原位杂交具体步骤
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原位杂交流程 以下是用含有cDNA的质粒酶切出DNA片段标记探针对石蜡切片进行mRNA检 测的流程图。这些实验操作方法很多参考书中均有但没有一本书是专为这个目的而系 统地加以总结的因此特加以综合供同行参考在具体操作过程中很多地方可酌情变更。 在临床应用中常常可以买到已经标记好的商品探针那么前面一大部分扩增基因、 酶切鉴定、标记探针的工作就可以省去从石蜡切片处理做起即可。 下面介绍的方法笔者已亲手做过数次可获满意结果。 主要操作步骤 制备感受态细菌 用含目的基因的质粒转化细菌 小量培养转化的细菌 小量提取质粒 小量酶切质粒 电泳鉴定 大量培养转化的细菌 大量提取质粒 大量酶切质粒 电泳分离、回收及纯化 标记探针 石蜡切片的处理 预杂交、杂交 杂交后处理 抗体连接、显色
制备感受态细菌 【试剂及配制】 1LB液体培养基 在900ml三蒸水中加入 胰蛋白胨(bacto-tryptone) 10g 酵母提取物(bacto-extract) 5g NaCl 10g 磁力搅拌使完全溶解用5mol NaOH调节pH至7.0如用进口试剂则不必调。定 容为1000ml高压灭菌20min。 20.1mol CaCl2溶液 1.1g无水氯化钙溶于90ml三蒸水中定容至100ml用0.22μm滤器过滤除菌置 于灭菌试剂瓶中4℃保存。 【材料】 大肠杆菌单菌落或冻存菌种也可复苏陈旧的感受态细菌重新制备新的感受态。
【操作方法】 1从37℃培养1216h的平板中用无菌的接种环用前酒精灯烧红晾凉挑一单菌 落转入含有5ml LB培养基的无菌试管37℃振摇 200r/min过夜。次日取菌液1ml 加入含100ml LB培养基的500ml 锥形烧瓶37℃振摇培养200300r/min约23h 将烧瓶取出立即置冰浴1015min 2以下均为无菌操作。在超静工作台中将细菌转移到一个灭过的冰预冷50ml离心 管中 34℃离心5000g × 10min回收细菌 4弃去培养液将管倒置于滤纸上1min流尽培养液 5用冰预冷的0.1mol CaCl2 10ml 重悬菌体置冰浴30min 64℃离心5000g × 10min弃上清倒置于滤纸上1min 7加4ml 用冰预冷的0.1mol CaCl2 重悬菌体动作要轻 8置4℃冰箱1224h即可用于转化。
感受态细菌的冻存 一次制备的感受态不能用完可冻存起来备用。将甘油装1.5ml EP 管中沸水浴 10min以杀菌。将感受态细菌分装成400μm一份每份加30%体积的甘油充分混匀 置-70℃冰箱一年内可使用。
用含目的基因的质粒转化细菌 【试剂及配制】 1LB液体培养基 2氨苄青霉素Amp选择性培养基 LB培养基中加入1.5%的琼脂15g/L高压灭菌20min取出在无菌条件下冷 却至50℃左右时烧手但尚可忍受加入抗生素或其他必需成分如为氨苄青霉素Amp 选择性培养基则以50mg/ml的氨苄青霉素贮存液按50μg/ml的量加入即每ml培养 基加入1μl氨基苄。 3氨苄贮存液 将氨苄青霉素钠溶于三蒸水配成50mg/ml溶液以0.22μm滤纸过滤1ml一份 分装存于-20℃。
【操作方法】 1无菌状态下取新鲜感受态200μl置于无菌的10ml玻璃试管中。如果使用冻存的 感受态细菌时将其从-70℃冰箱取出握于手中待其解冻后立即吸取200μl 转移至 10ml无菌玻璃试管中剩余的感受态弃去不能再冻存复用 2每管加质粒50100ng轻轻旋转以混合内容物在冰上放置30min 342℃ 水浴热休克90s不要摇动试管 4每管加无抗生素的LB培养基1ml37℃摇床温和摇振100150r/min45min 5用无菌的弯头玻璃铺菌器用前酒精灯烧再晾凉将200μl菌液铺于含氨苄青 霉素的琼脂平板表面37℃放置20min然后倒置培养1420h37℃。 小量培养转化的细菌 【操作方法】 1取灭菌处理的10ml 玻璃试管用无菌吸管加入约5ml LB液体培养基再加入 50mg/ml 氨苄青霉素5μl 2用接种环或无菌牙签挑取单菌落送入培养液中晃动使细菌进入培养液封好管口 337℃摇床100200r/min约612h可过夜使生长饱和。
质粒的少量提取 【试剂及配制】 1溶液Ⅰ 葡萄糖C6H12O6·H2O 1.982g 三蒸水 160ml 0.5mol EDTA pH8.0 4ml 1mol Tris-Cl pH8.0 5ml 以三蒸水定容至200ml高压灭菌4℃保存 0.5 mol EDTA pH8.0 的配制 Na2EDTA·H2O 186.1g 如无水则为175g 三蒸水 700ml 边磁力搅拌边加入固体NaOH缓慢少量加入待充分溶解pH接近8.0用酸度计 调节pH8.0 HCl/NaOH 1mol Tris-Cl pH8.0 的配制 Tris 碱 121g 三蒸水 800ml 充分搅拌用浓盐酸将pH调节至8.0酸度计测量 2溶液Ⅱ 配制50ml的量现用现配。 10 mol NaOH 1ml 三蒸水 40ml 10% SDS 5ml 用三蒸水定容至50ml 10mol NaOH 的配制 40g NaOH晶体加三蒸水至100ml 10% SDS 的配制 戴口罩称10g SDS溶于80ml三蒸水中68℃助溶加数滴1mol HCl调pH7.2 定容至100ml 1mol HCl 的配制 于通风橱中三蒸水91.4ml浓盐酸8.6ml混匀 3溶液Ⅲ 5mol 乙酸钾 60ml 冰乙酸 11.5ml 三蒸水 28.5ml 高压灭菌4℃保存 5mol 乙酸钾配制200ml 乙酸钾 98.14g 三蒸水 160ml 搅拌溶解定容至200ml; 43ml 乙酸钠NaAcpH5.2 配制500ml 乙酸钠CH3COONa·H2O 201.1g 三蒸水 200ml 用冰乙酸调节pH为5.2三蒸水定容至500ml高压灭菌4℃保存。 5平衡酚 在粗酚中加入0.1% 8-巯基喹啉然后倒入0.1mol Tris-Cl pH8.0避光磁力搅拌4h 静置后移去水相再加0.1mol Tris-Cl pH8.0搅拌、去除水相反复进行直到水相pH>7.8 时为止装棕色瓶4℃保存。 6TE 缓冲液 pH8.0 配制最终使10mmol Tris-Cl pH8.0 1mmol EDTA pH8.0 7其它试剂氯仿乙戊醇V/V=241、无水乙醇、70%乙醇
【操作方法】 1取1ml菌液置于1.5ml的EP管中10000g×30s 离心 2控尽上清液 3加溶液Ⅰ 100μl重悬菌体 4加溶液Ⅱ 200μl 倒转均匀 5加溶液Ⅲ 150μl 混匀 610000g×5min 离心 7转移上清至另一EP管 8加等体积平衡酚混匀室温离心8000g×5min 9小心吸取上清转移至另一EP管中勿将酚层吸出 10重复8、9的步骤 11等体积氯仿乙戊醇混匀 12离心8000g×5min 13转移上清至另一EP管 14加1/10体积3mol NaAc pH5.2 和2.5倍体积的无水乙醇混匀 15置液氮10min 或-20℃冰箱1h 16离心10000g×10min 17弃上清留沉淀70%乙醇洗一次 18离心10000g×10min 19弃上清留沉淀晾干 20加TE pH8.0 50μl 溶解沉淀 21加RNase A (10mg/ml) 35μl 混匀稍离心 2237℃ 水浴30 min 23-20℃ 保存待用。
小量酶切质粒 鉴定常用20μl反应体系。 【操作方法】 1在灭菌的新EP管中加入7μl三蒸水 2加入10×缓冲液2μl 3加限制酶5μl 4最后加入质粒DNA10μl 5稍离心混匀 637℃水浴11.5h 7无水乙醇沉淀2.5倍体积无水乙醇混匀液氮10min或-20℃ 30min离心 8弃上清晾干加10μl TE建立第二个酶切体系37℃ 11.5h
电泳鉴定 【试剂及配制】 10.5× TBE 先配5× TBE贮存液然后用三蒸水稀释10倍 5× TBE配制1000ml Tris 碱 54g 硼酸 27.5g 0.5mol EDTA pH8.0 2ml 2EB 10mg/ml 3琼脂糖 4上样缓冲液 0.25% 溴酚蓝 0.25% 二甲苯青FF 30%甘油
【操作方法】 1用胶带纸封住洗净、晾干的电泳胶盒两端放好梳齿水平放置于工作台上 20.5× TBE + 琼脂糖 1%电炉上融化勿暴沸待其冷却至5060℃ 时加