原核基因表达调控综述
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第14章原核生物基因的表达调控重点:操纵子的结构特点和功能;乳糖操纵子的正负调控;色氨酸操纵子的衰减作用。
难点:色氨酸操纵子的衰减作用。
第一节基因调控的基本定律一、基因调控水平二、基因和调控元件三、DNA结合蛋白一、基因调控水平基因表达的调控可以发生在DNA到蛋白质的任意节点上,如基因结构、转录、mRNA 加工、RNA的稳定性、翻译和翻译后修饰。
二、基因和调控元件基因:是指能转录成RNA的DNA序列。
结构基因:编码代谢、生物合成和细胞结构的蛋白质。
调节基因:产物是RNA或蛋白质,控制结构基因的表达。
其产物通常是DNA结合蛋白。
调控元件:不能转录但是能够调控基因表达的DNA序列。
三、DNA结合蛋白调控蛋白通常含有与DNA结合的结构域,一般由60-90个氨基酸组成。
在一个结构域中,只有少数氨基酸与DNA接触。
这些氨基酸(包括天冬氨酸、谷氨酸、甘氨酸、赖氨酸和精氨酸)常与碱基形成氢键,或者与磷酸核糖骨架结合。
根据DNA结合结构域内的模体,可以将DNA结合分成几种类型(图16.2)。
第二节大肠杆菌的乳糖操纵子一、操纵子结构二、正负调控三、乳糖操纵子四、lac突变五、正控制一、操纵子结构原核和真核生物基因调控的主要差异在于功能相关的基因的组成。
细菌的功能相关的基因常常排列在一起,并且由同一启动子控制。
一群一起转录的细菌的结构基因(包括其启动子和控制转录的额外序列)称为操纵子。
二、正负调控转录水平上的调控主要有两种类型:负调控:gene ON 阻遏蛋白 OFF正调控:gene OFF 激活蛋白 ON诱导:活性阻遏蛋白 失活诱导因子+非活性激活蛋白 活性阻遏:失活阻遏蛋白 活性共阻遏蛋白+活性激活蛋白 失活三、乳糖操纵子乳糖操纵子是诱导型操纵子,当诱导物不存在时,阻遏蛋白结合到操纵序列上并阻止转录;当诱导物存在时,阻遏蛋白与诱导物结合后失去活性,转录才得以进行。
四、lac突变为了鉴定乳糖操纵子各个成分的功能,Jacob和Monod做了细菌的接合实验,其中供体菌的F’因子上也带有乳糖操纵子。
原核生物基因表达调控概述基因表达调控是生物体内基因表达调节控制机制,使细胞中基因表达的过程在时间,空间上处于有序状态,并对环境条件的变化做出适当的反应复杂过程。
1.基因表达调控意义在生命活动中并不是所有的基因都同时表达,代谢过程中所需各种酶和蛋白质基因以及构成细胞化学成分的各种编码基因,正常情况下是经常表达的,而与生物发育过程有关的基因则需在特定的时空才表达,还有许多基因被暂时的或永久的关闭而不来表达。
2.原核基因表达调控特点原核生物基因表达调控存在于转录和翻译的起始、延伸和终止的每一步骤中。
这种调控多以操纵子为单位进行,将功能相关的基因组织在一起,同时开启或关闭基因表达即经济又有效,保证其生命活动的需要。
调控主要发生在转录水平,有正、负调控两种机制在转录水平上对基因表达的调控决定于DNA的结构,RNA 聚合酶的功能、蛋白质因子及其他小分子配基的相互作用。
细菌的转录和翻译过程几乎在同一时间内相互偶联。
细胞要控制各种蛋白质在不同时期的表达水平,有两条途径:(1)细胞控制从其DNA模板上转录其特异的mRNA的速度,这是一条经济的途径,可减少从mRNA合成蛋白质的小分子物质消耗,这是生物长期进化过程中自然选择的结果,这种控制称为转录水平调控。
(2)在mRNA合成后,控制从mRNA翻译肽链速度,包括一些与翻译有关的酶及其复合体分子缔合的装配速度等过程。
这种蛋白质合成及其基因表达的控制称为翻译水平的调控。
二.原核生物表达调控的概念(1)细菌细胞对营养的适应细菌必须能够广泛适应变化的环境条件。
这些条件包括营养、水分、溶液浓度、温度,pH等。
而这些条件须通过细胞内的各种生化反应途径,为细胞生长的繁荣提供能量和构建细胞组分所需的小分子化合物。
(2)顺式作用元件和反式作用元件基因活性的调节主要通过反式作用因子与顺式作用元件的相互作用而实现。
反式作用因子的编码基因与其识别或结合的靶核苷酸序列在同一个DNA分子上。
RNA聚合酶是典型的反式作用因子。
细菌能随环境的变化,迅速改变某些基因表达的状态,这就是很好的基因表达调控的实验型。
人们就是从研究这种现象开始,打开认识基因表达调控分子机理的窗口的。
一、操纵元的提出大肠杆菌可以利用葡萄糖、乳糖、麦芽糖、阿拉伯糖等作为碳源而生长繁殖。
当培养基中有葡萄糖和乳糖时,细菌优先使用葡萄糖,当葡萄糖耗尽,细菌停止生长,经过短时间的适应,就能利用乳糖,细菌继续呈指数式繁殖增长(见下图)。
大肠杆菌利用乳糖至少需要两个酶:促使乳糖进入细菌的乳糖透催化乳(lactose permease)过酶半乳糖苷酶-糖分解第一步的β。
见下图)(β-galactosidase)(-β在环境中没有乳糖或其他β-半乳糖苷时,大肠杆菌合成细菌大量合成分钟后,2-3半乳糖苷酶量极少,加入乳糖半乳糖苷酶,其量可提高千倍以上,在以乳糖作为唯一β-半乳糖苷酶量可占到细菌总蛋白量的碳源时,菌体内的β-。
在上述二阶段生长细菌利用乳糖再次繁殖前,也能测3%半乳糖苷酶活性显著增高的过程。
这种典型的β-出细菌中诱导现象,是研究基因表达调控的极好模型。
和Jacob针对大肠杆菌利用乳糖的适应现象,法国的1961于Monod等人做了一系列遗传学和生化学研究实验,学说,如下图所示。
下图中年提出乳糖操纵元(lac operon)是转录是大肠杆菌编码利用乳糖所需酶类的基因,P、za开始的P结合而阻碍从O能与R,R编码合成调控蛋白i所需要的启动子,调控基因a、z基因转录,所以O就是调节基因开放的操纵序列,乳糖能改变R结构使其不能与P结合,因而乳糖浓度增高时基因就开放,转录合成所编码的酶类,这样大肠杆菌就能适应外界乳糖供应的变化而改变利用乳糖的状况,这个模型是人们在科学实验的基础上第一次开始认识基因表达调控的分子机理。
二、操纵元(operon)的基本组成乳糖操纵元模型被以后的许多研究实验所证实,对其有了更深入的认识,并且发现其他原核生物基因调控也有类似的操纵元组织(见下图),操纵元是原核基因表达调控的一种重要的组织形式,大肠杆菌的基因多数以操纵元的形式组成基因表达调控的单元。
下面就以半乳糖操纵元为例子说明操纵元的最基本的组成元件(elements)。
(一)结构基因群操纵元中被调控的编码蛋白质的基因可称为结构基因(structural gene, SG)。
一个操纵元中含有2个以上的结构基因,多的可达十几个。
每个结构基因是一个连续的开放读框(open reading frame),5'端有翻译起始码(DNA存储链上是ATG,转录成mRNA就是AUG),3'端有翻译终止码(DNA存储链上是TAA、TGA或TAG,转录成mRNA就是UAA、UGA或UAG)。
各结构基因头尾衔接、串连排列,组成结构基因群。
至少在第一个结构基因5'侧具有核糖体结合位点(ribosome binding site, RBS),因而当这段含多个结构基因的DNA被转录成多顺反子mRNA,就能被核糖体所识别结合、并起始翻译。
核糖体沿mRNA移动;在合成完第一个编码的多肽后,核糖体可以不脱离mRNA而继续翻译合成下一个基因编码的多肽,直至合成完这条多顺反子mRNA所编码的全部多肽。
乳糖操纵元含有z、y和a三个结构基因。
z基因长3510bp,编码含1170个氨基酸、分子量为135,000的多肽,以四聚体形式组成有活性的β-半乳糖苷酶,催化乳糖转变为别乳糖(allolactose),再分解为半乳糖和葡萄糖;y基因长780bp,编码由260个氨基酸组成、分子量30000的半乳糖透过酶,促使环境中的乳糖进入细菌;a基因长825bp,编码含275氨基酸、分子量为32,000的转乙酰基酶,以二聚体活性形式催化半乳糖的乙酰化。
z基因5'侧具有大肠杆菌核糖体识别结合位点(ribosome binding site,RBS)特征的Shine Dalgarno(SD)序列,因而当乳糖操纵元开放时,核糖体能结合在转录产生的mRNA上。
由于z、y、a三个基因头尾相接,上一个基因的翻译终止码靠近下一个基因的翻译起始码,因而同一个核糖体能沿此转录生成的多顺反子(polycistron) mRNA移动,在翻译合成了上一个基因编码的蛋白质后,不从mRNA上掉下来而继续沿mRNA 移动合成下一个基因编码的蛋白质,一气依次合成基因群所编码的所有蛋白质。
(二)启动子序列。
聚合酶识别、结合并启动基因转录的一段DNA(promoter,P)是指能被RNA启动子侧上游,控制整个结构基因群的转录。
操纵元至少有一个启动子,一般在第一个结构基因5′,结果只有DNARNA聚合酶与分离的一段DNA双链混合,再加入外切核酸酶去水解用不被水解,由此可以测出启动子的范围及其DNA被RNA聚合酶识别结合而被保护的那段但比较已经研究过的上百种原核生物的启动子的序虽然不同的启动子序列有所不同,序列。
桾碱基对较多,某些段落是很相60bp,含A列,发现有一些共同的规律,它们一般长40-。
如下图所示,启动似的,这些相似的保守性段落称为共有性序列(consensus sequences)转录起始三个区段。
(I, initiation)(R,recognition)、结合(B, binding)和起始子一般可分为识别因TATAAT一组共有序列,附近有A(第一个碱基通常标记位置为+1)最常见的是;在-10bp处又有(Pribnow box);在-35bp盒首先发现的,称为为这段共有序列是PribnowPribnow 一组共有序列TTGACA 。
不同的启动子序列不同,与RNA聚合酶的亲和力不同,启动转录的频率高低不同,即不同的启动子起动基因转录的强弱不同。
(三)操纵子操纵子(operator)是指能被调控蛋白特异性结合的一段DNA序列,常与启动子邻近或与启动子序列重叠,当调控蛋白结合在操纵子序列上,会影响其下游基因转录的强弱。
以前许多书中将操纵子称为操纵基因(operator gene)。
但现在基因定义是为蛋白质编码的核酸序列,而操纵序列并不是编码蛋白质的基因,却是起着调控基因表达强弱的作用,正如启动序列不叫启动基因而称为启动子一样,操纵序列就可称为操纵子。
以前将operon译为操纵子则可改译为操纵元,即基因表达操纵的单元之意。
举乳糖操纵元中的操纵子为例,如下图所示,其操纵子(o)序列位于启动子(p)与被调控的基因之间,部分序列与启动子序列重叠。
仔细分析该操纵子序列,可见这段双链DNA具有回文(palindrome)样的对称性一级结构,能形成十字形的茎环(stem loop)构造。
不少操纵子都具有类似的对称性序列,可能与特定蛋白质的结合相关。
阻遏蛋白与操纵子结合,就妨碍了RNA聚合酶与启动子的结合及其后β-半乳糖苷酶等基因的转录起始,从而阻遏了这群基因的表达。
最早只把与阻遏蛋白结合、起阻遏作用的序列称为操纵子,但其后发现有的操纵元中同一操纵序列与不同构像的蛋白质结合,可以分别起阻遏或激活基因表达的作用,阿拉伯糖操纵元中的序列就是典型的例子。
因而凡能与调控蛋白特异性结合、从而影响基因转录强弱的序列,不论其对基因转录的作用是减弱、阻止或增强、开放,都可称为操纵子。
(四)调控基因调控基因(regulatory gene)是编码能与操纵序列结合的调控蛋白的基因。
与操纵子结合后能减弱或阻止其调控基因转录的调控蛋白称为阻遏蛋白(repressive protein),其介导的调控方式称为负性调控(negative regulation);与操纵子结合后能增强或起动调控基因转录的调控蛋白称为激活蛋白(activating protein),所介导的调控方式称为正性调控(positive regulation)。
某些特定的物质能与调控蛋白结合,使调控蛋白的空间构像发生变化,从而改变其对基因录的影响,这些特定物质可称为效应物(effector),其中凡能引起诱导发生的分子称为诱导剂(inducer),能导致阻遏发生的分子称为阻遏剂或辅助阻遏剂(corepressor)。
因此,正负调控又有以下几种形式,如下图:例如在乳糖操纵元中,调控基因1ac I位于P1ac邻近,有其自身的启动子和终止子,转录方向和结构基因群的转录方向一致,编码产生由347个氨基酸组成的调控蛋白R,在环境没有乳糖存在的情况下,R形成分子量为152000的活性四聚体,能特异地与操纵子o紧密结合,从而阻止利用乳糖的酶类基因的转录,所以R是乳糖操纵元的阻遏蛋白;当环境中有足够的乳糖时,乳糖受β-半乳糖苷酶作用转变为别乳糖,别乳糖与R结合,使R的空间构像变化,四聚体解聚成单体,失去与操纵子特异性紧密结合的能力,从而解除了阻遏蛋实际起作用的是(白的作用,使其后的基因得以转录合成利用乳糖的酶类。
在这过程中乳糖.别乳糖)就是诱导剂,与R结合起到去阻遏作用(derepression),诱导了利用乳糖的酶类基因转录开放。
许多调控蛋白都是变构蛋白(allosteric protein),通过与上述类似的方式与效应物结合变空间构像,从而改变活性,起到调节基因转录表达的作用。
(五)终止子终止子(terminator T)是给予RNA聚合酶转录终止信号的DNA序列。
在一个操纵元中至少在构基因群最后一个基因的后面有一个终止子。
终止子按其作用是否需蛋白因子的协助至少可以分为两类:一类是不依赖ρ因子(蛋白性终止因子)的终止子,这类终止子在序列上有一些共通的特点,即有一段富含GC的反向重复序列(inverted repeat sequence),其后跟随一段富含AT的序列(见下图),因而转录生成的mRNA的序列中能形成发夹式结构,后继一连串U,正是RNA聚合酶转录生成的这段mRNA的结构阻止RNA聚合酶继续沿DNA移动,并使聚合酶从DNA链上脱落下来,终止转录。
另一类是依赖ρ因子的终止子,即其终止转录的作用需要ρ因子的协同,或至少是受ρ因子的影响。
不同的终止子的作用也有强弱之分,有的终止子几乎能完全停止转录;有的则只是部分终止转录,一部分RNA聚合酶能越过这类终止序列继续沿DNA移动并转录。
如果一串结构基因群中间有这种弱终止子的存在,则前后转录产物的量会有所不同,这也是终止子调节基因群中不同基因表达产物比例的一种方式。
有的蛋白因子能作用于终止序列,减弱或取消终止子的作用,称为抗终止作用(antitermination),这种蛋白因子就称为抗终止因子(antiterminator)。
以上5种元件是每一个操纵元必定含有的。
其中启动子、操纵子位于紧邻结构基因群的上游,终止子在结构基因群之后,它们都在结构基因的附近,只能对同一条DNA链上的基因表达起调控作用,这种作用在遗传学实验上称为顺式作用(cisaction),启动子、操纵子和终止子就属于顺式作用元件(cisactingelement)。