基于高通量测序技术无创筛查双胎染色体非整倍体及胎儿游离DNA浓度分析
- 格式:pdf
- 大小:329.71 KB
- 文档页数:5
孕妇外周血胎儿游离DNA检测在无创性产前诊断中的价值分析发布时间:2022-07-28T07:05:10.302Z 来源:《医师在线》2022年4月7期作者:任敏[导读]任敏(安徽医科大学第二附属医院;安徽合肥230000)【摘要】目的:分析胎儿染色体非整倍体诊断中孕妇外周血胎儿游离DNA无创性产前检测的意义。
方法:选取2020年8月-2021年8月期间在我院产前诊断与生殖中心选择羊水穿刺行胎儿染色体核型分析及外周血胎儿游离DNA无创性产前检测的孕妇共300例,观察胎儿染色体非整倍体疾病的发生率及无创性产前检测的准确率。
结果:胎儿染色体异常共检出10例,染色体异常发生率3.33%。
胎儿游离DNA无创性产前检测性染色体高危2例、18-三体高危3例、21-三体高危4例;羊水染色体核型分析结果检出性染色体异常3例、18-三体3例、21-三体4例,总体符合率91.67%。
以羊水染色体核型分析结果为准,外周血胎儿游离DNA无创性产前检测诊断胎儿非整倍体的特异度、灵敏度、阳性预测值、阴性预测值、准确度分别为82.60%、88.03%、93.66%、73.50%、95.01%,ROC曲线下面积为0.884(95%CI:0.027-0.942)。
结论:孕妇外周血胎儿游离DNA无创性检测为一种可靠的产前检测方法,可有效检出胎儿染色体非整倍体。
【关键词】游离DNA;产前诊断;非整倍体;核型分析胎儿染色体非整倍体是围产期胎儿死亡、新生儿出生缺陷的主要原因,也是妊娠早中期最常见的染色体异常。
产前进行有效的筛查是降低出生缺陷行之有效的手段,产前进行胎儿染色体非整倍体检测包括传统的血清学筛查、无创性胎儿游离DNA检测及介入性穿刺行胎儿染色体核型分析。
相比无创性胎儿游离DNA检测而言,羊水染色体核型分析诊断胎儿染色体非整体准确率较高,但术后可出现流产、宫内感染、羊水渗漏等风险,且传统血清学筛查假阳性率较高[1]。
无创性胎儿游离DNA检测大大提高了准确率,即从孕妇外周血提取来自胎儿的游离DNA片段进行新一代高通量测序[2]。
无创性游离DNA产前诊断胎儿染色体异常的现状王倩;杨蔚【摘要】唐氏综合征(DS)是导致儿童智力先天残疾的重要原因。
常规的产前诊断操作如羊膜穿刺术、绒毛活检等方法存在风险较高等不足。
产前无创性游离DNA(cfDNA)诊断可避免对胎儿的侵入性操作,通过孕妇外周血循环中胎儿cfDNA对唐氏综合征及其他遗传性疾病进行无创早期诊断,受到临床的广泛关注,成为产前诊断领域的研究热点。
尽管近年来cfDNA诊断技术具有较大发展,但此技术在广泛应用于临床前,还面临着技术、经济、法律以及伦理学等诸多问题尚待解决。
综述无创性cfDNA产前诊断胎儿染色体异常的现状。
%Down syndrome (DS) is one of the important reasons for the intelligence congenital deformity in children. Regular prenatal diagnosis is not satisfied due to the invasive procedures, such as amniocentesis and chorionic villus sampling. Nowadays, the non-invasive cell-free DNA (cfDNA) screening and diagnosis can avoid those invasive procedures. The application of cfDNA test with the peripheral blood of pregnant women in the non-invasive prenatal screening and diagnosis of DS and other genetic diseases has received extensive attention in the field of prenatal diagnosis. Althoughthe cfDNA diagnosis technology has been greatly developed in recent years, there are still many problems to be solved, such as technical, legal and social issues, before its extensive use. In this paper, the non-invasive cfDNA and its application in prenatal diagnosis were reviewed.【期刊名称】《国际生殖健康/计划生育杂志》【年(卷),期】2016(035)006【总页数】3页(P490-492)【关键词】产前诊断;唐氏综合征;普查;DNA;知情同意;伦理学,医学【作者】王倩;杨蔚【作者单位】300090 天津市水阁医院妇产科;300090 天津市水阁医院妇产科【正文语种】中文唐氏综合征(Down syndrome,DS)是儿童智力残疾的最常见原因之一,在活产中的发病率约为1/ 800。
·综述·《中国产前诊断杂志(电子版)》 2017年第9卷第3期染色体非整倍体无创产前基因检测假阳性假阴性生物学原因分析张红云 符美丽 王威(深圳华大临床检验中心,广东深圳 518083)【摘要】 染色体非整倍体无创产前基因检测(non invasiveprenataltesting,NIPT)是一种基于孕妇外周血中游离胎儿DNA的新型产前检测技术。
该技术在目前的临床应用中展现出了很高的灵敏度与特异性,但由于母体外周血中游离胎儿DNA的来源以及含量变化等生物因素,会影响NIPT检测准确性,对于目标疾病,会出现cfDNA检测出的胎儿染色体异常结果与胎儿真实的核型分析结果存在不一致的情况。
通过临床实践与案例研究,造成NIPT检测结果与胎儿核型不一致的生物学原因主要包括:限制性胎盘嵌合、双胎一胎凋亡、母亲染色体异常、DNA拷贝数异常、母血中胎儿DNA含量低以及母亲罹患肿瘤等因素。
本文将对上述NIPT结果准确性的生物学影响因素及相关研究进展进行综合性阐述,通过系统深入分析,将有助于明确无创产前基因检测这项技术在母胎医学领域的应用范围;同时,对出现NIPT假阴性与假阳性的分析策略也提出了指导性建议。
【关键词】 无创产前基因检测;假阴性;假阳性;生物学原因分析【中图分类号】 R714.55 【文献标识码】 A犱狅犻:10.13470/j.cnki.cjpd.2017.03.010 染色体非整倍体无创产前基因检测(non invasiveprenataltesting,NIPT)是一种基于孕妇外周血中游离胎儿DNA的新型产前检测技术。
该技术目前的临床定位是一项产前筛查技术,主要目标疾病是常见的常染色体三体,包括21 三体、18 三体以及13 三体。
NIPT通过采集孕妇外周血,分离血浆,提取血浆中的游离DNA,进行高通量测序并结合生物信息分析方法,检测胎儿患染色体异常的情况。
基于NGS的全基因组鸟枪法(“shotgun”massivelyparallelsequen cing,s MPS)是目前的主要NIPT技术策略[1]。
孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查实验室技术【专家共识】孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查(non-invasive prenatal testing,NIPT)是应用高通量基因测序等分子生物学技术检测孕妇外周血中胎儿游离DNA片段,以评估胎儿常见染色体非整倍体(T21、T18、T13)风险的一种产前筛查方式[1,2,3,4]。
相对于传统的孕妇外周血血清学筛查,NIPT具有高检出率及低假阳性率的优点[5,6,7]。
随着技术的快速发展,NIPT的临床应用日益增加,其临床适用范围参见《孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术规范》(国卫办妇幼发[2016]45号附件1)[8]。
为规范NIPT的应用,国家卫健委临床检验中心产前筛查与诊断实验室室间质评专家委员会《产前筛查与诊断实验室技术专家共识》专家组进行充分讨论,制订本共识对NIPT 实验室技术的临床应用作出要求和建议。
本共识着重在质量管理与质量控制等方面进行详细描述,并将随着技术的发展持续更新以满足临床需求。
一、实验室总体要求开展NIPT检测的实验室在机构要求、实验室资质、设备试剂要求、质量管理及工作要求等方面必须符合《医疗机构临床实验室管理办法》(卫医发[2006]73号)、《孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术规范》(国卫办妇幼发[2016]45号附件1)、《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》(卫办医疗政发[2010]194号)等相关规定。
(一)人员资质要求从事孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断的专业技术人员应当按照《产前诊断技术管理办法》要求取得相应资质;从事孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测的实验室人员应当经过省级及以上卫生行政部门组织的临床基因扩增检验技术培训,并获得培训合格证书。
实验室审核NIPT检测结果的专业技术人员需具有中级及以上专业技术职称。
临床报告必须由产前诊断机构中具备产前诊断资质的副高及以上职称临床医师审核签发。
《中国产前诊断杂志(电子版)》 2023年第15卷第3期·专家论坛· 孕妇外周血中低胎儿游离DNA浓度及处理方案赵干业 孔祥东 (郑州大学第一附属医院遗传与产前诊断中心,河南郑州 450000)【摘要】 无创产前检测(non invasiveprenataltesting,NIPT)技术因其高灵敏度和特异度的特点已广泛应用于胎儿染色体异常的产前筛查之中。
胎儿游离DNA浓度(fetalfraction,FF)是影响NIPT结果准确性的关键因素之一。
不同检测平台对FF的最低阈值设定不同,FF达不到检测最低阈值是导致NIPT检测失败的重要原因之一。
影响FF的因素众多,主要可分为生物学因素和实验相关因素。
低FF也与妊娠期并发症或异常妊娠有一定相关性,其后续处理需引起重视。
本文将从可能引起FF降低的因素及后续如何进行妊娠期管理等方面进行综述。
【关键词】 无创产前检测;胎儿游离DNA浓度;检测失败;异常妊娠【中图分类号】 R715.5 【文献标识码】 A犇犗犐:10.13470/j.cnki.cjpd.2023.03.002基金项目:郑州市科技惠民计划(2021KJHM0003) 通信作者:孔祥东,Email:kongxd@263.net 基于孕妇外周血中游离DNA(cellfreeDNA,cfDNA)的无创产前检测(non invasiveprenataltes ting,NIPT)技术在筛查胎儿染色体非整倍体及染色体微缺失微重复等疾病中发挥了重要作用。
cfD NA中胎儿游离DNA(cellfreefetalDNA,cffD NA)所占的比例,即cffDNA浓度(fetalfraction,FF)是保证NIPT检测准确性的重要指标,较低的FF会影响NIPT对胎儿染色体异常的检出,使假阴性的风险升高,故在NIPT检测过程中对FF设有最低的检测阈值,若不达标即判定为检测失败。
FF不足已成为导致NIPT检测失败的重要因素之一。
《中国产前诊断杂志(电子版)》 2023年第10卷第5期·述评· 胎儿游离DNA浓度的临床意义邓泽桦2,1 刘维强1 (1.深圳市龙岗区妇幼保健院汕头大学医学院龙岗妇幼临床学院,广东深圳,518172;2.中山市人民医院,广东中山,528400) 刘维强,医学博士,医学实验专业主任技师,医学遗传学副研究员。
美国哈佛医学院波士顿儿童医院DNA分子诊断实验室访问学者。
汕头大学医学院与国内外大学联合培养博士生导师,深圳大学医学部硕士生导师。
现任深圳市龙岗区妇幼保健院中心实验室主任,汕头大学医学院龙岗妇幼临床学院医学检验教研室主任。
广东省产前诊断技术专家委员会成员,广东省卫生系列高级职称评审专家,中国妇幼保健协会出生缺陷防治与分子遗传分会分会委员,广东省预防医学会出生缺陷预防与控制专业委员会常委,广东省精准医学应用学会遗传病分会副主任委员,广州市医学会精准分子诊断学会副主任委员,广东省泌尿生殖协会生殖健康医学分会副主任委员,中华医学会杂志社中国临床案例成果数据库罕见病学组委员。
犇犗犐:10.13470/j.cnki.cjpd.2023.03.001基金项目:深圳市龙岗区科技创新专项资金医疗卫生技术攻关项目(LGKCYLWS2022013) 通信作者:刘维强,Email:liuwq06@126.com 国卫办妇幼发[2016]45号文对基于孕妇外周血胎儿游离DNA的无创产前筛查技术(non inva siveprenatalscreening,NIPS)的质量控制指标有明确规定:21三体综合征检出率不低于95%,18三体综合征检出率不低于85%,13三体综合征检出率不低于70%,复合阳性预测值不低于50%,由于凝血、溶血、DNA质量控制不合格等标本原因造成的检测失败率不超过5%[1]。
NIPS临床应用中不可避免地存在检测失败的现象。
有研究表明,不同的检测方法导致的NIPS失败率不一。
国内外实验室普遍采用的大规模平行测序方法进行NIPS检测时约有1%到3%的孕妇会因各种因素无法获得筛查结果导致检测失败[2 4],其中胎儿游离DNA(cellfreefetalDNA,cffDNA)浓度过低是一个重要的原因[5,6]。
文章编号:1001-764X(2013)06-406-03·临床检验技术研究·孕妇血浆游离DNA高通量测序用于胎儿性染色体非整倍体检测的初步探讨*林颖1,蒋馥蔓2,秦岭1,马定远1,刘立夫2,陈芳2,张红云2,王威2,季修庆1,孟露露1,胡平1,许争峰1(1.南京医科大学附属南京妇幼保健院产前诊断研究室,南京210004;2.深圳华大基因研究院,广东深圳518083)摘要:目的初步探讨孕妇血浆游离DNA高通量测序用于产前胎儿性染色体非整倍体检测的效果及临床可行性。
方法2011年至2012年收集早、中孕期单胎孕妇5540例,在知情同意的原则下采集外周血血浆进行游离DNA的高通量测序检测,通过生物信息学分析,获得测序结果;对测序检出的性染色体非整倍体患者行羊水穿刺,进行染色体G显带分析。
结果5540例样本中测序方法共检出10例性染色体非整倍体,其中6例与G带核型分析结果一致,包括3例45,X,1例47,XXY,2例47,XYY,其余4例G带核型正常。
结论孕母血浆游离DNA高通量测序可对性染色体非整倍体胎儿进行无创性产前检测,但存在假阳性,还需进一步完善实验方案以提高检测效果。
关键词:高通量测序;无创性产前诊断;胎儿游离DNA;性染色体非整倍体中图分类号:R714.5文献标志码:ADetection of fetal sex chromosomal aneuploidies by massively parallel sequencing of cell-free DNA in maternal plasmaLIN Ying1,JIANG Fu-man2,QIN Ling1,MA Ding-yuan1,LIU Li-fu2,CHEN Fang2,ZHANG Hong-yun2,WANG Wei2,JI Xiu-qing1,MENG Lu-lu1,HU Ping1,XU Zheng-feng1(1.Center of Prenatal Diagnosis,Nanjing Maternal and Child Health Hospital Affili-ated Nanjing Medical University,Nanjing210004,Jiangsu;2.BGI-Shenzhen,Shenzhen518083,Guangdong,China)Abstract:Objective To explore the clinical efficacy and practical feasibility of massively parallel sequencing(MPS)of cell-free DNA from maternal plasma for detection of sex chromosomal aneuploidies in prenatal diagnosis.Methods A total of5540maternal plasma samples from singleton pregnancy in the first or second trimester of pregnancy were collected from August2011to December 2012,and detected by using MPS.The sequencing data were compared with the human reference gene-database and statistically ana-lyzed by informatics.The positive cases of sex chromosomal aneuploidies were advised to accept prenatal fetal chromosomal karyotype analysis of amniotic fluid cells using G-banding technique.Results In10of5540pregnant women MPS revealed sex chromosomal aneuploidies.Using the results of fetal chromosomal karyotyping as golden standard,6of10cases were validated by prenatal karyoty-ping,including3cases of45,X,1cases of47,XXY and2case of47,XYY,while the other4cases were confirmed to be euploid kar-yotype.Conclusion MPS based on maternal plasma DNA to detect fetal sex chromosomal aneuploidies should be feasible,but there can be false positive results.The MPS technology should still be improved for detecting sex chromosomal aneuploidies.Key words:massively parallel sequencing;noninvasive prenatal detection;cell-free fetal DNA;sex chromosomal aneuploidy人类性染色体非整倍体主要包括45,X、47,XXY、47,XXX和47,XYY,男性发病率约为1/500,女性发病率约为1/850[1]。
附件1孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术规范孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断是应用高通量基因测序等分子遗传技术检测孕期母体外周血中胎儿游离DNA片段,以评估胎儿常见染色体非整倍体异常风险;为规范该类技术的临床应用,制订本规范;本规范主要包括开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术的基本要求、适用范围、临床服务流程、检测技术流程以及质量控制指标等内容;第一部分基本要求一、机构要求一开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断的医疗机构应当获得产前诊断技术类母婴保健技术服务执业许可证;二开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断采血服务的医疗机构以下简称采血机构应当为有资质的产前筛查或产前诊断机构;开展采血服务的产前筛查机构须与产前诊断机构建立合作关系,并向省级卫生计生行政部门备案;三开展孕妇外周血胎儿游离DNA实验室检测的医疗机构以下简称检测机构应当具备临床基因扩增检验实验室资质,严格遵守医疗机构临床实验室管理办法、医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法等相关规定,相应检验项目应当接受国家卫生计生委临床检验中心组织的室间质量评价;二、人员要求一从事孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断的专业技术人员应当按照产前诊断技术管理办法要求取得相应资质;二从事孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测的实验室人员应当经过省级以上卫生计生行政部门组织的临床基因扩增检验技术培训,并获得培训合格证书;三、设备试剂要求一在具备细胞遗传学实验诊断设备的基础上,同时具备开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断相应的主要设备,包括DNA提取设备、PCR仪、高通量基因测序仪或其他分子检测设备等;设备的种类、数量应当与实际开展检测项目及检测量相匹配;二设备、试剂和数据分析软件应当符合医疗器械监督管理条例和医疗器械注册管理办法等相关规定,经过食品药品监督管理部门批准注册;四、工作要求一严格遵守中华人民共和国母婴保健法及其实施办法、产前诊断技术管理办法、医疗机构临床实验室管理办法等有关规定;二产前诊断机构与产前筛查机构建立合作关系时,双方应当签订协议明确各自责任和义务;具体要求如下:1.产前筛查机构主要负责制订产前筛查方案、检测前咨询、检测申请包括签署知情同意书、标本采集、检测信息采集、对检测结果为低风险人群进行后续咨询、妊娠结局随访等;产前筛查机构应当及时将检测标本送至有合作关系的产前诊断机构,由产前诊断机构安排进行后续检测;2.产前诊断机构主要负责确定产前筛查与诊断方案、标本检测、出具发放临床报告、对检测结果为高风险人群进行后续咨询、诊断与妊娠结局随访等;产前诊断机构负责对具有合作关系的产前筛查机构进行技术指导、人员培训和质量控制;三产前诊断机构与其他具备高通量基因测序等分子遗传技术能力的医疗机构合作时,双方应当签订协议明确各自责任和义务,并向省级卫生计生行政部门备案;具体要求如下:1.产前诊断机构负责临床服务;主要包括确定产前筛查与诊断方案、检测前咨询、检测申请包括签署知情同意书、标本采集、检测信息采集、依据检测结果出具发放临床报告、后续咨询、诊断与妊娠结局随访等;2.检测机构负责提供检测技术;包括检测技术平台建设、技术人员培训、技术支持、开展室内质量控制和室间评价、标本转运与检测, 提供检测结果并对检测结果负责,按照本规定保存相关标本、信息资料等,接受卫生计生行政部门的监督检查;检测机构不可直接面向孕妇开展外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断临床服务;四产前诊断机构应当定期向省级卫生计生行政部门报送相关信息,由省级卫生计生行政部门汇总后按要求报送国家卫生计生委;五相关医疗机构要按照医学伦理原则,自觉维护孕妇权益,保护孕妇隐私;医务人员要坚持知情选择原则,全面、客观介绍各类产前筛查与诊断技术的适用人群、优缺点以及可供选择的产前筛查与诊断方案等,取得孕妇或其家属同意后方可开展;重要事项需经过本单位伦理委员会审议通过;六严禁发布虚假医疗广告和信息,严禁夸大本技术临床应用效果;七严禁任何机构或人员利用孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术进行非医学需要的胎儿性别鉴定;第二部分适用范围一、目标疾病根据目前技术发展水平,孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断的目标疾病为3种常见胎儿染色体非整倍体异常,即21三体综合征、18三体综合征、13三体综合征;二、适宜时间孕妇外周血胎儿游离DNA检测适宜孕周为12+0~22+6周;三、适用人群一血清学筛查显示胎儿常见染色体非整倍体风险值介于高风险切割值与1/1000之间的孕妇;二有介入性产前诊断禁忌证者如先兆流产、发热、出血倾向、慢性病原体感染活动期、孕妇Rh阴性血型等;三孕20+6周以上,错过血清学筛查最佳时间,但要求评估21三体综合征、18三体综合征、13三体综合征风险者;四、慎用人群有下列情形的孕妇进行检测时,检测准确性有一定程度下降,检出效果尚不明确;或按有关规定应建议其进行产前诊断的情形;包括:一早、中孕期产前筛查高风险;二预产期年龄≥35岁;三重度肥胖体重指数>40;四通过体外受精——胚胎移植方式受孕;五有染色体异常胎儿分娩史,但除外夫妇染色体异常的情形;六双胎及多胎妊娠;七医师认为可能影响结果准确性的其他情形;五、不适用人群有下列情形的孕妇进行检测时,可能严重影响结果准确性;包括:一孕周<12+0周;二夫妇一方有明确染色体异常;三1年内接受过异体输血、移植手术、异体细胞治疗等;四胎儿超声检查提示有结构异常须进行产前诊断;五有基因遗传病家族史或提示胎儿罹患基因病高风险;六孕期合并恶性肿瘤;七医师认为有明显影响结果准确性的其他情形;除外上述不适用情形的,孕妇或其家属在充分知情同意情况下,可选择孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测;第三部分临床服务流程一、检测前咨询及知情同意一对符合适用人群情形并自愿进行检测的,或符合慎用人群情形但在充分告知并知情同意的前提下仍自愿要求进行检测的孕妇,医师应当对孕妇本人及其家属详细告知该检测的目标疾病、目的、意义、准确率、局限性、风险以及其他筛查与诊断方案,与孕妇本人或其家属签署知情同意书并填写申请单;二知情同意书应当包括以下要点参考模板见附表1:1.告知本技术的目标疾病;2.告知本技术的检出率、假阳性和假阴性率,强调该检测结果不是产前诊断结果,高风险结果必须进行介入性产前诊断以确诊,以及检测费用及流程等;3.告知本技术有因检测失败重新采血的可能;4.告知影响该检测准确性的相关因素;5.医师对病例个案认为应该说明的相关问题;三对未接受中孕期血清学筛查直接选择孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测的孕妇,应当在中孕期进行胎儿神经管缺陷风险评估;四产前筛查机构承担采血服务时,知情同意书应当一式两份,一份留存产前筛查机构,一份随标本运转至有合作关系的产前诊断机构;二、检测信息采集医师应当仔细询问孕妇基本情况、孕产史、本次妊娠情况、既往史和家族史等,如实、准确、详细填写检测申请单参考模板见附表2;检测申请单第一联由产前诊断机构留存,第二联由检测机构留存;三、标本采集及运转一标本编号;采血机构应当对采血管进行唯一编号;该编号应当与知情同意书、检测申请单和临床报告单编号一致;二标本采集;按照无菌操作要求,采取孕妇外周静脉血;标本的采集和处理均应当按照标准操作流程和产品说明书要求进行;三标本的分离、保存和运转;1.采用常规乙二胺四乙酸以下简称EDTA抗凝采血管采集的标本应当自离体后8小时内完成血浆分离,在干冰冷链状态下暂时保存及运转;采用专用血浆保存管的,可在室温下完成暂时保存与运转;此操作环节须双人复核;2.标本应当与知情同意书、检测申请单等资料同时运转;运转过程应当符合生物安全和环境要求,同时做好交接记录;四、临床报告的出具发放一自采血至发放临床报告时间不超过15个工作日,其中发出因检测失败须重新采血通知的时间不超过10个工作日;(二)临床报告应当由副高以上职称并具备产前诊断资质的临床医师出具发放;(三)临床报告应当以开展相关技术的产前诊断机构名义出具,以书面报告形式告知受检者;四临床报告应当包括以下信息参考模板见附表3:1.送检单位和送检医师姓名;2.孕妇基本信息,包括姓名、年龄、末次月经时间、孕周等;3.标本信息,包括标本编号、标本状态、采血日期等;4.检测项目和检测方法;5.目标疾病检测值、参考范围、低风险或高风险结果;6.结果描述与建议;7.检测单位、检测时间、检测人员及审核人员签名;8.临床报告审核发放时间、审核医师签名;五、检测后咨询及处置对检测结果为低风险的孕妇,采血机构应当建议其定期进行常规产前检查;如果同时存在胎儿影像学检查异常,应当对其进行后续咨询及相应产前诊断;对检测结果为高风险的孕妇,产前诊断机构应当尽快通知其到本机构进行后续咨询及相应产前诊断;咨询率应达到100%,产前诊断率应达到95%以上;对于目标疾病以外的其他异常高风险结果,产前诊断机构应当告知孕妇本人或其家属进行进一步咨询和诊断;六、妊娠结局随访一采血机构应当负责对孕妇的妊娠结局进行追踪随访;对检测结果为高风险的孕妇,妊娠结局随访率应达到100%;对检测结果为低风险的孕妇,妊娠结局随访率应达到90%以上;随访应至少至分娩后12周,有条件的可随访至分娩后1年;二随访内容应包括:后期流产、引产、早产或足月产、死产、死胎等妊娠结局,是否为21三体综合征、18三体综合征、13三体综合征患儿,有条件的可将后期流产、死胎的遗传学诊断纳入妊娠结局随访内容;七、标本与资料信息的保存采血机构负责保存知情同意书,产前诊断机构负责保存检测申请单第一联;检测机构负责保存检测申请单第二联、实验室检测核心数据信息和剩余标本;标本、信息和资料的保存期限应不少于3年;第四部分检测技术流程一、标本的接收检测机构应当制定标本接收和拒收原则;拒绝接收不符合要求的标本时应当书面反馈拒收原因,具体拒收情况包括:一标本采集不当,如抗凝剂使用不正确、容器使用不正确、严重溶血或有血凝块、采血管破裂或开盖、标本标识不清等;二标本未按照规定的温度、时限等保存和运输;三检测申请单填写不完整;二、信息记录要求在标本检测过程中,应当及时、准确、如实记录操作人员、仪器、试剂及检测数据等相关信息;三、血浆DNA的提取血浆DNA提取应当在标本制备区进行,各项操作应当符合标准操作流程和说明书要求;如提取2次仍不符合质量标准,应当与采血机构充分进行沟通后决定后续处理;剩余的血浆标本应当在-70℃以下保存不少于3年,避免反复冻融;四、文库构建文库构建流程和上机文库质量评估应当严格按照标准操作流程进行;实验操作应当符合医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法相关要求;文库检测浓度及文库片段分布范围应当符合试剂说明书的要求;五、DNA序列分析DNA序列分析应当在扩增产物分析区如测序区域按照标准操作流程进行;实验室分区温度和湿度应当符合设备说明书要求;每个标本有效数据量、唯一比对序列数目等均应当符合试剂说明书要求;DNA序列分析应当严格按照产品说明书具体要求进行;六、数据分析与结果判断一检测质量合格的标本应当严格按照产品说明书进行实验室结果判读;二检测质量不合格的标本应当重新提取DNA再次检测,再次检测后仍不符合数据分析或结果判断质量要求的标本,检测机构应当与产前诊断机构充分沟通后确定后续处理;三检测机构应当按照检测方法相关说明书要求建立有关数据质量参考标准;七、检测结果的出具一检测机构填写临床报告中检测结果部分,描述目标疾病的高风险或低风险结果;二对检测失败的样本,检测机构应当发放检测失败报告并注明原因;八、检测数据的存储与安全相关医疗机构应当严格保护孕妇隐私,严禁泄漏受检者信息,采取措施确保信息安全;检测数据应当进行安全备份,并与互联网物理隔离;可追溯原始序列的核心数据保存应当不少于3年;第五部分质量控制指标一、检出率21三体综合征检出率不低于95%,18三体综合征检出率不低于85%,13三体综合征检出率不低于70%;二、假阳性率21三体综合征、18三体综合征、13三体综合征的复合假阳性率不高于%;三、阳性预测值21三体综合征、18三体综合征、13三体综合征的复合阳性预测值不低于50%;四、检测失败率由于凝血、溶血、DNA质量控制不合格等标本原因造成的检测失败率不超过5%;附表1孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测知情同意书参考模板本检测是应用高通量基因测序等分子遗传技术检测孕期母体外周血中胎儿游离DNA片段,以评估胎儿常见染色体非整倍体异常风险;现将有关情况告知如下:1.本检测适宜检测孕周为12+0~22+6周;2.本检测仅针对21三体综合征、18三体综合征和13三体综合征3种常见胎儿染色体非整倍体异常;3.有下列情形的孕妇为慎用人群,进行检测时检测准确性有一定程度下降,检出效果尚不明确;或按有关规定应建议其进行产前诊断的情形;包括:1早、中孕期产前筛查高风险;2预产期年龄≥35岁;3重度肥胖体重指数>40;4通过体外受精-胚胎移植方式受孕;5有染色体异常胎儿分娩史,但除外夫妇染色体异常的情形;6双胎及多胎妊娠;7医师认为可能影响结果准确性的其他情形;4.有下列情形的孕妇进行检测时,可能严重影响结果准确性;包括:1孕周<12+0周;2夫妇一方有明确染色体异常;31年内接受过异体输血、移植手术、异体细胞治疗等;4胎儿超声检查提示有结构异常须进行产前诊断;5有基因遗传病家族史或提示胎儿罹患基因病高风险;6孕期合并恶性肿瘤;7医师认为有明显影响结果准确性的其他情形;5.鉴于当前医学检测技术水平的限制和孕妇个体差异胎盘局限性嵌合、孕妇自身为染色体异常患者等原因,本检测有可能出现假阳性或假阴性的结果;6.如出现不可抗拒因素导致样品损耗或其他特殊情形如因个体差异血浆中胎儿游离DNA含量过低,有可能需重新抽血取样;7.本检测结果为筛查结果,不作为最终诊断结果;8.其他需要说明的问题:----------------------------------------------------------------------------孕妇在充分知晓上述情况的基础上,承诺以下事项:1.已阅读孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测知情同意书相关内容,充分了解本检测的性质、适用范围、目标疾病和局限性,其中的疑问已得到医生的解答,经本人及家属慎重考虑,自愿进行孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测;2.本人承诺提供的相关信息真实可靠;3.知晓并同意院方对妊娠结局进行随访;4.授权院方处理本次检测涉及的血液、血浆和医疗废弃物;为确认上述内容为双方意愿的真实表达,院方已履行了告知义务,孕妇已享有充分知情和选择的权利,签字生效;编号:_________________孕妇身份证号:□□□□□□□□□□□□□□□□□□孕妇签字:_________________ 医师:_________________日期:_____年_____月_____日日期:_____年_____月_____日----------------------------------------------------------------------------知情同意书补充条款孕周超过22+6周的孕妇需同时签署本人现孕周已超过22+6周,已知晓存在错过最佳产前诊断时间的风险,本人自愿要求进行孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测,并承担检测风险及因错过最佳产前诊断时间所致无足够时间进行后续临床处理等后果;孕妇签字:_________________日期:年月日附表2孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测申请单第一联参考模板标本采集时间:________年 _____月 _____日____时____分编号:___________ 门诊号/住院号:___________孕妇姓名:___________出生日期:_____年 _____月 ____日末次月经:____ 年____ 月____日孕_____次;产_____次孕周: _____周____天体重:_______公斤身高:_______厘米本次妊娠情况:自然受孕:是□否□促排卵:是□否□ IUI:是□否□ IVF:是□否□临床诊断:__________________________________________________________________既往史:异体输血:□无□有移植手术:□无□有异体细胞治疗:□无□有干细胞治疗:□无□有家族史:____________________________________________________________________不良孕产史:□无□有若有,自然流产_____次;死胎____次;新生儿死亡____次;畸形儿史____次辅助检查:超:□单胎□双胎□多胎□异常 ____________________2.筛查模式:□未做□NT筛查□早孕期筛查□中孕期筛查□早中孕期联合筛查超声NT测定孕周:_____周____天 NT测定值____mm母体血清筛查风险:□高风险□低风险□临界风险21三体综合征1 / 18三体综合征1 /3.夫妻双方染色体检查结果:孕妇染色体核型:□未做□正常□异常_____________________________丈夫染色体核型:□未做□正常□异常_____________________________手机/电话: ______________ 通讯地址:_______________ 电子邮箱:___________送检单位::________________ 送检医师:____________联系电话:申请日期:________年___月____日孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测申请单第二联参考模板标本采集时间:__ __年__ _月__ __日____时____分编号:____门诊号/住院号:___________孕妇姓名:___________出生日期:__ __年 _ __月 ____日末次月经:____ 年____ 月____日孕_ _次;产_ _次孕周: _____周____天体重:_______公斤身高:_______厘米本次妊娠情况:自然受孕:是□否□促排卵:是□否□ IUI:是□否□ IVF:是□否□临床诊断:__________________________________________________________________既往史:异体输血:□无□有移植手术:□无□有异体细胞治疗:□无□有干细胞治疗:□无□有家族史:____________________________________________________________________不良孕产史:□无□有若有,自然流产_____次;死胎____次;新生儿死亡____次;畸形儿史____次辅助检查:超:□单胎□双胎□多胎□异常 ____________________2.筛查模式:□未做□NT筛查□早孕期筛查□中孕期筛查□早中孕期联合筛查超声NT测定孕周:_____周____天 NT测定值____mm母体血清筛查风险:□高风险□低风险□临界风险21三体综合征1 / 18三体综合征1 /3.夫妻双方染色体检查结果:孕妇染色体核型:□未做□正常□异常_____________________________丈夫染色体核型:□未做□正常□异常_____________________________送检单位:_________________ 送检医师:______________联系电话:_________申请日期:________年___月____日附表3孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测送检单位:送检医师:标本编号:孕妇姓名:年龄: 住院/门诊号: 末次月经:_______年____ 月____日筛查孕周:标本采集时间:_______年____月____日标本类型:标本状态:标本检测时间:_______年____月____日临床报告单参考模板检测项目:胎儿染色体非整倍体T21、T18、T13检测结果:。
DOI:10.3760/cma.j.issn.1673-4386.2016.06.004作者单位:528000,佛山市妇幼保健院产前诊断中心通信作者:吴莉(E-mail:lili4002@163.com)・论著・Illumina测序在无创性检测胎儿性染色体非整倍体的应用吴莉 钟进 宋春林 罗润环 伍秋艳 【摘要】 目的 探讨应用Illumina测序技术对孕妇血浆胎儿游离DNA进行无创性胎儿性染色体非整倍性检测的可行性和准确性。
方法 对3200名传统产前筛查异常、既往有唐氏儿分娩史及高龄孕妇等采集外周血,采用Illumina测序技术检测母体血浆胎儿游离DNA,分析胎儿性染色体的非整倍性信息。
对测序提示胎儿性染色体数目异常的,进行遗传咨询,对其中自愿行介入性产前诊断的,行羊水常规染色体核型分析。
结果 3200例样本中测序方法共检出20例性染色体非整倍体,其中12例接受了羊膜腔穿刺术,7例与G带核型分析结果一致,包括1例45,X,4例47,XXX,1例47,XYY,1例45,X[13]/46,XX[37],其余4例G带核型正常,1例47,XN,+mar。
结论 孕母血浆游离DNAIllumina测序可对性染色体非整倍体胎儿进行无创性产前检测,但存在假阳性,还需要进一步完善检测技术和分析方法以提高检测准确率。
【关键词】 Illumina测序; 无创性产前诊断; 胎儿游离DNA; 性染色体非整倍体ApplicationofIlluminasequencinginnoninvasivedetectionoffetalsexchromosomalaneuploidiesWuLi,ZhongJin,SongChunlin,LuoRunhuan,WuQiuyan(TheCenterofPrenatalDiagnosis,FoshanMaternalandChildHealthcareHospital,Foshan528000,China)Correspondingauthor:WuLi.E-mail:lili4002@163.com 【Abstract】 Objective Todeterminethefeasibilityandaccuracyofdetectingthefetalsexchro-mosomalaneuploidiesoffreefetalDNAinmaternalplasmabyIlluminasequencing.Methods Atotalof3200maternalplasmasampleswerecollectedaccordingtotheindicationoftraditionalprenatalscreeningabnormalities,deliveryhistoryofDowm’schildren,andtheageofwomen(age≥35).Illuminasequen-cingwasappliedtoanalyzethesequencecopynumbersoffetalsexchromosome.Thepositivecasesofsexchromosomalaneuploidieswereadvisedtoacceptgeneticcounseling.Someofthemweresubjectedtoinva-siveprenataldiagnosticprocedures(fetalchromosomalkaryotypeanalysisofamnioticfluidcellsusingG-bandingtechnique).Results Twentyof3200pregnantwomenwererevealedtohavesexchromosomalaneuploidiesbyIlluminasequencingand12of20caseswereselectedtoinvasiveprenataldiagnosticproce-dures.Amongthe12cases,7womenwerevalidatedbyprenatalkaryotyping,whichincluded1caseof45,X,4casesof47,XXXand1caseof47,XYY,1caseof45,X[13]/46,XX[37]whiletheother4caseswereconfirmedtobeeuploidkaryotypeand1caseof47,XN,+mar.Conclusion Illumi-nasequencingofmaternalplasmaDNAcanbeusedtodetectfetalsexchromosomalaneuploidiesbutthepresenceoffalsepositiveresultsremainstoberesolved.Inordertoimprovetheaccuracy,themethodsofIlluminasequencingtechnologystillneedtobeimprovedfordetectionandanalysis. 【Keywords】 Illuminasequencing; Noninvasiveprenataldiagnosis; FreefetalDNA; Fetalsexchromosomalaneuploidies万方数据 性染色体异常有Turner综合征、XXX综合征、XYY综合征、克氏综合征(Klinefelter’ssyn-drome)、脆性X染色体综合征等[1]。
分子诊断与治疗杂志2016年11月 第8卷第6期J Mol Diagn Ther,November 2016.Vo1.8 No.6 ・375・ 基于高通量测序技术无创筛查双胎染色体非整倍体 及胎儿游离DNA浓度分析
许旭平 谢美娟 甘海燕 梁荣良 韩尔康 杨学习 吴英松 [摘 要] 目的评估无创高通量测序方法筛查双胎染色体非整倍体的可行性,并对胎儿游离 DNA浓度进行分析。 方法收集双胎妊娠样本120例,包括自然双胎67例,辅助生殖技术植入的双 胎47例,双胎消失综合征样本6例,并收集68例单胎样本作为对照,采用无创高通量测序方法进行检 测。通过z值进行阴性和阳性判断,根据Y染色体唯一比对条数进行胎儿游离DNA浓度计算,并对三 体阳性样本进行核型分析。 结果本次实验筛查出2例双胎染色体三体阳性样本,分别为正常/21三 体和l3三体/18三体,均与核型结果一致。自然双胎妊娠组胎儿游离DNA浓度明显高于辅助生殖技术 植人双胎组、双胎消失综合征组和自然妊娠单胎组,尸值均小于0.05。其他3组间胎儿游离DNA浓度无 显著性差异。 结论采用无创高通量测序方法进行双胎妊娠染色体非整倍体筛查也是可行的,同时 结果分析应该考虑胎儿游离DNA浓度的影响。 [关键词]无创产前筛查;双胎;染色体非整倍体;高通量测序;胎儿游离DNA浓度
Noninvasive prenatal testing for aneuploidy by next generation sequencing of maternal plasma DNA in twin pregnancies and its fetal free DNA fraction analysis XU Xuping ,XIE Meijuan ,GAN Haiyan。,LIANG Rongliang ,HAN Erkang ,YANG Xuexi ,wU Yingsong (1.School of Laboratory Medicine and Biotechnology,Southern Medical University,Guangzhou, Guangdong,China,510515;2.Guangzhou Darui Biotechnology Co.,Ltd.,Guangzhou,Guangdong,China, 510665)
【ABSTRACT】 Objective To investigate the feasibility of screening aneuploidy by next generation sequencing of maternal plasma DNA in twin pregnancies and analyzing the fetal free DNA fractions. Methods The data came from 120 cases of twin pregnancies,including 67 natural twin pregnancies,and 47 in vitro fertilization(IVF)assisted pregnancies as well as 6 vanishing twin syndromes.68 cases of singleton pregnancies were also recruited.All cases underwent noninvasive prenatal testing for aneuploidy by next generation sequencing of maternal plasma DNA.The Z score was calculated to de ̄rmine aneuploidies for chromosomes 21,18 and 13.The fetal free DNA fractions were determined by calculating the proportion of Y chromosomal unique reads. Results There were 1 case of trisomy 21(one normal and the other trisomy 21) and l case of both trisomy 13 and trisomy 18(one trisomy 13 and the other trisomy 18)confirmed by karyotyping among twin pregnancies.The fetal free DNA fractions of natural twin pregnancies were
基金项目:广东省科技计划应用型科技研发专项(2015B020233009);广东省科技计划能力建设项目 (2015A030401040) 作者单位:1.南方医科大学检验与生物技术学院,广东,广州510515 2.广州市达瑞生物技术股份有限公司,广东,广州510665 通讯作者:吴英松,E-mail:wg@smu.edu.cn
・论著・ 分子诊断与治疗杂志2016年l1月 第8卷第6期J Mol Diagn Ther,November 2016,Vo1.8 No.6 significantly higher than IVF assisted pregnancies.vanishing twin pregnancies and singleton pregnancies(P< 0.05).There were no significant differences for fetal free DNA fractions among the latter 3 kinds of pregnancies.Conclusion It was feasible to screen chromosome aneuploidy by next generation sequencing of maternal plasma DNA in twin pregnancies,and it needs to take fetal free DNA fraction into account during the result analysis. 【KEY WORDS】 Noninvasive prenatal testing;Twins;Chromosome aneuploidy;Next generation sequencing;Fetal free DNA fraction
胎儿游离DNA的发现n 为无创产前筛查提供 了新思路,并且大量临床研究证实高通量测序技术 在无创产前筛查中的可行性及优势 。近2年,随 着高通量测序技术的迅猛发展,利用高通量测序技 术进行无创产前检测(non.invasive prenatal teast— ing,NIPT)筛查常见染色体的非整倍体日益受到人 们的关注,并以其具有非侵入和准确的特点在各大 医院得到了陆续开展。目前国内外学者对无创产 前筛查的准确性和可行性评估,主要是针对单胎妊 娠孕妇而进行的。虽然Audibert 和Huang等 分 别对加拿大人群和中国人群进行了无创产前筛查 2l和18三体双胎孕妇适用性研究,但是对双胎妊 娠孕妇群体的适用性相关研究和报道仍然比较 少。因此本研究利用高通量测序技术对双胎妊娠 样本进行无创产前筛查,以评估其筛查双胎染色体 非整倍体的可行性,并对双胎样本胎儿游离DNA 浓度进行分析来评估它对双胎样本的无创产前筛 查的影响。 1对象与方法 1.1 对象 选择2014年l2月至2015年l1月于达安健康 临检中心(广东省广州市)做无创产前筛查的150 例中68例怀有男性胎儿的单胎样本作为对照组, 217例双胎妊娠中的120例怀有男性胎儿的孕妇 样本实验组进行分析,其中包括自然双胎67例,辅 助生殖技术植入的双胎47例,双胎消失综合征样 本6例。孕妇在采血前均已签署知情同意书并在 申请无创产前筛查前均已进行血清学和超声学的 检查,且结果提示为高风险。 1-2方法 1_2_1标本采集及血浆分离 用无菌的EDTA抗凝管采集孕妇外周血l0 mL。先4 300 rpm低速离心10 min,将上清液转移 到无菌的低吸附Eppendorf管内,接着13 600 rpm, 4 ̄c,高速离心10 min ,吸取上层血浆并分装到新 的Eppendorf管内,冻存于-8oOc冰箱。 1_2_2血浆中游离DNA提取 血浆游离DNA采用金麦格血清游离DNA提 取试剂盒(磁珠法)(GenMag,北京),按照说明书 进行提取。 1.2.3测序文库构建 文库构建采用Ion Plus Fragment Library Kit V3 和Ion Plus Fragment Library Adapters Kit(Life,美 国),并按照说明书操作。文库构建好后采用Qu. bi 2.0和dsDNA HS Assay Kit测定浓度,用安捷伦 的2100 bioanalyzer(Agilent,美国)检测DNA片段 分布情况。 1_2.4测序 文库采用Ion OneTouch 2仪器进行模板制 备,然后使用Ion OneTouch ES仪器进行阳性模 板富集,接着采用Proton测序仪进行上机测序,试 剂采用Ion PI Sequencing 200 Kit v3,芯片为Ion PI Chip v2(1ife,美国),并按照说明书进行操作。 1.2.5核型分析 测序分析结果为染色体三体阳性的样本,通 过告知孕妇三体高风险情况并征求孕妇同意下在 医院进行羊水穿刺,并将穿刺物送第三方检测机 构进行羊水细胞培养染色体核型分析。 1_2.6数据分析 测序数据经去低质量、去重复、GC校正等处 理后,根据类似文献报道的方法 分别计算出l3 号染色体,l8号染色体和2l号染色体的z值,并 以z值>3判断为该染色体三体阳性。根据Y染 色体唯一比对条数进行胎儿游离DNA浓度计 算 。采用SPSS 19.0软件进行结果统计,运用单 因素方差分析比较自然妊娠双胎组、辅助生殖技 术植人的双胎组、双胎消失综合征组和单胎妊娠 组4组间胎儿游离DNA浓度、孕周、孕妇年龄和 z值的差异,P<0.05为差异有统计学意义。