华南地区黑色素瘤癌基因突变谱分析

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中国肿瘤临床2014年第41卷第21期ChinJClinOncol2014,Vol.41,No.21www.cjco.cn

华南地区黑色素瘤癌基因突变谱分析*

周启明①张星②丁娅②彭瑞清②颜淑梅③张晓实②

摘要目的:研究华南地区黑色素瘤的癌基因突变谱,为黑色素瘤分子靶向治疗策略的优化提供理论依据。方法:本研究收集中山大学肿瘤防治中心2000年3月至2009年4月黑色素瘤病理组织蜡块86例,其中肢端黑色素瘤28例、黏膜黑色素瘤28例、非慢性阳光损伤型黑色素瘤30例,采用Sequenom平台(OncoCartaPanelv1.0和MassARRAY体系)研究黑色素瘤癌基因的突变谱。结果:有38.4%(33/86)的黑色素瘤病灶可见基因突变,突变的基因包括:BRAF(16.3%)、NRAS(10.5%)、KIT(5.8%)、EGFR(4.7%)、HRAS(2.3%)、KRAS(2.3%)、MET(2.3%)和PIK3CA(1.2%)。其中BRAF突变型患者与野生型相比发病年龄早

[(45.7±15.3)岁vs.(55.9±12.7)岁,P=0.01],NRAS突变型患者与野生型相比溃疡表现率高(88.9%vs.48.1%,P=0.049)。结论:本研究是对华南地区黑色素瘤癌基因突变谱的综合分析,有利于进一步指导华南地区黑色素瘤的个体化治疗。关键词黑色素瘤癌基因突变

doi:10.3969/j.issn.1000-8179.20132055·基础研究·

黑色素瘤(melanoma)恶性程度高、侵袭力强,对

化疗极不敏感。近年来使用BRAF抑制剂治疗晚期

黑色素瘤取得了显著的疗效[1-2]。但是同高加索人相

比,中国人黑色素瘤BRAF基因突变频率不高[3],迫

切需要发现更多有效的治疗靶点。因此,本研究收

集了不同部位的黑色素瘤病理组织标本,采用Seque⁃nom平台(OncoCartaPanelv1.0和MassARRAY体系)(Sequenom,SanDiego,CA,USA)进行高通量基因突

变分析,为优化中国人黑色素瘤分子靶向治疗策略

提供更多依据。

1材料与方法1.1研究对象

本研究收集中山大学肿瘤医院2000年3月至2009年4月手术切除的90例黑色素瘤患者的病理组OncogenicmutationprofilesinvolvedinmelanomainSouthernChina

QimingZHOU1,XingZHANG2,YaDING2,RuiqingPENG2,ShumeiYAN3,XiaoshiZHANG2Correspondenceto:XiaoshiZHANG;E-mail:zhangxsh@sysucc.org.cn1DepartmentofOncology,theSixthPeople'sHospitalofShenzhen(NanshanHospital),Shenzhen518052,China;2MelanomaUnit&BiotherapyCenter,3DepartmentofPathology,SunYat-senUniversityCancerCenter,Guangzhou510060,China.ThisworkwassupportedbytheMedicalResearchFoundationofGuangdongProvince(No.A2013618)andShenzhenNanshanScientificPlanningProjects(No.2012009).AbstractObjective:ToexaminetheoncogenicmutationsinvolvedinmelanomainSouthernChinaandtoprovideatheoreticalbasisforthedevelopmentofmelanomamoleculartargetedtherapystrategy.Methods:TheSequenomplatform(OncoCartaPanelv1.0andMassARRAYSystem)wasusedtodeterminetheprevalenceofoncogenemutationsin28acralmelanomasamples,28mucosalmel-anomasamples,and30non-chronicsun-induced-damage(no-CSD)melanomasamplesfromSouthernChina.Results:Atleastonemu-tationwasdetectedin33ofthe86melanomas(38.4%)withmutationsobservedinBRAF(16.3%),NRAS(10.5%),KIT(5.8%),EGFR(4.7%),HRAS(2.3%),KRAS(2.3%),MET(2.3%),andPIK3CA(1.2%).InBRAF,theageofpatientswithmutationswassignificantlylowerthanthosewithoutBRAFmutation(45.7±15.3vs.55.9±12.7,P=0.01).PatientswithmutationsinNRASweremorelikelytohaveulcerationcomparedwithpatientswithoutNRASmutations(88.9%vs.48.1%,P=0.049).Conclusions:Thisstudyrepresentsacompre-hensiveandconcurrentanalysisofthemajorrecurrentoncogenicmutationsinvolvedinmelanomacasesfromSouthernChinaareas.Thedatahaveimplicationsforbothclinicaltrialdesignsandtherapeuticstrategies.Keywords:melanoma,oncogene,mutation

作者单位:①深圳市第六人民医院(南山医院)肿瘤科(深圳市518052);②中山大学肿瘤防治中心生物治疗中心;③中山大学肿瘤防治中心病理科􀆽本文课题受广东省医学科研基金项目(编号:A2013618)和深圳市南山区科技计划项目(编号:2012009)资助

通信作者:张晓实

zhangxsh@sysucc.org.cn1343中国肿瘤临床2014年第41卷第21期ChinJClinOncol2014,Vol.41,No.21www.cjco.cn

织蜡块标本:肢端黑色素瘤(acralmelanoma)、黏膜黑

色素瘤(mucosalmelanoma)(全部来源于鼻咽部和鼻

窦黏膜)、非慢性阳光损伤型黑色素瘤(melanomaonskinwithoutchronicsun-induceddamage,non-CSD)各

30例。同时了收集患者的相关临床资料,包括:发病

年龄、性别、TNM(tumour-node-metastases)分期及有

无溃疡。本研究已通过院伦理委员会审批并严格遵

守《赫尔辛基宣言》的相关原则。1.2癌基因突变分析

本研究采用石蜡包埋组织DNA提取试剂盒

(QIAamp公司)进行DNA提取。DNA的质量通过检

测其光密度值(opticaldensity,OD)及进行1%琼酯糖

凝胶电泳来验证。采用Sequenom平台(OncoCartaPanelv1.0和MassARRAY体系)(Sequenom,SanDiego,

CA,USA)进行基因突变分析。Sequenom平台可以同

时分析常见的19个基因的238个热点(ABL1,AKT1,AKT2,BRAF,CDK4,EGFR,ERBB2,FGFR1,FGFR3,

FLT3,JAK2,KIT,MET,HRAS,KRAS,NRAS,PDGFRA,

PIK3CA和RET)(见http://www.sequenom.com)。实验

操作包括4个步骤:1)DNA的扩增:将全基因组DNA

(10ng/μL)、OncoCartaPCR引物及PCR扩增试剂按2∶2∶1容积比在384孔PCR平板中配制成每孔最终容

量为5μL的反应体系,PCR扩增,反应条件为:初始

变性94°C2min;94°C30s,56°C30s,72°C1min,45

个循环;72°C延伸5min;2)SAP(Shrimpalkalinephosphatase)反应:将SAP混合试剂每孔2μL加入至

上述384孔PCR平板,在PCR仪中行SAP反应,使残

留在扩增反应混合物中的游离脱氧核苷酸去磷酸

化,以免干扰下一步的反应。反应条件为:37°C40min,85°C5min,1个循环;3)引物延伸反应:将Type⁃

PLEX延伸反应混合剂每孔2μL加入至上述384孔

PCR平板,在PCR仪中行延伸反应,检测扩增后的

DNA中插入、缺失、置换及其它多态性。反应条件

为:初始变性94°C30s;94°C5s,(52°C30s,80°C3s,5个循环),40个循环;72°C延伸3min;4)延伸产物的

去盐反应及质谱分析:在含有最终反应样本的384孔PCR平板中每孔加入6mg树酯以达到去盐的目的;

通过MassARRAYNanodispenserS(Samsung)将反应

产物点样到SpectroCHIPⅡ基质芯片上,使用基质辅助

激光解析/离子化时间飞行质谱议(MALDI-TOFMS,Sequenom,SanDiego,California)进行基因突变分析,并

使用MassArrayTyperAnalyzer软件4.0.4.20(Seque⁃nom,SanDiego,California)进行数据分析。

1.3统计学分析

本研究采用SPSS13.0软件进行统计学分析。分类变量用频率和百分比来描述,连续变量例如发病

年龄用x±s来描述。分类变量采用Fisher确切概率

法或χ2检验,连续变量采用t检验。所有分析中,P<0.05为差异有统计学意义。

2结果

在90例病理标本中有2例肢端黑色素瘤及2例

黏膜黑色素瘤由于未能提取质量满意的DNA而未纳

入研究,最后有86例黑色素瘤病例进入分析(表1)。2.1黑色素瘤的癌基因突变分析

在本研究中,有38.4%(33/86)的黑色素瘤病灶可

出现基因突变(表2),突变的基因包括:BRAF,NRAS,HRAS,KRAS,KIT,EGFR,MET和PIK3CA。

其中BRAF突变分别见于14.3%(4/28)的肢端黑色素

瘤,7.1%(2/28)黏膜黑色素瘤和26.7%(8/30)非慢性

阳光损伤型黑色素瘤,其中BRAFV600E占78.6%

(11/14)。NRAS突变分别见于7.1%(2/28)肢端黑色

素瘤,14.3%(4/28)黏膜黑色素瘤和10%(3/30)非慢

性阳光损伤型黑色素瘤,其突变集中在密码子12

(G12A,G12C,G12D),密码子12(G13R)和密码子61

(Q61H,Q61K,Q61L,Q61R)。KIT突变见于3.6%(1/28)肢端黑色素瘤,10.7%(3/28)黏膜黑色素瘤和