实时荧光定量PCR数据分析及常见问题分析
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荧光定量PCR常见问题解析(一)1、普通PCR与荧光定量PCR技术区别?①荧光定量PCR能够实时监测PCR反应的全过程,对每一个循环进行定量或定性分析;而普通PCR只能对反应的终产物进行半定量或定性分析。
②荧光定量PCR的结果分析可以直接通过电脑读出,而普通PCR的结果必须通过下一步的电泳进行条带分析。
2、荧光定量PCR技术的特点①灵敏度高、特异性强。
② PCR实验过程全封闭,仪器自动分析和获取实验结果,无后续实验操作。
③实时监测反应过程,定量更准确。
④定量范围宽,可达到10个数量级。
⑤可以实现一次反应检测多个样本。
3、实时荧光定量PCR实验操作注意事项①应该带一次性乳胶手套并经常更换,在试剂准备室和样本处理室应该配备负压式生物安全柜,以防止对环境或对样品的污染。
②要严格防止气溶胶交叉污染。
采取的措施有:使用一次性带滤芯移液枪吸头;不使用吸头吹打液体进行混匀;在生物安全柜中进行离心操作;尽量减少在生物安全柜以外开启试剂或PCR管;禁止在荧光定量PCR结束后打开PCR管盖。
③实验中牵涉的有毒有害及有污染的样本及试剂应该严格按照生物安全相关规定操作和处理。
④荧光探针应该避光保存,加入反应液后应尽快上机,以防探针粹灭。
⑤在进行RNA相关操作时,必须使用无RNase的实验器具及耗材,并加样后立即上机操作,以防RNA的降解。
⑥所有试剂在开启之前都要瞬时离心;试剂配制完成后要瞬时离心以去除气泡。
⑦不要在荧光定量PCR管上做任何标记,不能用手接触PCR管盖上采光部位。
4、实时荧光定量PCR实验无CT值出现或无扩增信号的问题及解决方案①实验的循环数不够,设计的循环数应该在35以上,可增加至45个循环,但不可高于45个循环。
②通道选择不对,应该仔细阅读产品说明书,根据说明书的要求选择采光通道。
③荧光采集位置设计有误,应该仔细阅读产品说明书,根据说明书的要求设置荧光信号采集位置。
④引物或探针降解,要求厂家重新发货验证。
临床荧光PCR结果分析及常见问题临床荧光PCR技术是一种在临床实验室中常用的分子生物学技术,其通过特定荧光探针来检测靶DNA序列的存在与否。
本文将介绍临床荧光PCR结果的分析及常见问题,希望能为读者提供有益的信息。
一、荧光PCR结果分析在进行临床荧光PCR实验后,我们需要对结果进行分析以确定目标DNA序列的存在与否。
以下是一些常见的结果分析步骤:1. 结果判读通过荧光信号的强弱和峰值出现的时间,我们可以初步判断目标DNA序列是否存在。
正常情况下,目标序列存在的样本中,荧光信号会在特定的循环数内出现,信号的强度也会相应增加。
2. 阈值设定设置一个适当的阈值,通常为信号强度的百分比。
我们可以根据阈值来确定一个样本是阳性还是阴性。
当信号超过阈值时,我们判定该样本为阳性;反之则为阴性。
3. 确定循环阈值(CT值)循环阈值(CT值)是指荧光信号达到阈值所需的循环数。
CT值的大小可以反映样本中目标DNA序列的丰度。
一般来说,CT值越小,说明目标DNA序列的初始数量越高。
4. 结果解读通过对不同样本的CT值进行比较,我们可以对实验结果进行解读。
例如,CT值较小的样本表示目标DNA序列的存在量较高,而CT值较大的样本说明目标序列的存在量较低。
二、常见问题及解决方法在临床荧光PCR实验中,也存在一些常见问题会对结果产生影响,下面是一些常见问题的解决方法:1. 假阳性结果假阳性结果是指在实验中,实际上目标DNA序列不存在,但荧光信号却超过阈值,被误判为阳性。
这可能是由于试剂或样本污染、非特异性引物或探针选择不当等原因引起的。
为避免假阳性结果,我们需要仔细选择试剂和探针,控制好实验操作的严密性。
2. 假阴性结果假阴性结果是指在实验中,目标DNA序列实际存在,但荧光信号未超过阈值,被误判为阴性。
这可能是由于试剂浓度不足、PCR条件不合适等原因造成的。
为避免假阴性结果,我们需确保试剂充足且质量良好,并进行PCR反应的优化。
临床荧光PCR结果分析及常见问题临床荧光PCR结果分析及常见问题中国⼈民解放军三零⼆医院王海滨⼀、荧光 PCR 技术在临床诊、疗中的应⽤PCR 技术是于 1983 年由 Mullis 发明,后来传到我国,但是由于实验污染的问题, 1998 年卫⽣部取缔 PCR 实验⽅法在临床诊断中的应⽤。
荧光 PCR 出现后,污染减少很多,但近⼏年由于磁珠的应⽤,污染⼜再起。
2003 年, PCR 在 SARS 的早期诊断中⾮常有效,当时使⽤的是电泳法。
H1N1 甲型流感( 2009 ):荧光 PCR 技术作为确诊指标( 755 份 / 天)。
疾病易感基因的研究( SNP ): CR1/ 丙型肝炎 IL-28B 。
疾病(肿瘤)易感基因的鉴定。
⼆、影响临床荧光 PCR 检测结果的因素(⼀)影响临床荧光 PCR 检测结果的常见因素1. 检验因素:实验室硬件、仪器、试剂、⼈员素质、技术⽔平、管理⽔平。
2. ⾮检验因素:标本采集、质量、部位、标本保存、条件、时间、标本中的⼲扰物质、样本丢失!(⼆)加强检测前标本的质量管理——避免问题重复发⽣规范标本前处理流程、制度化的重要性,建⽴不合格标本记录和定期总结制度、制定解决措施与可⾏路径(编号和项⽬错误等),查找标本丢失可能的环节。
加强本室新进⼯作⼈员流程培训,经常性进⾏临床医护的交流与培训。
(三)实验室分区分为:试剂配制、核酸提取、 PCR 扩增以及开放产物分析等区域。
分区⽬的:通过物理分割达到标本、试剂或使⽤器具等被沾染或掺⼊污染,标本间的交叉污染等。
分区要求:⾄少要有清洁的试剂配制和核酸制备区三、试剂配制(⼀)试剂配制室的设置与维护以空间内⽆核酸⽓溶胶为准!1 .正压、清洁进风 ( 壁挂式空调 ) 。
试剂冰箱内勿存放病原或核酸相关物品!定期清洁除霜!2 .有效氯消毒液清洁实验室台⾯、地⾯。
3 .移液器:使⽤前的清洁。
4 .离⼼机等:每周定期⽊浆纸⼱擦拭,⽅法。
“⼀次性物品的使⽤ - 从 COBAS 的“浪费”中找到均衡!(⼆)试剂配制注意事项试剂配制实际是简单的问题,但是也是⾮常复杂的环节。