虹鳟PDCD6基因cDNA全长的克隆与功能预测

鲤鱼肿瘤坏死因子受体相关因子6全长cDNA克隆及序列分析贾生美;孙真;冯祥汝;陈义龙;沈雪飞;翟新新;张俊辉;杨振国;王文东【摘要】本试验以鲤鱼外周血白细胞肿瘤坏死因子受体相关因子6 (tumor necrosis factor receptor-associated factor 6,TRAF6) EST序列为基础,经地高辛标记后作为探针,对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行核酸杂交筛选,从重组噬菌体中经过两轮筛选获得阳性克隆.序列分析结果显示,该序列包含有5'-非编码区(5'-UTR)25 bp;3'-非编码区(3'-UTR) 535 bp,存在2个mRNA不稳定基序ATTTA;开放阅读框ORF长1632 bp,编码543个氨基酸.预测蛋白质等电点为5.88,分子质量大小为61.773 ku.序列同源性比对结果表明,所获得的序列与GenBank上登录的鲤鱼TRAF6a基因同源性达99％.蛋白质序列分析结果发现,其具有TRAF家族的典型序列特征.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2013(040)010【总页数】5页(P42-46)【关键词】鲤鱼;肿瘤坏死因子受体相关因子6;克隆;序列分析【作者】贾生美;孙真;冯祥汝;陈义龙;沈雪飞;翟新新;张俊辉;杨振国;王文东【作者单位】吉林大学人兽共患病研究所,吉林长春130062;吉林大学人兽共患病研究所,吉林长春130062;吉林大学人兽共患病研究所,吉林长春130062;吉林大学人兽共患病研究所,吉林长春130062;吉林大学人兽共患病研究所,吉林长春130062;吉林大学人兽共患病研究所,吉林长春130062;吉林大学人兽共患病研究所,吉林长春130062;吉林大学人兽共患病研究所,吉林长春130062;吉林大学畜牧兽医学院,吉林长春130062【正文语种】中文【中图分类】Q785肿瘤坏死因子受体相关因子家族（TNF receptor－associated factors，TRAF）是 TNFR 超家族和Toll样／白介素－1受体（toll／IL－1receptor，TIR）超家族的重要接头分子（Lomaga等，1999），且遗传结构保守。

doi: 10.7541/2021.2019.193虹鳟spindlin 基因克隆及不同倍性的表达分析史秀兰1, 2黄天晴2徐革锋2邹作宇3谷 伟2程 琳2刘晨斌2王炳谦2(1. 上海海洋大学, 上海 201306; 2. 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所, 哈尔滨 150076;3. 哈尔滨市农业科学院, 哈尔滨 150028)摘要: spindlin 基因是减数分裂纺锤体相关因子, 为了研究spindlin 基因在二倍体和三倍体雌性虹鳟减数分裂过程中出现的差异, 通过cDNA 末端快速扩增(RACE)技术获得spindlin 基因cDNA 4529 bp(GenBank 登录号:MN378564), 其中3′非编码区(UTR)和5′非编码区(UTR)分别长3662 bp 和141 bp, 开放阅读框(ORF)长726 bp, 编码241个氨基酸, 该蛋白质序列的相对分子量为28.3 kD, 理论等电点值为5.94, 无跨膜结构。

同源性分析表明,虹鳟(Oncorhynchus mykiss )与银大马哈鱼(Oncorhynchus kisutch )同源最高, 高达99.59%。

系统发育进化树显示, 虹鳟与大鳞大马哈鱼(Oncorhynchus tshawytscha )和红点鲑(Salvelinus alpinus ), 聚为一支。

实时荧光定量(RT-PCR)结果显示, spindlin 基因在二倍体雌性虹鳟卵巢、肾、肝、脾、肌、鳃、心、眼、肠和鳍组织中均有表达, 其中, 在卵巢中的表达量极显著高于其他组织(P <0.01)。

对于二倍体雌性虹鳟, 在受精后240—300d (days post fertilization, dpf)发育阶段, spindlin 基因在卵巢组织中的相对表达量显著下降。

对于三倍体雌性虹鳟, 该基因在240—330 dpf 阶段的表达量显著上升。

在同一发育阶段中, spindlin 基因在二倍体雌性虹鳟卵巢中的表达量较三倍体雌性虹鳟相对较高, 且均存在极显著差异(P <0.01)。

虹鳟 Ndufb2基因全长 cDNA 序列的克隆与分析王家庆;边佳;李代宗;马爽;王亮;那广宁【期刊名称】《浙江大学学报（农业与生命科学版）》【年(卷),期】2013(000)006【摘要】从虹鳟鱼（Oncorhynchus mykiss）的脑组织中提取 RNA，经逆转录聚合酶链反应及 cDNA 末端快速扩增技术克隆出 Ndufb2基因全长 cDNA 序列（GenBank 登录号：FJ534641），并对其序列进行分析。

扩增结果表明：Ndufb2基因的 cDNA 序列全长899 bp，其中5'端非翻译区长152 bp，3'端非翻译区长441 bp，开放阅读框长306 bp，编码101个氨基酸；其 N 端前50个氨基酸为线粒体靶序列。

将翻译的虹鳟 Ndufb2蛋白序列与大西洋鲑（Salmo salar）的 Ndufb2蛋白序列比对发现，其同源性高达98%，且虹鳟 Ndufb2蛋白序列与已报道的哺乳动物的 Ndufb2蛋白序列同源性均在55%以上。

表明Ndufb2基因在进化过程中是高度保守的，推测其在线粒体呼吸链组成中发挥着重要作用。

【总页数】7页(P600-606)【作者】王家庆;边佳;李代宗;马爽;王亮;那广宁【作者单位】沈阳工学院生命工程学院，辽宁抚顺 113122;沈阳农业大学科学技术学院，辽宁抚顺 113122;河北农业大学海洋学院，河北秦皇岛 066003;沈阳工学院生命工程学院，辽宁抚顺 113122;沈阳工学院生命工程学院，辽宁抚顺113122;沈阳工学院生命工程学院，辽宁抚顺 113122【正文语种】中文【中图分类】Q785;S9【相关文献】1.虹鳟抗细胞凋亡因子(DAD1)基因全长cDNA克隆与进化分析 [J], 王家庆;李振刚;马爽;李代宗;王虹玲;王亮2.虹鳟鱼NDK-1 基因cDNA的克隆与序列特征分析 [J], 王家庆;刘晓慧;李代宗;韩进诚;郭冉;王岳鸿;王志平3.西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长克隆、序列分析及其作为内参基因的应用研究 [J], 施志仪;程千千;宋佳坤4.虹鳟脑型肌酸激酶基因cDNA全长的克隆与序列分析 [J], 王家庆;李代宗;郭冉;张辉;宋波澜;王志平;钟尉方5.虹鳟冷休克蛋白Y-box基因的cDNA全长克隆与序列分析 [J], 王家庆;张丽丽;马爽;李代宗;付玉洁;李绍明因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

国际虹鳟育种产业简介及其对我国的借鉴意义户国;王炳谦【摘要】Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) originated in North America,as a typical cold water fish,is a worldwide major economically important culture fish and an important research object for aquatic animal genetics and breeding.Rainbow trout is one of the earliest aquatic animals which uses quantitative genetics theory to guide selective breeding.BLUP breeding value estimation,combining ability analysis and other genetic evaluation methods,such as family based breeding,crossbreeding and supporting breeding technologies are widely used in rainbow trout breeding programs.It has been firstly established in the industry consensus that the eyed eggs for rainbow trout aquaculture that must be selective bred.At present,coverage of quality selective bred eggs have reached more than 90％ in Europe,North America,Chile and other major trout farming countries and regions.Rainbow trout is still the highest trout production in cold water fish culture in China,and its breeding in many non-original countries have made remarkable achievements.In this paper,the history of the global rainbow trout breeding,main technical and industrial pattern of the rainbow trout breeding industry,and organization and type characteristics of the international rainbow trout breeding are reviewed.%虹鳟Oncorhynchus mykiss原产于北美地区,为典型的冷水性鱼类,是世界性重要经济养殖鱼类之一和水产遗传育种领域的重要研究对象.虹鳟是最早采用数量遗传学理论指导遗传选育的水产动物之一,BLUP育种值估计和配合力分析等遗传评定方法以及家系选育、杂交和配套系育种等技术均在虹鳟育种实践中广泛应用.淡水鱼类养殖中,必须使用遗传选育的优良品种的行业共识,最早在虹鳟中确立.目前,在欧洲、北美以及智利等主要鲑鳟鱼养殖国家和地区,虹鳟良种覆盖率均已达到90％以上.鉴于虹鳟仍是我国养殖产量最高的鲑鳟鱼类,其育种工作在许多非原产国都取得了令人瞩目的成就,本文以全球化的视角,从虹鳟养殖与选育的历史概况、虹鳟种业的主要技术手段及产业格局、主要虹鳟育种机构的组织形式与类型特点等方面,简要介绍了国际虹鳟种业的发展及对我国虹鳟种业的借鉴意义.【期刊名称】《水产学杂志》【年(卷),期】2017(030)003【总页数】6页(P1-6)【关键词】虹鳟;种业;历史;技术;市场【作者】户国;王炳谦【作者单位】中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室,黑龙江哈尔滨150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所淡水鱼类育种国家地方联合工程实验室,黑龙江哈尔滨150070【正文语种】中文【中图分类】S965.232;S965.122鲑鳟鱼是一类经济价值较高的特色鱼类，符合我国“十三五”渔业规划中“生态优先、绿色发展”的理念，是在渔业“转方式、调结构”中重点提及的养殖对象。

鱼类谷胱甘肽转移酶基因cDNA克隆及其序列分析孙玉华;谢平;郭海涛;夏文伟【期刊名称】《遗传》【年(卷),期】2007(29)3【摘要】采用RT-PCR方法,从鲢、鲤、鲫3种鱼类肝脏总RNA中克隆出了谷胱甘肽转移酶Pi型(GST Pi)cDNA序列,推导了其编码的氨基酸序列.3种鱼类GST Pi 的ORF全长627 bp,编码208个氨基酸.翻译起始密码均为ATG,终止密码子均为TGA.鱼类与哺乳动物、两栖类爪蟾以及节肢动物丝虫之间GST Pi氨基酸序列相似度平均值分别为50%、33%、15%左右.5种鱼类之间的氨基酸序列相似度较大,其中鲤科鱼类之间平均为85%左右.我们以GST Pi为分子标记,用最大简约数法(MP)构建了13个物种的系统进化树,识别出两个大的单系类群:哺乳类组成类群一(bootstrap 100);鱼类组成类群二(bootstrap 93).通过比较鱼类与哺乳类GST Pi N末端和C末端功能域的氨基酸组成差异,探讨了淡水鱼类GSTs承担较强的微囊藻毒素去毒能力的可能分子机制.【总页数】6页(P349-354)【作者】孙玉华;谢平;郭海涛;夏文伟【作者单位】华中农业大学水产学院,农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,武汉,430070;中国科学院水生生物研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室,武汉,430072;华中农业大学水产学院,农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,武汉,430070;华中农业大学水产学院,农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,武汉,430070【正文语种】中文【中图分类】Q95【相关文献】1.粳稻品种‘云引’谷胱甘肽S-转移酶基因OsGST的克隆及序列分析 [J], 毛小辉;魏毅东;张建福;谢华安2.稻纵卷叶螟一个DELTA家族谷胱甘肽S-转移酶基因的克隆、序列分析与表达模式 [J], 刘苏;张胜利3.苦荞谷胱甘肽转移酶(FtGST)基因的克隆与序列分析 [J], 赵海霞;李双江;李成磊;陈惠;吴琦4.香蕉3个Tau类谷胱甘肽硫转移酶基因的克隆及序列分析 [J], 王卓;徐碧玉;贾彩红;张建斌;刘菊华;苗红霞;金志强5.大鼠肾硫酸基转移酶基因的cDNA克隆及序列分析 [J], 李向荣;GIES因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

虹鳟IL-17多克隆抗体的制备及初步鉴定曹永生;徐黎明;赵景壮;刘淼;卢彤岩【摘要】本研究根据NCBI已发表序列设计引物,提取经植物血凝素刺激后的虹鳟Oncorhynchus mykiss头肾细胞总RNA,采用RT-PCR方法扩增IL-17成熟肽基因,测序结果表明所获得的序列与发表序列相一致.将该基因重组至原核表达载体pET32a中,并转化大肠杆菌Escherichia coli Rosetta,进行诱导表达.SDS-PAGE 电泳结果表明:目的蛋白以包涵体形式表达,大小约为32kDa,重组蛋白经Ni-NTA 系统纯化、复性后纯度达90％以上,以其免疫小鼠制备虹鳟IL-17多克隆抗体.ELISA结果显示其效价为1∶25600,而间接免疫荧光结果显示所制备的多克隆抗体能够特异性地识别真核细胞中瞬时表达的虹鳟IL-17.本研究成功制备虹鳟IL-17多克隆抗体,为下一步IL-17在虹鳟黏膜免疫中的作用及其佐剂效应研究奠定基础.【期刊名称】《水产学杂志》【年(卷),期】2016(029)006【总页数】5页(P1-5)【关键词】虹鳟;IL-17;多克隆抗体【作者】曹永生;徐黎明;赵景壮;刘淼;卢彤岩【作者单位】中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨150070【正文语种】中文【中图分类】S942.5虹鳟是典型的冷水鱼，生长较快，因富含蛋白、无肌间刺、富含EPA和DHA等不饱合脂肪酸而备受全世界消费者的青睐[1]。

近年来，随着养殖密度的加大和养殖环境的恶化，虹鳟病害时常发生，影响了我国虹鳟产业的发展[2]。

我国学者在虹鳟流行病学、疫苗制备和药物防治等方面已取得一定的成果[3-5]，但认知免疫机理对虹鳟病害致病机制的掌握及其防治体系的建立更具有积极的意义。

鳜三种生长抑素cDNA全长克隆、组织表达及其在脑中定位分析代威;赵金良;刘俊;薛洋【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2012(036)009【摘要】利用cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆了鳜脑中3种生长抑素前体(preprosomatostatin,PSS Ⅰ、PSSⅡ和PSSⅢ)cDNA全长序列.结果显示,鳜PSS Ⅰ cDNA全长647 bp,含开放阅读框369 bp,共编码122个氨基酸,前26个氨基酸为信号肽,C端SS-14在脊椎动物中非常保守；PSSⅡcDNA全长655 bp,开放阅读框387 bp,编码128个氨基酸,前25个氨基酸为信号肽,C端带有[ Tyr7,Gly10] SS-14；PSSⅢcDNA全长823 bp,开放阅读框333 bp,共编码110个氨基酸,前21个氨基酸为信号肽,C端带有[Pr02] SS-14.利用RT-PCR检测了鳜PSS mRNA 的组织表达特征,3种PSS mRNA均在脑中表达,PSS Ⅰ mRNA在其他组织中未检测到表达,PSSⅡmRNA在食道和胃中大量表达,PSSⅢmRNA在肾和性腺中大量表达.推测3种PSS除一致参与神经调控外,P SSⅡ还可参与消化作用调控,PSSⅢ参与调控生殖作用.脑组织原位杂交分析表明,PSS Ⅰ mRNA在下丘脑和延脑中表达,PSSⅡmRNA在下丘脑中表达,PSSⅢmRNA在下丘脑、视觉盖、延脑和脊髓中表达.3种PSS均在下丘脑中表达,表明它们可能参与腺垂体激素分泌的调节；在其他脑区存在表达差异,推测它们还可作为神经递质或调节因子,发挥不同的生物学效应.%Somatostatins ( SS ) play important physiological functions in vertebrate' s growth and development, which belong to a multiple gene family. In this study, the complete cDNA sequences of three distinctpreprosomatostatins(PSS Ⅰ ,PSS II and PSS Ⅲ ) were isolated from Siniperca chuatsi brain and cloned by means of rapid amplification of cDNA ends( RACE). The full length of PSS I cDNA was 647 bp, which contained 369 bp open reading frame and encoded 122 amino acids with a signal peptide of 26 amino acids. It contained the conservative SS-14 sequence at the C-terminal extremity, which is identical with that of other vertebrates. The full length of PSS II cDNA was 655 bp, which contained 387 bp open reading frame and encoded 128 amino acids with a signal peptide of 25 amino acids. It contained[ Tyr7 ,Gly10] SS-14 at the C-terminal extremity. The full length of PSS Ⅲ cDNA was 823 bp, which contained 333 bp open reading frame and encoded 110 amino acids with a signal peptide of 21 amino acids. It contained [ Pro2 ] SS-14 at its C-terminal extremity. PSS mRNA expressions in different adult tissues were analyzed by RT-PCR technique. All PSS mRNA were found in brain, while PSS I mRNA wasn' t detected in other peripheral tissues, high levels of PSS H mRNA were also present in esophagus and stomach, PSS M mRNA in kidney and gonad. These suggested that all PSSs participate in neurological regulation in brain, whereas PSS II may also regulate digestion activity, and PSS Ⅲ regulates reproduction activity. Cellular localization of PSS mRNAs in brain was determined by in situ hybridization, PSS I mRNA was expressed in hypothalamus and medulla oblongata, PSS Ⅱ mRNA was expressed in hypothalamus, PSS M mRNA was expressed in hypothalamus, optic tectun, medulla oblongata and spinal cord. All PSS mRNA were detected in the hypothalamus, which showed they could beinvolved in hypothalamic-pituitary regulation. Distinct expression in other brain sections suggested somatostatins may also act as neurotransmitters or hormones, and exhibit different biological effects.【总页数】12页(P1337-1348)【作者】代威;赵金良;刘俊;薛洋【作者单位】上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室,上海 201306;上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室,上海 201306;上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室,上海 201306;上海海洋大学农业部淡水水产种质资源重点实验室,上海 201306【正文语种】中文【中图分类】Q785;S917.4【相关文献】1.鳜肌酸激酶M-CK cDNA的克隆与组织表达分析 [J], 张敏;赵金良;邓燕飞2.鳜胃蛋白酶原A、胃质子泵基因cDNA全长的克隆与细胞表达定位 [J], 薛洋;赵金良;邓燕飞;卞云斌;顾才弟3.鳜胃蛋白酶原基因cDNA全长的克隆与序列分析 [J], 吴雪峰;赵金良4.鳜胃泌素与胆囊收缩素基因cDNA全长的克隆与表达特征 [J], 苗伟;赵金良5.猪类无精症缺失基因DAZL的cDNA全长克隆、组织表达和亚细胞定位 [J], 王配;王丽娜;霍海龙;张霞;赵筱;王雪飞;霍金龙因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

西伯利亚鲟β-actin基因cDNA全长克隆、序列分析及其作为内参基因的应用研究施志仪;程千千;宋佳坤【摘要】采用同源克隆和RACE技术获得西伯利亚鲟(Acipenser baerii)β-actin 基因cDNA全长,序列分析表明西伯利亚鲟β-actin基凶cDNA全长1322 bp,其包括的137 bp的5'端非翻译区,57 bp的3'端非翻译区和编码375个氨基酸残基的1128 bp开放阅读框.与其他物种比对,该基因具极高的保守性.同时也利用同源克隆技术获得了两伯利亚鲟Sox2基因的同源保守区,该序列长768 bp,编码256个氨基酸,也具较高的保守性,与其他物种的相似性在70%以上.以β-actin作为内参基因,对Sox2基因在西伯利哑鲟成鱼各组织及胚胎发育各时期进行实时荧光定量PCR检测,发现Sox2基因在不同组织中均有表达.其中,在肝、胰、肾、脑4个组织中表达量差距不大,均处于相对较低的水平,在肌肉组织中表达量最高,达到了肝脏的10.4倍.同时Sox2基因虽在西伯利亚鲟胚胎发育各时期均有表达,但表达也具明显的时间差异性.在受精卵期、囊胚期Sox2基因的相对表达量较低,在原肠期、神经胚期、视泡形成期和心脏形成期Sox2基因相对表达量较高,且在心脏形成期达到最高点.本研究为量化西伯利亚鲟发育分化过程中相关基因提供了坚实的参照工具,增加了后续试验的可信度,同时可为今后深入研究西伯利亚鲟Sox2在侧线神经节分化发育、细胞迁移过程中的作用提供基础参考依据.【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2010(017)006【总页数】10页(P1173-1182)【关键词】西伯利亚鲟;β-actin;cDNA全长克隆;Sox2;内参基因【作者】施志仪;程千千;宋佳坤【作者单位】上海海洋大学,水产与生命科学学院,上海,201306;上海海洋大学,水产与生命科学学院,上海,201306;上海海洋大学,水产与生命科学学院,上海,201306【正文语种】中文【中图分类】Q786%S917西伯利亚鲟(Acipenser baerii)隶属鲟形目(Acipenseriformes)、鲟科(Acipenseridae)、鲟属(Acipense),为软骨硬鳞鱼,分布于西伯利亚河流和湖泊。