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mega的使⽤MEGA的使⽤产⽣背景及简介随着不同物种基因组测序的快速发展，产⽣了⼤量的DNA序列信息，这时就需要⼀种简便⽽快速的统计分析⼯具来对这些数据进⾏有效的分析，以提取其中包含的⼤量信息。
MEGA就是基于这种需求开发的。
MEGA 软件的⽬的就是提供⼀个以进化的⾓度从DNA和蛋⽩序列中提取有⽤的信息的⼯具，并且，此软件可以免费下载使⽤。
现在我们使⽤的是MEGA4的版本。
它主要集中于进化分析获得的综合的序列信息。
使⽤它我们可以编辑序列数据、序列⽐对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等。
此软件的输出结果资源管理器允许⽤户浏览、编辑、打印输⼊所得到的结果⽽且所得到的结果具有不同形式的可视化效果。
此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩阵，这是他不同与其他分析软件的地⽅。
在计算矩阵⽅⾯有⼀些⾃⼰的特点：1.推测序列或者物种间的进化距离2.根据MCL(Maximum Composite Likeliood method)的⽅法构建系统发育树3.考虑到了不同碱基替换的不同的⽐率，考虑到了碱基转换和颠换的差别。
4.随时可以使⽤标注：所以的结果输⼊都可以使⽤标注，⽽且标注的内容可以被保存，复制。
具体使⽤我们以分析20个物种的⾎红蛋⽩为例来具体说明此软件的具体使⽤情况。
⼀．启动程序1.运⾏环境：在Windows 95/98, NT, ME, 2000, XP, vista等操作系统下均可使⽤。
2.下载安装：可以直接登陆/doc/d5e9bde30722192e4436f6c6.html 进⾏下载安装，另外还可以从/doc/d5e9bde30722192e4436f6c6.html /tools/phylogeny.php中的链接进去。
3.双击桌⾯快捷⽅式图标，进⼊主界⾯；或者从开始菜单，单击图标启动。
⼆．序列分析。
1.启动单击后，会出现如下界⾯：这⾥有三个选项，分别对应三种不同的情况：以下分别予以介绍：Create a new alignment ：是在你没有任何⽐对的时候使⽤，⽐如你只有⼀个fasta 格式的序列就可以选择这个选项。
利用系统进化分析软件对序列进行同源性分析1.0目的1.1为了保持国际上各个耐药性实验室的高检验水准，进行分子进化分析是有很重要作用的。
它不仅可以保证流行病学目的顺利实现，而且有利于发现检测阶段可能产生的潜在的交叉污染。
1.2利用此软件进行分析所得的信息对于进行艾滋病毒在人群中传播的流行病学研究具有十分重要的意义。
1.3通过对实验室之前分析的数据与当前数据进行比较，可以发现在此前实验过程中由于标本处理不当所导致的潜在的实验室污染。
1.4对于确保得到高质量的实验结果并及时发现可能出现在实验室里的问题具有重要意义。
2.0仪器设备2.1计算机一台。
2.2Windows 95以上的操作系统。
2.3BioEdit 以及MEGA 4 分析软件。
2.3.1均为免费软件，可以从互联网上下载，在计算机上进行安装。
3.0操作过程3.1局限及要求3.1.1经过序列编辑软件拼接处理后的txt文件或fasta文件均可，例如ChromasPro软件。
3.1.2可以在MEGA上分析的分子序列或距离矩阵数据。
3.1.3Mega 4软件只能将长度相等的序列转换为MEGA输出文件，因此，任何多序列文件必须通过BioEdit软件进行对齐修剪，然后才能进入通过Mega软件转换成*.meg格式进行分析。
3.1.4该数据集的大小受限于计算机上可用的物理（RAM）和虚拟内存。
3.1.5分析的序列必须包括两个或两个以上长度相同的序列，所有序列分析之前必须用MEGA软件对齐。
3.1.6核苷酸和氨基酸序列应该用英文字母连续书写，不区分大小写。
一些特殊的特殊符号，例如表示对齐缺口，碱基缺失等的符号也可以包含在序列中。
3.1.7空格和制表符经常用于数据文件中，因此会被MEGA忽略。
ASCII字符，如（.）（- ）（？），一般都作为特殊符号来表示序列中的不同碱基，分别表示第一个序列，对齐缺口及碱基缺失。
3.1.8BioEdit 软件进行序列比对3.1.9双击BioEdit图标打开BioEdit 序列对比编辑器窗口。
MEGA软件的使用Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。
1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。
而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。
首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA 格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。
单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Sequences（蛋白质序列）、Pairwise Distance（遗传距离矩阵）。
根据输入数据的类型，选择一种，点击“OK”即可。
如果选择“Pairwise Distance”，则操作界面有所不同；如下图所示：根据遗传距离矩阵的类型，如果是下三角矩阵，选择“Lower Left Matrix”即可；如果是上三角矩阵，选择“Upper Right Matrix”即可。
点击“OK”按钮，即可导入数据。
如果是核苷酸数据，则读完之后，会弹出如下对话框：如上图，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则选择“Yes”按钮；如果是不编码蛋白质的核苷酸序列，则点击“No”按钮。
之后，会弹出如下操作窗口：此作界面的名称是“Sequence Data Explorer”，在其最上方是工具栏“Data”、“Display”、“Highlight”等，然后是一些数据处理方式的快捷按钮，在操作界面的左下方是每个序列的名称。
分子进化分析软件MEGA 3.1的使用操作作者：Dxyer- lzf战友（山东大学生命科学学院微生物国家重点实验室）受益的话，请到下列地址给我投一票，谢谢☺/bbs/post/view?bid=73&id=5059255&sty=1&tpg=1&ppg=1&age=0#5059255进化树也称种系树，英文名叫“Phyligenetic tree”，主要通过蛋白质序列/核酸序列的同源性比较进而了解基因或物种进化发生的内在关系和规律。
完整的进化分析需要以下几个步骤[1]：A.了解进化树的一些基本的概念和定义；B.集合一个待分析的数据组；C.对数据组进行多重序列比对；D.比对结果的校正；E.进化树的构建:为了说明进化分析结果的真实性，往往需要对校正后的比对结果选择不同的算法、模型和程序进行进化树的构建（必要的话，可利用Gblocks：http://molevol.ibmb.csic.es/Gblocks/Gblocks.html等软件提取数据组中的保守区后再进行进化树构建）；F.树枝可信度评估：可利用bootstrap和interior-branch等测试方法；G.发表数据的优化及展示：可利用MEGA3.1软件打开多种软件所做的进化树并对其进行分枝合并、排序等优化，最后利用Photoshop、Macromedia Fireworks MX 等作图软件对图的清晰度进行优化以获得高质量的发表展示图.目前树状进化树的分析软件很多，其中MEGA 3.1（/）[2]最大的优点在于易于上手操作并可对图形进行优化展示，是分子进化分析最理想的软件之一。
但MEGA软件包中没有目前蛋白序列进化分析中推崇的“最大可能性（maximum likelyhood，ML）”和“贝叶斯推论（bayesian inferences）”这两种算法[3]。
ML算法可使用软件phyml（http://atgc.lirmm.fr/phyml/），贝叶斯分析使用软件MrBayes（/）。
第一步：打开软件下面介绍菜单的使用：Data菜单：Creat a new ：创建一个新的数据比对文件，也就是说当我们比对完一组后，想接着比对另一组，那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入；Open ：打开先前已经比对并保存好的文件，它包含两个子菜单：retive sequence from file 和saved aligment session ；Close: 关闭当前的比对数据文件；Save session ：保存当前比对结果，可以给比对的结果一个文件名；Export alignment ：将当前的序列比对结果输出到指定文件，有两种输入格式可供选择：MGTA 和FASTA.DNA sequence ：使用它来选择输入的数据DNA 序列，这里需要说明的是如果你输入的数据是氨基酸序列的话，比对窗口只显示一个标签，若是DNA 序列的话则显示两个标签，一个是DNA 序列的，另一个是氨基酸序列的。
Protein sequences ：选择输入的氨基酸序列，选择后，所以的位点就被当作氨基酸残基位点来对待。
Translate/untranslate ：只有比对的序列是编码蛋白的DNA序列的时候才可用。
它可以根据指定的遗传密码表将DNA 序列翻译成特定的氨基酸序列。
Select genetic code table ：使用它将编码蛋白的DNA 翻译成特定的蛋白序列。
R everse complement ：将选择的一整行的DNA 序列变为与之互补配对碱基序列。
Exit alignment explorer ：退出序列比对的资源管理窗口Edit 菜单：使用这个菜单可以对我们的比对序列进行想要的一些编辑工作具体为Undo：撤销上一步操作；Copy：复制；Cut：剪切；Paste：粘贴；这三个操作都可以只针对一个碱基或氨基酸残基也可以是一段甚至是整个序列；Delete：从比对表格中删除一段序列；Delete gaps：去掉序列中的空缺；Insert blank sequence：重新插入一空行；标签和序列都是空的；Insert sequence from file ：从已保存的文件中插入新的序列；Select sites ：选择一列序列，与点击比对表上方的灰白空格作用类似；Select sequence：选择一行序列，与点击比对表格左侧的标签名作用类似；Select all：全选；Allow base editing ：只读保护，只有选择后才能对序列进行编辑操作，否则所以的序列为只读格式，不能进行任何编辑操作。
MEGA使用说明书MEGA软件构建系统发育树摘要：以白色念珠菌属下面的十个种的18s RNA 为例，构建系统发育树来说明MEGA 软件的使用方法。
1背景简介1.1 MEGA（分子进化遗传分析）MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis。
MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, estimating rates of molecular evolution, and testing evolutionary hypotheses. MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。
MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。
最新版本：MEGA 5.1 Beta (软件开发者建议其结果不用于发表文章)建议下载版本：MEGA 5.05 for Windows and Mac OS。
MEGA 5 has been tested on the following Microsoft Windows? operating systems: Windows 95/98, NT, 2000, XP, Vista, version 7, Linux and Mac OS [1].MEGA 5.05 可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点击可下载。
1.2 系统发育树定义系统发育树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。
是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。
在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）1.3 系统发育树的分类根据有根和无根来区分：树可分为有根树和无根树两类。
MEGA软件的使用引言现代分子生物学所积累的数据库（如美国国家生物信息中心建立的GeneBank等）隐含着大量的生物系统学和生物进化的有用信息。
计算机软件是挖掘这些知识宝藏的最有效的工具，而且这些数据库不断快速扩展，信息量十分庞大。
因此，如果没有计算机软件的帮助，我们简直无法开战分子系统学和分子进化方面的研究工作。
同样，这些数据分析方法和软件在古DNA研究中是必不可少的。
因为有着坚实的分子进化和人类遗传学基础，序列比对分析已经成为重构物种和基因家族进化历史，估算分子进化速率、推断基因和基因组进化过程中自然选择力量的强度等的必不可少的方法和手段。
计算机的应用和统计学的介入大大简化这些工作。
在这些背景下，Sudhir Kumar、Koichiro Tamura和Masatonshi Nei 和在上世纪九十年代初就发展了Mega遗传分析软件，并不断改进。
现在公布了3.0版，增添很多新功能，并使软件使用者能在线取得帮助。
Mega（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一个界面友好、操作简便、功能强大的分子进化遗传分析软件，也是文献中经常用到的分析软件。
尤其是，Mega的新版本对使用界面做了优化，并有改进了许多统计学和遗传学算法，其支持的文件格式很多，而且可以直接从测序图谱中读取序列。
另外，Mega 软件还内嵌了一个Web浏览器，能直接登录NCBI网站。
Mega软件操作起来很方便，其界面与传统的Windows程序界面很像，即使初学者也很易上手。
Mega软件功能十分强大，尤其在计算遗传距离、构建分子系统树方面。
Mega 软件提供多种计算距离的模型，包括Jukes-Cantor距离模型、Kimura距离模型、Equal-input距离模型、Tamura距离模型、HEY距离模型、Tamura-Nei距离模型、General reversible距离模型、无限制距离模型等。
MEGA的使用产生背景及简介随着不同物种基因组测序的快速发展，产生了大量的DNA序列信息，这时就需要一种简便而快速的统计分析工具来对这些数据进行有效的分析，以提取其中包含的大量信息。
MEGA就是基于这种需求开发的。
MEGA 软件的目的就是提供一个以进化的角度从DNA和蛋白序列中提取有用的信息的工具，并且，此软件可以免费下载使用。
现在我们使用的是MEGA4的版本。
它主要集中于进化分析获得的综合的序列信息。
使用它我们可以编辑序列数据、序列比对、构建系统发育树、推测物种间的进化距离等。
此软件的输出结果资源管理器允许用户浏览、编辑、打印输入所得到的结果而且所得到的结果具有不同形式的可视化效果。
此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩阵，这是他不同与其他分析软件的地方。
在计算矩阵方面有一些自己的特点：1.推测序列或者物种间的进化距离2.根据MCL(Maximum Composite Likeliood method)的方法构建系统发育树3.考虑到了不同碱基替换的不同的比率，考虑到了碱基转换和颠换的差别。
4.随时可以使用标注：所以的结果输入都可以使用标注，而且标注的内容可以被保存，复制。
具体使用我们以分析20个物种的血红蛋白为例来具体说明此软件的具体使用情况。
一．启动程序1.运行环境：在Windows 95/98, NT, ME, 2000, XP, vista等操作系统下均可使用。
2.下载安装：可以直接登陆进行下载安装，另外还可以从/tools/phylogeny.php中的链接进去。
3.双击桌面快捷方式图标，进入主界面；或者从开始菜单，单击图标启动。
二．序列分析。
1.启动单击后，会出现如下界面：这里有三个选项，分别对应三种不同的情况：以下分别予以介绍：Create a new alignment ：是在你没有任何比对的时候使用，比如你只有一个fasta格式的序列就可以选择这个选项。
Open a saved alignment session：使用它可以打开一个我们已经比对好的序列文件；Retieve a sequence from a file ：这种情况同第一种情况相似，只是不用选择是DNA 还是蛋白质序列比对，选择的也是fasta格式的文件，打开后的界面都是一样的。
系统发育分析-MEGA实 验 目 的1. 学会使用 MEGA 构建进化树，熟悉建树相关参数；2. 会分析建树结果，体会不同方法的差异。
实 验 内 容 实 验 流 程一、 准备工作首先现在MEGA 的官网上下载MEGA X ：正式下载前还需要输入一些信息：在宿舍用Wi-Fi 下载也是极慢（1M/min ），用VPN1分钟就直接下好了，安装：由于我们之前的同源序列中只有直系同源序列，因此我们需要再在序列库中寻找MTPAP的并系同源序列。
首先在NCBI的HomoloGene库中搜索MTPAP，得到以下结果：点击Orthologs，可以发现许多的直系同源基因，由于之前选择的5条序列相似度过高，因此我们重新下载10条直系同源核酸与蛋白序列：发现了一个从未听说过，但功能却极为强大的网站——GeneCard：信息：所有序列整理好后如下图所示：在此之前，先将物种名单信息上传至NCBI的Taxonomy - Common Tree中，找到要与建树结果比对的标准树：使用TreeViewX打开下载得到的phy文件：可以看到，重新下载的物种数据分布比较宽泛，避免因序列信息过于相似而使建树结果出现分歧。
二、直系同源序列的比对现在正式开始使用MEGA X进行序列分析。
先利用MEGA的多序列比对功能得到meg文件。
导入序列：使用ClustalW进行比对：比对结果：保存比对结果（可以选择fasta格式或是meg格式）。
三、对五种建树方法的探索我们分别尝试五种建树方法，并于标准树做对比：1. ML法建树参数设置：Original ML Tree：100次Bootstrap后得到的一致树：可以看到，Bootstrap前后，直系同源序列的关系都与是否与已知物种分类关系相同，只是拓扑结构略有区别。
2. NJ法建树参数设置：Original NJ Tree：100次Bootstrap后得到的一致树：相对于ML法，NJ法建树速度极快，但是建树结果就是在是差强人意了。
实习三：系统发育分析-MEGA一、实验目的1.学会使用MEGA软件构建进化树。
2.了解如何分析构树结果，体会各种方法的差异。
二、实验内容MEGA网址：/（1）安装软件下载MEGA5程序,按照默认将程序安装到自己的计算机。
（2）生成多条序列比对文件点击开始－MEGA5－MEGA，启动程序。
点击Align图标-Edit/Build a Alignment，出现对话框有三个选项(Figure 2)。
如果你手头有比对好的mas格式的文件，选择第２个选项Open a saved alignment session,否则,选择１（创建新的比对）或3(从文件输入序列)。
这里我们先选择第一个选项,点击OK。
然后出现对话框，询问你的序列类型，如果是核酸序列，点击DNA。
如果是蛋白质序列，选择Protein。
如果不输入序列，选择Cancel(Figure 3)。
选择DNA（或Protein），出现新窗口Alignment Explorer,点主菜单Data-open-retrieve sequences from file。
输入要比对的序列选择序列文件（所有序列fasta格式，保存到一个文本文件txt中，改扩展名为.fas）,打开，文件中的序列出现在窗口中（Figure 5）。
比对结果页面点击Data-Export Alignment-MEGA Format，保存比对结果。
然后点击Data-Exit AlnExplorer，程序询问是否要要保存现在的比对结果，已经保存过，点击否。
（3）进化树构建点击主菜单File-Open a File/session，选择刚保存的meg文件（Figure 10），主窗口出现所选择文件的图标。
Figure 10 选择多条序列比对结果文件Figure 11 选择成功后的页面点击phylogeny图标，选择建树方法，共有五种方法可供选择：MLE, NJ, ME, UPGMA, MP。
选择其中的一种（Figure 12）。
进化树分析软件MEGA的用法MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一款功能强大的分子进化遗传学分析软件，用于构建进化树、进行序列比对、计算基因组变异等。
它提供了丰富的功能和易于使用的界面，使用户能够对生物序列进行详细的进化分析。
下面是MEGA软件的用法详解。
1.安装和启动MEGA软件2.导入序列数据在MEGA软件中，可以导入多种类型的序列数据，如DNA序列、蛋白质序列等。
您可以通过"File"菜单下的"Open"选项来导入已有的序列文件，或通过粘贴操作将文本格式的序列数据直接粘贴到MEGA软件中。
3.序列比对MEGA提供了多种序列比对方法，如ClustalW、MUSCLE等。
您可以通过"Align"菜单下的"Multiple Sequence Alignment"选项选择适当的方法进行序列比对。
在比对完成后，软件将显示每个位置的序列相似性信息。
4.进化树构建MEGA支持多种进化树构建方法，如NJ法（Neighbor-Joining）、ML法（Maximum Likelihood）等。
您可以通过"Phylogeny"菜单下的"Construct/Inference Phylogenetic Trees"选项选择适当的方法进行进化树构建。
MEGA还支持Bootstrap分析，用于评估构建的进化树的可靠性。
6.进化分析MEGA提供了多个工具用于进一步研究和分析进化树上的数据。
通过"Phylogeny"菜单下的"Tree Explorer"选项，您可以对进化树进行多种分析，如比较进化树的拓扑结构、计算进化树的分支长度、分析基因组变异等。
7.分支针对性分析MEGA还提供了一些工具用于对进化树上的特定分支进行分析。
MEGA软件的使用Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。
1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。
而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。
首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA 格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。
单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Sequences（蛋白质序列）、Pairwise Distance（遗传距离矩阵）。
根据输入数据的类型，选择一种，点击“OK”即可。
如果选择“Pairwise Distance”，则操作界面有所不同；如下图所示：根据遗传距离矩阵的类型，如果是下三角矩阵，选择“Lower Left Matrix”即可；如果是上三角矩阵，选择“Upper Right Matrix”即可。
点击“OK”按钮，即可导入数据。
如果是核苷酸数据，则读完之后，会弹出如下对话框：如上图，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则选择“Yes”按钮；如果是不编码蛋白质的核苷酸序列，则点击“No”按钮。
之后，会弹出如下操作窗口：此作界面的名称是“Sequence Data Explorer”，在其最上方是工具栏“Data”、“Display”、“Highlight”等，然后是一些数据处理方式的快捷按钮，在操作界面的左下方是每个序列的名称。
常用生物软件大汇总生物软件是指由计算机技术应用于生物学研究的软件工具。
随着生物学研究的深入，生物软件层出不穷，涵盖了生物信息学、分子建模、基因组学、蛋白质研究、系统生物学等多个领域。
下面是一份常用生物软件的大汇总。
1.生物信息学软件：-BLAST：用于比对核酸或蛋白质序列的工具，常用于序列相似性分析和序列注释。
- ClustalW：用于多序列比对的软件，可以研究序列间的保守性和变异性。
-MEGA：用于分子进化分析的软件，可以构建进化树和进行序列比对。
-EMBOSS：一个开源的生物信息学软件套件，提供了一系列分析工具，如序列比对、序列注释、基因预测等。
-GROMACS：广泛应用于分子动力学模拟的软件，用于研究蛋白质和其他生物大分子的结构和动力学性质。
2.基因组学软件：- UCSC Genome Browser：用于浏览和分析基因组数据的工具，提供了丰富的基因组注释信息和功能预测。
- Ensembl：一个集成了多个物种基因组数据和功能注释的数据库，针对多物种基因组比对和注释提供了丰富的工具。
- TopHat和Cufflinks：用于RNA-Seq数据分析的工具，可以进行基因表达量估计和剪接变异分析。
- NCBI GenBank和EMBL：两个常用的基因序列数据库，包含了大量基因组和蛋白质序列数据。
3.蛋白质研究软件：-PyMOL：一个用于可视化蛋白质结构的工具，可以进行蛋白质结构的可视化、分析和交互式操作。
- Rosetta：用于蛋白质结构预测和蛋白质折叠研究的软件，可以通过模拟和优化预测蛋白质的三维结构。
- Swiss-model：一个用于模拟蛋白质结构的工具，可以根据已知的蛋白质结构进行模拟和预测。
-PDB：以蛋白质结构为基础的数据库，提供了大量已知的蛋白质结构数据。
4.系统生物学软件：- Cytoscape：用于生物网络分析的工具，可以可视化和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络、基因调控网络等。
-MATLAB和R：两个常用的统计和计算工具，可以用于生物网络建模、模拟和数据分析。
进化分析步骤第一篇：进化分析步骤1）BioXM2.6 查找前后引物，去掉载体序列，进行BLAST下载Genbank中的同源序列，整理成.txt文档。
BioEdit 对序列进行剪切编辑。
2）ClustalX 软件载入序列，进行完全比对/MEGA5 软件导入序列，进行ClustalW序列比对，保存.max文件。
3）MEGA5比对结束后，查找最适宜的进化树分析方法，J&C、T92 or T93+G,选择合适的方式进行建树。
ML/NJ，设定 boottrap 500/1000。
4）5）MEGA5图片初步处理，调整次级分支的位置，保存为.nex/.tree/.txt文件用Dendroscope图像处理软件打开.nexus/.nexml进行图片编辑。
第二篇：《进化是什么》读书笔记《进化是什么》读书笔记这是一本概论性质的进化丛书。
作者深入浅出，为我们介绍了与进化有关的方方面面，文笔浅显易懂而又不失其科学类著作的严谨性。
本书的作者，恩斯特·瓦尔特·迈尔，是“20世纪最主要的演化生物学家之一”。
迈尔最早是一个鸟类学家，然后转变成了一个进化论生物学家，然后又变成了科学史学家。
如同达尔文一般，迈尔从小也表现出对周遭动植物的强烈兴趣。
后来他在柏林大学完成了医学专业的学习，并取得了动物学的博士学位。
23岁，迈尔在南太平洋部分地区开始了正式的野外考察，提出了一系列的概念和理论并出版专著。
此后，他于哈佛大学比较生物学博物馆工作并于哈佛大学任教，在此期间仍然从事演化生物学及其他领域的研究。
基于作者在这一领域的权威性，本书内容的准确性足以得到保障。
下面从内容上具体谈谈。
全书分为四章：什么是进化；如何解释进化变化与适应；多样性的起源与进化：支序发生；人类的进化，逻辑连贯。
同时在最后加入了批判性的内容：对进化论的批评，使得全书更加客观。
（批判性内容也同样被达尔文用于《物种起源》之中）显然对于任何一个试图讲解进化理论的人，达尔文的进化论是不可避免的。
