基因工程重点

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4.DNA聚合酶类

DNA聚合酶1 :5’-3‘聚合酶活性

:5’-3‘外切酶活性

:3’-5‘外切酶活性

主要用于切口平移制DNA探针用于核酸分子杂交

Klenow酶: 5’-3‘聚合酶活性

3’-5‘外切酶活性

主要用于随机引物法标记DNA探针

末端终止法(双脱氧)测序

cDNA第二链的合成

补平3’凹端

逆转录酶:5‘-3’聚合酶活性

5‘-3’外切酶活性

3‘-5’外切酶活性

RNase H活性

末端转移酶活性。MMLV在加上3个C

主要用于:以mRNA为模板合成目的基因

构建cDNA文库

逆转录PCR和荧光定量PCR

5.碱性磷酸酶

把5’-P变成5‘-OH

主要用于: 防止载体自连

获得5’标记的DNA或RNA探针

6.末端转移酶

Mg离子加在突出末端上

Co离子加在平末端上

7.其他工具酶

T4多核苷酸激酶: 催化r-磷酸从ATP分子转移给DNA或RNA的5-OH末端。与碱性磷酸酶连用, 获得5’标记的DNA或RNA探针

S1单链核酸酶: 特异性降解单链DNA或RNA。常被用于除去DNA双链或杂交双链中的单链发卡结构

8.载体

名: 载体 是指运载外源DNA有效进入受体细胞的工具。载体同外源DNA在体外重组成DNA重组分子。在进入受体后形成一个复制子, 即形成在细胞内能独自进行自我复制的遗传因子。

9. 载体三个条件

具备复制起点

具有筛选标记

多克隆位点, 每种限制性内切酶最好只有一个切点

具备较高的拷贝数

(载体的发展目标:具有较大的外源DNA片段的装载容量, 又不影响本身的复制)

载体类型 定义 装载能力

质粒 5-8kb

噬菌体 <20kb

Cos质粒 人工构建的由入噬菌体的cos序列、质粒复制子序列及抗生素的抗性基因序列组成的一类特殊的质粒载体 30-40kb

人工微小染色体 利用真核生物染色体或原核生物基因组功能元件构建的能克隆大于50kb的人工载体 50-200kb

10. 表达载体

名:要使克隆基因在宿主细胞中表达, 就要将它放入带有基因表达所需要的各种调控元件的载体中,这种载体就称为表达载体

11. (名)T7噬菌体启动子: 它是来自T7噬菌体的启动子, 具有高度的特异性, 只有T7 RNA聚合酶才能使其启动, 故可以使克隆在载体上的基因独立于宿主细菌基因组之外得到表达。T7RNA聚合酶的效率比大肠杆菌RNA聚合酶高5倍左右。

T7噬菌体启动子系统的优点

1)T7噬菌体RNA聚合酶合成RNA的速度高于大肠杆菌5倍;

2)T7噬菌体RNA聚合酶只识别自己的启动子序列,不启动大肠杆菌DNA任何序列的转录;

3)T7噬菌体RNA聚合酶对抑制大肠杆菌RNA聚合酶的抗生素有抗性;

4)T7噬菌体RNA聚合酶/启动子系统在一定条件下,基因表达产物可占细胞总蛋白的25%以上。

12. (名)融合表达载体:蛋白质融合表达是指外源基因与载体已有的担体蛋白的编码基因拼接在一起,并作为一个新的开放阅读框进行表达。

融合蛋白表达的优缺点: 与高表达的担体蛋白共同表达,可以保证目的蛋白表达率高,稳定性好;

② 担体蛋白常常是结构和功能研究得比较清楚的蛋白质,利用免疫亲和层析很容易对担体蛋白进行分离和纯化;

③ 某些担体蛋白能很成功地生成折叠正确、有生物活性的蛋白质,可以帮助目的蛋白形成正确的空间结构。

④ 通过化学裂解和蛋白酶很容易将担体蛋白从目的蛋白中裂解出来。

13. (名)分泌表达是指周质蛋白、细胞内膜与外膜蛋白等以带有N端信号肽的前体形式首先在细胞质中合成,随后穿膜运送到周质或定位到内、外膜上的分泌过程。穿膜过程中,信号肽被信号肽酶切除。将目的蛋白的基因置于原核蛋白信号肽的序列的下游可能实现分泌型表达。

分泌表达的优点:

①信号肽被切除后的蛋白质N末端的氨基酸序列与天然蛋白是一致的

②周质空间中的蛋白酶活性比细胞质中的要低,从而使蛋白质较稳定地存在于周质中

③周质中只有少量的细菌蛋白,使分离纯化更容易

④周质空间存在一个氧化的环境,使得二硫键更容易形成

14:(名)基因组文库:把某种生物的基因组DNA切成适当大小,分别与载体结合,导入宿主细胞,形成克隆。这样的克隆片段的总汇,叫基因组文库.基因组文库应包含基因组中的各种DNA顺序,每种顺序至少有一份代表。

流程

1. 基因组DNA的制备

2. 基因组DNA的切割

3.载体和受体的选择

4. 基因文库的完备性

5.基因文库的保存

6、基因组文库的筛选

15.(名)cDNA文库:以生物细胞的总mRNA为模板,用逆转录酶合成互补的双链cDNA,然后连接到载体上,转化宿主细胞后构建的基因文库,就是cDNA文库。

作用:cDNA序列只与基因的编码序列有关, 不能反映基因的内含子、转录启动子、终止子甚至核糖体识别序列等信息,但由于文库的复杂性低,非常适合于真核生物的特异基因的分离与筛选,而且从cDNA文库中筛选分离的目的基因可直接用于表达。

cDNA 文库的优越性

• cDNA基因文库的筛选比较简单易行。一个完整的cDNA基因文库要比一个完整的基因组文库所包含的克隆数少很多,从而大大简化了筛选特定目的基因序列克隆的工作量。

• 真核生物cDNA基因文库可用于在原核细胞中表达的克隆,直接用于基因工程操作。因为原核细胞缺乏对真核生物基因组基因表达的mRNA进行加工剪切和修饰的系统,因此用cDNA基因作为真核生物的目的基因具有优越性。

• cDNA基因文库还可用于真核细胞mRNA的结构和功能研究。一种特异的mRNA在细胞中往往仅占很小的比例,难以直接研究其序列、结构和功能。而相应的cDNA则可方便地进行序列分析,初步确定mRNA的起始、编码、转录与翻译的终止序列。

16.PCR

(名)PCR叫多聚酶链式反应,是利用碱基互补配对的原则,经过模板DNA的高温变性、低温复性以及DNA聚合酶的子链延伸等多次循环,在体外快速扩增合成DNA的一种方法。

体系:

模板DNA

• 一对引物

• dNTPs

• Taq酶

• 缓冲液

• Mg2+

• 超纯水

应用:从供体基因组DNA扩增获取目的基因

目的基因的筛选与鉴定

基因诊断

反向PCR:原理:

作用:扩增已知序列两侧的未知序列。

RTPCR:原理:

作用:1.从mRNA出发获得目的基因。

2.研究基因的表达情况

实时荧光定量PCR

原理:通过荧光染料或荧光标记的特异性探针, 对PCR产物进行标记跟踪,实时在

线监控反应过程,结合相应的软件可以对每一轮PCR产物进行分析,从而精确

定量计算待测样品的初始模板量的方法。

(标记方式:SYBR荧光染料、水解TaqMan探针、发夹型杂交探针)

作用:SYBR荧光染料:定量起始模板浓度、基因型分析、产物鉴定

TaqMan探针:定量起始模板浓度、基因型分析、产物鉴定以及SNP

分析。

发卡型杂交探针:定量起始模板浓度、基因型分析、产物鉴定以及

SNP分析。

RACE-PCR原理:

作用:获取全长或完整的末端序列。

多重PCR 原理:反应体系中使用一对以上的引物对同一模板进行扩增

作用:鉴定所含相似基因的种类

食品污染检测

亲子鉴定

原位PCR原理:将PCR于原位杂交技术相结合(直接原位法、间接原位法)

作用:在原位检测组织细胞内特定的DNA/RNA序列。

17.蛋白质工程

概念:

基因功能研究

表达谱研究方法

1.胚胎原位杂交:利用碱基互补配对原则,将标记的目的DNA或RNA核酸探针与胚胎或组织内的mRNA直接杂交,通过荧光显微镜或酶促底物显色技术显示,确定目的基因mRNA的存在于定位。

流程:1杂交前准备(探针制备,取材,固定,玻片和组织处理,增加探针穿透力,降低背景)2杂交3杂交后处理4杂交信号检测,即荧光观察,放射自显影和非放射性标记的显色技术。

2.荧光定量PCR

3.RT-PCR

4.Western blot

5.Northern blot

6.基因芯片:将cDNA或RNA固定在玻片或塑料片上,呈点状分布形成矩阵排列,用同位素或荧光素标记的CDA或ODA探针与之杂交,通过放射自显影或荧光扫描仪检测杂交信号。从而确定不同组织表达情况。

7.胚胎抗体染色技术:利用固定剂将组织或胚胎固定,用特异的一抗与目的蛋白结合,再与酶或者荧光标记的二抗反应,最后通过放射自显影或荧光扫描仪检测杂交信号,从而确定目的基因在胚胎组织内的表达情况。

8.蛋白质组学:蛋白质组是指一个细胞或组织或有机体内所有蛋白质的集合体。蛋白质组学是指研究特定时间或条件下这些蛋白表达情况的科学。

基因芯片:

原理:1首先将含有人类各种基因表达的cDNA分子库通过微量点样技术固定于芯片上,使每一点含有特异的cDNA分子,作为杂交探针分子。2.分别提取正常组织和病变组织的mRNA进行反转录得到相应的cDNA文库。3将正常组织的cDNA用绿色荧光标记,病变组织cDNA用红色荧光标记,将不同荧光标记的两组探针分子同时与芯片杂交,通过洗涤和荧光信号检测,在芯片上看到的双色荧光杂交确定的阳性结果。由此确定相关基因在相应组织的表达情况。

类型:CDA用微量点样技术制作的cDNA芯片,中等密度,约10000个点阵;片段长度500-5000bp,用于比较分析

ODA芯片上就位合成寡核苷酸点阵芯片。高密度,约40万个点阵列,片段大小小于25个核苷酸,用于检验点突变。

特点:高度的并行性、多样性、微型性、自动化

应用:高通量测序,差异表达析,snp分析,突变位点检测,新药筛选。

基因敲除:

概念:利用外源已突变的基因通过同源重组的方法替换掉内源性的正常同源基因,从而使内源基因失活而表现出突变体的性状的技术或方法。

流程:

建立靶标载体-导入ES细胞-ES细胞导入囊胚-囊胚移植入假孕母鼠-后代回交-杂合体自交-鉴定纯和体表型。确定基因功能。

正负筛选标记:PNS,PNS载体含有两个筛选标记,正基因多位neo基因,其对新霉素具有抗性,其还可使靶基因突变失活。负选择标记基因常为胸苷激酶tk基因, 其表达产物可将细胞杀死,故称为负选择标记。(tk基因在靶基因同源区之外,在发生同源重组时tk会被