关于血液肿瘤二代测序报告单解读，您需要知道的。。。
随着二代测序技术的发展，越来越多血液科医生都会开展二代测序项目，但是很多医生对报告单结果一头雾水。所以今天我们简单谈谈如何看懂一份血液肿瘤二代测序报告。
鉴于大家对二代测序的相关知识了解程度参差不齐，我们总结出“一对二看三查四问”的四步法，大家可以作为参考来分析二代测序的结果。
“一对”：核对标本送检信息。养成良好的核对习惯，确定我们手里拿的报告正好是我们需要的，病人信息没错，送检项目没错。
“二看”：看测序结果。几乎所有报告单的测序结果都是分等级列表式呈现，通常会报出三类变异：强烈临床意义变异、可能临床意义变异以及意义未明变异。推荐临床医生重点查看前两类突变，而“意义未明变异”鉴于目前尚不清楚其临床指导意义，不要过于纠结而浪费时间，只需记录积累，将来再进行回顾性分析即可。测序结果通常以表格形式呈现，表头术语就是要交代清楚XX基因XX位置发生什么突变，突变频率是多少。这些表头术语解释通常在报告单的末尾。以下图为例，简洁明了地列出“基因”、“突变命名”和“突变频率”。
这个结果表示检测到I类变异有三个：其中DNMT3A发生了移码突变，SETBP1和SRSF2发生点突变；三类变异有一个：ETV6发生点突变。其中“突变命名”均以人类基因组变异协会（HGVS）规范进行标准书写：
以DNMT3A为例进行移码突变的书写方式解释：
1. NM_175629.2是DNMT3A的一个转录本，
2. c.2374delC：c是cDNA序列，C是胞嘧啶，del是deletion
缩写，c.2374delC表示cDNA序列第2374位胞嘧啶缺失，
3. p.R792fs: p是蛋白序列，R是精氨酸， fs是framshift缩写，p.R792fs表示蛋白序列第792位精氨酸发生移码突变，
4. 30.6%：表示DNMT3A这个突变占野生+突变总和的30.6%，即突变频率为30.6%。
以SETBP1为例进行点突变的书写方式解释：
1. NM_015559.2是SETBP1的一个转录本，
2. c.2608G>A: c是cDNA序列，G是鸟嘌呤，A是腺嘌呤，
c.2608G>A表示cDNA序列地2608位鸟嘌呤突变为腺嘌呤，
3. p.G870S: p是蛋白序列，G是甘氨酸，S是丝氨酸，p.G870S 表示蛋白序列第870位甘氨酸突变为丝氨酸，
4. 23%：表示SETBP1这个突变频率为23%。
以上点突变及移码突变是最常见的两种变异方式，想知道其他复杂的变异书写方式可参阅2001年发表在Hum Genet的文献“Nomenclature for the description of human sequence variations”。
有的报告单会把基因的突变频率写成“丰度”“变异比例”“VAF（variant allele frequency）”“MAF（mutant allele frequency）”等，通过突变频率可初步判断一下突变是体细胞突变（后天获得的）还是胚系突变（先天可遗传的），一般胚系突变的理论值是50%（杂合）或者100%（纯合），但在实际分析中，会把50%左右（如40%-60%）认为是胚系的杂合突变，90%-100%认为是胚系的纯合突变，其他比例的突变是体细胞突变的可能性大。但是判断是体细胞突变还是胚系突变，最好是有正常样本的对照，比如对口腔粘膜上皮细胞进行一代测序位点验证。对于体细胞突变，突变频率可以反映当前样本肿瘤细胞的克隆比例，对于以后样本复查有重要的参考价值。对于初诊标本，如存在多个基因突变，还可通过突变频率的高低大概判断一下基因突变发生的前后顺序，一般起始突变的突变频率都比较高，比如DNMT3A突变。
如果测序结果是常见的热点突变，那么对于有经验的临床医生到这一步就已经能够判断突变的临床意义了，但是一份样本的测序结果往往会出现很多不熟悉的突变，这时候我们就需要查找它们具体的临床意义。
“三查”：查找临床意义。一份优秀的报告单会在结果解析部分对突变位点的临床意义给予充分的描述，包括诊断分型、预后评估以及指导治疗等，这些信息通常来自权威指南、共识，权威文献以及公认数据库等。对于有多个基因突变的结果，他们的临床意义需要综合考虑，侧重突变频率高的有强烈临床意义的突变，侧重有预后不良意义的突变，侧重有靶药治疗的突变。当然这些都是一些经验值，任何一种肿瘤的突变，都是一个谱系，要全面解读多基因突变的临床意义还需要不断地积累。
“四问”：问询。如果完成了前三步，但结果与预期不相符，或者对于结果还有疑问，那么最好的办法就是找报告审核人员问询吧。
关于血液肿瘤二代测序报告单解读，您需要知道的。。。 随着二代测序技术的发展，越来越多血液科医生都会开展二代测序项目，但是很多医生对报告单结果一头雾水。所以今天我们简单谈谈如何看懂一份血液肿瘤二代测序报告。 鉴于大家对二代测序的相关知识了解程度参差不齐，我们总结出“一对二看三查四问”的四步法，大家可以作为参考来分析二代测序的结果。 “一对”：核对标本送检信息。养成良好的核对习惯，确定我们手里拿的报告正好是我们需要的，病人信息没错，送检项目没错。 “二看”：看测序结果。几乎所有报告单的测序结果都是分等级列表式呈现，通常会报出三类变异：强烈临床意义变异、可能临床意义变异以及意义未明变异。推荐临床医生重点查看前两类突变，而“意义未明变异”鉴于目前尚不清楚其临床指导意义，不要过于纠结而浪费时间，只需记录积累，将来再进行回顾性分析即可。测序结果通常以表格形式呈现，表头术语就是要交代清楚XX基因XX位置发生什么突变，突变频率是多少。这些表头术语解释通常在报告单的末尾。以下图为例，简洁明了地列出“基因”、“突变命名”和“突变频率”。 这个结果表示检测到I类变异有三个：其中DNMT3A发生了移码突变，SETBP1和SRSF2发生点突变；三类变异有一个：ETV6发生点突变。其中“突变命名”均以人类基因组变异协会（HGVS）规范进行标准书写： 以DNMT3A为例进行移码突变的书写方式解释： 1. NM_175629.2是DNMT3A的一个转录本， 2. c.2374delC：c是cDNA序列，C是胞嘧啶，del是deletion
缩写，c.2374delC表示cDNA序列第2374位胞嘧啶缺失， 3. p.R792fs: p是蛋白序列，R是精氨酸， fs是framshift缩写，p.R792fs表示蛋白序列第792位精氨酸发生移码突变， 4. 30.6%：表示DNMT3A这个突变占野生+突变总和的30.6%，即突变频率为30.6%。 以SETBP1为例进行点突变的书写方式解释： 1. NM_015559.2是SETBP1的一个转录本， 2. c.2608G>A: c是cDNA序列，G是鸟嘌呤，A是腺嘌呤， c.2608G>A表示cDNA序列地2608位鸟嘌呤突变为腺嘌呤， 3. p.G870S: p是蛋白序列，G是甘氨酸，S是丝氨酸，p.G870S 表示蛋白序列第870位甘氨酸突变为丝氨酸， 4. 23%：表示SETBP1这个突变频率为23%。 以上点突变及移码突变是最常见的两种变异方式，想知道其他复杂的变异书写方式可参阅2001年发表在Hum Genet的文献“Nomenclature for the description of human sequence variations”。 有的报告单会把基因的突变频率写成“丰度”“变异比例”“VAF（variant allele frequency）”“MAF（mutant allele frequency）”等，通过突变频率可初步判断一下突变是体细胞突变（后天获得的）还是胚系突变（先天可遗传的），一般胚系突变的理论值是50%（杂合）或者100%（纯合），但在实际分析中，会把50%左右（如40%-60%）认为是胚系的杂合突变，90%-100%认为是胚系的纯合突变，其他比例的突变是体细胞突变的可能性大。但是判断是体细胞突变还是胚系突变，最好是有正常样本的对照，比如对口腔粘膜上皮细胞进行一代测序位点验证。对于体细胞突变，突变频率可以反映当前样本肿瘤细胞的克隆比例，对于以后样本复查有重要的参考价值。对于初诊标本，如存在多个基因突变，还可通过突变频率的高低大概判断一下基因突变发生的前后顺序，一般起始突变的突变频率都比较高，比如DNMT3A突变。
送检mNGS宏基因组二代测序报告情况、标本类型、送检保存要求、标本运输要求、测序情况、内容解释、微生物致病概率分级及 解读 宏基因组二代测序(mNGS) 是基于核酸检测的微生物鉴定技术其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用。下呼吸道感染主要包括社区获得性肺炎、医院获得性肺炎、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之mNGS 技术本身存在的局限性，mNGS 诊断效力的发挥有赖于选择恰当患者、采用适宜标本以及进行合理解读。 需送检mNGS情况 (1) 免疫抑制宿主疑似发生LRTI 且临床表现提示非CAP 常见病原微生物所致者； (2) LRTI 患者发病初期即出现需要使用血管活性药物的感染性休克、需要有创机械通气的呼吸衰竭、多脏器功能不全等危及生命的状况时；LRTI 经规范经验性抗感染治疗48—72 h 后，感染症状仍持续加重或影像学快速进展者； (3) 聚集性发病疑似具有传染性、但无法明确病原体的LRTI；有特殊病史且经验性治疗无效，病情较为严重的LRTI；临床考虑特殊病原体(感染且病势迅疾或迁延者，常规培养困难或所在医疗机构无法提供可靠的传统检测方案时； (4) 患者有LRTI 症状或影像表现，经规范抗感染治疗后病灶吸收延迟、病程迁延，需鉴别是否由非感染性疾病所致，可以在常规
病原微生物检测、感染生物标志物、病理等相关检查同时送检mNGS 以帮助鉴别诊断。 不建议送检 mNGS情况 (1) 免疫功能健全宿主罹患LRTI（包括重症肺炎)，经过规范的经验性抗感染治疗病情已好转； (2) LRTI 已通过其他方法获得病原学结果，与临床特点相符，或针对性治疗有效； (3) 无法获取优质标本。 mNGS 标本类型 在LRTI 的病原微生物诊断中，可用于mNGS 检测的标本包括痰(含诱导痰)、气管吸引物、支气管肺泡灌洗液（BALF）、经支气管肺活检（TBLB）标本、经支气管内超声（EBUS）活检标本、经皮肺穿刺活检标本、血液等。 mNGS 送检及保存要求 (1)下呼吸道标本：包括痰 (含诱导痰)、BALF、肺炎旁胸腔积液等，原则上应在采集后立即送检。若标本不能立即送检，标本采集时间与检测时间间隔≤24 h，可在 2—8 ℃保存。若标本采集时间与检测时间间隔 >24 h，DNA 测序标本保存时间≤2周时可储存在-20 ℃冰箱，保存时间超过 2 周则需储存在 -80 ℃冰箱；需要进行 RNA 测序的标本如果保存时间 > 24 h，均应保存在 -80 ℃冰箱。对于短期不做检测的液体样本，冻存前应分装保存在冻存管 (≥ 500 μL/管) 中。 (2)血标本：采集后 4 ℃保存不超过 8 h，如果需要长期保存，分离血浆后 4 ℃可保存 24 h，长期保存于 -80 ℃冰箱。 (3)组织标本：来自感染部位的穿刺或手术切除组织标本，应保
二代测序技术在NSCLC中的临床应用中国专家共识 （2020版） 二代基因测序（next generation sequencing, NGS）又称为高通量测序，该技术能够同时对上百万甚至数十亿个DNA进行分析，实现了高通量测序的目标。 NGS检测的适用人群 共识1：推荐所有病理诊断为肺腺癌、含有腺癌成分的肺癌以及不能分型的晚期新发或术后复发的NSCLC患者常规进行基因检测。【I级推荐】对经小标本活检诊断为含有腺癌成分或具有腺癌分化的混合型鳞癌，以及年轻或不吸烟/少吸烟肺鳞癌患者，也推荐进行基因检测。【II级推荐】 注：虽然单纯肺鳞癌患者中有4%的表皮生长因子受体（EGFR）突变率，但尚无证据支持肺鳞癌患者使用靶向EGFR酪氨酸激酶抑制剂（TKI）显著获益，因此不推荐对单纯肺鳞癌患者进行EGFR基因检测。 共识2：针对敏感型突变发生率高的NSCLC患者（见“共识1”），常规基因检测结果为阴性时，建议使用中国国家药品监督管理局（National Medical Products Administration, NMPA）或美国食品药品监督管理局（Food and Drug Administration,FDA）批准的NGS产品进行复检。【III级推荐】 晚期新发或术后复发NSCLC患者首次进行基因检测的共识意见
共识3：针对晚期新发或术后复发的NSCLC患者，首次检测建议采用NMPA批准的检测产品，检测至少包括NSCLC常见驱动基因: EGFR突变（应涵盖18号、19号、20 号、21号外显子），以及ALK融合、ROS1融合。【I级推荐】 共识4：针对晚期新发或术后复发的NSCLC患者，结合患者实际临床情况，如需获得更多的潜在靶点信息，首次检测建议采用NMPA或FDA 批准的检测产品，检测包括BRAF V600E、KRAS（如G12C等）、NTRK1/2/3融合、MET14号外显子跳跃突变和MET扩增、ERBB2 20号外显子插入、RET融合等少见驱动基因变异。【II级推荐】 共识5：共识3和共识4中基因检测均为阴性的NSCLC患者再次检测时，建议采用NMPA或FDA批准的NGS产品，检测包含EGFR罕见变异形式（包括激酶区重复和融合）、BRAF罕见变异形式（包括激酶区重复和融合）、MET罕见变异形式（包括激酶区重复和融合）、ERBB2融合等罕见变异形式。【III级推荐】 共识6：结合患者实际临床情况，如需获取免疫治疗相关的分子标志物信息，晚期新发或术后复发的NSCLC患者，建议采用NMPA或FDA 批准的NGS产品进行检测，检测包含MSI、tTMB、免疫治疗正负向相关基因和免疫治疗超进展相关基因在内的免疫治疗相关分子标志物。【III级推荐】
二代测序及其在临床疾病中的应用二代测序 二代测序（Next Generation Sequencing，NGS）又称大规模平行测序，能够同时对上百万甚至数十亿个DNA分子进行测序，实现了大规模、高通量测序的目标，是继Sanger测序之后的革命性进步。 二代测序的原理 二代测序从发明至今，已有数个不同的平台开发出了基于不同原理的测序方法，目前，Solexa测序技术应用最为广泛。本文也将详细介绍solxa测序的原理。 Solexa测序：边合成边测序（SBA），循环可逆终止（CRT） Solexa技术测序的基本原理是边合成边测序，在体系中加入四种不同荧光标记的碱基，在测序过程中，不同的dNTP会释放出不同的荧光，根据图片捕捉的荧光信号并经过特定的计算机软件处理，记录序列信息。
二代测序的临床应用 感染性疾病防控 医院感染性疾病暴发的调查：NGS序列信息可报告感染性疾病暴发的传播链，并已被用于跟踪由鲍曼不动杆菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和肺炎克雷伯杆菌引起的医院感染性疾病的传播[1-3]； 未知病原体的鉴定：NGS已在临床感染性疾病的诊断和新病原体的发现中取得了令人瞩目的成果，其高通量、低成本、并可以从头组装病原体，这一优势是其他基因检测方法所无法比拟的[4-6]。 检测病原体耐药基因突变：NGS不仅可以确认Sanger测序验证的耐药位点，还有助于检测出抗生素耐药基因出现的新发突变，并且通过进一步的实验确定这些基因是否为导致抗生素耐药模式的原因。 肿瘤的早期诊断以及精准治疗
随着新的分子诊断技术的出现，对肿瘤的认知也从单一疾病，发展到一系列驱动基因突变形成的一组疾病，带来了从病理分型到分子分型的演变。目前在临床肿瘤实践中，NGS已广泛应用于多种肿瘤类型，如肺癌、乳腺癌、胃肠道肿瘤、黑色素瘤等[7-9]，是肿瘤精准诊疗的重要环节，大大促进了个体化医学发展，为临床诊疗提供了一个崭新的平台和广阔的前景。 NGS在肿瘤领域的应用主要为： 肿瘤个体化治疗相关的驱动基因突变检测； 肿瘤基因组学研究，探索肿瘤异质性、耐药性和肿瘤克隆进化过程及机制; 例如FoundationOne CDx，是美国FDA批准的全球首个基于二代测序的泛肿瘤伴随诊断产品，324个基因、2个可以预测免疫检查点抑制剂疗效的分子标记 （MSI/TMB）、覆盖全部实体瘤（除肉瘤）、直接对应FDA批准的17种靶向治疗方案。 遗传病的早期筛查和诊断 遗传病是由遗传物质发生改变而引起的或者是由致病基因所控制的疾病，其确诊依赖于分子诊断技术。其中NGS在遗传病领域的应用主要集中在遗传病诊断、新生儿筛查、产前筛查、植入前筛查等领域[10- 12]。如： 遗传性耳聋：耳聋是最常见的感觉神经性听力损失出生缺陷疾病。大约2/3的耳聋来源于遗传因素，采用NGS技术测序筛查有助于早期诊断和干预； 无创产筛：采用NGS方法进行无创产前诊断已在全国各大医院开展，成为一种常规的无创筛查手段； 综上所述，NGS技术的应用，促进了疾病的分子诊断、个体化治疗以及针对高危人群的疾病相关基因筛查和预防性分析。相信随着测序技术的不断发展，其可为临床提供更及时有效的诊断结果，更好的为临床服务。
关于肿瘤基因检测和结果解读的几大误区 随着分子医学和靶向药物研究的发展，肺癌的治疗已经进入到个体化治疗的阶段。伴有基因突变的不可手术晚期非小细胞肺癌患者接受TKI靶向药物治疗，其疗效显著优于含铂化疗，能很大程度改善患者的生活质量。 准确地检测出基因突变型或融合是选择合适靶向药物的重要前提，而标本的质量显著影响结果的准确性，标本质量不佳是造成假阴性结果的主要原因，因此在检测前对标本进行质量评估能有效避免这种现象的出现，从而获得准确的检测结果，使患者最大程度受益。 对于肺癌的基因检测目前常用的方法：二代测序(NGS)、PCR技术、Sanger法、荧光原位杂交 (FISH)等。然而，每种方法各有利弊。 二代测序 (NGS)：单独 NGS 分析并不能检出所有类型的改变，重要的是熟悉单独分析或联合分析可识别的改变类型。对于广泛检测无可识别的驱动癌基因的患者（尤其是从不吸烟的患者），可考虑基于RNA 的 NGS（如果尚未进行），以最大程度检测融合事件。 PCR可高度针对性地使用（针对特定突变），但该技术只能针对特定的改变进行检测评估。 Sanger测序，要求最大程度的肿瘤富集。未改良的Sanger测序不适合检测富集后肿瘤标本中肿瘤仍不足25%-30%的突变检测。更为重要的是Sanger测序不适于检测识别亚克隆事件（如耐药突变）。 FISH检测主要用于拷贝数、扩增以及结构改变如基因重排等分析检查。 接下来，以肺癌为例对各个靶点进行梳理。 EGFR基因 01 EGFR 是一种跨膜酪氨酸激酶受体，该受体激酶域的激活对癌细胞的增殖、生长的相关信号传递，具有重要意义。中国肺腺癌患者EGFR 突变率在40-60%，美国患者约10%；但是在纯肺鳞癌中，中美患者突变率＜4%。EGFR中最常见的突变（外显子19 缺失，外显子21中
最新！张绪超教授解读中国首个《NGS报告解读指引》 2021 年3 月，《二代测序临床报告解读指引》（以下简称《指引》）在《循证医学》正式发布，作为中国首个针对二代测序（Next Generation Sequencing, NGS）报告解读规范性文件，《指引》不仅为检验机构提供了如何规范 NGS 报告的指南，也为临床医生提供了解读策略，将进一步规范中国肿瘤 NGS 报告的临床实践，为广大患者的临床获益提供保障。 我们邀请了《指引》的执笔组长，广东省肺癌研究所所长张绪超教授，为我们讲述《指引》诞生背后的故事。 「让中国临床医生能够在二代测序报告解读当中成为专家，更准确地把报告数据应于临床精准诊断和用药」 Q：张绪超教授，您好，首先恭喜《二代测序临床报告解读指引》正式发布，您作为执笔组长，能为我们介绍一下《指引》的初衷和目标吗？ 张绪超教授：NGS 检测服务已经成为临床实践的常规，也是临床精准用药的必备工具。但全球临床医生在 NGS 解读报告能力方面都有待进一步提升，如果过度解读、无法解读或者是不正确的解读具体报告，都不利于患者临床用药。国际上第三方公司和管理机构都要求规范的报告结果和解读，这种规范对于 NGS 最后一公里应用于临床非常重要。所以我们制定《指引》的目标和初衷就是让中国临床医生能够在二代测序报告解读当中成为专家，能够更好地、更准确地把这些报告的数据应用于临床精准诊断和用药。 「简洁明确，能够让医生一看就懂」 Q：《二代测序临床报告解读指引》有哪些亮点？ 张绪超教授：《指引》亮点主要包括： ● 第一是简洁精炼 专家组是希望通过简化的方式，让我们临床医生一看就能够理解，从而快速、准确解读 NGS 报告。《指引》也是我们现在知道的首个针对二代测序报告解读规范性文件（中文版）。
多发性骨髓瘤应用二代测序监测微小残留病的实验室标准化技术规范专家共识（2021年版） 多发性骨髓瘤（multiple myeloma，MM）是一种细胞遗传学高度异质的克隆性浆细胞增殖性肿瘤，是血液系统的常见肿瘤[1]。近几年多种新型作用机制靶向药物的上市大大提高了MM患者治疗的缓解深度并延长了生存期。但由于大部分患者体内存在微小残留病（minimal residual disease，MRD），最终仍会复发。二代测序（next-generation sequencing，NGS）作为新的分子生物学技术，具有通量高、灵敏度高、成本低等优势，已成为MM患者MRD评估的主要研究方法之一。为实现检测结果标准化，专家组制订了在MM 患者中应用NGS监测MRD实验室标准化技术规范的中国专家共识。 一、背景 1．MRD监测意义： MRD可在低于传统形态学检测多个数量级下检测恶性肿瘤是否持续存在，是评估肿瘤负荷的常用指标，可反映患者对治疗的反应，也可作为评估患者未来复发风险的预后工具。国际骨髓瘤工作组（International Myeloma Working Group，IMWG）在2016年更新了MM治疗应答标准，在原有传统疗效评估标准之外增加了MRD 疗效标准，主要包括二代流式细胞术和NGS两种监测方法[2,3]。2020年版中国MM诊治指南也推荐将NGS纳入MM患者的MRD评估标准。国内外文献也证实NGS检测的MRD状态可作为MM的主要预后因素之一，是MM患者疗效评价的重要标准[4,5,6]。 2．MRD目标基因： 目前应用NGS监测MM患者MRD，主要检测的目标基因是IG 基因克隆性重排。需要先确定初诊MM患者全骨髓细胞中肿瘤浆细胞IG克隆性重排，包括IGH和（或）IGK基因克隆性重排的类型和序列[7]。在患者后续的随访标本中，以诊断时检测到的克隆性重排序列作为分子标志进行MRD监测[8]。 二、实验流程
ctDNA 近日，由中国抗癌协会肿瘤标志专业委员会组织，重庆市中医院辇伟奇教授、天津医科大学肿瘤医院于津浦教授、华中科技大学同济医学院附属同济医院袁响林教授、重庆大学附属肿瘤医院张海伟教授担任编写组长，全国医院和行业知名企业专家共计五十余人参与筹备和撰写的《ctDNA高通量测序临床实践专家共识》(2022 年版),正式刊登于《中国癌症防治杂志》,鼎晶生物医学总监夏超然博士参与了本共识的编写工作。共识的主要内容包括：ctDNA 定义概述，临床应用，检测标准三部分内容。 ctDNA(circulating tumor DNA,ctDNA)通常由肿瘤细胞主动分泌或在肿瘤细胞凋亡或坏死过程中释放入循环系统中的DNA 片段，长度132~145bp,半衰期较短(一般<2h)。因其无创或微创、检测时间短、能够反映瘤内和转移灶异质性、可动态监测治疗疗效等优势而在临床得到越来越广泛的应用。ctDNA会携带来源于肿瘤细胞相关的遗传学特征，如基因突变、甲基化、扩增或重排等，可作为肿瘤筛查、伴随诊断、治疗疗效评估及预后风险分层的重要指标。然而，其丰度受多种因素影响，波动较大，在内外因素特别是治疗压力下，其携带的生物信息可能会发生演变，且受正常细胞胚系变异或克隆性造血细胞体系突变干扰，在临床检测和报告解读过程中应特别注意。 ctDNA NGS检测的临床应用
01、伴随诊断 目前已有临床证据支持ctDNANGS 检测可应用于肺癌、乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌等晚期实体肿瘤的伴随诊断，但涉及的驱动基因及其变异类型与相应分析体系均有严格限定，若超适应症应用时，建议与患者就检测必要性、检测费用以及局限性等内容进行充分知情。ctDNA NGS检测已被国内外专家共识或指南建议作为多种晚期恶性肿瘤(包含如胃食管腺癌、NSCLC 、乳腺癌、转移性胰腺癌、皮肤性黑色素瘤等)组织基因检测的替代方式，但依据其分析结果实时制定临床治疗策略时仍需高级别循证证据支持。 02、评估肿瘤治疗疗效及预后风险分层 采用肿瘤标志物和影像学等传统方法评估分子靶向和免疫检查点抑制剂治疗疗效时，无法动态反映肿瘤特征性的分子演化，ctDNA NGS 检测可对肿瘤驱动基因相关ctDNA 的丰度变化进行监测，判断肿瘤治疗应答，其有望成为新兴的疗效评估途径。 微小残留病灶(minimal residual disease,MRD)概念最早来自血液肿瘤。实体肿瘤的MRD 概念更多被称为分子残留病灶(molecular residual disease,MRD),是指经过治疗后，传统影像学(包括PET/CT)或其他实验室方法不能发现，但通过液体活检发现的肿瘤来源分子异常，代表肿瘤持
测序报告解读 测序报告是由测序技术生成的数据，并根据该数据进行的解读分析。它提供了关于个体基因组的信息，包括基因突变、基因型、等位基因频率等内容。在医学、科研、遗传学等领域，测序报告扮演着非常重要的角色，能够为疾病诊断、治疗方案选择、基因遗传研究等提供重要参考。下面将对测序报告的解读进行详细讨论。 一、基因型分析 测序报告中常见的基因型分析是对个体基因型的描述和解读。它包括了基因座位点的突变信息，以及突变对应的基因型。通过测序技术，我们能够了解到个体在特定基因位置上的等位基因情况。对于基因位点：rs12345，基因型可能为AA、AG、GG等。基因型的分析有助于了解个体在某些基因上的变异情况，从而为遗传相关疾病的诊断提供帮助。 二、等位基因频率分析 等位基因频率指的是在特定基因座位上两种等位基因的分布比例。测序报告中的等位基因频率分析，可以帮助我们了解某一等位基因在人群中的频率情况。这对于评估一些遗传性疾病的风险具有重要的意义。如果在某个位点上检测到某种等位基因的频率较高，可能意味着个体患该疾病的风险会相应增加。 三、突变位点分析 突变位点分析是测序报告中的重要内容之一。通过检测基因组中的突变位点信息，可以为疾病的诊断和治疗提供参考。在测序报告中，突变位点的解读常常涉及到该突变与某种遗传性疾病的关联性。检测到某一基因的突变，可能说明个体患有相关遗传性疾病的患病风险更高。突变位点分析对于疾病风险的评估及遗传性疾病的预防具有重要意义。 四、药物代谢基因分析 除了遗传性疾病的风险评估外，测序报告还可以对药物代谢基因进行分析。这种分析可以帮助医生根据个体药物代谢能力，调整用药方案和药物剂量，从而达到更好的治疗效果。通过分析个体的药物代谢基因，可以预测个体对某些药物的代谢情况，从而避免因药物代谢能力差异导致的不良反应或有效性差异。 五、遗传病风险评估 通过测序报告的分析，可以对个体患遗传性疾病的风险进行评估。这种评估基于测序数据中的基因型、等位基因频率、突变位点信息等。通过对遗传病的风险进行评估，可以实现早期预防、干预及遗传咨询等措施，减少患病风险，并为相关疾病的预防与治疗提供科学依据。
肿瘤二代测序临床报告解读共识 二代测序临床报告解读肿瘤学专家组;张绪超 【期刊名称】《循证医学》 【年(卷),期】2022(22)2 【摘要】随着新型治疗药物的研发以及多学科综合治疗模式的优化,传统的病理分型及检测方法已经不足以满足临床需求,二代测序(next generation sequencing,NGS)已成为中国肿瘤医生常用的检测手段。为进一步协助临床医生理解临床靶点或驱动基因相关变异注释及解读、梳理NGS报告的逻辑、提升抓取关键信息,二代测序临床报告解读肿瘤学专家组对国内外NGS检测最新进展进行认真分析、讨论和总结,在《二代测序临床报告解读指引》基础上增加部分NGS报告解读示例,同源重组缺陷(homologous recombination deficiency,HRD)及微小/分子/可测量残留病灶(minimal/molecular/measurable residual disease,MRD)相关内容解读,制定了《肿瘤二代测序临床报告解读共识》,最终帮助临床医生做出正确的临床决策。 【总页数】15页(P65-79) 【作者】二代测序临床报告解读肿瘤学专家组;张绪超 【作者单位】不详;广东省人民医院 【正文语种】中文 【中图分类】R446.7 【相关文献】
1.专家共识解读:二代测序如何辅助血液肿瘤的临床诊治 2.二代测序临床报告解读指引 3.《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识》解读 4.骨与软组织肿瘤二代测序中国专家共识(2021年版) 5.《循证医学》文章推荐:二代测序临床报告解读指引 因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买
基于二代测序的早期肺腺癌血浆游离DNA的拷贝数目检测共3篇 基于二代测序的早期肺腺癌血浆游离DNA的拷贝数目检测1 基于二代测序的早期肺腺癌血浆游离DNA的拷贝数目检测 肺癌是一种高度致死率的恶性肿瘤，其发病率和死亡率均位居全球前列。目前，肺癌的早期筛查和诊断仍然是一个极具挑战性的领域。随着技术的发展，越来越多的科学家研究并探索肺癌早期诊断的方法，其中最有前途的便是利用血浆游离DNA检测肿瘤标志物。本文将探讨利用基于二代测序的早期肺腺癌血浆游离DNA的拷贝数目检测。 二代测序技术（Next generation sequencing，NGS）在基因 组学和生物信息学领域中发挥着重要的作用。利用NGS技术对DNA进行定量检测，不仅可以快速、准确地获取DNA序列信息，还可以获得大量的序列数据，为肺癌早期诊断和治疗提供了新的思路和方法。在肺癌早期诊断中，血浆游离DNA的拷贝数目检测技术已经成为了一个非常有前途的研究方向。这种方法可以通过检测血浆游离DNA中是否存在肿瘤标志物，来检验是否有早期肺腺癌的出现。 血浆游离DNA的拷贝数目检测技术，采用NGS技术来检测血浆中的DNA序列，在此之前需要进行血浆样本的处理。血浆样品的处理具有必要性，以减少血细胞DNA对检测结果的干扰。已有研究表明，DNA序列中的肿瘤标志物与早期肺癌有着密切关
系，如TP53、EGFR和KRAS等。可以通过改变用于放大DNA序列的引物来检测出这些标志序列。此外，也可以使用PCR技术来扩增一定数量的DNA序列，并通过相应的软件（如Qubit）来精确定量，并确定肿瘤标志物的存在，来证明早期肺癌。 利用血浆游离DNA的拷贝数目检测技术的优势在于可以通过无创的方法进行肿瘤标志物的检测，同时较为准确地反映早期肺腺癌的存在。此外，该技术还可用于诊断其他类型的肿瘤，如结直肠癌和卵巢癌等。与传统的组织检查方法相比，血浆游离DNA检测技术实现了肺癌早期检测的无创化和更为方便的样品采集。在无痛和便捷的前提下，它也迎合了患者的需求，因此受到越来越多的科学家和医生的关注。 总之，利用基于二代测序的早期肺腺癌血浆游离DNA的拷贝数目检测技术，能够进行肺癌早期筛查和诊断，为治疗提供更精确的数据。这项技术的使用也使得肺癌患者可以更早地发现患病，从而能够早期开始治疗，从而提高治疗的成功率 基于二代测序的早期肺腺癌血浆游离DNA的拷贝数目检测技术是一项创新的技术，为肺癌的筛查和诊断带来了更大的便利和准确性。通过该技术，可以通过无创的方法检测出含有肿瘤标志物的DNA序列，实现了肺癌早期检测的无创化和更为方便的样品采集，大大提高了肺癌治疗的成功率。此项技术还可以用于诊断其他类型的肿瘤，为未来的癌症研究提供了重要的参考数据。未来，我们相信基于二代测序的早期肺腺癌血浆游离DNA的拷贝数目检测技术将得到更广泛的应用和推广，成为肿瘤诊断和治疗中不可或缺的一部分
测序报告解读 近年来，高通量测序技术的发展为基因组学研究和临床诊断提供了重要手段。测序报 告作为测序结果的解读和分析，对于指导临床诊断、个性化治疗和疾病预防具有重要意义。本文将围绕测序报告的解读展开讨论，旨在解释测序报告的内容、意义和临床价值。 一、测序报告的基本内容 测序报告是由测序中心或者临床实验室提供的一份包含测序结果和相关分析的文档。 一份典型的测序报告可能包括以下内容： 1. 测序结果概况：对所测序的个体或者样本进行基因组、外显子或者转录组的测序，得到的测序数据类型（例如全基因组测序、外显子组测序、RNA测序）和测序量（如测序覆盖度、深度）等信息。 2. 生物信息学分析结果：根据测序数据进行的生物信息学分析，包括比对到参考基 因组的结果、SNP（单核苷酸多态性）检测、Indel（插入/缺失）检测、拷贝数变异（CNV）分析等。 3. 突变检测结果：对样本中突变的检测结果，包括基因型、致病性分析、相关疾病 的关联等。 4. 结果解释和临床意义：对检测到的突变进行解释和分析，判断其在临床上的意义，如对遗传病患者的致病基因的诊断、对肿瘤患者的靶向治疗标靶基因的确定等。 5. 建议和指导：根据检测结果提供的临床建议和指导，可能涉及治疗方案的选择、 遗传咨询、家庭风险评估等。 二、测序报告的解读意义 测序报告不仅仅是一份数据报告，更是对这些数据进行综合分析、解释和应用的结果。其意义主要体现在以下几个方面： 1. 疾病诊断和个性化治疗：对于遗传病、罕见病、癌症等疾病的诊断和治疗具有重 要意义。通过测序报告可以确定患者的基因型、突变类型和致病基因，为精准治疗提供依据。 2. 遗传咨询和家庭风险评估：测序报告可以为遗传性疾病的家族遗传风险评估和遗 传咨询提供重要信息，帮助家庭成员进行相关疾病的风险预测和干预。 3. 药物反应预测和靶向治疗指导：通过测序报告可以分析患者对不同药物的代谢能力、药效性和毒性，为临床用药提供个性化指导。
测序报告解读 随着科技的飞速发展，基因测序技术已经逐渐走进我们的日常生活中。基因测序是通 过测定DNA或RNA的核苷酸序列来获取个体或群体遗传信息的一种技术。测序结果可以帮 助我们了解个体的遗传特征、健康风险以及对特定药物的反应等重要信息。而一份完整的 测序报告解读则至关重要，因为它能够帮助个体及医疗专业人士更好地理解测序结果，从 而做出更准确的健康管理决策。 报告概述 一份测序报告通常包括患者基本信息、测序目的、样本信息、测序方法、结果解读、 健康建议等内容。患者基本信息包括姓名、性别、年龄、临床诊断等基本资料，有助于锁 定特定个体或群体。测序目的会明确说明此次测序的用途，是为了疾病诊断、基因检测还 是其他研究目的。然后，样本信息会介绍测序所采用的组织类型、采样时间和地点等相关 信息。随后，测序方法则会详细描述测序所采用的技术和平台，例如Illumina、PacBio等。报告中的结果解读会根据测序数据提供相关的遗传信息和健康风险评估，从而引出健康建 议和个性化治疗方案。 结果解读 测序结果的解读是测序报告的核心内容。结果解读一般包括以下几个方面的内容：遗 传变异、健康风险、药物反应和其他相关遗传特征。遗传变异是指在个体基因组中发现的 突变或变异，可以分为致病变异、可能致病变异和良性变异等。致病变异可能与遗传性疾 病相关，需要引起重视；可能致病变异则可能对健康产生一定影响，需要结合具体情况进 行评估；良性变异则通常不太会对健康造成影响。健康风险评估是根据遗传变异的组合来 评估个体可能患上某些疾病的概率，比如心血管疾病、癌症等。然后，药物反应是根据遗 传变异预测个体对特定药物的代谢情况，有助于制定个性化用药方案。其他相关遗传特征 可能包括血型、遗传感知能力等其他与健康相关的遗传信息。 健康建议 基于测序结果，健康建议是测序报告中至关重要的一部分。健康建议应针对个体的遗 传特征和健康风险进行量身定制，包括健康生活方式指导、疾病预防策略、个性化治疗方 案等。对于携带某种致病变异的个体，可能需要进行更加密切的健康监测和预防措施；对 于存在某些药物代谢相关变异的个体，可能需要调整药物剂量或更换药物种类。 总结 一份完整的测序报告解读能够帮助个体或医疗专业人士更好地理解测序结果，从而做 出更准确的健康管理决策。测序结果解读应着重强调遗传变异的致病性评估、健康风险评估、药物反应预测以及个性化健康管理方案。在测序报告解读过程中，密切结合患者的临
NGS肿瘤panel验证指南解读（二）：靶向NGS方法概述 美国分子病理学学会（AMP）和美国病理学会（CAP）近日公布了基于二代测序（NGS）的肿瘤panels验证指南，以提高实验室测序结果的质量，为患者提供更好的临床医疗服务。具体指南发表于《The Journal of Molecular Diagnostics》杂志上，包括了靶向测序方法和数据分析的概述、新检测方法的注意事项以及试验验证和质量控制指标的实施建议。我们将对文章中的这4个方面进行解读。 靶向NGS方法概述 总体上，靶向NGS方法包括四个主要部分：样品制备，文库构建，测序，数据分析。 样品制备 临床肿瘤NGS分析的第一步是评估样本。对于血液标本，肿瘤细胞含量可通过单独的分析来推断。例如，通过外周血白细胞分类计数，或骨髓穿刺液流式细胞数据，可估计用于核酸提取的样本中肿瘤细胞的大致比例。 然而，对于实体肿瘤标本，则需要在进行NGS检测前由经过适当训练和认证的病理学家进行病理阅片。阅片可确保样本的肿瘤类型与预期一致，且存在足够量且未坏死的肿瘤细胞用于NGS分析。 阅片可被用于标注手工刮取或显微切割（如通过解剖镜）的区域，从而富集肿瘤细胞，提高基因变异检测的灵敏度。应该对肿瘤细胞比例进行估计，它在解释突变等位基因频率和拷贝数变异时提供了关键信息。然而，对肿瘤比例的估计完全取决于对苏木精-伊红染色切片的观察，染色易受多种因素的影响，且不同阅片者之间存在显著的经验差异。非肿瘤细胞，如炎性浸润和内皮细胞，通常小于肿瘤细胞，且与肿瘤紧密联结，可能以不明显的形式存在，导致对肿瘤比例的严重低估。 在严重炎症和坏疽的病例中，在估计肿瘤比例以及随后结合测序结果进行分析时，保持保守是非常重要的。对这类病例的突变等位基因比例（包括沉默突变）进行回顾，将能够对肿瘤细胞纯度进行更精
临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识 近年二代基因测序( next-generation sequencing ， NGS)技术快速发展，其应用已进展至临床检测，如遗传疾 病、实体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等。国内外有关学会已出台相关共识与指南以推动其在临床中的应用。中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、临床、生物信息等专家进行了充分讨论，拟在NGS 的操作流程、数据处理、结果解读等方面作规范和建议，以规范 NGS 在分子病理领域的应用。 临床分子病理实验室NGS 样本可采用甲醛固定石蜡包埋组 织(formalin-fixedparaffin-embedded ，FFPE)新鲜组 织、各种体液上清液、体液离心细胞块、石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。本共识特色是基于病理评估的组织样本 (FFPE新鲜)的规范。测序分析范围基于目前临床需求，本共识着重在于目标区域测序( panel )分析的实践。随着技术的更新和应用的成熟，本共识将持续更新以满足临床需求。 一、实验室总体要求 NGS 检测实验室的总体设计与要求应参考《分子病理诊断实验室建设指南(试行) 》《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》、《个体化医学检测质量保证指南》、《肿瘤个体化治疗检测技术
指南》、《个体化医学检测实验室管理办法》、《测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行）》进行。 1.NGS检测人员的资质要求：NGS检测技术人员应具备临 床病理学、分子生物学的相关专业大专以上学历，并经过NGS 技术的理论与技能培训合格。数据分析人员应具有临床医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景、经培训合格的本单位执业医师或者授权签字人（医学博士学位或高级职称）审核。 2.NGS检测实验室的区域设置要求：原则上NGS实验室应 当有以下分区：样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制备区、文库制备区、杂交捕获区/多重PCR区域（第一扩增区）、文库扩增区（第二扩增区）、文库检测与质控区、测序区、数据存贮区。各工作区空气及人员流向需要严格按照《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》。分区可根据实际情况合并，但是在前处理和建库时，血液样本应与组织样本分开。 3.NGS检测试剂及项目要求：试剂和测序平台均应选择中国 食品药品监督管理总局（CFDA ）认可产品。涉及到实验室自配试剂，应该有严格的试剂制备标准操作规程（SOP）， 需经过临床实验室自建项目（LDT）验证合格才可使用。每个NGS 检测项目在验证时需要根据建库方法、测序平台和分析工具以及不同的突变类型包括，单碱基突变single nucleotidevariant , SNVs、小片段插入或者缺失（Indels ）、基因拷贝数变异Copynumber
2015-04-23自由度 本临床二代测序操作指南来自于Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA) of 1988/College of American Pathologists (CAP) laboratory。 释义：Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA) of 1988：美国临 床实验室改进修正法规’88 。这个法规里面有关于医学检验项目的一些质量规范，中国的临床行业很多项目的指标都参考过CLIA’88 中的内容。 College of American Pathologists (CAP) laboratory：美国病理学家协会。 相较于Sanger测序，二代测序技术（新一代测序技术，NGS）拥有高通量和低单碱基成本的特点，这使其在临床检测领域拥有得天独厚的优势。过去的数年间，相当数量的NGS服务商迅速成长，而美国病理学家协会却没有及时依照美国临床实验室改进修正法规（CLIA）编制指南来规范这个检测。 基于NGS平台的临床检测是一种新的检测方式，相较于原有检测方法，其复杂程度大大提高，因此迫切需要一个规范标准来指导各实验室进行检测。 CAP于2011年成立了NGS工作部门，商讨NGS临床检测实验检查表的内容。本次CAP列出共计18条实验室要求的检查表，包含检测的二代测序实验过程和生物信息学分析过程。 二代测序技术（NGS）包含两个部分：实验操作部分（wet bench）和生物信息分析部分（dry bench）。实验操作部分包括以下部分或所有的流程：病例样本的采集处理、核酸提取、片段化、生物分子标签（barcode）、目标区段/基因捕获富集、连接、扩增、文库构建、上机测序、数据产出。生物信息分析部分主要依赖于高性能的计算机和不同的生物信息分析方法，主要流程包括：参考序列比对、组装、变异检测、注释、临床解释（依赖于是否运用诊断工具）。 CAP依据NGS实验操作部分和生物信息分析部分分别建立了独立执行标 准和检测事项：实验操作部分检测条目包括标准操作流程文件的建立、流程验证、质量管理体系、数据可靠性验证、异常情况记录及维护更新；生物信息分析部分检测条目包括：变异结果描述、附带结果的报道、数据储存、版本可追溯性及数据传输安全性。
血液肿瘤是一类具有高度异质性的疾病，其诊疗需要结合形态学、免疫学、遗传学和分子生物学进行综合分析。二代测序（Next-generation sequencing, NGS）作为新的分子生物学技术，具有通量高、灵敏度高、成本低等优势，是探索血液肿瘤的分子发病机制并指导临床诊疗的重要手段。为推动NGS在血液肿瘤诊疗中的应用，提高诊疗水平，中国抗癌协会血液肿瘤专业委员会、中华医学会血液学分会、中华医学会病理学分会组织国内相关的血液、病理和检验专家，结合国外权威资料和已积累的大样本数据，制订了NGS在血液肿瘤中应用的中国专家共识。 血液肿瘤中常见的分子生物学异常主要包括基因突变、融合基因及基因异常表达。目前NGS在基因突变的检测方面应用最为广泛和成熟，本共识仅涉及基因突变的检测。 一、NGS在血液肿瘤诊疗中的应用价值 1．诊断分型： 基因突变的检测在急性髓系白血病（AML）伴重现性遗传学异常、遗传易感性髓系肿瘤、骨髓增殖性肿瘤（MPN）、骨髓增生异常综合征伴环形铁粒幼红细胞（MDS-RS）、毛细胞白血病（HCL）和淋巴浆细胞淋巴瘤/华氏巨球蛋白血症（LPL/WM）的诊断中具有关键性的作用，对于其他血液肿瘤则起到辅助诊断的作用[1,2,3,4,5,6,7,8]。 2．预后判定：
基因突变是各类血液肿瘤预后判断的重要依据，目前NCCN指南已提出了基于基因突变的AML预后分层体系[1]。此外，MDS、MPN、MDS/MPN、急性淋巴细胞白血病（ALL）、慢性淋巴细胞白血病/小淋巴细胞淋巴瘤（CLL/SLL）、LPL/WM、大颗粒淋巴细胞白血病（LGLL）中，已经证实了一些具有明确预后意义的突变基因[2,3,4,5,6,7,8]。其他血液肿瘤中突变基因的预后意义尚有待于进一步研究。 3．指导治疗： 一方面，基因突变检测可提供分子治疗靶点，对应靶向药物进行治疗，目前已有基于突变基因的靶向药物应用于临床或处于临床试验阶段，其中FLT3、IDH1/2、BRAF及JAK-STAT信号通路相关的突变基因已有靶向药物上市[1,4,5]；另一方面，基因突变可以导致对某些药物的敏感或者耐受，及时检测有助于治疗方案的调整。例如，TP53突变的CLL/SLL患者对常规化疗反应差，MYD88和CXCR4基因突变可影响伊布替尼在LPL/WM中的治疗效果，ABL1激酶区突变是慢性髓性白血病（CML）和Ph ALL酪氨酸激酶抑制剂（TKI）耐受的主要机制之一[4,7,8]。 4．微小残留病（MRD）监测： 基因突变是MRD监测的分子标志物之一[9]。虽然实时定量PCR方法和流式细胞学是目前主流的MRD监测方法，但是由于NGS灵敏度随测序深度加深可进一步提高，在MRD监测方面具有更大的优势。 5．克隆演变：
利用二代测序技术在不明原因发热的血液样本中检测到人 细环病毒 张益芜为王佶申辛欣何小周杨梦婕马学军 【摘要】【摘要】目的阐明不明原因发热(fever of unknown origin，FUO)的血液样本中用常规方法难以检测到的潜在病原。方法利用二代测序技术序列非依赖的特性对病原核酸进行随机捕获，随后采用多重链置换扩增(multiple displacement amplification，MDA)方法进行富集。在得到测序结果后，进行宏基因组数据分析，构建进化树，最终实现对未知病原的鉴定。结果对10份不明原因发热的血液样本进行宏基因组二代测序分析时未发现引起发热的常见病原体序列，但发现了大量人细环病毒(Torque teno Virus，TTV)存在的现象。将所有相关测序读长进行组装拼接，并计算得到的一致性序列在匹配的参考序列上的基因组覆盖度。在对组装出的置信序列进行进化分析后，发现其分属于α TTV、β TTV和γ TTV三个属。结论对本研究中发现的TTV的基因组特征、进化特征以及作为免疫水平评估的意义进行了分析。而对于本研究中只检测出三个属的TTV的现象，可能是因为TTV具有潜在的病原性以及感染性疾病所导致的宿主免疫水平低下，也有可能是由于其他非感染性病因导致的宿主免疫水平降低所导致。 【期刊名称】中华实验和临床病毒学杂志 【年(卷),期】2018(032)002 【总页数】5 【关键词】【关键词】不明原因发热；二代测序；宏基因组；人细环病毒 为便于研究长期发热症状，Petersdorf[1]在1961年通过对100例患者前瞻性
观察，首次提出不明原因发热(fever of unknown origin，FUO)的概念。随着诊断技术的不断发展，不明原因发热的概念也在不断扩展，目前感染性疾病是FUO的最主要原因[2]，在20世纪90年代，20%～60%的FUO病属于感染性疾病[3]。而进入21世纪后的10年内，最主要的感染病原为细菌、病毒以及真菌和寄生虫。近年来病毒感染比例呈明显上升趋势。然而传统的分子生物学检测方法需要病原基因组序列的先验知识，因此对于样本中的未知病原需要有新的序列非依赖性的检测手段来处理。 近些年来，随着二代测序技术(NGS)的飞速发展，得益于二代测序通量的高速提升和成本的大幅下降，使得二代测序技术越来越广泛的应用于宏基因组检测未知病原的研究领域中。相对于传统的序列依赖性的核酸检测技术，如PCR技术等，二代测序结合宏基因组技术具有不依赖于病原序列信息的特性，因此对临床样本的检测使得我们能够得到更加广泛的病毒谱，进而也可以发现一些用传统方法无法观察到的病原组成情况[4]。 本研究中，对10份不明原因发热症状的血液样本进行宏基因组测序(metagenomics shotgun sequencing，MSS)时，发现了大量的人细环病毒(torque teno Virus，TTV)相关序列。对这些序列进行组装拼接并分析其进化树后，发现其分属于α TTV、β TTV和γ TTV三个属。 1 材料与方法 1.1 实验材料与方法选取10份汉坦病毒IgG抗体检测(ELISA)阴性的不明原因发热的临床血液样本(均为出现发热症状后一至两周内采集)，采用Qiagen 公司的RNease Mini Plus Kit试剂盒进行核酸提取。病毒基因组的反转录采用Invitrogen公司的Superscript Ⅲ试剂盒进行一链合成，随后加入Klenow片