质粒DNA酶切及琼脂糖电泳分析鉴定

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质粒DNA的酶切及琼脂糖凝胶电泳分析鉴定
一目的学习质粒的酶切及电泳分析。

二原理
限制性内切酶可以识别双链DNA特定位点,并产生特异的切割,形成粘性末端或平末端,这样有利于DNA片段再连接。

限制性内切酶对环状质粒DNA有多少切点,酶切后就能产生多少个片段。

因此,鉴定酶切后的片段在电泳凝胶的区带数,就可以推断切点的数目;从片段迁移率的大小可以判断酶切片段大小的差别。

用已知相对分子量DNA为对照,通过电泳迁移率的比较,可以粗略地测出分子形状相同的未知DNA的相对分子质量。

质粒DNA在细胞内有三种构象:①共价闭环DNA,常以超螺旋形式存在;②如果两条链中有一条链发生一处或多处断裂,分子就能旋转而消除链的张力,形成开环DNA;③线状DNA,双链DNA断开成线状。

电泳时,三种构象中,共价闭环DNA迁移率最大,其次是线状DNA和开环DNA。

因此在本实验中,质粒在电泳中呈现2~3条区带。

三试剂与主要仪器
(一)试剂
1.Eco RⅠ酶
2.λ DNA
3.TBE缓冲液(5×):用时需稀释10倍
4.点样缓冲液Loading buffer(10×):0.25%溴酚蓝,40%甘油
5.溴乙啶(EB):10mg/ml溴乙啶注意:该试剂具致癌作用,用时要小心。

6.琼脂糖
(二)仪器
1.电泳仪系统2.紫外灯3.恒温水浴箱
四操作步骤
(一)质粒DNA酶切
1.按下表将各种试剂分别加入每个Eppendorf管中,要注意管号。

管号①②③
质粒DNA 10 10 10
Eco RⅠ/ μl 1 1
酶切Buffer(10×)/ μl 2 2 2
ddH2O/ μl8 7 6
RNA酶 1 2.加样后混匀,置于37℃水浴中,保温2小时。

然后每个管中加入4 μl Loading buffer。

(二)琼脂糖凝胶电泳
1 琼脂糖凝胶的制备称取0.4g琼脂糖加入40ml 0.5×TBE缓冲液中,加热熔解。

冷却至65℃时加入2μl EB,混匀。

2 胶板制备将凝胶槽洗净擦干,两端用胶布封好,并在一端插好梳子。

然后倒入熔好的琼脂糖,待凝胶完全凝固后,去掉两端封条,将凝胶槽移至电泳槽(槽中已加入0.5× TBE 缓冲液),拔掉梳子。

注意:缓冲液要高出胶面2毫米。

3 加样每个样品中加入1/10体积点样缓冲液,混匀后小心地加入样品槽中,要避免相互污染。

1-2㎝处时,停止电泳。

5 观察及照相将胶板拿出,用自来水小心地冲洗一下。

在紫外灯下观察结果,如果有条件也可用凝胶成像系统照相。