花生过敏原Arah2_02二级结构和B细胞抗原表位预测
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利用 SOPMA 网络服务器对该基因的二级结构进行 预测，结果如图 1 所示，具体参数见表 1 。
Table 1
表 １ SOPMA 预测 Ara h 2.02 二级结构结果 Location of four secondary structural classes of Ara h 2.02
predicted using SOPMA
14 2009, Vol. 30, No. 21
食品科学
※基础研究
分析，并预测其对应氨基酸序列的二级结构及 B 细胞抗 原表位。以期为寻找花生过敏原 Ara h 2.02 的最佳优势 表位提供支持，同时也为花生过敏的进一步深入研究提 供理论依据。
１ 材料与方法
1.1 花生过敏原氨基酸序列 通过 Genbank 检索花生过敏原 Ara h 2.02 的基因序
2.02 and monoclonal antibody preparation in the future.
Key words：Ara h 2.02；peanut allergy；secondary structure；B-cell epitopes
中图分类号：Q518.1
文献标识码：A
文章编号：1002-6630(2009)21-0013-03
收稿日期：2009-07-04 基金项目：南昌大学食品科学与技术国家重点实验室目标导向项目(SKLF-MB-200807)；
江西省主要学科学术和技术带头人培养项目(赣科发计字[2004]234 号)； 教育部新世纪优秀人才支持计划项目(NCET-08-07-04) 作者简介：胡纯秋(1980 －)，女，博士研究生，研究方向为食品营养与安全。E-mail：hchqiu@ * 通讯作者：陈红兵(1967 －)，男，教授，博士，研究方向为食品营养与安全。E-mail：chbgjy@
相关参数 α- 螺旋 β- 折叠 β- 转角
无规则卷曲
预测区域(AA) 1～26，32～40，45～55，74～75，98～147
162～164，172 41，166～167，171 27～31，42～44，56～73，76～97， 148～161，165，168～170
利用 DNAStar 软件对该基因的二级结构再次进行预 测，结果如图 2 所示，具体参数见表 2 。
图 ２ DNAStar 预测 Ara h 2.02 二级结构结果 Fig.2 Prediction of secondary structure of Ara h 2.02 using
DNAStar
表 ２ DNAStar 预测 Ara h 2.02 二级结构结果 Table 2 Location of four secondary structural classes of Ara h 2.02
Helix Sheet Turn
Coil
20 40 60 80 100 120 140 160 图 １ SOPMA 预测 Ara h 2.02 二级结构 Fig.1 Prediction of secondary structure of Ara h 2.02 using SOPMA
1.7 0
－ 1.7 4.5
the comprehensive prediction analysis. Results indicated that B-cell epitopes had the high probability in the regions of 28－31,
56 － 73, 76 － 90, 92, 148, 156 － 158, and 168 － 169. These investigations will be beneficial to epitope localization of Ara h
0 － 4.5
6
1 F
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 A
Antigeneic IndexJameson-wolf
B
Hydrophilicity Plot-
Kyte-Doolitte
C
Surface Probability Plot-Emini
※基础研究
食品科学
2009, Vol. 30, No. 21 13
花生过敏原Ａｒａ ｈ ２．０２二级结构和 Ｂ 细胞抗原表位预测
胡纯秋 1,2，高金燕 1,3，罗春萍 1,2，陈红兵 1,2,*
(1.南昌大学 食品科学与技术国家重点实验室，江西 南昌 330047；2.南昌大学 中德联合研究院，江西 南昌 3.南昌大学生命科学与食品工程学院，江西 南昌 330047)
Abstract ：In order to predict the secondary structure and B cell epitopes of peanut allergen Ara h 2.02, the gene of Ara h 2.02
was searched in Genbank and its amino sequence was deduced. Meanwhile, its secondary structure was predicted with DNAStar
predicted using DNAStar
相关参数 α- 螺旋 β- 折叠 β- 转角
无规则卷曲
预测区域(AA) 1～26，44～55，106～127，136～140，142，
161～165，90～91，160 90～91，160
27～34，38～41，56～62，64～65，67～69， 71～72，74～76，78～81，83～84，88～90， 92～94，98～105，127～128，130～131，133， 141，143～147，149～155，157～159，166～172
D
Flexible Regions-
Karplus-schulz
E
A.序列；B.抗原指数(Jameson-Wolf 法)；C.亲水性(Kyte-Doolittle 法)；D.表面可及性(Emini 法)；E.柔韧性(Karplus-Schulz 法)。 图 ３ Ara h 2.02 蛋白抗原指数、亲水性、表面可及性及柔韧性分析 Fig.3 Prediction of antigenicity, hydrophilicity, surface probability
２ 结果与分析
2.1 Ara h 2.02 基因所对应的氨基酸序列 MAKLTILVALALFLLAAHASARQQWELQGDRRCQ
SQLERANLRPCEQHLMQKIQRDEDSYGRDPYSPSQDPYSP SQDPDRRDPYSPSPYDRRGAGSSQHQERCCNELNEFENNQ RCMCEALQQIMENQSDRLQGRQQEQQFKRELRNLPQQC GLRAPQRCDLEVESGGRDRY 2.2 Ara h 2.02 蛋白二级结构预测结果
330047；
摘 要：为预测花生过敏原 Ara h 2.02 的二级结构和 B 细胞抗原表位，通过 Genbank 数据库搜索到 Ara h 2.02 基因， 并推导出其相应的氨基酸序列，采用 SOPMA 和 DNAStar 软件预测该蛋白质的二级结构以及通过 Jameson-Wolf 法、 Kyte-Doolittle 法、Emini 法和 Karplus-Schulz 法分别预测其抗原指数、亲水性、表面可及性、柔韧性等参数，并 综合分析预测该蛋白的 B 细胞抗原表位。结果表明：在序列 28～31、56～73、76～90、92、148、156～158、 168～169 区域最可能是 Ara h 2.02 蛋白的 B 细胞抗原表位的优势区域。该结果将为寻找 Ara h 2.02 的最佳优势表位 提供支持，同时为该蛋白单克隆抗体的制备等研究提供理论依据。 关键词：Ara h 2.02；花生过敏；二级结构；B 细胞表位
2. Sino-German Joint Research Institute, Nanchang University, Nanchang 330047, China； 3. School of Life Sciences and Food Engineering, Nanchang University, Nanchang 330047, China)
Prediction of Secondary Structure and B Cell Epitopes of Peanut Allergen Ara h 2.02
HU Chun-qiu1,2，GAO Jin-yan1,3，LUO Chun-ping1,2，CHEN Hong-bing1,2,* (1. State Key Laboratory of Food Science and Technology, Nanchang University, Nanchang 330047, China；
and SOMPA, and antigenicity. hydrophilicity, surface probability and flexibility was predicted using the methods of Jameson-
Wolf, Kyte-Doolittle, Emini and Karplus-eSchulz, respectively. B-cell epitopes of Ara h 2.02 were further predicted based on
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 Coil.Reaions-Gamier-Robson Alpha.Reaions-Gamier-Robson Beta.Reaions-Gamier-Robson Tum.Reaions-Gamier-Robson
Table 1
表 １ SOPMA 预测 Ara h 2.02 二级结构结果 Location of four secondary structural classes of Ara h 2.02
predicted using SOPMA
14 2009, Vol. 30, No. 21
食品科学
※基础研究
分析，并预测其对应氨基酸序列的二级结构及 B 细胞抗 原表位。以期为寻找花生过敏原 Ara h 2.02 的最佳优势 表位提供支持，同时也为花生过敏的进一步深入研究提 供理论依据。
１ 材料与方法
1.1 花生过敏原氨基酸序列 通过 Genbank 检索花生过敏原 Ara h 2.02 的基因序
2.02 and monoclonal antibody preparation in the future.
Key words：Ara h 2.02；peanut allergy；secondary structure；B-cell epitopes
中图分类号：Q518.1
文献标识码：A
文章编号：1002-6630(2009)21-0013-03
收稿日期：2009-07-04 基金项目：南昌大学食品科学与技术国家重点实验室目标导向项目(SKLF-MB-200807)；
江西省主要学科学术和技术带头人培养项目(赣科发计字[2004]234 号)； 教育部新世纪优秀人才支持计划项目(NCET-08-07-04) 作者简介：胡纯秋(1980 －)，女，博士研究生，研究方向为食品营养与安全。E-mail：hchqiu@ * 通讯作者：陈红兵(1967 －)，男，教授，博士，研究方向为食品营养与安全。E-mail：chbgjy@
相关参数 α- 螺旋 β- 折叠 β- 转角
无规则卷曲
预测区域(AA) 1～26，32～40，45～55，74～75，98～147
162～164，172 41，166～167，171 27～31，42～44，56～73，76～97， 148～161，165，168～170
利用 DNAStar 软件对该基因的二级结构再次进行预 测，结果如图 2 所示，具体参数见表 2 。
图 ２ DNAStar 预测 Ara h 2.02 二级结构结果 Fig.2 Prediction of secondary structure of Ara h 2.02 using
DNAStar
表 ２ DNAStar 预测 Ara h 2.02 二级结构结果 Table 2 Location of four secondary structural classes of Ara h 2.02
Helix Sheet Turn
Coil
20 40 60 80 100 120 140 160 图 １ SOPMA 预测 Ara h 2.02 二级结构 Fig.1 Prediction of secondary structure of Ara h 2.02 using SOPMA
1.7 0
－ 1.7 4.5
the comprehensive prediction analysis. Results indicated that B-cell epitopes had the high probability in the regions of 28－31,
56 － 73, 76 － 90, 92, 148, 156 － 158, and 168 － 169. These investigations will be beneficial to epitope localization of Ara h
0 － 4.5
6
1 F
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 A
Antigeneic IndexJameson-wolf
B
Hydrophilicity Plot-
Kyte-Doolitte
C
Surface Probability Plot-Emini
※基础研究
食品科学
2009, Vol. 30, No. 21 13
花生过敏原Ａｒａ ｈ ２．０２二级结构和 Ｂ 细胞抗原表位预测
胡纯秋 1,2，高金燕 1,3，罗春萍 1,2，陈红兵 1,2,*
(1.南昌大学 食品科学与技术国家重点实验室，江西 南昌 330047；2.南昌大学 中德联合研究院，江西 南昌 3.南昌大学生命科学与食品工程学院，江西 南昌 330047)
Abstract ：In order to predict the secondary structure and B cell epitopes of peanut allergen Ara h 2.02, the gene of Ara h 2.02
was searched in Genbank and its amino sequence was deduced. Meanwhile, its secondary structure was predicted with DNAStar
predicted using DNAStar
相关参数 α- 螺旋 β- 折叠 β- 转角
无规则卷曲
预测区域(AA) 1～26，44～55，106～127，136～140，142，
161～165，90～91，160 90～91，160
27～34，38～41，56～62，64～65，67～69， 71～72，74～76，78～81，83～84，88～90， 92～94，98～105，127～128，130～131，133， 141，143～147，149～155，157～159，166～172
D
Flexible Regions-
Karplus-schulz
E
A.序列；B.抗原指数(Jameson-Wolf 法)；C.亲水性(Kyte-Doolittle 法)；D.表面可及性(Emini 法)；E.柔韧性(Karplus-Schulz 法)。 图 ３ Ara h 2.02 蛋白抗原指数、亲水性、表面可及性及柔韧性分析 Fig.3 Prediction of antigenicity, hydrophilicity, surface probability
２ 结果与分析
2.1 Ara h 2.02 基因所对应的氨基酸序列 MAKLTILVALALFLLAAHASARQQWELQGDRRCQ
SQLERANLRPCEQHLMQKIQRDEDSYGRDPYSPSQDPYSP SQDPDRRDPYSPSPYDRRGAGSSQHQERCCNELNEFENNQ RCMCEALQQIMENQSDRLQGRQQEQQFKRELRNLPQQC GLRAPQRCDLEVESGGRDRY 2.2 Ara h 2.02 蛋白二级结构预测结果
330047；
摘 要：为预测花生过敏原 Ara h 2.02 的二级结构和 B 细胞抗原表位，通过 Genbank 数据库搜索到 Ara h 2.02 基因， 并推导出其相应的氨基酸序列，采用 SOPMA 和 DNAStar 软件预测该蛋白质的二级结构以及通过 Jameson-Wolf 法、 Kyte-Doolittle 法、Emini 法和 Karplus-Schulz 法分别预测其抗原指数、亲水性、表面可及性、柔韧性等参数，并 综合分析预测该蛋白的 B 细胞抗原表位。结果表明：在序列 28～31、56～73、76～90、92、148、156～158、 168～169 区域最可能是 Ara h 2.02 蛋白的 B 细胞抗原表位的优势区域。该结果将为寻找 Ara h 2.02 的最佳优势表位 提供支持，同时为该蛋白单克隆抗体的制备等研究提供理论依据。 关键词：Ara h 2.02；花生过敏；二级结构；B 细胞表位
2. Sino-German Joint Research Institute, Nanchang University, Nanchang 330047, China； 3. School of Life Sciences and Food Engineering, Nanchang University, Nanchang 330047, China)
Prediction of Secondary Structure and B Cell Epitopes of Peanut Allergen Ara h 2.02
HU Chun-qiu1,2，GAO Jin-yan1,3，LUO Chun-ping1,2，CHEN Hong-bing1,2,* (1. State Key Laboratory of Food Science and Technology, Nanchang University, Nanchang 330047, China；
and SOMPA, and antigenicity. hydrophilicity, surface probability and flexibility was predicted using the methods of Jameson-
Wolf, Kyte-Doolittle, Emini and Karplus-eSchulz, respectively. B-cell epitopes of Ara h 2.02 were further predicted based on
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 Coil.Reaions-Gamier-Robson Alpha.Reaions-Gamier-Robson Beta.Reaions-Gamier-Robson Tum.Reaions-Gamier-Robson
