内参基因选择相关软件

南方农业学报　Journal of Southern Agriculture　2023，54（11）：3174-3185ISSN 2095-1191； CODEN NNXAAB

DOI：10.3969/j.issn.2095-1191.2023.11.005

郁金香不同组织内参基因筛选及稳定表达分析

巨秀婷1，2，何金娣2，张梦洁2，张国莉2，史国民1，2，何涛1，2*

（1青海大学省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室，青海西宁 810016；2青海省园林植物与观赏园艺重点实验室，

青海西宁 810016）

摘要：【目的】筛选郁金香在盐胁迫条件下稳定表达的内参基因，为开展郁金香耐盐相关基因表达调控相关研究

提供理论参考。【方法】以郁金香栽培品种红色印象为材料，于苗期对其进行盐胁迫处理，不同时间（0、2、4、6、8、10、

12、24和48 h）采集根、鳞茎和叶，通过实时荧光定量PCR检测候选内参基因在郁金香不同组织中的表达情况，再利用

Delta CT计算每个样本的平均Ct值，再结合3个常用内参基因稳定性评估软件（geNorm、NormFinder、BestKeeper）的分

析结果，利用RefFinder在线软件综合评价候选内参基因的表达稳定性，并通过目的基因质膜Na+/H+逆向转运蛋白基

因（SOS1）和液泡膜Na+/H+逆向转运蛋白基因（NHX1）的表达分析验证内参基因的可靠性。【结果】在15个候选内参基

因中筛选到9个可用于郁金香各组织实时荧光定量PCR的内参基因。候选内参基因的Ct值分析结果显示，25S rRNA

在不同组织中的平均Ct值最低，表达丰度最高，Ct值分布范围相对集中，是根、鳞茎和叶均能稳定表达的内参基因。

geNorm和NormFinder分析结果均显示，18S rRNA均能在根、鳞茎和叶中稳定表达，25S rRNA在根和叶中表现出较好

的基因稳定性，NADP基因在鳞茎中基因稳定性较好。BestKeeper分析结果显示，根、鳞茎和叶组织中最佳的内参基

基于基因组和转录组数据的胡椒内参基因鉴定

作者：胡丽松 吴思婷 段兴帅 岑怡 苏岳峰 范睿 伍宝朵 郝朝运

来源：《热带作物学报》2020年第10期

摘 要：为系统筛选适合胡椒基因表达模式分析的内参基因，本研究基于胡椒全基因组和转录组数据，初步筛选出62个候选基因。以胡椒主根、芽尖、叶片、花穗、不同发育时期果实以及接种辣椒疫霉菌的主蔓为材料，利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件系统分析候选基因在不同组织中的表达稳定性，结合目标基因的表达模式验证，鉴定稳定表达最优的内参基因为Myeloid leukemia factor 1 （Pn17.1212）。结果表明：该基因是分析胡椒果实发育、辣椒疫霉菌响应相关基因表达模式的理想内参。内参基因的选择不应仅限于持家基因，全基因组和转录组信息可提供更加全面的参考基因数据，内参基因的准确鉴定需综合转录组信息、基因表达稳定性、标记基因的表达模式验证等数据分析的结果，获得的理想内参基因可满足不同研究对表达稳定性的要求。

关键词：胡椒;内参基因;表达稳定性 中图分类号：S813.3 文献标识码：A

Abstract： In order to identify the internal control gene for the gene expression analysis in black

pepper， 62 candidate internal control genes were selected by a preliminary assessment of genome

and transcriptome data. The stability of gene expression was investigated using geNorm，

NormFinder and BestKeeper in a diverse set of 16 samples， including root， shoot apices， leaf，

- 1 - 小鼠常用内参基因

小鼠常用内参基因是进行实验研究时非常重要的工具，内参基因是一种用于标准化实验结果的参照基因，用于减少实验中因样本差异和反应效率的影响。在小鼠实验中，常用的内参基因包括GAPDH、β-actin和18S rRNA等。

GAPDH（糖酵解酶）是一种广泛存在于细胞中的酶，参与细胞内的糖酵解代谢过程，同时也是常用的内参基因。在小鼠实验中，GAPDH的mRNA水平是相对稳定的，因此可以作为实验中的内参基因使用。

另一个常用的内参基因是β-actin（β-肌动蛋白），β-actin是构成细胞骨架的主要成分之一，也是一种常用的内参基因。在小鼠实验中，β-actin的mRNA水平也是相对稳定的，因此可以用来进行实验结果的标准化。

18S rRNA是小鼠细胞中的核糖体RNA，也是常用的内参基因之一。18S rRNA的mRNA水平在细胞中是相对稳定的，因此可以用来进行实验结果的标准化。

除了上述几种常用的内参基因外，还有许多其他的内参基因可以用于小鼠实验中。但无论选择哪种内参基因，都需要进行验证，确保其在实验条件下的稳定性和可靠性。只有选择合适的内参基因，才能保证实验结果的准确性和可靠性。

- 1 - 内参基因筛选方法

内参基因是指在细胞或组织中表达稳定、不受外部刺激影响、对于生物体正常生长发育至关重要的基因。内参基因的表达量在分子生物学研究中常被用作参考，因为它们在不同样本中的表达量应该是相同的。然而，在进行基因表达定量时，应选用适当的内参基因，否则可能会导致结果偏差。因此，内参基因筛选方法是分子生物学研究中的重要步骤之一。

目前，内参基因的筛选方法主要包括三种：文献综述法、基因芯片法和实时荧光定量PCR法。文献综述法是指通过文献调研，选择已有研究证实表达稳定、适合做内参基因的基因。这种方法的优点是简单快捷，但缺点是容易出现结果偏差，因为不同实验条件下内参基因的选择可能不同。

基因芯片法是指利用基因芯片技术，同时检测多个基因的表达量，然后利用统计学方法筛选出表达稳定的内参基因。这种方法的优点是高通量、准确性高，但缺点是成本较高，同时需要非常严格的数据分析方法。

实时荧光定量PCR法是指利用实时荧光定量PCR技术，同时检测多个基因的表达量，然后利用统计学方法筛选出表达稳定的内参基因。这种方法的优点是准确性高、成本低，且操作简单。缺点是只能同时检测有限数量的基因。

综上所述，内参基因筛选方法的选择应根据实验设计、设备条件等多个因素综合考虑。无论采用何种方法，都应该进行严格的数据分 - 2 - 析和统计学处理，以确保得到准确、可靠的结果。