三维定量构效关系ppt课件
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定量结构- 活性关系(Quantitative Structure-Activity Relationship,QSAR)是一种研究化学物质结构与生物活性之间关系的数学模型。
QSAR 模型可以帮助我们预测化合物的生物活性、毒性、代谢稳定性等性质,从而在药物设计、化学品评估和环境风险评估等领域发挥作用。
二维QSAR 模型主要基于化合物的二维结构信息(如分子式、原子类型、键长等)与其生物活性之间的关系。
常见的二维QSAR 方法包括:基于量子化学的描述子、基于机器学习的算法(如支持向量机、神经网络等)以及基于统计方法的回归分析等。
三维QSAR 模型则进一步考虑了化合物的三维空间结构,通常采用分子对接技术、分子模拟方法以及人工智能算法等,从而更精确地描述化合物与生物靶点之间的相互作用。
三维QSAR 模型可以提供更准确的活性预测,但在计算复杂度和数据需求方面也相对较高。
以下是一个简单的二维QSAR 模型示例,使用MATLAB 编写:
1. 准备数据:首先,你需要一个包含化合物结构及其生物活性的数据集。
数据集通常包括分子的二维结构信息(如原子类型、键长等)以及对应的生物活性值(如IC50、Kd 等)。
2. 特征提取:使用适当的方法从化合物的二维结构中提取特征。
这些特征可以包括原子电荷、原子立体化学、键长、键角等。
3. 模型训练:根据提取的特征和生物活性数据,选择合适的机器学习算法(如支持向量机、神经网络等)训练模型。
4. 模型评估:使用交叉验证或其他方法对模型进行评估,确定模型的预测性能。
5. 活性预测:将训练好的模型应用于新的化合物结构,预测其生物活性。
分为三部分内容:1定量构效关系及研究现状2二维定量构效关系的概念模式及研究方法3三维定量构效关系研究一、定量构效关系及研究现状1、定量构效关系(QSAR)就是定量的描述和研究有机物的结构和活性之间的相互关系。
最初它作为药物设计的一个研究分支,是为了适应合理设计生物活性的需要发展起来的。
近二三十年,特别是计算机的发展和应用使QSAR研究提高到一个新的水平,其应用范围也在迅速扩大。
2、目前,QSAR在药物、农药、化学毒剂、环境毒理学等领域得到广泛的应用。
QSAR在药物和环境研究领域具有两方面的功能:根据所阐明的构效关系的结果,为设计、筛选或预测生物活性化合物指明方向根据已有的化学反应知识,探求生理活性物质与生物体的相互作用规律,从而推论生物活性所呈现的机制3、QSAR的发展主要历程了三个阶段:早期朴素认识很早以前,人们就已经认识到物质的反应性与其结构之间存在着一定的关系。
由于当时对物质认识水平肤浅,这种对结构--活性的认识是最朴素最原始的。
定性阶段Crum-Brown和Frazer开创了结构-活性定量关系研究的先河,他们认为化合物的生物活性与结构之间有某种函数关系Ψ=f(C)定量阶段Hansch等人从研究取代基与活性的关系出发,建立了线性自由能模型,从而使构象关系的研究从定性构效关系转向定量构效关系。
4、目前QSAR研究呈现三个方面的的特点:综合性QSAR的研究越来越多的借助数学、化学、生物等学科的理论和方法理论性主要是量子化学、量子生物学的理论应用于QSAR方程程序化即专家系统和数据库的开发和研制二、二维定量构效关系的概念模式及研究方法1、QSAR的研究程序包括五个主要步骤:选择合适的待测数据资料,建立待测数据库。
从数据库中选择合适的分子结构参数及欲研究的活性参数选择合适的方法建立结构参数与活性参数间的定量关系模型模型检验,选择更好的结构参数或建模方法,使模型更优化;同时需给出模型的约束条件和误差范围实际应用,预测新化合物的活性2、自从Hansch在1964年构建了线性自由能关系模型形成QSAR以来,经过许多研究者的努力当前已有多种QSAR模型,大致可分为两种:数值模型和推理模型,在这里我们主要介绍数值模型。