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聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)鉴定川贝母药材的方法优化

聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)鉴定川贝母药材的方法优化
聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)鉴定川贝母药材的方法优化

药物代谢酶基因多态性简介

药物代谢酶基因多态性简介 代谢酶基因多态性是指由于编码代谢酶的DNA序列的单核苷酸多态性等可遗传变异,导致的不同种群之间代谢酶的底物特异性无变化,但是代谢酶的活性存在显著的差别的现象。由此可能造成个体间PK和药物反应的差异,进而造成不必要的治疗失败和毒副作用。单核苷酸多态性(SNPs)存在于Ⅰ相代谢酶、Ⅱ代谢酶和转运体等多个方面,其中临床影响较大的为CYP450酶的基因多态性,因此了解不同人群代谢酶活性的差异有助于理解种群间PK差异和实现个性化治疗。SNPs存在于许多亚型的代谢酶中,Sarah等人的研究结果显示如下图,其中高加索人种中CYP2D6多态性的频率最高,其次为CYP2A6和2B6。但是并非所有的CYPs均参与药物代谢,既存在较高频率的多态性,又与药物代谢相关的为CYP1A2, 2D6, 2C9和2C19,其中CYP2D6与多数药物的代谢相关,下文将以CYP2D6为代表阐述其进化特征、功能多样性和临床影响等相关内容。 CYP2D6是由497个氨基酸组成的多肽,其对生物碱类物质具有较高的亲和力,该酶不可被环境因素调控且不能被诱导。最早CYP2D6的多态性是由

于个体间PK差异引起人们注意的,而后随着生物技术手段的提升才逐渐揭开其遗传基础。CYP2D6位于染色体22q13.1上,其邻近包含两个假基因CYP2D7和CYP2D8。至今发现了几十种CYP2D6的等位基因,大多数编码有缺陷的基因产物,最常见的突变型等位基因分布于不同种群中,如CYP2D6*2, CYP2D6*4, CYP2D6*5, CYP2D6*10和CYP2D6*17等,详细见下图,其可分为彻底失活、活性降低、正常、活性增加和活性本质上的改变五大类,在不同种群中分布特点有明显的差异。亚洲人群最常见的CYP2D6*10,其发生了P34S的有害突变导致了P450折叠功能的丧失而造成不稳定性,且降低了底物的亲和力。非洲人群中常见突变体为CYP2D6*17发生的错义突变导致其活性位点结构发生改变,由此造成底物特异性发生改变,且其活性低于野生型。 如下图演示了CYP2D的演变规律,啮齿动物与人的活性CYP2D基因的数量存在巨大的差异,小鼠有9个不同的活性基因,而人只有1个,且7%的高加索人群缺失该活性基因。由于CYP2D6对于生物碱类的生物毒素具有高亲和力,进化角度可以认为小鼠需要保留较多的活性基因来维持解毒能力,而人类的饮食结构更为严谨进而逐渐不需要更多的活性基因。 不同人群中的CYP2D6的代谢活性可分为超快代谢(ultrarapid metabolizers, UMs)、快代谢(extensive metabolizers, EMs)、中等代谢(intermediate metabolizers, IMs)和慢代谢(poormetabolizers, PMs)四种类型。一般而言,白人种PMs的频率较高约为10%左右,而亚洲人群中

限制性片段长度多态性实验——

实验六■限制性片段长度多态性 (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP) —、实验目的 学习和掌握限制性片段长度多态性(RFLP )遗传标记的基本原理和检测方法。 二、实验原理 第一代分子遗传标记RFLP是根据不同品种(个体)基因组的限制性内切酶的酶切位点碱基发生突变,或酶切位点之间发生了碱基的插入、缺失、重排等,导致酶切片段大"俊生了变化,这种变化可以通过 PCR ,酶切及琼脂糖凝胶电泳逬行检测,从而可比较不同品种(个体)的DNA水平的差异(即多态性),RFLP已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因走位以及生物进化和分类、遗传多样性等研究。 三、仪器、材料与试別 (-)仪器:电热恒温水浴锅,琼脂糖凝胶电泳及检测系统 (二)材料与试列:Hind JU限制性内切酶,10xM Buffer,待分析的PCR产物,DL2000 DNA Marker, 6xLoading Buffer (上样缓冲液),灭菌双蒸水,1.5%琼脂糖凝胶(注意:含溟化乙锭EB ,致癌,请带手套操作),0.5%TBE (电泳缓冲液1 四、实验步骤 1、Hind m限制性内切酶酶切 反应体积(10pl )f在0.2ml Eppendorf管中依次加样: 10xM buffer i ML ddH2O 5.5 pL Hind 皿0.5 pL PCR产物 3 ML 37°C水浴消化2h ,消化产物全部用于琼脂糖检i则。 2、琼脂糖凝胶电泳 配置1.5%琼脂糖凝胶,取10pl酶切产物+1川上样缓冲液280V恒压电泳。DNA带负电荷, 电泳时

DNA从负极向正极泳动。待泳动至凝胶的1/2-2/3位置时,停止电泳,紫外检测仪下观察。 五、作业 写出本实验的具体操作过程并描述你所观察到的结果。(画图) M12 34 5678 9 10 Hind HI内切酶识别位点:AIAGCTT TTCGATA

一个内含子长度多态性标记与栽培稻F_1花粉育性基因座连锁

分子植物育种,2006年,第4卷,第3期,第323-328页 MolecularPlantBreeding,2006,Vol.4,No.3,323-328 研究报告 ResearchReport 一个内含子长度多态性标记与栽培稻F 1 花粉育性基因座连锁 吴海滨1,2朱汝财1李迪1赵德刚2*白羊年1* 1海南省热带农业资源开发利用研究所,三亚,572025;2贵州省农业生物工程重点实验室,贵州大学,贵阳,550025 *共同通讯作者,degangzhao@yahoo.com;baiyangnian@hitar.org 摘要本研究利用两份栽培稻(OryzasativaL.)种质HITAR005和IRGC20509杂交建立了含有500个单 株的F 2群体,采用内含子长度多态性标记对F 2 群体中的117株进行了标记基因型分析。研究发现一个内含 子长度多态性标记,RI01594,其标记座位上与父本(IRGC20509)相同基因型的纯合植株完全消失,且母本纯合基因型植株与杂合基因型植株的比率符合1:1(!2 C =0.90,"2C<X20.05),表现出一种明显的偏分离现象。分析该分子标记所在的目的序列,RI01954标记所位于的基因含有3个内含子是一个功能未知的转录因子,粳稻Nipponbare(日本晴)在该基因的第3个内含子序列与籼稻9311的序列相比有24个碱基的缺失。进一步分析RI01954标记的PCR产物表明,发现消失的纯合植株基因型偏向于粳稻Nipponbare(日本晴)。结合供试 的F 2群体的花粉育性检测结果,初步表明RI01594标记与栽培稻F 1 花粉育性基因座连锁,与F 1 花粉不育基 因座连锁的遗传距离小于0.5cM,推测与RI01954标记连锁的栽培稻的F 1 花粉不育性基因座是一个新的杂种不育位点。 关键词栽培稻,内含子长度多态性,F1花粉育性,偏分离 AnILPMarkerCloseLinkingwiththeTentativeNovelF1PollenSterileLocusinCultivatedRice WuHaibin1,2ZhuRucai1LiDi1ZhaoDegang2*BaiYangnian1* 1HainanInstituteofTropicalAgriculturalResources,Sanya,572025;2GuizhouKeyLaboratoryofAgriculturalBioengineering,GuizhouUniversity,Guiyang,550025 *Co-correspondingauthor,degangzhao@yahoo.com;baiyangnian@hitar.org AbstractTheF2populationcontaining500individualswasdevelopedusingtwocultivatedricegermplasms(O-ryzasativaL.),HITAR005asfemaleparentfromHITARandIRGC20509asmaleparentfromIRRI,andtheILP(intronlengthpolymorphism)markerswereemployedtogenotypethe117individualsoftheF2population.RI01954,anILPmarkermappedinthe3rdchromosome,wasfoundthatitshomozygouslocusformaleparentwerecompletelyabsentinthe117individualsandtheratioofRI01954locusbetweenhomozygousoffemaleparentandheterozygouswas1:1(#2C=0.90,$2C<X20.05),whichshowedobviouslydistortedsegregationintheF2population.ThesequenceconferringRI01954wasdeeplyanalyzedthatitisunknownfunctionaltranscriptfactorcontainingthreeintrons.Thereis24bpdeletionofthe3rdintroninJaponicaNipponbarecomparingwithIndica9311.AnalysisofPCRproductsamplifiedbyprimersofRI01954showedthatthebandsformaleparentdisappearedwereidenticaltoJaponicaNipponbare.CombiningtheresultofpollenfertilityanalysisintheF2population,itwasprimarycon-cludedthatRI01954markercloselylinkedtothephenotypeoftheF1pollensterilitylocusandthegeneticdistancesbetweenthemwasestimatedlessthan0.5cM.AndalsoitsuggestedthatthelocuslinkedwithRI01954wasanov-elF1pollensterilelocusinthecultivatedrice. KeywordsCultivatedrice(OryzasativaL.),Intronlengthpolymorphism(ILP),Hybridsterility,Distortedsegregation

动物DNA限制性片段长度多态性分析

动物DNA限制性片段长度多态性分析 9.1 动物DNA限制性片段长度多态性基本概况 DNA限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,简称RFLP)是进行动物物种分化和群体遗传多样性研究的一项重要经典技术,而线粒体DNA和核糖体DNA 则是动物RFLP研究中最为常用的两种遗传标记(Nei,Tajima 1981)。 动物线粒体DNA是一种共价闭环的环状双链DNA,具有严格的母系遗传方式,每个细胞中有 1 000~10 000个拷贝,容易从组织中分离、提纯(Brown等 1979;Avise等 1983;Lansman 1983)。提取线粒体DNA的实验技术比较简单,且重复性好(王文,施立明 1993)。mtDNA的基因结构比较简单、稳定,分子量小(15.7~19.5kb),处于限制性内切酶分析范围,因此易于进行结果分析(Brown 1979)。在脊椎动物中,mtDNA无组织特异性,即个体内的线粒体DNA具有高度的均一性(Avise等 1983),这就有利于限制性内切酶分析。更为重要的是,mtDNA进化速度快,是单拷贝核DNA的5~10倍,因而是进行近缘种间和种内群体间分化关系研究的良好遗传标记(Brown等 1979,1983;Wilson 1985;Avise 1986;Harrison 1989)。生物多样性研究中基本保护单元----进化显著性单元(evolutionary significant units,简称ESUs)(Ryder 1989)的确定,就极大地依赖于不同动物群体线粒体DNA单倍型的系统发育关系(Moritz 1994)。 ESUs的定义为:在mtDNA单倍型上互为单系群(monophyly)、在核基因座位上等位基因频率有显著差别的群体即称为ESUs。强调mtDNA的互为单系群,不仅因为它在进化上的重要性,而且因为理论上和模拟实验均说明隔离群体在一定时间后能达到这种状态。生物ESUs已被证明是一个在保护中很有用的概念标准。例如,在我们最近的一项研究中,发现广西的白头叶猴(Trachypithecus francoisi leucocephalus)和黑叶猴(T.f.francoisi)在mtDNA序列上严格地互为单系群(Wang等 1996),这明确地说明了白头叶猴是保护中应受到重视的一个ESU S。 核糖体DNA(ribosomal DNA,简称rDNA)是一类中等重复的核内DNA序列,每个重复单元(repetype)由非转录间隔区(non-transcribed spacer,简称 NTS)、转录间隔区(internal transcribed spacer,简称 ITS)和3种RNA(18S RNA,5.8S RNA,28S RNA)基因编码区 组成。这3个区域的DNA序列有不同的进化速率,编码区非常保守,适合于构建生命系统树的基部分枝;转录间隔区则中度保守,适合于推断50×106年前左右的事件;非转录间隔区则进化速度较快,适合于种间和已有隔离的群体间关系的研究(Appels, Honeycutt 1986; Hillis,Davis 1986;Suzuki等 1990)。此外,rDNA以一种协同的方式进化,在个体内和群体内有着较好的均质性(homoplasmy)。因此,有人认为,少量个体的抽样就能有效地代表 本章作者:王 文,陈永久,兰宏

药物代谢酶和药物作用靶点基因检测技术指南(试行)

药物代谢酶和药物作用靶点基因检测技术指南(试行)

前言 药物体内代谢、转运及药物作用靶点基因的遗传变异及其表达水平的变化可通过影响药物的体内浓度和敏感性,导致药物反应性个体差异。近年来随着人类基因组学的发展,药物基因组学领域得到了迅猛发展,越来越多的药物基因组生物标记物及其检测方法相继涌现。药物基因组学已成为指导临床个体化用药、评估严重药物不良反应发生风险、指导新药研发和评价新药的重要工具,部分上市的新药仅限于特定基因型的适应症患者。美国FDA已批准在140余种药物的药品标签中增加药物基因组信息,涉及的药物基因组生物标记物42个。此外,部分行业指南也将部分非FDA批准的生物标记物及其特性(如MGMT基因甲基化)的检测列入疾病的治疗指南。药物反应相关基因及其表达产物的分子检测是实施个体化药物治疗的前提。 药理学与遗传学结合的关键环节包括药物代谢动力学(pharmacokinetics,PK)和药物效应动力学(pharmacodynamics,PD)两方面。药物代谢动力学主要是定量研究药物在生物体内吸收、分布、代谢和排泄规律,侧重于阐明药物的体内过程;药物效应动力学主要研究药物对机体的作用、作用规律及作用机制,其内容包括药物与作用靶位之间相互作用所引起的生化、生理学和形态学变化,侧重于解释药物如何与作用靶点发生作用。对药物代谢酶和药物靶点基因进行检测可指导临床针对特定的患者选择合适的药物和给药剂量,实现个体化用药,从而提高药物治疗的有效性和安全性,防止严重药物不良反应的发生。目前美国FDA和我国食品药品监督管理局(CFDA)都已批准了一系列的个体化用药基因诊断试剂盒。这些试剂盒基本都是对人DNA样本进行基因检测。而在基因表达的检测方面,由于RNA的稳定性差,样本处置不当可导致目标RNA降解,使得检测结果不准确,影响临床判断。因此,RNA检测试剂的研发相对滞后。 本指南旨在为个体化用药基因检测提供一致性的方法。本指南中所指的药物基因组生物标志物不包括影响抗感染药物反应性的微生物基因组变异。此外,肿瘤靶向治疗药物个体化医学检测指南见《肿瘤个体化治疗的检测技术指南》。 本指南起草单位:中南大学湘雅医院临床药理研究所、中南大学临床药理研究所、中南大学湘雅医学检验所,并经国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会、中国药理学会药物基因组学专业委员会、中国药理学会临床药理学专业委员会和中华医学会检验分会组织修订。 本指南起草人:周宏灏、陈小平、张伟、刘昭前、尹继业、李智、李曦、唐洁、俞

(整理)中药饮片鉴别及检验相关知识培训.

中药饮片鉴别及检验相关知识培训 《中华人民共和国药品管理法》第二章第十条第二款规定“中药饮片必须按照国家药品标准炮制;国家药品标准没有规定的,必须按照省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门制定的炮制规范炮制。省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门制定的炮制规范应当报国务院药品监督管理部门备案。” 中药饮片是中医临床方剂的基本组成部分,也是中成药的基本原料,其质量的优劣将直接影响到中医药临床疗效的体现,直接关系到人们用药的安全、有效。但是,随着中药饮片的市场需求量不断增长,及部分外来中药饮片的冲击,致使出现了大量的不按规定炮制方法炮制的中药饮片流入市场,从而导致了中药饮片的整体质量有所下降。 近年来,中药材抽验不合格率居高不下,在这当中有大部分是一些不法分子故意造假(重金属超标的虫草、模具压制的人参、土豆染色做成的天麻等),售假。有的则是中药材保管发生变质。中药材的鉴别不具有一定中药鉴别常识是很难鉴别真伪的。安排这次培训的目的,为了方便从药人员能够对中药材进行简单的快速鉴别,根据中药的某些成分的特性,快速鉴别一些中药。 一、药用植物学知识 1 .药用植物的分类 现以黄连为例示其分类等级如下:

界………………植物界 门………………被子植物门 纲………………双子叶植物纲 目………………毛茛目 科………………毛茛科 属………………黄连属 种………………黄连 2. 植物组织的类型 2.1分生组织:顶端分生组织、侧生分生组织、居间分生组织位于植物体生长的部位,由于分生组织细胞不断分裂、分化,使植物体得以生长 2.2薄壁组织:基本薄壁组织、同化薄壁组织、贮薄壁组织藏、吸收薄壁组织、通气薄壁组织 在植物体内担负着同化、贮藏、吸收、通气等营养功能,又称营养组织 2.3保护组织:表皮(毛茸(腺毛非腺毛)、气孔(平轴式直轴式不等式不定式环式)) 周皮(由木栓层、木栓形成层和栓内层三种不同的组织的复合体) 保护着植物的内部组织,控制和进行气体交换,防止水分的过度散失,病虫的侵害以及机械损伤等。 2.4机械组织:厚角组织厚壁组织:纤维、石细胞 2.5输导组织:管胞与导管;筛管、伴胞与筛胞

CYP2C19药物代谢酶基因多态性检测试剂注册技术审查指导原则

附件2 CYP2C19药物代谢酶基因多态性检测试剂 注册技术审查指导原则 本指导原则旨在指导注册申请人对CYP2C19药物代谢酶基因多态性检测试剂注册申报资料的准备及撰写,同时也为技术审评部门对注册申报资料的技术审评提供参考。 本指导原则是对CYP2C19药物代谢酶基因多态性检测试剂的一般要求,申请人应依据产品的具体特性确定其中内容是否适用,若不适用,需具体阐述理由及相应的科学依据,并依据产品的具体特性对注册申报资料的内容进行充实和细化。 本指导原则是对申请人和审查人员的指导性文件,但不包括注册审批所涉及的行政事项,也不作为法规强制执行,如果有能够满足相关法规要求的其他方法,也可以采用,但需要提供详细的研究资料和验证资料,相关人员应在遵循相关法规的前提下使用本指导原则。 本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下制定的,随着法规和标准的不断完善,以及科学技术的不断发展,本指导原则相关内容也将适时进行调整。 一、适用范围 药物代谢酶在药物体内代谢过程中起着重要作用,其活性强弱是药物代谢速率的重要影响因素,直接决定了药物作

用的强度和持久性。人体内的药物代谢酶主要有细胞色素P450(CYP450)同工酶和N-乙酰转移酶(NAT)等。CYP2C19酶是一种重要的CYP450同工酶,临床以CYP2C19酶为主要代谢酶的药物包括抗血小板药物(如:氯吡格雷)和质子泵抑制剂等。氯吡格雷是一种抗血小板药物,广泛用于:急性冠脉综合征(ACS)患者,包括非ST段抬高性ACS(不稳定性心绞痛UA或非Q波心肌梗死)和ST段抬高性心肌梗死(NSTEMI)患者,其中,非ST段抬高性ACS包括经皮冠状动脉介入术后置入支架的患者;外周动脉性疾病患者;近期心肌梗死或近期缺血性卒中患者。氯吡格雷作为一种前体药物,本身并无药理活性,主要经CYP2C19酶代谢活化,产生活性代谢产物,后者与血小板表面的P2Y12受体不可逆结合,抑制血小板聚集,干扰ADP介导的血小板活化,发挥抗血小板效应。 CYP2C19酶的编码基因为CYP2C19基因,位于人类10号染色体上。CYP2C19基因含有42个等位基因,CYP2C19*1为野生型等位基因,其编码的酶具有正常活性。CYP2C19*2(rs4244285,c.681G>A)和CYP2C19*3(rs4986893,c.636G>A)编码的CYP2C19酶活性降低,是中国人群中存在的2种主要的等位基因,在中国人群的发生频率分别为23.1%~35%和2%~7%。CYP2C19*17(rs12248560,c.-806C>T)编码的CYP2C19酶活性增强,在中国人群的发生频率约为0.5%~4%。除CYP2C19*2/*3/*17之外,可能影响CYP2C19酶活性的CYP2C19等位基因还包

中药饮片性状鉴别

一、中药饮片鉴别的目的意义 中药饮片是中药材经加工炮制后使其成为可直接配方或制剂的药品,为了适应中药临床治病、防病及制药的需要,中药饮片有生品和制品之分,每种中药材的饮片规格少则一、二种,多则四、五种,由此可见,中药饮片品种繁多。中药材大多来源于植物,特别是同科同属的植物器官形态相近,炮制后往往外表形态、颜色近似,不易区分,容易发生混淆,另外还经常出现假冒掺伪现象,给饮片的鉴别增加了难度,例如用纸丝染色充西红花,用紫苏子充菟丝子,月季花当玫瑰花使用,苏木当降香使用等,所以鉴别中药饮片的品种真伪、优劣,掌握常用中药饮片的鉴别特征是执业中药师的基本功,有必要提高执业中药师鉴别中药饮片的能力。 二、中药饮片性状鉴别的方法 中药饮片的性状鉴别,实际上就是传统的经验鉴别,是用人的感官,采用看、尝、嗅、听、手摸及水试和火试等方法,主要内容包括形状、规格、大小、表面或切面颜色、特征、质地、折断现象、气味,主要工具有放大镜,紫外光灯等。它简便易行,在药房柜台即可进行,鉴别时可运用植物分类学、解剖学的理论知识进行鉴别。 1、形状 中药饮片因其来源不同,植物器官不同及炮制方法不同,饮片的类型有多种,如圆片,有白芷、白芍、泽泻等,长方形片,如葛根、杜仲等,斜片如黄芪等,条片状,多为皮类药材及叶类药材,如丹皮、厚朴、枇杷叶等,段状片,多为草本类及细长枝条根,如荆芥、紫苏、党参、牛膝等,果实、种子一般为类圆球形,如五味子饮片,扁圆形如酸枣仁饮片,心形如苦杏仁饮片等,大者常切成类圆形片状等,如木瓜饮片、槟榔饮片。中药饮片片型的长短厚薄,是饮片规格、质量的一项重要的指标,根据《中国药典》2000年版一部的规定,片:0.5mm以下为极薄片,1~2mm为薄片,2~4mm为厚片;段长:10~15mm;块:8~12mm 的方块;皮类丝宽2~3mm,叶类丝宽5~10mm。有的地方中药炮制规范有补充。如2~4mm 为中片,4~5mm为厚片,5~10mm为短段,10~15mm为中段,长约30mm为长段等,各地中药炮制规范具体尺寸略有不同。 2、表面 是饮片最具特征的地方,切片的饮片可分为周边(即外表面)和切面(即横切面)。外表面属植物的保护组织,切面是植物分生组织,薄壁组织、机械组织、输导组织、分泌组织的综合反映。如白芷的周边具纵皱纹,木香的周边具网状皱纹,即双子叶植物根、根茎、茎、皮的最外层常由木栓细胞组成,因此饮片外表面显得较为粗糙,有时呈鳞片状剥落,单子叶植物根、根茎外表无木栓层,外表面较为光滑,如麦冬、天冬。 饮片的切面大多为横切面,特征非常重要,可通过观察皮部与木部的比例,维管束的排列方式,射线的分布,油点的多少等特征区别不同的品种及易混淆的饮片。 观察饮片横切面应注意区分双子叶植物、单子叶植物及蕨类植物,一般说来,双子叶植物根、根茎等,形成层成环,呈放射状纹理,根茎、茎中央有髓。单子叶植物根为内皮层环,皮部宽、中央有髓,中柱一般较皮部小,如百部、麦冬等。单子叶植物根茎皮层及中柱均有维管束小点散布。如白及。蕨类植物根茎、叶柄基部的中柱有一定形状或分体中柱环列,如狗脊根茎饮片中柱呈圆形环,紫萁贯众饮片叶柄基部中柱“U”字形,绵马贯众饮片叶柄基部分体中柱环列等。有的中药饮片具异常构造如牛膝、川牛膝,具同心多层异型锥管束环,商陆饮片切面上显“罗盘纹”;何首乌饮片切面上显“云锦状花纹”,大黄根茎饮片髓部具多数“星点”等。木质藤本植物导管较粗大,饮片切面上呈小孔洞,如川木通饮片。皮类中药有的干皮组织中纤维束和薄壁组织相间排列,折断面显层状结构,如黄柏饮片、秦皮饮片。 分泌组织在切面上也是重要的识别特征,如人参、西洋参、五加皮具树脂道,饮片皮部具棕黄色小点;苍术具大型油室,饮片显“朱砂点”;鸡血藤具分泌细胞,饮片皮部有树脂样红

限制性片段长度多态性

限制性片段长度多态性 (Restriction Fragment of Length Polymorphism,RFLP) 一基本原理 各种限制性酶能识别特定的碱基序列,并将其切开。碱基的变异可能导致切点的消失或新切点的出现,从而引起DNA片段长度和数量的差异。用特定的限制性内切酶消化目标DNA并通过电泳将长度不同的片断分开,并印记于硝酸纤维滤膜上,再与相应的探针杂交,就可以检测限制性片段长度多态性(RFLP). 二主要材料 DNA抽提用试剂,限制性内切酶,dNTP及Taq聚合酶电泳用琼脂糖或聚丙烯酰胺配制试剂,PCR扩增仪,水浴锅,电泳仪和电泳槽,硝酸纤维素滤膜或尼龙膜,探针标记物等。 三方法步骤(图1) 图1

(一) 样本DNA制备 采用常规DNA抽提的方法或DNA抽提试剂盒提取样本DNA,置低温下保存。对大多数样本而言,用于分析的样本DNA片段须先从总DNA中分离获取,并制备足够的量。为此,RFLP分析常先用PCR方法扩增目标片段。无论怎么做,必须保证DNA样本的纯度,这一点是非常重要的。 (二) 限制性内切酶降解样本DNA 根据不同的目标DAN,选择合适的限制性内切酶。目前常用的限制性内切酶有EcoRⅠ和HindⅢ等。该步骤必须保证酶解完全。如果有必要,可以用琼脂糖凝胶电泳溴化乙锭分析酶解结果。酶解的时间根据实际情况而定。 (三) 电泳 电泳的主要目的是把DNA片段按大小(长短)分离开来,得到一个根据分子量排列的连续带谱。电泳可采用琼脂糖凝胶电泳,也可采用聚丙烯酰胺凝胶电泳。时间由几小时到24小时不等。 (四) 转印 所谓转印,就是将已经电泳的DNA片段通过一定的方法转到固相支持物上。常用的固相支持物有硝酸纤维素滤膜或尼龙膜。转印前需经过碱变性溶液处理,将双链DNA变性为单链DNA。转印的方法一般有三种。根据DNA分子的复杂度转移2―12小时。 1 盐桥法;也叫毛细管转移法。先把硝酸纤维素滤膜放在20×SSC 溶液中浸透,然后把滤膜平铺在凝胶上,再在滤膜上放上浸过20×

扩增片段长度多态性

扩增片段长度多态性(AFLP,Amplified restriction fragment polymorphism),是1993年荷兰科学家Zabeau和Vos发展起来的一种检测DNA多态性的分子标记技术。文章主要讲述该技术的原理、流程及特点,并从以下三个方面讲述该技术的应用情况:动物学方面,讲述其在动物遗传学,动物系统学,性别鉴定与繁殖行为研究上的应用;植物学方面,讲述其在种质资源鉴定,作物育种上的应用;医学方面,讲述其在肿瘤,遗传病,流行病学方面的进展。文章还分析了AFLP技术的优缺点并展望了其应用前景。 关键词:AFLP,分子标记技术,应用 目前遗传标记主要有4种类型,即形态标记(Morphological Markers)、细胞标记(Cytological Markers)、生化标记(Biochemical Markers)和分子标记(Mo1ecular Markers) [1]。分子标记一般指DNA标记。分子标记依据所用的分子生物学技术,大致分为三大类:(Ⅰ)以电泳技术 (Ⅱ)和分子杂交技术为核心,其代表性技术有RFLP和DNA指纹技术(DNA Fingerprinting) 。 以电泳技术和PCR技术为核心,其代表性技术有RAPD( Random amplified polymorphism DNA) 、SSLP(Simple sequence length polymorphism ,或称Sequence-tagged microsatellitesite, STMS)和AFLP。(Ⅲ)基于DNA芯片技术的分子标记,即SNP[ 2-4 ]。其中,扩增片段长度多态性(AFLP,Amplified restriction fragment polymorphism),是1993年荷兰科学家Zabeau和Vos发展起来的一种检测DNA多态性的方法,已获欧洲专利局的发明专利。该技术具有多态性丰富、灵敏度高、稳定性好、可靠性高、不易受环境影响等优点,近年来广泛应用于生命科学各项研究中。 1. AFLP分子标记技术原理、流程及特点 1.1. AFLP分子标记技术原理 AFLP技术是基于PCR反应的一种选择性扩增限制性片段的方法。由于不同物种的基因组DNA大小不同,基因组DNA经限制性内切酶酶切后,产生分子量大小不同的限制性片段。使用特定的双链接头与酶切DNA片段连接作为扩增反应的模板,用含有选择性碱基的引物对模板DNA进行扩增,选择性碱基的种类、数目和顺序决定了扩增片段的特殊性,只有那些限制性位点侧翼的核苷酸与引物的选择性碱基相匹配的限制性片段才可被扩增。扩增产物经放射性同位素标记、聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,然后根据凝胶上DNA指纹的有无来检验多态性[5]。Vos等(1995)曾对AFLP的反应原理进行了验证,结果检测到的酶切片段数与预测到的酶切片段数完全一致,充分证明了AFLP技术原理的可靠性。

药物代谢酶细胞色素P450 2D6的遗传多态性研究进展

中国抗生素杂志2009年7月第34卷第7期?385? 文章编号:1001-8689(2009l07-0385-07药物代谢酶细胞色素P45021)6的遗传多态性研究进展 徐田雪1杨信怡1赵昆1张喜川2游雪甫¨ (1中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所,北京100050; 2凌源市第一人民医院,凌源122500) 摘要:CYP2D6是肝脏中重要的药物代谢酶,其代谢的药物占I临床应用药物的20%一25%。其遗传多态性对依赖CYP2D6代谢的药物具有重要的影响。本文综述了CYP2D6在遗传多态性方面的研究进展及其临床意义。 关键词:CYP2D6;药物代谢;遗传多态性 中图分类号:R969.1;R968文献标识码:A Progressonresearchforgeneticpolymorphismofdrugmetabolic enzymecytochromeP4502D6 XuTian—xuel,YangXin.yil,ZhaoKunl,ZhangXi—chuan2andYouXue—ful (1InstituteofMedicinalBiotechnology,ChineseAcademyofMedicalSciencesand PekingUnion MedicalCollege,Beijing100050; 2LingyuanFirstHospital。Lingyuan122500) ABSTRACTCytochromeP4502196(CYP2D6)isanimportantmicrosomeenzymeinliverwhichmetabolizesabout20%~25%ofdrugsusedinclinic.AndthesesubstratesofCYP2D6areaffectedintensivelybyitsgeneticpolymorphism.Inthepresentarticle,geneticpolymorphismofCYP2D6anditsclinicalimplicationswerereviewed.KEYWORDSCytochromeP4502D6;Drugmetabolism;Geneticpolymorphism 药物代谢酶的遗传多态性是药物代谢个体差异的主要原因,该种差异会导致药物对机体产生毒副作用或者使其疗效发生明显变化。上世纪70年代以来,已经有超过50种的细胞色素P450(CYP)同工酶被确定,其中20多种酶是由具有多态性的基因编码的,包括CYP2D6,CYP2A6,CYP2C9和CYP2C19。CYP2D6遗传多态性的研究最为全面,已经有超过一百多种CYP2D6等位基因的变异被确定。这些变异包括点突变、缺失或插入、基因重排和整个基因的缺失或复制,最终导致酶活性的增强、减弱或完全缺失。虽然CYP2D6的含量只占肝脏中所有CYP同工酶的2%一5%,但是它参与代谢的药物却占所有临床应用药物的四分之一左右,因此CYP2D6是CYP酶系中一种非常重要的药物代谢酶。 1遗传多态性 1.1CYP2D6等位基因的频发率 人CYP2D位点位于第22号染色体长臂上,由具有活性的基因CYP2D6、上游无活性的假基因CYP2D8P和无活性同系序列CYP2D7串联而成,包含有9个外显子和8个内含子。CYP2D8P和CYP2D7基因在人体组织中无表达。只有CYP2D6在肝脏或其它组织(如肠、肾和脑)中表达活性酶,其基因位于染色体22q13.1。 CYP等位基因的主页http://www.imm.ki.se/ 收稿日期:2008-03.18修回日期:2008一Il—30 基金项目:国家十一五科技重大专项课题(2009ZX09303--005,2008ZX09305--001);国家自然科学基金课题(30472058,30672502); 北京市自然科学基金课题(7062044)。 作者简介:徐田雪。男,生于1978年,在读硕士研究生。?通讯作者,E.。0l:。。向y。舀。矗。.com:?‘

末端限制性酶切片段长度多态性分析技术进展_李红

末端限制性酶切片段长度多态性分析技术进展 李 红 (安庆市卫生学校,安徽安庆 246011) 摘 要:末端限制性酶切片段长度多态性分析(T erminal Restriction Frag ment Leng th Polymorphism,T -RFLP)是近年来发展起来的、不依赖于培养的微生物群落分析方法之一.由于 其在微生物群落结构分析方面的特点,包括分辨率高、易于实现自动化及互联网海量数据共享等优 势,自1997年最先被报道以来得到了广泛的应用,成为环境微生物群落分析的最强有力的工具之 一.类似于其他的分子微生物生态学技术,T -RFLP 也有自身的缺陷,本文详细介绍了T -RFLP 技术的原理及其解析环境微生物群落的基本流程,简述了近年来T -RFLP 技术在群落分析中的 研究进展,重点讨论了该技术的局限性及相应的解决办法. 关键词:微生物群落;末端限制性片段长度多态性分析;分子微生物生态学;生物多样性 中图分类号:O657.1 文献标识码:A 文章编号:1001-2443(2006)06-0582-04 引 言 环境中的微生物都不是单独存在的,总是通过各种作用形成微生物群落.分析微生物的群落结构,了解其与环境相互作用关系,有助于从种群和群落水平上深入理解环境中的微生物;了解环境污染物迁移转化的微生物学基础;更深刻地认识各种生物处理工艺的微观机理,从而为调控和优化微生物群落、提高处理效果提供理论指导. 传统的微生物群落分析方法建立在微生物纯种培养分离的基础上.而环境中微生物群落结构非常复杂、多样性极高,因此传统方法存在致命缺陷:无法培养自然界中所有微生物[1],也无法反映自然条件下微生物群落的真实情况[2].所以,有必要研究不依赖微生物培养的环境微生物群落分析方法.1986年Pace 等人利用核酸序列分析技术研究微生物的生态和进化以来,分子生物学技术已被广泛地应用于微生物群落分析,研究方法也层出不穷,包括荧光原位杂交法(Fluorescence In Situ Hybridization ,FISH )[3]、限制性酶切片段长度多态性分析法(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP) [4]、变性梯度凝胶电泳法(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)[5]等. 末端限制性酶切片段长度多态性分析(Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism,T -RFLP)是RFLP 基础上发展起来的新技术,相对于其它分子生物学技术具有分辨率高、易于实现自动化等特点,是分析复杂环境微生物群落的强有力的工具之一[6,7]. 1 T-RFLP 技术的基本原理 T -RFLP 技术以分子系统学原理为基础,综合运用了PCR 、限制性酶切、荧光标记和DNA 序列分析等技术,通过对特定核酸片段长度多态性的测定来分析微生物群落结构和功能.首先根据比较基因组学原理选取一段具有系统进化标记特征的DNA 序列作为目标分析序列.从原理上讲,微生物群落中任何具有特异性的DNA 片段都可以作为目标分析序列,包括微生物核糖体小亚基(SSU)16S rRNA(原核生物)和18S rRNA (真核生物)的基因序列[8] ,以及一些保守的功能基因序列等.之后根据目标基因序列的保守区设计引物,荧光标记.提取总DNA,PCR 扩增片段一端带有荧光标记.限制性内切酶对扩增的DNA 消化,产生长度不同的片段.电泳分离、荧光检测,检测带荧光标记的片段(Terminal Restriction Fragment,T -RF).通过分析,揭收稿日期:2006-03-16 作者简介:李红(1966-),女,安徽安庆人,讲师,硕士.第29卷6期 2006年12月 安徽师范大学学报(自然科学版)Journal of Anhui Normal University (Natural Science)Vol.29No.6Dec .2006

药物代谢酶

药物代谢酶的分子遗传学* 蔡卫民张银娣1 (南京军区南京总医院临床药理科,南京210002) 中国图书分类号R345;R966;R968 文献标识码A文章编号100121978(1999)0620491206 摘要综述近10年来国内外有关药物代谢酶的分子遗传学进展,介绍药物代谢酶的基本概念并重点探讨了具有遗传多态性的两种氧化酶(细胞色素P450酶CYP2D6,CYP2C19)和一种结合酶(N2乙酰化转移酶)的个体和种族差异。最后主要讨论了表型分型和基因分型在药物代谢酶研究中的一些应用。 关键词药物代谢;分子遗传学;细胞色素P450;N2乙酰化 1998212223收稿,1999203212再修回 *国家人事部留学回国人员基金资助课题 1南京医科大学临床药理研究所,南京210029 作者简介:蔡卫民,男,40岁,博士生,副主任药师; 张银娣,女,62岁,教授,博士生导师,临床药理专业委员 会委员,药物代谢专业委员会委员转移酶;遗传多态性;表型分型;基因分型;人类 分子遗传学与药理学尤其是药物代谢研究有着密切的关系,药物代谢酶活性在不同种族、不同人群中的个体差异受遗传因素和环境因素共同影响。其中遗传因素影响表现在体内关键代谢酶的基因发生变化,导致其表达的蛋白质在结构、功能和活性上发生改变。本文就近10年来国内外分子遗传学在药物代谢酶研究的一些最新进展作一回顾。 1药物代谢与药物代谢酶 大多数药物为脂溶性的弱电解质化合物,进入体内后均需进行生物转化,生成极性较大的化合物而易于从肾脏和胆汁排泄。生物转化一般为灭活反应,使药物的作用和毒性减弱或消失;但也有些药物的代谢物仍有活性或活性更强;还有些药物本身并无活性,只有经过体内代谢后生成活性代谢物起作 Calcium2activated chloride channel on smooth muscle cell membrane WANG Ze2Jun,YU De2Jie,DENG Yan2Chun,BAO Guang2Hong (I nstitute of Basic Me dic a l Sciences Chine se Academy o f Medical Sciences Schoole of Basic Medicine Peking Union Medical Colle ge,Beijing100005) A BSTRACT Calcium2activated chloride channel ex2 isted on several kind of smooth muscle cells.The nec2 essary condition for activating calcium activated chlorede channel is intracellular calcium[Ca2+]i level rising.Both potassium channel and chloride channel are activated by several kind of activators induced cal2 cium releasing from calcium store.The threshold val2 ues for activating I Cl(Ca)are differente from animal categories and https://www.doczj.com/doc/007473722.html,ing flourometric measure2 ment of[Ca2+]i of rat portacaval smooth muscle cells get that least[Ca2+]i value of activated I K(Ca)should be considered more than70~80nmol#L-1.This val2 ue is smaller than the least[Ca2+]i of180nmol#L-1 of I Cl(Ca),therefore considered that I K(Ca)is more sensitive than that of I Cl(Ca)for[Ca2+]i.I Cl(Ca)is ac2 tivated by[Ca2+]i rising resulting from extracellular calcium pass through the voltage dependent calcium channels.Because of IP3is activated by G protein coupling with some receptor,so that I Cl(Ca)is activat2 ed.According to analyse whole cell currents,the conductance of I Cl(Ca)should be considered smaller than10pS.The chloride equilibrium potential(ECl) of smooth muscle cells is more positive than resting membrane potential.The chloride outflow from chlo2 ride channels opening,which promote membrane po2 tential approaching to ECl,therefore membrane de2 polarizing.When the calcium activated cholride chan2 nels are opening the cell membrane depolarized,so that induced cells exciting.This channel plays an im2 portant role during smooth muscle cells exciting which induced by hormones and neuro2transmiters. KEY WORDS smooth muscle cell;calcium2activated chloride channel # 491 # 中国药理学通报Chines e P har macological Bulletin1999D ec;15(6):491~6

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