微生物生物信息学培训
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微生物生物信息学培训
时间:一周
主要内容:
微生物基因组分析
第一块基因组NCBI提交及注释(新版)
1,Contig序列处理及提交程序
2,基因组图绘制(草图)
第二块常规linux操作命令及注意事项
1,Blast 本地化操作(基因组分析基本项,广泛应用)
2,Linux软件安装(命令操作,远远复杂于windows的双击安装)
3,Bio-linux 集成软件使用(该系统由牛津大学环境资源系开发,已经预安装了超过500多种常规生物信息学软件)
4,经典基因组比较软件介绍及使用
第三块细菌基因组分析常规分析项:
1,基因组进化树:
利用核心蛋白质做进化树(最常见)
利用SNP做进化树
利用元基因组做进化树(基因的有和无)
2,蛋白质内容分析
Pan/core-genome (基因组分析重点,用于基因组多样性,亲缘关系)
Specific-gene (菌株独特基因,重点关注)
3,蛋白质功能分析
COG分类(可以比较不同基因组的蛋白质功能类别)
GO分析(同上)
KEGG
第四块基因组特征比较分析
1, 移动元件分析(可能携带重要特征基因如抗性,致病性,特异代谢基因簇)
Insertion sequence (IS)
Prophage
Genome island
2, 免疫元件分析(CRISPR)
3,基因组结构分析(共线性分析)
检测可能的水平基因转移(重点)
从基因组共线性角度研究菌株与菌株之间的亲缘关系
4,基因组核苷酸多态性分析(SNP)(用于基因组多样性,遗传距离等进化分析)
第五块:细菌基因组分析文章案例:
1,The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp.
SE50/110.BMC Genomics 2012; 13:112.
2,Genomic characterization of the Yersinia genus. Genome Biology 2010,
4;11(1)
3,Genomic Characterization of the Taylorella Genus. PLoS ONE 2012; 7(1):
e29953.
4,Comparative genomics of plant-associated Pseudomonas spp.: insights into diversity and inheritance of traits involved in multitrophic interactions PLoS Genet. 2012;8(7):e1002784.
5,Genome sequence analyses of P seudomonas savastanoi pv. glycinea and subtractive hybridization-based comparative genomics with nine
pseudomonads.PLoS One. 2011;6(1):e16451.
备注:认真听讲;积极提问;交流实验设计和论文组织的思路。