用Trizol 法提取RNA
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精品文档 用Trizol 法提取RNA
什么是Trizol?Trizol 是一种总RNA抽提试剂,内含异硫氰酸胍等物质,能迅速破碎细胞,抑制细胞释放出核酸酶。
由于RNA酶无处不在和其难以灭活的顽固本性,RNA的抽提环境应严格控制,所用试剂耗材均应是RNase-free或经过DEPC处理过的,具体的注意事项可参见上一篇文章《分子狗,你还在谈qRT-PCR色变吗?》。
接下来我们着重从实验步骤的各个阶段进行剖析:
一,样品准备
①从组织中提取总RNA
液氮研磨,将组织块放入研钵中,加入少量液氮,迅速使用研杵研磨,期间不断加入液氮,直到组织研磨成粉末状。每50-100 mg组织加入 1 ml Trizol,转入1.5 ml EP管中进行后续操作。
匀浆,组织体积不要超过Trizol体积的10%,用匀浆器充分匀浆,直到无明显颗粒,转入1.5 ml EP管中进行后续操作。
②从细胞中提取总RNA
贴壁细胞,去除培养基,用适量无菌PBS清洗细胞表面,加入1 ml Trizol,用带滤芯的RNase-free枪头反复吹打细胞,将收集的样品置于RNase-free的离心管中,冻存在-80℃冰箱备用。 资料收集于网络 如有侵权请联系网站 删除 谢谢
精品文档 悬浮细胞,收集细胞悬液,1000×g离心5 min,弃培养基;用适量无菌PBS清洗细胞,1000×g离心5 min弃上清,沉淀加入1 ml Trizol,用带滤芯的RNase-free枪头反复吹打细胞,将收集的样品置于RNase-free的离心管中,冻存在-80℃冰箱备用。
③从细菌中提取总RNA
对于细菌或蛋白质、脂肪、多糖或细胞外基质含量高的样品,需要额外的分离步骤。加入Trizol吹打混匀后,4℃,12000×g,离心10 min。将上清转移至新的RNase-free的离心管中,存在-80℃冰箱备用。
二,RNA提取
①将冻存的RNA样本从-80℃冰箱取出置于冰上解冻。
② 于每管样本中加入200 µl RNA专用的三氯甲烷(每毫升Trizol加200 µl),置于振荡器震荡1 min,冰上静置5 min。
③4℃,12000×g,离心10 min。
④ 此时液体分三层,将上层的水相转移到另一个RNase-free的离心管中。
⑤加入等体积的-20℃预冷的RNA专用的异丙醇,上下颠倒混匀,于-20℃静置15 min以上。
注:增加-20℃的静置时间会增加RNA尤其是miRNA的得率。
⑥4℃,12000×g,离心15 min,小心弃上清。
⑦加入1 ml预冷的75%的乙醇(25% DEPC无菌水,75% RNA专用无水乙醇)涡旋混匀。 资料收集于网络 如有侵权请联系网站 删除 谢谢
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⑧4℃,7500×g,离心10 min,尽量去除离心管中的残液,然后在无菌操作台中风干约10 min(注意不要过度干燥,否则难以溶解)。
⑨每个离心管中加入适量的RNase-free的ddH2O溶解沉淀,用枪头吸打混匀,至完全溶解。离心几秒,让离心管中的液体全部在管底,然后置于冰上。
⑩去除杂质DNA:
a在RNase-free的离心管中配制以下去除RNA中DNA的体系反应液:
Reagent Volume
Total RNA 10 µg
10×DNaseI buffer(Mg2+) 5 µl
DNaseI (1U/µl) 10 µl
RNase Inhibitor(40U/µl) 0.5 µl
DEPC-treated water up to
50 µl
b 加入25 µl 50 µM的EDTA,65℃反应10 min。
c 用RNase-free的ddH2O定容到100 µl。
d 加入10 µl 3M NaAc和250 µl冷乙醇,混匀后-80℃放置30 min以上。
e 4℃,12000 rpm离心10 min,弃上清。
f 加入75%的冷乙醇,4℃ 12000 rpm离心10 min,尽量弃上清。
g 打开EP管盖子,在操作台中风干约10 min。 资料收集于网络 如有侵权请联系网站 删除 谢谢
精品文档 h 用适量的RNase-free的ddH2O溶解后,使用Nanodrop-2000测RNA的浓度。
琼脂糖电泳检测RNA的完整性:建议使用DEPC处理的ddH2O配置1.2%琼脂糖凝胶,DEPC处理的ddH2O稀释TAE缓冲液。
*完整的RNA经凝胶电泳后会明显地观察到28S和18S两条带,并且28S的条带亮度约是18S的两倍。若两条条带不明显,则提示RNA可能部分降解。
*提取的RNA可用于后续操作,如需用qRT-PCR检测基因表达,为避免RNA降解,建议提完RNA后立即将RNA逆转录成cDNA进行保存,cDNA可在-20℃长期保存。
常见问题及解决办法
RNA的各种吸光度代表什么?
260 nm、230 nm、280 nm下的吸光度分别代表了核酸、盐浓度和蛋白质等有机物的吸光度值。OD260/OD280(R)体现了RNA中蛋白质等有机物的污染程度,质量较好的RNA的R值应在1.8-2.2之间。当R<1.8时,说明溶液中的蛋白质等有机物的污染比较明显;当R>2.2时,说明RNA已经被水解成了单核苷酸。
RNA提取量低怎么办?
① 加大起始的样本量。
② 向组织或细胞中加入Trizol之后,充分吹吸使样本充分裂解。
③ 加入三氯甲烷分层后,尽量完全回收上清。
提取的RNA不溶怎么办?
① 75%乙醇清洗沉淀后干燥时间不要过长。 资料收集于网络 如有侵权请联系网站 删除 谢谢
精品文档 ② 可以于60℃加热5 min后再冰上溶解数小时。
③ RNA沉淀中含有不溶的蛋白质混合物时,应注意在相分离后吸取上清时,避免枪头接触蛋白层。