中文【相关文献】1.微卫星标记分析福建地方品种猪的遗传多样性 [J], 翁润;赖丽萍;王寿昆2.利用微卫星标记比较云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性 [J], 徐福荣;张红生;董超;杨文毅;汤翠凤;阿新祥;张恩来;杨雅云;张斐斐;戴陆园3.微卫星标记分析福建地方品种猪的遗传多样性 [J], 翁润;赖丽萍;罗锦坦;王寿昆4.微卫星荧光标记分析坝上长尾鸡与3个地方品种鸡遗传多样性 [J], 关学敏;耿立英;贺英;李祥龙5.基于微卫星标记的真鲷放流群体与增殖海域群体遗传变异比较分析 [J], 赵雨;孙典荣;单斌斌;刘岩;杨长平;周文礼因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
浙江省水稻品种DNA指纹数据库的初步构建及其应用程本义1吴伟2*夏俊辉1刘鑫2庄杰云1杨仕华1(1中国水稻研究所，浙江杭州310006；2浙江省种子总站，浙江杭州310020；*通讯联系人，E-mail:wuwei1610@)摘要：利用前期研究建立的一套水稻品种DNA指纹检测技术体系，对2002-2006年浙江省主要的水稻品种98个、2007-2008年省区试水稻品种155个（181个次，含26个续试品种）进行了DNA 指纹检测，构建了279个次水稻品种×12个微卫星标记的DNA指纹图谱数据库。
系统分析了指纹库中各标记的多态性和品种的相似性。
基于构建的指纹数据库，对所有品种的特异性及区试续试品种年度间的一致性进行了鉴定。
关键词：水稻品种；微卫星标记；DNA指纹库；特异性Construction and Application of DNA Fingerprint Database of Rice Varieties in Zhejiang ProvinceCHENG Ben-yi1,WU Wei2,*,XIA Junhui1,LIU Xin2,ZHUANG Jie-yun1,YANG Shi-hua1(1China National Rice Research Institute,Hangzhou310006,China;2Zhejiang Provincial Seed Management Station,Hangzhou310020,China;*Corresponding author,E-mail:wuwei1610@)Abstract:A total of98major rice varieties in Zhejiang province from2002to2006 and155rice varieties in Zhejiang provincial regional trial from2007to2008were assayed with a set DNA fingerprint testing system on rice variety.A DNA fingerprint database containing genotypic data of279rice variety times at the12marker loci was constructed.The polymorphism of different markers and genetic similarity of varieties in the DNA fingerprint database were analyzed.Based on the DNA fingerprint database,the distinctness of all rice varieties and consistency of the same varieties in different years were identified.Key words:rice variety;microsatellite marker;DNA fingerprint database; distinctness特异性（Distinctness）是农作物新品种权申请和品种审（认）定的前提条件。
“九五”中后期以来，在种子产业快速发展的推动下，浙江省包括水稻在内的农作物品种数量明显增加，在促进农业生产发展的同时，也不同程度存在品种雷同、侵权等现象。
而目前，水稻品种特异性鉴定的主要方法是新品种DUS测试，该方法测试周期长、工作量大，难以及时高效地对浙江省大量水稻品种进行特异性鉴定，有必要寻求一种快速、准确、高效的新方法。
二十世纪九十年代以来，随着分子生物学的发展，以分子标记为基础的DNA指纹基金项目：浙江省“三农五方”科技协作项目（Sn200606）；中央级公益性科研院所专项资金项目（2006RG002）。
作者简介：程本义（1977-），男，浙江淳安人，助理研究员，主要从事水稻新品种评价和品种DNA指纹鉴定研究。
E-mail：cby_951019@。
技术日趋成熟，并逐渐应用于农作物品种鉴定领域。
在利用DNA指纹技术进行农作物品种鉴定时，若只针对少数特定品种，则可以同时鉴定，如少数品种的纯度、真假鉴定等[1-5]；若要进行品种特异性鉴定，则需要建立已知品种的DNA指纹数据库。
近年来，国内外主要农作物品种DNA指纹数据库的构建工作已逐步展开，如Röder[6]等用20个DNA微卫星标记构建了欧洲500多个小麦品种的指纹数据库；Bredemeijer[7]等用20个微卫星标记构建了欧洲500多个番茄品种的DNA指纹数据库；赵久然、王凤格[8-10]等进行了中国玉米新品种DNA指纹库构建的系列研究，旨在从DNA分子水平上给每个玉米品种一个身份证；庄杰云[11]等初步构建了我国主栽水稻品种的微卫星标记数据库。
本研究利用前期建立的一套水稻品种DNA指纹检测技术体系，对浙江省近期的主要水稻品种及2007-2008年参加省区试的水稻品种进行DNA指纹检测，建立了包含253个(279个次，含26个续试品种）水稻品种的DNA指纹图谱数据库。
并基于该指纹图谱数据库，对所有品种的特异性及区试续试品种年度间的一致性进行鉴定，为进一步规范和完善浙江省水稻品种区试、审定及管理工作提供技术支持。
1材料与方法1.1水稻材料依据浙江省农作物品种审定公告、农作物分品种推广面积统计等资料，征集2002-2006年通过浙江省审定、引种审批和国家审定适宜在浙江省推广种植以及2002年前通过审定且目前生产上仍有较大种植面积的水稻品种98个；依据浙江省水稻品种区域试验实施方案，收集2007-2008年参加省区试的水稻品种155个（181个次，含26个续试品种）。
本研究共收集到目标水稻品种253个（279个次，含26个续试品种），其中常规籼型43个、粳型55个，杂交籼型124个、粳型31个。
1.2指纹检测选取24个水稻DNA微卫星标记，每条染色体上2个，按推荐类型可分为首选标记12个，分别是RM297、RM71、RM85、RM5414、RM274、RM190、RM336、RM337、RM219、RM311、RM209和RM17；候补标记12个，分别是RM1195、RM208、RM232、RM273、RM267、RM253、RM18、RM72、RM278、RM258、RM224和RM19。
这些标记的基因组位置、引物序列、多态性片段大小等相关信息见文献[11]。
遵照前文[12]所述方法提取水稻品种的总DNA、进行PCR扩增、电泳分离扩增产物、记录指纹（带型）。
利用12个首选标记对所有水稻品种进行指纹检测，对12个首选标记座位上指纹表现一致的水稻品种进一步增加12个候补标记检测。
1.3数据分析以多态性频率（frequency of polymorphism，FP）描述微卫星标记的多态性，该参数表示微卫星标记在水稻品种间检测到差异性的频率。
其计算公式为：式中，n 为所分析的微卫星标记在水稻品种中检测到的不同带型总数，m 为水稻品种总数，m i 为具有第i 种带型的品种数。
同时，应用软件NTSYS [13]、以共有DNA 片断比例[14]（软件中参数为DICE）为指标计算各对水稻品种间的遗传相似系数，并按类型分析品种的相似性。
2结果与分析2.1DNA 指纹数据库的初步构建为了保证指纹检测的效果，所有品种的检测操作均由同一人完成、实验试剂均由同一厂商提供。
对于每个首选标记，按固定品种顺序，将所有279个次水稻品种的PCR 扩增产物上样于9块凝胶、电泳分离、银染显色，共计检测图版108个。
在胶版排列上，每块凝胶的最左侧泳道设置100bp DNA 分子量Marker，中间泳道设置带型标准对照（CK），两边泳道上样相同数目的待测品种，图1所示为35个水稻品种在RM336标记座位上的指纹表现。
在前期研究结果[15]中，按照带型清晰、稳定重现的原则，12个首选标记共认定了nFP =1-∑[m i ×(m i -1)]/[m ×(m-1)]i图1、35个品种在RM336标记座位上的指纹表现Fig.1Fingerprint performance of 35rice varieties at marker locus RM336.71个等位基因，并依据多态性片段分子量从大到小按1、2、3、4、5…对所有等位基因进行了编号。
在本研究的指纹检测过程中，有3个标记检测到新的多态性片段，分别是RM71在丰优香占和浙优9号品种中检测到1个（编号3），RM209在甬优2号和甬优4号品种中检测到1个（编号3），RM17在浙粳40、浙粳20、浙糯5号和航天36品种中检测到1个（编号5）。
最后，以认定的74个等位基因为基础记录所有品种的带型，并对带型数据进行整理，建立了279个次水稻品种×12个微卫星标记的DNA指纹图谱数据库。
表1为4个代表性水稻品种在12个首选标记座位上的指纹数据。
表14个代表性水稻品种在12个微卫星标记座位上的指纹数据Table1Fingerprint data of4representative rice varieties at12SSR loci.标记Marker 等位基因Allele浙101Zhe101浙粳40Zhejing40丰优香占Fengyouxiangzhan甬优2号Yongyou2标记Marker等位基因Allele浙101Zhe101浙粳40Zhejing40丰优香占Fengyouxiangzhan甬优2号Yongyou2RM29710000RM27411010 200002011130101RM337100004000021010500003010160000400007101050000 RM7110000RM21910000 2000020000 3*001030010400004000050001510006111160101 RM851101070000 2000080001300009000040101100000 RM541410000RM31110010 20111200003000030000410104000150001510106000060101 RM1901111170000 200008000031000RM209100004000020000 RM336100003*0001 2001041010300005011140000RM171000050000210106000030000 7000040000 810005*0100 9010160001 10000070000注：*表示本研究中新发现的等位基因。
