TASSEL的简介及遗传关系对表型变异贡献的分析方法_杨小红
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关联分析的一般方法关联分析的般方法杨小红中国农业大学国家玉米改良中心2011.5.25一、候选基因关联分析(TASSEL V2.1)二、全基因组关联分析(TASSEL V3.0)二全基因组关联分析(V30数据输入123SNP抽提3124SNP抽提结果位点序号与实际序号差1InDel 抽提3124InDel抽提结果SNP InDel与的整合13 2SNP与InDel的导出1324LD分析1324LD plot132LD decay的绘制多态性位点、群体结构、表型的整合多态性位点群体结构表型的整合312整合数据的核对31241212Manhanttan图单个位点所解释的表型变异R2──ANOVA (Excel)R2=SS intergroup/SS overall单因素方数据数据分析差分析单倍型分析134 25数据的输入12数据的导出12基因型数据的抽提3124基因型数据抽提结果群体结构的设置2413分析表型的设置1243基因型表型群体结构的整合基因型、表型、群体结构的整合12ctrl整合数据的核对运行——GLM1234GLM1结果GLM结果2运行——MLM_P3D&Compression 312MLM——Compression1p结果MLM——Compression2p结果MLM——Compression3p结果最优Compression 的选择2760278027202740L k266026802700‐2L n 262026401.0 1.52.33.4 5.2 7.8 11.9 22.7 250.0Compression运行——MLM_P3D&No Compression123MLM_P3D&No Compression结果QQ plot_TASSEL13 2Manhattan plot TASSELp_132数据输入Obp1Obp2观察值p预测值定义数据标记定义坐标轴格式绘图程序QQ plot_SAS结果。
第一章绪论一、名词1、毒理学: 研究所有外源因素对生物系统的损害作用、生物学机制、安全性评价与危险性分析的科学。
2、毒物: 是指较低的剂量进入机体后能引起疾病或危及生命的物质。
二、选择1、描述毒理学直接关注的是——,以期为安全性评价和危险度管理提供信息。
AA、毒性鉴定B、接触毒物时间C、接触毒物剂量D、毒性强弱E、以上全是2、经典的毒理学研究对象是A、核素B、细菌C、病毒D、各种化学物质E、以上都是3、外源化学物的概念A、存在于人类生活和外界环境中B、与人类接触并进入机体C、具有生物活性,并有损害作用D、并非人体成分和营养物质E、以上都是三、填空1、毒理学研究领域主要分为描述毒理学、机制毒理学和管理毒理学2、动物实验的“3R”法分别是优化、减少和取代第二章毒理学基本概念一、名词1、外源化学物:是在人类生活的外界环境中存在、可能与机体接触并进入机体,在体内呈现一定的生物学作用的化学物质,又称为“外源生物活性物质”。
2、毒性:是指化学物引起有害作用的固有的能力。
3、毒物:在一定的条件下,以较小剂量进入机体就能干扰正常的生化过程或生理功能,引起暂时或永久性的病理改变、甚至危及生命的化学物质。
4、靶器官:毒物被吸收后随血流到全身各组织器官,但起发挥毒作用的部位则只限于一个或几个组织器官,毒物直接发挥作用的器官称为靶器官。
5、生物学标志:是指外源化学物通过生物学屏障进入组织或体液后,对该化学物或其代谢产物、以及它们所引起的生物学效应的测定指标。
6、暴露生物学标志:是测定组织、体液或排泄物中的外源化学物、其代谢物或与内源性物质的反应产物,作为吸收剂量或靶剂量的指标,可提供有关化学物质暴露的信息。
7、效应生物学标志:指机体中可测出的生化、生理、行为或其他改变的指标。
8、易感生物学标志:是关于个体对外源化学物的生物易感性的指标,反映机体先天具有或后天获得的对暴露外源性物质产生反应能力的指标。
9、量反应:此类效应的观察结果为计量资料,有强度和性质的差别,可用某种测量的数值表示。
国内外羊胎素研究综述近年来,羊胎素作为一种生物活性物质,在医学和保健领域引起了广泛关注。
羊胎素是从羊胎盘中提取的一种生物活性物质,含有丰富的营养成分和生长因子。
它具有促进细胞再生和修复、增强免疫力、延缓衰老等多种功效。
本文将综述国内外羊胎素研究的进展和应用前景。
一、羊胎素的提取和成分分析羊胎素的提取方法主要有酸性水解法、酶解法和超声波辅助法等。
酸性水解法是目前应用最广泛的提取方法,通过酸性水解可以将羊胎素中的蛋白质、多糖、脂类等成分分离出来。
而酶解法则是使用特定的酶对羊胎素进行水解,以提取出其中的活性肽和生长因子。
超声波辅助法则是利用超声波的作用,加速羊胎素中生物活性物质的释放和提取。
羊胎素的成分分析研究表明,其主要成分包括多肽、生长因子、维生素、氨基酸、矿物质等。
其中,多肽是羊胎素的主要活性成分,具有促进细胞再生和修复的作用。
生长因子则能够刺激细胞分裂和增殖,加速伤口愈合和组织修复。
二、羊胎素在医学领域的应用羊胎素在医学领域有广泛的应用前景。
研究发现,羊胎素具有抗炎、抗氧化、抗菌等作用,可以用于治疗皮肤炎症、创伤愈合和感染等。
同时,羊胎素还具有调节免疫功能的作用,可以增强机体的免疫力,预防和治疗免疫系统相关的疾病。
此外,羊胎素还被广泛应用于抗衰老领域。
研究发现,羊胎素中的生长因子可以刺激胶原蛋白的合成,提高皮肤弹性和紧致度,减少皱纹和色斑的出现。
因此,羊胎素成为了许多抗衰老产品的重要成分。
三、国内外羊胎素研究的进展国内外对羊胎素的研究正在不断深入。
目前,研究人员主要关注羊胎素的提取方法、成分分析和生物活性研究。
通过不断改进提取方法,提高羊胎素的纯度和活性,为其应用提供更好的基础。
同时,对羊胎素中的活性成分进行深入研究,探索其作用机制和应用前景。
国内外羊胎素的研究成果已经取得了一定的突破。
研究人员发现,羊胎素中的活性成分可以促进神经细胞的再生和修复,对神经系统疾病具有潜在的治疗作用。
此外,羊胎素还可以改善心血管功能,预防和治疗心血管疾病。
玉米自交系的遗传多样性分析及杂种优势群划分摘要:收集具有丰富遗传多样性的种质资源是玉米育种的前提,通过对资源进行杂种优势群的划分可以显著提高育种效率。
本研究利用135对InDel分布在玉米10条染色体上的分子标记引物,系统分析了491份玉米自交系的遗传多样性,结果显示标记多态性信息量变化范围为0.255~0.678。
通过计算遗传相似值(GS),上述材料被划分成8个包括Reid 群、Lancaster群、四平头群和PB群的杂种优势群。
本研究结果为组配优良玉米杂交种提供了遗传信息。
关键词:玉米;分子标记;遗传多样性;杂种优势群;遗传相似性;InDel标记中图分类号:S513.03文献标志码:A文章编号:1002-1302(2015)11-0107-03收稿日期:2015-08-24基金项目:江苏省自然科学基金(编号:BK20141385);江苏省农业科技自主创新资金[编号:CX(13)3060]。
作者简介:林峰(1978―),男,博士,助理研究员,主要从事遗传育种研究。
E-mail:flinlc@。
通信作者:赵涵,博士,研究员,主要从事作物遗传育种研究。
Tel:(025)84390751;E-mail:zhaohan@。
杂种优势是指2个遗传组成不同的生物体杂交后的杂种一代在生长势、生活力、抗逆性、产量及品质等方面优于双亲的现象。
利用杂种优势获得总体性状优于亲本的杂交种是现代育种的重要手段之一。
而杂种优势群集中了大量有利基因,群间自交系杂交时往往可以获得较大的杂种优势。
因此,杂种优势群的划分有助于自交系改良和杂交种选配,对杂交育种具有重要意义。
玉米是典型的异交作物,杂种优势明显。
玉米中最早的一对杂种优势模式是Reid×Lancaster,2003年,Hallauer提出了BSSS-Tuxpeno和non-BSSS-non-Tuxpeno两个杂种优势列(Heterotic Alignment)的概念,又称SS和NSS群[1],这一模式大大促进了玉米种质的扩增、改良和创新,得到了广泛应用。
作物学报ACTA AGRONOMICA SINICA 2021, 47(6): 1114 1123 / ISSN 0496-3490; CN 11-1809/S; CODEN TSHPA9E-mail: zwxb301@DOI: 10.3724/SP.J.1006.2021.02047广西水稻地方品种核心种质稻瘟病抗性位点全基因组关联分析陈灿**农保选**夏秀忠张宗琼曾宇冯锐郭辉邓国富李丹婷*杨行海*广西农业科学院水稻研究所 / 广西水稻遗传育种重点实验室, 广西南宁 530007摘要: 稻瘟病是水稻重要病害之一, 严重影响水稻的产量与品质。
培育抗性品种是防治稻瘟病最经济、环保的方式。
稻瘟病抗性基因的鉴定与挖掘是开展抗病育种的基础与前提。
本课题组前期对419份广西水稻地方品种核心种质进行简化基因组测序, 获得208,993个高质量SNP标记。
本研究采用苗期喷雾接种方法, 研究了该419份核心种质对7个稻瘟病生理小种的抗性, 并根据表型和基因型数据, 利用一般线性模型(general linear model, GLM)和混合线性模型(mixed linear model, MLM)进行全基因组关联分析。
2种模型下共检测到20个位点, 其中GLM检测到20个位点, MLM检测到1个位点, Chr12_10803913位点在2种模型下都检测到。
17个位点与前人定位的基因/QTLs重叠, 其余3个是新位点, 分别为Chr3_18302718、Chr3_18302744及Chr5_10379127位点。
在20个显著关联位点上下游各150 kb的基因组区域中共筛选出候选基因323个, 初步确定8个候选基因与抗病相关, 其中LOC_Os12g18360 (Pita)、LOC_Os12g18729 (Ptr)为已知克隆的基因, LOC_Os03g32100、LOC_Os03g32180和LOC_Os05g18090为新位点附近筛选到的候选基因。
Vol. 36,No. 4Apr- 20212021年4月第36卷第4期中国粮油学报Journal of the Chinese Cereals and Oils Association 黑龙江省种植大豆品种遗传多样性 分析及与性状关联SSR 标记筛选李志江2,牛江帅4李忍1姜鹏1鹿保鑫1张东杰1阮长青V(黑龙江八一农垦大学食品学院S 大庆163319)(北大荒现代农业产业技术省级培育协同创新中心2,大庆163319)(黑龙江省杂粮加工及质量安全工程技术研究中心3,大庆163319)(黑龙江八一农垦大学生命科学技术学院4,大庆163319)摘要为从分子水平鉴定黑龙江省种植大豆7种的遗传多样性,并筛选与蛋白质、脂肪、百粒重和水分等大豆主要性状显著关联的SSR 分子标记,利用18对SSR 引物,采用荧光毛细管电泳法分析黑龙江省75个种植大豆7种遗传多样性,并与性状进行关联分析。
结果表明:18个SSR 标记中的10个标记可以实现单对引物准确鉴别42个大豆7种,18个SSR 标记的等位变异的数目变化为3 (Satt387) -12个(Satt100),平均每个 位点等位变异数为7- 333个,多态信息指数范围为0-146( Sat_084) -0- 675 ( Satt442),平均多态信息指数为0- 405 ;群体结构分析发现,该群体分为3个亚群;性状关联分析表明,标记Satt175和Satt100与脂肪存在显著关联,标记Satt514和Satt294与百粒重存在显著关联,其中Satt294与百粒重和水分均存在显著关联。
研究结 果为探索大豆7种间的亲缘关系,挖掘大豆相关性状的关联位点,验证大豆种质资源的真实性,以及保障黑龙江省大豆7牌和食7安全提供参考。
关键词 大豆 SSR 标记 毛细管电泳 遗传多样性 关联分析中图分类号:S565- 1 文献标识码:A 文章编号/003 -0174(2021)04 -0037 -08网络首发时间:2020 -12 -15 11 :29 :35网络首发地址:https ://kns. cnki. net/kcms/detail/11.2864. TS. 20201214. 1242. 018. html黑龙江省是我国重要的大豆产区,脂肪和蛋白质等专用型大豆品种较多,但存在品种繁多乱杂、越区种植和混合种植等现象,严重影响了黑龙江省 大豆的产量和质量,导致品牌保护难、种植和食用 安全性低等问题⑴。
填空:1.青蒿素青蒿素是从植物黄花蒿茎叶中提取的2011年9月,中国女药学家屠呦呦因创制新型抗疟药———青蒿素和双氢青蒿素的贡献,获得被誉为诺贝尔奖“风向标”的拉斯克奖。
这是中国生物医药领域界迄今为止获得的世界级最高级大奖青蒿素衍生物:双氢青蒿素,蒿甲醚,青蒿琥酯,蒿乙醚青蒿素的剂型:片剂栓剂水混悬剂2.阿司匹林阿司匹林是从柳树皮中提取的水杨酸合成的阿司匹林又称乙酰水杨酸阿司匹林为水杨酸和乙酸(醋酸)所成的酯药理作用【临床应用】:解热,镇痛,抗炎抗风湿,抗血栓形成不良反应:胃肠刺激,影响血凝,水杨酸反应,过敏反应,瑞夷综合症,肝、肾损害,胃溃疡,哮喘者禁用。
(写4-5个)课本 p.213简答:1.药学发展四个阶段 p.3~p.4第一阶段:从药学起源的远古时代一直持续到19世纪末,在这个阶段人们主要利用天然药物。
德国化学家塞特纳从鸦片中提取分离出第一个活性成分——吗啡,它的活性是鸦片的10倍,这是现代药学的一个里程碑。
第二阶段:从19世纪末药物合成的兴起至20世纪50年代,化学药物领域。
磺胺药、抗生素的发现与大量使用成为了药物发展史上的第一次飞跃。
第三阶段:20世纪50~60年代。
60年代开始,β-肾上腺素受体拮抗剂普萘洛尔、H2受体拮抗剂雷尼替丁等药物的发现成为药物发展史上第二次飞跃的标志。
“反应停”事件。
第四阶段:20世纪70年代以来,生物技术药物的发展时期。
1977年,Hirose 和Itakura用基因工程法表达了生长抑素,这是人类第一次用基因工程法生产具有药用价值的产品,标志着基因工程药物开始走向实用化阶段。
2.药物分析基本任务 p.255(1)药物成品的化学检验工作;(2)药物生产过程的质量控制;(3)药物贮存过程的质量考察;(4)临床药物分析工作;(5)药品质量标准的研究和制定3.合理用药的病人因素(性别,年龄,营养状况、个体差异、疾病、遗传)P3944.合理用药十大核心信息(最少记五点)一、合理用药是指安全、有效、经济地使用药物。