木薯创新材料分子鉴定研究
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热带作物学报2022, 43(6): 1248 1258Chinese Journal of Tropical Crops不同木薯品种主要根系分泌物提取与鉴定韩笑1,杨慰贤1,覃锋燕1,范晓苏1,黎亮武1,黄凯1,阳太亿1,申章佑2,韦茂贵1,3*1. 广西大学农学院,广西南宁 530004;2. 广西农业科学院经济作物研究所,广西南宁 530004;3. 广西农业环境与农产品安全重点实验室,广西南宁 530004摘要:本研究通过对木薯根系分泌物进行提取、分离与鉴定,探究不同木薯品种根系分泌物的差异,为筛选抗化感耐连作木薯新种质提供参考。
以木薯组培苗琼脂培养基为试验材料,采用正交试验设计,结合GC-MS技术考察不同萃取材料和洗脱剂对木薯根系分泌物的提取和分离效果,选择最优方案测定‘新选048’‘南植199’和‘华南205’的根系分泌物。
结果表明:(1)木薯根系分泌物水溶性物质提取的最优方案为:用去离子水超声提取捣碎的琼脂培养基30 min,固液分离后用XAD-2萃取、无水乙醇洗脱,浓缩后用GC-MS检测,成功鉴定出包括有机酸类、醇类、酯类、酮类、醛类等26种有机化合物。
(2)醇溶性物质提取的最优方案为:用50%乙醇超声提取捣碎的琼脂培养基30 min,固液分离后用XAD-4萃取、无水乙醇洗脱,浓缩后用GC-MS检测,鉴定出包括有机酸类、醚类、酯类、酮类、醛类等15种有机化合物。
(3)不同品种根系分泌物的水溶性和醇溶性成分均有差异。
‘南植199’根系分泌物的主要水溶性物质有羟乙酸甲酯(相对含量为3.72%)、羟基丙酮(2.40%)、甲肼(1.79%)等,主要醇溶性物质有乙醇醛(18.89%)、羟基丙酮(2.47%)、甲酸(2.25%)等;‘新选048’的主要水溶性物质有甲酸(2.68%)、1,5-戊二醇(2.39%)、丙烯酸羟乙酯(2.01%)等,主要醇溶性物质有乙醇醛(17.00%)、甲酸(2.62%)、羟基丙酮(2.46%)等;‘华南205’的主要水溶性物质有甲酸(2.23%)、羟基丙酮(1.80%)、羟乙酸甲酯(1.43%)等,主要醇溶性物质有乙醇醛(16.58%)、甲酸(3.06%)、八氟戊醇(2.98%)等。
木薯种苗质量控制和品种纯度鉴定技术木薯(Manihot esculenta Crantz)是一种重要的粮食作物和非粮作物,广泛分布于热带和亚热带地区。
它是世界第三大人类粮食作物,对于许多发展中国家的农民来说,它是一种重要的生计来源。
木薯植株耐旱性强,适应能力高,因此受到广大农民的喜爱和种植。
然而,木薯种苗的质量控制和品种纯度鉴定技术对于提高产量、改良品质、防止病虫害等具有重要意义。
在本文中,我们将就木薯种苗质量控制和品种纯度鉴定技术进行详细介绍。
木薯种苗质量控制是指通过科学管理和控制,确保木薯种苗的种质纯度、健康状况、繁殖力和适应性等方面达到一定标准的过程。
种苗质量的好坏直接影响到植株的生长发育,以及产量和品质的稳定。
而品种纯度鉴定技术是指通过一系列的繁殖、观察、实验和检验等手段,判断木薯种苗是否符合所标称的品种纯度要求。
首先,木薯种苗质量控制的重点工作之一是选择新的种质资源。
选择适应本地地理环境条件、具有高产、耐病虫害、抗逆性强等优良性状的木薯品种,对于提高木薯产量和抗逆性具有重要意义。
同时,在选择种质资源时,必须注重品种的科学命名和登记,以确保种质资源的合法性和可信度。
其次,木薯种苗的繁殖方式对质量控制也起着重要的作用。
常用的繁殖方法主要有种子繁殖、薯块繁殖和组织培养等。
种子繁殖是通过收集、选择和储存种子来进行的,可以保证种质的纯度和健康性,但是由于木薯种子萌发率低且生长缓慢,繁殖时间长。
而薯块繁殖是将木薯块切割成苗木,然后进行育苗,该方法适用于普通育种和训练木薯生产者。
组织培养是利用木薯的分生组织进行人工营养和培养,可快速繁殖出大量的无病毒和真菌木薯苗。
繁殖方式的选择要根据具体情况进行综合考虑,以确保种苗质量的控制。
除了选择合适的繁殖方式,科学的苗圃管理也是保证木薯种苗质量的关键。
合理设计苗圃的温度、湿度、光照、通风等环境条件,可以促进种苗的萌发和生长,保持种苗的健康状态。
同时,要定期进行病虫害防治,及时发现和处理有害生物,保证苗圃的卫生和健康。
收稿日期:2018-03-16㊀㊀㊀㊀修回日期:2019-03-19基金项目:国家自然科学基金(31660253)ꎻ海南大学科研团队项目(hdkytg201706)ꎻ海南省重大科技计划项目(HNGDhs201502)ꎻ海南大学科研启动项目(KYQD(ZR)1845)作者简介:任宁(1993-)ꎬ女ꎬ海南大学热带农林学院2016级硕士研究生.E ̄mail:renning_hu@163.com通信作者:周扬(1988-)ꎬ男ꎬ博士ꎬ讲师.研究方向:植物抗逆分子生物学.E ̄mail:zhouyang@hainanu.edu.cn第10卷第2期热带生物学报Vol.10No.22019年6月JOURNALOFTROPICALBIOLOGYJun 2019㊀㊀文章编号:1674-7054(2019)02-0111-08木薯MeNRT2.5基因的克隆及表达分析任㊀宁ꎬ陈秀珍ꎬ夏幽泉ꎬ白雪杨ꎬ江行玉ꎬ周㊀扬(海南大学热带农林学院/海南省热带生物资源可持续利用重点实验室ꎬ海口570228)摘㊀要:木薯具有高产㊁耐旱㊁耐贫瘠等特点ꎬ为了解其耐贫瘠的作用机理ꎬ提高木薯在贫瘠土壤中对氮素的利用率ꎬ以30d龄的 华南8号 组培苗为实验材料ꎬ采用同源克隆技术获得1个高亲和性硝酸根转运蛋白基因NRT2ꎮ生物信息学分析结果表明ꎬ该基因开放阅读框全长1479bpꎬ编码492个氨基酸ꎬ命名为MeN ̄RT2.5ꎮMeNRT2.5蛋白有10个跨膜区域ꎬ与橡胶树㊁油桐树㊁可可树等物种的NRT2.5蛋白具有较高的同源性ꎬ其氨基酸序列相似性分别为94%ꎬ89.84%ꎬ87.40%ꎮ半质量RT ̄PCR结果表明ꎬMeNRT2.5基因在根㊁茎㊁叶㊁花等各个器官均有表达ꎬ在成熟木薯植株的根中和组培苗的叶中表达量较高ꎮ实时荧光定量RT ̄PCR分析表明ꎬMeNRT2.5在低浓度NO3-(0.3mmol L-1)处理后ꎬ其在根中的表达量在6h时达到峰值ꎻ高浓度NO3-(3mmol L-1)处理后ꎬ其表达量在根茎叶中均没有明显变化ꎬ即该基因的表达被高浓度NO3-所抑制ꎮ该研究结果为进一步分析MeNRT2.5在木薯中的功能验证奠定理论基础ꎮ关键词:木薯ꎻ高亲和性硝酸根转运蛋白ꎻ基因克隆ꎻ表达分析中图分类号:Q786㊀㊀㊀文献标志码:A㊀㊀㊀DOI:10.15886/j.cnki.rdswxb.2019.02.003木薯(ManihotesculentaCrantz)原产于美洲热带ꎬ是世界第六大粮食作物(小麦㊁水稻㊁玉米㊁马铃薯㊁大麦)ꎬ其具有适应性强㊁耐旱㊁耐贫瘠等特点ꎬ但要获得高产还需要施加一定的氮肥[1]ꎮ氮是构成生物体的大量元素之一ꎬ在生物体的物质和能量代谢活动中发挥重要作用[2]ꎮ在农业种植中ꎬ农民为获得高产ꎬ常常施加大量氮肥ꎬ国内平均氮利用率只有30%~40%[3]ꎮ过量的氮肥随地表径流引起农田渗漏ꎬ造成水体环境和农业面源污染[4]ꎮ而大多数植物的主要氮源是硝酸盐[5]ꎮ因此ꎬ研究木薯对NO3-的吸收转运㊁积累机制ꎬ对于提高木薯氮利用率ꎬ改善生态环境ꎬ保证食品安全和人口粮食问题具有重要的理论和实际意义ꎮ在高等植物中已发现2种硝酸盐转运系统:当外界NO3-浓度大于1mmol L-1时ꎬ采用低亲和硝酸盐转运系统(low ̄affinitytransportsystemꎬLATS)吸收NO3-ꎻ当外界NO3-浓度低于1mmol L-1时ꎬ则采用高亲和硝酸盐转运系统(high ̄affinitytransportsystemꎬHATS)吸收NO3-[6-8]ꎮ根系中的NO3-吸收转运是由硝酸根转运蛋白NRT实现的[9]ꎮ两种系统对应的NO3-转运蛋白家族分别为低亲和性NO3-转运蛋白NRT1和高亲和性NO3-转运蛋白NRT2[10-11]ꎮNRT2属于硝酸盐-亚硝酸盐转运体家族(Nitrate ̄nitrite ̄porterꎬNNP)ꎬ该家族属于MFS(MajorfacilitatorsuperfamilyꎬMFS)超家族成员之一[12]ꎮNRT2基因一般编码450~600个氨基酸ꎬ具有12个跨膜结构域ꎬ这些跨膜区分为2组ꎬ每组6个跨膜区ꎬ中间由1个较大的亲水环连接[13]ꎮ目前关于NRT2基因的研究主要集中于模式植物拟南芥和粮食作物中ꎬ最早分离获得的植物NRT2基因是大麦HvNRT2.1和HvNRT2.2[14]ꎮ之后ꎬ又从水稻中分离出4个NRT2基因[15-17]ꎬ拟南芥中分离到7个NRT2[18]ꎬ玉米[19]㊁大豆[20]和小麦[21]中也都克隆到NRT2基因ꎮ211热带生物学报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀2019年㊀AtNRT2.5基因主要在叶脉以及根毛区细胞表达[22]ꎮTodd等人发现ꎬ拟南芥AtNRT2.5可能与氮磷的相互作用有关[23]ꎮ冯素花[24]等研究表明ꎬ茶树NRT2.5基因在茶树不同组织中均有表达ꎬ在嫩芽和茎中的表达量较低ꎬ在成熟叶和根中表达量较高ꎮ平邑甜茶MhNRT2.5主要在叶片表达ꎬ且受NO3-的诱导[25]ꎮ水稻的OsNRT2.1ꎬOsNRT2.2和OsNRT2.4基因都较明显地受低浓度NO3-诱导[26-28]ꎮ胡春吉等人发现ꎬ木薯MeNRT2.1基因在根中特异性表达ꎬ且原生质体瞬时表达发现MeNRT2.1蛋白定位在细胞膜上[29]ꎮ除此之外ꎬ关于木薯的硝酸根转运蛋白NRT2基因家族的研究尚未报道ꎮ从木薯中克隆得到NRT2.5基因全长序列ꎬ并对其核苷酸序列和组织表达情况进行分析ꎬ为该基因的进一步应用和木薯吸收转运NO3-机制的深入研究提供理论依据ꎮ1㊀材料与方法1.1㊀材料及处理㊀选用2年生木薯成熟植株的根㊁茎㊁大叶㊁小叶㊁花㊁块根和1月龄木薯组培苗的根㊁茎㊁叶为实验材料ꎮ选择在培养箱培养(光ʒ暗=16hʒ8hꎬ光强300μmol m-2 s-1ꎬ温度28ħꎬ相对湿度60%)30d后生长状态基本一致的 华南8号 木薯组培苗ꎬ并将组培苗放在不含氮源的阿夫道宁[30]培养液中预培养5dꎬ每天更换培养液ꎬ根部遮光通氧以防根部腐烂ꎬ促使木薯组培苗植株体内的硝酸根消耗ꎮ将用阿夫道宁培养液预培养后的木薯组培苗转到浓度分别为0.3mmol L-1和3mmol L-1的KNO3培养液中培养ꎬ分别在0ꎬ3ꎬ6ꎬ9ꎬ12ꎬ24h各时间点各取3株木薯苗的根㊁茎㊁叶混合ꎬ用滤纸吸干水分ꎬ迅速置于液氮中ꎬ-80ħ冰箱存放ꎬ用于提取RNAꎮ1.2㊀菌种㊁载体和试剂㊀大肠杆菌感受态(E.coli)DH5α购自全式金(TransGenBiotechꎬCD ̄201 ̄01)ꎻpMD19 ̄Tvector(TaKaRaꎬCode:6013)㊁DNA聚合酶2ˑPCRSolutionPrimeSTARHS(Premix)(TaKaRaꎬR040A)和反转录试剂盒[PrimeScriptRTreagentkitwithgDNAEraser(PerfectRealTime)ꎬDRR047A]购自宝生物工程(大连)有限公司ꎻ普通GreenTaqMix酶(P131 ̄AA)购自Vazyme公司ꎻ多糖多酚植物总RNA提取试剂盒(RNAprepPurePlantKitꎬDP441)购自天根生化有限责任公司ꎻ小提质粒PlasmidDNAMini ̄prepKit(CatRTP2102 ̄02)购自北京中科瑞泰生物科技公司ꎻPCR纯化试剂盒Cycle ̄PureKit(D6492 ̄01)购自OMEGA公司ꎮ1.3㊀木薯MeNRT2.5基因的克隆㊀参照说明书ꎬ采用总RNA提取试剂盒提取木薯总RNAꎬ并用w=1.2%的琼脂糖凝胶电泳检测完整性ꎮ参照说明书ꎬ用PrimeScriptRTreagentkit将提取的RNA反转录成cD ̄NAꎮ参照GeneBank收录的拟南芥AtNRT2蛋白序列ꎬ从木薯基因组数据库(https:ʊphytozome.jgi.doe.gov/)中进行Blastp检索ꎬ获得木薯NRT2的氨基酸方剂和基因序列ꎮ采用PrimerPremier5.0软件设计引物ꎬ序列为MeNRT2.5 ̄F:5ᶄ ̄ATGGAAGTGGAAACTGCTGG ̄3ᶄꎻMeNRT2.5 ̄R:5ᶄ ̄CTAAGCTCTTCTGC ̄CTCTTTCA ̄3ᶄꎬ引物由上海生物工程有限公司合成ꎮ扩增程序为94ħ5minꎬ94ħ30sꎬ58ħ30sꎬ72ħ90sꎬ共35个循环ꎬ72ħ10minꎮ反应结束后ꎬ将PCR产物于w=1%的琼脂糖凝胶电泳ꎮ目的条带纯化后与pMD19 ̄Tvector(TaKaRaꎬCode:6013)进行连接ꎬ采用热激法将连接产物转入大肠杆菌感受态DH5α(TransGenBiotechꎬCD ̄201 ̄01)ꎬ挑取阳性克隆送往上海生工测序ꎮ1.4㊀MeNRT2.5蛋白的生物信息学分析㊀利用Protparam在线软件分析MeNRT2.5蛋白的理化性质ꎮSOPMA软件预测蛋白质的二级结构ꎮ通过TMHMM在线软件对木薯MeNRT2.5基因编码的蛋白进行跨膜区预测ꎮ通过NCBI网站的BlastP对MeNRT2.5蛋白与其他高等植物NRT2蛋白进行同源性比较ꎻ利用MEGA7.0软件ꎬ以邻位相近法(Neighbor ̄Joining)构建进化树ꎮ1.5㊀MeNRT2.5基因的表达分析㊀在提取实验材料不同组织的总RNA后ꎬ以反转录得到的cDNA为模板ꎬ进行半定量RT ̄PCRꎮ目的基因引物为MeNRT2.5 ̄semi ̄F(5ᶄ ̄TGCGAGCATTTCAACTGTCTT ̄3ᶄ)和MeNRT2.5 ̄semi ̄R(5ᶄ ̄GCCTCCTGAAGTTCCCATCT ̄3ᶄ)ꎮ内标基因引物为Actin ̄F(5ᶄ ̄GCCTCCCAAGG ̄TAGCTTTCA ̄3ᶄ)和Actin ̄R(5ᶄ ̄GGTTAATGCAGGGCTCCACT ̄3ᶄ)[31]ꎮ用GreenTaqMix酶(VazymeꎬP131 ̄AA)扩增ꎬ扩增体系参照说明书ꎮPCR程序为预变性94ħ5minꎬ变性94ħ30sꎬ退火58ħ30sꎬ延伸72ħ1minꎬ28个循环ꎬ72ħ10minꎮ用w=1%的琼脂糖凝胶电泳ꎮ结果用于研究MeNRT2.5基因在不同组织的表达量ꎮ为了研究MeNRT2.5基因在不同浓度硝酸盐胁迫下的表达模式ꎬ利用实时荧光定量qRT ̄PCR的方法检测MeNRT2.5基因在0.3mmol L-1和3mmol L-1KNO3处理下的表达模式ꎮ荧光定量引物为MeN ̄RT2.5 ̄qRT ̄F(5ᶄ ̄GCTGATTATGCCGCTTGTGTTTG ̄3ᶄ)和MeNRT2.5 ̄qRT ̄R(5ᶄ ̄GCAGCCTCCTGAAGTTC ̄CCATCT ̄3ᶄ)ꎮ内标基因引物为Actin ̄F(5ᶄ ̄GCCTCCCAAGGTAGCTTTCA ̄3ᶄ)和Actin ̄R(5ᶄ ̄GGTTAATG ̄CAGGGCTCCACT ̄3ᶄ)[31]ꎮ采用ABI7500Real ̄timePCRSystem进行定量分析ꎬ按照NOVA公司的TaqSYBRGreenqPCRPremix(code:EG15135R2S)说明书进行ꎮ实验数据采用2-ΔΔCt方法进行分析ꎬΔΔCt=Treat(Ct目的基因 ̄Ct内参基因) ̄CK(Ct目的基因 ̄Ct内参基因)[32]ꎮ2㊀结果与分析2.1㊀MeNRT2.5基因的克隆㊀根据NCBI公布的拟南芥硝酸根转运蛋白AtNRT2序列ꎬ在木薯基因组数据库(https:ʊphytozome.jgi.doe.gov/)中进行比对ꎬ获得1个NRT基因ꎮ进化分析结果(图1)表明ꎬ该蛋白与已报道的橡胶树(Heveabrasiliensis)HbNRT2.5蛋白同源性最高(94%)ꎬ与桐油树(Jatrophacurcas)㊁蓖麻(Ricinuscommunis)㊁可可树(Theobromacacao)㊁毛茛(Populustrichocarpa)㊁碧桃(Prunuspersica)等的NRT2.5蛋白同源性分别达到89.84%ꎬ87.40%ꎬ85.95%ꎬ86.38%ꎬ83.27%ꎬ推测获得的木薯NRT蛋白功能与其他NRT2.5有相似功能ꎬ因此命名为MeNRT2.5ꎮ以木薯cDNA为模板扩增MeNRT2.5基因ꎬ电泳结果(图2)显示获得1条1479bp的单一条带ꎮ经过连接T载体㊁筛选阳性克隆ꎬ送往公司测序ꎬ证明获得的目的基因片段正确ꎬ将测序正确的样品保存备用ꎮM 11479bp图1不同物种NRT2氨基酸序列的进化树分析Fig.1Phylogenetic tree analysis of NRT2proteinsequences from various plant species.图2MeNRT2.5基因的克隆M :DL2000marker ;1:MeNRT2.5基因的扩增产物Fig.2Cloning of the MeNRT2.5gene M:DL2000marker;1:PCR product of MeNRT2.5gene 2.2㊀MeNRT2.5蛋白的序列分析㊀Protparam在线软件分析显示ꎬMeNRT2.5基因编码的蛋白属于稳定蛋白ꎬ其相对分子质量为53250ꎬ理论等电点为9.15ꎬ不稳定系数为39.89ꎬ脂肪系数为95.61ꎬ亲水性系数为0.48ꎬ化学式为C2446H3773N623O657S26ꎮMeNRT2.5蛋白的氨基酸组成包括30个酸性氨基酸残基(Asp+Glu)和46个碱性氨基酸残基(Arg+His+Lys)ꎬ其中Gly(G)氨基酸所占比例最高为10.6%ꎬHis(H)所占比例最低为1.0%ꎬ具体氨基酸组成见表1ꎮ311㊀第2期㊀㊀㊀㊀任㊀宁等:木薯MeNRT2.5基因的克隆及表达分析411热带生物学报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀2019年㊀表1㊀MeNRT2.5氨基酸组成个数及比例Tab.1㊀CompositionnumberandproportionofMeNRT2.5aminoacids名称Name数目Number比例Proportion/%氨基酸类型AminoacidtypeAla(A)4910.0脂肪族类Arg(R)234.7碱性Asn(N)132.6酰胺类Asp(D)163.3酸性Cys(C)112.2含硫类Gln(Q)122.4酰胺类Glu(E)142.8酸性Gly(G)5210.6脂肪族类His(H)51.0碱性Ile(I)357.1脂肪族类Leu(L)5010.2脂肪族类Lys(K)183.7碱性Met(M)153.0含硫类Phe(F)438.7芳香族类Pro(P)173.5亚氨基酸Ser(S)428.5羟基类Thr(T)265.3羟基类Trp(W)91.8芳香族类Tyr(Y)112.2芳香族类Val(V)316.3脂肪族类㊀㊀利用SOPMA软件预测蛋白质的二级结构(图3)ꎬ氨基酸参与形成的α-螺旋(alphahelixꎬHh)占46.75%ꎬ延伸链(ExtendedstrandꎬEe)占16.26%ꎬβ-折叠(BetaturnꎬTt)占6.10%和无规则卷曲(Ran ̄domcoilꎬCc)占30.89%ꎮ图3㊀MeNRT2.5的二级结构预测h:α ̄螺旋ꎻe:延伸ꎻt:β ̄折叠ꎻc:无规则卷曲Fig.3㊀SecondarystructurepredictionoftheMeNRT2.5proteinh:Alphahelixꎻe:Extendedstrandꎻt:Betaturnꎻc:Randomcoil㊀㊀通过TMHMM软件对木薯MeNRT2.5蛋白进行跨膜区预测ꎬ结果(图4)表明ꎬ该蛋白含有10个跨膜区域ꎬMeNRT2.5蛋白氨基酸N ̄末端和C ̄末端都位于膜内ꎮ2.3㊀MeNRT2.5基因的表达特性2.3.1㊀不同部位MeNRT2.5的表达分析㊀采用半定量RT ̄PCR技术检测MeNRT2.5基因在不同部位中的表达量ꎮ结果(图5)表明MeNRT2.5基因在根㊁茎㊁叶㊁花中均有表达ꎬ但不同组织中的表达量有差异ꎮ在成熟植株中ꎬ根的表达量最高ꎬ老叶和块根中的表达量最少ꎮ在组培苗中ꎬ根㊁茎㊁叶中表达量都较低ꎬ但相对来说ꎬ在组培苗中ꎬ叶中表达量相对较高(图5)ꎮ成熟植株组织培养苗MeNRT2.5Actin根茎老叶嫩叶花块根根茎叶图5MeNRT2.5基因的组织表达分析Fig.5Expression patterns of the MeNRT2.5in cassava tissues 图4MeNRT2.5蛋白的跨膜分析Fig.4Transmembrance analysis of the MeNRT2.5protein 50100150200250300350400450transmembrane insideoutside 1.21.00.80.60.40.20p r o b a b i l i t y TMHMM posterior probabilities for WEBSEQUENCE图6MeNRT2.5在不同处理下的表达模式A :0.3mmol ·L -1KNO 3处理;B :3mmol ·L -1KNO 3处理Fig.6Expression patterns of MeNRT2.5gene under different KNO 3treatmentsA:0.3mmol ·L -1KNO 3treatment;B:3mmol ·L -1KNO 3treatmentRoot Stem Leaf 86420A R e l a t i v e e x p r e s s i o n 03691224t /h Root Stem Leaf 86420R e l a t i v e e x p r e s s i o n B 03691224t /h 2.3.2㊀不同硝酸盐处理下MeN ̄RT2.5基因的表达分析㊀采用实时荧光定量PCR技术研究MeNRT2.5基因在根㊁茎㊁叶中的表达模式ꎮ结果表明ꎬ在0.3mmol L-1KNO3处理下(图6A)ꎬMeNRT2.5基因在根中的表达量逐渐升高ꎬ在6h达到最高值ꎬ与0h相比增高了约6倍ꎻ在9h时表达量又开始降低ꎬ此后逐渐降低恢复到正常水平ꎮ在茎中ꎬ3h时MeNRT2.5基因的表达量达到峰值ꎬ但6h表达量下降ꎬ随后在9h时略微升高ꎬ12h时表达量又达到峰值ꎬ随后在24h时表达量又略微下降ꎮ叶中MeNRT2.5基因呈现上调表达ꎬ在处理后6h表达量达到最大值ꎬ约为起始表达量的3倍ꎬ在9~24h表达量又一直下降ꎬ在24h时表达量近乎检测不出ꎮ在3mmol L-1KNO3处理下(图6B)ꎬMeNRT2.5基因在根中的表达量有微弱的增加ꎬ但变化不明显ꎬ茎和叶中的表达量都没有受到显著影响ꎮ3㊀讨㊀论本实验通过PCR技术首次获得1个木薯NO3-转运蛋白家族NRT2基因ꎬ据生物信息学分析ꎬ其ORF为1479bpꎬ编码492个氨基酸ꎬ具有10个跨膜结构域ꎬ符合NRT2基因家族的共同特征[12-13]ꎮ经过BlastP比对结果和进化树分析结果表明ꎬ木薯NRT2基因与橡胶树㊁油桐树㊁蓖麻等的NRT2.5基因具有较高的同源性ꎬ在进化上亲缘关系较近ꎬ且与其他植物中报道的NRT2.5基因具有相似的表达模式[22-25]ꎬ该511㊀第2期㊀㊀㊀㊀任㊀宁等:木薯MeNRT2.5基因的克隆及表达分析611热带生物学报㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀2019年㊀基因可能是木薯的MeNRT2.5基因ꎮLINA等[33]的研究结果表明ꎬAtNRT2.5蛋白在拟南芥茎皮质区㊁拟南芥根毛区的皮质和成熟叶片的叶脉中表达ꎮ本实验半定量RT ̄PCR结果表明ꎬMeNRT2.5基因在根㊁茎㊁叶㊁花中都有不同程度的表达ꎬ在成熟植株的根部和嫩叶中表达量较高ꎻ这与拟南芥中AtNRT2.5基因[33]和茶树NRT2.5基因[24ꎬ25]的表达情况基本一致ꎬ但也有差异ꎬ推测是因为基因在不同物种中的表达差异性所致ꎮ实时荧光定量qRT ̄PCR结果表明ꎬ低浓度硝态氮(0.3mmol L-1)处理下ꎬ木薯MeNRT2.5基因在根中较短时间内可达到峰值(图6A)ꎮAtNRT2.1具有NO3-感受器或者信号传感器的功能[34]ꎮ孔敏[35]研究的白菜BnNRT2基因在0.2mmol L-1NO3-处理30min后ꎬBcNRT2的表达量迅速上升ꎬ表明其可能是NO3-感受器ꎬ但是其在感受NO3-中的作用仍需证明ꎮ推测木薯MeNRT2.5基因同AtNRT2.1和Bn ̄NRT2基因一样ꎬ是NO3-感受器ꎬ但还需要进一步实验证明ꎮORSEL[36]和MAYA[37]等研究表明ꎬAtNRT2.5基因的表达受到高浓度NO3-的抑制ꎬ在供应NO3-几个小时后ꎬ其在根中的表达量仅为原来的25%ꎮ本研究中ꎬ高浓度硝态氮(3mmol L-1)处理下ꎬ木薯MeNRT2.5基因的表达量变化亦不明显ꎬ在处理24h时ꎬ茎中表达量为原来50%ꎬ这说明MeNRT2.5的表达可能受到高浓度NO3-的抑制ꎬ这与ORSEL[36]和MAYA[37]在拟南芥中研究的结果一致ꎮ目前ꎬ研究者虽然不断发现不同物种中NRT2基因新成员ꎬ但是在木薯中该基因家族成员数量有多少ꎬ分别如何定位ꎬ具有什么功能等ꎬ有待深入研究ꎮ此外ꎬZHOU[38]和TONG[39]等研究表明ꎬ部分高亲和硝酸根转运蛋白独自并不具有NO3-转运功能ꎬ需要依赖于NAR2蛋白的辅助ꎮKOTUR[40]等人证明ꎬAt ̄NRT2.5和拟南芥硝酸盐转运体伴侣蛋白(NitratetransporteraccessoryproteinꎬAtNAR2.1)形成1个相对分子质量150ˑ103的复合物ꎬ在氮饥饿处理的野生型拟南芥的根中发挥作用ꎮ因此ꎬ木薯MeNRT2.5蛋白吸收转运NO3-是否也需要木薯NAR2.1蛋白的辅助ꎬ两者在质膜上是如何发挥作用的还需要进一步研究ꎮ本研究成功克隆出木薯MeNRT2.5基因ꎬ丰富了NRT2蛋白家族的物种来源多样性ꎬ并对其表达模式进行初步分析ꎬ为深入了解木薯对NO3-吸收转运和耐贫瘠机制提供了理论依据ꎬ并为进一步建立低氮高效的农业种植方法提供理论参考ꎮ参考文献:[1]黄洁ꎬ李开绵ꎬ叶剑秋ꎬ等.中国木薯产业化的发展研究与对策[J].中国农业通报ꎬ2006ꎬ22(5):421-426. 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̄tratetransportergeneNRT2wasisolatedbyusinghomologouscloningtechnique.SequenceanalysisrevealedthattheopenreadingframeofthisgenecalledMeNRT2.5is1479bpandencodes492aminoacids.BioinformaticsanalysesshowedthattheMeNRT2.5proteinhad10transmembraneregionsꎬandhadaahighhomologywiththeNRT2.5proteinofHeveabrasiliensisꎬJatrophacurcasandꎬTheobromacacaoꎬwithitsaminoacidsequencesbe ̄ing94%ꎬ89.84%and87.4%insimilarityꎬrespectively.Semi ̄Quantitativereal ̄timePCRanalysisshowedthattheMeNRT2.5genewasexpressedinrootꎬstemꎬleafꎬflowerandotherorgansꎬwithitsexpressionbeinghigherintherootsofmaturecassavaplantsandintheleavesoftissueculturedplants.Quantitativereal ̄timePCRanalysisshowedthattranscriptoftheMeNRT2.5inroothadapeakexpressionat6hunderthetreatmentwithlowconcentrationNO3-(0.3mmol L-1)butitsexpressiondidnotchangesignificantlyintherootꎬstemandleafafterthetreatmentwithhighconcentrationofNO3-(3mmol L-1)ꎬindicatingthetranscriptoftheMeNRT2.5geneisinhibitedbyhighconcentrationsofNO3-.AlltheseresultsprovideatheoreticalfoundationforfurtheranalysisofthefunctionalverificationoftheMeNRT2.5geneincassava.Keywords:Cassavaꎻhighaffinitynitratetransporterꎻgenecloningꎻexpressionanalysis(责任编辑:叶㊀静)。
热带作物学报2024, 45(4): 712 721Chinese Journal of Tropical Crops266份木薯种质资源农艺性状分析评价黄渝岚,李艳英,周佳,劳承英,周灵芝,韦本辉,李素平,申章佑*广西农业科学院经济作物研究所,广西南宁 530007摘要:以木薯种质资源为对象,对其8个主要农艺性状数据进行统计学分析。
结果表明:8个农艺性状数据呈正态分布,变异系数范围为7.2%~46.9%,其中淀粉产量的变异系数达46.9%,薯干率的变异系数最小,为7.2%。
相关分析结果表明,不同性状之间存在一定的显著正相关,其中单株鲜薯质量与茎径呈极显著正相关。
进一步利用主成分分析方法将8个农艺性状简化为3个主成分,发现2年的累计贡献率分别达92.55%、93.67%。
第一主成分是单株鲜薯质量、鲜薯产量、淀粉产量、薯干产量,第二主成分是淀粉含量和薯干率。
通过聚类分析表明,在欧式距离为6.0处,可将各年份的资源分为4个类群,其中第Ⅱ类群(单株鲜薯质量、鲜薯产量、淀粉产量、薯干产量)表现优异,可优先作为高产优质木薯新品种选育的亲本材料。
关键词:木薯;种质资源;农艺性状;相关性分析;主成分分析;聚类分析中图分类号:S533 文献标志码:AAnalysis and Evaluation of Agronomic Traits of 266 Cassava Germplasm ResourcesHUANG Yulan, LI Yanying, ZHOU Jia, LAO Chengying, ZHOU Lingzhi, WEI Benhui, LI Suping, SHEN Zhangyou*Cash Crops Research Institute, Guangxi Academy of Agricultural Sciences, Nanning, Guangxi 530007, ChinaAbstract: Eight main agronomic traits were statistically analyzed using cassava germplasm resources. The result showed that the data for the eight agronomic traits were normally distributed, with the coefficients of variation ranging from 7.2% to 46.9%. The coefficient of variation for starch yield was 46.9% and the coefficient of variation for the dry matter rate was 7.2%. Correlation analysis showed that there was a degree of significant positive correlation between the dif-ferent traits, with a highly significant positive correlation between weight of fresh tuberous root per plant and stem di-ameter. Principal component analysis combined eight traits into three main components. The cumulative contribution rates in each year amounted to 92.55% and 93.67%, respectively. The first principal components were weight of fresh tuberous root per plant, fresh tuberous root yield, starch yield and dry tuberous root yield. The second principal compo-nents were starch content and dry matter. Cluster analysis suggested that the resources could be divided into four groups in each year at the Euclidean distance of 6.0. Group Ⅱhad excellent performances in weight of fresh tuberous root per plant, fresh tuberous root yield, starch yield and dry tuberous root yield, which could be preferred as parental materials for new cassava varieties selection and breeding of high yield and good quality.Keywords: cassava; germplasm resources; agronomic traits; correlation analysis; principal component analysis; cluster analysisDOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2024.04.007木薯(Manihot esculenta Crantz)是大戟科(Euphorbiaceae)木薯属(Manihot)植物,是世收稿日期2023-01-28;修回日期2023-02-10基金项目国家木薯产业技术体系项目(No. CARS-11);广西农业科学院稳定资助科研团队项目(桂农科2021YT056)。
第43卷 第1期2024年 1月Vol.43 No.1Jan. 2024,141~148华中农业大学学报Journal of Huazhong Agricultural University木薯MePP2CAa 基因克隆、表达及蛋白互作分析曾坚1,李丽珍1,沈梓欣1,林墁1,刘博婷1,吴春来2,3,李冰4,胡伟3,曾力旺2,31.韶关学院广东省粤北食药资源利用与保护重点实验室/英东生物与农业学院,韶关 512005;2.中国热带农业科学院科技信息研究所,海口 571101;3.中国热带农业科学院热带作物生物育种全国重点实验室/热带生物技术研究所,海口 571101; 4.平江县第一中学,岳阳 414500摘要 为探究2C 型蛋白磷酸酶(protein phosphatase 2C , PP2C )在木薯响应非生物胁迫过程中的作用,利用木薯Arg7叶片cDNA 扩增MePP2CAa 基因,分析该基因序列、启动子活性、不同逆境和激素处理下的表达模式以及与ABA 受体PYLs 之间的互作关系。
序列分析结果显示,MePP2CAa 基因全长1 311 bp ,编码436个氨基酸,具有PP2C 家族的结构域特征,与橡胶树和麻风树的PP2C 序列同源性最高,分别为78.95%和74.09%,在C 端保守;qRT -PCR 分析结果显示,MePP2CAa 基因在木薯储藏根中的表达显著高于茎、叶中的表达量;不同逆境和激素处理结果显示,甘露醇、NaCl 、ABA 、MeJA 、低温和SA 处理可以显著诱导MePP2CAa 基因的表达;MePP2CAa 基因启动子序列分析显示,启动子包含ABA 应答元件(abscisic acid responsive element ,ABRE )、MeJA 响应元件、干旱诱导元件等;酵母双杂交结果显示MePP2CAa 能够与MePYL1互作。
以上结果表明,MePP2CAa 基因可能响应木薯的非生物胁迫。
利用SRAP标记构建18个木薯品种的DNA指纹图谱齐兰;王文泉;张振文;叶剑秋;李开绵【摘要】利用SRAP标记,选用36对多态性较好的引物组合,对18个木薯品种进行分析鉴定,扩增出320个位点,其中多态性位点235个,多态性比率达73.4%,平均每对引物组合可产生8.9个位点和6.5个多态性位点;235个多态性位点采用非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析,以遗传相似系数0.734为阈值,可将18份供试材料分为4组;选用2对多态性引物Mel-Em5和Me24-Em10,初步构建了 18份木薯品种的指纹图谱,根据条带的有无转换为0、1二进制编码形成数字指纹,每个品种拥有唯一的数字指纹区别于其他品种,置信概率达到99.999%.结果表明,采用SRAP标记建立的指纹图谱适用于木薯品种的分类和鉴定.【期刊名称】《作物学报》【年(卷),期】2010(036)010【总页数】7页(P1642-1648)【关键词】木薯;SRAP;DNA指纹图谱【作者】齐兰;王文泉;张振文;叶剑秋;李开绵【作者单位】中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所,海南,儋州,571737;海南大学农学院,海南,儋州,571737;中国热带农业科学院热带生物技术研究所,海南海口,571101;中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所,海南,儋州,571737;中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所,海南,儋州,571737;中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所,海南,儋州,571737【正文语种】中文【中图分类】S5木薯(Manihot esculenta Crantz)是世界三大薯类作物(马铃薯、木薯、甘薯)之一, 具有高生物量、高淀粉含量和抗旱、耐贫瘠等优良特性, 是热带、亚热带地区 6亿人赖以生存的主要食物来源, 也是我国发展生物能源产业的重要资源。
生产中由于各种原因, 致使一些品种同物异名或同名异物, 仅靠表型性状难以区分, 随着木薯优良品种的不断推广和应用, 需要一套客观、可靠的鉴定技术来维护品种权益。
利用SSR标记分析木薯遗传多样性摘要应用简单重复序列(SSR)标记对国家木薯种质资源圃195 份国内(外)品种(系)进行遗传多样性分析。
结果表明:44对引物共扩增出186个等位基因,每对引物平均扩增出2~8个等位基因,平均Shannon's信息指数I为1.01,平均多态性信息量(PIC)为0.49。
195个品种(系)的遗传相似系数(GS)分布在0.57~0.99。
聚类分析结果表明,在遗传距离0.71处,可将供试材料分为7个类群。
关键词木薯;SSR标记;遗传多样性;聚类分析分类号S533Genetic Diversity of Cassava Germplasm Revealed by SSR MarkersWANG Ming XIAO Xinhui AN Feifei WAN ZhongqingYING Dongshan WANG Qinfei ZHANG Rulian LI Kaimian YE Jianqiu(Tropical Crops Genetic Resources Institute /Ministry of Agriculture Key Laboratory for Germplasm Resources Conservationand Utilization of Cassava / Ministry of Agriculture Key Laboratory ofTropical Crops Germplasm Resources Utilization,CATAS,Danzhou,Hainan 571737)Abstract Using simple sequence repeat (SSR)markers 195 domestic(foreign)varieties(lines)on the National Cassava Germplasm Resources Garden were analyzed for genetic diversity. The results showed that 44 pairs of primers amplified 186 alleles with 2-8 alleles amplified by each pair of primers. The average Shannon 's information index was 1.01,and the average PIC is 0.49. The (GS)distributions on the genetic similarity coefficient of 195 varieties (lines)were 0.57~0.99. Cluster analysis results showed that 195 germplasms can be divided into 7 groups while the genetic distance was 0.71.Keywords cassava ;SSR marker ;genetic diversity ;cluster analysis木薯(Manihot esculenta Crantz)又称树薯,是世界三大薯类作物之一。
SCoT分子标记技术在木薯遗传多样性分析中的应用周慧文;单建伟;冯斗;严华兵【摘要】应用SCoT标记对不同来源的28份木薯种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析.结果表明:从36条引物中筛选出19条重复性好、条带清晰的引物对28份木薯材料进行PCR扩增.共扩增出171条带,其中多态性条带123条,平均每条引物扩增多态性条带6.5条,多态性条带比率为71.9%.经NTSYS-pc2.10e软件计算分析,28份木薯种质间遗传相似系数在0.631~0.930之间.利用UPGMA法进行聚类的结果显示:在系数0.68处,木薯材料分为2大类,品种BRA354单独成为一类;在系数为0.734处,28份木薯种质资源主要聚为5大类,聚类结果与材料来源有一定相关性.SCoT标记能在木薯种质间检测出一定程度的遗传多样性,可为木薯遗传育种提供新的技术支持.【期刊名称】《热带作物学报》【年(卷),期】2015(036)008【总页数】5页(P1440-1444)【关键词】木薯;SCoT;分子标记;遗传多样性【作者】周慧文;单建伟;冯斗;严华兵【作者单位】广西大学,广西南宁530004;广西农业科学院经济作物研究所,广西南宁530007;广西大学,广西南宁530004;广西大学,广西南宁530004;广西农业科学院经济作物研究所,广西南宁530007【正文语种】中文【中图分类】S533doi 10.3969/j.issn.1000-2561.2015.08.013木薯(Manihot esculenta Crantz)是大戟科木薯属植物,耐旱抗贫瘠,广泛种植于非洲、美洲和亚洲等100多个国家或地区[1]。
木薯是三大薯类作物之一,热带地区第三大粮食作物,全球第六大粮食作物,被誉为“淀粉之王”,是世界近六亿人赖以生存的粮食。
木薯用途广泛,可食用、饲用和加工成各种工业产品,如淀粉、酒精等[2]。
作物种质资源评价是作物遗传改良的重要基础,只有充分了解种质资源,才能为育种工作提供科学依据。