启动子
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启动子
（ ……T89A89T50A65A100…… ） 的 TATA 区 和 -35 bp 处
（……T85T83G81A61C69A52……）的 TTGACA 区。现已查明，-10位的 TATA 区和
-35位的 TTGACA 区是 RNA 聚合酶与启动子的结合位点，能与 σ 因子相互识别而具
有很高的亲和力。
遗传学（一级学科）；分子遗传学（二级学科）
以上内容由全国科学技术名词审定委员会审定公布
百科名片
RNA 聚合酶特异性识别和结合的 DNA 序列。 启动子是基因（gene）的一个组成部分，控 制基因表达（转录）的起始时间和表达的程度。启动子（Promoters）就像“开关”，决定基 因的活动。既然基因是成序列的核苷酸（nucleotides），那么启动子也应由核苷酸组成。启 动 子 本 身 并 不 控 制 基 因 活 动 ， 而 是 通 过 与 称 为 转 录 （ transcription ） 因 子 的 这 种 蛋 白 质 （proteins）结合而控制基因活动的。转录因子就像一面“旗子”，指挥着酶（enzymes）(RNA 聚合酶 polymerases) 的活动。这种酶指导着 RNA 复制。
顺序(consensus sequence)，只有少数几个核苷酸的差别。
转录单元
转录单元(transcription unit) 是一段从启动子开始至终止子(terminator)结束的 DNA 序列，RNA 聚合酶从转录起点开始沿着模板前进，直到终止子为止，转录出一 条 RNA 链。在细胞中，一个转录单元可以是一个基因，也可以是几个基因。
因子的这种蛋白质（proteins）结合而控制基因活动的。转录因子就像一面“旗子”， 指挥着酶（enzymes）(RNA 聚合酶 polymerases) 的活动。这种酶制造着基因的 RNA
原核基因扩展的启动子名词解释
原核基因扩展的启动子名词解释一、原核生物启动子1启动子：是一段位于结构基因5'端上游区的DNA序列，在转录起始之前被RNA聚合酶结合的DNA部位称为启动子；启动子的结构影响它与RNA聚合酶的亲和力，决定基因表达强度。
转录单元：是一段从启动子开始到终止子（terminator）结束的DNA序列，RNA聚合酶从转录起点开始沿着模板前进，直到终止子为止，转录出一条RNA链；在细菌中，一个转录单元可以是一个基因，也可以是几个基因。
2转录起点：指与新生RNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，研究证实通常为一个嘌呤。
上游：常把起点前面，即5'末端的序列称为（upstream）上游;下游：起点后面即3'末端的序列称为下游（downstream）。
3启动子结构：Pribnow框：在起始点上游，几乎在所有启动子都存在一个6bp富含A/T区域TATAAT。
通常位于－18位到－9位，称为Pribnow框。
该区域是RNA聚合酶牢固结合位点，RNA聚合酶结合后，这一富含A/T的DNA双链解开。
Sextama框：位于－35区附近有一TTGACA序列，是RNA聚合酶中的σ因子识别位点。
以上这两个位点对于转录起始都是非常重要的。
σ因子识别－35区并与之结合。
由于RNA聚合酶分子覆盖面积能达到70bp，因此酶分子上的一个合适部位能接触－10区。
酶分子一旦与－10区结合以后，就从识别位点上解离下来。
此外，－35序列的重要性还在于在很大程度上决定了启动子的强度。
－10区和－35区的最佳距离：在原核生物中，－35区和－10区的距离大约是16～19bp，小于15bp或大于20bp都会降低启动子的活性；保持启动子这两段序列以及它们之间的距离是十分重要的，否则就会改变它所控制的基因表达水平。
在细菌中常见两种启动子突变：下降突变：如果把Pribnow其从TATAAT变成AATAAT，就会大大降低其结构基因的转录水平；上升突变:：即增加Pribnow区共同序列的同一性。
启动子-文档资料
CpG岛所在的位置，有可能是核心启动子存在的区域。 预测网站/cgibin/methprimer/methprimer.cgi
23
24
红框内为预测的CpG岛，在进行缺失实验时，可以保留此区域的完整性。
25
3 缺失片段的构建
1 利用文献中报道的顺式作用元件和转录因子进行缺失； 2 利用物种之间一些保守的模块或基序对启动子进行缺失。
5
研究人员还发现，即使是同一个启动子，根据读 取遗传信息的起始点不同，转录出的 RNA 种类也存 在差异。研究显示，拥有多个起始点的启动子约占启 动子总数的 77%。或两种以上的顺式元件，这些元件 的种类、数量以及彼此之间的顺序与距离都可能影响 基因的转录与否或转录程度。
6
1.3 核心启动子的介绍
12
二 启动子区域的查找以及分析
2.1克隆全长启动子
2.1.1利用数据库查找所要研究的启动子。 通常情况下，我们认为启动子区域在基因翻译起始位点ATG 往前大约2000bp。根据研究，有些重要的调控元件也存在于第 一外显子内，一般在ATG的下游再取200bp。 首先介绍利用NCBI数据库进行查询。
8
1.3.2 核心启动子中重要元件
虽然在脊椎动物启动子中集中型启动子只占很小的比 例，但绝大部分对RNA聚合酶Ⅱ转录机制的研究都是在集 中型启动子上开展的，很少有人关注弥散型启动子，这主 要是因为受集中型启动子调控的基因在生物学中具有更加 重要的意义。
科学家们通过对集中型核心启动子（core promoter） 的分析发现了各种重要的基序，比如TATA盒、BRE”位于 TFⅡB”因子识别位点上游的一段序列、起始子、基序十 元件（MTE）、下游启动子元件（DPE）、下游核心元件 (DCE)以及X核心启动子元件1（XCPE1）等。与集中型启 动子不同，弥散型启动子一般都缺乏BRE、TATA、DPE和 MTE等基序。所以这两种启动子发挥作用的原理很有可能 存在根本性的差别。
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红框内为预测的CpG岛，在进行缺失实验时，可以保留此区域的完整性。
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3 缺失片段的构建
1 利用文献中报道的顺式作用元件和转录因子进行缺失； 2 利用物种之间一些保守的模块或基序对启动子进行缺失。
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研究人员还发现，即使是同一个启动子，根据读 取遗传信息的起始点不同，转录出的 RNA 种类也存 在差异。研究显示，拥有多个起始点的启动子约占启 动子总数的 77%。或两种以上的顺式元件，这些元件 的种类、数量以及彼此之间的顺序与距离都可能影响 基因的转录与否或转录程度。
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1.3 核心启动子的介绍
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二 启动子区域的查找以及分析
2.1克隆全长启动子
2.1.1利用数据库查找所要研究的启动子。 通常情况下，我们认为启动子区域在基因翻译起始位点ATG 往前大约2000bp。根据研究，有些重要的调控元件也存在于第 一外显子内，一般在ATG的下游再取200bp。 首先介绍利用NCBI数据库进行查询。
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1.3.2 核心启动子中重要元件
虽然在脊椎动物启动子中集中型启动子只占很小的比 例，但绝大部分对RNA聚合酶Ⅱ转录机制的研究都是在集 中型启动子上开展的，很少有人关注弥散型启动子，这主 要是因为受集中型启动子调控的基因在生物学中具有更加 重要的意义。
科学家们通过对集中型核心启动子（core promoter） 的分析发现了各种重要的基序，比如TATA盒、BRE”位于 TFⅡB”因子识别位点上游的一段序列、起始子、基序十 元件（MTE）、下游启动子元件（DPE）、下游核心元件 (DCE)以及X核心启动子元件1（XCPE1）等。与集中型启 动子不同，弥散型启动子一般都缺乏BRE、TATA、DPE和 MTE等基序。所以这两种启动子发挥作用的原理很有可能 存在根本性的差别。
启动子名词解释
启动子
启动子名词解释：DNA模板上专一地与RNA聚合酶结合并决定转录从何处起始的部位，也决定基因的转录效率。
生物中有许多启动子，如大肠杆菌约有2000个启动子。
各启动子的效率可不相同，大肠杆菌的强启动子每2秒钟启动一次转录，而弱启动子每10分钟才启动一次，从百多个大肠杆菌启动子结构的分析，得知两个强启动子的同源序列的中心在转录起始部位（基因编码链上第一个核苷酸）5侧约10和35个核苷酸处，弱启动子序列中往往有多处核苷酸被置换。
许多原核生物都含有这两个重要的启动子区：
-35-10 15～～TTGACA～～～TATAAT～～起始部位
真核生物的启动子部位与原核生物不同，而且启动转录的活性，除需启动子外，还需某些外加序列。
什么是启动子？
启动子(promoter)：RNA聚合酶能够直接或间接地识别这种标记，从而启动从特定的位点开始的基因转录。
在细菌转录系统中，RNA聚合酶的σ因子能够直接识别启动子,并与之结合而启动基因的转录；但在古菌和真核转录系统之中，RNA聚合酶并不能直接识别启动子，识别启动子的是一些特殊的转录因子。
启动子的基本类型
启动子的基本类型
启动子是生物学中的一个重要概念，它指的是一种能够启动基因转录的DNA或RNA序列。
基本类型的启动子有多种，它们在细胞中发挥着不同的作用。
下面将以人类视角描述几种常见的启动子。
1. TATA盒启动子
TATA盒启动子是最常见的启动子之一，它在基因转录中起到了重要的作用。
TATA盒启动子通常位于转录起始位点附近，它的存在可以促使转录因子与DNA结合，从而启动基因的转录过程。
这个过程类似于一个开关，当TATA盒启动子被活化后，基因的转录就会开始。
2. CAAT盒启动子
CAAT盒启动子也是常见的一种启动子，它位于TATA盒启动子之前的位置。
CAAT盒启动子的存在可以增强基因的转录活性，它与一些转录因子的结合可以提供更多的转录起始位点，从而增加基因的表达水平。
3. GC盒启动子
GC盒启动子是一种特殊的启动子，它在一些基因的转录中起到重要作用。
与TATA盒启动子和CAAT盒启动子不同，GC盒启动子并不依赖于转录因子的结合，而是通过DNA序列中的特定GC含量来调控基因的转录。
这种启动子的存在可以提供一种独特的方式来调节基因的表达。
以上是几种常见的启动子类型，它们在基因转录中起到了重要的作用。
通过与转录因子的结合或特定的DNA序列，这些启动子可以调控基因的表达，从而影响细胞的功能和特性。
对于科学研究者来说，深入理解启动子的特点和机制将有助于我们更好地理解基因的转录调控过程。
这对于开展相关研究以及治疗疾病有着重要的意义。
启动子的名词解释
启动子的名词解释启动子是指存在于转录起始位点上游的DNA序列，它是调控基因表达的元件，能够在转录过程中促进基因的转录。
启动子是DNA序列的一部分，其中含有转录因子（transcription factors）结合位点和RNA聚合酶（RNA polymerase）结合位点等重要调控位点。
启动子的主要功能是定位转录起始位点，并提供给RNA聚合酶一个合适的结合位点进行转录。
启动子通常由可变的核苷酸序列组成，这是因为启动子的性质和功能取决于附近区域的转录调控因子的结合。
不同的细胞类型和生物体会存在多种不同的启动子序列，从而实现基因表达的编程控制。
启动子通常包含两个位点：TATA盒和启动位点。
TATA盒是非常保守的结构，它位于转录起始位点上游大约25个碱基对（bp）的位置。
TATA盒的特点是含有一个6个碱基对（bp）的序列，其中包含了T和A两种碱基的重复结构，例如“TATAAA”。
该序列是RNA聚合酶和转录因子结合的起点，起到引导RNA聚合酶上的转录因子向下游移动的作用，进而启动基因的转录。
启动位点是基因转录的实际起始位点。
它位于TATA盒的下游，可以是在十几个碱基对(bp)范围内。
在启动位点及其附近的DNA区域上，转录因子和RNA聚合酶形成复合物，构成转录复合物。
转录复合物会通过裸露DNA的双链断裂位置，开始合成RNA链。
启动子的特异性和调控是由转录因子的选择性结合决定的。
转录因子是一类能够与特定的DNA序列结合的蛋白质，它们通过与DNA结合，调节基因的表达。
转录因子通常分为激活子和抑制子两类。
激活子能够促进基因转录的起始，而抑制子则具有相反的效应，抑制基因的转录。
除了TATA盒和启动位点之外，一些启动子还含有其他增强子和减弱子等调控序列。
增强子能够增强基因的表达，而减弱子则具有相反的效应。
这些调控序列可以通过与转录因子相互作用，参与基因表达的调控网络，控制基因的时空表达模式。
总之，启动子是基因表达的重要调控元件，它位于转录起始位点上游，定位并促进RNA聚合酶在合适的位置进行转录。
启动子的名词解释
启动子的名词解释
启动子（promoter）是一种特殊的DNA序列，它位于基
因前面，并且可以被RNA聚合酶结合。
它可以引导转录机分
子进入基因，从而促进基因的转录，从而产生蛋白质，启动子的功能对于生物体的正常功能至关重要。
启动子的构成通常由一系列特定的DNA序列组成，其中
最重要的是核糖体结合位点（TATA盒）和起始子因子结合位点（InR）。
TATA盒可以被RNA聚合酶结合，并开始转录，而InR可以识别起始子因子，并将其结合到受体上，从而促进转录反应。
此外，启动子还可以激活或抑制基因转录，这取决于DNA序列的类型。
在生物体中，启动子的功能非常重要，它可以影响基因表达的水平，可以控制蛋白质的产生，也可以促进基因的转录。
因此，启动子的正常功能对于维持生物体的正常运行至关重要。
总之，启动子是一种特殊的DNA序列，其功能对于维持
生物体的正常运行至关重要。
启动子的研究可以帮助我们了解基因表达的机制，也可以为治疗基因相关疾病提供新的思路。
因此，启动子的研究具有重要的实际价值，未来还有很多的潜力可以开发。
启动子
启动子启动子是DNA链上一段能与RNA聚合酶结合并起始RNA合成的序列，它是基因表达不可缺少的重要调控序列。
没有启动子，基因就不能转录。
由于细菌RNA聚合酶不能识别真核基因的启动子，因此原核表达载体所用的启动子必须是原核启动子。
原核启动子是由两段彼此分开且又高度保守的核苷酸序列组成，对mRNA 的合成极为重要。
在转录起始点上游5～10 bp处，有一段由6～8个碱基组成，富含A和T的区域，称为Pribnow 盒，又名TATA 盒或－10区。
来源不同的启动子，Pribnow 盒的碱基顺序稍有变化。
在距转录起始位点上游35 bp处，有一段由10 bp组成的区域，称为-35区。
转录时大肠杆菌RNA聚合酶识别并结合启动子。
-35区与RNA聚合酶s亚基结合，-10区与RNA聚合酶的核心酶结合，在转录起始位点附近DNA被解旋形成单链，RNA聚合酶使第一和第二核苷酸形成磷酸二酯键，以后在RNA聚合酶作用下向前推进，形成新生的RNA链。
原核表达系统中通常使用的可调控的启动子有Lac(乳糖启动子)、Trp(色氨酸启动子)、Tac(乳糖和色氨酸的杂合启动子) 、lPL (l噬菌体的左向启动子)、T7噬菌体启动子等。
（1）Lac启动子：它来自大肠杆菌的乳糖操纵子，是DNA分子上一段有方向的核苷酸序列，由阻遏蛋白基因(LacI)、启动基因(P)、操纵基因(O)和编码3个与乳糖利用有关的酶的基因结构所组成。
Lac启动子受分解代谢系统的正调控和阻遏物的负调控。
正调控通过CAP(catabolite gene activation protein)因子和cAMP来激活启动子，促使转录进行。
负调控则是由调节基因产生LacZ阻遏蛋白，该阻遏蛋白能与操纵基因结合阻止转录。
乳糖及某些类似物如IPTG可与阻遏蛋白形成复合物，使其构型改变，不能与O基因结合，从而解除这种阻遏，诱导转录发生。
（2）trp启动子：它来自大肠杆菌的色氨酸操纵子，其阻遏蛋白必须与色氨酸结合才有活性。
启动子名词解释
启动子名词解释启动子是一种基因组中的特殊序列，它在转录过程中起到了重要的作用。
启动子位于基因的上游区域，通常位于转录起始点的附近。
它的主要功能是为RNA聚合酶提供一个结合位点，从而启动基因的转录过程。
启动子的结构和序列对基因的表达水平和模式起着决定性的作用。
在本文中，我们将讨论启动子的结构、功能以及它在基因调控中的重要性。
启动子的结构。
启动子通常由一系列特定的DNA序列组成，这些序列被称为转录因子结合位点。
这些结合位点是一些特定的蛋白质（转录因子）的结合位点，它们能够与RNA聚合酶和其他调控因子相互作用，从而调控基因的转录。
启动子的结构是非常复杂的，它通常由多个转录因子结合位点组成，这些结合位点之间存在着复杂的相互作用关系。
此外，启动子的结构还受到DNA甲基化、染色质结构和其他表观遗传学修饰的影响。
启动子的功能。
启动子的主要功能是为RNA聚合酶提供一个结合位点，从而启动基因的转录。
在转录过程中，转录因子能够与启动子上的结合位点相互作用，从而招募RNA聚合酶和其他调控因子，形成一个转录复合物。
这个复合物能够在启动子上形成一个开放的DNA结构，从而使RNA聚合酶能够进入并开始转录过程。
此外，启动子还能够调控基因的表达水平和模式，它能够受到外部信号的调控，从而使基因的表达适应不同的环境条件。
启动子在基因调控中的重要性。
启动子在基因调控中起着非常重要的作用。
它能够决定基因的表达水平和模式，从而影响细胞的功能和特性。
启动子的异常结构或功能可能导致基因的异常表达，从而引起一系列疾病。
因此，对启动子的研究不仅有助于理解基因的调控机制，还有助于发现新的药物靶点和疾病诊断标志物。
启动子的研究方法。
对启动子的研究是基因组学和表观遗传学研究的重要内容。
目前，研究人员利用多种方法来研究启动子的结构和功能。
其中，常用的方法包括DNA测序、染色质免疫共沉淀、甲基化特异性PCR和转录组学分析等。
这些方法能够揭示启动子的结构和功能，从而为基因调控的研究提供重要的信息。
启动子的概念高中
启动子的概念高中启动子是指一段特定的DNA序列，可以在转录过程中被RNA聚合酶识别并结合，从而启动基因的转录。
在高中生物中，启动子是一个重要的概念，对于理解基因的表达和调控具有重要意义。
在进一步解释启动子的概念之前，我们首先需要了解一些基本的生物概念。
DNA 是生物体内一种包含着遗传信息的大分子，是基因的主要组成部分。
基因是指一段DNA序列，能够编码蛋白质的信息。
而转录是指从DNA合成RNA的过程，是基因表达的第一步。
在这个过程中，启动子起到非常关键的作用。
启动子位于基因的上游区域，位于转录起始位点的附近。
它是由一系列特定的核酸序列组成，这些序列能够识别和结合RNA聚合酶。
一旦RNA聚合酶与启动子特定序列结合，它就能够开始从DNA模板合成RNA，即完成转录过程。
启动子有几个重要的特点：1. 启动子是多态性的：在不同基因和不同生物体中，启动子的序列可变性非常大。
不同基因的启动子序列可以完全不同，甚至同一个基因在不同生物体中的启动子序列也可能存在差异。
这种多态性使得启动子能够实现基因特异性的表达和调控。
2. 启动子具有保守性：尽管启动子序列在不同基因和不同生物体中存在多样性，但其中一些关键的核酸序列是高度保守的。
例如，在人类和小鼠中，一些启动子序列的核酸组成可能完全相同。
这种保守性可以确保RNA聚合酶能够准确地结合到正确的启动子上，从而实现基因的正常转录。
3. 启动子对转录表达的调控具有重要意义：除了作为转录开始的位置，启动子在调控基因转录的过程中也扮演着重要的角色。
启动子序列中的某些核酸可以与其他转录因子（转录调控因子）结合，从而激活或抑制基因的转录。
这些转录调控因子和启动子之间的相互作用非常复杂，能够使基因在特定的细胞类型或环境条件下进行表达。
启动子的研究对于我们理解基因表达和调控机制具有重要的意义。
通过研究启动子序列和转录调控因子的相互作用，可以帮助我们解析基因调控网络，揭示基因在不同细胞和组织中的表达模式。
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启动子是在DNA转录为RNA这一步过程中发挥作用的， 在此要与DNA自身复制起始点（称作复制子）和由mRNA翻译 为蛋白质时的翻译起始点（以起始密码子ATG为标志）区别 开来。
1.2 启动子的认识
传统的启动子理论认为人类每个基因平均拥有约一 个启动子且启动子上供读取信息的起始点只有一个、一 个启动子只能转录出一种 RNA 。然而，来自日本理化 研究所等机构的研究人员近日在《自然·遗传学》杂志 上发表论文说，他们分析了约 1400 万条 RNA 链，并 以此为线索研究这些 RNA 链是从 DNA 的哪个部位开始 转录而成的。研究人员在此基础上确定，人类 DNA 拥 有的启动子数量超过 19 万个，平均每个基因至少有 5 个启动子。
欢迎讨论!
红框内为预测的CpG岛，在进行缺失实验时，可以保留此区域的完整性。
3 缺失片段的构建
1 利用文献中报道的顺式作用元件和转录因子进行缺失； 2 利用物种之间一些保守的模块或基序对启动子进行缺失。
3.1 顺式作用元件的预测
得到启动子序列后,克隆进没有启动子载体pGL3或者 pTAL-luc中去，转染细胞, 测定荧光活性，如果有很强的活 性,那么说明你已经成功克隆到了该基因的基本启动子然后可 以通过5‘非翻译区一系列的缺失突变，不断把范围缩小,找 到一段最短且具有基本调控功能的启动子区域。 可以通过一些顺式作用元件的预测对启动子进行缺失。 利用在线的软件预测顺式作用元件的位点,每个在线软件都有 自己独特的算法分析,得到的结果并不都是可靠的,每个软件 都有自己的优势，需要多综合一些软件预测的结果,并通过分 析预测出来的转录因子是不是和该基因有功能上的联系等做 进一步的选择，继续做下面的验证实验。
2. CHIP实验在体内验证顺式作用元件同反式作用因子的结合
当EMSA实验得到阳性结果后,还是不能最后肯定该反式作 用因子和该顺式作用元件有结合.毕竟体外的结合并不能代表 生理条件下的结合.接下来就要用染色质免疫沉淀(ChIP) 技 术来证实在体内的生理条件下该顺式作用元件和该反式作用 因子是有结合的.
研究人员还发现，即使是同一个启动子，根据读 取遗传信息的起始点不同，转录出的 RNA 种类也存 在差异。研究显示，拥有多个起始点的启动子约占启 动子总数的 77%。或两种以上的顺式元件，这些元件 的种类、数量以及彼此之间的顺序与距离都可能影响 基因的转录与否或转录程度。
1.3 核心启动子的介绍
核心启动子：RNA聚合酶与转录起始复合物集合的部位。 分为集中型和分散型。在集中型转录起始作用里，基因转录 从一个或很少几个核苷酸位点处开始；而在弥散型转录起始 作用里，在一段长约50-100bp的“广阔范围”里会同时存在 好几个转录起始位点，不过每一个转录起始位点的转录起始 作用都比较弱，有一些启动子同时具有这两种转录起始作用。
CpG表示核苷酸对，其中G在DNA链中紧随C后。CpG对很 少出现在人类基因中。然而，在许多基因的启动子（promotor） 或“起始”区域周围，甲基化经常被抑制。这些区域包含浓度 相对较高的CpG对，与此段区域对应的染色体区段一起被称作 CpG岛。 CpG岛所在的位置，有可能是核心启动子存在的区域。 预测网站/cgibin/methprimer/methprimer.cgi
二 启动子区域的查找以及分析
2.1克隆全长启动子
2.1.1利用数据库查找所要研究的启动子。 通常情况下，我们认为启动子区域在基因翻译起始位点ATG 往前大约2000bp。根据研究，有些重要的调控元件也存在于第 一外显子内，一般在ATG的下游再取200bp。 首先介绍利用NCBI数据库进行查询。
41640324代表ATG所在的位置
2012.11.22
一.启动子相关介绍
1.1 启动子的概念
启动子：一段能被RNA聚合酶特异性识别和结合，能正 确有效的起始转录的一段DNA调控序列，一般位于基因5端 上游区域。真核生物具有三种RNA聚合酶，而RNA 聚合酶Ⅱ 型启动子在真核生物中最为常见，也最为复杂。有多复杂？ 比如，有包括TATA框、GC框等多种元件；比如存在远端调 控序列；比如通过多种转录因子间接与RNA聚合酶结合。
图1：核心启动子机制图
弥散型核心启动子往往只含有集中型启动子部分的核心元件， 没有固定的核心元件及核心调控模式，其调控模式比集中型要复 杂得多。
图2.分散型核心启动子机制
1.4 研究启动子的意义
研究启动子的意义：研究启动子的功能序列对于基 因表达调控机制的研究具有十分重要的意义，能使外源 基因高效，准确，长期稳定地在目的部位表达的启动子 序列是基因治疗和基因工程研究的热点之一。
3.1.1 转录因子的查找
下面为免费预测网站： http://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html /cgi-bin/tess/tess 以TESS为例预测转录因子
同样在首页，通过下面的方框，你可以查找一些转录因子的 相关信息。
3.2 预测保守基序
如果不能确定该基因启动子的转录因子和顺式作 用元件，可以通过启动子中保守的模块进行缺失。该 方法利用物种之间的序列比对，找寻序列中保守的模 块进行缺失。（/meme/）
填入所要比对的序列
相同颜色的方块为相同的基序，.2 核心启动子中重要元件 虽然在脊椎动物启动子中集中型启动子只占很小的比 例，但绝大部分对RNA聚合酶Ⅱ转录机制的研究都是在集 中型启动子上开展的，很少有人关注弥散型启动子，这主 要是因为受集中型启动子调控的基因在生物学中具有更加 重要的意义。 科学家们通过对集中型核心启动子（core promoter） 的分析发现了各种重要的基序，比如TATA盒、BRE”位于 TFⅡB”因子识别位点上游的一段序列、起始子、基序十 元件（MTE）、下游启动子元件（DPE）、下游核心元件 (DCE)以及X核心启动子元件1（XCPE1）等。与集中型启 动子不同，弥散型启动子一般都缺乏BRE、TATA、DPE和 MTE等基序。所以这两种启动子发挥作用的原理很有可能 存在根本性的差别。
1.3.1 核心启动子的分类 集中型启动子可见于所有生物体基因组内，在较低等 的生物体内这种转录起始作用几乎是唯一的一种基因转录 起始机制。不过在脊椎动物体内，大约有70%的基因都受到 弥散型启动子的控制，这些基因常见于CpG岛内。一般来 说，集中型启动子主要见于受调控基因（regulation gene）, 而弥散型启动子多见于组成型基因（constitutive gen）。
应用UCSC/Ensembl查找基因启动子(promoter) 网址：
2.2 启动子的甲基化预测
CpG岛(CpG island)：CpG双核苷酸在人类基因组中的 分布很不均一，而在基因组的某些区段，CpG保持或高于正 常概率，这些区段被称作CpG岛,在哺乳动物基因组中的1-2kb的DNA片段，它富含非甲基化的CpG双倍体。CpG岛主要 位于基因的启动子（promotor）和第一外显子区域，约有 60%以上基因的启动子含有CpG岛。GC含量大于50%,长度超 过200bp。 CpG岛经常出现在真核生物的house-keeping基因的调控 区，在其它地方出现时会由于CpG中的C易被甲基化而形成 5'-甲基胞嘧啶，脱氨基后形成胸腺嘧啶，由于T本身就会 存在于DNA中，因此不易被修复，所以被淘汰。故CpG在 基因组中是以岛的形式分布的。
3.1.2 转录因子的验证
1. EMSA实验在体外验证顺式作用元件同反式作用因子的结合
反式作用因子一般指的就是转录因子,顺式作用元件一般 是指转录因子和启动子结合的那部分序列,一般是10-20bp左 右.点突变证实该顺式作用元件对于启动子活性是有影响的, 接下来就要用EMSA实验验证反式作用因子和该顺式作用元件 在体外是有直接结合的,反式作用因子可以用细胞核抽提物做， 也可以用体外表达纯化的蛋白，也可以用该反式作用因子的 抗体做Super shift 实验，进一步证实该证顺式作用元件同 反式作用因子的特异性结合。