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Eutils用法总结

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好久没更新了，这里都长草了。

总结下Eutils的用法，参考《》，没时间看英文的可以参考下。

简介Eutils全称是The Entrez Programming Utilities (E-utilities)，是由八个服务器端程序组成的一套编程工具，它提供用于访问NCBI Entrez查询和数据库系统的稳定接口。

这八个工具包括Einfo、ESearch、EPost、ESummary、EFetch、ELink、EGQuery、ESpell（详见表1）。

通过这些工具，你可以访问NCBI Entrez所包含的序列、三维结构、文献等所有38个数据库。

表1. 八种Eutils工具Eutils Name Entry Required Parameters Optional Parameters Return Format EInfo einfo.fcgi db xmlESearch esearch.fcgi dbterm usehistoryWebEnvquery_keyretstartretmaxrettypefielddatetypereldatemindate, maxdatexmlEPost epost.fcgi dbid WebEnvQueryKeyxmlESummary esummary.fcgi dbidWebEnvquery_key retstartretmaxversionxmlEFetch efetch.fcgi dbidWebEnvquery_key retmoderetstartretmaxrettypestrandseq_startseq_stopcomplexityxml/text/asn（详情见表2）ELink elink.fcgi dbdbfromcmdidWebEnvquery_key linknametermholdingdatetypereldatemindate, maxdatexmlEGQuery egquery.fcgi term xml ESpell espell.fcgi dbtermxml访问地址Eutils工具使用固定URL地址的形式进行访问，每个工具都有一个固定的访问地址BaseURL，都以EutilsURL开始。

EutilsURL：如：EInfo 的访问地址为：即：BaseURL=EutilsURL + Entry（一个以工具名称命名的Fasta CGI 文件，扩展名为fcgi。

什么是Fasta CGI？。

其实我也不了解）使用限制每秒查询次数不能超过3次，大型查询限制在周末和工作日的9:00 PM～5:00 AM，超过次限制会被封IP，除非给发邮件注册使用eutils服务的软件名称tool和email地址，并在使用服务时以URL参数的形式传入。

大量操作最好还是注册一下比较好。

使用示例通过设置不同的URL参数获取不同的结果，八个工具参数列表如下图所示，参数分为两种，必须参数和可选参数，返回文件格式大多为xml。

o EInfo示例示例1：示例2：示例1没有传入参数将列出所有的支持数据库，即示例2中db参数的名字；示例2将列出protein数据库的基本信息。

o Esearch示例示例1：示例2：示例3：示例4：示例1传入必须参数，所查询的数据库名称db和要查询的关键词term；示例2仅传入要查询的关键词term，并不是由于db为非必须参数，而是因为db的默认值是pubmed，所以示例2将查询以dnapol 为关键词查询pubmed数据库；示例3使用可选usehistory参数将在服务器端产生一个查询历史记录，结果中将生成WebEnv和query_key值，下一次使用ESearch、ESummary等操作可利用这些参数在这一次查询结果基础上进行操作，这也是Eutils最强大的地方，可以方便的建立自己的工作流程；示例4中即使用示例3中的查询结果重新查询以virus为关键词的条目，这等价于将示例3中的“term=dnapol”替换为“term=dnapol+virus”的查询结果。

o EPost示例示例1：示例2：示例1将三个蛋白质数据库的id号上传到服务器，结果中将生成WebEnv和query_key值，以备后续操作使用；示例2在给定的WebEnv历史记录上添加给定id号；注：在使用其他Eutils工具，如EFetch，id参数条目数超过限制时，只能使用EPost，先上传需要的id，然后在所使用工具中传入EPost结果中的WebEnv 和query_key值。

o ESummary示例示例1：示例2：示例1列出给定id号的摘要信息；示例2列出给定查询历史记录中的摘要信息。

注：ESummary中db为必选参数，id和(query_key+WebEnv)二选一。

o EFetch示例示例1：示例2：示例3：示例1以text ASN.1格式返回给定id号的蛋白序列文件；示例2以text fasta格式返回给定id号的蛋白序列文件；示例3以xml fasta格式返回给定id号的蛋白序列文件。

注：EFetch是获取数据库文件的常用工具，示例1中没有给定rettype和retmode参数，默认为text ASN.1格式，示例2中retmode参数默认为text，示例3中retmode设置为xml，返回xml格式的fasta文件。

各数据库支持的返回参数见表2。

在EFetch中使用ESearch结果中的query_key和WebEnv 参数，可轻松实现普通的Entrez下载操作。

表2. EFetch中各数据库支持的retmode和rettype值示例1返回所有数据库中含有关键词asthma的条目数注：EGQuery为全局查询，和在Entrez中选择所有数据库查询的结果相同。

o ESpell示例示例1：示例1返回对三个关键词的拼写建议，asthmaa被替换为asthma，OR为逻辑词不进行替换，alergies 被替换为allergies。

注：ESpell为拼写建议工具，会根据关键词的相似性进行建议，方便关键词的纠错和相关关键词的推荐。

部分通用参数解释db：查询的数据库名称。

和Entrez下拉菜单中显示的名称不一样，所支持的所有值可通过EInfo()查看；term：查询的关键词。

和Entrez查询相似，可使用逻辑操作词AND，OR，NOT以及[acession]、[organism]等以字段限定词等（具体可参见），但是中间的空格要以“+”替代，其他特殊符号要转换为URL编码（如引号“编码为%22；井号#编码为%23）。

WebEnv：历史记录环境编号。

ESearch的usehistory=y参数、EPost、ELink的cmd=neighbor_history参数都会产生一个WebEnv。

后续操作传入次参数将大大减少查询工作量。

query_key：历史记录环境下的查询编号。

第一次生成WebEnv的结果的query_key为1，在此WebEnv 环境下的下一个操作结果的query_key为2，后续操作依次递增。

retstart：返回结果在查询结果中的起始位置。

默认为0，配合retmax实现分页显示。

retmax：返回结果条目数最大值。

默认为20。

rettype：返回数据类型。

不同的工具有不同的可选值。

ESearch的可选类型为uilist（默认）和count （只返回查询结果数目），EFetch可参加表2。

retmode：返回数据方式。

详见表2。

datetype：限定日期的类型。

限定reldate, mindate, maxdate的日期类型，不同的数据库有不同的可选值，常见的为mdat(modification date)、pdat(publication date)、edat (Entrez date)。

reldate：相对于当前时间的天数。

返回过去多少天内的数据。

mindate, maxdate：时间间隔。

返回由最小日期和最大日期限定的时间间隔中的数据，必须同时使用，格式为YYYY/MM/DD，或者YYYY, YYYY/MM。

其他参数解释field：ESearch中term的限定字段。

如[accession]、[title]等，设置此参数后，term中的所有关键词将只查询指定字段。

version：指定所使用Esummary的版本号。

strand：指定EFetch中DNA链的类型，正义为1，反义为2。

seq_start：指定EFetch中返回序列的起始位点。

seq_stop：指定EFetch中返回序列的终止位点。

complexity：指定EFetch中返回数据的内容。

许多序列数据和其他数据存储在一起，组成一个大的数据结构或BLOB（二进制大对象）。

指定该参数可选择返回哪些数据内容。

详见表4。

linkname：限定ELink中限制返回的链接类型，如gene_snp_genegenotype只返回所有链接中genegenotype子类。

holding：限定ELink中链出链接的提供商。

表4. EFetch中complexity值与返回的数据内容。

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xeutils 处理map的函数

xeutils 处理map的函数

在日常的编程工作中，经常会遇到处理数组或对象的需求。

而在JavaScript中，处理对象或数组的方法和函数也是非常重要的。

其中，xe-utils是一个非常实用的工具库，它提供了许多强大的函数来处理各种数据类型。

其中，处理map的函数是我们经常会用到的一个功能之一。

在xe-utils中，处理map的函数有很多种，例如mapValues、mapKeys、map、flatMap等等。

这些函数能够帮助我们在处理对象或数组时更加高效地完成任务。

下面，我将针对这些函数进行详细的介绍和分析。

让我们来看看mapValues函数。

这个函数的作用是对对象的值进行映射转换。

我们有一个对象{A: 1, B: 2, C: 3}，我们想把每个值都乘以2，可以使用mapValues函数来实现。

这样就可以得到{A: 2, B: 4, C: 6}，非常方便快捷。

接下来是mapKeys函数。

这个函数的作用是对对象的键进行映射转换。

我们有一个对象{A: 1, B: 2, C: 3}，我们想把每个键都加上前缀“pre_”，可以使用mapKeys函数来实现。

这样就可以得到{pre_A: 1, pre_B: 2, pre_C: 3}，非常实用。

除了mapValues和mapKeys之外，还有map函数。

这个函数的作用是对数组或对象的每个元素进行映射转换。

我们有一个数组[1, 2, 3]，我们想把每个元素都乘以2，可以使用map函数来实现。

这样就可以得到[2, 4, 6]，非常便利。

另外，还有flatMap函数。

这个函数的作用是对数组的每个元素进行映射转换，并将结果扁平化为一个新的数组。

我们有一个数组[[1, 2], [3, 4], [5, 6]]，我们想把每个子数组都乘以2，并且扁平化成一个新的数组，可以使用flatMap函数来实现。

这样就可以得到[2, 4, 6, 8, 10, 12]，非常高效。

xe-utils提供的处理map的函数非常实用且功能强大。

xeutils数组使用方法

xeutils数组使用方法

xeutils数组使用方法xe-utils是一个JavaScript实用工具库，它提供了许多方便的方法来处理数组。

下面我将从多个角度来介绍xe-utils中数组的使用方法。

1. 数组的创建和初始化，使用xe-utils可以轻松地创建和初始化数组。

你可以使用xe-utils的`xe.fill`方法来创建一个指定长度并填充指定值的数组，也可以使用`xe.range`方法来生成一个指定范围内的数组。

2. 数组的遍历和操作，xe-utils提供了丰富的方法来遍历和操作数组。

比如，你可以使用`xe.map`方法来对数组中的每个元素进行操作并返回一个新的数组，使用`xe.filter`方法来过滤数组中的元素，或者使用`xe.sortBy`方法来对数组进行排序。

3. 数组的查找和筛选，如果你需要在数组中查找特定的元素，xe-utils也提供了相应的方法。

比如，你可以使用`xe.find`方法来查找数组中符合条件的第一个元素，使用`xe.findIndex`方法来查找符合条件的第一个元素的索引，或者使用`xe.includes`方法来判断数组中是否包含指定元素。

4. 数组的统计和计算，除了基本的操作，xe-utils还提供了一些方法来进行数组的统计和计算。

比如，你可以使用`xe.maxBy`和`xe.minBy`方法来找到数组中的最大值和最小值，使用`xe.sum`方法来计算数组中所有元素的和，或者使用`xe.mean`方法来计算数组的平均值。

5. 数组的合并和拆分，最后，xe-utils也提供了一些方法来对数组进行合并和拆分。

你可以使用`xe.concat`方法来合并多个数组，使用`xe.chunk`方法来将数组拆分成指定大小的块，或者使用`xe.difference`方法来找到两个数组之间的差异元素。

总的来说，xe-utils提供了丰富而强大的数组处理方法，可以帮助你轻松地对数组进行各种操作。

希望这些信息能够帮助到你，如果你有任何其他关于xe-utils数组使用方法的问题，也欢迎随时向我提问。

vue elementui 字符串方法

vue elementui 字符串方法

vue elementui 字符串方法Vue和ElementUI是目前非常流行的前端开发框架，它们的组合可以帮助开发者快速构建出美观、高效的Web应用程序。

在Vue和ElementUI中，字符串方法是非常重要的一部分，它们可以帮助开发者处理字符串数据，从而更好地展示和处理数据。

Vue中的字符串方法Vue提供了一系列的字符串方法，可以帮助开发者对字符串进行操作和处理。

其中最常用的方法包括：1. toLowerCase()：将字符串转换为小写字母。

2. toUpperCase()：将字符串转换为大写字母。

3. slice(start, end)：截取字符串，从start位置开始，到end位置结束。

4. substring(start, end)：截取字符串，从start位置开始，到end位置结束。

5. substr(start, length)：截取字符串，从start位置开始，截取length个字符。

6. replace(oldValue, newValue)：将字符串中的oldValue替换为newValue。

7. split(separator)：将字符串按照separator分割成数组。

这些方法可以帮助开发者对字符串进行各种操作和处理，从而更好地展示和处理数据。

ElementUI中的字符串方法ElementUI是一个基于Vue的UI框架，它提供了一系列的组件和工具，可以帮助开发者快速构建出美观、高效的Web应用程序。

在ElementUI中，字符串方法也是非常重要的一部分，它们可以帮助开发者对字符串进行操作和处理。

其中最常用的方法包括：1. trim()：去除字符串两端的空格。

2. trimLeft()：去除字符串左端的空格。

3. trimRight()：去除字符串右端的空格。

4. startsWith(str)：判断字符串是否以str开头。

5. endsWith(str)：判断字符串是否以str结尾。

expressionutils方法详解

expressionutils方法详解

expressionutils方法详解ExpressionUtils类是Struts2框架中的一个工具类，用于执行表达式字符串中的表达式。

ExpressionUtils类中提供了许多静态方法，可以方便地执行表达式字符串中的表达式。

下面将对ExpressionUtils类中的方法进行详细介绍。

1. evaluate方法evaluate方法是ExpressionUtils类中最常用的方法之一，用于执行表达式字符串中的表达式。

该方法接受一个字符串参数，该字符串参数包含一个表达式，然后返回该表达式的计算结果。

例如，以下代码将使用ExpressionUtils类的evaluate方法计算表达式"2+3"的结果：```javaString expression = "2+3";Object result = ExpressionUtils.evaluate(expression); ```2. evaluateEL方法evaluateEL方法是ExpressionUtils类中另一个常用的方法，用于执行表达式字符串中的表达式。

与evaluate方法不同的是，evaluateEL方法使用EL表达式语法来解析表达式字符串。

EL表达式语法是一种基于Java的表达式语言，可以方便地访问JavaBean中的属性、方法等。

例如，以下代码将使用ExpressionUtils类的evaluateEL方法计算表达式"${}"的结果：```javaMapu003cString, Objectu003e context = newHashMapu003cu003e();context.put("user", new User("Tom"));Object result = ExpressionUtils.evaluateEL(context, "${}");```3. addFunction方法addFunction方法是ExpressionUtils类中用于添加自定义函数的方法。