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分析下一代DNA测序技术的优缺点并比较近年来，基因测序技术取得了快速发展，其发展速度远高于摩尔定律规律。
第一代测序技术“链终止法”虽然技术成熟，但其高成本和低效率限制了其广泛应用。
随着第二代测序技术的出现，基因测序不断向着高通量、高准确度和低成本的方向发展。
本文将分析下一代DNA测序技术的优缺点并比较，希望为读者提供更多的技术资讯和了解。
一、下一代DNA测序技术的优点1. 高通量：下一代DNA测序技术具有高通量的特点，可同时对一个物种或个体的全基因组进行快速测序，达到高通量基因组测序的目标。
这种高通量使得科学家可以在较短时间内提取大量基因信息。
2. 快速速度：下一代DNA测序技术具有极高的速度，一晚上可以测序数千万条序列，并在几个小时内将结果生成和分析。
这种快速速度使得科学家可以在更短的时间里完成大量的测序工作，为基因组研究提供了更强大的工具。
3. 高准确度：下一代DNA测序技术具有很高的准确度，一般达到99.9%或更高。
这种高准确度使检测结果更加准确，从而更好地发现细微的变化或突变。
4. 低成本：下一代DNA测序技术的成本相对较低，能够快速进行测序并且价格低廉，使得大规模的测序在实践中得到了广泛的应用。
二、下一代DNA测序技术的缺点1. 数据分析困难：下一代DNA测序技术获得的数据量大，处理数据的复杂性也增加。
因此需要使用计算机等自动化工具进行数据分析，但是这些应用需要更高的计算能力和存储容量，而且也需要高水平的数据分析人员。
2. 测序误差率高：虽然下一代DNA测序技术具有很高的准确性，但由于基因数据量惊人，在处理过程中仍存在一定误差。
虽然这些误差比较小，但是在分析工作中仍然可能影响结果。
因此需要运用质量控制等手段来保持数据的准确性和可靠性。
3. 长序列难以获得：虽然下一代DNA测序技术能够产生大量序列，但其获得的序列长度均较短，通常只有较短的几百个碱基。
由于每个基因组都包含大量的重复序列和复杂序列，这些情况可能导致测序效率低，难以覆盖全部基因组情况。
下一代基因测序技术在基础生物学研究中的应用随着科技的不断发展，基因测序技术越来越成熟，成为了生命科学研究中不可或缺的手段。
现在，人类可以通过基因测序技术获取更全面、更精准的基因信息，探究生命的奥秘。
而下一代基因测序技术则更是在这个基础上有了进一步的突破和应用，本文将简单探讨下一代基因测序技术在基础生物学研究中的应用。
一、下一代基因测序技术的特点所谓下一代基因测序技术，是相对于传统测序技术而言的，具有高通量、高速度、高精度、高灵敏度等特点。
下一代测序主要包括：二代测序（NGS）和第三代测序（PacBio等）。
其中，二代测序主要包括Illumina、IonTorrent、SOLiD等技术平台，具有高通量、高精度、低成本等特点；第三代测序平台则以PacBio为代表，主要特点是长读长、低误差率，尤其适用于复杂基因组的测序。
而它们共同的优越性体现在数据量多，准确性好，技术基础广泛且不断发展。
二、下一代基因测序技术在基础生物学研究中的应用1.基因组学基因组学研究的是生物的基因组结构、组成和功能等方面的内容，而下一代测序技术在此方面的应用主要体现在基因组序列的获取、比对、注释等阶段。
以宿主细胞的测序举例，通常会对一种物种的基因组进行测序，这样能够更好地了解这个物种的基因组结构及其变异情况，并了解其中的大部分位点的功能，此项研究有助于科学家了解该物种的遗传演化历史和生态环境适应性。
2.转录组学转录组是指一个生物体内全部RNA分子的总体表达情况，其中包括了mRNA、lncRNA、miRNA等各种RNA，它是功能基因组学研究中的重要领域。
下一代测序技术可以高通量地研究转录组和RNA的生物学特性，包括对基因的表达水平、异构体检测、转录起始点和poly(A)位点的注释和发现。
转录组研究目前已经被广泛应用于疾病的诊断、治疗以及新药研发等领域。
3.表观遗传学表观遗传学是现代生物学的重要分支之一，主要研究基因沉默、DNA甲基化、组蛋白修饰、RNA修改等与基因转录相关的现象。
《下一代测序技术及其临床应用》阅读笔记1. 下一代测序技术概述随着生物技术的飞速发展，测序技术已经从第一代向着下一代进化，为生物医学研究带来了革命性的变革。
下一代测序技术（NextGeneration Sequencing，简称NGS）以其高通量、高效率、高准确性的特点，正在逐渐改变我们对基因组、转录组、表观组等生命科学的认知。
下一代测序技术是一种大规模并行测序方法，能够同时对大量基因序列进行测定，极大地提高了测序的速度和效率。
与传统的第一代测序技术相比，NGS具有更高的数据产出量，更低的成本，以及更高的分辨率。
这使得科研人员能够更深入地研究基因组学、转录组学等领域。
高准确性：通过复杂的算法和数据处理流程，提高了序列测定的准确性。
自NGS诞生以来，其技术不断发展和完善。
从最初的二代测序技术到现在正在发展的三代测序技术，其在基因组学、转录组学等领域的应用越来越广泛。
下一代测序技术已经成为生命科学研究的重要工具，为疾病的诊断、治疗以及生命科学的研究提供了强有力的支持。
《下一代测序技术及其临床应用》的阅读笔记将会详细阐述下一代测序技术的具体内容及其临床应用等详细情况。
1.1 什么是下一代测序技术下一代测序技术（NextGeneration Sequencing，简称NGS）是一种革命性的DNA测序技术，它突破了传统的基因组测序限制，为研究者提供了更快速、更准确、更经济的基因组分析手段。
相较于传统的Sanger测序方法，NGS具有高通量、高分辨率和高灵敏度的优势，能够在短时间内完成整个基因组的测序。
下一代测序技术的核心在于利用高通量测序芯片，实现对数百万个DNA片段的同时测序。
这些测序片段在经过富集和纯化后，被插入到测序文库中，然后进行PCR扩增，最后通过高通量测序仪进行测序反应。
通过收集大量的测序数据，NGS可以快速准确地揭示基因组的遗传变异、基因结构、功能注释等信息。
大小沟槽的测序能力：与传统的测序技术相比，NGS能够识别大小沟槽中的核苷酸，从而获得更全面的基因组信息。
下一代测序技术及临床应用随着科学技术的不断发展，基因测序技术也在不断更新换代。
在传统的Sanger测序技术基础上，逐渐兴起了下一代测序技术，为基因组学领域带来了革命性的变革。
下一代测序技术以其高通量、高效率、低成本等特点，已经广泛应用于科学研究、生物医学领域以及临床诊断中，极大地推动了生命科学的进步和医学诊断的发展。
一、下一代测序技术的原理及发展下一代测序技术是指相较于传统Sanger测序技术，采用了更高通量、更高效率的测序方法。
其核心原理是通过将DNA分子切分成适当长度的片段，然后通过并行测序大量片段，最终将这些片段拼接在一起，得到目标DNA序列。
这一技术的发展历程可以追溯到2005年左右，随后逐步实现了自动化、高通量、快速测序的目标。
目前，下一代测序技术已经涌现出多种技术平台，如Illumina、Ion Torrent、PacBio等，每种平台都有其独特的优势和适用范围。
这些技术在测序速度、准确性、成本等方面都有明显提升，为基因组学研究和临床诊断提供了强大的工具支持。
二、下一代测序技术在基因组学研究中的应用下一代测序技术在基因组学领域发挥着至关重要的作用。
通过大规模测序，科研人员可以快速获取大量DNA序列信息，揭示生物体的遗传信息、基因组结构和功能等。
这为研究者提供了全新的研究思路和数据支持，推动了基因组学领域的快速发展。
以人类基因组计划为例，借助下一代测序技术，科学家们成功测序了人类基因组，并发现了大量与疾病相关的基因、变异。
同时，下一代测序技术还广泛应用于植物、微生物等生物体的基因组学研究中，为农业、环境、生态等领域提供了重要的数据支持。
三、下一代测序技术在临床应用中的作用除了在基因组学研究中的应用，下一代测序技术在临床诊断中也发挥着越来越重要的作用。
利用下一代测序技术，医生可以对患者的基因组序列进行全面分析，帮助诊断疾病、预测疾病风险、制定个性化治疗方案等。
在遗传病、罕见病、肿瘤等疾病的诊断中，下一代测序技术已经成为不可或缺的工具。
下一代DNA测序技术的研究进展DNA测序技术已经成为了现代生物技术领域中最为重要的探究方式之一。
经过多年的科研，不少科学家站立于巨人肩膀上，对各类DNA测序技术进行着逐渐前进的探索和创新。
那么，下一代的DNA测序技术又会有哪些研究进展呢？本文作者将会从一些具体的技术点入手探讨这个问题。
首先，单分子测序技术被视为下一代DNA测序技术的一个关键发展方向。
在传统DNA测序技术中，大多数方法都需要将DNA分割成小片段进行测序，但是这一方法在高通量应用中的效率和准确性都受到了很大的限制。
单分子测序技术能够通过将DNA拉直测序，提升这一局限。
其中较为成熟的技术有PacBio、Nanopore和Moleculo三种方案。
PacBio的基本原理是通过DNA聚合酶为载体进行直接的测序，获得单分子的DNA序列。
该技术使用高通量的激光扫描器读取单分子上的荧光信号，从而获得后续的生物信息。
PacBio的优势在于读取长度长，能够在一定程度上避免高GC含量序列的偏差。
但是其劣势在于由于多次读取一个单分子会导致错误的累积，因此错误率较高，且较难处理。
Nanopore技术则是使用微孔技术对DNA进行测序，同样能够通过单分子处理提升测序效率和准确性。
该技术的读取长度也在不断提高，但其依旧面临着错误率高、缺乏有效纠错机制的困境。
Moleculo则是在Illumina测序的基础上加入分子条码的方案，也是一种单分子测序技术。
该技术将原始DNA序列进行不同的分子条码处理，然后对这些分子进行扩增和测序，从而得到拥有较长的读取长度且配对错误率低的序列。
整个过程相对简单，但需要大量的计算资源进行分析，且其错误率大概会高于其他Illumina 技术的错误率。
除了单分子测序技术，新一代的DNA测序技术还有一个热门的新方向，它被称之为“环境DNA”，或许可以更准确地称其为“从环境中提取的DNA序列”。
该技术旨在从环境中收集各种生物遗留下的DNA片段，从而对环境中的生态系统进行研究和评估。
《第二代测序技术的发展及应用》篇一一、引言随着人类对生命科学研究的不断深入，测序技术作为生命科学研究的重要手段之一，其发展历程也经历了多次的革新。
第二代测序技术作为当前主流的测序技术，其高通量、低成本、快速等优势，使得其在生命科学领域的应用越来越广泛。
本文将就第二代测序技术的发展历程、原理、应用以及未来展望等方面进行探讨。
二、第二代测序技术的发展历程与原理第二代测序技术，又称下一代测序技术（Next-Generation Sequencing，NGS），是指在高通量、低成本、快速等方向上进行优化的新一代测序技术。
相对于第一代测序技术，第二代测序技术在读长、通量、成本等方面均有显著的优势。
第二代测序技术的原理主要是基于大规模并行测序技术，通过大规模的并行测序过程，将待测DNA序列切割成小片段，然后在高通量的平台上进行大规模的并行测序。
其主要步骤包括DNA文库构建、桥式扩增、测序反应等。
在DNA文库构建过程中，将待测DNA片段化并加上特定的接头序列，以便于后续的扩增和测序。
在桥式扩增过程中，通过PCR扩增将DNA片段进行指数级扩增，从而得到大量的单链DNA模板。
在测序反应过程中，利用特定的化学物质对DNA模板进行标记和测序，最终得到待测DNA序列的信息。
三、第二代测序技术的应用第二代测序技术在生命科学领域的应用非常广泛，包括基因组学、转录组学、表观遗传学、非编码RNA研究等多个领域。
1. 基因组学：第二代测序技术被广泛应用于人类基因组、微生物基因组等多个领域的研究中。
通过对基因组进行深度测序，可以了解基因的结构和功能，从而为疾病的研究和治疗提供重要的依据。
2. 转录组学：第二代测序技术可以用于研究基因的表达情况，包括基因的表达水平、剪接异构体等方面的研究。
这有助于了解基因在细胞中的功能和调控机制。
3. 表观遗传学：第二代测序技术还可以用于研究表观遗传学方面的内容，如甲基化、组蛋白修饰等方面的研究。
这有助于了解基因表达的调控机制和疾病的发生机制。
基于下一代测序(ngs)的方法一、概述随着生物科技的不断发展，下一代测序(ngs)技术已经成为生物学和医学研究中不可或缺的工具。
ngs技术不仅在基因组学和转录组学研究中发挥作用，还在临床诊断、药物研发和农业领域得到了广泛应用。
本文将介绍ngs技术的原理、方法和应用，并对其在科研和生产中的重要意义进行探讨。
二、ngs技术的原理ngs技术是指通过一种高通量且快速的测序技术，能够将一整个基因组或基因的整个DNA序列迅速测序出来。
ngs技术的原理主要包括如下几个步骤：1. DNA样本准备：首先需要从生物体中提取DNA样本，然后进行纯化、裂解和浓缩处理，以得到适合测序的DNA片段。
2. 文库构建：将DNA片段与适当的测序引物连接，并进行适当的化学修饰和标记，形成测序文库。
3. 测序评台：ngs技术主要使用Illumina、Ion Torrent、PacBio等测序评台。
这些评台能够通过不同的测序方法，如Illumina的桥式扩增和PacBio的单分子实时测序，实现高通量的DNA测序。
4. 数据分析：测序后需要对产生的原始数据进行质量控制、序列比对、拼接、注释等一系列数据分析，最终得到DNA序列的组装和注释结果。
三、ngs技术的方法ngs技术主要包括以下几种方法：1. 全基因组测序(WGS)：通过对整个基因组的测序，可以获得生物体所有的基因型信息，包括基因突变、拷贝数变异、染色体结构变异等。
2. 转录组测序(RNA-seq)：通过对转录本的测序，可以获得生物体特定时期和组织中基因的转录水平信息，识别基因表达水平的变化和RNA剪接异构体。
3. DNA甲基化测序：通过对DNA甲基化位点进行测序，可以获得生物体中DNA甲基化的信息，揭示DNA甲基化与基因表达调控、疾病等之间的关系。
4. 蛋白质-DNA相互作用测序(ChIP-seq)：通过对转录因子、组蛋白与DNA相互作用的测序，可以获得生物体中蛋白质与DNA结合的信息，揭示基因表达的调控机制。
下一代测序技术在基因组学中的应用基因组学是对生物基因组的研究和解析，同时也是研究遗传信息传递、表达等方面的重要领域。
在基因组研究过程中，测序技术起着至关重要的作用，可以通过高通量测序获得序列信息，解析出基因组结构和功能。
而目前，下一代测序技术已经逐渐成为基因组学研究的关键技术之一，其优势不言自明，包括高效、高质量、高吞吐量、低成本等特点。
下面将重点介绍下一代测序技术在基因组学中的应用。
1. 用于全基因组测序下一代测序技术可以快速获取大规模的基因组序列信息，进而用于全基因组测序（Whole Genome Sequencing，WGS）。
在WGS中，可以通过高通量测序平台快速测定某个生物基因组上的所有碱基序列，进而确定其基因组结构及基因组中的各种突变（如SNPs、InDels、融合基因等）。
WGS对于研究基因组结构和遗传变异等方面具有重要意义，可以为遗传研究、群体遗传学、进化生物学、药物开发等领域提供宝贵的数据资源。
2. 用于转录组测序转录组测序（RNA sequencing，RNA-seq）是研究转录组的重要手段，在生物医学研究中得到广泛应用。
传统的Sanger测序和微阵列技术对转录组测序存在一定的局限性，无法快速、准确地捕捉其复杂的表达动态特征。
相比之下，下一代测序技术可以用于高通量、高灵敏度地测定单个细胞和个体的转录组，优化了转录组测序数据的质量和数量，进一步揭示了有关生物表达和调节机制的深层次信息。
这为代谢疾病、肿瘤研究、药物筛选等提供了丰富的信息资源。
3. 用于表观基因组测序表观基因组学（Epigenomics）是指研究基因组中的表观遗传学信息，包括DNA甲基化、组蛋白修饰等。
表观基因组测序（ChIP-seq、ATAC-seq、MRE-seq、BS-seq等）可以帮助我们绘制生物个体的表观基因组图谱，以及深入探究表观基因组对于基因表达调控的重要性。
传统基因组测序技术难以满足表观基因组的高通量测序需求，但是下一代测序技术可以更加便捷和高效地对表观遗传学进行研究。
下一代测序技术名词解释下一代测序技术（Next Generation Sequencing，NGS）是一种高通量测序技术，能够同时对大量的DNA或RNA进行测序。
相比传统的测序技术，下一代测序技术具有更高的测序速度、更低的成本以及更强的分辨能力。
以下是一些常见的下一代测序技术名词解释：1. Illumina测序（Illumina Sequencing）：Illumina公司开发的一种基于桥式扩增（Bridge Amplification）的测序技术。
它通过光反应和荧光检测原理，将DNA片段扩增成固定桥结构，再通过碱基逐个加入的方式进行测序。
2. 454测序（454 Sequencing）：Roche Diagnostics公司开发的一种基于聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR）和微滴化技术的测序技术。
它通过将DNA片段扩增成微滴并进行逐个碱基加入的方式进行测序。
3. Ion Torrent测序（Ion Torrent Sequencing）：Ion Torrent Systems公司开发的一种基于核苷酸测序的技术。
它通过检测DNA串联上新生链中释放的质子来确定DNA序列。
4. PacBio测序（Pacific Biosciences Sequencing）：Pacific Biosciences公司开发的一种基于DNA聚合酶反应的测序技术。
它利用单分子实时测序原理，通过测量聚合酶在 DNA模板上运动的时间来确定序列。
5. Nanopore测序（Nanopore Sequencing）：Oxford Nanopore Technologies公司开发的一种基于纳米孔技术的测序技术。
它通过电流信号检测DNA/RNA分子通过纳米孔时的不同电流变化，从而实现对序列的测定。
这些下一代测序技术在基因组学、转录组学、表观遗传学等领域中广泛应用，对于生物医学研究、疾病诊断和个体化医疗等方面具有重要意义。
下一代测序技术摘要|从未有过的巨大革命技术需求交付快速、廉价、准确的基因组信息。
这一挑战也促进了下一代测序技术的发展。
传统方法主要的优势是生产大量廉价的序列数据。
在这里，我进行一下技术回顾，模板制备、测序成像、基因定位和装配方法以及当前的最新进展和短期商用的下一代测序技术。
除了为解决生物问题的兴趣提供平台选择指导，再略述下一代测序技术的广泛应用。
在过去的四年里，进行基因组分析的自动化桑格测序技术的应用发生了根本性的转变。
在这之前，自动化桑格技术主导该产业几乎20年，并作出了巨大的成就，包括唯一完整的人类基因组序列。
尽管在这个年代很多技术都在提高，然而自动化桑格测序技术的局限性，展现出对一种面向大量人类基因组测序的新的改良技术的需求。
最近致力于研究新的方法，桑格测序可能提的会少一些。
因此，本篇文章不包括桑格测序，有兴趣的读者可以读一下前面的文章。
自动化桑格方法被认为是“第一代”技术，新的方法被称为下一代基因测序。
这些新技术组成不同的策略，依赖于模板准备，测序和成像，基因组比对和装配的方法结合。
下一代测序技术的到来改变了我们在基础、应用和临床研究方面的思考方式。
在某些方面，下一代测序技术类似于以前的聚合酶反应链，主要使用局限在成像方面。
下一代测序技术的提高在于其能廉价地生产出一个巨大的数据量，在某些情况下仪器运行超过十亿短读。
这个特性扩展了实验以外的领域，不仅仅是在确定的顺序集上。
例如，基因表达研究基因芯片现在被基于序列的方法所代替，这种方法可以识别和量化罕见的转录体，没有先验知识的一个特定的基因，并且提供特定基因的可变剪接和序列变化方面的相关信息。
测序许多相关生物的整个基因组的能力使得大规模的比对和进化研究被实施，这在几年前是不可想象的。
下一代测序技术最广泛的应用可能是对人类基因的重新排序以增强人们对不同的基因如何影响健康和疾病的理解。
下一代测序的各种特性使得它在市场上可能共存于多个平台，因为它在特定应用上有明显的优势。
本文专注于商用技术，来自罗氏/454,lllumi na/ Solexa,LIFE/ AP窃口Polonator Helicos生物科学仪器和近期的太平洋生物科学，旨在2010年将他们的测序设备引进市场。
纳米孔测序没有被覆盖，尽管有兴趣的读者通过布兰顿和他的同事们针对一篇文章，描述了进展并对这项技术保持挑战。
在这里，我提出一个技术的回顾，模板准备，测序和成像，基因组比对和装配，当前下一代基因测序平台的性能，为这些技术如何工作和如何将这些技术应用于重要的生物问题上提供指导。
我强调用目标和整个基因组方法进行人类基因组重组的应用，讨论这些方法的进展和局限性，和接下来几年即将看到的进展和预期的影响。
下一代测序技术测序技术包括很多方法，宽泛的分为模板准备，测序和成像，数据分析。
特定协议的独特结合使得一个技术区别于其他技术，决定着来自每个平台产生的数据类型。
当基于数据的质量和成本比较时这些输出数据的不同面临挑战。
尽管质量分数和精度估计是由每个制造商提供的，从一个平台到另一个平台“质量基础” 是没有一致性的。
下文将会讨论各种测序指标。
在下面几节中，讨论模板准备和测序成像，因为它们适用于现有和近期的商业平台。
下面有两种方法用于为下一代测序反应准备模板：从单个DNA分子克隆扩增的模板，和单个DNA分子模板。
合成测序，在文献中用于描述大量的脱氧核糖核苷酸的方法，在这篇文章中，因为它无法描述测序中的不同机制，所以没有用到。
相反，这些方法被列为循环可逆终止（CRT，单基因（SNA和实时测序。
还描述了结扎测序（SBL，一种由DNA连接酶替换DNA聚合酶的方法。
成像方法再加上这些从测量生物发光信号到单核分子的四色成像事件测序策略。
下一代测序平台产出大量数据代替了信息技术在数据存储，追踪和质量控制方面的大量需求。
模板准备需要一个健壮的方法产出一个代表，基因组在调查过程中再怎么强调核酸物质的无偏来源都不为过。
目前的方法通常致力于随机的将DNA基因组破坏为较小规格的DNA从中创建片段模板或是双端模板。
在下一代测序技术中的一个普遍主题是模板固定或支撑在固体表面。
空间的固定分离了模板珠允许数十亿的测序反应同时进行。
克隆扩增模板大多数成像系统没有被设计为检测单一的荧光事件，所以需要扩增模板。
两种最普通的方法是感光乳剂聚合酶链反应和固相扩增。
感光乳剂聚合酶链反应被用于在非细胞系统准备测序模板，有利于避免基因组序列的任意损失。
在细菌克隆方法中存在一个固有的问题。
一个片段或配对库被创建后，转接器包含通用的启动点，被绑定在目标末端。
允许复杂的基因组用普通的聚合酶链反应引物进行扩增。
绑定之后，DNA被分离成单股并捕获到每个支持一个DNA 分子的点的情况。
在成功扩增和改进感光乳剂聚合酶链反应后，数百万可以固定聚丙烯酰胺凝胶在一个标准的显微镜幻灯片上，化学的交联在一个氨基酸镀膜玻璃表面或者很好地沉积成单个下一代测序化学过程可以被执行的蛋白酪氨酸磷酸酯酶（PTP。
固相扩增也可用于随机分布的生产，克隆扩增的集群来自一个载玻片的片段或配对模板。
高密度的正向反向引物共价键覆在滑片上，支撑物上引物模板的比率界定了扩增集群的表面密度。
固相扩增能产出1、2亿空间上分离的模板集群。
为能被混合生成到启动下一代测序反应的一个普通的测序引物提供游离末端。
单一分子模板尽管克隆扩增方法在细菌克隆方面提供了一定的优势。
有些协议实现繁琐，要求大量基因组DNA原料。
单一的DNA分子模板准备起来更加直接，只需要少量的启动原料。
更重要的是，这些方法不需要聚合酶链反应，在克隆扩增模板时突变，伪装为序列变体。
AT-rich and GC-rich目标测序可能也展现了生产领域的扩增偏见，导致在基因组比对和装配代表不足。
定量应用，例如RNA 测序，与未扩增的模板资源，更有效的执行，不改变表征丰富的信使RNA 分子。
在下一代基因测序未实施之前，单核分子模板通常固定在固体支撑上至少使用三个不同的方法之一。
在一个方法中，空间分布的单个引物分子共价附着在固体支撑上。
模板准备通过随机分割启动原料至小规模，加上普通的转接器到片段末端，混合生成固定的引物。
在第二种方法中，空间分布单个分子模板键和固定在固体支撑上，通过引发扩展单链，从固定化引物到单核分子模板。
一个普通的引物就被混合生成模板。
在这两种方法中，DNA聚合酶绑定固定的引物模板配置最初的下一代测序反应。
以上两种方法都在螺旋生物科学中用过。
在第三种方法中，空间分布单个聚合酶分子固定在一个引物模板分子被绑定固体支撑上。
这种方法被太平洋生物科学用过，在Life/visiGe n 16 and LI-CO生物科学专利中描述过。
这种技术可用于大的DNA分子，不像前两种方法，第三种能用于实时方法，导致潜在的长读取长度。
测序和成像测序克隆扩增和单核分子模板有着本质的区别。
克隆扩增导致同一模板种群，每个都经历了测序反应。
成像，所观察到的信号是在给定周期中附加到相同的模板的核苷酸或探针的共识。
这代表在效率增加过程中一个更大的需求，模板总体效果的不完整扩充后随链移相。
另外多个核苷酸或探针也发生在一个即定的周期，导致领头链移相。
信号移相增加了荧光噪音，造成碱基判定错误和较短读取。
因为移相不是一个用于单分子模板的事件，为了循环效率的要求放宽。
然而，在任何既定的周期中单核分子易受多个核苷酸或探针增加的影响。
这里，删除错误被在毗邻的染色分子或无信号被检测到因为黑核苷酸或探针的合并。
在接下来的一部分，测序和成像策略将用克隆扩增和单核分子模板来讨论。
循环可逆终结顾名思义，循环可逆终结是在一个循环方法中用可逆终结来使核苷酸合并，荧光成像和分裂。
在第一步中，一个DNA聚合酶，结合启动模板，添加或是合并仅仅一个荧光改变核苷酸，作为对基础模板的补充。
在单核核苷酸增加之后DNA合成终结是CRT的一个重要特征。
合并之后，剩余的未合并的核苷酸被冲洗。
成像用来决定合并后的核苷酸的身份。
通过一步分裂，消除了终止/抑制组和荧光染料。
另外的冲洗是在下一个合并开始之前被执行。
CRT方法的核心是可逆结束符，分为两步：3端封锁和3'端未封锁。
双脱氧核苷酸在桑格测序中充当着一个链结束符的角色，链接在核苷酸3末端，为初始的反转圭寸锁组发展提供基础。
圭寸锁组，such as 3 -0-allyl2' -deoxyribonucleosidetriphosphates （dNTPs） 21 and3 -O-azidomethyl-dNTPs，已被成功用在了CRT 中。
3封锁结束符要求两个化学键的分解来消除来自核苷酸的荧光和恢复3' -OH 组。
目前，lllumina公司/ Solexa基因组分析仪（GA）23在门店市场上占据主导地位。
它使用克隆增强模板方法，耦合四色CRT方法。
这四个颜色通过全内反射荧光（TIRF使用两个激光成像探测到，输出在图二中描述。
玻片被划分为八个频道，它允许独立样本同时运行。
表一展示了当前Illumina/Solexa GA II平台在贝勒大学医学院人类基因组测序中心上运行的测序数据。
替换是最普遍的错误类型，大部分错误发生在最早合并核苷酸是''基。
lllumina/Solexa数据的基因组分析揭示了AT-rich和GC-rich区域代表不足，很可能由于模板准备期间的扩增偏差。
通过生物信息工具如mAQ或eLAND，比对读取参照基因组称为序列变异。
宾利和他的同事们记录了单核核苷酸变体（SNV很高的一致性（99.5%）,用相同的比对工具进行标准基因型分析组，和异常的假阳性率为 2.5%的单核核苷酸变体。
其他的记录者描绘了用这些比对工具更高的异常单核核苷酸变体假阳性率。
困难包括识别一个有效合并3'封锁末端的修改了的酶--需要筛选大的突变DNA聚合酶库--促使了3未封锁端可逆末端的发展。
LaserGen,lnc.是第一组展示一个小终止组相连的畅通无阻的核苷酸 3 '端可以作为一个有效的可逆的终结者，通过原生DNA聚合酶合并。
这促使了快速终止剂的发展。
Helicos是生物科学报道了虚拟终止剂的发展，3'畅通终端与第二个核苷类似物作为抑制剂。
3' 畅通终端面临的挑战是创建适当的修改终止（快速终止剂）或抑制组（虚拟终端）以使得DNA合成在单基添加后结束。
一个未封锁的3'-OH组重要是因为它为下一个核苷酸的合并提供了天然基质。
单键的分裂只需要消除终止或抑制组，来自核苷酸的萤光组比起3'-封锁结束符是一个更有效的策略来为下一个CRT周期恢复核苷酸。
Helicos生物科学是第一个商品化单分子测序仪的团队，HeliScope Quake和他的同事们。
HeliScope用单核分子模板方法，在图一c和图1d中可以看到，和一色CRT方法结合，在图2c中可以看到。
