clustalx的应用讲解

多序列比对的意义
• 用于描述一组序列之间的相似性关系，以 便了解一个分子家族的基本特征，寻找 motif，保守区域等。 • 用于描述一组同源序列之间的亲缘关系的 远近，应用到进化分析中
• 其他应用，如构建profile，打分矩阵等。
数据的输入
1.输入输出格式。 ---输入序列的格式比较灵活，可以是 FASTA格式，还可以是PIR、SWISSPROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、 RSF等格式。 ---输出格式也可以选择，有ALN、GCG、 PHYLIP和NEXUS等，用户可以根据自己 的需要选择合适的输出格式。
2.注意： ---需要比对的多条序列可以保存在一个TXT 文件中，选择load载入；也可以分别保存， 选择append分条载入（此情况下选择load 载入会自动覆盖前一序列）。 ---文件中每条序列必须以“>”号和注释开头， 序列部分则另起一行，其中注释部分就是 软件操作过程中序列的标识。 ---clustal软件及相关的序列文件要保存在纯 英文文件夹下，否则无法载入序列。
Clustalx简介
• Clustal是一个单机版的基于渐进比对 的多序列比对工具，由Higgins D.G. 等开发。有应用于多种操作系统平台 的版本，包括linux版，DOS版的 clustlw，clustalx（clustalw的PC版本） 等。
Clustalx的工作原理
Clustalx输入多个序列 快速的序列两两比对，计算序列 间的距离，获得一个距离矩阵。 邻接法(NJ)构建一个树（引导树） 根据引导树，渐进比对多个序列。
采取open的方式载入dnd文件：
浏览dnd文件存放位置并打开
载入文件后默认以第二种树形图展示
只表现进化关系，不可计算进化 距离
Baidu Nhomakorabea
根据进化树可以分析 其进化关系和进化距 离。
可以选择保存为emf图形文件，
• Step3-输出aln和dnd文件
Clustalx的输出结果
• .aln格式文件
– 这个文件是默认输出，可以转换成各种格式， 而且很多软件都支持这种格式。
• .dnd格式文件
– 引导树。就是根据两两序列相似值构建的一个 指导后面多重联配的启发树 – 不能做进化分析。进化分析要考虑的所有同源 位点的一个综合效应，因此应该用.aln格式文 件专门做进化分析。
实例操作： Step1 clustalx的下载 Step2 执行完全序列比对 Step3 输出aln和dnd文件 Step4 treeview软件制作进化树
• Step1 clustalx的下载
• www.clustal.org
• Step2-执行序列比对
实行序列比对操作
DO complete alighment 后弹窗
Aln文件
写字板打开
输 出
dnd文件
Treeview软件打开
点击browse可以自行 选择文件存放位置 不选择的话自动保存在此 文件夹下
• Aln文件打开
Aln文件可以用于保存序列比对 结果，可用专门的多序列比对 着色软件如着色，并进一步做 功能分析等操作。
执行序列比对命令后的界面
EMBL-EBI < Help < Tools < Clustal Omega FAQ
可以选择输出任意几条序列的比对打分 并保存。文件形式如左图所示，默认保 存在clustal所在文件夹下。
打开此文件后选择写字板显示如 左图。其中五条序列相应位置上 残基的比对得分在右侧显示，当 五个残基完全一致时，分值为 100分；当有不同残基时，根据 选择的矩阵打分方式，不同的残 基种类和不同的个数，其得分也 不尽相同。
• Step4-treeview制作进化树
dnd文件用treeview打开。
Dnd文件载入方式
Treeview软件可以将多序列 比对结果以进化树的形式展 示，其默认前提是所有蛋白 源自同一祖先。枝的长度代 表进化距离。在其中两种树 状图的左下角有标尺，可根 据它来计算进化距离。
自动列出所有的dnd 文件，选中目标文件 直接可以载入