pubmed数据库简介-张玲

基本检索
自动词语匹配检索 著者检索 期刊检索 截词检索 词组检索
布尔逻辑检索
基本检索
截词检索： 可通过在词干后加“*”检索以 该词干开头的所有词的文献。
需要注意的是：截词检索将关闭PubMed的 自动单词匹配功能以及Mesh主题词的扩展检索功 能 。如：输入heart attack*，不会启动自动匹配 功能检索与之匹配的Mesh主题词“Myocardial Infarction”及其下位更专指的主题词的相关文献。
高级检索
PUBMED的Advanced Search页面整合了 多种对检索有用的辅助功能，可实现如下操作：
• Searching by a specific field • Browsing the index of terms • Combining searches using history • Displaying the search details
nature
Searching by a specific field
高级检索
PUBMED的Advanced Search页面整合了 多种对检索有用的辅助功能，可实现如下操作：
• Searching by a specific field • Browsing the index of terms • Combining searches using history • Displaying the search details
基本检索
自动词语匹配检索 著者检索 期刊检索 截词检索 词组检索
布尔逻辑检索
基本检索
以作者姓全称加名首字缩写的格式输入姓名， PubMed通过自动匹配自动在作者字段进行检索。
可通过在姓名前后加双引号并加作者字段标识 [au] 关闭该功能，如：“Smith J”[au]

介绍如何快速掌握使用PubMed。 Full Text Articles：
大部分为英语语种的文献，其中我国大陆期刊80多
种。
二、MedLine数据库使用形式
MedLine CD-ROM 由出版商将数据库制成了光盘，然后邮寄给用户 。 不同出版商的数据库检索界面略有不同，我国主要 引进Ovid（原Silver Platter)公司产品。检索界面与 CBMdisc类似。
PubMed的主体部分，记录末尾标有[PubMed-indexed for MedLine]。 （2）PreMedline
临时性的医学数据库，收录最新出版的文献，缩短文献报 道时差。PreMedline中的记录每天有进有出，新进的记录标有 [PubMed-in process]，标引好主题词和文献类型等字段的记录 转入Medline。
检索区 主要功能区 辅助功能区
二、PubMed主页简介
1.检索区 位于主页上方，通过点击数据库栏列表中PubMed旁
边的下拉菜单，根据实际检索需要可以更改数据库（主 要用来检索的数据库有：all database、PubMed、 Protein、Nucleotide、GSS、EST、Structure、Genome 等），高级检索（Advanced ），点击Help可查看检索帮 助，在检索式输入框中输入检索式，点击“Search”按 钮，可执行检索操作。
PMID(PubMed Unique Identifier)号,用PMID号可快 速检索到该ID号对应的文献。
提纲
一．PubMed概述 二．PubMed主页简介 三．PubMed检索规则 四．PubMed的检索途径和方法 五．PubMed的检索结果处理
二、PubMed主页简介
PubMed主页面分为3部分 1. 检索区 2. 主要功能区 3. 辅助功能区

PubMed简介——是什么？

PubMed数据范围
MEDLINE



4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理 、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等 学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国 家和地区。 文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年 。 记录中用[PubMed-indexed for MEDLINE]标记 表示
[注] 截止2006年3月15日PubMed公布的数据
PubMed简介——是什么？
PubMed数据范围

OldMedline


1950-1965年间发表的200多万篇文献 没有MeSH字段和摘要 记录中用[PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966] 标记表示。
PubMed简介——是什么？
文摘型数据库PubMed 检索方法与技巧
翁蕾鸣 北京大学医学图书馆信息咨询部
主要内容
PubMed简介——是什么？ PubMed特色服务——能干什么？ PubMed检索方法——怎么用？ 其他辅助功能
PubMed简介——是什么？



创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国 生物技术信息中心(NCBI) 1996年1月开始向全球开放 特色：免费、收录广、内容全、检索途径多、 检索体系完备、 文摘库，部分文献还可在网 上直接免费获得全文。
PubMed简介——是什么？

NCBI (National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心) 目前国际上几个重要分子生物信息网站之一 成立的原因:已故的参议院议员Claude Pepper发现 计算信息处理方法对生物医学研究的重要性 1988年11月4日成立 是National Institutes of Health（NIH 美国国立卫 生研究院）底下的National Library of Medicine（ NLM 美国国立医学图书馆）的部门之一 NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。

New England journal of medicine 转换为
“N Engl J Med”[Journal]
2.词汇自动转换
3. Phrase List
该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文 词汇书写形式的统一医学语言系统（UMLS: Unified Medical Language System）和补充概 念（物质）名称表[Supplementary Concept (Substance) Name]。 如果PubMed 系统在MeSH词表和刊名转换表中未发 现与检索词相匹配的词，就会查找该短语表。
三、检索方法与技巧
基本检索 - Basic Search 高级检索 - Advanced Search 主题检索 - MeSH Database 检索结果过滤—Choose additional filter
（二）高级检索 界面
生成检索表达式 显示区域 检索表达式 生成器
检索历史
三、检索方法与技巧
基本检索 - Basic Search 高级检索 - Advanced Search 主题检索 - MeSH Database 检索结果过滤—Choose additional filter
(三)主题检索
(三)主题检索
问题：PubMed本身具有自动智能功能为什么 还需要单独用MeSH进行检索呢？
对话框中的AND OR NOT in builder是直接 选择逻辑关系进行组配
高级检索——检索历史
高级检索——检索历史
显示检索结果
高级检索——检索历史
Show search details
高级检索——检索历史
功能：将检索表达式保存到my ncbi 中，需要注册MY NCBI，并登录

（2）选择检索途径，选择主题途径或自由词途径。
#1 Transforming Growth Factor bet
#2 Receptors，Transforming Growth Factor beta
#3 Colorectal Neoplasms
#4 Signal Transduction （3）综合检索式 （#1 OR #2）AND #3
图30 Pubmed数据库FREE fulltext PDF格式界面（9）
图31 Pubmed数据库检索史逻辑组配界面（1）
图32 Pubmed数据库检索结果显示界面（2）
图33 Pubmed数据库检索史逻辑组配界面（3）
图34 PubmBiblioteka d数据库检索结果显示界面（4）图35 Pubmed数据库Limits检索界面（1）
PubMed数据库
一、概述
PubMed是由美国国立医学图书馆(NLM)的下属 的美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）建 立 的 生 物 医 学 文 献 检 索 系 统 ， 于 1997 年 5 月 在 Internet 上 向 用 户 提 供 的 免 费 检 索 服 务 ， 网 址 是 /pubmed 。 该系统具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索 体系完备等特点，并与多家生物医学期刊出版商联合， 通过链接可获取全文或部分全文。PubMed的主界 面见图1。
文链接
五、PubMed数据库检索实例分析
例1．检索有关“转化生长因子β信号传导抵抗在结直肠 癌的作用”这一课题研究方面的国外文献。
检索要求： （1）查找近3年的文献，语种为英文。 （2）期刊检索：从检索结果中选中的期刊，进一步了解

PubMed-外文文摘型医学文献数据库
天津医科大学图书馆 2019.9
一、引言
PubMed主页
一、引言
本章内容提要
PubMed概述 登录方式 检索方法与技巧 检索结果处理 个性化服务（My NCBI）
1.简介
二、PubMed概述
PubMed是生物医学领域最重要、最权威、完全免 费的文摘数据库，是检索全世界生物医学期刊论文 的重要工具。
其他检索 : 主题词检索、期刊检索、本检索(Basic Search)
在基本检索输入框中，可以输入任何具有实质性意义的词语， 比如：自由词、主题词、人名或者刊名，系统都会智能化地同 系统中词表的进行匹配后完成检索。
二、PubMed概述
2.特点——收录范围广
PubMed收录全世界包括美国在内80多个国家的 5,200余种生物医学期刊的文摘及题录数据，内容 涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、药理 学、环境和公共卫生，保健系统等医学各个领域， 自1946年以来的文献记录，文献量超过2600万条。
二、PubMed概述
2.特点——收录范围广
Pubmed的文献记录主要来源于以下几类： （1）Medline （2）In‐process citations(PreMEDLINE) （3）Publisher‐supplied citation （4）OLDMEDLINE
二、PubMed概述
（1）MEDLINE
是当前国际上最权威的生物医学文献数据库。
PubMed每条记录均有惟一的识别号PMID(PubMed Unique Identifier) 。
[PubMed-indexed for MEDLINE] [PubMed-in process] [PubMed-as supplied by publisher]

来自Entrez可以检索的数据库

Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库 PopSet，族群演化分析相关研究资料 Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、 PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料） PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料 PubChem Compound，小分子化学物质结构 PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据 PubMed，科学文献报导数据库 PubMed Central，科学文献数字全文数据库 Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTP SNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP) Structure，分子模型数据(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息 UniGene，人类unique基因序列数据库 UniSTS，unique序列卷标地址数据库
NCBI的组织架构
Information Engineering Branch（IEB） 进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗 传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。 设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包 括核酸、蛋白质与结构信息。 设计与发展分布式软件系统，提供研究人员本机与远程 的计算服务。 协调公开序列、遗传、结构、目录信息，建立管理与整 合数据库或连结至外部数据库。 建立NIH内部与外部学术单位的信息学合作研究计划。 提供软件与数据库设计咨询与建议。 发展与提倡数据库、数据交换与生物命名的标准。
BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基

介
检索途径：
基本检索（关键词途径） 主题途径 其他途径
基本检索
糖尿病人胰岛素用量过度的临床反映
主题途径
遗传性糖尿病的药物治疗
遗传性青少年型糖尿病
统
资
管
器
主题途径检索步骤
1 点击MeSH Database － 点击MeSH 2在检索框内输入检索词 － 3 go － 4 选择主题词，点击被选中的主题词 － 5 看被你选中的主题词下有无更合适的下位类主题词。决定取舍 后选择副主题词 － 6 在显示器的下拉框内点击Search Box with AND 在显示器的下拉框内点击Search 7 点击search pubmed － 点击search 8 在display下拉框中选abstract － display下拉框中选abstract 9 阅读文摘
PubMed（/pubmed） PubMed（/pubmed） 是由美国国立医学图书馆(NLM)下属美国生物技术 是由美国国立医学图书馆(NLM)下属美国生物技术 信息中心（NCBI）研制的基于Web的文献数据库 的文献数据库， 信息中心（NCBI）研制的基于Web的文献数据库，是 NCBI检索系统数据库之一 在系统中可以与NCBI其他数 NCBI检索系统数据库之一。在系统中可以与NCBI其他数 检索系统数据库之一。 据库如基因序列中心、电子期刊出版商网站链接， 据库如基因序列中心、电子期刊出版商网站链接，也可与美 国图书馆馆藏资源链接。PubMed具有期刊收录生命科学 国图书馆馆藏资源链接。PubMed具有期刊收录生命科学 文献范围广、内容全、检索途径多、检索系统完备等特点。 文献范围广、内容全、检索途径多、检索系统完备等特点。 收录1966年以来的包含医学、护理、牙科、兽医、 收录1966年以来的包含医学、护理、牙科、兽医、 年以来的包含医学 卫生保健系统及前临床科学等的文献1200余万条书目数据 余万条书目数据。 卫生保健系统及前临床科学等的文献1200余万条书目数据。 这些数据来源于70多个国家和地区的 多个国家和地区的4600多种 2003年 多种（ 这些数据来源于70多个国家和地区的4600多种（2003年 数据）生物医学期刊，近年数据涉及30种语种 种语种， 数据）生物医学期刊，近年数据涉及30种语种，回溯至 1966年的数据涉及 种语种 89%为英文文献 1966年的数据涉及40种语种。89%为英文文献，76% 年的数据涉及40种语种。 为英文文献， 的文献有著者撰写的英文文摘。 的文献有著者撰写的英文文摘。

第14页，共63页。
期刊检索：刊名检索或刊号检索 刊名检索：全名或缩写 刊号检索： ISSN（国际标准刊号）
注：PubMed中我国出版的期刊名称一律采 用汉语拼音，而非英文译名。
第15页，共63页。
问题 输入检索词后，PubMed的自动词语匹配
功能会将这些词优先转换成为医学主题词 （同时作为自由词）进行检索，而不再自 动进行期刊、作者名称检索。 检索作者名时容易检索出其它姓名格式相 同但实际不同的作者。
对含有多个布尔逻辑运算符的检索式采用从左到 右的自然顺序进行运算，不存在某个运算符优先 的情况，但可以使用半角括号对检索式的优先运 算顺序进行指定，如”AIDS AND (China OR Korea)”。
布尔逻辑运算符必须全部大写才有效。 支持”*”截词运算符，用来通配多个字符。
第12页，共63页。
Medline数据库中收录的文献以英文为主（约占85%），但也 包括世界上其他数十种重要语种的文献。对于原文为非英文的 文献，Medline收录时均将原文献的题录信息译成英文，并进 行适当标识（非英文文献标题加方括号）。
记录标注“[PubMed - indexed for MEDLINE]”
第5页，共63页。
Center for Biotechnology Information，NCBI)建立的生物 医学文献检索系统，使用NCBI的Entrez检索平台。 是检索全世界生物医学期刊论文的重要工具。 基于互联网，提供免费检索服务，部分文献（约5%）可 免费下载全文。
第3页，共63页。
收录范围
1、MEDLINE（Medline是PubMed的核心內容） 2、PreMEDLINE 3、Publisher supplied citations

3.1.2-Citation Matcher
★ Batch Citation Matcher 批量引文匹配
“ ▫ 输入格式： journal_title|year|volume|first_page|author_name|your_ key|
▫ 例： proc natl acad sci u s a|1991|88|3248|mann bj|P320221| proc natl acad sci u s a|1999|89|3271|gould se|P262611| res microbiol|1992|143|467|ivey dm|P259661| science|1987|235|182|palmenberg ac|P122962| eschatology|1993|12|22|public jq|C122332| virology|1993|193|492|hardy me|Q029451|
通配符 *
Examples-使用检索技巧
精确检索 “”
2.2-特定检索 （单一检索条件）
作者检索 期刊检索 日期检索
1 2 3
2.2.1-作者检索
2002年以后收 录的文章可以 作者全名检索
在基本检索框 直接输入： 姓（全称） □ 名（首字母）
使用Tags： “作者姓 名”[au]
使用高级检 索下拉菜单
Info
Retrieval
PubMed简介与使用
认识PubMed PubMed检索 PubMed辅助
1
认识PubMed
1.1-什么是PubMed
Public 面向公众的，免费的
Medline 联机医学文献分析和 检索系统
1.1-什么是PubMed