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中国人兽共患病学报C h i n e s e J o u r n a l o f Z o o n o s e s㊀２０２１,３７(２)D O I :１０．３９６９/j．i s s n ．１００２－２６９４．２０２１．００．０１４ 调查研究利用s s r 标记浅析云南登革热重点地区埃及伊蚊种群遗传特征郑宇婷１,姜进勇１,周红宁１,马雅军２国家自然科学基金(N o ．U I ６０２２２３),国家重点研发计划(N o ．２０１６Y F C １２００５００)联合资助通讯作者:姜进勇,E m a i l :j i a n g j i n y o n g ＠y i p d ．o r g;O R C I D :００００Ｇ０００１Ｇ７８９１Ｇ１２５９作者单位:１．云南省虫媒传染病防控关键技术创新团队(培育)云南省虫媒传染病防控研究重点实验室面向南亚东南亚热带病国际科技人员教育培训基地云南省虫媒病毒研究中心,普洱６６５０００;２．第二军医大学热带医学与公共卫生学系热带传染病学教研室,上海㊀２００４３３摘㊀要:目的㊀通过研究云南省不同地理来源的埃及伊蚊自然种群遗传结构,探究不同群体间的遗传特征与联系.方法捕获景洪㊁勐腊㊁勐海㊁耿马㊁瑞丽的埃及伊蚊,提取D N A 并采用１２对荧光标记的微卫星引物进行P C R 扩增,用毛细管电泳检测扩增片段,分析５个埃及伊蚊自然种群的遗传相关指标.结果㊀在５个采集点共采集２３４个有伊蚊幼虫的容器,采集埃及伊蚊６０３只,随机选取１４９只提取D N A ,进行扩增分析.１２个微卫星位点的平均N a ㊁N e ㊁H o ㊁H e ㊁P I C 分别为１８㊁４．６５３㊁０ ７１１㊁０．７２８㊁０．７７８,１２个微卫星位点的P I C 指数均＞０．２５,高度多态.每个种群的平均N a ㊁N e ㊁H o ㊁H e ㊁P I C 分别为７．７５０~１０．５８３㊁３．６０６~５．３０９㊁０．６６１~０．７４１㊁０．６２９~０．７７４㊁０．５８８~０．７５０.１２个微卫星位点的F s t ,F i s ,N m 的平均值分别为０．０７８㊁０ ０２８㊁３．３２１.５个自然种群埃及伊蚊的成对指数F a s t 为０．０５７~０．１４８,各种群间遗传分化和地理距离未发现显著相关,N e i s 标准遗传距离在０．１６２~０．５２７之间,对应的遗传相似度在０．５９０~０．８５０之间.结论㊀云南省埃及伊蚊遗传多样性比较丰富,种群间存在一定的遗传分化和基因交流.关键词:微卫星;埃及伊蚊;遗传特征中图分类号:R ３７８．５㊀㊀㊀文献标识码:A ㊀㊀㊀文章编号:１００２－２６９４(２０２１)０２－０１７６－０７A n a l y s i s o f A e d e s a e g y p t i p o pu l a t i o n g e n e t i c c h a r a c t e r i s t i c s i nk e y a r e a s o f d e n g u e f e v e r i nY u n n a nP r o v i n c e b y ss rm a r k e r s Z H E N G Y u Ｇt i n g １,J I A N GJ i n Ｇy o n g １,Z HO U H o n g Ｇn i n g １,MA Y a Ｇju n ２(１．I n n o v a t i v eT e a mo f K e y T e c h n i q u e s fo rV e c t o rB o r n eD i s e a s eC o n t r o l a n d P r e v e n t i o n (D e v e l o p i n g ),Y u n n a nP r o v i n c i a lC e n t e r o f Ar b o r v i r u sR e s e a r c h ,Y u n n a nP r o v i n c i a l K e y L a b o r a t o r y o f V e c t o r Ｇb o r n eD i s e a s e sC o n t r o l a n dR e s e a r c h ,T r a i n i n g B a s e o f In t e r n a t i o n a l S c i e n t i f i cE x c h a n g e a n dE d u c a t i o n i nT r o p i c a lD i s e a s e s fo rS o u t ha n dS o u t h e a s tA s i a ,P u e r ６６５０００,C h i n a ;２．D e p a r t m e n t o f T r o p i c a l I n f e c t i o u sD i s e a s e s ,F a c u l t y o f T r o pi c a lM e d i c i n e a n dP u b l i cH e a l t h ,S e c o n d M i l i t a r y M e d i c a lU n i v e r s i t y ,S h a n gh a i ２００４３３,C h i n a )A b s t r a c t :I n t h i s s t u d y ,w e a n a l y z e d t h e g e n e t i c v a r i a t i o n s i n A e d e s a e g y pt i t o e x p l o r e t h e g e n e t i c c h a r a c t e r i s t i c s a n d c o n Ｇn e c t i o n sb e t w e e n p o p u l a t i o n s i nY u n a nP r o v i n c e ．A e ．a e g y pt i s a m p l e sw e r e c o l l e c t e d f r o mJ i n g h o n g ,M e n g l a ,M e n g h a i ,G e n g Ｇm a a n dR u i l i ．F i r s t ,D N Aw a s e x t r a c t e d ,a n d t h e P C Ra m p l i f i c a t i o n p r o d u c t s o f １２f l u o r e s c e n t l y l a b e l e d s i m p l e s e q u e n c e r e pe a t m a r k e r sw e r e d e t e c t e db y c a p i l l a r y e l e c t r o p h o r e s i s ．At o t a l of ２３４c o n t a i n e r sw i t h l a r v a e a n d ６０３A e ．a eg y pt i w e r e c o l l e c t e d a t f i v e s i t e s ;１４９s a m p l e sw e r e r a n d o m l y s e l e c t e d f o r t h e e x p e r i m e n t ．W e a n a l y z e d t h e g e n e t i cd i v e r s i t y o f f i v e p o p u l a t i o n s ．T h e a v e r a g en u m b e r s o fN a ,N e ,H o ,H e a n dP I Co f １２m i c r o s a t e l l i t e l o c iw e r e １８,４．６５３,０．７１１,０．７２８a n d ０．７７８．T h e p o l ym o r Ｇph i s mi n f o r m a t i o n c o n t e n t f o r a l l １２m i c r o s a t e l l i t e l o c iw a s＞０．２５．T h ea v e r a gen u m b e r so fN a ,N e ,H o ,H ea n dP I Co f t h e f i v e p o p u l a t i o n sw e r e ７．７５０Ｇ１０．５８３,３．６０６Ｇ５．３０９,０．６６１Ｇ０．７４１,０．６２９Ｇ０．７７４a n d０．５８８Ｇ０．７５０．T h ea v e r a g en u m b e r so f F s t ,F i s an dN m f o r a l l １２m i c r o s a t e l l i t e l o c iw e r e ０．０７８,０．０２８a n d３ ３２１．T h e a v e r a g en u m b e r s o fF s t i n t h e f i v e p o p u l a t i o n s w e r e ０．０５７Ｇ０．１４８．A n i n s i g n i f i c a n t p o s i t i v e c o r r e l a t i o nw a s o b Ｇs e r v e d b e t w e e n p o p u l a t i o n g e n e t i c d i f f e r e n t i a t i o n a n d g e o Ｇg r a p h i c a l d i s t a n c e ．N e i s g e n e t i cd i s t a n c ea n d g e n e t i c i d e n t i t y w e r e ０．１６２Ｇ０ ５２７a n d ０．５９０Ｇ０．８５０．T h e r e s u l t s s u g g e s t e d t h a t ６７１t h ed e g r e e o f g e n e t i c p o l y m o r p h i s mi nY u n n a n A e．a e g y p t i i s h i g h,a n d g e n e t i c d i f f e r e n t i a t i o n a n d g e n e f l o we x i s t b e t w e e n p o pＧu l a t i o n s．K e y w o r d s:m i c r o s a t e l l i t e;A e d e s a e g y p t;c h a r a c t e r i s t i c sS u p p o r t e db y t h eN a t i o n a lN a t u r a l S c i e n c eF o u n d a t i o no fC h i n a(N o．U I６０２２２３)a n dN a t i o n a lK e y R e s e a r c ha n dD e v e l o p m e n t P r o g r a m(N o．２０１６Y F C１２００５００)C o r r e s p o n d i n g a u t h o r:J i a n g J i nＧy o n g,E m a i l:j i a n g j i n y o n g＠y i p d．o r g㊀㊀登革热(D e n g u e F e v e r)是登革病毒(D e n g u e v iＧr u s)经蚊媒传播引起的急性虫媒传染病,主要在热带和亚热带流行[１].１７７９年首次发现登革热病例[２],全球约２５亿人有感染登革病毒的危险,每年约有１亿新感染病例,其中５０万重症病例需住院治疗[３].我国最早在１８７３年厦门首次报道,１９９５年后呈局部暴发㊁输入性流行的特征[２],２００４年以来广东㊁福建㊁浙江等省份多次暴发本地疫情是我国重点防控区[４Ｇ６].与云南省接壤的越南㊁缅甸和老挝等国家为登革热常年流行区[７].云南省最早发现登革热病例是在１９７５年河口县[８],２００４年以来有散在输入病例报告,２００８年在德宏州芒市㊁临沧市镇康县首次报道云南省登革热本地病例[９Ｇ１０],２０１３年景洪市暴发登革热本地疫情[１０],此后我省西双版纳州景洪市㊁勐腊县㊁德宏州瑞丽市㊁临沧市耿马县等多次暴发流行,且流行日趋严重,登革热已经成为我省边境地区重要的虫媒传染病,严重危害边境地区人群健康.埃及伊蚊(A e d e sa e g y p t i)是登革热的重要传播媒介,其传播能力远高于白纹伊蚊.埃及伊蚊为云南省的入侵蚊虫,２００２年首次在瑞丽市发现,其后１０余年间分布范围不断扩大,德宏州的芒市㊁陇川和盈江,西双版纳的景洪㊁勐腊㊁勐海,临沧市的耿马等３个州(市)㊁８个边境县(市)均有埃及伊蚊的分布[１１Ｇ１２].埃及伊蚊的入侵加剧了云南省登革热的暴发和流行风险.媒介控制是登革热防控的重要措施,研究埃及伊蚊的遗传特性,对登革热防控具有重要意义.微卫星(S i m p l eS e q u e n c eR e p e a t,S S R)一般是由２~６个碱基为核心组成首尾相连的串联重复序列.D N A的滑动复制导致微卫星D N A长度多态性的产生,在埃及伊蚊种群特征的研究中,利用对核苷酸重复单位数目差异的研究来分析遗传相关的各项指标.微卫星因共显性遗传㊁高多态性和重复性好等特点,是研究蚊虫群体遗传结构理想的分子标记之一[１３],本研究采集云南省５个登革热重点县的埃及伊蚊,筛选１２个多态微卫星位点,通过微卫星D N A标记分析云南省５个不同地理来源的埃及伊蚊种群的亲缘关系群遗传多样性和遗传结构特征,对有效防制埃及伊蚊㊁科学防控登革热提供科学依据.１㊀材料与方法１．１㊀材料来源㊀依据埃及伊蚊入侵㊁定值和扩散的程度,选择云南省德宏州瑞丽市㊁西双版纳州景洪市㊁勐腊县㊁勐海县㊁临沧市耿马县作为调查地点,在埃及伊蚊蚊虫密度高峰季节,采集花瓶㊁轮胎㊁水桶㊁废弃瓶以及其他等容器中孳生的伊蚊幼虫,带回实验室根据不同的孳生容器分开饲养至羽化,形态学鉴定虫种[１４],并将鉴定出的埃及伊蚊保存于冻存管分装,单管单只.每个点采集根据采集方位和孳生容器随机抽取２９~３０只[１５]埃及伊蚊成蚊样本,确保采集样本覆盖每种孳生容器.低温冰箱保存待后续实验.１．２㊀实验方法㊀样本单管单只成蚊,采用D N A提取试剂盒[T I A N a m p G e n o m i cD N A K i t(血液/细胞/组织基因组D N A提取试剂盒)(离心柱型)(含蛋白酶K)],按照试剂盒操作说明书提取蚊虫组D N A,并用超微量核酸分析仪(杭州奥盛仪器有限公司,N a n oＧ２００)检测浓度和纯度,通过查阅文献找出埃及伊蚊微卫星位点的侧翼序列[１６]设计１３对引物(表１).对每个样本进行１３对引物的P C R扩增,反应体系共２５μL:１０∗E x T a q b u f f e r２．５μL,D N T P (２．５mm o l/L)２μL,M I X p r i m e r１μL(M I X p r i m e r 为正㊁反向引物等量混合),D N A模板１μL,E xT a q ０．２μL,H２O１８．３μL.反应条件为:９６ħ５m,９６ħ２０s,５３~５８ħ３０s,７２ħ３０s,１０个循环;９６ħ２０s,５２ħ３０s,７２ħ３０s,３０个循环;７２ħ５m.扩增产物毛细管电泳后得到原始数据(华大基因公司完成).７７１２期郑宇婷,等:利用s s r标记浅析云南登革热重点地区埃及伊蚊种群遗传特征表１㊀埃及伊蚊１３个微卫星位点引物的相关信息T a b．１㊀C h a r a c t e r i s t i c s o f１３m i c r o s a t e l l i t e l o c i o f A e．a e g y p t iP r i m e r S e q u e n c e(５ᶄＧ３ᶄ)L e n g t h/b p L a b e l A T１A T１F C G T C G A C G T T A T C T C C T T G T T１５６Ｇ１７４F AMA T１R G G A C C G G A A A G A C A C A G A C AA G７A G７F C G T G C G A G T G A A T G A G A G A C１５３Ｇ１８５H E XA G７R C A T C C T C T C A T C A G C T T C T A A T A A AA G４A G４F A A A A C C T G C G C A A C A A T C A T１４７Ｇ１６９F AMA G４R A A G G A C T C C G T A T A A T C G C A A CA G２A G２F T C C C C T T T C A A A C C T A A T G G１１５Ｇ１７８F AMA G２R T T T G C C C T C G T A T G C T C T C TA C４A C４F G C G A A T C G G T T C C C A T A G T A１２８Ｇ１３０F AMA C４R C T T T A T C G A T C G A C G C C A T TA C２A C２F A A T A C A A C G C G A T C G A C T C C１７６Ｇ１９０R O XA C２R A A C G A T T A G C T G C T C C G A A AA G５A G５F T G A T C T T G A G A A G G C A T C C A１７０Ｇ１８０T AM R AA G５R C G T T A T C C T T T C A T C A C T T G T T T GA G３A G３F C G C C A A A A C T G A A A A C T G A A１６４Ｇ１７８H E XA G３R A A G G G C G G T G A T G A C T T T C TA C７A C７F T C G G C A A A T T A C C A C A A A C A１２９Ｇ１４３H E XA C７R C A T T G G A C T C G C T A T A A C A C A C AA C５A C５F T G G A T T G T T C T T A A C A A A C A C G A T１４９Ｇ１６３H E XA C５R C G A T C T C A C T A C G G G T T T C GA C１A C１F T C C G G T G G G T T A A G G A T A G A１９３Ｇ２０９R O XA C１R A C T T C A C G C T C C A G C A A T C TA G１A G１F A A T C C C C A C A C A A A C A C A C C１１３Ｇ１２９R O XA G１R G G C C G T G G T G T T A C T C T C T CC T２C T２F C G C A G T A G G C G A T A T T C G T T１８４Ｇ１９２R O XC T２R A C C A C C A C C A A C A C C A T T C T１．３㊀数据统计与分析㊀采用G e n e M a k e r(v e r s i o n２．２０)对原始数据进行分析处理,利用G e n A I E x６．５０３计算各基因座等位基因数(n u m b e ro f a l l e l e,N a)㊁有效等位基因数(e f f e c t i v en u m b e ro f a l l e l e,N e)㊁观测杂合度(o b s e r v e dh e t e r o z y g o s i t y,H o)㊁期望杂合度(e x p e c t e dh e t e r o z y g o s i t y,H e)㊁群体内近交系数(p o p u l a t i o n i n b r e e d i n g c o e f f i c i e n t,F i s)㊁遗传分化系数(g e n e t i cd i f f e r e n t i a t i o nc o e f f i c i e n t,F s t)㊁基因流(n u m b e r o fm i g r a n t s p e r g e n e r a t i o n,N m)以及N e i氏标准遗传距离(N e i ss t a n d a r d g e n e t i cd i sＧt a n c e)㊁遗传相似系数(N e i s s t a n d a r d g e n e t i c I d e nＧt i t y)等指标,并根据遗传分化和地理距离进行m a nＧt e l t e s t分析.使用P I CＧC A L C软件计算多态信息含量(p o l y m o r p h i s m i n f o r m a t i o n c o n t e n t,P I C).利用A r l e q u i n３．５．１计算种群间成对固定指数F s t.２㊀结㊀果２．１㊀蚊虫采集结果㊀２０１７年６月１日－２４日分别在瑞丽㊁勐腊㊁景洪㊁勐海㊁耿马采集伊蚊幼虫,并在显微镜下初步判定,收集埃及伊蚊幼虫并饲养至成蚊,共收集２３４个有伊蚊幼虫的容器,经鉴定饲养收集的埃及伊蚊有６０３只(表２).不同孳生容器中随机选取１~１０只,总１４９只开展实验(表３).８７１中国人兽共患病学报２０２１,３７(２)表２㊀埃及伊蚊采样信息表T a b．２㊀I n f o r m a t i o no n A e．a e g y p t i c o l l e c t i o nC o l l e c t i o n r e g i o t C o l l e c t i o ns i t e C o d e G e o g r a p h i c a l c o o r d i n a t eC o l l e c t i o nd a t eT h ec o n t a i n e r sM o s q u i t os p e c i e sA e．a e g y p t ip o p u l a t i o n西双版纳州瑞丽J H N２１ʎ２７ᶄＧ２２ʎ３６ᶄ,E１００ʎ２５ᶄＧ１０１ʎ３１ᶄ２０１７年６月２１日－２９日４４白纹伊蚊㊁埃及伊蚊１２４西双版纳州勐腊M L N２１ʎ０９ᶄＧ２２ʎ２３ᶄ,E１０１ʎ０５ᶄＧ１０１ʎ５０ᶄ２０１７年６月５日－６日２９白纹伊蚊㊁埃及伊蚊１００西双版纳州景洪MH N２１ʎ３８ᶄＧ２１ʎ５１ᶄ,E９９ʎ５７ᶄＧ１００ʎ１８ᶄ２０１７年６月１日－１６日８２白纹伊蚊㊁埃及伊蚊２７５德宏州勐海R L N２３ʎ３８ᶄＧ２４ʎ１４ᶄ,E９７ʎ３１ᶄＧ９８ʎ０２ᶄ２０１７年６月８日－９日３２白纹伊蚊㊁埃及伊蚊５４临沧市耿马GM N２３ʎ２７ᶄＧ２３ʎ４０ᶄ,E９８ʎ５３ᶄＧ９９ʎ１５ᶄ２０１７年６月２０日－２４日４７白纹伊蚊㊁埃及伊蚊５０表３㊀选取埃及伊蚊实验样本信息表T a b．３㊀S a m p l i n g i n f o r m a t i o n f o r A e．a e g y p t iC o l l e c t i o n r e g i o t C o l l e c t i o ns i t e C o d e S a m p l e st h e c o n t a i n e r sV a s e t y r e b u c k e t D i s c a r d e db o t t l e s O t h e r c o n t a i n e r s西双版纳州景洪J H２９５５１０３６西双版纳州勐腊M L３０１９８３９西双版纳州勐海MH３００７７８８德宏州瑞丽R L３０８７５６４临沧市耿马GM３０７８６４５合计１４９２１３６３６２４３２２．２㊀毛细管电泳扩增的结果㊀样本D N A提取经超微量核酸提取仪检测后浓度在１６．５１~７７．８８n g/μL,经过毛细管电泳扩增以后共得到１７５０个有效片段用于埃及伊蚊的遗传特征分析,其中A G７㊁A C４㊁A C２引物扩增效果最理想,全部扩增出有效片段;A C１引物扩增效果最差.扩增产物大小为９１~１９７b p之间.用G e n e M a k e r(v e r s i o n２．２０)对原始数据进行分析处理,检测数据和结果较多,分别选取２个位点的２个样本的系列图峰作为示例描述.图１分别是样本MH０６６位点A G１上的杂合子㊁样本R LＧC Q２３位点A C４上的纯合子.２．３㊀微卫星遗传多样性㊀C T２位点未扩增出目的片段,其余１２对微卫星标记对５个不同地理位置:景洪㊁勐腊㊁勐海㊁瑞丽㊁耿马的埃及伊蚊自然种群进行扩增,共检测到２１６个等位基因,每个位点的等位基因个数为１０~３１个,所有位点的平均等位基因数为１８,有效等位基因为４．６５３个.其中,位点A G７和A G２的等位基因为３１个,等位基因数量最多;位(MH０６６A G１为杂合子,大小为１０７和１１４;R L C Q２３A C４为纯合子,大小为１１５和１１５)图１㊀毛细管电泳荧光检测M H０６６A G１,R L C Q２３A C４微卫星标记F i g．１㊀M i c r o s a t e l l i t e f l u o r e s c e n c e d e t e c t i o n o fM H０６６A G１a n dR L C Q２３A C４b yc a p i l l a r y e l e c t r o p h o r e s i s点A G３的等位基因为１０个,数量最少.观测杂合度为０．５４８~０．９１０之间,平均值为０．７１１;期望杂合度为０．６２３~０．８２７,平均值为０．７２８.１２个多态位９７１２期郑宇婷,等:利用s s r标记浅析云南登革热重点地区埃及伊蚊种群遗传特征点的多态信息含量范围为０．６１５~０．８８１,平均P I C 为０．７７８.其中A G１位点标记P I C指数最高为０ ８８１,A C１位点的标记P I C指数最低为０．６１５(表４).从种群角度分析,平均每个种群的等位基因数在７．７５０~１０．５８３之间,等位基因数最多的是耿马,最少的是勐腊(表５).５个自然种群平均观测杂合度分布范围是０．６６１(J H)~０．７４１(M L),平均期望杂合度的分布范围在０．６２９(M L)~０．７７４(R L)之间.P I C指数最高是R L种群(０．７５０),最低是M L 种群(０．５８８)(表５).２．４㊀遗传分化系数及基因流㊀１２个微卫星位点的群体内近交系数(F i s)有８个位点的杂合子过剩(F i s ＞０),４个位点的杂合子缺失(F i s＜０),F i s范围在０ ２２０~０．２０７之间,平均值为０．０２８,A C１和A G２位点的F i s和F i t值最高,分别为０．２０７㊁０．１３７和０ ２６０㊁０．２６７.说明这２个位点群体内近交程度较其他位点高(表６).表４㊀１２个微卫星位点的总遗传参数T a b．４㊀T o t a l g e n e t i c p a r a m e t e r s o f１２m i c r o s a t e l i t e l o c i l o c i N a N e H o H e P I C A G３１０３．２７８０．５７６０．６４９０．６５３A G７３１５．１２６０．７５７０．７９２０．８２４A G５１３３．１２００．５９３０．６５１０．６８３A C５１９５．５９７０．９０９０．８０４０．８８０A G１１６６．９０５０．７７００．８２７０．８８１A G４１６３．４２２０．７３３０．６８００．７５０A C４１２２．８０７０．５５２０．６２３０．７３１A T１１７４．１５８０．９０２０．７４１０．７８１A G２３１６．３９１０．６０７０．７０４０．８１４A C１１２３．４１８０．５４８０．６９００．６１５A C２２２７．１２７０．９１００．８０９０．８６２A C７１７４．４８７０．６６８０．７６００．８６２M e a n１８４．６５３０．７１１０．７２８０．７７８表５㊀云南省５个埃及伊蚊自然种群１２个微卫星位点的遗传特征数值T a b．５㊀N u m b e r o f g e n e t i c c h a r a c t e r i s t i c s o f１２m i c r o s a t e l l i t e l o c i i n f i v e A e．a e g p y t i p o p u l a t i o n sP o p u l a t i o n p a r a m e t e r A G３A G７A G５A C５A G１A G４A C４A T１A G２A C１A C２A C７M e a n J H N a６１４５１０１３４５６１４７７１１８．５００N e３．４８５６．４５３１．８８６５．４２６１１．２１５３．６４４２．５３０２．５１８７．２９３３．４０７３．１８７４．１２２４．５９７H o０．６１５０．７８６０．４４４０．７８６０．８１５０．８０００．４３００．８５２０．６４３０．４４４０．７８６０．５３８０．６６１H e０．７１３０．８４５０．４７００．８１６０．９１１０．７２６０．６１００．６０３０．８６３０．７０６０．６８６０．７５７０．７２５P I C０．６７２０．８２８０．４３５０．７９３０．９０４０．６７４０．５６００．５３９０．８５００．６６００．６４５０．７３７０．６９１R L N a８１２６１３１１８８６２１９９１４１０．４１７N e４．９１５４．８２６２．９８８８．３６８６．４５２２．６２０４．２４３．７２９１１．８８４．３３３２．９８５６．３８３５．３０９H o０．５０００．８０００．５８６０．８２８０．７６７０．６６７０．６０００．８９７０．８９３０．３８５０．８０００．６６７０．６９９H e０．７９７０．７９３０．６６５０．８８００．８４５０．６１８０．７６００．７３２０．９１６０．７６９０．６６５０．８４３０．７７４P I C０．７６８０．７７３０．６２７０．８６９０．８２７０．５９００．７３００．６８５０．９１００．７４４０．６２７０．８２８０．７５０MH N a８１３８１０１２８７９１０６１７９９．７５０N e３．３９６３．７５４．５５７４．２８６８．４９１５．１８７２．２５５．１４３２．５５４．１３８１０．００３．５０９４．７７１H o０．７０００．５６７０．６３３１．００００．９０００．７６７０．４３００．９０００．５６７０．６３３１．００００．５６７０．７２２H e０．７０６０．７３３０．７８１０．７６７０．８８２０．８０７０．５６００．８０６０．６０８０．７５８０．９０００．７１５０．７５１P I C０．６６９０．７１７０．７５３０．７３７０．８７１０．７８１０．５２００．７７８０．５８４０．７１６０．８９２０．６７３０．７２４GM N a８１０９１４９１１９１２１４６１５１０１０．５８３N e３．０３５３．７５８３．４７５６．４０６５．１１４３．４９５２．８２０５．４７９８．９１１２．２４６９．６２６５．４０５４．９８０H o０．６６７０．７６７０．６３３０．９３３０．７０００．７３３０．５７００．８６２０．７３３０．４１４０．９６７０．７６７０．７２９H e０．６７１０．７３４０．７１２０．８４４０．８０４０．７１４０．６５００．８１７０．８８８０．５５５０．８９６０．８１５０．７５８P I C０．６２４０．７１１０．６８５０．８２５０．７８１０．６６９０．６０００．７９７０．８７８０．５２３０．８８７０．７９３０．７３１M L N a５１４４８９５５１０７３１６７７．７５０N e１．５５７６．８４４２．６９５３．５０２３．２５５２．１６１２．２３．９２１１．３２５２．９６６９．８３６３．０１５３．６０６H o０．４０００．８６７０．６６７１．００００．６６７０．７０００．７３０１．００００．２０００．８６２１．００００．８０００．７４１H e０．３５８０．８５４０．６２９０．７１４０．６９３０．５３７０．５５０．７４５０．２４５０．６６３０．８９８０．６６８０．６２９P I C０．３２３０．８３８０．５７６０．６６９０．６６３０．４６２０．４７００．７１７０．２３９０．５８９０．８９００．６２００．５８８０８１中国人兽共患病学报２０２１,３７(２)㊀㊀按照B a l l o u x等[１７]的遗传分化的标准(低:０．１５~０．２５,中:０．０５~０．１５,高:０~０．０５),本研究群体间近交系数(F s t)平均值为０．０７８,为中度遗传分化.云南５个埃及伊蚊群体N m均值为３．３２１,A G５位点上的基因流最大(５．２１０),A G２位点上的基因流最小(１．４１４).所有位点的基因流均大于１(表６).表６㊀云南５个埃及伊蚊种群１２个微卫星位点上的遗传分化系数和基因流的情况T a b．６㊀N u m b e r o f F i s,F s t a n dN m o f１２m i c r o s a t e l l i t e si n f i v e A e．a e g p y t i p o p u l a t i o n sL o c u s F i s F s t N mA G３０．１１１０．０６０３．８９６A G７０．０４４０．０５２４．５２９A G５０．０９００．０４６５．２１０A C５－０．１３００．０８７２．６２１A G１０．０６９０．０８０２．８７３A G４－０．０８００．０６０３．８８６A C４０．１１３０．０８９２．５４４A T１－０．２２００．０５４４．３９５A G２０．１３７０．１５０１．４１４A C１０．２０７０．０６８３．４３７A C２－０．１３００．０７３３．１９５A C７０．１２１０．１１９１．８５３M e a n０．０２８０．０７８３．３２１应用G e n A L E x软件中的M a n t e lT e s t检验埃及伊蚊种群间遗传分化和地理距离的相关性,地理距离(表７)由采样点经纬度计算得出,未发现相关性(y＝４E－０７x＋０．２５１１,R２＝０．２６３５,P＝０ １００).表７㊀云南５个埃及伊蚊自然种群间地理距离(对角线之上)与遗传分化(对角线之下)矩阵表T a b．７㊀G e o g r a p h i c a l d i s t a n c e(a b o v e d i a g o n a l)a n dp o p u l a t i o n p a i r w i s eF s t s(b e l o wd i a g o n a l)m a t r i x t a b l e i n f i v e A e．a e g p y t i p o p u l a t i o n sP o p u l a t i o n J H R L MH GM M LJ H－３７５８０８．５８８３０４１６．１８９２２３８３９．９６２９８３２７．５８０R L０．０６３－３５５８９５．２６２１６８０５０．５４５４７４１２４．８７３MH０．０７３０．０８９－２１１０４６．３７７１２１３３３．８５２GM０．０９００．０６４０．０５７－３１９７７１．８４５M L０．１２６０．１４８０．０５８０．０９１－２．５㊀云南５个自然种群间遗传相似性指数和遗传距离㊀N e i s标准遗传距离在０．１６２~０．５２７之间,对应的遗传相似度在０．５９０~０．８５０之间(表８).表８㊀５个埃及伊蚊种群N e i s标准遗传距离(对角线之下)与遗传相似系数(对角线之上)T a b．８㊀N e i s s t a n d a r d g e n e t i c d i s t a n c e(b e l o wd i a g o n a l)a n d g e n e t i c s i m i l a r i t y c o e f f i c i e n c y(ab o v e d i a g o n a l)a m o n g f i v e A e．a e g p y t i p o p u l a t i o n sP o p u l a t i o n J H R L MH GM M LJ H－０．７５９０．７４００．６７７０．６７５R L０．２７５－０．６４２０．７３２０．５９０MH０．３０１０．４４３－０．７７１０．８５０GM０．３９１０．３１１０．２６０－０．７５４M L０．３９３０．５２７０．１６２０．２８２－勐腊与勐海群体的遗传相似度最高为０．８５０,遗传距离为０．１６２;勐腊与瑞丽群体的遗传相似度最低为０．５９０,遗传距离为０．５２７.３㊀讨㊀论５个埃及伊蚊自然种群的遗传多样性㊁生物多样性研究中遗传多样性的研究尤为重要,等位基因数㊁观测杂合度㊁期望杂合度和多态信息量等参数用于反映遗传多样性水平的重要指标,其值越大,说明基因丰富度越高㊁生物对环境的适应能力越强[１８].本研究利用１２对微卫星分子标记对５个埃及伊蚊自然种群进行遗传多样性分析,１２个位点平均H o为０．７１１,平均H e为０．７２８,平均P I C为０．７７８,平均每个种群的等位基因数在７．７５~１０．５８３之间,表明各种群遗传多样性较高,与石清明㊁刘蓬勃等的研究结果项目一致[１９Ｇ２０].景洪㊁瑞丽㊁勐海㊁耿马㊁勐腊的平均H o分别为０．６６１㊁０．６９９㊁０．７２２㊁０．７２９㊁０ ７４１;平均H e分别为０．７２５㊁０．７７４㊁０．７５１㊁０．７５８㊁０ ６２９;平均P I C分别为０．６９１㊁０．７５０㊁０．７２４㊁０．７３１㊁０．５８８,杂合度代表基因多样度,在不考虑样本数量影响的情况下,反应群体在多个基因位点的遗传变异程度.本研究中景洪㊁瑞丽㊁耿马㊁勐海种群平均期望杂合度高于平均观测杂合度,意味着种群内可能存在近交;勐腊种群平均观测杂合度高于平均期望杂合度,意味着种群可能有大量外来个体的补充,或者可能经历了瓶颈效应或奠基者效应[１９].参照B o t s t e i n等提出的衡量基因变异程度高低的P I C指标,本研究５个种群P I C都大于０．５(平均为１８１２期郑宇婷,等:利用s s r标记浅析云南登革热重点地区埃及伊蚊种群遗传特征０ ６９７),为高度多态.５个群体中瑞丽的P I C最高,表明呈现高度多态.５个埃及伊蚊自然种群的遗传和亲缘关系群体内近交系数,其值越接近０,基因的分布越接近平衡,值为负时提示杂合子缺失,值为正时存在杂合子过剩[２１].基因在群体中的流动称为基因流,N m越大说明群体越均匀[２２],大于１则能够抑制群体间的分化[２３].各种群的近交系数中勐腊F i s值为负,表示与其他种群近交程度很低,其他４个种群为正,说明这些种群中存在着不同程度的近交.５个自然种群的样本成对固定指数F s t均在０．０５７~０．１４８之间,表示种群间中度分化.基因流N m越大,群体间的相似性越大.５个自然种群１２个微卫星位点的平均N m为３．３２１,种群基因流较高,暗示５个群体间遗传交流水平高,能够抵制遗传漂变作用和防止种群分化的发生.与刘蓬勃[２０]㊁石清明等[１９]的研究结果一致.遗传距离和相似度都是用来分析群体之间的亲缘关系,５个群体之间勐腊和瑞丽的N e i s遗传距离最大,遗传相似度最低,表明这２个群体的亲缘关系最远;勐腊和勐海的N e i s遗传距离最小,遗传相似度最高,说明这２个群体的亲缘关系最近.经计算５个自然种群的地理距离和遗传分化之间无显著相关性.本研究采用微卫星标记技术对云南省５个埃及伊蚊自然种群进行遗传多样性分析,多样性指标P I C为０．５８８~０．７５０,呈现高度多态性,近交系数为０．０２８;遗传分化系数为０．０７８,基因流均值为３．３２１,表明群体间遗传交流水平高,存在一定程度的遗传分化.５个群体间的遗传距离为０．１６２~０．５２７之间,勐腊和勐海群体遗传距离最小,亲缘关系最近,勐腊和瑞丽的群体遗传距离最远,亲缘关系最远.景洪㊁瑞丽㊁勐海㊁耿马的埃及伊蚊种群存在着不同程度的近交,勐腊的埃及伊蚊种群可能经历过瓶颈效应或者有大量外来个体补充,还需要进一步确定.利益冲突:无引用本文格式:郑宇婷,姜进勇,周红宁,等．利用s s r标记浅析云南登革热重点地区埃及伊蚊种群遗传特征[J]．中国人兽共患病学报,２０２１,３７(２):１７６Ｇ１８２．D O I:１０．３９６９/j．i s s n．１００２Ｇ２６９４．２０２１．００．０１４参考文献:[１]L a m b r e c h t sL,S c o t tTW,G u b l e rD J,e ta l．C o n s e q u e n c e so f t h e e x p a n d i n g g l o b a l d i s t r i b u t i o no fA e d e s a l b o p i c t u s f o r d e n g u e v i r u s t r a n s m i s s i o n[J]．P L o S N e g lT r o p D i s,２０１０,４(５):e６４６．D O I:１０．１３７１/j o u r n a l．p n t 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利用AFLP标记分析云南红花优异种质资源的遗传多样性胡尊红; 王沛琦; 杨谨; 胡学礼; 刘旭云【期刊名称】《《山西农业科学》》【年(卷),期】2019(047)010【总页数】6页(P1756-1761)【关键词】红花; AFLP标记; 遗传分化; 遗传多样性; 育种【作者】胡尊红; 王沛琦; 杨谨; 胡学礼; 刘旭云【作者单位】云南省农业科学院经济作物研究所云南昆明650205【正文语种】中文【中图分类】S567.2红花（Carthamus tinctorius L.）为菊科红花属的一年生双子叶草本植物，别名草红花、菊红花等，是一种花、油两用以及栽培历史悠久的经济作物[1]。
红花花瓣作为提取天然黄、红花色素的原料和中药材使用。
常见的红花为不带子房的管状干燥花，味辛、性温[2]。
红花的主要药用活性成分为羟基红花黄色素A （Hydroxysafflor yellow A，HSYA），具有活血化瘀，通经止痛之功效，常用来治疗血脉闭塞、心绞痛和冠心病等疾病[3-4]。
红花种子可以榨油，富含不饱和脂肪酸，多为高档烹饪食用油。
红花起源于大西洋东部、非洲西北部及地中海沿岸[5]。
我国红花栽培历史悠久，主要分布西北、中原及西南地区，其中，新疆种植面积最大，其已成为西北地区春播和西南地区秋播的优势作物[6]。
从20 世纪90年起，云南省农业科学院经济作物研究所就从事红花种质资源收集、评价和利用等工作，选育云红一号、云红二号和云红三号等云红花系列新品种，也称滇红花，在全国范围内种植面积广泛，产量高、品质好，受全国各地农户青睐[7]。
目前，红花的研究主要集中在红花化学成分[8-9]、药理作用[10-12]及种质资源评价[13-14]、新品种选育[15-16]等方面。
虽然云南红花种质资源在相关文献已有报道[17-19]，但多集中在农艺性状上的表型差异。
少数、零星云南红花种质也通过SRAP、SSR 和AFLP 标记进行了遗传多样性评价，但云南地形错综复杂，气候类型迥异，形成云南独特的红花种质，其分布广泛、表型多样，类型丰富[20]。
贵州荞麦重要种质的遗传多样性分析及分子身份证构建冷宇鑫;闵义;付阳云;周奎;何颖;文晓鹏【期刊名称】《华中农业大学学报》【年(卷),期】2024(43)3【摘要】为精准鉴定贵州荞麦种质资源,采用SSR分子标记对60份荞麦种质进行遗传多样性分析,构建DNA分子身份证数据库。
结果显示,从100对SSR引物中筛选出16对稳定性好、多态性丰富的引物,在60份供试种质中共扩增出174个多态性条带;Shannon’s信息指数、Nei’s多样性指数、多态信息指数均值分别为0.337、0.206、0.693,引物的多态性较好,能有效揭示60份荞麦种质的遗传多样性;在Dice遗传相似系数为0.374时,所有供试材料可聚为A、B、C三组;当Dice遗传相似系数为0.484时,将苦荞组(A组)更细分为A1、A2两个小组。
采用毛细管电泳及8%的聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳对SSR标记扩增产物进行双验证,2种方法的聚类结果一致。
结果表明,本研究开发的高效性SSR分子标记能够有效地鉴定贵州荞麦重要种质的遗传多样性且用于构建分子身份证。
【总页数】10页(P148-157)【作者】冷宇鑫;闵义;付阳云;周奎;何颖;文晓鹏【作者单位】贵州大学生命科学学院/农业生物工程研究院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室【正文语种】中文【中图分类】S517.102.4【相关文献】1.广东省大豆种质资源遗传多样性分析及DNA分子身份证构建2.部分苹果属种质遗传多样性分析及分子身份证构建3.基于SSR标记的广东黄皮种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建4.基于SSR荧光标记的杧果种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建5.葛根种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
菜豆EST-SSR分子标记开发及部分种质分子身份证构建付阳云;文晓鹏【期刊名称】《西南大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2024(46)6【摘要】为开发菜豆高效新型分子标记,从分子水平解析菜豆重要种质的遗传多样性及亲缘关系,基于菜豆转录组数据,设计EST-SSR引物,建立EST-SSR标记系统.利用PCR筛选出多态性引物,结合毛细管电泳,分析81份菜豆种质的亲缘关系,并构建分子身份证.通过MISA软件,在菜豆转录组数据85276条非冗余序列中,共挖掘出11649个EST-SSR位点.菜豆转录组SSR标记主要重复单元为1~3个碱基,其中单碱基为主要类型,占总量的56.7%;其次是三碱基重复,占总量的21.1%.从128对EST-SSR引物中筛选出18对多态性高、重复性好的引物进行PCR扩增.供试种质的多态性信息量(PIC)为0.50~0.95,平均为0.88;遗传相似性系数为0.15~0.65,以0.35为阈值可将81份种质分为3大类,其中贵州种质主要分布于第Ⅰ,Ⅲ类,而省外品种仅分布在第Ⅱ类.利用核心引物TDc9和TDc66可以有效区分81份菜豆种质,并构建其分子身份证.研究开发的EST-SSR标记系统,可用于菜豆种质的鉴定及亲缘关系分析.【总页数】11页(P63-73)【作者】付阳云;文晓鹏【作者单位】贵州大学农业生物工程研究院/山地植物资源保护与种质创新教育部重点实验室【正文语种】中文【中图分类】S643.1【相关文献】1.应用SRAP分子标记构建红麻种质资源分子身份证2.用EST-SSR分子标记技术构建大白菜核心种质及其指纹图谱库3.基于SSR分子标记的核桃种质资源分子身份证构建4.基于SSR标记的广东黄皮种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建5.基于SSR荧光标记的杧果种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
核农学报2015，29（2）：0260 0269Journal of Nuclear Agricultural Sciences收稿日期：2014-03-04接受日期：2014-09-20基金项目：国家自然科学基金资助项目（31301372），浙江省重大科技专项计划项目（2011C12030），青海省海西州科技项目（2012-Y01）作者简介：陆敏佳，女，主要从事分子生物技术研究。
E-mail ：1035660826@qq．com 通讯作者：蒋玉蓉，女，讲师，主要从事植物分子育种和种质创新研究，E-mail ：yurongjiang746@126．com 文章编号：1000-8551（2015）02-0260-10利用SSＲ标记分析藜麦品种的遗传多样性陆敏佳1蒋玉蓉1陆国权1陈国林1毛前2（1浙江农林大学农业与食品科学学院，浙江临安311300；2浙江水利水电学院水利工程系，浙江杭州310018）摘要：为了解藜麦种质资源的多样性，本研究利用SSＲ引物对所搜集的41个藜麦种质的多态性及其亲缘关系进行了分析。
结果表明，从54对SSＲ引物中筛选出了16对能明显扩增出稳定的多态性条带的引物，共检测出139个等位基因条带，每一对引物的等位基因个数为3 13，平均为8.7；16对引物的多态信息含量（PIC ）变幅为0.208 0.432，平均为0.366。
UPGMA 聚类分析显示，41份材料的遗传相似系数（GS ）在0.374 0.906之间，平均相似系数为0.626。
在阀值（GS ）约为0.665时，41份材料可分为4大类。
其中614929与B．B．Quinoa 浙Ⅰ间的遗传相似系数最小，为0.374，表明来源于不同地区的遗传距离较远，遗传基础较广泛。
藜麦品种资源间的亲缘关系的揭示为藜麦资源保存和新品种选育提供了理论依据。
关键词：藜麦；种质资源；SSＲ分子标记；遗传多样性DOI ：10.11869/j．issn．100-8551.2015.02．0260藜麦（Chenopodium quinoa Willd ），又称南美藜、藜谷、奎奴亚藜等，是一年生的藜科草本作物，在安第斯山脉种植已有5000多年的历史，被印加人称为“谷物之母”和“安第斯山的真金”［1－2］。
利用SRAP标记研究四川高原青稞育成品种的遗传多样性杨平;刘仙俊;刘新春;李俊;王希文;何守朴;李刚;杨武云;冯宗云【期刊名称】《遗传》【年(卷),期】2008(30)1【摘要】利用SRAP(Sequence-related Amplified Polymorphism)分子标记技术,对25份来自四川高原的青稞育成品种进行了遗传多样性研究.结果表明:64对引物组合共检测出999条清晰条带,62对可以获得多态性条带,多态性引物组合占96.9%,共产生225条多态性条带,占总条带数的22.5%.64对引物组合共扩增出333种等位变异,平均每个引物组合检测到5.20种等位变异.遗传多样性在0(me9/em14,me9/em15)～0.8928(me6/em18)之间,平均为0.5126.聚类分析结果表明,25份材料可分成A、B、C 3大类,材料聚类与其来源地有明显的相关性.25份材料间的平均遗传距离较小(0.3240),平均遗传多样性较低(0.5126),遗传基础较为狭窄.【总页数】8页(P115-122)【作者】杨平;刘仙俊;刘新春;李俊;王希文;何守朴;李刚;杨武云;冯宗云【作者单位】四川农业大学农学院,西南作物基因资源与遗传改良教育部重点实验室,雅安,625014;四川省农业科学院作物研究所,成都,610066;四川农业大学农学院,西南作物基因资源与遗传改良教育部重点实验室,雅安,625014;四川农业大学农学院,西南作物基因资源与遗传改良教育部重点实验室,雅安,625014;四川省农业科学院作物研究所,成都,610066;四川农业大学农学院,西南作物基因资源与遗传改良教育部重点实验室,雅安,625014;四川农业大学农学院,西南作物基因资源与遗传改良教育部重点实验室,雅安,625014;四川农业大学农学院,西南作物基因资源与遗传改良教育部重点实验室,雅安,625014;四川省农业科学院作物研究所,成都,610066;四川农业大学农学院,西南作物基因资源与遗传改良教育部重点实验室,雅安,625014【正文语种】中文【中图分类】S5【相关文献】1.利用SRAP标记分析海南旱稻地方品种的遗传多样性及其分子身份证的构建 [J], 姚宇飞;王英;庄南生;高和琼2.西藏青稞育成品种醇溶蛋白的遗传多样性分析 [J], 闫敏3.川藏高原地区青稞育成品种醇溶蛋白遗传多样性的比较分析 [J], 周洪金;刘新春;刘仙俊;王希文;何守朴;李刚;闫敏;贺刚德;冯宗云4.利用SRAP标记分析河南小麦栽培品种的遗传多样性 [J], 王凤涛;蔺瑞明;欧阳宏雨;徐世昌5.青藏高原青稞品种醇溶蛋白的遗传多样性 [J], 刘新春;苟琳;杨平;刘仙俊;王希文;何守朴;李刚;冯宗云因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
西南区野生马蹄金居群遗传多样性研究草业科学：王昆蕾指导教师：干友民副教授马蹄金是目前运用较广泛的草坪植物，在我国西南地区有丰富的野生资源，极具开发利用价值。
试验初步研究了西南区收集到的23份野生马蹄金种质材料的遗传结构及其差异，从种群生态、形态学水平、生理特性、DNA水平揭示其遗传多样性，并以美国进口品种普通马蹄金（Dichondra）为对照从外部形态及抗性方面与野生材料进行比较研究，为进一步筛选马蹄金新品种选育和开发利用奠定基础。
研究结果表明：（1）在本研究区域内，野生马蹄金分布于海拔300～1970m间；采集地年均温在14℃～18.1℃，年均相对湿度63%～81%，气候多属于亚热带湿润季风气候。
对土壤要求不严，在黄壤、黄红壤、红壤、砖红壤、紫色土等多种土壤类型中都有分布。
其分布特征以片状分布为主，在群落中很少以伴生种出现。
群落生境可以分为：河滩草地型（田坎、沟边）；山地丘陵型（公路边和山坡）；林地型（树林下）。
野生马蹄金材料在10个形态指标上出现较大变异，其中叶长、叶宽、草层高度、叶柄长、分枝数、主茎长以及叶片、匍匐茎颜色的变异都达到20%以上。
相关分析表明，随着海拔的增加，马蹄金叶片面积相应增大、叶柄增粗、叶片厚度变小；聚类分析表明，可将23份野生材料分为4个类群，分别是大叶高丛型、大叶矮丛型、小叶矮丛型、小叶短茎型。
（2）对野生马蹄金材料抗病性研究表明，各材料间抗病性差异明显。
其中发病率变幅为0.35%～29.84%，变异系数1.534；病斑数变幅0.77～67.1，变异系数为1.615。
根据材料的发病情况和严重程度可将野生材料分为3个等级。
其中SD200512感病最为严重，其受害程度远远大于其他材料，为高感材料；SD200407为抗病材料，其余材料感病程度界于二者间。
（3）对马蹄金抗寒性的观察表明，不同材料越冬率、枯黄期和返青时间有差异，其中四川纳溪SD200310、大邑SD200406、重庆璧山SD200511、云南先锋YD200502、贵州打羊GD200501等地材料具有较好的抗寒性。
