《四库全书存目丛书》是清代乾隆年间编纂《四库全书》时，将大量不符合清王朝统治需要和价值标准的历代典籍摒弃在外，仅列为存目者即达6793种、93551卷。
历经300年来的天灾人祸，存目之书亡失严重，现存4000余种、6万余卷，分藏在全国200多个图书馆，三成以上已成孤本。
1992年夏，中国东方文化研究会历史文化分会正式提出编纂出版《四库全书存目丛书》的计划，1992年12月23日获国务院古籍整理出版规划小组批准，列为国家级重点项目。
1993年1月组成了《四库全书存目丛书》编纂出版工作委员会，由季羡林担任总编纂，有全国50多所大学和研究机构以及台湾、日本、美国等地的近百位文史专家和古籍学者参加的《四库全书存目丛书》编纂委员会，开始编纂工作。
存目编辑根据《四库全书》卷首所载乾隆帝有关编纂工作的历次上谕和凡例，当时四库馆臣将内府所藏和全国各地督抚学政及私家进献的图书中，含有批评清王朝统治内容者，含有反礼教、反传统或宣传异端倾向者，“未越群流”的平庸之书、“归于小道”的无谓之书、“难以考信”的伪托之书，以及著作时代切近者、重复之书均列为存目。
出版编辑但存目之书珍品杂陈，琳琅满目，为尊重历史、保存文献，1992年中国古籍整理委员会提出搜辑影印《四库全书存目丛书》，编纂出版工作于1997年10月全部完成，历时五年。
该书共收录散藏于国内外116所图书馆、博物馆及少数私人藏书家手中的四库存目书4508部中，其中宋刻本15种，宋写本1种，元刻本21种，明刻本2152种，明抄本127种，清刻本1634种，清抄本330种、稿本22种，有三成以上为孤本或稀见本。
分为经、史、子、集四部，其中经部收录734种，史部收录1086种，子部收录1253种，集部收录1435种。
卷帙浩繁，洵为大观。
1997年10月由齐鲁书社影印出版，16开精装1200册。
编纂方针与原则编辑编纂工作以“尊重历史，保存文献”为总方针。
首先是普遍调查，尽数收集。
通过《中国丛书综书》和《中国古籍善本书目》及其他藏书目录提供的线索，并借助各地同仁的力量对全世界200余家图书馆、博物馆、大专院校所藏四库存目书进行大规模的查访，在此基础上编定工作目录。
这一工作十分有成效，发现了不少极为稀见甚至早为有关专家宣布失传的古籍。
例如明代茅元仪《青油史漫》二卷，任道斌先生《茅元仪著述知见录》（1985年书目文献出版社排印本）认为“今佚”，现在发现上海图书馆有抄本，台湾中央图书馆有明崇祯刻本。
又清代曹溶的《倦圃的植记》三卷，是一部园艺方面有价值的书，农学史家王毓瑚先生《中国农学书录》（1964年农业出版社排印本）说“书没有流传”，现在发现上海图书馆有清抄本。
其次是剔除重复，精选版本。
四库存目与《四库全书》之间有某些内容完全相同之书，四库存目内部也有某些内容完全相同之书，凡此皆予剔除，以免重复。
例如子部儒家类存目有明顾宪成《顾端文公遗书》三十七卷，又有《小心斋札记》十六卷。
后者是前者的一部分，因此《存目丛书》只收内容较全的《顾端文公遗书》，不再重复收录《小心斋札记》。
这样处理可以使《存目丛书》的篇幅有所节省，从而减轻购买和庋藏的困难。
同时对于确定收录的存目书，严格选择底本。
选择底本一般都认为要选“善本”。
然而一书若有数本传世，何者为善，却绝难判断。
为了保存文献，一般首先选择不缺卷不缺页的足本。
在足本的前提下，再选择较早的刻本或抄本。
由于旧刻旧抄接近古籍原貌，而且日见稀少，学者难得一见，一旦影印，化身数百，可以满足更多学者的要求，因此十分重视旧刻、旧抄本。
在刻、抄时代相同的情况下，对有前辈学者题跋的本子则优先考虑使用，以便保存更多的文献。
再次是原版影印，整旧如旧。
凡原书版框数据烂、漫漶不清，一律不加修饰改动，力求保持版本原貌。
目的不但是要为学术界提供完备的资料，同时也为学术界提供可以信赖的版本。
所收书八成为宋、元、明、清各级善本，三成为孤本，诸如杭州市图书馆藏明万历四十一年刻明朱睦楔撰《圣典》二十四卷、北京图书馆藏明万历六年刻《金华府志》三十卷、南京图书馆明嘉靖十四年刻《定远县志》十卷、日本国会图书馆藏明万历二十一年刻《衡州府志》十五卷、北京图书馆藏明刻明潘之恒撰《黄海》六十卷、美国国会图书馆藏明嘉靖刻蓝印本明龚辉撰《西槎汇草》一卷、故宫博物院图书馆藏清康熙抄本郑端撰《孙子汇微》八卷、北京图书馆藏明初刻元艾元英撰《如宜方》二卷、上海图书馆藏清抄本曹溶撰《倦圃莳植记》二卷、辽宁省图书馆藏元余卓刻宋杨万里撰《四六膏馥》七卷等，均系人间孤本。
弥足珍贵，极富收藏及研究价值。
价值与意义编辑《四库全书存目丛书》是对《四库全书》的补充与完善。
拥有台湾商务印书馆影印之文渊阁《四库全书》，又拥有《四库全书存目丛书》，则乾隆以前中国历代典籍十得八九。
今柳州市图书馆藏有一套《四库全书存目丛书》（1200册，补编100册），举凡研究中国历代政治、经济、军事、法律、社会、思想、宗教、文化、科技者，尽可恣意披读，不假旁求。
可谓镇馆之宝。
发行情况编辑1994年6月24日，国家重点古籍整理项目《四库全书存目丛书》第一册出版发行。
整个项目投入资金逾6000万元，到1997年11月2日全部编印完毕。
《四库全书存目丛书》共收录古籍珍本4508种，几乎囊括了现存的乾隆以前、《四库全书》之外的所有古籍，是图书馆构建基本古籍书库的必备书。
特别是将散藏于国内外百余家图书馆的孤本秘籍汇聚在一起，免除了各地往返检索查阅的困难。
四库禁毁书丛刊是编修《四库全书》期间被抽毁和全毁的书籍，其中以集部书占多数，这部分著作多属于儒道实属中国文化之精品。
其次是史部的书籍，其禁毁重点是关于辽事（入关前满汉关系）和南明史的著作，目的是企图抹杀、毁灭、篡改历史事实。
经部、子部和丛书中的一些书籍在禁毁狂潮中也未能幸免。
《四库禁毁书丛刊》具体地是以姚观元《清代禁毁书目》、孙殿起《清代禁书知见录》、雷梦辰《清代各省禁书汇考》和陈乃乾《索引式的禁书总录》所著录的图书为主要收录范围。
它不是清代所有禁书的总汇，不收录清乾隆以后的各种禁毁小说、戏曲。
所收禁毁书以刻本、活字本、抄本为主,石印本、铅印本、影印原刻本酌情收录，点校本不予收录。
本书共分十期，每期内依经、史、子、集四部排列。
《四库未收书辑刊》主要根据本世纪二十年代末三十余位国学大师编订的《四库未收书分类目录》所收录的清乾隆四库馆臣未见和清乾隆以降至清末问世的书籍，几乎网罗了当时存世《四库全书》以外的优秀书籍，共收录典籍近2000种，分十辑精装影印出版，每辑据所收部类按经、史、子、集排序，版本均力遵“分类目录”著录的版本征访，每种书前均加书名页，其中著录书名、卷数、作者、版本等。
《四库未收书分类目录》在文献学和目录学上都极具权威性，从而使在“分类目录”框架内编辑的《四库未收书辑刊》，在文献的保存、类目的划分、底本的遴选上都有充分合理的依据和可靠的学术保证。
《四库未收书辑刊》以“尊重历史、保存典籍，择善而从、整旧如旧”为编纂出版的宗旨，于1997年12月由北京出版社影印出版，16开精装300册。
《续修四库全书》作为我国迄今为止最大型丛书《四库全书》的续编，是经国家新闻出版署和国家古籍整理出版规划小组批准的国家重点出版工程。
这是继18世纪清朝编修《四库全书》后，又一次在全国范围内对中国古典文献进行大规模的清理与汇集。
2002年4月，《续修四库全书》由上海古籍出版社出版。
《续修四库全书》沿袭《四库全书》体例，按经、史、子、集四部分类，用绿、红、蓝、赭四色装饰封面，16开本、精装1800册，分经部260 册，史部670册，子部370册，集部500册。
它与《四库全书》配套，构筑起一座中华基本典籍的大型书库，中国古代即1911年以前的重要典籍，可大致荟萃于此。
《四库全书》编辑简介《续修四库全书》总共收书5213种，比《四库全书》增加51%。
在编纂、出版过程中，曾向国家图书馆、上海图书馆等82家藏书单位商借底本，每种入选图书，均选取最佳版本影印，其中大量的宋元刻本、名家稿本，为四库馆臣所未见。
《续修四库全书》的收录范围包括，对《四库全书》成书前传世图书的补选，《四库全书》成书后著述的续选。
补选之书主要是被《四库全书》遗漏、摒弃、禁毁，或列入“存目”而确有学术价值的图书；《四库全书》已收而版本残劣，有善本足可替代的书籍；四库馆臣对戏曲、小说持鄙视态度而未予收入的书籍。
续选之书主要是清代中期的纪晓岚、戴震、翁方纲、彭元瑞、任大椿、孙希旦、王念孙、阮元等为代表的“乾嘉学派”著作，清代后期的魏源、龚自珍直至康有为、梁启超、章太炎等为代表的“新学”著作。
此外，新从海外访回而合于本书选录条件的古籍，以及新出土的整理成编的竹简帛书也酌予选收过程编辑《四库全书》编成以来，数代专家学者和有识之士曾多次倡议续修。
清嘉庆初年，时任浙江巡抚的阮元利用职务之便，在江南陆续采购《四库》未收书170多种，向朝廷进呈，并撰写《四库未收书提要》。
这可以说是乾隆以后对《四库全书》拟加补修的开端。
光绪十五年（1889），翰林院编修王懿荣上书提议“重新开馆，续纂前书”；此后，喻长霖、孙同康等也都有续修之议。
1919年，叶恭绰等赴欧洲考察回国，动议影印《四库全书》，金梁复以为“书不易续，目则易修”，建议将“二百年来新出书籍”，“始存其目，以待后来”。
二者皆因乱世未果。
1924年，上海商务印书馆计划影印文渊阁《四库全书》，以销售赢余“请海内通人，选择四库存目及未收书，刊为续编”。
1928年，东方文化事业总委员会下属的北平人文科学研究所，拟利用日本退还的庚子赔款将续修《四库》之事列为课题，并开始购求古书。
同年12月15日，当时兼任东北大学校长的张学良将军，也曾提出“拟垫私财”对《四库全书》进行影印、增补、续修的倡议。
但其后因日军侵略我国东北、华北，时局动荡，续修之事也就逐渐停息，只有北平的一些中国学者为续修撰写了相当一部分乾隆以后著述的提要，总算为近百年来未能实现的各种动议、各种筹划留下来一些实绩、一点见证。
《续修四库全书》从1994年开始启动，历时8年，到2002年4月完成了全部1800册的编纂出版工作。
由上海古籍出版社出版。
意义编辑续修《四库全书》之所以必要，还因为随着时代的发展，从乾隆中期以后至辛亥革命（1911年）以前，中国学术又积聚了大量重要的成果。
清中期的“乾嘉之学”是清代学术中最具特色的，其代表人物如纪晓岚、戴震等均参与编纂《四库全书》，受编纂体制的限制，他们的著作不可能收入《全书》。
清后期，尤其在鸦片战争（1840年）以后，文化学术因受国势陵替的刺激和西方思想的冲击而另辟新境，新思潮层出不穷，形成从魏源到章太炎为代表的“新学”；加上散失海外的古籍善本回归本土，考古发掘使竹简帛书重见天日，秘藏民间和以稿本形式流传的优秀著作不断面世。
