送检mNGS宏基因组二代测序报告情况、标本类型、送检保存要求、标本运输要求、测序情况、内容解释、微生物致病概率分级及
解读
宏基因组二代测序(mNGS) 是基于核酸检测的微生物鉴定技术其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用。下呼吸道感染主要包括社区获得性肺炎、医院获得性肺炎、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之mNGS 技术本身存在的局限性，mNGS 诊断效力的发挥有赖于选择恰当患者、采用适宜标本以及进行合理解读。
需送检mNGS情况
(1) 免疫抑制宿主疑似发生LRTI 且临床表现提示非CAP 常见病原微生物所致者；
(2) LRTI 患者发病初期即出现需要使用血管活性药物的感染性休克、需要有创机械通气的呼吸衰竭、多脏器功能不全等危及生命的状况时；LRTI 经规范经验性抗感染治疗48—72 h 后，感染症状仍持续加重或影像学快速进展者；
(3) 聚集性发病疑似具有传染性、但无法明确病原体的LRTI；有特殊病史且经验性治疗无效，病情较为严重的LRTI；临床考虑特殊病原体(感染且病势迅疾或迁延者，常规培养困难或所在医疗机构无法提供可靠的传统检测方案时；
(4) 患者有LRTI 症状或影像表现，经规范抗感染治疗后病灶吸收延迟、病程迁延，需鉴别是否由非感染性疾病所致，可以在常规
病原微生物检测、感染生物标志物、病理等相关检查同时送检mNGS 以帮助鉴别诊断。
不建议送检 mNGS情况
(1) 免疫功能健全宿主罹患LRTI（包括重症肺炎)，经过规范的经验性抗感染治疗病情已好转；
(2) LRTI 已通过其他方法获得病原学结果，与临床特点相符，或针对性治疗有效；
(3) 无法获取优质标本。
mNGS 标本类型
在LRTI 的病原微生物诊断中，可用于mNGS 检测的标本包括痰(含诱导痰)、气管吸引物、支气管肺泡灌洗液（BALF）、经支气管肺活检（TBLB）标本、经支气管内超声（EBUS）活检标本、经皮肺穿刺活检标本、血液等。
mNGS 送检及保存要求
(1)下呼吸道标本：包括痰 (含诱导痰)、BALF、肺炎旁胸腔积液等，原则上应在采集后立即送检。若标本不能立即送检，标本采集时间与检测时间间隔≤24 h，可在 2—8 ℃保存。若标本采集时间与检测时间间隔 >24 h，DNA 测序标本保存时间≤2周时可储存在-20 ℃冰箱，保存时间超过 2 周则需储存在 -80 ℃冰箱；需要进行 RNA 测序的标本如果保存时间 > 24 h，均应保存在 -80 ℃冰箱。对于短期不做检测的液体样本，冻存前应分装保存在冻存管 (≥ 500 μL/管) 中。
(2)血标本：采集后 4 ℃保存不超过 8 h，如果需要长期保存，分离血浆后 4 ℃可保存 24 h，长期保存于 -80 ℃冰箱。
(3)组织标本：来自感染部位的穿刺或手术切除组织标本，应保
存在无菌生理盐水或者 Hank′s 液中，4 ℃保存不超过 24 h 。如果需要长期保存，小块组织可以不加保存液立即 -80 ℃冻存，穿刺活检标本置于无菌生理盐水 -80 ℃冻存。
标本运输要求
(1)24 h 内送抵实验室并开始检测，可考虑冰袋低温运输；
(2)24—72 h 内送抵应干冰运输，送抵后应立即进行标本前处理和核酸提取。
需要进行去宿主核酸处理的标本保存和运输注意事项：除了上述注意事项外，此类标本一般要尽量保证病原微生物完整性，避免碾磨或多次冻融。
需要在DNA测序时送检RNA测序情况
RNA 病毒引起LRTI 有一定季节性、流行性或地域性。建议检测方法首选单重或多重 PCR 检测或相应的抗原检测。若当地医疗机构无相应检测能力，或 PCR 检测阴性但依然高度怀疑时，可在送检mNGS DNA 测序的同时进行 RNA 测序。
下列临床情况可供参考：
(1)呼吸道 RNA 病毒感染流行季节有相应流行病学史的患者出现疑似呼吸道病毒感染的临床和 (或) 影像表现。
(2)LRTI 合并以下情况时：免疫抑制宿主；发热伴严重血小板减少或凝血功能障碍; 急性肝肾功能损害；急性神经系统症状。
mNGS 报告中内容及解释
mNGS 检测报告从检测技术角度应包括如下内容：标准化后的微生物特异性读长数/序列数、标准化中英文名称、相对丰度、阈值、基因组覆盖度图。
可选内容有：相应部位病原微生物列表、微生物序列与人源核酸
序列的比值、测得总序列数、质量合格序列数、可比对至微生物数据库序列数、测序质控图、耐药基因、毒力基因等。
报告微生物的版块可按细菌、病毒、真菌、寄生虫、特殊病原体(支原体、衣原体、立克次体等）5 大类分别列举。
主要参数定义及其意义：
(1) reads：测序仪单个测序反应所得到的碱基序列，二代测序平台一般长度为50—75 bp 的片段。
(2) reads 数：指测序获得的某种微生物属/种碱基序列的数量。病原微生物属/种水平上检出的reads 数与当次实验的总测序数据量直接相关，为避免总测序数据量高低的干扰，应对检出reads 数进行标准化之后进行报告。
(3) 覆盖率：指达到给定深度的测序碱基占整个基因组或目标区域的百分比。没有达到给定深度的部分称为盲隙(gap)。通常同时使用覆盖率和深度描述测序结果。
(4) 相对丰度：指除去宿主序列之后，某微生物序列在相应5 大类微生物类别中的分布比例。丰度越高，表示该微生物所占比例越高。它只能指示同一样本中某微生物的相对数量，不能用于不同样本之间的比较。
(5) Q 值：指质量分值，用于衡量测序准确度，公式为Q =- 10log10P，其中P 代表该碱基被测序错误的概率。如Q20 表示该碱基检测错误的概率为1%。
(6) RPM：每一百万条测得序列包含的阳性reads 数。
(7) RPTM：每一千万条测得序列包含的阳性reads 数。
mNGS报告流程解读
(1) 分析报告质量，判断结果可信程度：根据送检标本类型、报
告形式及内容判断检测结果是否规范可信。
(2) 对mNGS 检测出的微生物进行分级：判断mNGS 检出的微生物为致病性微生物、条件致病微生物还是定植微生物。致病性微生物在肺内定植可能性低，阳性结果多考虑为导致感染的病原。
条件致病微生物需结合患者的宿主因素、血液理化指标和影像学特征、抗感染药物用药史及治疗反应、传统微生物学检测结果综合分析进一步判断是否致病。
定植微生物引起LRTI 可能性低，多不考虑致病，但吸入性肺炎、肺脓肿、脓胸等混合性感染时，口腔定植微生物也可能致病。经皮穿刺肺活检标本或胸腔积液标本检出的皮肤定植微生物，通常不致病。
根据临床特征，结合mNGS 微生物分级进行临床决策(图1)：如确定为致病病原体 (注：此处致病病原体为临床决策后的微生物分级，不同于上文致病性微生物），可根据该结果进行针对性治。
（3）如判断为可能致病病原体，则需评估患者病情状况：危重症患者，可结合临床特征先根据mNGS 结果调整抗感染方案，同时寻求其他支持证据(如临床微生物室涂片/培养结果、抗原/抗体检测结果、PCR 检测结果等) 综合判断其致病的可能性和进行针对性治疗的必要性；非危重症患者可先寻求其他支持证据，再调整治疗方案。
(4) mNGS 阴性结果的临床决策：若mNGS 结果为阴性，但综合临床特征，仍强烈怀疑为感染性疾病，则建议对报告中的背景微生物、原始数据列表或其他病原微生物检测结果进行分析。若临床特征支持非感染性疾病，应对原发疾病进行诊治。
(5) 组织多学科会诊（MDT）：若经过以上流程，仍无法确认致病病原体，可组织MDT 讨论。
mNGS报告微生物致病概率分级
根据微生物在下呼吸道的致病性特征，初步分为致病性微生物、条件致病微生物和定植微生物。条件致病微生物的判断，需要结合患者的宿主因素、血液理化指标和影像学特征、抗感染药物用药史及治疗反应、传统微生物学检测结果综合分析。
mNGS 阴性报告如何处理？
mNGS 可能出现阴性结果，即未报告明确病原体。对此应结合临床和常规微生物实验室检测结果，综合判断是真阴性还是假阴性。真阴性指患者肺内病灶并非是感染性疾病所致，如弥漫性间质性改变可能为结缔组织疾病肺累及或其他弥漫性实质性肺疾病（DPLD）假阴性是指未能检出感染致病微生物。通常见于以下情况：
(1) 技术原因而导致的假阴性，例如部分呼吸道病原微生物外壁很厚或脂质成分高，核酸提取过程中难以破壁，致核酸未彻底释放，如曲霉属、毛霉目、隐球菌属和诺卡菌属、分枝杆菌属等；标本储存或者运输问题致样本核酸降解，如流感病毒等RNA 病毒易出现该情况；
(2) 所使用的数据库不全，导致检出病原微生物序列未准确注释；
(3) 生信分析错误而致漏报致病微生物；
(4) 标本中人源核酸过高；
(5) 样本中病原微生物载量低于mNGS 最低检测下限，或测序数据量太低未能覆盖到该病原微生物，例如已接受有效抗微生物药物治疗而导致病原微生物负荷显著降低而难以被检出；
(6) 采样不规范或标本类型不合适。
mNGS 报告中多种病原微生物解读
mNGS 检测中出现多种病原微生物时，推荐首先通过显微镜检查、培养、抗原、PCR 等方法确认，并结合临床特征解读。必要时可
通过不同部位标本mNGS 检测结果进行相互印证。
mNGS 可在一份标本中检测到多种微生物，当出现以下情况时，考虑其中一种或多种微生物为假阳性结果：
(1) 标本质量不合格；
(2) 标本采集、送检过程受呼吸道定植菌、皮肤定植菌、环境菌、工程菌的污染；
(3) 检测过程中背景菌的质量控制不严格；
(4) 患者的职业和生活环境、基础疾病、临床特点和影像特征与检出的微生物不相符；
(5) 无法用其他微生物学方法验证；
(6) 治疗反应和疾病转归与检出的微生物不相符。
以下临床场景多支持mNGS 检出的多病原微生物为真阳性结果：
(1) 误吸风险或明确误吸史的患者，出现多种常见口腔定植菌，需考虑吸入性肺炎/肺脓肿。此类病例常可同时在下呼吸道标本涂片和(或) 培养中检出相应的混杂菌群。
(2) CAP 患者有时会出现细菌、非典型病原体、呼吸道病毒等混合感染。
(3) 免疫缺陷宿主LRTI 常发生细菌、真菌、病毒、分枝杆菌等病原微生物的混合感染。
《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家 共识》主要内容 推荐理由：11月出版的《中华传染病杂志》发布了《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识》。病原学诊断始终是感染性疾病诊断中最重要的一环。传统的病原学诊断是临床医师根据患者的临床表现做出一系列鉴别诊断，然后针对这些进行检测，通常一个检测只能对应一种病原体，而宏基因组学第二代测序技术（二代测序）能覆盖更广范围的病原体。本专家共识就二代测序的临床应用范围、样本采集、分析解读和诊断效能等进行了证据总结和意见推荐。 内容要点 若怀疑细菌、真菌、DNA病毒、寄生虫、不典型病原体感染且需进行二代测序检测时，建议采用DNA检测；若怀疑RNA病毒感染时，则建议采用RNA法检测。 对于怀疑中枢神经系统急性感染的患者，如有条件，推荐在抽取脑脊液时同步留取2 ml脑脊液标本保存于-16～20℃冰箱。在完成常规生物化学检查和培养之后，若3 d内未获得明确的病原学依据且经验性抗感染治疗无效，推荐对留存脑脊液标本进行二代测序检测。若未留存标本，可重新采集标本。 对于疑似中枢神经系统病毒感染的患者，如有条件，推荐在抽取脑脊液时同步留取2 ml脑脊液标本保存于-16～20℃冰箱。在传统PCR分子
检测（包括多重探针分子PCR方法）后若未能获得明确的病原学依据，推荐对留存脑脊液标本进行二代测序检测。若未留存标本，可重新采集标本。 对于慢性中枢神经系统感染及需要随访病原学证据的患者，可首选二代测序进行检测。 对于怀疑血流感染的患者，如有条件，推荐在抽取血培养标本时同步留取2 ml血标本，分离血浆后保存于-16～20℃冰箱，血培养3 d未报阳且经验性抗感染治疗无效时，推荐对留存血标本进行二代测序检测。若未留存标本，可重新采集标本。 对于呼吸道感染患者，若3 d内未通过传统实验室检查获得明确的病原学依据且经验性抗感染治疗无效，推荐留取呼吸道标本进行二代测序检测。 对于高度怀疑病毒性肺炎且病情持续进展的患者，可先完善呼吸道病毒多重PCR检测，若为阴性，再行二代测序检测，并应同时进行核酸RNA 反转录。 采集样本送检二代测序必须严格遵守无菌原则。 样本应直接从患者感染部位的体液或组织中进行采集。 对于局灶脓肿或组织感染患者，二代测序的总体灵敏性和特异性均较好，其中对细菌检测的灵敏性优于真菌。 对于呼吸道感染，二代测序在病毒及少见病原体的检测中体现出较好的检测效能；但在细菌、真菌等病原体的检测中，二代测序尚不能准确判断菌群定植或感染状态，仍需依赖临床医师结合患者病情进行进一步分析。
mNGS宏基因检测标本采集与报告解读 mNGS标本采集与保存 01mNGS感染部位标本采集要求 •血液：G管，成人3～5 ml，幼儿＞1.5 ml。采血后立即轻轻颠倒混匀8～10次，防止溶血。 •脑脊液：无菌采样管，1.5～3 ml，建议第2管以后的脑脊液送检。 •肺泡灌洗液：无菌采样瓶，＞5 ml，弃去前段可能污染部分，收集其余部分至少5 ml以上立即送检。 •深部痰：无菌采样瓶，＞3 ml，用生理盐水漱口2～3次，用力咳出深部痰液或气管抽吸物。 •组织及其他：无菌采样瓶，无菌体液＞3 ml，切取绿豆粒大小深度组织或2～3针穿刺组织；10～15片石蜡切片。 02标本采集指导原则 •抗菌药物使用前采集标本； •取感染病灶部位作为标本； •严格无菌操作； •准确填写相关信息。 03标本运送指导原则 •血液：全血样本室温（6～35℃）放置，2天内寄送。 •非血液标本：采集后当天送检，4℃暂存；1周内送检，-20℃冷藏；长期保存，-80℃低温保存。建议所有标本均应尽快送往实验室检测。 04感染病原检测的推荐标本类型 对于怀疑不同部位的感染，推荐样本和推荐流程不同，如下图所示。 05检测结果结合临床，分析致病原因 由于mNGS的检测目标是核酸，所以对于一些破壁比较困难的病原体，如隐球菌、结核杆菌等，即使mNGS报告中显示的序列数较少，也应引起临床高度重视。在寻找病原时，去除低质量测序数据，再去除人源基因信息，留下的就是临床所需信息，即严格致病菌、人体中的条件致病菌、环境中的机会致病菌。如下图所示，中间留下的是明确的阳性菌，万万不能遗漏，例如结核分枝杆菌、烟曲霉、军团菌、诺卡菌、隐球菌等，需要给予临床干预；而重叠部分是机会致病菌，如链球
送检mNGS宏基因组二代测序报告情况、标本类型、送检保存要求、标本运输要求、测序情况、内容解释、微生物致病概率分级及 解读 宏基因组二代测序(mNGS) 是基于核酸检测的微生物鉴定技术其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用。下呼吸道感染主要包括社区获得性肺炎、医院获得性肺炎、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之mNGS 技术本身存在的局限性，mNGS 诊断效力的发挥有赖于选择恰当患者、采用适宜标本以及进行合理解读。 需送检mNGS情况 (1) 免疫抑制宿主疑似发生LRTI 且临床表现提示非CAP 常见病原微生物所致者； (2) LRTI 患者发病初期即出现需要使用血管活性药物的感染性休克、需要有创机械通气的呼吸衰竭、多脏器功能不全等危及生命的状况时；LRTI 经规范经验性抗感染治疗48—72 h 后，感染症状仍持续加重或影像学快速进展者； (3) 聚集性发病疑似具有传染性、但无法明确病原体的LRTI；有特殊病史且经验性治疗无效，病情较为严重的LRTI；临床考虑特殊病原体(感染且病势迅疾或迁延者，常规培养困难或所在医疗机构无法提供可靠的传统检测方案时； (4) 患者有LRTI 症状或影像表现，经规范抗感染治疗后病灶吸收延迟、病程迁延，需鉴别是否由非感染性疾病所致，可以在常规
病原微生物检测、感染生物标志物、病理等相关检查同时送检mNGS 以帮助鉴别诊断。 不建议送检 mNGS情况 (1) 免疫功能健全宿主罹患LRTI（包括重症肺炎)，经过规范的经验性抗感染治疗病情已好转； (2) LRTI 已通过其他方法获得病原学结果，与临床特点相符，或针对性治疗有效； (3) 无法获取优质标本。 mNGS 标本类型 在LRTI 的病原微生物诊断中，可用于mNGS 检测的标本包括痰(含诱导痰)、气管吸引物、支气管肺泡灌洗液（BALF）、经支气管肺活检（TBLB）标本、经支气管内超声（EBUS）活检标本、经皮肺穿刺活检标本、血液等。 mNGS 送检及保存要求 (1)下呼吸道标本：包括痰 (含诱导痰)、BALF、肺炎旁胸腔积液等，原则上应在采集后立即送检。若标本不能立即送检，标本采集时间与检测时间间隔≤24 h，可在 2—8 ℃保存。若标本采集时间与检测时间间隔 >24 h，DNA 测序标本保存时间≤2周时可储存在-20 ℃冰箱，保存时间超过 2 周则需储存在 -80 ℃冰箱；需要进行 RNA 测序的标本如果保存时间 > 24 h，均应保存在 -80 ℃冰箱。对于短期不做检测的液体样本，冻存前应分装保存在冻存管 (≥ 500 μL/管) 中。 (2)血标本：采集后 4 ℃保存不超过 8 h，如果需要长期保存，分离血浆后 4 ℃可保存 24 h，长期保存于 -80 ℃冰箱。 (3)组织标本：来自感染部位的穿刺或手术切除组织标本，应保
二代测序在科研中的应用研究概述及解释说明 1. 引言 1.1 概述 二代测序技术是一种高效的DNA 或RNA 序列分析方法，近年来在科研领域得到了广泛应用。相较于传统的Sanger 测序技术，二代测序具有高通量、高速度和低成本的特点，已经成为当今基因组学、进化生物学以及其他生命科学领域研究的重要工具。 1.2 文章结构 本文将首先介绍二代测序的原理和常见技术，并探讨其优势和局限性。接着，重点阐述二代测序技术在基因组学研究中的应用，包括基因组重测序与组装、基因表达定量与差异分析，以及转录组和蛋白质组研究。随后，我们还将探讨二代测序在进化生物学研究中的应用，包括宏基因组学研究、群体遗传学分析，以及自然选择与比较基因组学研究。最后，在结论部分对本文进行总结，并对未来发展进行展望。 1.3 目的 本文旨在全面介绍和解释二代测序在科研中的应用研究，并展示其在基因组学和进化生物学领域的重要性。通过本文的阐述，读者将能够深入了解二代测序技术
及其优势，并了解该技术在不同研究领域的具体应用。最终，我们希望能够为科研人员提供有关二代测序应用的详尽信息，促进他们在相关领域的研究工作。 2. 二代测序的原理和技术 2.1 二代测序的概念 二代测序是指一种高通量测序技术，它可以快速、准确地获取生物样本中的DNA或RNA序列。与传统Sanger测序相比，二代测序具有更高的通量和较低的成本。通过将DNA或RNA分子反复扩增和串联化处理，然后在测序仪中进行大规模平行测定，二代测序能够同时获得成千上万个片段的短读长序列。 2.2 常见的二代测序技术 目前市场上存在多种常见的二代测序技术，包括：Illumina HiSeq/X Ten、Ion Torrent PGM/Proton等。其中，Illumina HiSeq系列是最常用的二代测序技术之一。其原理基于桥式PCR扩增、聚合酶链反应（PCR）和荧光标记等关键步骤。而Ion Torrent系列则是通过基于半导体芯片探针依赖于电离信号检测来实现DNA链延伸，并观察H+离子释放来确定碱基顺序。 2.3 二代测序技术的优势和局限性 二代测序技术相比传统的Sanger测序方法具有以下优势：高通量，可以同时测序多个样本和大规模扩增片段；较低的成本，使得测序变得更加经济可行；快速的上机时间，缩短了样本筛选和分析所需的时间。然而，二代测序技术也存
最新：宏基因组二代测序最新共识解读（全文） 相关数据显示，呼吸系统感染是造成全球死亡人数最多的一类感染。呼吸系统感染的病原体种类繁多，病原诊断困难，虽然近年来分子生物学方法在感染性疾病病原检测中表现突出，但仍有50%左右的呼吸系统感染无法明确病原体。 宏基因组二代测序（mNGS）通过对临床标本进行宏基因组测序，可以无偏向性地检出标本中的各种微生物（包括病毒、细菌、真菌和寄生虫），目前已被广泛应用于临床感染性疾病的病原检测，越来越多的临床研究及特殊病原体感染案例报道（特别是少见、苛养病原体）肯定了mNGS在感染性疾病病原体诊断中的重要价值。 呼吸系统感染mNGS送检和结果解读的特殊性 列举中枢神经系统感染，通常脑脊液、血培养2个标本对比即可判断病原菌。但是呼吸系统是非无菌部位，与外界相通，微生物组成尤为复杂，存在定植菌与感染菌鉴别的困难。 其次，样本类型的多样性[主要包括：肺泡灌洗液、痰（咳痰、雾化导痰、经人工气道吸痰）、肺组织活检、鼻咽或口咽拭子、胸腔积液、纵隔/肺门淋巴结、外周血、福尔马林固定石蜡切片]，不同的呼吸系统感染类型优选
的标本类型也不同，不同的标本类型检测结果解读原则也不尽相同。然而，适用于送检mNGS的适应证究竟有哪些？为此专家共识也给出具体推荐，为临床提供参考。 呼吸系统感染临床送检适应证 推荐1：疑似下呼吸道感染（LRTIs）的危重症患者，建议送检mNGS。 由于现有常规微生物检测方法敏感度低、检测时间长及病原谱窄等因素的限制，LRTIs病原检出率低。重症LRTIs患者若得不到及时有效治疗，病情可迅速进展，甚至危及生命。重症肺炎中mNGS较传统方法病原检出率更高，可降低重症肺炎病死率。 推荐2：免疫功能抑制患者的呼吸系统感染，建议送检mNGS。 免疫抑制患者发生呼吸系统感染时，致病病原体较免疫正常患者更为复杂，且起病隐匿，进展快速，预后差，病死率高，故应特别重视，尽早明确病原学诊断。 免疫抑制按机制主要分为粒细胞减少或功能障碍、体液免疫缺陷和细胞免疫缺陷三种类型，某些患者可能存在联合免疫抑制。在免疫抑制患者中，mNGS检测到的病原体更多，临床符合率高，能发现更多的真菌、病毒以
宏基因检测结果简要解读 病原学的精准诊断对于感染性疾病的诊断和治疗具有重要意义。传统的病原学诊断高度依赖于临床医师的经验，通常根据患者的临床表现做出病原体的鉴别诊断，针对可疑的病原体进行检测，逐一排查；因传统检测方法的局限性往往无法兼顾罕见致病病原体和混合感染等情况，而宏基因组第二代测序(metagenomics next generation sequencing，简称mNGS)技术可以快速、无偏倚地同时检测多种病原体。 mNGS正愈加普遍地应用于临床感染性疾病病原检测，成为助力疑难、危重感染诊断的好帮手，但是很多临床医生对报告单的结果解释有所疑惑，因此本文针对目前本中心提供的病原微生物宏基因检测项目报告单的结果部分做出一些说明。 病原微生物宏基因检测结果包括如下几个部分： 1.细菌列表； 2.真菌列表； 3.病毒列表； 4.寄生虫列表； 5.1 结核分枝杆菌复合群列表； 5.2 非结核分枝杆菌（NTM）列表；
5.3 支原体/衣原体列表； 6.耐药基因列表； 7.疑似背景列表。 列表中会报告检测到微生物所属的属的中文名、拉丁文名、序列数和相对丰度以及种的中文名、拉丁文名、序列数、相对丰度和基因组覆盖度，针对细菌和病毒还会提供其所属类型，如革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌、DNA病毒、RNA病毒等。其中，序列数是指能够特异性比对到该病原体的碱基序列数目，宏基因技术是把微生物的核酸打断成核酸片段后进行测序，换句话说，序列数就是检测到多少个核酸片段属于该微生物，因此序列数往往与该病原体的载量正相关。相对丰度是指该病原体在检测到的同类微生物中的序列占比，由于细菌、真菌、病毒和寄生虫的微生态特征、临床意义不同，它们是独立计算相对丰度的，例如，某个细菌的相对丰度是该细菌在该样本所有检出细菌中所占的百分比。因此相对丰度越高，表示该病原体在标本中的占比越高，但不同大类间的微生物相对丰度无法互相比较。基因组覆盖度是指该微生物核酸序列覆盖到该微生物整个基因序列的比值，基因组覆盖度与序列数有关，序列数越多，核酸越高，表示该病原体在标本中真实存在的可性能越高。 举例说明，下图中金黄色葡萄球菌，能够比对到葡萄球菌属的核酸序列有95条，这95条序列在该样本所有细菌序列中的占比为0.656%，其中有78条能够特异性比对到金黄色葡萄球菌，因为该样本葡萄球菌属中只检测到了金黄色葡萄球菌，所有它的相对丰度等于葡萄球菌属的相对丰度（另外17条序列比对到葡萄球菌属的共有序列，无法特异性比对到某种葡萄球菌）。这些能够比对到金黄色葡萄球菌的序列总共有6636个碱基，覆盖到了该物种总基因组长度（2821361个碱基）的0.2352%。 除疑似背景列表外，其他列表视为报告的正文。正文列表中的病原微生物符合宏基因技术判读指标，包括序列的数量、特异性和相似度等指标合格。疑似背景列表中的微生物是从技术指标上无法明确判
宏基因组测序及分析 宏基因组测序及分析是一种用于研究多种微生物群落中的所有基因的 方法。与传统的小基因组测序方法不同，宏基因组测序涉及到从环境样品 中提取DNA并进行测序，以获得整个微生物群落的基因信息。宏基因组测 序的目的是了解不同微生物在特定环境中的功能、结构和相互关系，为我 们进一步研究微生物的生态系统功能和微生物群落的组成提供重要的信息。 16SrRNA基因测序是一种广泛应用的技术，用于研究微生物群落的组 成和结构。16SrRNA基因是细菌和古菌中高度保守的基因，它具有多个高 度保守的区域和变异的区域。通过测序这些特征区域，我们可以识别细菌 和古菌的分类和亲缘关系。通过分析16SrRNA基因序列的方法，我们可以 了解微生物群落的多样性和物种组成。这种方法使我们能够在环境中准确 鉴定微生物，并研究它们在不同环境中的生态功能。 元转录组测序是一种用于研究微生物群落在特定环境条件下的功能和 活动的方法。元转录组测序可以提供有关微生物在特定环境条件下活跃的 基因和产生的蛋白质信息。通过测序环境样品中的RNA转录产物，我们可 以测定微生物在特定环境条件下的基因表达情况。这种方法可以帮助我们 了解微生物在不同环境中的功能和适应策略，以及它们如何参与环境过程 和生态系统功能。 宏基因组测序及其分析可以应用于多个领域，包括环境微生物学、人 类肠道微生物组学、食品安全和重要农作物的微生物组学等。通过研究不 同环境中微生物群落的组成和功能，我们可以了解微生物的生态学角色， 并且可以应用这些知识来改善环境管理、人类健康和生态系统保护。
总之，宏基因组测序及分析是一种强大的工具，可以帮助我们揭示微生物群落的多样性、结构和功能。这项技术在许多领域有着广泛的应用，为我们了解微生物的生态学角色和环境生态系统功能提供了重要的信息。随着技术的不断发展和成熟，宏基因组测序及分析将在未来得到更加广泛的应用和重要性。
宏基因组二代测序技术对肺部感染病原 菌检测的临床意义 【摘要】目的：研究宏基因组二代测序技术对肺部感染病原菌检测的临床意义。方法：选取肺部感染的患者，选取时间为2020年1月-2021年1(9)月没那 么多，选取例数为64例。所有患者均接受宏基因组二代测序技术（mNGS）检测，收集患者临床资料、mNGS检测结果、传统病原学检测结果。比较患者mNGS检测 结果和传统病原学检测结果阳性率情况和临床诊断一致性情况，同时探讨抗菌药 物治疗中mNGS的指导性作用。结果：所选64例患者中，38例为支气管肺泡灌洗 液标本、16例为痰标本、10例为血液标本。mNGS检出病原菌包括16例结核分枝 杆菌、1鸟分枝杆菌、12例鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯、1铜绿假单胞菌、1、肺炎链球菌、诺卡菌、10例曲霉菌、7例肺孢子菌、3例病毒、6例念珠菌。mNGS 检测结果阳性率为93.75%、临床符合率为71.88%，分别高于传统病原学检测的21.88%、6.25%，均有显著差异，P＜0.05。根据mNGS检测结果，为40例患者提 供抗菌药物治疗调整方案，调整后临床症状显著改善的患者有28例，有效率为70.00%。结论：在肺部感染患者的病原菌检测当中，采用宏基因组二代测序技术，能够使病原菌检出率大大提升，同时可提高与临床结果的符合率，为抗菌药物治 疗方案的制定和调整提供方案，具有重要的临床价值。 【关键词】宏基因组二代测序技术；肺部感染；病原菌检测；临床意义 在呼吸系统疾病当中，肺部感染具有较高的发病率，如果是重症感染，死亡 率还会进一步提升，对人们的生活质量、身体健康，甚至生命安全都造成了巨大 的影响。在肺部感染疾病的治疗过程中，要根据不同的病原菌采取相对应的治疗 方法，才能保证疗效[1]。因此，必须具体病原菌加以明确，同时以药敏试验结果 为依据，提高抗菌药物使用的合理性与针对性。在传统病原菌检测当中，主要采 取血液标本、支气管肺泡灌洗液标本、痰标本等涂片或培养的检测方法，不过阳 性率并不高，难以为疾病治疗提供准确的依据。宏基因组二代测序技术（mNGS）
宏基因组测序技术检测方法 宏基因组测序（metagenomics sequencing）是一种用于研究微生物 群落组成和功能的技术。它通过对环境样本中的DNA进行高通量测序，可 以获取到微生物群落的整个基因组信息，包括群落中各种微生物的组成、 丰度以及功能特征。 首先是样品采集。宏基因组测序可以应用于各种环境样品，包括土壤、水体、肠道、皮肤等。样品采集时需要注意避免污染，并选择适当的采集 方法和样品保存条件，以确保得到代表性的样品。 其次是DNA提取。由于微生物在环境中通常以微量存在，所以需要进 行DNA提取以获取足够的DNA样本。提取方法通常使用商业化的DNA提取 试剂盒，其原理大致相同：首先破解细胞壁和细胞膜，释放DNA，并经过 一系列的沉淀和洗涤步骤，最终得到纯化的DNA。 然后是测序。宏基因组测序技术常用的测序平台包括Illumina HiSeq，PacBio SMRT和Oxford Nanopore等。其中Illumina HiSeq平台 是目前最为广泛应用的测序平台。测序时将建好的文库片段与测序芯片上 的测序引物配对，通过不同的测序方法（如合成DNA链延伸和荧光信号检 测等）获取DNA片段的序列信息。 最后是数据分析。宏基因组测序所得到的海量数据需要进行生物信息 学分析，以解读数据中的信息。数据分析包括序列质量控制、去除主机DNA、去除低质量序列、进行序列拼接和比对、物种分类和功能注释等。 其中物种分类可以使用16S或18SrRNA基因序列进行，功能注释可以使用 基因数据库进行。通过这些分析，可以获取样品中各种微生物的组成和丰度，并了解其功能特征。
总结来说，宏基因组测序技术的检测方法包括样品采集、DNA提取、建库、测序和数据分析等几个重要步骤。这些步骤通常需要借助一系列的实验方法和设备来完成。宏基因组测序技术的快速发展，为我们深入了解微生物群落提供了有力的工具，也为环境保护、农业生产、医学研究等领域提供了更加准确、细致的数据支持。
完整版)宏基因组测序讲解 宏基因组测序的目的是研究藻类物种的分类、与特定环境相关的代谢通路，以及通过不同样品的比较研究微生物内部、微生物与环境以及与宿主的关系。宏基因组，也称为微生物环境基因组或元基因组，是由Handelsman等于1998年提出的新名词。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因，主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。宏基因组学是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象的微生物研究方法。它通过功能基因筛选和/或测序分析为研究手段，以微生物多 样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系以及与环境之间的关系为研究目的。一般XXX包括从环境样品中提 取基因组DNA，进行高通量测序分析，或克隆DNA到合适 的载体，导入宿主菌体，筛选目的转化子等工作。 宏基因组文库是一种重要的研究工具，可以利用转入大肠杆菌中的宏基因组DNA载体，使以前无法研究的不可培养微 生物的DNA得到复制、表达，从而进行研究。所有带有宏基 因组DNA载体的模式微生物克隆构成宏基因组文库。对于宏 基因组文库的DNA进行分析，有很多分析方法，主要分为表 型功能筛选和序列基因型分析两类。表型功能筛选是利用模式
微生物表型的变化筛选某些目的基因，例如从文库中筛选能表达抗菌物质的克隆。而序列基因型分析则是对文库中所有或部分的DNA进行测序分析，以应用于生态学研究，例如分析文 库中16SrRNA序列，对所研究生态环境的多样性进行评估。 一个典型的宏基因组分析涉及多个轮次，以确保从生态环境标本中分离到目的基因，并尽可能多地分析DNA序列所编码的 信息。 XXX是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对 象的新的微生物研究方法。它主要通过功能基因筛选和测序分析来研究微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系。在宏基因组学研究中，样品总DNA的提取及基因或基因组DNA的富集是非常关键的步骤。提取的样品DNA必须可以代表特定环境中微生物的种类，获得高质量环境样品中的总DNA是宏基因组文库构建的关键 之一。因此，应选择合适的方法，既要尽可能地完全抽提出环境样品中的DNA，又要保持较大的片段以获得完整的目的基 因或基因簇。同时，应严格操作，谨防污染，并且保持DNA 片段的完整和纯度。目前已有许多商品化宏基因组DNA提取
宏基因组学在微生物研究中的应用宏基因组学是一项利用现代高通量测序技术对整个生态系统中所包含的所有微生物群体进行测序和分析的科学研究领域。宏基因组学可以用来研究微生物的分类、物种间关系、功能等方面的问题，已经成为微生物学研究的重要工具之一。 在宏基因组学的兴起之前，微生物学家们主要使用PCR方法和一些传统分子生物学技术来研究微生物。这些方法只能对少量的细菌进行研究，无法全面掌握复杂微生物群体的信息。宏基因组学技术的发展，使得科学家们可以针对微生物群体进行全基因组测序，从而获得所有微生物的信息，包括细菌、真菌、病毒和其他微生物。 宏基因组学的流程包括样品制备、测序、序列分析和数据分析等步骤。其中，样品制备是非常关键的步骤，直接决定了测序质量和准确性。对于不同类型的微生物，有不同的样品制备方法。例如，对于酵母等真核生物，需要对DNA进行加工，去除非编码区域，提高测序的效率和准确性；对于细菌和古菌，需要对样品进行分离纯化，以避免其他细胞的混杂。
测序是宏基因组学的核心步骤，现在市场上有许多不同的高通 量测序方法，包括Illumina平台、Ion Torrent平台和PacBio平台等。对于不同的样品类型和具体研究目的，适用的测序平台也不同。Illumina平台以其高精度、高质量和低成本而被广泛应用于宏 基因组学研究。而PacBio平台则以其长读长度、高容错率和高分 辨率等优点被用于研究复杂宏基因组。 在测序完成之后，需要对测序数据进行分析。主要的分析方法 包括序列组装、物种注释、基因注释和功能预测等。序列组装是 将原始序列拼接成长的连续序列，并去除较小的序列和质量差的 序列；物种注释是确定序列对应物种的分类信息；基因注释是识 别物种基因组中的开放阅读框（ORF），并确定其具体功能；功 能预测是基于已知数据库对ORF的功能进行推测。 宏基因组学的应用非常广泛，可以应用于环境监测、农业生产、医疗诊断等领域。例如，在环境监测方面，它可以用于了解水体、土壤、空气中微生物的物种组成和功能特性，为环境保护和资源 管理提供科学依据。在农业生产方面，它可以用于研究土壤微生 物的物种和功能，探索土壤改良的新途径；在医疗诊断方面，它 可以通过测定人体中微生物的组成、丰度和活性等信息，为疾病 的预防、诊断和治疗提供新思路和新方法。
最新：宏基因组二代测序技术在血液病患者感染病原诊断中的应用中国专 家共识（2023年版） 该共识对血液病患者感染临床送检mNGS 适应证、样本采集与质量控制、报告解读等方面给出了明确推荐意见，可供临床借鉴参考。 01、血液病患者感染 临床送检mNGS 适应证 共识1：感染是血液病患者常见的并发症，当疑似感染发生时，应首先选择传统微生物学检测，仅在特殊情境下谨慎选择病原mNGS 检测。 图：血液病患者病原宏基因组二代测序（mNGS）送检流程图 1、中性粒细胞缺乏（粒缺）伴发热 共识2：低危且无明显感染灶的患者，如经验抗菌药物治疗≥7 d未明显好转可考虑在送检血培养的同时送检外周血标本mNGS；高危患者初始
经验性治疗72~96 h 无效时，推荐送检传统微生物学检测的同时送检血液mNGS。 2、血流感染（BSI） 共识3：疑似BSI 患者，在留取血培养标本的同时留取血浆样本，于-80 ℃暂存；如72 h 内血培养阴性且抗感染治疗无改善的患者，推荐将留存样本进行mNGS。疑似脓毒症的重症患者，建议送检血培养同时送检血mNGS。 3、下呼吸道感染 共识4：下呼吸道感染患者首选支气管肺泡灌洗液（BALF）送检传统微生物学检测，难以进行支气管肺泡灌洗的患者，可以选择深部痰进行检测，并同时留取标本冻存。如抗感染治疗≥72 h 感染症状无好转或影像学表现持续加重的患者，建议送检留存标本行mNGS 检测。如为重症下呼吸道感染或有快速进展为重症的危险因素患者，建议同时送检传统微生物学检测及mNGS。 4、中枢神经系统感染（CNSI） 共识5：疑似CNSI，推荐脑脊液在送检传统微生物学检测的同时送检mNGS，在流程上建议选择DNA 检测，仅在考虑RNA 病毒感染时完善RNA 检测流程。
2020版：中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应 用专家共识（完整版） 病原学诊断始终是感染性疾病诊断中最重要的环节。传统的病原学诊断是临床医师根据患者的临床表现做出一系列鉴别诊断，然后针对这些进行检测，通常一项检测只能对应一种病原体，而宏基因组学第二代测序(metagenomics next generation sequencing,以下简称二代测序)技术检测能覆盖更广范围的病原体。本专家共识就二代测序的临床应用范围、样本采集、分析解读和诊断效能等方面进行证据总结和意见推荐。 一、证据强度和证据质量的分级定义 证据强度：A为强烈推荐；B为推荐，但其他替代方案也可接受；C为推荐强度低，寻求替代方案；D为从不推荐。证据质量：Ⅰ为证据来自随机对照试验，Ⅱ为证据来自非随机对照试验，Ⅲ为证据仅来自专家意见。 二、二代测序的临床需求与应用范围 (一)背景及概述 推荐意见1：若怀疑细菌、真菌、DNA病毒、寄生虫、不典型病原体感染且需进行二代测序检测时，建议采用DNA检测；若怀疑RNA病毒感染时，则建议采用RNA检测(A，Ⅱ)。 推荐意见2：对于临床疑似感染的病重、病危或免疫抑制、免疫缺陷患者，建议在完善传统实验室及分子生物学检测的同时，采集疑似感染部位的标本进行二代测序(B，Ⅱ)。
二代测序检测能覆盖较大范围的病原体，病毒、细菌、真菌、寄生虫都能被同时检测，不论临床样本培养成功与否，只要含有可检测到的DNA 或RNA即可[1,2,3,4,5,6]。从接收样本至完成数据分析，二代测序的周转时间根据测序技术、方法和生物信息学分析方法的不同而不同，已有报道为6 h至7 d不等(平均48 h)[7,8]。 二代测序在感染性疾病诊断领域中的优势在于其能检测到其他传统手段无法检测到的病原体。因此，二代测序可能在应用于临床疑难杂症或免疫抑制患者时有更大意义。另外，二代测序也被报道可用于"排除"检测，即检测阴性有助于排除感染性疾病的诊断，但前提条件是测序覆盖度足够高，能确保样本中存在的病原微生物被检测出来[1]。二代测序的其他潜在应用还包括病原体的耐药基因检测、医院感染控制的监测，以及社区传染性疾病暴发的监测，但这些应用通常需要极高的覆盖深度[9]。 从传统培养转向分子生物学诊断需要临床医师及临床微生物学家的思维转变。传统的微生物学是建立在体外分离培养的基础上，而实际上许多环境中或人体的致病微生物难以被培养，或许只能通过二代测序才能被发现[4]。所以临床医师及临床微生物学家很有必要熟悉这个新工具，知晓其优势和局限性。 目前，尚鲜见针对二代测序结果解读的规范，包括序列数阈值，以及灵敏性、特异性评估的统一临床标准等。就像所有其他新技术，在解释数据和报告数据方面仍有很大的困难与挑战[10]。如能进一步规范二代测序在临床感染性疾病中的应用，就可给予临床实践非常重要的线索和信息，协助临床诊断。
宏基因组测序 目的 研究藻类物种的分类，研究与特定环境与相关的代谢通路，以及通过不同样品的比较研究微生物内部，微生物与环境，与宿主的关系。技术简介 宏基因组( Metagenome)(也称微生物环境基因组Microbial Environmental Genome, 或元基因组) 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词，其定义为"the genomes of the total microbiota found in nature" , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因，目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。而所谓宏基因组学 (或元基因组学， metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，以功能基因筛选和/或测序分析为研究手段，以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究目的的新的微生物研究方法。一般包括从环境样品中提取基因组 DNA, 进行高通量测序分析，或克隆DNA到合适的载体，导入宿主菌体，筛选目的转化子等工作。 宏基因组( Metagenome)(也称微生物环境基因组Microbial Environmental Genome, 或元基因组) 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词，其定义为"the genomes of the total microbiota found in nature" , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因，目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。而所谓宏基因组学 (或元基因组学， metagenomics) 就是一种以环境样品中的微生物群体基因组为研究对象，以功能基因筛选和/或测序分析为研究手段，以微生物多样性、种群结构、进化关系、功能活性、相互协作关系及与环境之间的关系为研究
2022年宏基因组测序mNGS临床应用进展（全文） 推荐理由 感染性疾病的病原体种类多样，除常见的病原体外，罕见细菌、病毒、真菌及寄生虫等病原体不易被传统的方法检测，给临床诊断带来困难，导致漏诊和延误，或造成抗生素药物的滥用。近年来，随着测序技术的飞速发展，二代测序（next-generation sequencing，NGS）技术已逐步应用于感染性疾病的诊断、治疗和监测。宏基因组测序（metagenomics next generation sequencing，mNGS）技术是对样本中所有核酸进行无偏倚测序，结合病原微生物数据库及特定算法，检测样本中含有的病原微生物序列，在病原微生物的鉴定、分型、耐药突变检测及新型病原体鉴定等方面具有独特的优势和吸引力。 早在2014年，美国Charles Chiu教授首次应用mNGS技术诊断了一例神经系统钩端螺旋体病例[1]，而这类疾病依靠常规检测方法是难以检出的，此次应用证实了mNGS技术在病原微生物鉴定领域，尤其是疑难微生物鉴定方面的应用潜能。随着该技术的社会经济成本不断降低和技术的不断完善，mNGS已逐渐从科研走向临床应用，成为临床疑难和未知病原微生物检验的重要手段。2020年12月13日，复旦大学附属中山医院感染病科的胡必杰教授团队在Small Methods上（IF=12.13）发表了一篇题为“High-Throughput Metagenomics for Identification of Pathogens in the Clinical Settings”的综述，对高通量测序技术在感染病
原检测方面的应用进行了详细地阐述，特摘综述的部分节选，以飨读者。高通量测序技术在临床诊断的应用 高通量测序技术发展历程[2] 测序技术面世至今，测序技术和测序平台不断更迭，而且测序读长不断加长、通量不断提升、时间不断缩短。1977年出现了以Sanger测序技术[3]为代表的一代测序，其主要特点是测序读长长（可达1000bp），准确性高。然而，一代测序由于测序成本高，通量低等方面的缺点，严重影响了其真正大规模的应用。 现阶段，二代测序（NGS）技术大大降低了测序成本，大幅提高了测序速度，并且保持了高准确性。但是，NGS存在序列读长短、后续的分析依赖于片段拼接可能影响准确度以及测序运行时间较长的问题。因此，二代测序仍有改进的空间。 三代测序技术又称单分子测序技术，与NGS相比，三代测序技术每秒可检测10个核苷酸，大大缩短了测序时间。此外，三代测序可实现DNA/RNA
最新：宏基因组二代测序技术在新生儿感染性疾病中的临床应用专家共识 （最全版） 摘要 近年来基于高通量测序平台的宏基因组二代测序（mNGS）技术在新生儿感染性疾病领域得到了广泛应用。为了更加规范mNGS技术在新生儿重症监护病房的应用，中华医学会儿科学分会新生儿学组和中华儿科杂志编辑委员会组织专家以国内外循证医学证据和最新进展为基础，从mNGS 技术的临床适应证、标本采集与转运、报告解读等方面给出建议。 宏基因组二代测序（metagenomics next-generation sequencing，mNGS）平台是基于高通量测序技术对各种临床样本中的全部生物基因组进行测序的实验室诊断技术，近年来已逐渐被认识并应用于各种感染性疾病的诊断。mNGS可以同时测定某一临床样本中数千万条核酸序列，然后通过强大的生物信息学平台将测序数据与病原体数据库进行比对，获得病原体的分类信息，以鉴定可能的致病病原体。此外，mNGS还可以直接从临床样本分析耐药基因，辅助临床诊断以及分析人类宿主反应（转录组）数据以预测感染原因和评估疾病风险。mNGS技术的成功开展对部分感染性疾病患者尤其是免疫抑制人群及重症感染人群的病原学诊断起到了突破性作用。长期以来新生儿感染一直是儿科医生面临的重大挑战，新生儿的免疫系统不成熟，易感因素多，在接触病原体时防御功能较为脆弱，导
致相对高的发病率和病死率。由于新生儿感染的临床表现往往不典型，病情较为隐匿、进展迅速，快速明确病原体对疾病的诊治及转归十分重要。基于mNGS具有无偏倚性、覆盖广、敏感性高，用时相对较短等优点，尤其可在混合感染或病毒感染方面展现其优势，因此mNGS在新生儿感染性疾病中具有广阔的应用前景，但现阶段在新生儿重症监护病房（neonatal intensive care unit，NICU）实践中仍存在一定的局限性及问题：成本相对昂贵；对新生儿的临床适应证认识不足，送检存在较大的盲目性和随意性；样本类型的选择以及对样本送检的流程及注意事项不清楚；实验检测流程操作复杂，缺乏统一标准；测序结果复杂，可能出现假阳性结果误导临床等。以上问题均限制了mNGS在NICU中的临床应用和推广。为了提高mNGS的诊断质量，规范其在新生儿感染性疾病领域的临床应用，中华医学会儿科学分会新生儿学组和中华儿科杂志编辑委员会成立专家组，广泛征求意见和建议，基于国内外临床证据，结合临床实践经验，于2021年7—12月经过专家反复讨论，制定了“宏基因组二代测序技术在新生儿感染性疾病中的临床应用专家共识”（简称本共识）。本共识主要目标读者为儿科尤其是新生儿科专业医生。 一、mNGS在NICU感染性疾病中的应用 共识1：患儿具有急危重症表现，不除外感染，或有继发或并发危及生命的严重感染，需要尽快明确病原体，建议常规检测的同时送检mNGS。 急危重症指多器官功能衰竭，由新生儿败血症、脑膜炎、重症肺炎、腹腔