半定量RT-PCR试验心得

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1、抽提出高质量的RNA。

要求:实验器材和用品做好抑制RNA
酶准备;操作过程中避免RNA酶污染;提取的组织细胞样品不能太多(可能裂解不充分等)。

2、选用高质量的RT酶。

如Promega、Invitrogen公司等。

3、引物设计正确。

尤其注意动物种属、至少包含1个内含子、参
考文献的质量等。

4、PCR扩增中循环次数恰当。

过少的循环次数条带出不来,过高
的循环次数条带太亮看不出差异(达到平台期后也不准确)。

5、Mg2+浓度和Taq酶含量适度。

过高容易引起非特异性条带。

6、建议在RT逆转录前可以对样品进行DNA酶处理,以纯化提
取的样品RNA。

7、图像定量分析时尽量选择浅条带,太亮的条带不可靠。

我在做半定量Rt-Pcr 如下图。

跑出来发现平行样的亮度差异颇大。

实验设计:
共有4个cDNA的样本,分别命名为A,B,C,D,检测其中某基因表达的差异。

为了准确每个样本设3个平行样,也就是说A1, A2 ,A3 均是从同一管(A管)取等量的(3UL)cDNA,加入同样的反应系统(先配好反应系统再分装到各pcr管中),用同一次pcr反应跑出来的。

发现平行样的亮度差异颇大。

尤其是A 和C系列,几乎相差两倍。

请问各位大侠,PCR中平行样的误差真有这么大吗??还是我的操
作有问题??
请各位大侠帮忙………………….
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我用的是50ul的反映系统,条件是:94 ℃30秒,55 ℃60秒,72 ℃60秒。

25次循环。