真核启动子
EF1a
常规表达用
mRNA
人延长因子1α来源
的强哺乳动物表达启动子
组成型
表达水平十分稳定，与细胞类型无关
PGK1 (人/小鼠)
常规表达用
mRNA
磷酸甘油酸酯激酶
基因来源的哺乳动物启动子
组成型
广泛表达,但可能因细胞类型而异。由于甲基化或脱乙酰作用，倾向于抵抗启动子下调。
human beta actin
常规表达用
mRNA
β-肌动蛋白基因来
源的哺乳动物启动子
组成型
无处不在，鸡的启动子常用与启动子杂交
TRE
常规表达用
mRNA
四环素响应元件启动子
被四环素或
者类似物诱导
通常有本底表达 Ac5
常规表达用
mRNA
果蝇Actin 5c 基因
来源的强昆虫启动子
组成型
果蝇表达系统的常用启动子
CaMKIIa 光遗传学
基因表达
mRNA
Ca2+/钙调蛋白依赖
的蛋白激酶II 启动
子
特异的
用于中枢神经系统/神经元表达。受到
钙和钙调蛋白调节。
TEF1 常规表达
用
mRNA
酵母转录延伸因子
启动子
组成型与哺乳动物的EF1a 启动子类似
ADH1 常规表达
用
mRNA
乙醇脱氢酶I的酵母
启动子
被乙醇抑制
全长版本很强，促进高表达。截短启
动子是组成型的，表达较低。
Ubi 常规表达
用
mRNA
玉米泛素基因的植
物启动子
组成型在植物中促进高表达
U6 小RNA
表达
shRNA
来源于人U6小核启
动子
组成型小鼠U6也使用,但效率略差。
常用的原核表达系统启动子
T7lac 高水
平基
因表
达
T7噬菌体来
源的启动子
加上lac操
纵子
几乎没有本底表
达，需要T7 RNA
聚合酶，受到lac
操纵子的控制，
可以被IPTG诱
导。
常用与pET载体，受到lac操纵子的严格调控
araBAD 常规
表达
用
阿拉伯糖代
谢操纵子的
启动子
阿拉伯糖诱导
弱，常用与pBAD载体。适合于快速调控和低的本底表达
lac 常规
表达
用
Lac操纵子
来源的启动
子
可以被IPTG或
者乳糖诱导
在常规的大肠杆菌中，lacI阻遏蛋白表达量不高，仅能满足细
胞自身的lac操纵子，无法应付多拷贝的质粒的需求，导致非
诱导条件下较高地表达，为了让表达系统严谨调控产物表达，
能过量表达lacI阻遏蛋白的lacIq 突变菌株常被选为
Lac/Tac/trc表达系统的表达菌株。现在的Lac/Tac/trc载体上
通常还带有lacIq 基因，以表达更多lacI阻遏蛋白实现严谨的
诱导调控。
pL 高水
平基
因表
达
Lambda噬
菌体来源的
启动子
温度调节通常和温度敏感的cI857 抑制子搭配使用
真核启动子 EF1a 常规表达用 mRNA 人延长因子1α来源 的强哺乳动物表达启动子 组成型 表达水平十分稳定，与细胞类型无关 PGK1 (人/小鼠) 常规表达用 mRNA 磷酸甘油酸酯激酶 基因来源的哺乳动物启动子 组成型 广泛表达,但可能因细胞类型而异。由于甲基化或脱乙酰作用，倾向于抵抗启动子下调。 human beta actin 常规表达用 mRNA β-肌动蛋白基因来 源的哺乳动物启动子 组成型 无处不在，鸡的启动子常用与启动子杂交 TRE 常规表达用 mRNA 四环素响应元件启动子 被四环素或 者类似物诱导 通常有本底表达 Ac5 常规表达用 mRNA 果蝇Actin 5c 基因 来源的强昆虫启动子 组成型 果蝇表达系统的常用启动子
CaMKIIa 光遗传学 基因表达 mRNA Ca2+/钙调蛋白依赖 的蛋白激酶II 启动 子 特异的 用于中枢神经系统/神经元表达。受到 钙和钙调蛋白调节。 TEF1 常规表达 用 mRNA 酵母转录延伸因子 启动子 组成型与哺乳动物的EF1a 启动子类似 ADH1 常规表达 用 mRNA 乙醇脱氢酶I的酵母 启动子 被乙醇抑制 全长版本很强，促进高表达。截短启 动子是组成型的，表达较低。 Ubi 常规表达 用 mRNA 玉米泛素基因的植 物启动子 组成型在植物中促进高表达 U6 小RNA 表达 shRNA 来源于人U6小核启 动子 组成型小鼠U6也使用,但效率略差。 常用的原核表达系统启动子
T7lac 高水 平基 因表 达 T7噬菌体来 源的启动子 加上lac操 纵子 几乎没有本底表 达，需要T7 RNA 聚合酶，受到lac 操纵子的控制， 可以被IPTG诱 导。 常用与pET载体，受到lac操纵子的严格调控 araBAD 常规 表达 用 阿拉伯糖代 谢操纵子的 启动子 阿拉伯糖诱导 弱，常用与pBAD载体。适合于快速调控和低的本底表达 lac 常规 表达 用 Lac操纵子 来源的启动 子 可以被IPTG或 者乳糖诱导 在常规的大肠杆菌中，lacI阻遏蛋白表达量不高，仅能满足细 胞自身的lac操纵子，无法应付多拷贝的质粒的需求，导致非 诱导条件下较高地表达，为了让表达系统严谨调控产物表达， 能过量表达lacI阻遏蛋白的lacIq 突变菌株常被选为 Lac/Tac/trc表达系统的表达菌株。现在的Lac/Tac/trc载体上 通常还带有lacIq 基因，以表达更多lacI阻遏蛋白实现严谨的 诱导调控。 pL 高水 平基 因表 达 Lambda噬 菌体来源的 启动子 温度调节通常和温度敏感的cI857 抑制子搭配使用
微生物试题 一、写出下列名词解释的中文翻译及作出解释（每个２分，共１０分） 1.Gram positive bacteria 2.parasporal crystal 3.colony 4.life cycle 5.capsule 二.选择题（每个2分，共20分） 1、组成病毒粒子衣壳的化学物质是（） A、糖类 B、蛋白质 C、核酸 D、脂肪 2、属于细菌细胞特殊结构的为（） A、荚膜 B、细胞壁 C、细胞膜 D、核质体 3、噬菌体属于病毒类别中的（） A、微生物病毒 B、昆虫病毒 C、植物病毒 D、动物病毒 4、半固体培养基中，琼脂使用浓度为（）。 A、0 B、0.3—0.5% C、1.5—2.0% D、5% 5、以芽殖为主要繁殖方式的微生物是（） A、细菌 B、酵母菌 C、霉菌 D、病毒 6、土壤中三大类群微生物以数量多少排序为（）。 A、细菌＞放线菌＞真菌 B、细菌＞真菌＞放线菌 C、放线菌＞真菌＞细菌 D、真菌＞细菌＞放线菌
7、加大接种量可控制少量污染菌的繁殖，是利用微生物之间的（）。 A、互生关系 B、共生关系 C、竞争关系 D、寄生关系 8、下列孢子中属于霉菌无性孢子的是（） A、子囊孢子 B、孢囊孢子 C、卵孢子 D、接合孢子 9、霉菌适宜生长的PH范围为（） A、中性 B、中性偏碱性 C、中性偏酸性 D、酸性 10、放线菌属于（） A、病毒界 B、原核原生生物界 C、真菌界 D、真核原生生界 三.是非题（共10分。只需注明“对”或“错”） 1.大多数嗜热菌的G-C含量高于中温菌。 2.大肠杆菌属低等原核生物，所以其遗传物质只是一条松散的环状双链DNA，不存在DNA高级结构。 3.当菌体生长、氧吸收和糖利用的比速度下降时，青霉素的合成达到最高值。 4.初生F’菌株和次生F’菌株都属于部分二倍体。 5.分批培养时，细菌首先经历一个适应期，此期间细胞处于代谢活动的低潮，所以细胞数目并不增加。 6.渗透酶(permease)属于诱导酶，而其它种类的酶往往属于组成酶。 7.恒化培养与恒浊培养的区别在于前者的培养物群体始终处于对数生长期。 8.将HR病毒的外壳蛋白与TMV病毒的RNA混合，去感染烟草，则
微生物学试题库 微生物学试题（一） 一、写出下列名词解释的中文翻译及作出解释 1.Gram positive bacteria 2.parasporal crystal 3 ,colony 4, life cycle 5,capsule6,endospore 二、简答题 1，试述微生物与当代人类实践的重要关系？ 2，简述革兰氏染色的机制？ 3.微生物有哪五大共性？其中最基本的是哪一个？为什么？ 三、填空(每空1分,共15分) 1.真核微生物核糖体类型为 _______ 。 2.大肠杆菌长为2.0μm,宽为0.5μm,其大小表示为_____ 。 3.研究细菌遗传、代谢性能常采用_____ 时期的细胞。 4.酵母菌细胞壁的主要成份_____和_______。 5.侵染寄主细胞后暂不引起细胞裂解的噬菌体称________ 。 6.微生物细胞的主要组成元素是______，_____，_______和_______。 7.食用菌是由 ______和 ____ 组成。 8.用物理或化学方法杀死物品上大部分微生物的过程称 ______ 。 9.细菌细胞的碳、氮营养比为______。 10.根瘤菌可与_________共生固氮 四、学名互译 1.A.niger 2.B.subtilis 3. B.thuringiensis 4. A.oryzae 微生物学试题（一）答案： 一，1，革兰氏阳性菌：细菌经革兰氏染色染色后最终染成紫色的菌 2，伴胞晶体：少数芽孢杆菌，在形成芽孢的同时，会在芽孢旁形成一颗菱形，方形，或不规则形的碱溶性蛋白质晶体称为半胞晶体 3，菌落：当单个细菌细胞或者一小堆同种细胞接种到固体培养基表面，当它占有一定的发展空间并处于适宜的培养条件下时，该细胞就会迅速生长繁殖并形成细胞堆，此即菌落。4，生命周期：指的是上一代生物个体经过一系列的生长，发育阶段而产生下一代个体的全部过程。 5，荚膜：包被于某些细菌细胞壁外的一层厚度不定的透明胶状物质 6，芽孢：某些细菌在其生长发育的后期，在细胞内形成的一个圆形或椭圆形，厚壁，含水量低，抗逆性强的休眠构造。 二，1，①在微生物与工业发展的关系上，通过食品罐藏防腐，酿造技术的改造，纯种厌氧发酵的建立，液体深层通气搅拌大规模培养技术的创建以及代谢调控发酵技术的发明，使得古老的酿造技术迅速发展成工业发酵新技术； ②微生物在当代农业生产中具有十分显著的作用，例如，以菌治害虫和以菌治植病的生物防治技术；以菌增肥效和以菌促生长的微生物增产技术；以菌做饲料和以菌当蔬菜的单细胞蛋白和食用菌生产技术；以及以菌产沼气等生物能源技术。 ③微生物与环境保护的关系越来越受到当代全人类广泛的重视。微生物是占地球面积70%以上的海洋和其他水体中光合生产力的基础；是一切食物链的重要环节；是污水处理中的关键角色；是生态农业中最重要的一环；是自然界重要元素循环的首要推动者；以及是环境污染和监测的重要指示生物；等等。 ④微生物与在食品上的应用。调味品，发酵食品，酸乳，蔬菜加工。 ⑤微生物在医药方面的应用。抗菌素，维生素。 ⑥微生物在能源生产方面也有重要的作用。2，G+细菌由于其细胞壁较厚，肽聚糖网层次多和交联致密，故遇脱色剂乙醇处理时，因失水而使得网孔缩小再加上它不含类脂，故乙醇的处理不会溶出缝隙，因此能把结晶紫和碘的复合物牢牢留在壁内，使得其保持紫色。反之，革兰氏阴性细菌因其细胞壁较薄，外膜层内酯含量高，肽聚糖层薄和交联度差，遇脱色剂乙醇后，以类脂为主的外膜迅速溶解，这时薄而松散的肽聚糖网不能阻挡结晶紫与碘的复合物的溶出，因此细胞退成无色。这时，再经沙黄等红色燃料复染，就使革兰氏阴性细菌呈现红色。而革兰氏阳性细菌则保留最初的紫色。3. 微生物的五大共性：（一）体积小，面积大 （二）吸收多，转化快 （三）生长旺，繁殖快 （四）适应强，易变异 （五）分布广，种类多 其中最基本的是微生物的多样性，原因是：微生物因其体积小，重量轻和数量多等原因，可以到处传播以至达到“无孔不入”的地步。不论在动，植物体内外，还是土壤，河流，空气，平原，高山，深海，污水，垃圾，海底淤泥，冰川，盐湖，沙漠，甚至油井，酸性矿水和岩层下，都有大量与其相适应的各类微生物在活动着。 三．填空 1. 80S 2. 0.5μm x2.0μm3对数生长 4.葡聚糖和甘露聚糖。 5.温和噬菌体6蛋白质，核酸，类脂和碳水化合物 7. 营养菌丝,生殖菌丝豆科植物共生固氮 8 灭菌。9. 6/1 10.豆科植物 四．1.黑曲霉 2. 枯草芽孢杆菌 3. 苏云金芽孢杆菌4. 米曲霉 微生物学试题（二） 是非题（共10分。只需注明“对”或“错”） 1.大多数嗜热菌的G-C含量高于中温菌。 2.大肠杆菌属低等原核生物，所以其遗传物质只是一条松散的环状双链DNA，不存在DNA高级结构。 3.当菌体生长、氧吸收和糖利用的比速度下降时，青霉素的合成达到最高值。 4.初生F’菌株和次生F’菌株都属于部分二倍体。 5.分批培养时，细菌首先经历一个适应期，此期间细胞处于代谢活动的低潮，所以细胞数目并不增加。 6.渗透酶( permease)属于诱导酶，而其它种类的酶往往属于组成酶。 7.恒化培养与恒浊培养的区别在于前者的培养物群体始终处于对数生长期。 8.将HR病毒的外壳蛋白与TMV病毒的RNA混合，去感染烟草，则会出现TMV型病灶。若在感染前，用TMV抗体处理，则会钝化病毒，不出现TMV型病灶。 9.霉菌的基因重组常发生于准性生殖时，较少出现在有性生殖过程中。 10.营养物跨膜的主动运输必需依靠载体和能量，而被动扩散不需要载体和能量。 二填充题（30分） 1 突变率10-10表示_ _ _ _ a_ _ _ 。 2 我们常采用_ _ a_ _ _ 浓度的NaCl 或0.1M_ _ _ b_ _ _ 来稀释菌液或清洗菌体细胞。因为_ _ c_ _ _ 。 3 在有机物为基质的生物氧化反应中，以氧为电子传递最终受体的方式称_ _ _ _ a_ _ _ _ ；以无机氧化物为最终电子受体的称_ _ b_ _ ；以有机物为最终电子受体的称_ _ _ _ c_ _ _ _ 。 4 常见的菌种保藏方法有_ _ _ _ a_ _ _ _ 、_ _ _ b_ _ _ 和_ _ _ c_ _ _ 等，其中_ _ _ d_ _ 方法保藏菌种的时间最长久。
真核启动子 EF1a 常规表 达用 mRNA 人延长因子1α来 源的强哺乳动物表达启动子 组成型 表达水平十分稳定，与细胞类型无关 PGK1 (人/小鼠) 常规表 达用 mRNA 磷酸甘油酸酯激酶 基因来源的哺乳动物启动子 组成型 广泛表达,但可能因细胞类型而异。由于甲基化或脱乙酰作用，倾向于抵抗启动子下调。 human beta actin 常规表 达用 mRNA β-肌动蛋白基因来 源的哺乳动物启动子 组成型 无处不在，鸡的启动子常用与启动子 杂交 TRE 常规表 达用 mRNA 四环素响应元件启 动子 被四环素或 者类似物诱导 通常有本底表达
Ac5 常规表 达用mRNA 果蝇Actin 5c 基因 来源的强昆虫启动 子 组成型果蝇表达系统的常用启动子 CaMKIIa 光遗传 学基因 表达 mRNA Ca2+/钙调蛋白依赖 的蛋白激酶 II 启 动子 特异的 用于中枢神经系统/神经元表达。受 到钙和钙调蛋白调节。 TEF1 常规表 达用mRNA 酵母转录延伸因子 启动子 组成型与哺乳动物的EF1a 启动子类似 ADH1 常规表 达用mRNA 乙醇脱氢酶I的酵 母启动子 被乙醇抑制 全长版本很强，促进高表达。截短启 动子是组成型的，表达较低。 Ubi 常规表 达用mRNA 玉米泛素基因的植 物启动子 组成型在植物中促进高表达
U6 小RNA 表达 shRNA 来源于人U6小核启 动子 组成型 小鼠U6也使用,但效率略差。 常用的原核表达系统启动子 T7lac 高水平基因表达 T7噬菌体来源的启动子加上lac 操纵子 几乎没有本底 表达，需要T7 RNA 聚合酶，受 到lac 操纵子的控制，可以被 IPTG 诱导。 常用与pET 载体，受到lac 操纵子的严格调控 Sp6 体外 转录/ 常规 表达 Sp6噬菌体来源的启动子 组成型, 需要SP6 RNA 聚合 酶 当用于体外转录的时候，专路方向有可能是正向的也可能是 反向的，取决于启动子相对于目的基因的方向 araBAD 常规 表达 用 阿拉伯糖代谢操纵 子的启动子 阿拉伯糖诱导 弱，常用与pBAD 载体。适合于快速调控和低的本底表达
-/ 微生物学试题十二套 微生物学试题（一） 三、填空(每空1分,共15分) 1.真核微生物核糖体类型为 _ 80S _____ 。 2.大肠杆菌长为2.0μm,宽为0.5μm,其大小表示为__ 0.5μm x2.0μm ___ 。 3.研究细菌遗传、代谢性能常采用 _对数生长____ 时期的细胞。 4.酵母菌细胞壁的主要成份__葡聚糖和甘露聚糖____。 5.侵染寄主细胞后暂不引起细胞裂解的噬菌体称 __.温和噬菌体______ 。 6.微生物细胞的主要组成元素是_蛋白质_____，_核酸____，类脂和碳水化合物_。 7.食用菌是由 ___营养菌丝和生殖菌丝豆科植物共生固氮___ 组成。 8.用物理或化学方法杀死物品上大部分微生物的过程称 __灭菌____ 。 9.细菌细胞的碳、氮营养比为__ 6/1____。 10.根瘤菌可与 ___豆科植物______共生固氮 四、学名互译 1.A.niger.黑曲霉 2.B.subtilis 枯草芽孢杆菌 3. B.thuringiensis 苏云金芽孢杆菌 4. A.oryzae 米曲霉 微生物学试题（二） 一. 是非题（共10分。只需注明“对”或“错”） 1.大多数嗜热菌的G-C含量高于中温菌。 2.大肠杆菌属低等原核生物，所以其遗传物质只是一条松散的环状双链DNA，不存在DNA高级结构。 3.当菌体生长、氧吸收和糖利用的比速度下降时，青霉素的合成达到最高值。 4.初生F'菌株和次生F'菌株都属于部分二倍体。 5.分批培养时，细菌首先经历一个适应期，此期间细胞处于代谢活动的低潮，所以细胞数目并不增加。 6.渗透酶( permease)属于诱导酶，而其它种类的酶往往属于组成酶。 7.恒化培养与恒浊培养的区别在于前者的培养物群体始终处于对数生长期。 8.将HR病毒的外壳蛋白与TMV病毒的RNA混合，去感染烟草，则会出现TMV型病灶。若在感染前，用TMV抗体处理，则会钝化病毒，不出现TMV型病灶。 霉菌的基因重组常发生于准性生殖时，较少出现在有性生殖过程中。9. -/ 10.营养物跨膜的主动运输必需依靠载体和能量，而被动扩散不需要载体和能量。 二填充题（30分） 1 突变率10-10表示_ _ _ _ a_ _ _ 。 2 我们常采用_ _ a_ _ _ 浓度的NaCl 或0.1M_ _ _ b_ _ _ 来稀释菌液或清洗菌体细胞。因为_ _ c_ _ _ 。 3 在有机物为基质的生物氧化反应中，以氧为电子传递最终受体的方式称_ _ _ _ a_ _ _ _ ；以无机氧化物为最终电子受体的称_ _ b_ _ ；以有机物为最终电子受体的称_ _ _ _ c_ _ _ _ 。 4 常见的菌种保藏方法有_ _ _ _ a_ _ _ _ 、_ _ _ b_ _ _ 和_ _ _ c_ _ _ 等，其中_ _ _ d_ _ 方法保藏菌种的时间最长久。 5 对细菌简单染色法的一般步骤是_ _ _ a_ _ _ 。常用的染料有_ _ b_ _ 和_ _ c_ _ _ 等。 6 在混合菌样中获得纯菌株的方法主要有_ _ _ a_ _ _ 和_ _ b_ _ 等。
第三章真核微生物 一、填空 1．真核微生物具有的三种主要特征是 ___ 、和 ___，其主要类 群有__ 、和 ____。 2．酵母菌细胞形态有______、__ ___、__ ___、_ __或_ _等多种，其繁殖方式有(1)__ ___和(2)__ ___， 其中(1)又有___ _、___ ___和__ ____。 3．霉菌菌丝特化器官主要有 ___ 、、、、 和 ___等。 4．霉菌的无性孢子有___ ___、__ ___、___ _、__ _和__ ___，有性孢子有__ ____、__ __和__ ___，其有性繁殖过程为____ __、___ _____和____ ____。 5．酵母菌的营养体既可以单倍体(n)也可以二倍体(2n)形式存在，酿酒酵母是这类生活史的代表，其特点为__ ____、 __ _____和__ ___。 6 .真菌细胞的染色体除含有双螺旋脱氧核糖核酸以外，还含 有和. 7 .原核细胞和真核细胞的三项主要区别 在、、. 8 .真核微生物的电子传递链存在 于和上，原核生物的电子传递链存在 于上 . 9 .真菌在长期的自然选择下，其营养菌丝或菌丝体发生多种变态，以满足生长发育的需要 .其菌丝变态有、和；菌丝体的变态有、和. 10 .真菌无性繁殖方式有、、和. 11 .酵母菌的无性繁殖方式主要有和.
12 .真菌的有性繁殖过程可以分 为，和三个阶段 . 13 .真核微生物包括有、和等，它们的大小以单位来表示 . 14 .真核微生物的细胞壁特有的组分是.酵母菌的细胞壁主要成分是和.而大部分霉菌的细胞壁是由组成 的 . 15 .NA由于含有，故带有很高的负电荷，在原核生物细胞中，负电荷被和中和；在真核生物中，则被所中和 . 16 .真菌的有性孢子的种类 有：、、和四种；真菌的无性孢子的种类 有、、、和五种 . 17 .真菌生长的最适PH一般是. 18 .Ainsworth（1973）真菌分类系统将真菌门分成亚门，亚门，亚门，亚门 和亚门 . 19 .啤酒酵母菌在分类上属于亚门的真菌 . 20 .典型担子菌的担子上着生有个担孢子 . 21 .典型的子囊菌的子囊中通常含有个孢子 . 22 .鞭毛菌亚门的真菌，无性繁殖产生孢子，有性生殖产 生孢子 . 23 .真菌卵孢子是由两个大小不同的配子囊经结合后形成的，其中小型配子囊叫， 大型配子囊叫. 24 .有一类真菌，由于仅发现，未发现，所以在真菌学中叫半知菌 . 25 .赤霉菌在分类学上属于亚门的真菌 . 26 .根霉的形态特征是具有和且菌 丝；曲霉的形态特征是具
真核生物启动子预测相关数据库资源概述 刘玉瑛1,张江丽2(1.首都师范大学生命科学学院,北京100037;2.廊坊师范学院生命科学学院,河北廊坊065000) 摘要启动子是基因表达调控的重要元件,深入研究启动子的结构和功能,是理解基因转录调控机制和表达模式的关键。随着生物技术和计算机技术的高速发展,应用生物信息学技术对启动子进行预测和分析的方法得到了很大发展。对目前常用的真核生物启动子预测相关数据库和软件资源作了简单介绍。 关键词真核生物;启动子;数据库;预测 中图分类号Q24文献标识码A文章编号0517-6611(2007)24-07418-02 The Databases o f Eukaryo tic Promoters and Related So ftw are Resources LIU Yu2ying et al(Co lleg e of Life Science,Capital N ormal U niv ersity,B eijin g100037) Abstract Eu kary o tic pro mo ters are i mp ortan t elemen ts in reg ulatio n o f the e xpres si on.T o stud y the structu re and functio n o f a p ro m oter deeply,i t is the key to kno w ho w the gene reg ulates its transcri pti on an d starts its exp ression.With the fast d evelo pmen t o f bio log ical and co m puter techno lo gy,sig nifican t ac hiev ements h av e been made in co mp utatio nal predictio n o n Eu kary o tic pro mo ters.In thi s paper mai nly in tro duces the pro g ress made in the datab ases o f predictin g E ukaryo tic p ro mo ters as w ell as the related so ftw are reso urces w as in tro duced. Key w ords Wikipedia;Pro m oter;D atab ase;Predicti on 作为基因表达所必需的重要序列信号和基因转录水平上一种重要的调控元件,真核生物的启动子一直是现代分子生物学的研究热点。用实验的方法分析和鉴定启动子是多年以来进行启动子研究的主要途径。近年来,随着人类基因组测序的完成和根据实验获得的对启动子的序列特征与结构功能的认识,利用生物信息学的方法,通过计算机模拟和计算来预测基因启动子的相关信息获得越来越多的应用。笔者对目前常用的几个启动子预测数据库和相关软件资源作一简单介绍。 1真核生物启动子的基本结构 真核生物的启动子有3种类型,分别由R NA聚合酶?、ò和ó进行转录。典型的真核生物启动子由核心启动子、上游元件和应答元件构成。 核心启动子包括起始子和基本启动子。其中起始子是DN A解链并起始转录的位点。基本启动子序列为中心在-25~-30的7bp保守区,其碱基频率为:T85A97T93A85A2 63A83A50,通常被称为T A T A框或Goldberg2Ho gne ss框,具有选择正确的起始位点,保证精确起始的功能。同时,T A T A框还能影响转录速率。如兔的珠蛋白基因中T A T A框的保守序列A T AAA A人工突变为A TG T AA时,转录效率会下降80%。 上游元件主要包括C AA T框和GC框两种,均具有增强转录活性的功能。其中,C AA T框的保守序列是GGC T2 C A A TC T,一般位于上游-75紧靠-80,与其相互作用的因子有C TF家族的成员C P1、C P2和核因子NF21等;GC框的保守序列是G TGGGC G GG GC AA T,常以多拷贝形式存在-90处,识别该序列的转录激活因子为Sp1。两种上游元件同时存在或者只存在其中之一,但并非所有真核基因的启动子都存在上游启动子元件,有些植物细胞中几乎不存在C AA T框。 应答元件通常位于基因上游,能被转录因子识别和结合,从而调控基因的专一性表达。如热激应答元件、激素应答元件、c A M P应答元件、金属应答元件、糖皮质激素应答元 作者简介刘玉瑛(1982-),女,北京人,硕士研究生,研究方向:生物化学与分子生物学。 收稿日期2007204223件和血清应答元件等。应答元件含有短重复序列,不同基因中应答元件的拷贝数相近。 2真核生物启动子预测相关数据库资源 2.1EPD(Eukaryotic promote r database)[1]EP D数据库(http://w w w.e pd.isb2sib.ch/或者f tp://f tp.e pd.isb2sib.c h/ pub/da taba se s/epd)是一个针对真核R NA聚合酶II型启动子的非冗余数据库。现有启动子序列数据1500多个,按层次组织。关于启动子的描述信息直接摘自科学文献。该数据库中所有的启动子均经过一系列实验证实,如:是否为真核R NA聚合酶ò型启动子、是否在高等真核生物中有生物学活性、是否与数据库中的其他启动子有同源性等。同时,EPD 与其他的相关数据库如EM B L、S WI S S2P RO T、TRA NS FAC等,实现了数据的交叉链接。在其最新版本(第76版)中,EPD 将收集的启动子分为6大类:植物启动子、线虫启动子、拟南芥启动子、软体动物启动子、棘皮类动物启动子和脊椎动物启动子,共2997个条目,其中人类启动子有1871个,约占总数的62%。EPD数据库是目前唯一一个源自实验数据的真核生物启动子数据库,是常用的预测软件测评的手段之一。 2.2PLAC E(Plant cis2ac ting regulatory DNA elements)[2] P LAC E数据库(http://w ww.dna.af frc.go.jp/htdoc s/PL AC E/, F TP服务器为ftp://ftp.dna.a ff rc.go.jp/)是从已发表文献中搜集植物顺式作用元件资料而建立的模体数据库(mo tif data base),始于1991年。目前服务器位于日本农林渔业部。P LAC E数据库中只囊括维管植物的信息,其他与植物顺式作用元件同源的非植物模体也同时被收录。并且所收录信息根据实验最新进展随时得到更新。同时,PL AC E数据库中还包括了对每个模体的描述和在PubM ed中的相关文献编号,以及在DDB J/E MB L/GenB ank的核酸序列数据库的登录号,点击后可阅读相关文献摘要等信息。登陆PL AC E数据库界面,用户可通过关键词、S RS关键词或者同源序列查询顺式作用元件的信息。关键词可以是模体名称、涉及的诱导子或者植物激素、胁迫类型、该基因表达的组织或者器官、原始文献的作者、模体序列、植物种属等。查询结果显示位点(模体)名称、位置、序列和PL ACE登录号,同时,也可以用F AS T A 格式批量上传序列信息。 安徽农业科学,J ou rnal o f Anh ui Ag ri.Sci.2007,35(24):7418-7419责任编辑孙红忠责任校对李洪
第三章真核微生物习题 一、名词解释 1．真核微生物；2．微生物多样性；3．膜边体；4．几丁质酶体；5．氢化酶体：6．蕈菌；7．生物资源；8．菌核(scleraotium)；9．菌物界 二、空题 1．以下各类真核微生物的细胞壁主要成分分别是：酵母菌为，低等真菌为，高等真菌为，藻类为。 2．真核微生物所特有的鞭毛称。 3．真核生物鞭毛杆的横切面为型。 4．在真核微生物细胞质内存在着沉降系数为 S的核糖体，它是由 S和 S两个小亚基组成。 5．真核微生物包括，，和等几个大类。 6．藻类是含有并能的光合类型生物，藻类细胞中可贮藏碳源物质。 7．真菌被划分为纲、纲、纲、纲和菌纲。
8．真菌是不含有素、营养，以进行繁殖的真核微生物。 9．原生动物是色、无，能运动的单细胞真核生物。 三、选择题 1．在真核微生物，例如（）中常常找不到细胞核。 （1）真菌菌丝的顶端细胞（2）酵母菌的芽体 （3）曲霉菌的足细胞（4）青霉菌的孢子梗细胞 2．在酵母菌细胞壁的4种成分中，赋予其机械强度的主要成分是（）。 （1）几丁质（2）蛋白质（3）葡聚糖（4）甘露聚糖 3．构成真核微生物染色质的最基本单位是（）。 （1）螺线管（2）核小体（3）超螺线管（4）染色体 4．在叶绿体的各结构中，进行光合作用的实际部位是（）。
（1）基粒（2）基质（3）类囊体（4）基质类囊体 5．_______________是藻类和真菌的共生体。 （1）.Mycorrhiza （2）B. Agar （3）Lichen （4）Heterocyst 6．适合所有微生物的特殊特征是_____________。 （1）它们是多细胞的（2）.细胞有明显的核 （3）只有用显微镜才能观察到（4）可进行光合作用7．预计在_____________的土壤中能发现真菌。 （1）富含氮化合物（2）.酸性 （3）中性（4）还有细菌和原生动物 四、是非题 1．原生动物具有变形虫方式运动、鞭毛运动、纤毛运动和爬行等运动方式。 2．原生动物通常是以扩散、促进扩散和主动运输来获得营养。 3．藻类与篮细菌同样可以进行光合营养和放氧，在进化上很相
单项选择题 （在下列每题的四个备选答案中选出一个正确的答案，并将其字母标号填入括号内） 1. 下列描述中不是微生物特点的是（Ｄ）。 A．个体微小B．种类繁多C．分布广泛D．无变异性 2. 下列微生物中属于真核微生物的是（Ｂ）。 A．细菌B．酵母C．病毒D．霉形体 3. 革兰氏阳性菌的细胞壁特有的成分是（Ｂ）。 A．肽聚糖B．磷壁酸C．脂多糖D．蛋白质 4. 革兰氏阴性菌的细胞壁特有的成分是（Ｃ）。 A．肽聚糖B．磷壁酸C．脂多糖D．蛋白质 5. 肉毒毒素的化学本质是（Ａ）。A．蛋白质B．糖类C．脂类D．脂多糖 6. 类毒素的化学本质是（Ｂ）。A．DNA B．蛋白质C．RNA D．脂多糖 7. 致病性葡萄球菌感染引起的疖、痈，是一种（Ｄ）。 A．局部传染B．全身传染C．毒血症D．败血症 8. 微生物个体的遗传物质的结构发生突然而稳定的改变，但与其他个体遗传物质的转移无关，称为（Ａ）。 A．突变B．转化C．转导D．接合 9. 接合是以（Ａ）为媒介的。 A．细菌菌毛B．细菌荚膜C．噬菌体D．细菌鞭毛 10. 转导是基因转移的一种形式，其所用媒介是（Ａ）。 A．噬菌体B．性菌毛C．其他细菌D．孢子 11. 转导是以（Ｃ）为媒介的。 A．细菌菌毛B．细菌性纤毛C．噬菌体D．细菌鞭毛 12. 以温和性噬菌体为媒介，将供体菌中的部分DNA 片段转移到受体菌中，从而使受体菌获得了供体菌的部分遗传性状，称为（Ｃ）。 A．突变B．转化C．转导D．接合 13. 光滑型菌落的菌落性状为（Ａ）。 A．光滑、湿润、边缘不整齐B．光滑、湿润、边缘整齐 C．粗糙、湿润、边缘不整齐D．粗糙、枯干、边缘不整齐 14. 关于细菌细胞核描述正确的是（Ａ）。 A．没有核膜B．有核仁C．有核膜D．真核 15. 细菌的主要繁殖式是（Ｂ）。 A．出芽生殖B．二等分裂C．孢子生殖D．孤雌生殖 16. 细菌的主要繁殖式是（Ｃ）。 A．芽殖B．裂殖C．二等分裂D．孤雌生殖 17. 细菌主要以（Ｃ）方式进行繁殖。 A．孢子B．芽孢C．二等分裂D．出芽 18. 质粒是一种编码特定性状的（Ａ）。 A．DNA B．蛋白质C．RNA D．糖类 19. 质粒和细菌染色体的复制是（Ｃ）的。 A．同步连锁B．有一定的复制数量比例C．分别独立复制D．相互依存 21. 细菌的运动器官是（Ａ）。A．鞭毛B．细胞壁C．胞浆膜D．核体 22. 关于芽孢描述正确的是（Ｃ）。 A．是细菌的繁殖器官B．是多个细菌的浓缩物
第二章真核微生物试题 一．选择题 20314.毛霉 (Mucor) 的无性繁殖产生 A.内生的孢囊孢子 B.外生的厚垣孢子 C.内生的游动孢子 D.外生的节孢子 答：( ) 20315.根霉 (Rhizopus) 的无性繁殖产生 A.内生的节孢子 B.内生的孢囊孢子 C.外生的分生孢子 D.外生的游动孢子 答：( ) 20316.青霉 (Penicillium) 的无性繁殖产生 A.外生的孢囊孢子 B.外生的分生孢子 C.外生的节孢子 D.外生的游动孢子 答：( ) 20317.曲霉 (Aspergillus) 的无性繁殖产生 A.外生的分生孢子 B.内生的分生孢子 C.外生的节孢子 D.内生的游动孢子 答：( ) 20318.酵母菌的菌落类似于： A.霉菌菌落 B.链霉菌菌落 C.细菌菌落 答：( ) 20319.指出错误的回答 , 真菌的无性孢子有： A.分生孢子 B.接合孢子 C.游动孢子 D.节孢子 答：( ) 20320.指出错误的回答 , 真菌的有性孢子有： A.卵孢子 B.孢囊孢子 C.子囊孢子 D.担孢子 答：( ) 20321.酿酒酵母 (Saccharomyces cerevisiae) 的无性繁殖是： A.裂殖
B.芽殖 C.假菌丝繁殖 D.子囊孢子繁殖 答：( ) 20322.酿酒酵母菌的有性孢子是： A.卵孢子 B.子囊孢子 C.担孢子 D.无有性孢子 答：( ) 20323.指出错误的回答 , 根霉菌的孢子囊具有： A.囊轴 B.囊托 C.囊领 D.囊梗 答：( ) 20324.酿酒酵母的无性繁殖是： A.一端出芽 B.二端出芽 C.多边出芽 D.三端出芽 答：( ) 20325.指出正确的回答 : 鞭毛菌亚门的真菌： A.是由有隔菌丝组成 B.主要是陆生真菌 C.可以产生游动孢子 D.可产生分生孢子 答：( ) 20326.指出错误的回答。丝状真菌的无性繁殖方式很多 , 主要有： A.菌丝片断 B.芽殖 C.裂殖 D.分生孢子 答：( ) 20327.指出错误的回答 , 真核微生物包括有： A.真菌 B.粘菌 C.枝原体 D.原生动物 答：( ) 20328.接合菌亚门的主要特征是： A.菌丝无隔 , 有性生殖产生接合孢子 B.菌丝有隔 , 有性生殖产生接合孢子 C.菌丝有隔 , 有性生殖产生卵孢子 D.菌丝有隔 , 有性生殖产生子囊孢子 答：( )
感受态BL21、BL21(DE3)及BL21(DE3)pLysS BL21没有T7 RNA聚合酶基因, 因此不能表达T7启动子控制的目的基因, 但是可以表达大肠杆菌启动子lac、tac、trc及trp控制的基因。 BL21(DE3)是λDE3溶原菌，带有T7 RNA聚合酶，可用于表达T7启动子控制的目的基因，也可以表达大肠杆菌启动子lac、tac、trc及trp控制的基因。 BL21（DE3）pLysS含有pLysS质粒，一种与pET共存的表达T7裂解酶的质粒，可以减少目的基因的本底表达，提供更严紧的控制。 真核原核启动子 原核： 几个常用的启动子和诱导调控表达系统 1.最早应用于的表达系统的是Lac乳糖操纵子，由启动子lacP + 操纵基因lacO + 结构基因组成。其转录受CAP正调控和lacI负调控。 https://www.doczj.com/doc/0b5398632.html,cUV5突变能够在没有CAP的存在下更有效地起始转录，该启动子在转录水平上只受lacI 的调控，因而随后得到了更广泛采用。lacI产物是一种阻遏蛋白，能结合在操纵基因lacO 上从而阻遏转录起始。乳糖的类似物IPTG可以和lacI产物结合，使其构象改变离开lacO，从而激活转录。这种可诱导的转录调控成为了大肠杆菌表达系统载体构建的常用元件。 3.tac启动子是trp启动子和lacUV5的拼接杂合启动子，且转录水平更高，比lacUV5更优越。 4.trc启动子是trp启动子和lac启动子的拼合启动子，同样具有比trp更高的转录效率和受lacI阻遏蛋白调控的强启动子特性。 5.在常规的大肠杆菌中，lacI阻遏蛋白表达量不高，仅能满足细胞自身的lac操纵子，无法应付多拷贝的质粒的需求，导致非诱导条件下较高地表达，为了让表达系统严谨调控产物表达，能过量表达lacI阻遏蛋白的lacIq 突变菌株常被选为Lac/Tac/trc表达系统的表达菌株。现在的Lac/Tac/trc载体上通常还带有lacIq 基因，以表达更多lacI阻遏蛋白实现严谨的诱导调控。 6.IPTG广泛用于诱导表达系统，但是IPTG有一定毒性，有人认为在制备医疗目的的重组蛋白并不合适，因而也有用乳糖代替IPTG作为诱导物的研究。另外一种研究方向是用lacI 的温度敏感突变体，30℃下抑制转录，42℃开始发挥作用。热诱导不用添加外来的诱导物，成本低，但是由于发酵过程中加热升温比较慢而影响诱导效果，而且热诱导本身会导致大肠杆菌的热休克蛋白激活，一些蛋白酶会影响产物的稳定。 7.以λ噬菌体转录启动子PL、PR 构建的载体也为大家所熟悉。这两个强启动子受控于λ噬菌体cI基因产物。cI基因的温度敏感突变体cI857(ts)常常被用于调控PL、PR启动子的转录。同样也是30℃下阻遏启动子转录，42℃下解除抑制开始转录。同样的，PL、PR表达载体需要以cI857(ts)作为表达菌株，现在更常见的做法是在载体上携带cI857(ts)基因，所以可以有更大的宿主选择范围。另外一种思路是通过严谨调控cI产物来间接调控PL、PR 启动子的转录。比如Invitrogen的PL表达系统，就是将受trp启动子严谨调控的cI基因
共生：两种生物生活在一起，双方相互依赖，互相有利，显示出一起共同生活比分开来单独生活更为有利。 有时，甚至一种生物脱离了另一个种生物后即不能 生活。这种产关系即为共生。 发酵：广义的“发酵”是指利用微生物生产有用代谢产物的一种生产方式；狭义的“发酵”是指微生物细胞将有 机物氧化释放的电子直接交给底物本身未完全氧 化的某种中间产物，同时释放能量并产生各种不同 代谢产物的过程。 病毒：病毒是一类个体微小的，没有细胞结构的,专性寄生于活细胞内的微生物，在细胞外具有大分子特 征，在活细胞内部具有生命特征。 芽孢：某些细菌在其生长发育的后期，在细胞内形成的一个圆形或椭圆形，厚壁，含水量低，抗逆性强的休眠构造。菌落：单个细胞接种到固体培养基上，经过一段时间培养，就会在培养基表面形成肉眼可见的微生物群体，即为菌落。 基因：是生物体内一切具有自主复制能力的最小遗传功能单位，其物质基础是一条以直线排列、具有特定核 苷酸序列的核酸片段。 微生物：是一切肉眼看不见或看不清的微小生物的总称 世代时间：单个细胞完成一次分裂所需的时间。 伴胞晶体：少数芽孢杆菌，在形成芽孢的同时，会在芽孢旁形成一颗菱形，方形，或不规则形的碱溶性 蛋白质晶体称为伴胞晶体 生长因子：生长因子是一类调节微生物正常代谢所必需，但不能用简单的碳，氮源自行合成的有机物。 微生物学：微生物学是一门在细胞、分子或群体水平上研究微生物的形态结构、生理代谢、遗传变异、 生态分布和分类进化等生命活动基本规律，并 将其应用于工业发酵、医药卫生、生物工程和 环境保护等实践领域的科学。 生物固氮：是指大气中的分子氮通过微生物固氮酶的催化而还原成氨的过程，生物界中只有原核生物才具有固氮能力。 基团移位：指一类既需特异性载体蛋白的参与，又需耗能的一种物质运送方式。 生命周期：指的是上一代生物个体经过一系列的生长，发育阶段而产生下一代个体的全部过程 栓菌试验：即设法把单毛菌鞭毛的游动端用相应抗体牢固地栓在载玻片上，然后在光镜下观察该细胞的行为。 烈性噬菌体：侵染后并引起寄主细胞裂解的病毒。 单细胞蛋白：单细胞蛋白又叫微生物蛋白，菌体蛋白。按 生产原料不同，可以分为石油蛋白，甲醇蛋 白，甲烷蛋白等；按产菌的种类不同，又可 以分为细菌蛋白，真菌蛋白等。 真菌生活史：真菌从孢子萌发开始，经过生长发育阶段，最终又产生同一种孢子，其染色体行为由单 倍体到双倍体再回到单倍体的过程。选择性培养基：一类根据某微生物的特殊营养要求或其对 某化学、物理因素的抗性而设计的培养 基，具有使混合菌样中的劣势菌变成优势 菌的功能，广泛用于菌种筛选等领域。一步生长曲线：定量描述烈性噬菌体生长规律的实验曲线。 1、微生物细胞的主要组成元素是蛋白质，核酸，类脂和碳水化合物。 2、在混合菌样中获得纯菌株的方法主要有稀释涂布平板法；划线平板法等。 3、放线菌的菌丝体分为基内菌丝、气生菌丝、孢子丝。 4、无分枝单细胞的群体典型生长曲线，根据单细胞微生物生长速度的不同可将曲线分为缓慢期、对数期、稳定期、衰亡期四个时期。 5、食用菌是由营养菌丝;生殖菌丝、豆科植物、共生固氮组成 6、有机污染物生物降解过程中经历的主要反应包括氧化反应,还原反应,水解反应和聚合反应 1、根据微生物的进化水平和各种性状上的明星差别，可把它分为原核生物（包括真细菌和古生菌）、真核微生物、非细胞微生物 2、原核生物可粗分为“三菌”和“三体”6个大类，即细菌（含古生菌）、放线菌、蓝细菌以及支原体、立克次氏体和衣原体。 3、噬菌体的繁殖一般分为5个阶段，即吸附、侵入、增殖（复制与生物合成）、成熟（装配）和裂解（释放）。 4、酵母菌是以形成子囊和子囊孢子的方式进行有性繁殖的。 5、按培养基对微生物的功能可以把培养基分为选择性培养基和鉴别性培养基。 6、营养是一切生命活动所需物质资源。 7、细胞膜运送营养物质有四种方式，单纯扩散、促进扩散、主动运送和基团移位。 8、基因突变是遗传变异的基础，也是诱变育种的前提。 9、影响微生物生长的主要因素有温度、氧气、PH 。 10、固氮菌从生态类型可分为自身固氮菌、共生固氮菌和联合固氮菌。 1、真核微生物核糖体类型为80S 。 2、大肠杆菌长为2、0μm,宽为0、5μm,其大小表示为0、5μm x2、0μm 。 3、研究细菌遗传、代谢性能常采用对数生长时期的细胞。 4、微生物学的奠基人是巴斯德 5、革兰氏染色法是鉴别细菌的重要方法，染色的要点如下：先用草酸铵结晶紫初染，再加碘液媒染，使菌体着色，然后用脱乙醇色，最后用番红复染，呈紫色色为革兰氏阳性反应，呈浅红色为革兰氏阴性反应。 6、微生物根据细胞结构的有无可分非细胞生物、细胞生物为两大类，具有细胞结构的微生物又可分为原核生物、
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练习题 一、一、名词解释 1、原生质 指在人为条件下，用溶菌酶除尽原有细胞壁或用青霉素抑制新生细胞壁合成后，所得到的细胞膜包裹的圆球状渗透敏感细 胞。HVhrXjn2Wt 2、PHB 聚—β—羟丁酸，是一种存在于许多细菌细胞质内属于类脂性质的炭源类贮藏物，不溶水，而溶于氯仿，可用尼罗蓝或苏丹黑染色，具有贮藏能量、炭源和降低细胞内渗透压等 作用。HVhrXjn2Wt 3、芽孢 某些细菌在其生长发育后期，在细胞内形成的一个圆形或椭圆形、壁厚、含水量低、抗屈性强的休眠构造。 4、菌落 将单个细菌<或其他微生物）细胞或一小堆同种细胞接种到固体培养基表面<有时为内层），当它占有一定的发展空间
并处于适宜的培养条件下时，该细胞会迅速生长繁殖并形成细胞堆，此即菌落 一般指一种小型生物生活在另一种较大型生物的体内<包括细胞内）或体表，从中夺取营养并进行生长繁殖，同时使后者蒙受损害甚至被杀死的一种相互关系。HVhrXjn2Wt 10、腐生 以无生命的有机物作为营养物质进行生长繁殖的生活 方式。 11、包涵体 始体通过二分裂可在细胞内繁殖成一个微菌落即“包 涵体” 12、巴斯特效应 酵母菌的乙醇发酵是一种厌氧发酵，如将发酵条件改变成好氧条件，葡萄糖分解速度降低，乙醇停止生产，但当重新回到厌氧条件时，葡萄糖的分解速度增加，并伴随大量的乙 醇产生。HVhrXjn2Wt 13、噬菌斑 由噬菌体在菌苔上形成的“负菌落” 14、伴孢晶体
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