Olex2讲义-审阅版

Olex2中的分组功能
在使用Olex2进行晶体结构作图时，Olex2软件提供的分组功能非常方便。

这一点在之前的推文《Olex2中DrawPlus 的配置及其使用示例》已经略有涉及。

那么实现分组的方式有这么几种：
方式一：菜单
选中需要分组的结构部分后，单击鼠标右键，在弹出的菜单栏中Selection展开栏中点击Group即可对被选部分进分组，分组后的部分是一个整体，这个整体保持颜色一致，原子类型将不能通过颜色来区分；取消分组只需要将鼠标放在该分组上，然后单击鼠标右键，在弹出的菜单中点击Ungroup即可。

如下图所示：
在分组上单击鼠标右键弹出的菜单栏中，Label可以设置组别，Graphics可以设置分组的颜色
方式二：指令
选中想要分组的部分结构后，在命令行键入指令“group”即可对其进行分组，如果要设置组别，则可以使用指令“group –n=1”来将其设置为分组1，同样的分组2可以使用指令“group –n=2”来设置，更多分组以此类推。

不同的分组其颜色不同，这对于突出结构中的局部结构非常有帮助。

索 引 文 件 1
索 引 文 件 2
索 引 文 件 n
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•类型维护 •名称 •签订人 •项目负责人 •项目经理 •项目秘书 •商务负责人 •项目属性
•元数据是文档属性的扩展，用户可以根据特定需 要自定义相关属性，基于此，可以将非结构的文档 延伸至结构化的数据管理，从而能使文档得以更有
效地管理和更充分地应用
•支持文件夹和文件的元数据管理 •支持元数据的继承 •支持元数据的组合
3
权限绑定
权限对象
4
文件
元数据绑定
权限成员
5
元
展示视图
验证关系 遵循最小单 元原则 结合累加原 则 用户优先原

1 介绍1.1 背景对于它所支持的运转的成功，维护程序很长时间都被认为是至关重要的。

维护对产品质量和医药过程的合规性都有潜在影响。

很多医药组织已经意识到了维护的重要性。

这也导致维护过程被越来越多的关注。

这也导致维护操作需求的增长。

在很多情况下，这些增长的需求导致了额外成本增加和缓慢的执行。

最近几年，ICH Q9中描述基于风险的方法已经应用于维护程序。

在维护程序中盛行的关键的关注点和实践，例如：·根据运行数据，医药工业正在使用更多的条件驱动的维护程序。

这源于预防性维护技术（PdM），而不是基于日历的执行维护。

PdM实践已经是成熟的并且再其他工业中已经使用很多年。

·从其他工业借鉴来的“精益生产概念”和“自我导向的工作团队”，影响了维护服务如何交付。

·基于可靠性的技术，在维护计划的设计中，关注于资产功能性、失效模式和严重程度。

无线传感器和实时在线监控正在变得越来越普遍，并且提供重要信息给用户。

智慧建筑技术正在改变了设施维护的方式。

·外包和工作之外的维护活动，增加了维护程序的复杂性级别。

大量的组织正在使用一个“综合设施管理（IFM）”的模型。

这种模型需要一个模范的切换。

这些服务通过这种方式进行管理和使用。

1.2 目的随着ICH Q9基于风险的方法的采用和新技术的发展，维护实践和趋势促使医药工业的专业人士一起更新指南。

本《ISPE良好实践指南：维护（第二版）》目的在于：·帮助确保维护操作与被维护影响的产品的质量和合规性。

·提供依据最新的维护、维修和设施与系统改进的趋势，保证组织能够在不影响产品质量的前提下，具有充足的灵活性。

·推荐了一种系统的，旨在持续改进维护操作的方法。

·为维护专业人士推荐了，可在全球应用的，灵活的标准的实践。

·认识到第三方外包服务的持续影响与产品生产过程中技术的影响。

·控制无价值的额外需求和成本的增加。

Filesreap brings u p t he O pen F ile d ialog(also a ccessible u sing C TRL-­‐O) close closes c urrent s tructuresave m odel saves t he c urrent m odel a nd d isplaysettings t o a “.oxm” f ileload m odel retrieves a s aved m odel f ile(defaults t o c urrent_filename.oxm) edit [filetype] edits c urrent I NS, L ST, C IF (or a nyother e xtension (defaults t o I NS)Model B uildingfuse displays o nly t he a symmetric u nit compaq moves a ll a toms o f t he a symmetricunit a s c lose t ogether a s p ossiblecompaq[–q,–a,–c,–m] as a bove, b ut c onsiders Q-­‐peaks, fragments, a toms, o r n on-­‐metalsmove moves a ll f ragments a s c lose t o t heunit c ell c enter a s p ossibleuniq a toms displays t he f ragment c onnected t oselected o r n amed a tom(s)fmol displays a ll f ragmentsgrow grows i ncomplete m olecules o rfragments u sing s ymmetrygrow –w grows s tructure u sing s ymmetrygenerators a lready a ppliedmode g row shows c lickable “bonds” t o g rowfragments u sing s ymmetrymode g row 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s cheme t othe (SHELX) s uggested s cheme anis [atoms] makes s elected o r n amed a tom(s)anisotropic (defaults t o a ll a toms) isot [atoms] makes s elected o r n amed a tom(s)isotropic (defaults t o a ll a toms) addins i nstruct adds t he S HELX i nstruct ion t o t hecurrent I NS f ile (e.g. a ddins E XTI) fixunit [Z’] sets S FAC a nd U NIT t o c ontent o fasymmetric u nit (default Z’=1)Selectionssel $x selects a ll a toms (or p eaks) o ftype x (e.g. s el $h o r s el $q)sel C1 > C10 selects a ll t he c arbon a toms i nthe r ange C1 t hrough C10sel p art n select a ll a toms i n P ART nselback re-­‐selects t he l ast s et o f s electedatoms a nd/or b ondsSHIFT + l click drag t o s elect a toms w ithin agiven r ectangleCTRL-­‐A select a ll a toms, b onds, a ndobjectsCTRL-­‐I inverts t he c urrent s electionESC (escape) unselects t he c urrent s election(also e xits c urrent M ODE)DEL a toms deletes s elected a tom(s) o robject(s) (CTRL-­‐DEL o n M ac) sort +mlmoiety +ssorts a toms b y m ass a nd l abeland f orms m oieties b y s izeModel S tyletelp [n] displays a toms a s t hermalellipsoids (percentage n)pers displays t he m odel i n t ypical b alland s tick s tyleproj displays t he m odel i n a s implewireframe s tyletubes displays t he m odel i n t he “tubes”drawing s tylesfil displays a toms a s s pacefillingspheresNamingF3 toggles d isplay o f a tom n ames l abels name $q C changes o f t he e lement t ype o f a ll Q-­‐peaks t o C (Q-­‐peaks b ecome c arbon) name 1 a toms names t he s election (e.g. C1, C2, …)starting w ith t he n umber g iven name a toms P changes t he a tom t ype o f t heselected a tom(s) t o p hosphorusDisplaymatr n orients t he m odel a long t he a (n=1),b (n=2), o rc (n=3) a xiscell toggles d isplay o f t he u nit c ellboundariesF2, F4 toggles t he b ackground c olor w hiteand s olid (F2), o r g radient (F4) lines n sets t he n umber o f t ext l ines t odisplay t o n, u se –1 f or a ll l ines CTRL-­‐T toggles d isplay: 1) s tructure a ndtext, 2) t ext o nly, 3) s tructure o nly CTRL-­‐Q toggles Q-­‐peaks: 1) Q-­‐peaks,2) Q-­‐peaks w/bonds, 3) n o Q-­‐peaks CTRL-­‐H toggles H’s: 1) s how h ydrogens,2) w/H-­‐bonds, 3) h ide h ydrogens qual {–l,–m,–h} sets d rawing q uality t o l ow, m ediumor h ighInformationenvi a tom prints d istances a nd a ngles t o a llatoms w ithin 2.7Å o f s elected a tom fvar if n othing s elected, p rints c urrentvalues o f a ll f ree v ariables (FVAR) hklstat prints d etailed i nformation a boutreflections u sed i n t he r efinement info [atoms] prints i nformation a bout t heselected, n amed, o r a ll a tomssel a toms/obj prints g eometric i nformation a boutthe s elected a toms o r o bjectsesd a toms/obj prints g eometric i nformation w ithesd i nformation (requires M ORE –1)Analysismpln a toms creates a b est p lane f rom t heselected o r n amed a toms (at l east 3) cent a toms creates a c entroid f or a ll s elected o rnamed a toms (at l east 2)pipi analyzes t he s tructure f or π-­‐πstacking i nteractionshtab analyzes s tructure f or h ydrogenbonds a nd a dds H TAB t o I NS f ile Disorderpart n a toms assigns s elected o r n amed a toms t oPART nfvar n a tom (1) links o ccupancy o f a tom t o t he n thfree v ariable (use –n f or 1-­‐FVAR) fvar a tom (2n) creates n ew f ree v ariable a nd l inksoccupancies o f 2 h alves o f s election split a toms splits t he s elected a tom(s) i nto t wogroups a nd l inks o ccupancies mode f it a toms move a toms, S HIFT-­‐drag (on a tom)to m ove, l click-­‐drag t o r otate s etrclick o n a tom t o s et r otation c enter,rlick o n b ond t o s et r otation a xis showp 0 1 shows o nly P ARTs 0 a nd 1, (canshow a ny n umber o f P ARTs) showp shows a ll P ARTSlabels {–p,–o,–v} labels a toms w ith P ART n umber,occupancy, o r F VAR n umbereadp a toms constrains t he A DPs o f t he s electedor n amed a toms t o b e e qual (EADP) sadi b onds all s elected b onds w ill b e r estrainedto b e e qual (within e sd=0.02)sadi a toms (2n) bonds b etween n s elected p airs w illbe r estrained t o b e e qual (esd=0.02) sadi a tom (1) all o utgoing b onds o f t hat a tom w illbe r estrained t o b e e qual (esd=0.02) dfix d b onds all s elected b onds w ill b e r estrainedto t he d istance d (esd=0.02)dfix d a toms(2n)bonds b etween n s elected p airs w illbe r estrained t o t he d istance ddfix d a tom (1) all o utgoing b onds o f t hat a tom w illbe r estrained t o t he d istance d simu [d] a toms restrains A DPs o f 1,2 a nd 1,3 p airswithin d Å t o b e s imilar (1.7Å)delu a toms applies a ‘rigid b ond’ r estraint t oselected o r n amed a tomsisor a toms restrains t he A DPs o f t he a toms t obe a pproximately i sotropicflat a toms restraints s elected o r n amed g roupof (at l east 4) a toms t o b e F LATSyntax f or l eft c olumn:•keys a re i n A LL C APS, v ariables a re i n i talics •optional p arameters a re i n [square b rackets] •required p arameters a re i n {curly b rackets} •atoms/bonds r efers e ither t o o ne o r m ore s elected atoms, s elected b onds, o r o ne o r m ore n amed a toms •atoms (n) r efers t o a s election o f n a tom(s), w hen t he number o f s elected a toms i s s ignificantRight c olumn: S HELX k eywords a re i n A LL C APSOlex2 Q R v ersion 1.01 – 2/8/2012。