基因组编辑VS_RNAi
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基因组学中的RNA编辑近几年,随着科技的不断进步,基因组学已经成为研究热点之一。
在众多基因组学研究的领域中,RNA编辑技术无疑是备受关注的。
RNA编辑是一种重要的后转录修饰,它可以在转录后改变RNA序列中的碱基,形成新的RNA分子,从而产生新的蛋白质。
本文将详细探讨RNA编辑的定义、机制、方法、应用以及未来发展方向。
一、RNA编辑的定义在生物学中,RNA编辑是指一种基因表达的后转录修饰,通过改变RNA序列中的碱基类型来形成新的RNA分子。
RNA编辑的结果是RNA分子与基因组DNA不完全匹配,并且在转录后产生一系列新的蛋白质变体。
与DNA修饰不同的是,RNA编辑是在成熟的RNA分子上进行的,包括mRNA、tRNA和rRNA。
RNA编辑机制很复杂,涉及到多种蛋白质和辅酶的参与。
二、RNA编辑的机制RNA编辑的机制可以简单分为两类:腺嘌呤到肌苷(A-to-I)编辑和胸腺嘧啶到尿嘧啶(T-to-U)编辑。
其中,A-to-I编辑是最为常见的RNA编辑类型。
在A-to-I编辑过程中,腺嘌呤(A)被酰胺转移酶(ADAR)催化成为肌苷(I)。
ADAR家族是RNA编辑过程中最为重要的催化因子之一,它可以通过催化反应将A合成成I。
在生物体内,ADAR基因的表达量与腺嘌呤到肌苷编辑的发生密切相关。
在胸腺嘧啶到尿嘧啶编辑中,胸腺嘧啶(T)被脱甲基酶TDG催化成为尿嘧啶(U)。
由于T-to-U编辑是一种较为少见的编辑类型,其研究较为困难。
三、RNA编辑的方法RNA编辑技术是一种基因工程技术,需要一系列高难度的实验操作。
下面简单介绍一下RNA编辑的实验方法。
1.基于ADAR蛋白的克隆与其它蛋白质一样,ADAR蛋白的全长编码序列可以通过基因克隆的方式进行获得。
科学家可以将ADAR编码序列插入到外源性表达载体中,并使用转染的方式将表达载体导入到人类细胞系中,实现肌苷(I)的合成。
2.CRISPR/Cas9基因编辑技术CRISPR/Cas9基因编辑技术是当前最为常用的基因编辑技术之一。
常用基因组编辑技术随着科学技术的不断进步,基因组编辑技术逐渐成为了现代生命科学领域的热点之一。
通过基因组编辑技术,人类有望对基因进行精确的编辑和控制,从而实现对遗传疾病的治疗、农作物的改良、生物能源的开发等多个领域的重大突破。
在这篇文章中,我们将介绍一些常用的基因组编辑技术,包括CRISPR/Cas9系统、TALENs以及ZFNs等,这些技术的原理、应用和发展前景。
一、CRISPR/Cas9系统CRISPR/Cas9系统是目前应用最为广泛的一种基因组编辑技术。
CRISPR(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)是一种存在于细菌和古细菌中的一种自然免疫系统,其功能是识别并清除侵入的病毒和外源DNA。
而Cas9是CRISPR系统中的一种蛋白质,具有能够精确切割DNA链的功能。
CRISPR/Cas9系统的原理是通过将设计好的RNA序列(guide RNA,gRNA)与Cas9蛋白结合,使其特异性地与目标DNA序列结合,从而实现对DNA的切割和编辑。
这一技术具有操作简单、成本较低、高效率、高精准度等优点,因此被广泛应用于基因敲除、基因点突变、基因插入等领域。
CRISPR/Cas9系统还能够实现对多个基因的同时编辑,从而为复杂基因组编辑提供了可能。
在应用方面,CRISPR/Cas9系统已经在治疗遗传性疾病、改良农作物品种、实现动物模型的快速建立等方面取得了显著的成果。
基于CRISPR/Cas9系统的技术开发也在不断深入,例如通过将Cas9蛋白的切割功能与调控功能相分离,实现对靶基因的激活或抑制等,为人类基因组编辑的更多可能性。
尽管CRISPR/Cas9系统有其局限性,例如存在离靶效应、特异性限制等,但其应用前景依然广泛,尤其是在生物医学、再生医学、农业等领域。
二、TALENsTALENs(Transcription Activator-Like Effector Nucleases)是一种由一种存在于特定植物病原细菌中的一种转录激活因子(Transcription Activator-Like Effector, TALE)结合核酸酶形成的基因组编辑技术。
分子生物学中的RNA编辑技术RNA编辑技术在分子生物学领域中被广泛应用,以研究基因调控机制,发现RNA编辑与疾病的关联及新药开发等方面发挥着重要作用。
在本文中,我们将探讨RNA编辑技术的定义、发现历程与分类、功能以及应用,以期更好地理解RNA编辑技术在分子生物学中的作用。
一、RNA编辑技术的定义RNA编辑是指在RNA分子中,通过转换碱基或插入/删除核苷酸,改变其序列和表达的一种分子修饰方式。
与DNA序列的不可逆性不同,RNA序列的可逆变异性使得RNA编辑成为研究RNA表达和功能最为重要、最为灵活的一种方式之一。
二、RNA编辑技术的发现历程与分类RNA编辑的发现始于20世纪50年代,当时研究人员首次发现一些RNA分子的长度和结构会发生变化。
但直到20世纪80年代,随着技术的提高,人们才开始意识到DNA和RNA之间存在差异,而RNA编辑作为其中的一种重要机制,受到了广泛的关注和研究。
根据RNA编辑的发生位置,可将其分为线粒体RNA编辑和细胞核RNA编辑两类。
线粒体RNA编辑是指通过改变线粒体RNA的碱基组成,调节线粒体功能和代谢过程的一种机制。
细胞核RNA编辑通常发生在多种细胞类型中的mRNA级别,通过转换碱基或插入/删除核苷酸,改变RNA基因的信息表达,影响蛋白质翻译和生物功能。
三、RNA编辑技术的功能RNA编辑技术在分子生物学中具有多种功能。
首先,RNA编辑可以调节基因表达和维持基因组的稳态。
RNA编辑通过改变RNA序列,可以影响RNA结构和功能,从而影响RNA的稳定性、降解、翻译效率等,并参与到基因的调控过程中。
其次,RNA编辑与疾病的关联越来越引起人们的关注,因为RNA编辑异常会导致多种疾病发生。
例如,ADAR1基因突变可引发脊髓运动神经元疾病、淋巴细胞性白血病等多种疾病。
此外,RNA编辑还可以作为一种新型疗法来治疗某些遗传性疾病。
例如,通过将RNA干扰引导到RNA上进行编辑,可以帮助病人恢复其正常基因功能,进一步治疗遗传疾病。
基因编辑技术在猪分子育种中的研究进展及发展趋势目录一、内容概览 (2)二、基因编辑技术简介 (2)1. 基因编辑技术的定义 (3)2. 基因编辑技术的发展历程 (4)三、基因编辑技术在猪分子育种中的应用 (5)1. 提高猪的生长速度和饲料转化率 (6)2. 改善猪的肉质品质 (7)3. 抗病性转基因猪的培育 (9)4. 生物安全性和福利性方面的考虑 (9)四、基因编辑技术在猪分子育种中的研究进展 (11)1. 基因编辑技术的关键技术突破 (12)2. 基因编辑技术在猪育种中的应用案例 (13)3. 国内外研究进展和应用比较 (14)五、基因编辑技术在猪分子育种中的发展趋势 (15)1. 技术优化和创新 (16)2. 跨学科合作的加强 (17)3. 长期效益和可持续发展的探讨 (19)4. 道德和法律层面的挑战与对策 (20)六、结论 (22)一、内容概览本文档主要探讨基因编辑技术在猪分子育种中的研究进展及发展趋势。
文章首先概述当前猪分子育种的重要性,并介绍基因编辑技术的基本概念及其在农业领域中的应用。
将详细介绍基因编辑技术在猪分子育种中的研究现状,包括已有研究成果、技术应用中遇到的挑战及其解决方案。
在此基础上,文章进一步探讨基因编辑技术的发展趋势,预测未来基因编辑技术在猪分子育种中的应用前景,并讨论其对畜牧业乃至整个农业产业可能带来的变革。
文章还将强调在技术进步的同时,如何合理规范和利用基因编辑技术,确保其在猪分子育种中的可持续发展。
本概览旨在提供一个关于基因编辑技术在猪分子育种中研究进展及发展趋势的全面概述,为后续深入探讨和分析提供基础。
二、基因编辑技术简介基因编辑技术是一种通过对生物体的基因进行精确地添加、删除或替换等操作,从而实现对生物体特性的改变和优化的技术手段。
CRISPRCas9系统作为一种高效、简便的基因编辑工具,已经在多领域取得了重要突破,尤其在猪分子育种中展现出巨大的应用潜力。
基因组编辑和精准基因编辑技术近年来,基因组编辑和精准基因编辑技术已经成为了大众关注的热点话题。
这些技术可以改变人类和其他生物的遗传基因信息,进而影响其性格、习惯、疾病发生率等方面。
虽然这些技术有着广泛的应用前景,但是也引发了不少争议和质疑。
基因组编辑是指通过人工方法对生物体的基因组进行修改。
基因组是指生物体内的遗传物质DNA的全体,包括基因和非编码区域等。
在长期的进化过程中,基因组的变异是生物体适应环境、进化的重要手段。
而基因组编辑技术则是人工干预这个过程,通过修改基因组上的位点或范围,改变生物体的遗传特征。
基因组编辑技术的发展历程可谓是丝毫不逊色于计算机科学的“摩尔定律”。
20世纪70年代初,人们发明了RNA干扰技术,可通过RNA分子干扰某些基因的表达。
随后,人们发明了转基因技术,可以把异种物种的基因和种质加入人造植物和动物上,产生新生物体。
21世纪,CRISPR-Cas9技术问世,标志着基因组编辑技术进入一个新的发展阶段。
CRISPR-Cas9技术是近年来最受瞩目的基因组编辑技术之一。
它依据一种自然保护机制,能够快速、准确地识别、剪切、改写各种生物体的基因组上的特定序列。
自问世以来,在生命科学研究、农业育种、基因诊断、疾病治疗等多个领域都有广泛应用。
但是,基因组编辑技术所引发的伦理和道德问题同样复杂纷繁。
首先,人们担心精准基因编辑会成为人类再生产和生殖方面的工具,在机器人、人造智能得不到普及的前提下,基因编辑技术的应用容易让人们遗传优化自己或孩子甚至孙子、曾孙子等后代。
此外,科学家也仍需探究CRISPR-Cas9技术在人体、其他生物体中的安全性,如是否会引发严重的不良反应或产生不可预知的基因变异。
2015年,一位中国科学家在不被经过科技委员会审查的情况下,在美国国务院建筑中,使用CRISPR-Cas9技术进行了人类胚胎基因编辑。
他第一次成功清除了一个致病基因,包括修改活细胞质(细胞质是细胞浆和细胞器不包括核)。
rnai实验步骤RNAi实验步骤RNA干扰(RNAi)是一种基因沉默技术,通过RNA分子的介导,抑制特定基因的表达。
RNAi技术已经成为生命科学研究中的重要工具,可以用于研究基因功能、疾病治疗等方面。
本文将介绍RNAi实验的步骤。
1.设计siRNAsiRNA是RNAi技术中的重要组成部分,是一种双链RNA分子,可以介导RNAi反应。
在设计siRNA时,需要选择目标基因的靶点序列,并设计合适的siRNA序列。
siRNA序列应该具有一定的长度和GC含量,同时需要避免与非目标基因的序列发生杂交。
目前,有许多在线工具可以帮助设计siRNA序列,如siRNA Wizard、siRNA Target Finder等。
2.合成siRNA合成siRNA是RNAi实验的关键步骤之一。
siRNA可以通过化学合成或体外转录的方式进行合成。
化学合成是一种常用的方法,可以在短时间内合成大量的siRNA。
体外转录则是一种更加自然的方法,可以通过RNA聚合酶在体外合成siRNA。
无论采用哪种方法,合成的siRNA需要经过纯化和质量检测,确保其纯度和活性。
3.转染siRNA转染siRNA是RNAi实验的另一个重要步骤。
转染siRNA可以通过多种方式进行,如化学转染、电穿孔、病毒载体等。
其中,化学转染是最常用的方法之一,可以使用多种转染试剂,如Lipofectamine、RNAiMAX等。
在转染siRNA之前,需要确定最佳的转染条件,包括转染试剂的浓度、转染时间、细胞密度等。
4.检测RNAi效果检测RNAi效果是RNAi实验的关键步骤之一。
常用的检测方法包括实时荧光定量PCR、Western blot、免疫荧光染色等。
实时荧光定量PCR可以检测目标基因的mRNA水平,Western blot可以检测目标蛋白的表达水平,免疫荧光染色可以直接观察目标蛋白的表达情况。
在检测RNAi效果时,需要注意对照组的设置,以确保实验结果的可靠性。
生物学中的基因组编辑技术
基因组编辑技术的出现为生物学的发展带来了一个新的时代。
基因组编辑技术是指在细胞或生物体中对基因组的DNA序列进行
精确修饰的能力。
它包括了利用不同的方法对基因组进行删除、
插入、修改等操作。
而其中最重要的技术就是CRISPR-Cas9技术。
CRISPR-Cas9技术的出现让基因组编辑技术达到了一个新的高度。
CRISPR-Cas9技术是指通过编程Cas9蛋白去切割DNA,然
后被设计的sgRNA来指导它切割的位置和同时实现编辑。
这个技
术可以精确地切割DNA并修改目标基因,而且操作简便成本低,
因此被广泛应用于许多领域,包括基因治疗、生物医学、作物增
产等。
基因治疗是CRISPR-Cas9技术最重要的应用之一。
一些基因疾病、肿瘤和遗传病可以通过CRISPR-Cas9技术得到改善或治愈。
例如,目前病毒感染等重疾的治疗很多时候是较难的,而
CRISPR-Cas9在这方面可以为治疗提供新的方法。
基因编辑技术
还被广泛用于生物医学研究,如对病毒、细胞生长和代谢方面的
研究。
此外它还能用于作物的改良和增产,使得生产效益得到提高。
但基因编辑技术在实际应用过程中也存在一些问题。
例如,在进行基因编辑时不可避免地会对非目标基因产生不良效应,包括细胞突变、不必要的DNA剪切等。
此外,在基因编辑的过程中需要严格控制一系列因素,如孵育时间、温度等,以保证实验的可靠性。
总之,基因编辑技术的出现为生物学的研究提供了一种全新的手段,但这种技术也需要我们注意其合理的安全使用,同时也需要我们进一步的研究和技术改进。
RNA加工和RNA编辑在基因研究中的应用随着基因组学研究的不断深入,我们对于RNA的认识也在不断增加。
RNA不仅仅是一个转录产物,它还能通过加工和编辑过程发挥更多的生物学功能。
因此,RNA加工和RNA编辑已经成为当前基因研究的重要热点之一。
一、RNA加工1、mRNA的剪接常规认识认为,在转录过程中,基因的信息被转录成mRNA分子,而mRNA 分子再被翻译成蛋白质。
但是,真实情况并非如此简单。
在很多基因中,信息的表达更为复杂,每个基因产生的mRNA可能存在多种不同的形式,而这些不同形式的mRNA又可以被翻译成不同的蛋白质。
这种现象被称为剪接。
剪接是指在mRNA分子的前体上,通过切除一些区域并连接其他区域的方式,来产生多种不同的mRNA变异体。
这样一来,就会出现一些新的编码序列或剪接位置,从而影响到新产生的蛋白质。
目前已知的基因,大约有一半存在剪接现象。
不同的信使RNA形式的存在,即不同剪接突变导致的不同功能,或是失活/激活等,研究它们之间的关系,有助于更好地探究一些疾病的发生机理。
2、RNA的3'端加工大多数的RNA分子转录出来后,都需要经过3'端加工的过程,包括mRNA、rRNA、tRNA等等。
3'端加工是指剪切RNA的3'端以去除不必要的序列,然后加上一个多聚腺苷酸尾(poly(A)尾),目的是维持RNA的稳定性,并促进它们在细胞质内的转运和翻译。
此外,在3'端附加特定的序列,还会影响RNA的以后的修饰和通讯等过程。
二、RNA编辑随着科技的发展,越来越多的例子表明,RNA编辑是一个重要的加工方式。
这种方式包括了转换、插入或删除单个碱基核苷酸的处理。
在这过程中,生物学的内源修饰酶通过识别mRNA分子中不匹配的碱基对,使得RNA分子发生物理上的形变和稳定性变化,并进一步调节蛋白质产生和RNA功能。
1、RNA编辑与癌症RNA编辑在癌症和神经退行性疾病的发生中扮演重要角色。
诺贝尔化学奖颁给它?一文看懂Crispr/Cas9技术的比较优势2020 年诺贝尔化学奖重磅公布,这项大奖颁给了法国微生物学家Emmanuelle Charpentier和美国生物学家Jennifer Anne Doudna,以表彰她们开发了一种基因组编辑方法——Crispr/Cas9。
在过去的十几年里,RNAi技术一直都是功能基因筛选的经典技术。
但2012年Crispr/Cas9基因编辑技术问世以来,经过短短几年的发展,已经逐渐取代RNAi技术,成为当下最炙手可热的研究工具[1]。
下面,小恒将带领大家一起来回顾一下这两种技术,并分析一下它们的优缺点。
Crispr/Cas9Crispr/Cas9最早发现存在于许多原核生物的基因组中,用来抵御外源遗传物质入侵,比如噬菌体病毒和外源质粒。
同时,它为细菌提供了“获得性免疫”,当噬菌体病毒入侵时,细菌就会产生“记忆”,防止携带同样遗传物质的病毒再次入侵。
这个系统的原理是crRNA(crispr-derived RNA)通过碱基互补配对与tracrRNA(trans-activating RNA)结合形成复合物,该复合物会引导cas9核酸酶识别并靶向结合到crRNA 配对的双链DNA上并切割DNA,从而实现对基因组DNA的编辑[2]。
而通过人工设计 crRNA 和 tracrRNA 这两种 RNA,改造成具有引导作用的sgRNA (single guide RNA ),从而引导 Cas9 对 DNA 的定点切割(图1)。
图1:工程化的CRISPR/Cas系统。
该系统是个二元系统:负责切割的Cas9核酸酶和定位用的guide RNA (sgRNA)。
RNAiRNA干扰(RNA interference,RNAi)是指小分子双链RNA可以特异性地降解或抑制同源mRNA表达,从而抑制或关闭特定基因表达的现象。
这项技术的原理是双链RNA分子在Dicer酶的作用下可产生一系列长度为21~22个nt的siRNA,siRNA 双链结合一个核酶复合物形成RNA 诱导沉默复合物(RNA-induced silencing complex, RISC)。
RNAi的原理、意义和应用一、RNAi的原理RNAi(RNA interference)是一种靶向基因组的机制,通过靶向特定的mRNA分解或抑制其翻译,从而抑制特定基因的表达。
它起源于真核生物的保守防御机制,能够抵御病毒和外源核酸的侵袭。
RNAi的机制主要包括三个步骤:1.siRNA的合成:RNAi是通过双链小RNA(siRNA)介导的,这些siRNA由Dicer酶作用于RNA前体产生。
Dicer首先将长的双链RNA分解成短的双链siRNA,然后将siRNA中的一条链导入RNA-Induced SilencingComplex(RISC)中。
2.RISC的加载:RISC是实施RNAi的主要复合物。
它将siRNA中的一条链辨认为目标mRNA,通过碱基配对形成双链结构,然后RISC的核酸内切酶激活,从而将目标mRNA分解。
3.mRNA的降解或抑制:当RISC与目标mRNA相结合时,可以将目标mRNA降解为小片段,或通过阻断其翻译,抑制特定基因的表达。
二、RNAi的意义RNAi的出现对基因研究和生物学研究具有重要的意义。
1.功能研究:RNAi可用于研究基因的功能和相互作用。
通过沉默或抑制特定基因的表达,可以观察到基因对细胞和生物体功能的影响。
2.疾病研究:RNAi有助于研究疾病的发病机制。
通过沉默与疾病相关的基因,可以模拟疾病状态,并探索潜在的治疗策略。
3.医药研发:RNAi为新药开发提供了方向。
通过沉默或抑制致病基因,可以开发相关的RNAi药物,用于治疗与特定基因相关的疾病。
三、RNAi的应用RNAi在许多领域得到了广泛的应用。
1.基因功能研究:RNAi可用于筛选和鉴定基因。
通过将siRNA引入细胞或生物体中,可以快速、高效地评估基因的功能和相互作用关系。
–RNAi可以帮助鉴定新的基因–RNAi可以用于筛选和鉴定潜在药物靶点2.疾病治疗:RNAi在疾病治疗中具有巨大的潜力。
通过沉默或抑制与疾病相关的基因,可以开发出针对特定疾病的RNAi药物。
RNA编辑技术的原理与应用RNA编辑技术是一种新兴的基因编辑技术,可对RNA进行有针对性的修饰,从而改变RNA的含义,进而改变蛋白质的组成,从而产生不同的生物学效应。
RNA编辑技术优于传统基因编辑技术,因为它可以通过简单地修改RNA序列来达到调控基因表达的目的,而不需要对基因组进行硬性剪切和修改。
本文将详细阐述RNA编辑技术的原理与应用,希望能够为读者提供参考。
RNA编辑技术的原理RNA编辑技术的基本原理是通过CRISPR-Cas系统靶向选定的一段RNA序列,在目标RNA上进行切割和添加或删除碱基,从而实现RNA序列的精准编辑。
CRISPR-Cas系统不仅在修改基因组方面展现出优势,而且已被证明可以用于修改RNA序列。
CRISPR-Cas系统是一种天然的免疫反应,在细菌和古菌中发现的反抗病毒感染的机制,现在被应用于分子生物学中的基因编辑。
RNA编辑通常通过两种机制实现:剪切修饰和转换修饰。
在剪切修饰中,RNA编辑因子将特定的RNA序列切割,通常是转变成一种不可逆的确切的修饰型别,引起蛋白质表达的改变。
在转换修饰中,RNA编辑因子将一种核苷酸转化为另一种核苷酸,以改变RNA序列。
根据RNA编辑的对应性,包括T->C编辑、A->G编辑、C->U编辑和G->A编辑,它们被严格按照替换方式命名。
RNA编辑技术的目的是避免基因组编辑过程中的意外副作用,因为RNA编辑只针对RNA分子,不对DNA分子进行修改。
RNA编辑技术的应用RNA编辑技术是一种重要的生物工程技术,可用于治疗各种遗传性疾病、癌症等疾病的治疗。
使用RNA编辑技术还可以成为用于制备各种免疫学和生物学实验的尖端研究工具。
1. 遗传性疾病的治疗RNA编辑技术可以作为基因治疗技术的补充,可用于治疗各种基因突变引起的遗传性疾病,如骨髓增生异常综合征、胰岛素样生长因子缺乏综合症等。
目前,科学家已经用RNA编辑技术制备出可以治疗遗传性听力障碍的小型RNA编辑工具。
RNAi技术的原理及应用原理RNAi(RNA interference)技术是一种通过靶向RNA的降解来抑制基因表达的方法。
这种技术基于细胞内的一个自然免疫系统,该系统可以识别和降解异质RNA分子。
RNAi技术可以用于研究基因功能,发现新的药物靶标,并为基因治疗提供了一种有力工具。
RNAi技术的原理可以概括为以下几个步骤:1.siRNA合成:RNAi技术使用小干扰RNA(siRNA)来诱导RNA降解,siRNA在细胞内的一种酶切后生成双链RNA。
2.RISC复合物的形成:双链RNA结合到RNA诱导沉默复合物(RISC)蛋白上,形成siRNA-RISC复合物。
3.靶向RNA的降解:siRNA-RISC复合物通过辨识靶向RNA的互补序列,导致靶向RNA的降解。
应用RNAi技术在许多领域都有广泛的应用。
下面列举了一些主要的应用领域:功能基因组学研究RNAi技术为功能基因组学研究提供了一种有效的方法。
通过利用RNAi技术沉默特定基因的表达,研究人员可以了解该基因对细胞功能和生物过程的影响。
这种方法可以帮助我们理解基因调控网络以及各个基因在细胞和生物体中的作用。
药物研发RNAi技术为药物研发提供了新的途径。
通过使用siRNA来沉默特定基因的表达,研究人员可以发现新的药物靶标,并研发相应的药物。
这种方法具有高度的特异性和选择性,可以减少非特异性的药物作用,提高疗效。
基因治疗RNAi技术在基因治疗中也有潜在的应用。
通过利用siRNA来抑制异常基因的表达,可以治疗某些遗传疾病。
例如,通过沉默表达异常的突变基因,可以减少与遗传性疾病相关的症状,并提高患者的生活质量。
农业改良RNAi技术在农业领域也有重要应用。
通过利用RNAi技术来靶向沉默特定害虫的基因,可以开发出新型的农药和抗虫作物。
这种方法可以减少农药的使用,降低对环境的污染,提高农作物的产量和质量。
病毒治疗RNAi技术还可以被应用于病毒治疗。
通过利用siRNA来沉默病毒基因的表达,可以抑制病毒的复制和传播。
RNA多样性和RNA编辑技术随着生物技术的不断发展,RNA(核糖核酸)已经成为生命科学领域的一项焦点研究对象。
RNA是DNA的复制过程中产生的一个副产物,其分子结构和功能比DNA更加多样。
随着对RNA 的研究不断深入,人们逐渐认识到,RNA不仅仅是传递基因信息的分子,同时还参与了多种生命过程,如基因调控、信号传递和蛋白质合成等。
RNA多样性在母细胞内,RNA经历了不同的后转录修饰过程,形成了不同种类的RNA。
RNA的多样性体现在以下几个方面:单链RNA的多样性mRNA(信使RNA):mRNA主要负责将DNA上的遗传信息转化为氨基酸序列的一种RNA分子。
在细胞内,mRNA会被核糖体识别并翻译为蛋白质。
rRNA(核糖体RNA):rRNA是组成核糖体的一种RNA分子。
它们通过配对并与蛋白质结合,形成了核糖体从而将mRNA翻译为蛋白质。
tRNA(转运RNA):每个tRNA分子能够携带一个与之配对的氨基酸,并通过反向转录将其送到正在生长的蛋白质链中。
tRNA和氨基酸结合后,组成了氨基酰-tRNA复合物(aminoacyl-tRNA complex)。
lncRNA(长链非编码RNA):lncRNA普遍长度大于200nt,主要参与基因的调控。
lncRNA具有多种作用,包括染色质构象调节、mRNA稳定性控制、组蛋白修饰、靶基因调控、转录调节等。
miRNA(微小干扰RNA):miRNA长度约为22nt,它们主要通过识别目标mRNA,并诱导其降解或翻译抑制,从而参与了基因调控。
siRNA(小干扰RNA):siRNA与miRNA相似,其长度也约为22nt,能够特异地切割目标mRNA,并参与基因的调控。
snRNA(小核RNA):snRNA功能复杂,涉及基因剪接、核糖核酸翻译过程中的剪接和成熟、DNA修复等等。
结构RNA的多样性结构RNA包括tRNA、rRNA、snRNA和srpRNA,它们以非序列方式对生物信息进行提取和表达。
RNAi的原理和载体构建RNA干涉(RNA interference,简称RNAi)是指一些小的双链RNA (double strand RNA,dsRNA)可以高效、特异的阻断体内特定基因表达,促使mRNA降解,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型。
RNAi是一种高效的特异性强的基因阻断技术。
可以快速分析靶基因的功能,RNAi发展迅速,已成为功能基因组研究和反向遗传学研究的有力工具。
RNAi技术被《Science》杂志评为2002年度的十大科技突破。
RNAi的分子机制1①外源性基因随机整合到宿主细胞基因组内,产生一些dsRNA。
胞质中的核酸内切酶Dicer将这些dsRNA切割成多个具有特定长度和结构的短双链RNA(大约21~25 bp),即siRNA。
②siRNA在RNA解旋酶的作用下解链成正义链和反义链,然后反义siRNA再与体内一些酶结合形成RNA诱导的沉默复合物(RISC)。
③RISC与外源性基因表达的mRNA的同源区进行特异性结合,RISC具有核酸酶的功能,在结合部位切割mRNA,被切割后的断裂mRNA随即降解。
④RNAi信号的放大:siRNA不仅能引导RISC切割同源单链mRNA,而且可作为引物与靶RNA结合并在依赖RNA的RNA聚合酶(RNdependent RNA polymerase, RdRP)作用下合成更多新的dsRNA,新合成的dsRNA再由Dicer切割产生大量的次级siRNA,从而使RNAi的作用进一步放大,最终将靶mRNA完全降解。
RNAi作用的特点2①高效性研究发现RNAi过程中不同浓度的dsRNA产生的效果一样。
Miki等研究水稻OsRac基因家族的功能时,通过构建单一基因片段的植物表达载体,成功地抑制了OsRac基因家族的多个基因。
说明RNAi可实现在一个个体或一个细胞内同时沉默多个基因。
②高度特异性由dsRNA诱导的RNAi只引起与dsRNA同源的mRNA降解,不影响其它基因的表达,具有很高的特异性。
分子生物学研究RNA编辑及其在基因表达调控中的作用随着分子生物学的不断发展,我们对于基因表达调控的认识也越来越深入。
而RNA编辑作为其中的一种重要调控机制,受到了越来越多的关注。
本文将从RNA 编辑的定义、机制以及其在基因表达调控中的作用三个方面,探讨RNA编辑对于我们理解基因调控过程的重要意义。
一、RNA编辑的定义及机制RNA编辑是在RNA分子上发生的一种对核苷酸序列的修改,其使原本的RNA分子序列被替换成了与其DNA模板不同的新序列。
具体而言,RNA编辑通常发生在RNA分子的单一核苷酸上,在这个位置上,A被编辑为I(腺嘌呤被反式亚胺酸所代替),C被编辑为U(胞嘧啶被尿嘧啶所代替),G被编辑为V(鞘氨酸或者脱氨基鞘氨酸所代替),同时也存在U被编辑为C或者A的情况。
在这些核苷酸的编辑过程中,参与编辑的酶主要是腸旁循環肽(ADAR)以及脫氨基酶(APOBEC),这些酶可以选择性地识别RNA上的不同核苷酸,将其与其他核苷酸发生连接,从而在RNA分子中形成新的核苷酸序列。
需要注意的是,RNA编辑是一种高度选择性的调控机制,它对于特定的RNA序列有着严格的调控要求,只有符合这些要求的RNA分子才能进行编辑。
二、RNA编辑在基因表达调控中的作用RNA编辑作为一种基因表达调控机制,其在维持生物体正常功能以及适应环境等方面起到了非常重要的作用。
具体而言,RNA编辑可以分为以下几个方面的作用:1、编码区的RNA编辑。
研究表明,在编码区发生的RNA编辑可以产生不同的蛋白质。
这是因为RNA编辑可以改变RNA分子的密码子,进而导致蛋白质序列的变化。
以青蛙为例,其在体内的足部表皮细胞中表现出的特异性蛋白质来源于经过RNA编辑后的mRNA序列所编码的蛋白质。
2、调节基因表达水平。
在非编码区的RNA编辑起到了调节基因表达水平的作用。
由于RNA序列的编辑可以影响RNA的稳定性,因此RNA编辑会影响基因表达的量,从而影响生物体对外部环境的适应性。
RNA编辑和RNA修饰在基因研究中的应用随着分子生物学和生物技术的发展,我们对基因的认识越来越深入。
基因转录、翻译以及修饰是基因信息的最终表达形式。
在这个过程中,RNA发挥了极为重要的作用。
RNA编辑和RNA修饰在基因研究中的应用越来越广泛,本文将重点介绍这两个概念在基因研究中的应用。
一、RNA编辑RNA编辑是指对RNA内碱基序列的特定改变,其中最常见的是通过转换鸟嘌呤(G)到肾上腺素(A)的过程。
RNA编辑在基因组学研究中已经被广泛应用。
尤其是在研究RNA序列对蛋白质功能影响的时候,RNA编辑技术能够提供非常丰富的信息。
1. RNA编辑对转录后的蛋白质影响由于大量的基因、蛋白质功能研究是基于基因的转录,然而在转录后机体仍有从RNA至蛋白质的翻译过程。
RNA编辑后能够影响这一过程,进而影响蛋白质本身的功能。
另外,大量的研究指出RNA编辑不同步的发生导致蛋白质复合物物理信息得到改变,并且进一步影响蛋白质的活性和配体结合位点。
这些影响相对于基因DNA序列的纯变异来说具有很高的可预测性,可以为研究人员提供快速、高效的改变某些蛋白质功能的手段。
2. RNA编辑在基因敲除技术中的应用基因敲除技术是指通过利用外源核酸,来破坏感兴趣的基因DNA序列,以模拟生物体内基因敲除后的生理变化。
但是,如果敲除后分析仪表现出病理现象,研究者很难判断是因为敲除了哪个基因,还是因为嵌合蛋白完全失活。
而RNA编辑技术通过改变RNA序列,从而避免这种情况的发生。
因此,和传统敲除技术相比,RNA编辑技术可以有效缓解因敲除任何一个因子导致代偿性变化的问题。
二、RNA修饰除了RNA编辑,还有一类被广泛运用的RNA研究方法,就是RNA修饰。
RNA修饰通常分为化学修饰和生物修饰,化学修饰包括硫化、氢化等,而生物修饰涉及到RNA立体结构、生理功能的变化。
目前已知的RNA修饰方法已经非常丰富,比如磷酸化、腺苷酸三磷酸、硫酸化等等,这些不同的修饰方法都可以为基因研究提供更多的信息。
基因敲除(Knockout)VS.基因下调(Knockdown)
Ed Davis,Ph.D
近几年,新型基因组编辑技术——TALEN或CRISPR技术的问世与发展使靶向永久性地改变基因组成为现实,这一进步是分子遗传学发展史上的一大里程碑。
基因组编辑方法的发现,让RNAi介导的Knockdown方法不再是科研工作者的唯一选择。
本文详细讲述了两种方法在原理及应用上的区别。
RNAi介导的基因沉默
对于高等真核生物,RNAi介导的Knockdown是减少细胞中目的基因表达产物的最常用方法。
然而,RNAi无法完全去除目的基因。
本质上,短的双链RNA分子(20-25nt)源自短发夹RNA 或化学合成的siRNA。
经Dicer酶处理后,一个单链RNA与靶mRNA碱基互补配对(Ketting, 2013)。
在生物体中,RNAi介导的基因沉默原理分为mRNA降解或翻译抑制(图1),最终导致在不改变遗传密码的情况下,转录后基因表达量下调(Mittal,2004)。
一些功能RNA或蛋白质的翻译水平会保持不变或降低。
因此,用以减少基因功能的RNAi技术隶属于基因下调(Knockdown)方法,该方法无法完全去除基因功能。
图1.RNAi通路的作用机理。
引自Mittal(2004)
基因组编辑之基因敲除
与此相反,基因组编辑改变遗传密码,引起基因敲除(Knockout),以致完全缺失基因功能。
这一敲除过程起始于染色体上双链断裂(DSB)的产生(Bogdanove&Voytas,2011)。
目前,有两种技术可用于高效地形成双链断裂:TALEN(Transcription Activator-like Effector Nucleases)和CRISPR-Cas(Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeat Associated)蛋白(Bogdanove&Voytas,2011;Jinek,et al.,2012;Shalem,et al.,2014;Wang, et al.,2014)。
两者均来源于细菌系统,分别是植物病原体(TALEN)和保护基因组免受插入突
变的免疫系统(CRISPR-Cas9)。
TALEN是由带特异结合位点的DNA结合蛋白和限制性内切酶Fok1融合而成的嵌合体蛋白。
CRISPR-Cas的作用机理是一个带特异结合位点的sgRNA (single guide RNA)引导Cas9核酸酶到靶位点。
两种技术都是运用核酸酶来切割靶序列,所得到的双链断裂或被修复或导致细胞死亡,真核细胞对双链断裂的应答机制有两种(图2)。
第一,非同源末端连接(NHEJ),两个游离的染色体末端重连。
然而,NHEJ较容易出错,常常导致插入或缺失以致基因断裂或敲除。
第二,细胞可通过同源重组修复DSB。
这一修复机制为研究者提供了更多的基因敲除选择。
例如:研究者可人为地引入敲除、插入突变、单个碱基突变等。
图2.基因组编辑工具诱导的DSBs修复机制。
左:非同源末端修复;右:以供体为模板的同源重组。
比较RNAi和基因组编辑
那么,比较RNAi介导的基因下调和基因组编辑介导的基因敲除,哪种方法更好呢?这取决于具体实验目的。
的确,许多人会将这两种方法混淆,将基因组编辑当作基因下调。
其原因是:在基因组编辑方法出现并运用于实验研究之前的许多年里,最实用且最常用的减少细胞中目的基因功能的方法是RNAi,RNAi方法的运用已经非常成熟。
因此,研究者们已经习惯于使用“基因下调(Knockdown)”这个词。
表1.RNAi与基因组编辑方法比较
通常,当不需要改变遗传密码时,RNAi介导的基因下调比基因组编辑更适用。
例如,研究者想要暂时减少基因功能时,可将siRNA瞬时转染到细胞中。
多次传代后,siRNA丢失,基因功能恢复正常。
或者,研究者反复地将特异组织中的目的基因表达量下调后又恢复正常,反复次数根据实验需求而定。
再者,shRNA介导的基因下调不需要分离单克隆,从而减少了实验步骤,节省了时间成本。
最后,完全去除基因功能可能会伤害细胞,但部分去除基因功能是不会的。
但是,要使染色体上产生一个真正无效的等位基因,采用基因组编辑方法更佳(Wang,et al., 2013)。
此外,研究者可采用基因组编辑技术引入点突变或校正已存在的突变使其恢复为野生型。
再者,利用该方法,研究者可添加融合标签到目的基因处并使其在特定位点表达。
实现这些实验目的都依赖于基因组编辑技术。
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参考文献
Bogdanove&Voytas(2011).TAL Effectors:Customizable proteins for DNA targeting. Science.333,1843.
Jinek,et al.(2012).A programmable dual-RNA–guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity.Science.337,816.
Ketting(2011).The many faces of RNAi.Dev.Cell.20,148.
Mittal(2004).Improving the efficiency of RNA interference in mammals.Nat.Rev.Genet.5, 355.
Shalem,et al.(2014).Genome-scale CRISPR-Cas9knockout screening in human cells. Science.343,84.
Wang,et al.(2013).TALEN-mediated editing of the mouse Y chromosome.Nature Biotech. 31,530.
Wang,et al.(2014).Genetic screens in human cells using the CRISPR-Cas9system. Science.343,80.
Copyright©2014GeneCopoeia,Inc.
Wrote by Ed Davis,Ph.D
Translated by Beryl Xu。