单晶结构解析常见问题问答

1.为什么要提高空间群的对称性？

有时候在对称性较高的空间群内不容易解得初结构，在这种情况下可以降低对称性来解，但是解完以后还要把空间群转换回去。

1．1 先安装Platon

从其主页上下载

~louis/software/platon/pwt_setup.zip

~louis/software/platon/platon.zip

Download the PLA TON for Windows Taskbar 和Download the PLA TON executable.

然后解压安装，首先安装pwt，安装时需设定系统环境变量，安装后再将platon解压后复制到pwt的安装目录内即可。

1.2 运行pwt.exe

点击File－－Select Data File，选择要升高对称性的结构文件*.res或者*.ins。

再点击Publish－addsym 系统显示检查画面，如提示有更高对称性的空间群，则原先空间群有误，需要进行转化。

再点击Publish－addsym shelx，可以生成一个新的同名*.res文件，此res文件会将原先的res文件覆盖，在此文件的基础上继续精修即可。

应该没有任何问题，已经试过很多次了！

最好用xp打开此res文件，然后再file一次，再作经修

2. 在xp中, 用mpln定义平面,仔细看那个方程(大家用xp操作时不要太快,因为那个方程第一个出来,一块就找不到了),方程的等号右边有一个常数,你算第一个平面时将它记下,不过最好将望着的方程记下,然后再算第二个平面,又有一个方程,记下常数项,然后二者一减就是二者的距离,不过平面越是完全平行这个值越接近他俩的真实距离,平行与否可以看大家都能看到的那个夹角,另外也可以看刚才的方程的系数,系数相同或者成线形比例,就平行.

3．我的CIF文件里的对称代码2_556 1_545 请问这些对称代码是如何算出来的？？

在考虑对称单元的时候，在ShelxTl里面考虑x，y，z均为9个单胞的范围，并且把N_555规定为最初的单胞，即此单胞内的原子坐标均小于1，如果一个对称单元出现的下（x＋1，y，z）的那个那个单胞内，则相应的堆成码就变成了N_655，其他的如此类推，比如在（x－2，y＋1，z＋2）的单胞内，对称码就为N_367，总之都是以N_555为最中心做相应的加减，这应该比较好理解。在那么大的范围内，我们希望长出来的对称单元应该都可以长出来了。我们常见的对称码都在N_555附近，很少有大于N_777的和小于N_333的。

下面再来说前面的N_555中的“N”的含义，它表示对称操作（symmetry operators）的类型，它可以在XP界面下由SYMM命令得到，第几个对称操作，N就相应是几了。N在不同空间群内代表的对称操作是不一样的。

欢迎大家继续讨论。

4. （１）画堆积图是是按什么原则的？（２）在堆积图中我找到两个分子有堆积作用，但是我如何知道这两个分子是按什么对称代码得到的。也就是说我要得到这样的两个分子，采用什么代码画出来？

在xp 中用

envi ##找出与第一个分子有作用的原子

sgen/mgen##生长

5. 我看见一些高手在解晶体时，时不时地查一下国际表。我是个新手，请问哪位高人告诉我国际表究竟能给出啥信息？对解晶体到底有什么帮助？

严格意义上，解晶体要知道等效位置的分布情况。

高手会手工导出，但推导很费时，所以才有捷径--查表。常用的目的有三：

一是等效位置点，对一个晶体，不对称单元的原子一般要位于晶胞内靠近原点的等效点上，这是经常查表的理由之一。不过，现在这一工作可在解完后交由PLA TON协助处理，但高手是在解的过程中就将这一问题解决了。

二是空间群的合理性，这要结合LST得知的衍射反常点情况进行判断。这点程序XPREP尽管有提供，但程序常常不尽合理，它只取前N个数据点处理。不过，由消光规律得出可能的空间群所需的知识很少。大家应该掌握！

三是空间群的提高和降低问题，就是子群、同构群和母群问题。这点即便是非常的高手也是要经常查表的原因。

另外，从子群、同构群和母群的关系也可以解释U因子为什么在某方向大、在某方向小，同时也可预期晶体可能具有的功能性。

建议在你开始时，补充一下这方面的知识。这是解结构应该要尽可能具备的技能。

6. C110.1216520.2460270.442076 21.0000000.069420

C210.0601250.2501560.502590 21.0000000.089850

O140.7411930.4207370.921086 11.0000000.0971900.042270 =

0.0433100.0344000.0039900.026710

O240.5685630.2915490.810126 11.0000000.0610800.056650 =

0.0444600.023300 -0.0006300.023610

如上是INS文件中的数据,请问第六列的21.000000何解, 多谢

通常21与-21成对出现，这表示一个原子统计在两个位置上，期占有率之和为1。比如

FV AR0.168320.7534

PART 1

C2A10.2559050.173582-0.00134421.000000.04351

PART 2

C2B10.2993730.178166-0.015708-21.000000.03516

PART 0

这表示C2占据A和B两个位置，PART 1的部分一般为21，PART 2的部分为－21，FV AR变量的第二个数字（0.7534）表示A位置（21）的实际占有率，而（1－0.7534）则表示B位置（－21）的实际占有率。