NCBI简介及序列编号说明

ncbi的核酸序列NCBI的核酸序列是一个研究者和科学家最重要的数据资源之一。

它们能够帮助科学家们更好地理解生命的运作，发现生物的潜在的特征和基因的表达方式。

NCBI的核酸序列也被用来发现新的基因、寻找新的基因型、以及研究基因表达的变化。

因此，NCBI的核酸序列在生物学研究中发挥着不可或缺的作用。

NCBI的核酸序列是由一系列核酸分子连续排列而成。

这些核酸分子可以是RNA或DNA，它们代表着一系列遗传信息，涉及基因和蛋白质的表达。

这些序列记录了基因在生物细胞中的结构和功能，并且也提供了有关基因组中基因结构和序列的重要信息。

NCBI也提供了一个在线的基因库，研究者可以通过它来获取DNA 和RNA的序列数据，它们可以用来鉴定基因序列、了解基因的特性以及基因的表达谱。

在这个基因库中，研究者可以搜索到许多种类的数据，比如基因表达谱、基因组分析、染色体图谱和其他相关数据。

这些基因库中的数据是 NCBI究者使用的重要资源，它们能够帮助研究者们深入理解基因的结构、功能和表达谱。

此外，NCBI的核酸序列还可以用来识别特定的基因组成分，以及研究不同样品中的表达差异。

这对于对特定基因的精确鉴定和分析是非常有用的，从而帮助我们更好地理解基因和蛋白质的表达谱及其在人类生态系统中的作用。

NCBI的核酸序列能够有效地帮助研究者们进行生物学研究，从而深入地了解基因特征、影响其表达方式以及与疾病发生有关的基因组成。

这样，它们也可以更好地帮助我们针对慢性疾病开发有效的疗法和护理策略，以期促进人类的健康。

总的来说，NCBI的核酸序列是研究者和科学家最重要的数据资源之一，他们能够从中获取有关基因的结构和功能的重要信息，并且还能够帮助我们更好地理解慢性疾病的发生机制、预防疾病发生以及发现新的护理策略，以期改善人类的健康。

ncbi使用指导摘要：一、NCBI简介1.NCBI的定义与作用2.NCBI的主要数据库二、NCBI数据库的使用1.基因数据库1.1 基因序列数据库1.2 基因表达数据库1.3 基因调控数据库2.蛋白质数据库2.1 蛋白质序列数据库2.2 蛋白质结构数据库3.核酸序列数据库3.1 核酸序列数据库概述3.2 核酸序列数据库的使用方法4.文献数据库4.1 PubMed简介4.2 如何利用PubMed进行文献检索三、NCBI工具的使用1.基因芯片数据分析工具2.基因序列比对工具3.蛋白质结构预测工具四、NCBI的进阶使用技巧1.如何利用NCBI进行基因注释2.如何利用NCBI进行基因家族分析3.如何利用NCBI进行共表达网络分析正文：一、NCBI简介CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物信息学资源的网站，它为全球科研工作者提供了大量的生物学数据和工具。

NCBI的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸序列数据库和文献数据库等。

二、NCBI数据库的使用1.基因数据库基因数据库包括基因序列数据库、基因表达数据库和基因调控数据库。

基因序列数据库提供了大量的基因序列信息，用户可以通过关键词搜索、序列相似性搜索等方式找到需要的基因序列。

基因表达数据库则提供了基因在不同生物体、不同组织、不同发育阶段的表达信息。

基因调控数据库则包含了基因调控相关的信息，如启动子、转录因子结合位点等。

2.蛋白质数据库蛋白质数据库包括蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库。

蛋白质序列数据库提供了蛋白质的氨基酸序列信息，用户可以通过序列相似性搜索找到相似的蛋白质序列。

蛋白质结构数据库则提供了蛋白质的三维结构信息，用户可以通过结构域、功能域等关键词搜索需要的蛋白质结构。

3.核酸序列数据库核酸序列数据库包括DNA序列数据库和RNA序列数据库。

ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。

该网站由美国国家卫生研究院（NIH）建立，旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。

以下是 NCBI 的使用指导：一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具，包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。

这些资源对于生物学和医学研究非常重要。

二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站：https:///2.在主页上，你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。

你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。

3.在数据库或工具页面，你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。

例如，在基因序列数据库中，你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。

三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库（GenBank）：提供了全球各种生物的基因序列信息。

2.蛋白质序列数据库（Protein Database）：提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。

3.基因组数据库（Genome Database）：提供了全球各种生物的基因组信息。

4.生物学文献数据库（PubMed）：提供了全球生物学和医学领域的文献信息。

四、NCBI 的实用工具1.BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。

2.Entrez：用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。

3.Coffee Break：用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。

五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时，请遵守相关的知识产权和版权规定。

ncbi使用指导摘要：一、NCBI简介1.NCBI的定义和作用2.NCBI的主要数据库二、NCBI数据库使用指导1.基因数据库a.基因序列数据库b.基因表达数据库2.蛋白质数据库a.蛋白质序列数据库b.蛋白质结构数据库3.核酸数据库a.核酸序列数据库b.核酸变异数据库4.文献数据库a.PubMedb.基因组数据库三、NCBI工具使用指导1.BLAST2.Entrez3.RefSeq4.dbSNP四、NCBI的高级功能1.基因变异分析2.基因表达数据分析3.蛋白质结构预测正文：CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物信息学资源的公共数据库，为全球科研人员提供免费的生物信息学资源。

NCBI的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸数据库和文献数据库。

在基因数据库方面，NCBI收录了大量基因序列数据，包括基因组、转录组、单细胞测序等。

此外，还提供了基因表达数据库，可以查询基因在不同组织、不同发育阶段、不同生理条件下的表达水平。

在蛋白质数据库方面，NCBI收录了大量的蛋白质序列和结构信息。

蛋白质序列数据库包括TrEMBL、Swiss-Prot等，结构数据库包括PDB（Protein Data Bank）。

在核酸数据库方面，NCBI收录了大量的核酸序列数据，包括基因组、转录组、突变组等。

此外，还提供了核酸变异数据库，包括SNP（单核苷酸多态性）、CNV（拷贝数变异）等变异信息。

在文献数据库方面，NCBI提供了PubMed，这是一个收录了大量生物医学相关文献的数据库。

此外，还有基因组数据库和dbSNP等特殊文献数据库。

为了方便用户使用这些数据库，NCBI提供了一系列工具。

其中，BLAST （Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于序列比对的算法，可以帮助用户找到相似的序列。

NCBI_功能详细介绍NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物医学和基因组学研究数据的资源库和数据库。

NCBI的主要目标是促进和推动生物医学研究的发展，并为科学家、医生和公众提供相关信息。

NCBI提供了各种各样的数据库和工具，用于存储、检索和分析生物医学和基因组学数据。

下面是一些NCBI提供的主要功能的详细介绍：2. GenBank：GenBank是一个基因序列数据库，存储了全球范围内的基因序列数据。

研究人员可以通过GenBank获得基因序列和相关信息，用于基因功能研究、进化分析和生物信息学研究。

3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对工具，用于比对给定的DNA、RNA或蛋白质序列与NCBI数据库中的序列。

BLAST可以帮助研究人员确定新序列的相关性，并找到与其相似的序列。

4. Entrez：Entrez是一个综合性的引擎，可以对NCBI的不同数据库进行全文。

研究人员可以通过Entrez进行文献检索、基因和蛋白质注释、序列比对等操作，方便地获取各类生物学数据。

5. PubChem：PubChem是一个化学物质数据库，存储了数百万种化合物的化学结构和相关信息。

研究人员可以通过PubChem化合物的属性、药理学和毒理学数据，以及相关的文献信息。

6. OMIM：OMIM（Online Mendelian Inheritance in Man）是一个遗传疾病数据库，提供了人类遗传疾病的基因和表型信息。

研究人员可以通过OMIM了解各种遗传疾病的发病机制、遗传模式以及相关基因的功能。

7. RefSeq：RefSeq是一个参考序列数据库，存储了各个物种的基因组和转录组序列。

RefSeq提供了基因的注释信息，包括基因的外显子、内含子、启动子、终止子等区域的序列。

NCBI（美国国家生物技术信息中心）是一个根据基因序列和相关信息进行存储、管理和分析的数据库资源，它收集和整理了全球范围内已知的基因结构数据，以提供对基因组学和生物医学研究的支持。

在NCBI基因结构数据库中，主要包括以下几个重要的数据：
1. 基因序列：这是基因结构的基础，包括DNA序列和RNA序列。

2. 基因元件：这些是基因序列中的各种元件，如启动子、终止子、内含子等。

3. 基因注释：包括基因的功能、位置、表达等注释信息。

4. 基因变异数据：包括各种基因变异的信息，如单核苷酸变异（SNV）、插入或缺失（INDEL）、复制数变异（CNV）等。

5. 基因表达数据：包括各种组织或细胞中的基因表达数据。

这些数据可以通过NCBI的网站进行查询和下载，为科学家们提供了重要的研究资源。

GenBank Overview基本信息∙什么是GenBank？GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。

每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释，还包括氨基酸的翻译。

GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。

∙纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。

∙访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。

用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。

关于Entrez更多的信息请看下文。

用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。

用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query 和BLAST服务器。

另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。

∙增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank 增长）小节。

∙公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。

∙公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。

∙遗传密码- 15个遗传密码的概要。

用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。

（向）GenBank提交（数据）∙关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。

∙BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。

（请在提交前用VecScreen去除载体）∙Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。

可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。

ncbi中查找基因序列的方法和三个号码
ncbi主页，search中选择“BioProject(GenomeProject)”，点击：“search”
新界面中选择：“genome”
新窗口中选择：“Prokaryotes”：
出现“genomeproject”选项，选择下拉框内的你要查找的菌的域名：例如：“Euryarchaeota（广古菌域）”
下拉滚动条，选择要下载基因组的菌株名，例如：MethanococcusvoltaeA3
点击对应的基因组号：
选择：NC_014222.1 进入MethanococcusvoltaeA3chromosome,completegenome
【注：若选择CP002057.1 可直接进入“MethanococcusvoltaeA3,completegenome”。

】
1.查找蛋白序列：
选择：Proteincoding: 1717 ，此界面上可以看到蛋白功能等方面的信息：
display选项中选择：“ProtienFASTA”，如果想下载序列，选择sendto 中的文件格式，保存即可。

2.查找核酸序列：
选择：GenBank: CP002057
然后选择页面右上角的sendto可以进行下载。

初步总结如上，NCBI的强大功能还要不断摸索！。

NCBI使用方法NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物学数据库和工具的公共资源。

它提供了许多与生物学相关的数据库，如基因、蛋白质、序列、文献等。

这些数据库对于生物学研究者和生物信息学家来说是非常有用的。

本文将介绍如何使用NCBI进行常见的生物学研究。

另一个常用的NCBI数据库是GenBank，它是一个包含DNA序列、RNA序列和蛋白质序列的数据库。

要在GenBank中查找特定序列，可以在NCBI主页中的框中输入序列信息，如基因名称、序列碱基或蛋白质序列；还可以输入序列的GenBank号、Accession号或序列的FASTA格式。

点击后，系统会返回与查询相关的序列记录。

每个记录都包含序列信息、注释和相关文献等。

当找到感兴趣的序列后，可以查看其详细信息。

如果序列是基因，可以了解它的基因组位置、启动子区域、外显子和内含子等信息。

如果序列是蛋白质，可以了解其氨基酸序列、结构、功能等信息。

此外，在GenBank中还可以找到与特定序列关联的其他序列记录，如同一基因的多个转录本、同源基因等。

除了PubMed和GenBank外，NCBI还提供了许多其他有用的数据库和工具。

例如，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一个用于比较序列相似性的工具，可以帮助找到特定序列的同源序列。

通过输入查询序列，BLAST可以在NCBI的数据库中相似的序列，并对它们进行比对。

这对于鉴定未知序列的功能以及研究序列进化关系非常有用。

此外，NCBI还提供了一些用于序列分析和生物信息学研究的工具。

例如，COBALT（Constraint-Based Multiple Alignment Tool）可以用于多序列比对，Open Reading Frame Finder可以用于预测DNA序列中的开放阅读框，而RefSeq database则提供了高质量的基因组和蛋白质序列等。

NCBI分子数据库介绍信息来源：中国生命科学论坛更新时间：2003-10-12 2:33:00核酸序列(nucleotides)· Entrez核酸- 用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录（在GenBank + PDB中）。

更多的关于Entrez的信息见下。

如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez （批量Entrez）。

· RefSeq - NCBI数据库的参考序列。

校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。

Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。

· dbEST - 表达序列标签数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。

也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。

· dbGSS -基因组调查序列的数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。

· dbSTS -序列标签位点的数据库，短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。

· dbSNP - 单核苷酸多态性数据库，包括SNPs，小范围的插入/缺失，多态重复单元，和微卫星变异。

完整的基因组·参见Genome 和Maps 部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。

· UniGene - 被整理成簇的EST和全长mRNA 序列，每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。

序列数据可以以cluster 形式在Unigene 网页下载，完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene 目录下下载。