下载文档原格式
RNA的琼脂糖凝胶电泳（含甲醛）
一、配制5倍MOPS缓冲液：
1、称取2.06gMOPS倒入灭菌的烧杯中，加入少量灭菌的DEPC水溶解。
2、加入三水合醋酸钠固体0.54g。
3、加入EDTANa2固体0.146g。
4、用灭菌的DEPC水定容至100mL。
注意：
MOPS缓冲液不能见光或高压灭菌。
二、制琼脂糖凝胶：
1、称取约0.2g琼脂糖粉转移到烧杯中。
2、加入12.6mLDEPC水溶解。
3、加入4mL的5倍缓冲液。
4、在微波炉上加热2分钟，使琼脂糖溶解。
5、稍冷后加入3.4mL甲醛。
6、加入2ul的核酸染液，摇匀。
7、将梳子插入胶槽中，再缓慢将胶液倒入胶槽中，以防产生气泡，在4度冰箱冷却30
分钟左右，封存保存。
注意：
1、整个操作过程要迅速，防止琼脂糖很快凝固。
2、由于甲醛有毒，操作空间保持通风。
3、倒胶时连续缓慢，有气泡时先用刀片扎破，赶到板的边缘。
4、倒胶结束后，停止通风。
三、电泳：
1、用DEPC水润洗电泳槽。
2、将5倍缓冲液稀释成0.5倍缓冲液，倒入电泳槽中。
3、将胶放入电泳槽，开电源，测试电压（115V）。
4、吸取3微升的RNA液，点样。
5、开始电泳。
（20-30min)
6、电泳结束，取出凝胶，放在凝胶电泳成像扫描仪中观察RNA条带，并记录现象。
琼脂糖凝胶电泳制胶方法
1，制备1%琼脂糖凝胶(大胶用70ml,小胶用50ml)：称取0.7 g(0.5 g)琼脂糖置于锥形瓶中，加入70 ml(50ml)1×TAE，瓶口倒扣小烧杯。
微波炉加热煮沸3次至琼脂糖全部融化，摇匀，即成1.0%琼脂糖凝胶液。
2，胶板制备：取电泳槽内的有机玻璃内槽(制胶槽)洗干净，晾干，放入制胶玻璃板。
取透明胶带将玻璃板与内槽两端边缘封好，形成模子。
将内槽置于水平位置，并在固定位置放好梳子，将冷却到65℃左右的琼脂糖凝胶液混匀小心地倒入内槽玻璃板上，使胶液缓慢展开，直到整个玻璃板表面形成均匀胶层。
3，室温下静置直至凝胶完全凝固，垂直轻拔梳子，取下胶带，将凝胶及内槽放入电泳槽中.添加1×TAE电泳缓冲液至没过胶板为止。
琼脂糖凝胶电泳实验一、实验原理：琼脂糖凝胶电泳是分离和纯化DNA 片段的常用技术。
把DNA样品加入到一块包含电解质的多孔支持介质（琼脂糖凝胶）的样品孔中，并置于静电场上。
由于DNA分子的双螺旋骨架两侧带有含负电荷的磷酸根残基，因此在电场中向正极移动。
在一定的电场强度下，DNA分子的迁移速度取决于分子筛效应。
具有不同的相对分子质量的DNA片段泳动速度不一样，因而可依据DNA分子的大小来使其分离。
凝胶电泳不仅可分离不同分子质量的DNA，也可以分离相对分子质量相同，而构型不同的DNA分子。
在电泳过程中可以通过示踪染料或相对分子质量标准参照物和样品一起进行电泳而得到检测。
相对分子质量标准参照物相对可以提供一个用于确定DNA片段大小的标准。
在凝胶中加入少量溴化乙锭(ethidium bromide, EB)或者ＥＢ类似物，其分子可插入DNA的碱基之间，形成一种络合物，在254～365nm波长紫外光照射下，呈桔红色荧光，因此也可对分离的DNA进行检测。
一般琼脂糖凝胶电泳适用于大小在0.2kb～50kb范围内的DNA 片段。
三种不同构型分子进行电泳时的迁移速度大小顺序为：超螺旋DNA>线性DNA>开环DNA正确选择凝胶浓度对于琼脂糖凝胶电泳，浓度通常在0.5～2％之间，低浓度的用来进行大片段核酸的电泳，高浓度的用来进行小片段分析。
低浓度胶易碎，小心操作和使用质量好的琼脂糖是解决办法。
注意高浓度的胶可能使分子大小相近的DNA带不易分辨，造成条带缺失现象。
适合的电泳缓冲液常用的缓冲液有TAE和TBE，而TBE比TAE有着更好的缓冲能力。
电泳时使用新制的缓冲液可以明显提高电泳效果。
注意电泳缓冲液多次使用后，离子强度降低，PH 值上升，缓冲性能下降，可能使DNA电泳产生条带模糊和不规则的DNA带迁移的现象。
Marker的选择DNA电泳一定要使用DNA Marker或已知大小的正对照DNA来估计DNA片段大小。
一、简介琼脂糖凝胶电泳是以琼脂糖凝胶作为支持介质、利用核酸分子在电场中时的电荷效应和琼脂凝胶的分子筛效应，达到分离核酸混合物的一种电泳技术。
1、琼脂糖的分子筛效应1）琼脂糖（Agarose）来源于海洋红藻细胞壁，是一种大分子线性聚合物，基本结构是由D-半乳糖和3,6-anhydro-α-L-半乳糖通过β-1,4糖苷键结合而成的双糖单位在α-1,3糖苷键的连接下形成的一个长链。
琼脂糖具有亲水性，并几乎完全不存在带电基团，对敏感的大分子极少引起变性和吸附，是理想的惰性载体。
常用作电泳、层析等技术中的半固体支持物，用于生物大分子或小分子物质的分离和分析。
琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到40℃左右形成良好的半固体状凝胶。
琼脂糖加热溶解后分子呈随机线团状分布，当温度降低时链间糖分子上的羟基通过氢键作用相连接，形成直径从50nm-200nm不等的孔径结构，孔径的大小由凝胶浓度控制。
琼脂糖凝胶中孔径的大小，影响了通过的核酸分子的大小以及通过的速度。
通常来说，琼脂糖凝胶的浓度越高，孔径越小，能够通过的核酸分子越小，迁移速度也越慢。
DNA片段越小，所需的胶浓度越大；而DNA 片段越长，所需的胶浓度则越小。
选择合适的胶浓度才能更好的分离片段。
2）琼脂的质量评价琼脂糖通常通过其凝胶强度和电内渗情况判断质量好坏。
强度越高，凝胶性能越好。
质量较好的琼脂糖强度通常在1200g/cm2以上，硫酸根含量在0.2%以下，电内渗在0.13以下。
琼脂糖是从琼脂中分离而来的。
琼脂由琼脂糖和琼脂果胶组成的，琼脂果胶是由许多更小的分子组成的异质混合物，和琼脂糖结构相似，但带硫酸根和羧基组分，凝胶能力差。
在琼脂糖制备过程中需要把琼脂果胶尽量去除，否则琼脂糖有可能存在极微量硫酸根和丙酮酸取代电离基团，附着到琼脂糖的多糖基质上，造成电内渗（EEO）。
电内渗会导致缓冲液中产生正电荷反向离子，它们向负极移动，从而造成与DNA反方向迁移的液流，使DNA的分离效果变差。
� RNA 琼脂糖凝胶电泳:配制:1. 0.5M EDTA(pH=8.0 :100ml :称取 18.61g Na 2EDTA ·2H 2O (分子量 372.24 ,加 80ml ddH 2O 剧烈搅拌, 用 NaOH 调节 PH 值至 8.0(约需 2g NaOH . 高压灭菌,室温保存。
2. 50×TAEloading buffer:(Tris acetate-EDTA buffer 电泳缓冲液组分:2MTris-乙酸;100mM EDTA(pH=8.0500mL:称 121.1g Trisbase(分子量 121.14 ,加 800ml ddH 2O 溶解,加 57.1ml 乙酸和 50ml 0.5M EDTA 溶液(pH=8.0 ,搅拌, ddH 2O 定容至 500mL . 室温保存。
3. 1×TAEloading buffer:取 20ml 50×TAE, ddH 2O 定容至 1L. 室温保存。
4. 100×Sybergreen :500ul :取 495ul 1×TAE于 1.5ml 离心管,加入 5ul Sybergreen 原液混匀,4℃锡纸避光保存。
注意:Sybergreen 原液需稀释 10000倍;6×DNAloading buffer 上样缓冲液需稀释六倍,最终稀释倍数应不小于 1×。
步骤:1. 制备 1%琼脂糖凝胶 (大胶用 70ml, 小胶用 50ml ,我们用 30ml:称 0.3g 琼脂糖置于 100ml 锥形瓶中,加入 30ml 1×TAE ,瓶口倒扣小烧杯。
微波炉加热煮沸 3次,至琼脂糖全部融化,摇匀,即成 1.0%琼脂糖凝胶液。
2. 胶板制备 :取电泳槽内的有机玻璃内槽 (制胶槽洗干净 , 晾干 , 放入制胶玻璃板 . 取透明胶带将玻璃板与内槽两端边缘封好 , 形成模子 . 将内槽置于水平位置 , 并放好梳子 .将冷却到 65℃左右的琼脂糖凝胶液混匀小心地倒入内槽玻璃板上 , 使胶液缓慢展开 , 直到整个玻璃板表面形成均匀胶层 . 室温下静置直至凝胶完全凝固 , 垂直轻拔梳子 , 取下胶带 , 将凝胶及内槽放入电泳槽中 . 添加 1×TAE 电泳缓冲液至没过胶板为止 . 3. 加样 :样品制备:(10ul 体系 /样品槽于 0.25ml 离心管中样品 RNA (最后加 :2ul /3ul/5ul6×DNA loading buffer:10/6=1.7ul100×Sybergreen :0.1ulDEPC 水:至 10ul(注意 :加样前要先记下加样的顺序 . 分别将样品加入胶板的样品小槽内 , 每加完一个样品 , 应更换一个枪头 , 以防污染 , 加样时勿碰坏样品孔周围的凝胶面 .4. 电泳 :加样后的凝胶板立即通电进行电泳 , 电压 60-100V , 样品由负极 (黑色向正极(红色方向移动 . 电压升高 , 琼脂糖凝胶的有效分离范围降低 . 当溴酚蓝移动到距离胶板下沿约 1cm 处时 , 停止电泳 .5. 电泳完毕后 , 取出凝胶 , 利用科 212凝胶成像系统 , 在紫外灯(trans UV 下观察拍照保存 .DNA 存在则显示出红色荧光条带 . RNA 完美提出应该是三条带:28, 18, 5.8。
