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常用生物信息学数据库生物信息学基础入门第一讲常用生物信息学数据库（1学时）•生物信息学的简介、发展和应用•常用生物信息学数据库的概况•NCBI、UCSC数据库的介绍和使用第二讲癌症相关数据库（1学时）•癌症相关数据库的概况•TCGA数据库的介绍和使用•TCGA数据的下载和解读•TCGA数据的在线分析工具第三讲基因功能富集分析（1学时）•基因本体数据库GO及注释•生物学通路KEGG及注释•基因功能富集分析第四讲基因调节网络分析（1学时）•蛋白互作、转录因子调节关系数据库的介绍和使用•非编码RNA调节网络数据库的介绍和使用•基因网络图的展示、Cytoscape软件的介绍和使用第五讲基于公共数据库进行课题研究的案例分析（1.5学时）•实例讲解GEO数据的下载、处理和分析•实例讲解TCGA数据的下载、处理和分析这节课的主要内容•生物信息学的概念•生物信息学发展的背景•生物信息学的发展阶段•生物信息学的研究领域•常用生物医学数据库•NCBI: Gene、GEO•UCSC: Genome Browser、Table Browser生物信息学的概念生物信息学（bioinformatics），是在生命科学的研究中，利用计算机科学、信息技术、应用数学以及统计学方法对生物信息进行采集、处理、存储、传播、分析和解释的学科。
生物信息学发展的背景•人类基因组计划（ human genome project, HGP）是由美国科学家Robert Sinsheimer 于1985年5月率先提出（但是当时美国NIH不感兴趣）。
•经过多位科学家的努力，终于将HGP提上美国政府预算，并于1990年正式启动。
•预计2005年（15年的时间），将人类基因组的DNA序列全部测定，把人体内约2.5万个基因的密码全部解开，同时绘制出人类基因的图谱。
•美国、英国、法国、德国、日本和我国科学家共同参与了这一预算达30亿美元的人类基因组计划。
•我国于1999年7月加入人类基因组计划，得到完成人类3号染色体短臂上一个约30Mb区域（约3000万个碱基对）的测序任务，该区域约占人类整个基因组的1％，称之为“1%计划”。
常用生物信息学网址NCBI 生物信息学研究工具：/Tools/NCBI 生物信息学研究工具网站由美国国家生物技术信息中心支持。
该网站提供了许多程序的链接，内容包括数据挖掘、核酸和蛋白质组分析等。
同时，网站还提供了许多相关链接和资源。
欧洲生物信息学研究所：/欧洲生物信息学研究所是一个非盈利学术机构，是欧洲分子生物学实验室的一部分。
它是生物信息学研究和服务的中心。
它所管理生物数据的数据库包括核酸，蛋白质序列和大分子结构。
它的使命是保证从分子生物学和基因组研究的日益增长的信息向公众公开，并且对科学研究团体提供任何方面的免费使用，以促进科学发展。
欧洲生物信息学研究所Ensembl 基因组浏览器：ttp:///ensembl/index.html欧洲生物信息学研究所Thornton 研究组：/Thornton/index.html欧洲生物信息学研究所多序列联配数据库:/embl/Submission/alignment.html欧洲生物信息学研究所工具箱:/Tools/欧洲生物信息学研究所核酸数据库:/Databases/nucleotide.html欧洲生物信息学研究所计算基因组研究组:/research/CGG/index.html欧洲生物信息学研究所完整基因组数据库:/genomes/欧洲生物信息学研究所序列数据库研究组:/seqdb/index.htmlBrutlag 生物信息学研究组：/Brutlag 生物信息学研究组是斯坦福大学的一个研究团体，主要研究从蛋白质一级结构预测蛋白质结构和功能，其开发了EMOTIF 、EMATRIX 和3MOTIF 软件应用于非鉴定的基因组序列的功能确定，另外还开发了LOCK 和3DSEARCH 软件用于比较蛋白质结构和蛋白质结构数据库的搜索。
生物GBF 信息学小组主页：http://transfac.gbf.de/生物信息学小组主页是德国生物技术研究中心的生物信息组的主页。
综合工具BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) , 功能最为完整的网上服务器。
包括核酸的酶切位点、motif、开读框等搜索，PCR引物设计，二级结构预测，多序列比较及分子进化树构建，等等；蛋白分析则包括酶切图谱，功能区搜索，分子进化分析，蛋白二级结构预测，等等；此外还提供序列管理等功能。
收费站点，但提供两周的全功能免费试用期http://bioinformatics.weizamann.ac.il/gdp/gdp.html ，另一个综合性的提供序列分析功能的网站 ,内容丰富的站点，有数据库及教程、在线分析工具等，常用其预测编码区、搜索启动子和结合位点等功能编码区统计特性分析http://cbrg.inf.ethz.ch ,常用其基因预测及验证功能，预测DNA序列的外显子。
还有其它一些在线服务启动子及调控元件分析BDGP-promoterTfsitescan内含子/外显子剪接位点NetGene服务的Email地址是：netgene@cbs.dtu.dk重复序列分析CENSOR的Email服务地址是：censor@XBLAST：ftp:///pub/jmcRepbase：ftp://ncbi//repository/repbase/REF从氨基酸组成辨识蛋白质ExPASy：http://www.expasy.ch/tools/PROSEARCH：http://www.embl-heidelberg.de/prs.html预测蛋白质的物理性质：等电点、分子量、酶切特性、疏水性、电荷分布等ExPASy：http://www.expasy.ch/tools/ ，有较多的蛋白分析工具，包括分子量、亲疏水性、表面积、二级结构、与SWISS-PROT数据库收录分子同源性比较、极性、折射率等分析FASTA：ftp:///pub/fasta/SAPS：http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html跨膜区预测：http://www.isrec.isb-sib.ch/software/tmpred_from.html蛋白质二级结构预测nnPredict：/~nomi/nnpredict.htmlPredictProtein：/predictprotein/PredictProtein的国内镜像：/predictprotein/SOPMA：http://pbil.ibcp.fr/二级结构预测：/~nomi/nnpredict-instrucs.html卷曲螺旋预测COILS：/software/COILS_form.html跨膜区段和在膜上的取向预测TMpred：/software/TMPRED_form.html信号肽的剪切位点SignalP：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/蛋白质的三维结构SWISS-MODEL：http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.htmlCPHmodels：http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/启动子分析网站：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/signalscan.html/seq_tools/promoter.html。
生物信息学分析工具和方法的介绍生物信息学是一门将计算机科学和生物学相结合的学科，旨在通过使用计算机技术和数学模型来分析和理解生物学中的大规模数据。
在生物信息学领域，有许多常用的分析工具和方法可以帮助研究人员从海量的生物数据中发现有意义的信息。
本文将介绍一些常见的生物信息学分析工具和方法。
1. 基因组测序工具基因组测序是生物信息学分析的基础，通过对生物体DNA序列的测定可以获得完整的遗传信息。
常用的基因组测序工具包括高通量测序技术，如Illumina测序，Ion Torrent测序和PacBio测序等。
这些工具能够生成大量的DNA序列数据，为进一步的生物信息学分析提供了基础。
2. 序列比对工具序列比对是将一个DNA、RNA或蛋白质序列与已知序列进行比较，以确定它们的相似性和差异性。
常用的序列比对工具包括BLAST和Bowtie等。
这些工具可帮助研究人员快速找到已知的序列匹配，从而推断未知序列的功能和结构。
3. 基因表达分析工具基因表达分析是研究基因在不同条件下的表达水平和模式的过程。
常用的基因表达分析工具包括RNA-Seq和微阵列芯片。
RNA-Seq通过测定转录组中的mRNA序列来定量测量基因的表达水平。
而微阵列芯片则通过测量目标基因的杂交信号来分析基因的表达模式。
4. 蛋白质结构预测工具蛋白质结构预测是预测蛋白质的三维结构，从而了解其功能和相互作用。
常用的蛋白质结构预测工具包括BLAST、I-TASSER和Rosetta等。
这些工具通过蛋白质序列比对、模拟和建模等方法，预测蛋白质的结构和功能。
5. 基因组学数据库基因组学数据库是存储和组织生物学数据的重要资源。
常用的基因组学数据库包括GenBank、Ensembl、KEGG和UCSC Genome Browser等。
这些数据库提供了大量的生物学数据，包括基因和基因组序列、调控元件、变异数据和表达数据等，为生物信息学分析提供了基础。
除了上述提到的工具和方法，还有许多其他的生物信息学工具和方法可用于特定的研究领域，如蛋白质互作网络分析、遗传关联分析、代谢组学分析等。
