海港区块面积15平方公里，包含13平方公里的龙穴岛作业区和2平方公里的沙仔岛作业区。
龙穴岛作业区将试行国际航运服务，也将试行跨境电商试点。
沙仔岛作业区开展汽车平行进口和整车保税中转业务，也就是说，以后在沙仔岛将可以买进口汽车会有折扣。
目前海港区块已建的设施包括广州港南沙汽车码头、南沙保税港物流服务中心，用于办公的口岸大厦和广州港一期项目以及办公和仓储两用的广州港二期项目。
明珠湾区块面积9平方公里，重点发展总部经济、金融服务和商业服务，探索开展人民币资本项目可兑换先行试验。
建成服务珠三角、面向世界的珠江口湾区中央商务区，换言之，就是南沙的“珠江新城”。
明珠湾起步区是南沙新区的标志性工程。
区域内设有作为工业区的慧谷西区，居住区则主要集中在区域的西北部。
目前区域内尚无已建成的项目，在建的项目有集住宅、办公、商业为一体的金茂湾，兼具商业和办公的金珠湾，以及作为商务办公用途的城投大厦和中交建大厦。
南沙枢纽区块面积10平方公里，将重点发展资讯科技、金融后台服务等，打造粤港澳生产性服务发展基地。
南沙港铁路、深茂通道、广中珠澳城际轨道、中南莞城际轨道、地铁18号线等多条国铁、轨道交通、高快速路在南沙枢纽交汇。
南沙开发区管委会副主任段险峰表示，南沙枢纽的交通面向的是全国。
该区块内将设有领事馆功能区，目前尚无在建或者已建项目。
庆盛枢纽区块面积8平方公里，依托庆盛高铁枢纽，重点发展面向珠三角的教育培训、健康医疗等产业。
目前广外已经与英国兰卡斯特大学签订合作协议，在南沙合作创办一所综合性大学和一所国际性学校。
香港科技大学与广州大学的合作办学项目也在推进中，南沙新区已经与美国德州医疗中心签订共建园区的战略合作协议。
目前区块内尚无在建或者已建项目。
南沙湾区块面积5平方公里，重点发展科技创新、文化创意、服务外包和邮轮游艇经济。
该区域将合作推进粤港澳创新成果产业化基地和区域性科技创新服务中心建设。
推动粤港澳人员执业资格互认。
试点游艇自由行。
目前区域内已建成的项目包括商业办公两用的南沙珠江三角洲世贸中心大厦和中华总商会大厦。
南沙大酒店和主要面向港澳的南沙客运港也已经建成，此外还有兼具商业和住宅的优山悦海项目、鹿颈综合商业楼项目、英东中学和天后路西侧厂房以及资讯科技园西北侧的村民宅基地项目。
蕉门河中心区块面积3平方公里，重点发展商务服务产业、培育外新业态，集聚中小企业总部，定位为功能完善的城市综合服务中心及独具风情的“城市客厅”。
目前区域内蕉门河西侧已建成的项目包括南沙去行政中心、工商综合服务中心、南沙电力调度综合楼和楼盘中惠璧珑湾。
而在城市客厅北侧，已建成的项目有南沙水务大厦、国税办公楼和地税办公楼。
该区域也云集了众多已建楼盘，包括南沙城、海景城、创鸿一品和南沙御景，此外还有商业办公两用的金莎广场。
在城市客厅南侧，已建成的项目有南沙社区服务中心和兼具办公住宅的楼盘云山诗意。
万顷沙保税港加工制造业区块面积10平方公里，重点发展加工制造、研发孵化、数据服务、电子商务、检测服务认证等生产性服务业。
该区域将与港澳深度合作，搭建服务于加工贸易企业转型升级的技术研发、工业设计、知识产权、加工贸易结算中心等公共服务平台。
而区域内保税商品展示店里头进口商品价格会比较便宜。
目前区域内已建成多个车间、厂房。
