临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识

分子病理实验室规范篇一：医学检验实验室基本标准医学检验实验室基本标准（试行）医学检验实验室指以提供人类疾病诊断、管理、预防和治疗或健康评估的相关信息为目的，对来自人体的标本进行临床检验，包括临床血液与体液检验、临床化学检验、临床免疫检验、临床微生物检验、临床细胞分子遗传学检验和临床病理检查等，并出具检验结果，具有独立法人资质的医疗机构。

一、诊疗科目医学检验科；提供病理相关医疗服务的，应当参照病理诊断中心基本标准。

二、科室设置包括临床血液与体液检验专业、临床化学检验专业、临床免疫检验专业、临床微生物检验专业、临床细胞分子遗传学专业和临床病理专业等。

有病案信息、试剂、质量和安全管理等专门部门或专职人员，以及辅助检查部门和消毒供应室（可以设置也可以委托其他医疗机构承担相应的服务）。

三、人员（一）至少有1名具有副高级以上专业技术职称任职资格的临床类别执业医师。

（二）临床检验各专业至少有5名以上医学检验专业卫生技术人员，其中至少有1名具有副高以上、2名中级以上专业技术职称任职资格的技术人员。

（三）标本采集人员应当有相应资质。

（四）开展产前筛查与产前诊断项目的实验技术人员应具备产前筛查与诊断的相应资质。

开展二代基因测序项目的，至少有1名生物信息分析专业技术人员；开展遗传相关基因检测项目的，至少有1名医学遗传学专业人员。

（五）配备质量安全管理人员；设置试剂室、辅助检查和消毒供应室的，应当配备相应的卫生专业技术人员。

（六）应当制定人员培训考核与继续教育的相关制度和实施记录。

四、房屋和设施（一）医疗用房使用面积不少于总面积75%，房屋应当具备双路供电或应急发电设施，重要医疗设备和网络应有不间断电源。

（二）设置1个临床检验专业的，建筑面积不少于500 平方米；设置2个以上临床检验专业的，每增设1个专业建筑面积增加300平方米。

（三）有相应的工作区域，流程应当满足工作需要。

（四）设置医疗废物暂存处，设置污物和污水处理设施和设备，满足污物和污水的消毒和无害化的要求。

临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识化治疗检测技术指南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行）》进行。

1.NGS检测人员的资质要求：NGS检测技术人员应具备临床病理学、分子生物学的相关专业大专以上学历，并经过NGS 技术的理论与技能培训合格。

数据分析人员应具有临床医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。

最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人（医学博士学位或高级职称）审核。

2.NGS检测实验室的区域设置要求：原则上NGS实验室应当有以下分区：样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕获区/多重PCR区域（第一扩增区）、文库扩增区（第二扩增区）、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。

各工作区空气及人员流向需要严格按照《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》。

分区可根据实际情况合并，但是在前处理和建库时，血液样本应与组织样本分开。

3.NGS检测试剂及项目要求：试剂和测序平台均应选择中国食品药品监督管理总局（CFDA）认可产品。

涉及到实验室自配试剂，应该有严格的试剂制备标准操作规程（SOP），需经过临床实验室自建项目（LDT）验证合格才可使用。

每个NGS检测项目在验证时需要根据建库方法、测序平台和分析工具以及不同的突变类型包括，单碱基突变single nucleotidevariant，SNVs、小片段插入或者缺失（Indels）、基因拷贝数变异Copynumber variations（CNVs）、染色体结构变异，structuralvariation（SVs）以及不同的样本类型（如FFPE组织、新鲜组织、全血、胸水等）对特定panel 的准确性、精确性、敏感性、特异性等性能参数进行LDT验证。

应该有经过标准品测试的在不同的mutant allele frequencies（MAF）下，不同测序深度的灵敏度及特异性数据，确定不同样本的可信的测序深度。

首份！17条共识！美权威机构发布NGS生物信息流程标准和指南生物探索编者按11月14日，《The Journal of Molecular Diagnostics》期刊在线发布了首份“临床NGS生物信息流程标准和指南”，明确高通量测序生物信息学流程的概述、设计、开发、验证、实施和质量控制指标。

更重要的是，第一次针对生物信息学流程提出了17条共识，旨在规范NGS在临床诊疗应用的准确性。

过去10年，得益于新一代高通量测序技术的发展，生命医学领域经历了翻天覆地的变化。

这一技术能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定，快速生成非常大的基因组学、表观基因组学和转录组学研究数据集。

但是如何解读数据，使其在临床诊疗中发挥更大的价值？这是我们面临的难题和挑战。

生物信息学是NGS的一个重要组成部分，从原始测序结果中找寻致病根源，是完成疾病诊断以及治疗策略制定的重要依据。

但是，该领域缺乏统一的标准和指南。

对此，由美国病理协会（AMP）、美国病例学家协会（CAP）领导的工作小组联合制定、发布了这份《NGS生物信息流程验证标准和指南》，针对二代测序的生物信息学流程（pipelines）提出了17条共识，建议实验室在验证生物信息学流程时充分考虑这些问题。

该指南是AMP和CAP第三次发布解决NGS工作流程的文件——今年早些时候，该组织联合发表了NGS验证为基础的肿瘤学panel和指南；去年发表了报告和解释癌症相关序列变异的指南。

1指南细则在这份指南中，工作小组强调，这些建议只适用于一个测试的生物信息学部分，并假设测序部分已经被验证了。

此外，建议涉及了SNVs、indels和多核苷酸置换（multi-nucleotide substitution）。

同时，指南覆盖了生殖细胞突变体和体细胞突变体。

概括来说，指南提出了NGS生物信息学流程概述、设计、开发、验证、实施和质量控制指标，强调了受过培训的分子医学专业人员的重要性。

2020年中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识（全文版背景病原学诊断始终是感染性疾病诊断中最重要的环节。

传统的病原学诊断是临床医师根据患者的临床表现做出一系列鉴别诊断,然后针对这些进行检测,通常一项检测只能对应一种病原体,而宏基因组学第二代测序（metagenomics next generation sequencing,以下简称二代测序）技术检测能覆盖更广范围的病原体。

本专家共识就二代测序的临床应用范围、样本采集、分析解读和诊断效能等方面进行证据总结和意见推荐。

一、证据强度和证据质量的分级定义证据强度:A为强烈推荐；B为推荐，但其他替代方案也可接受；C 为推荐强度低，寻求替代方案；D为从不推荐。

证据质量：I为证据来自随机对照试验，口为证据来自非随机对照试验为证据仅来自专家意见。

二、二代测序的临床需求与应用范圉（一）背景及概述推荐意见1:若怀疑细菌、真菌、DNA病毒、寄生虫、不典型病原体感染且需进行二代测序检测时，建议采用DNA检测；若怀疑RNA病毒感染时，则建议采用RNA检测（A, 口）。

推荐意见2:对于临床疑似感染的病重、病危或免疫抑制、免疫缺陷患者，建议在完善传统实验室及分子生物学检测的同时，采集疑似感染部位的标本进行二代测序（B , 口）。

二代测序检测能覆盖较大范围的病原体，病毒、细菌、真菌、寄生虫都能被同时检测，不论临床样本培养成功与否，只要含有可检测到的DNA 或RNA 即可。

从接收样本至完成数据分析,二代测序的周转时间根据测序技术、方法和生物信息学分析方法的不同而不同，已有报道为6 h至7 d 不等（平均48 h）o二代测序在感染性疾病诊断领域中的优势在于其能检测到其他传统手段无法检测到的病原体。

因此,二代测序可能在应用于临床疑难杂症或免疫抑制患者时有更大意义。

另外，二代测序也被报道可用于"排除"检测, 即检测阴性有助于排除感染性疾病的诊断,但前提条件是测序覆盖度足够高，能确保样本中存在的病原微生物被检测出来。

2020ACOG《胎膜早破临床实践指南》解读胎膜破裂发生在临产前称胎膜早破（PROM），其中，妊娠37周之前发生的PROM被称为未足月胎膜早破（PPROM）。

胎膜早破是妊娠期最常见的并发症之一，是围产儿病率及死亡的主要原因。

足月PROM的发生率约为8%，未足月胎膜早破（PPROM）的发生率约为3%，未足月胎膜早破（PPROM）的处理策略，一直是产科临床工作的棘手问题。

近期，美国妇产科医师学会（ACOG）发布了“胎膜早破临床实践指南（2020）”，在2018年版本基础上进行了补充完善，主要更新了PROM的诊断、足月PROM的期待疗法、妊娠34周至36+6周PPROM孕妇分娩时机等方面。

为了诸位同道能对ACOG《胎膜早破临床实践指南（2020）》更加全面的了解和学习，中国妇产科网特邀请重庆医科大学附属第一医院漆洪波教授对共识进行了权威解读。

Simple Style明确诊断病例至关重要，推荐羊膜腔注射染料辅助诊断2020年最新版本指南在诊断方面并未作出更多的更新，只是特别强调了在可疑胎膜早破时，可以应用一些生化标记物进行辅助诊断，这些标志物包括胎盘ɑ-微球蛋白、引导生长因子结核球蛋白-1（IGFBPY）。

ACOG指南一直主张可疑胎膜早破可以通过羊膜腔注射染料来辅助诊断，推荐应用于需要明确诊断的病例。

目前，全球范围内相关指南对于足月胎膜早破均不推荐期待疗法，而是强调尽快终止妊娠。

有自发性宫缩更好，如果没有，则需要诱发子宫收缩。

考虑到安全性，首先推荐应用缩宫素，如果宫颈成熟度不佳，可考虑应用前列腺素制剂进行引产。

Simple Style科学分类处理PROM，贴合实际情况进行治疗对于足月胎膜早破，包括有自发性宫缩，应该尽快终止妊娠，进行产程观察，促进阴道分娩，无自发性宫缩者，可应用缩宫素或前列腺素诱发宫缩。

对于近足月的胎膜早破，即孕34周至36+6周的胎膜早破，这一孕周的胎膜早破处理在国际上尚存争议。

众所周知，未足月胎膜早破≥34周应该终止妊娠；但对于孕34周至36+6周的胎膜早破、无自发性宫缩是采用期待治疗还是终止妊娠仍然存在争议。

2024《胃癌临床实践指南》更新解读（全文）摘要2024年3月7日美国国家综合癌症网络（NCCN）更新了2024年第一版《胃癌临床实践指南》，对于早期胃癌的内镜治疗、二代测序、胃癌腹膜转移的诊疗、系统治疗方案和术后营养缺乏监测等方面作出了更新。

特别是针对近年来晚期胃癌腹膜转移采用腹腔内化疗或腹腔热灌注化疗的热点问题，该指南较为详细地阐述了治疗适应证、综合治疗模式、疗效评估等内容。

在知识和信息迭代更新的时代，NCCN指南也不断地作出更新以适应新的挑战。

新的分子检测手段在胃癌精准诊疗中越来越占据重要的地位，而内镜治疗、腹腔镜手术、机器人手术在内的微创治疗手段也随着更多的循证医学证据和临床实践经验被纳入指南中，充分体现了外科医师对于病人长期生存和生存质量的无限追求。

同样，以免疫检查点抑制剂、靶向治疗药物、抗体药物偶联物为代表的新型抗肿瘤药物在胃癌系统治疗中的地位日益上升，也为病人提供了更多的治疗选择。

未来，秉承“以病人为中心”的治疗理念，积极推动多学科协作和全程化管理，才能真正追求实现所有治疗指南的终极目标。

美国国家综合癌症网络（National Comprehensive Cancer Network，NCCN）每年都会根据新出现的临床试验结果和循证医学证据对恶性肿瘤的临床实践指南适时进行更新，并发布不同版本，其更新速度之及时、收录证据之全面，提供信息之完整，远超其他各国的治疗指南和专家共识。

同时，不断进行纠错和调整也充分体现了其尊重客观试验结果、不盲从权威、不做主观臆断的科学精神。

2024年3月7日，2024年第一版《胃癌临床实践指南》（以下简称NCCN指南）发布，其中对于早期胃癌的内镜治疗、二代测序、胃癌腹膜转移的诊疗、系统治疗方案和术后营养缺乏监测等方面作出了更新。

本文将对该版指南中的主要更新内容变化和相关临床试验结果并加以解读和分析，以期把握胃癌诊疗的现状和最新进展。

1 首次增加了早期胃腺癌内镜治疗的流程随着早期胃癌（early gastric cancer，EGC）检出率的逐年升高，原在东亚地区较为普遍接受的内镜治疗理念和技术也逐渐为欧美学者所适应和接受，各版日本《胃癌治疗指南》的更新也为此发挥了积极推动作用，而美国和欧洲胃肠内镜协会也在近年相继发布了内镜黏膜下切除（endoscopic submucosal dissection，ESD）的治疗指南［1-2］，因此，NCCN指南也与时俱进地首次增加了早期胃腺癌的内镜治疗路径，指出首先需对EGC进行内镜的评估和活检，基于组织学类型进行分层，如分化较差或弥漫型，则属于非适宜内镜治疗的EGC而建议接受胃切除手术，反之则建议内镜治疗（优选ESD），术后由胃肠病理专业的病理科医师进行治愈性切除评估，其中治愈性切除是指黏膜下层浸润＜500 μm、非低分化或未分化类型、无淋巴及脉管浸润。

2020年8月第20卷第4期循证医学The Journal of Evidence-Based MedicineAug.2020Vol.20No.4二代测序临床报告解读指引二代测序临床报告解读专家组［摘要］二代测序（next generation sequencing，NGS）已成为中国临床肿瘤医生常用检测工具，而中国超90%临床医生需要NGS报告解读支持。

因此，为提升临床医生NGS报告解读能力，特编写了NGS临床报告解读指引，以帮助临床医生梳理NGS报告解读逻辑，快速抓取关键信息，同时尽可能规避过度解读基因组信息导致的潜在危害。

本文从临床靶点或驱动基因相关体细胞变异注释及解读、NGS报告解读及临床决策、可报告范围及质量控制等方面详细介绍了NGS报告解读应遵循的恰当的结构化循证原则，正确理解NGS报告的逻辑结构、抓取关键信息并综合分析，为肿瘤患者带来切实的临床获益。

帮助医生在综合浏览完一份样本检出的所有分子变异后，结合患者的基本临床信息以及既往或同期其他配对样本检测结果，综合判断患者疾病的全面分子特征谱及其演化过程，了解这些信息所提示的生物学意义和临床意义，最终做出正确的临床决策。

［关键词］二代测序；报告解读；指引［中图分类号］R446.7［文献标识码］A DOI：10.12019/j.issn.1671⁃5144.2020.04.001 Standards and Guidelines for the Interpretation of Next GenerationSequencing Clinical ReportsNext Generation Sequencing Clinical Report Interpretation Expert GroupAbstract：In China，next generation sequencing（NGS）has became a common molecular testing tool used by clinical oncologists，however，NGS clinical reports could be overwhelming for some clinicians who are unfamiliar with NGS.Approximately90%of clinicians are dependent on external support for the interpretation of NGS reports.In order to improve the clinicians ability to interpret and derive more information from NGS reports，a working group comprised of clinical oncologists and NGS professionals from all over China have compiled relevant standards and guidelines to equip the clinicians with the knowledge to identify the key information and avoid the over⁃interpretation of genomic information from NGS clinical reports.This article provides a detailed introduction on the logically structured evidenced⁃based principles of NGS reports including the interpretation of somatic mutations related to clinical targets or driver genes，the proper interpretation of genomic results to inform clinical decision⁃making，reportable scope，sample quality control，and other relevant information included in NGS clinical reports.With a better grasp on the information from NGS reports，the clinicians should be able to integrate the basic clinical information，other past or present test results，and the molecular profile of the patient to comprehensively assess the patient s disease and tailor a treatment strategy that will benefit the patient.Key words：next generation sequencing；report interpretation；guideline背景目前二代测序（next generation sequencing，NGS）已成为中国临床肿瘤医生常用检测工具，中国临床肿瘤学会（Chinese Society of Clinical Oncology，CSCO）肿瘤生物标志物专家委员会发布的第1个NGS临床应用调研显示，大于30%的肿瘤科医生每月NGS检测量超5个，而中国超过90%临床医生需要NGS报告解读支持。

临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识近年二代基因测序（next-generation sequencing，NGS）技术快速发展，其应用已进展至临床检测，如遗传疾病、实体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等。

国内外有关学会已出台相关共识与指南以推动其在临床中的应用。

中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、临床、生物信息等专家进行了充分讨论，拟在NGS的操作流程、数据处理、结果解读等方面作规范和建议，以规范NGS在分子病理领域的应用。

临床分子病理实验室NGS样本可采用甲醛固定石蜡包埋组织（formalin-fixedparaffin-embedded，FFPE）、新鲜组织、各种体液上清液、体液离心细胞块、石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。

本共识特色是基于病理评估的组织样本（FFPE、新鲜）的规范。

测序分析范围基于目前临床需求，本共识着重在于目标区域测序（panel）分析的实践。

随着技术的更新和应用的成熟，本共识将持续更新以满足临床需求。

一、实验室总体要求NGS检测实验室的总体设计与要求应参考《分子病理诊断实验室建设指南（试行）》、《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》、《个体化医学检测质量保证指南》、《肿瘤个体化治疗检测技术指南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行）》进行。

1.NGS检测人员的资质要求：NGS检测技术人员应具备临床病理学、分子生物学的相关专业大专以上学历，并经过NGS技术的理论与技能培训合格。

数据分析人员应具有临床医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。

最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人（医学博士学位或高级职称）审核。

2.NGS检测实验室的区域设置要求：原则上NGS实验室应当有以下分区：样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕获区/多重PCR区域（第一扩增区）、文库扩增区（第二扩增区）、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。

实验室自建分子诊断项目基本要求专家共识实验室自建的分子诊断项目是基于分子生物学技术和分子遗传学定量方法的一种新型医学诊断方法，可用于疾病的早期诊断、预后判断、治疗效果监测、药物剂量个体化等方面。

在进行实验室自建分子诊断项目前，需要达成专家共识，以确保项目的准确性、可行性和可靠性。

以下是实验室自建分子诊断项目的基本要求专家共识。

1.研究目标明确：实验室自建分子诊断项目应明确研究的目标和意义，如开发新的分子标记物、建立新的检测方法或优化现有的分子诊断技术等。

确立明确的研究目标可为项目的实施提供具体的指导。

2.实验设计合理：实验室自建分子诊断项目的实验设计应合理，包括实验组设计、对照组设计、样本数量确定、实验重复次数等。

通过合理的实验设计可以减少误差的引入，提高实验结果的可靠性。

3.样本收集和储存标准化：实验室自建分子诊断项目中，样本的收集和储存应按照标准化操作进行，以确保样本的质量和有效性。

应制定标准操作程序，规定采样时间、样本类型、采集方法、储存条件等细节，并进行细致的记录。

4.分子技术平台的建设：实验室自建分子诊断项目需要建立适当的分子技术平台，包括提取核酸的方法、PCR扩增的方法、DNA测序的方法、蛋白质分析的方法等。

建设分子技术平台要确保操作规范、设备齐全，并定期维护和更新。

同时，还需考虑实验室环境和化学品储存安全等问题。

5.质量控制标准化：实验室自建分子诊断项目中，应建立质量控制体系，确保实验结果的准确性和可靠性。

应选择合适的质检品进行质量控制，如阳性对照样本、质控试剂等，并建立质量控制记录和追溯体系。

6.结果解读和报告标准化：实验室自建分子诊断项目的结果解读和报告应进行标准化。

结果解读需要明确的评估标准和数据分析方法，以便对结果进行可靠的解释和判断。

报告内容应包括分子诊断结果、分析方法、质量控制情况等，并制定标准的报告格式和内容。

7.伦理和法律规范：在实验室自建分子诊断项目中，需要严格遵守伦理和法律规范。

二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识（2020版）让我们一起学习啊！二代基因测序（next generation sequencing, NGS）又称为高通量测序，该技术能够同时对上百万甚至数十亿个DNA进行分析，实现了高通量测序的目标。

NGS检测的适用人群共识1：推荐所有病理诊断为肺腺癌、含有腺癌成分的肺癌以及不能分型的晚期新发或术后复发的NSCLC患者常规进行基因检测。

【I 级推荐】对经小标本活检诊断为含有腺癌成分或具有腺癌分化的混合型鳞癌，以及年轻或不吸烟/少吸烟肺鳞癌患者，也推荐进行基因检测。

【II级推荐】注：虽然单纯肺鳞癌患者中有4%的表皮生长因子受体（EGFR）突变率，但尚无证据支持肺鳞癌患者使用靶向EGFR酪氨酸激酶抑制剂（TKI）显著获益，因此不推荐对单纯肺鳞癌患者进行EGFR基因检测。

共识2：针对敏感型突变发生率高的NSCLC患者（见“共识1”），常规基因检测结果为阴性时，建议使用中国国家药品监督管理局（National Medical Products Administration, NMPA）或美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration,FDA）批准的NGS产品进行复检。

【III级推荐】晚期新发或术后复发NSCLC患者首次进行基因检测的共识意见共识3：针对晚期新发或术后复发的NSCLC患者，首次检测建议采用NMPA批准的检测产品，检测至少包括NSCLC常见驱动基因: EGFR突变（应涵盖18号、19号、20 号、21号外显子），以及ALK 融合、ROS1融合。

【I级推荐】共识4：针对晚期新发或术后复发的NSCLC患者，结合患者实际临床情况，如需获得更多的潜在靶点信息，首次检测建议采用NMPA 或FDA批准的检测产品，检测包括BRAF V600E、KRAS（如G12C等）、NTRK1/2/3融合、MET14号外显子跳跃突变和MET扩增、ERBB2 20号外显子插入、RET融合等少见驱动基因变异。