结直肠癌全基因组关联分析研究进展_张艳

全基因组关联分析在消化系肿瘤中的研究进展马进;陈云昭;李锋【期刊名称】《世界华人消化杂志》【年(卷),期】2011(19)33【摘要】全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是应用人类基因组中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)为标记进行分析,以期发现影响复杂性疾病发生的遗传特征的一种新策略.因其可在全基因组范围内进行整体研究,能够一次性对疾病与基因的关联进行轮廓性概览,所以在过去的5年中,全基因组关联研究方法已被证明是研究复杂疾病一种有效手段.近年,各国科学家运用全基因组关联分析在人类肿瘤,特别是在消化系肿瘤的研究中取得了一系列重要的研究成果,本文将综述消化系肿瘤GWAS研究进展,并展望GWAS所面临的挑战及可能的解决策略.【总页数】9页(P3432-3440)【关键词】全基因组关联分析;食管癌;胃癌;结直肠癌【作者】马进;陈云昭;李锋【作者单位】新疆地方与民族高发病教育部重点实验室/石河子大学医学院病理教研室【正文语种】中文【中图分类】R735【相关文献】1.全基因组关联分析在消化道肿瘤中的研究进展 [J], 管延蒙;陈锦飞2.全基因组关联分析在畜禽重要经济性状中的研究进展 [J], 乔贤;王志新;赵艳红;何利兵;李金泉;苏蕊;张磊;李晓凯;范一星;马宇浩;张燕军;刘志红;王瑞军;王志英3.羊经济性状全基因组关联分析与基因组育种的研究进展 [J], 王俊杰;赵勇;闵令江;雷初朝;沈伟4.全基因组关联分析在德国牧羊犬髋关节发育不良中的研究进展 [J], 余盼;魏荣兴;赵勤涛;张建华;叶俊华;5.全基因组关联分析(GWAS)技术在家犬中的应用研究进展 [J], 万九生;李静;陈超;邓卫东;岳锐;徐虎;黎立光因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

全基因组测序在肿瘤领域的应用现状与未来趋势
佚名
【期刊名称】《中国肿瘤临床》
【年(卷),期】2024(51)1
【摘要】数十年间,传统肿瘤治疗手段均是“一刀切”,而忽视了驱动肿瘤发生发展的基因变异。

1990年发起的“人类基因组计划”,以及新一代测序技术的出现,加速了癌症基因组学的发展。

癌症基因组图谱(TCGA)计划于2005年提出,标志着癌症基因组测序工作的开始。

预计到2030年,进行基因组测序的肿瘤患者数量可达到上亿。

在肿瘤领域,临床中的基因组测序目前是利用外显子组进行测序,但外显子仅占人类基因组的1.2%。

【总页数】1页(P26-26)
【正文语种】中文
【中图分类】R73
【相关文献】
1.微生物全基因组测序在预防医学领域的应用
2.山羊内源性鼻内肿瘤病毒enENTV-FJ1株全基因组测序及生物信息学分析
3.我国首次完成牧草领域第一个全基因组测序
4.基于限制性内切酶的简化基因组测序在家禽基因组研究中的应用现状
5.全基因组重测序在畜禽研究领域的应用进展
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循环肿瘤细胞对结直肠癌预后的相关性研究张艳红;段春芳;谢凭【摘要】目的研究分析肥大细胞三种亚型对结直肠癌预后可能产生的影响,从而发现肥大细胞对结直肠癌预后的影响因素,为临床指导治疗提供理论依据.方法选择2011年资料完整的结直肠癌根治术后石蜡标本40例作为试验组,术前未放疗或化疗;另取20例正常大肠组织,作为对照组,采用双重免疫组化技术对试验组做连续切片进行染色,观察2组中各亚型构成比是否有差异.计算出40例结直肠癌患者切片中各亚型的总平均计数值,与试验组每张切片相对应的平均计数值进行比较,观察肥大细胞各亚型的数量与性别、癌的分化程度、癌的浸润深度、淋巴结转移及生存时间的关系,并总结肥大细胞三种亚型与结直肠癌之间的关系.结果 TIM在结直肠癌根治术后石蜡标本有不同程度的浸润,2组的在结直肠癌的N分期和TNM分期及肿瘤分化程度方面差异有统计学意义(P<0.05).高计数组和低计数组5年总生存率和无瘤生存率分别为63.1%、59.3%和82.9%、79.0%,2组比较差异有统计学意义(P<0.05).COX比例风险模型单因素分析结果显示,在肿瘤组织中,肥大细的浸润是对结直肠癌患者总生存时间和无瘤生存时间造成影响的不良因素,后续多因素分析得出,对结直肠癌患者总生存时间、无瘤生存时间而言,浸润肥大细胞为其独立影响因素(P<0.05).结论 TIM与结直肠癌的N分期和TNM分期相关,循环肿瘤细胞可影响结直肠癌患者预后,所以可借助对循环肿瘤细胞的检测,去对结直肠癌患者的生存预后进行预测,提高患者的预后及生存率.%Objective To investigate the effects of three subtypes of mast cells (TIM) on the prognosis of patients with colorectal carcinoma in order to find the influencing factors of mast cells on the prognosis of colorectal cancer,so as to provide theoretical basis for guiding clinical treatment of rectal cancer.Methods The 40specimens of radical resection of colorectal cancer with complete clinical data in 2011 were selected as experimental group,without preoperative radiotherapy or chemotherapy,and the other 20 cases of normal colorectal tissues were served as control group.The differences of subtypes were observed by using double immunohistochemical technique continuous slices staining.The correlation between the numbers of different subtypes of mast cells and patient's sex, differentiation degree of cancer, invasion depth, lymph node metastasis,patient's survival time wasanalyzed,moreover, the correlation between the three subtypes of mast cell and colorectal cancer was investigated.Results The TIM had different degree infiltration in paraffin-embeded specimens after radical resection of colorectal cancer,there were significant differences in N staging and TNM staging of colorectal cancer between two groups (P<0.05).The 5-year total survival rates and tumor-free survival rate in high counting group and low counting group were 63.1%, 59.3% and 82.9%, 79%,respectively,there were significant differences between two groups (P<0.05).The single factor analysis of COX proportional hazards model showed that in tumor tissue, infiltration of mast cells was adverse factors influencing overall survival time and tumor-free survival time of patients with colorectalcancer.Moreover multiple factor analysis showed mast cells infiltration was independent influencing factors on overall survival time and tumor-free survival time of patients with colorectal cancer (P<0.05).Conclusion TIM is closely correlated to N staging and TNM staging of colorectal cancer,and circulating tumor cells can influence the prognosis of patients withcolorectal cancer, therefor, the detection of circulating tumor cells can be used to predict the survival prognosis of patients with colorectal cancer to improve patient's prognosis and survival rate.【期刊名称】《河北医药》【年(卷),期】2017(039)011【总页数】4页(P1634-1637)【关键词】循环肿瘤细胞;结直肠癌;预后;相关性【作者】张艳红;段春芳;谢凭【作者单位】511442 广东省广州市番禺区南村医院;广东省广州市番禺新造医院;511442 广东省广州市番禺区南村医院【正文语种】中文【中图分类】R735.3作为最常见的实体恶性肿瘤，结直肠癌有着较高的发病率和致死率，在恶性肿瘤中，其发病率占据第3位[1,2]，病死率居第5位，在肿瘤间质中，肥大细胞无疑是重要的组成部分，包括MCt和MCtc两种亚型，其能通过c-kit发挥效能，以往已有研究证实肥大细胞与肿瘤性疾病的病理过程密切相关，肿瘤部位能够清晰观察到肥大细胞侵润，因此很多研究认为肥大细胞具有作为肿瘤治疗靶点的潜在价值[3]，但是否与肿瘤患者的预后有关系尚不明确，也鲜见此方面的研究，因此，本研究选择结直肠癌根治术后石蜡标本和正常大肠组织进行了研究分析，报道如下。

结直肠癌Kras、Nras基因突变检测及临床意义徐利芬【摘要】目的：探究结直肠癌Kras、Nras基因突变检测方法和效率。

方法：选取2013年12月~2015年12月间我院收存的100例结直肠癌标本作为研究对象。

对其分别进行荧光定量PCR检测和Sanger测序检测,对比观察两种方法检测效果。

结果：在本次研究中,基因总体突变率高达80%,而荧光定性PCR检测的准确率为91%,而Sanger检测准确率为96.35%。

两组数据对比差差异具有统计学意义（P 〈0.05）。

结论：在对结直肠癌患者的临床检测中,对Kras和Nras基因突变进行临床检测,可以为临床治疗提供有力的依据,进而可以提升患者的治疗效果。

【期刊名称】《生物技术世界》【年(卷),期】2016(000)004【总页数】1页(P125-125)【关键词】结直肠癌 Kras基因 Nras基因基因突变【作者】徐利芬【作者单位】贵州医科大学附属医院，贵州贵阳550004【正文语种】中文【中图分类】R73随着人们生活质量的不断提升，结直肠癌的机率在逐渐升高。

医学研究人员认为，结直肠癌与Kras基因突变和Nras基因突变之间存在较大的关联，并且在运用靶向药物进行治疗时，传统的治疗方案对于基因突变患者明显的缺乏实效性［1］。

因此，加强对患者两种基因的检测研究，可以为患者的临床治疗提供可靠的依据，现报道如下。

1.1 一般资料选取2013年12月～2015年12月间我院收存的100例结直肠癌标本作为研究对象。

所有患者中，男性47例，女性53例，年龄18～82岁，平均年龄为（44.21±1.81）岁。

纳入标准：（1）经过临床诊断，患者均为结直肠癌患者。

（2）本次研究经过伦理委员会批准，并且患者签署知情同意书。

1.2 方法1.2.1 仪器与试剂的选择选择的检测试剂盒及石蜡标本DNA提取试剂盒均由厦门艾德生物医药科技有限公司生产，荧光定量PCR仪为美国生产。

结直肠癌影像组学研究进展在中国，结直肠癌是最常见的消化系统肿瘤之一，发病率及死亡率均日益升高。

目前肠镜下活体组织检查是诊断结直肠癌最有效的方式，但存在一定风险，如出血、穿孔等。

目前临床亟须精准、无创的诊断结直肠癌的方法。

传统医学影像学主要观察组织的形态改变。

影像组学能提供图像中肉眼无法识别的深层定量特征，弥补传统影像学方法的不足，为结直肠癌术前分期、制定治疗方案、疗效及预后评估提供依据。

本研究围绕影像组学在结直肠癌中的研究进展进行综述。

1.影像组学的概念及分析流程影像组学指从图像中提取大量多维特征，通过高通量定量分析，应用自动化数据特征化算法，将ROI中的影像学数据转化为具有高分辨率、可发掘的空间数据；其流程包括采集数据、分割图像、提取和选择特征、建立模型和共享数据各阶段。

1.1采集数据获取图像是影像组学研究的基础。

基于CT、MRI、PET/CT可获取大量影像学数据，随扫描方案、参数及后处理方法不同，影像学参数差异较大。

为此北美放射学会（RadiologicalSocietyofNorthAmerica，RSNA）和国家生物医学成像和生物工程研究所提出了定量成像生物标记联盟（QuantitativeImagingBiomarkerAlliance，QIBA），旨在减少图像参数设置对影像组学分析结果的影响。

1.2分割图像分割图像为影像组学研究的关键。

分割图像即将病变组织与正常组织分离。

近年有多种分割算法用于标定肿瘤区域，不同算法的适用范围和条件各不相同。

因此，制定标准化图像分割方法是未来一段时间迫切需要解决的问题。

1.3提取及选择特征提取特征即提取能鉴别正常图像与异常图像的特征信息。

所提取的特征数据大致可分为4组：第1组为肿瘤强度特征，第2组为形状特征，第3组为纹理特征，第4组为小波特征。

为防止过拟合，影像组学提取高维特征后，需采用机器学习或统计学方法删除不稳定特征，保留最主要特征。

选择特征主要采取机器学习理论中的算法，如最小绝对收缩和选择算子（leastabsoluteshrinkageandselectionoperator，LASSO）、递归特征消除（recursivefeatureelimination，RFE）、最小冗余最大相关性（minimumredundancymaximumcorrelation，mRMR）及主成分分析法（principalcomponentanalysis，PCA）等。

一、研究背景直肠癌是一种常见的恶性肿瘤，全球每年新增病例约190万例，发病率居所有癌症第三位。

在我国，直肠癌的发病率逐年上升，已成为严重威胁人类生命健康的重大疾病。

为了提高直肠癌的早期诊断率和治愈率，国内外学者对直肠癌进行了广泛的研究。

二、研究进展1. 早期诊断技术近年来，随着分子生物学、影像学等技术的不断发展，直肠癌的早期诊断技术取得了显著进展。

例如，粪便DNA检测、循环肿瘤DNA检测等分子诊断技术，能够提高直肠癌的早期诊断率。

此外，内镜技术、CT、MRI等影像学检查手段，为直肠癌的早期诊断提供了有力支持。

2. 遗传学研究直肠癌的发生与遗传因素密切相关。

近年来，研究人员通过对结直肠癌相关基因的研究，发现了一些与直肠癌发生、发展和预后相关的基因，如APC、KRAS、TP53等。

这些基因的突变与直肠癌的家族遗传性、肿瘤的侵袭性和预后不良有关。

3. 治疗方法研究直肠癌的治疗方法主要包括手术、化疗、放疗和靶向治疗等。

近年来，靶向治疗在直肠癌治疗中的应用越来越广泛。

例如，针对EGFR、VEGF等信号通路的小分子抑制剂，以及针对KRAS、BRAF等基因突变的抗体药物，均取得了良好的疗效。

4. 综合治疗策略直肠癌的综合治疗策略主要包括术前新辅助化疗、术后辅助化疗、放疗和靶向治疗等。

近年来，针对不同患者的个体化治疗方案逐渐成为研究热点。

例如，根据患者的基因突变情况，选择合适的靶向药物进行治疗；根据肿瘤的分期和患者的整体状况，制定个体化的手术方案等。

三、研究展望1. 遗传学研究未来，直肠癌的遗传学研究将更加深入，有望发现更多与直肠癌发生、发展和预后相关的基因，为直肠癌的早期诊断、治疗和预后评估提供更多依据。

2. 个体化治疗随着分子生物学、生物信息学等技术的不断发展，直肠癌的个体化治疗将更加精准。

通过对患者的基因、肿瘤类型、病理分期等因素的综合分析，制定出更加有效的治疗方案。

3. 药物研发针对直肠癌的新药研发将不断推进，有望开发出更多具有靶向性、低毒性的新型药物，提高直肠癌的治疗效果。

多组学分析思路随着组学新技术的不断涌现，加快了组学研究向定量化，高通量的方向发展，通过对多组学数据的整合分析，已成为科学家探索生命机制的新方向。

今天给大家分享一篇今年7月发表在Theranostics （IF:11.6）的文章。

这篇文章整合了基因组学、转录组学、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学等多组学的数据探究KRAS突变在结直肠癌（CRC）中的分子机制和临床意义。

KRAS突变型结肠直肠癌的综合多组学特征分析背景KRAS是CRC中最常见的突变的致癌基因之一，约40%的CRC 患者存在KRAS激活错义突变。

KRAS基因编码一种GTP/GDP结合蛋白，属于鸟苷三磷酸酶（GTPase）RAS家族，并触发多种磷酸化级联反应。

一旦KRAS突变发生，GTP的水解被破坏，或核苷酸交换增强，导致KRAS在活性状态下的积累，并促进下游信号通路的构成性刺激，从而促进肿瘤细胞的增殖和存活。

越来越明显的是，致癌的KRAS突变介导了肿瘤微环境（TME），特别是通过促进炎症和抑制免疫反应，并最终导致免疫逃避和肿瘤进展。

然而，在具有KRAS突变的CRC中，TME的细胞异质性仍有待研究。

信号网络的复杂性和多个KRAS突变等位基因的异质性特征导致了开发针对KRAS突变体肿瘤的分子靶向治疗的困难。

先前对KRAS突变型癌症的大规模组学研究极大地提高了对KRAS驱动的癌症的分子多样性的理解。

到目前为止，主要的研究都是基于基因组学和转录组学。

值得注意的是，最近的研究已经证明了蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学特征在推进对肿瘤异质性的理解方面的重要性。

在这篇文章中，作者报道了KRAS突变的CRC肿瘤可以根据整合的转录组学、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学，分为两种不同的分子亚型。

这两种亚型具有不同的临床特征、生物学途径、拷贝数改变和与KRAS信号激活相关的磷酸化级联反应。

激酶网络分析和药物敏感性预测也揭示了潜在的治疗药物，可能有助于治疗特定的亚型。

结果KRAS突变型与野生型CRC的分子比较KRAS激活信号通路及各节点的相关抑制剂总结如图1A。

结肠癌细胞HCT116中p53的R213突变对靶基因p21表达的影响张妍;张艳君;张业【摘要】目的确定在结肠癌细胞系中, p53的213位精氨酸突变后对其下游靶基因p21表达的影响.方法在p53缺失的结肠癌细胞系HCT116-/-中转染p53的R213位突变的质粒;荧光素酶双报告基因系统检测p53 靶基因启动子活性;EMSA 检测p53与其靶基因p21的结合能力;real-time PCR和Western blot检测p53下游靶基因p21的表达.结果 p53蛋白213位精氨酸突变为赖氨酸后,明显降低了p53靶基因的启动子活性(P<0.05);与靶基因p21启动子的结合能力明显降低(P<0.05);并抑制了p21基因的表达(P<0.05).而213位突变为谷氨酰胺后,迁移率比突变前明显变快.结论在人的结肠癌细胞中,p53蛋白R213位的不同突变对下游靶基因p21有不同的影响,提示存在着不同的调控机制.%Objective To determine impacts of p53 with R213 mutation on the expression of its downstream target gene p21 in HCT116-/-colorectal cancer cell line.Methods Mutations of p53 at R213Q (R/Q) and R213K (R/K) were respectively constructed and transfected into the p53 null HCT116 cells.The promoter activity drived by p53 was detected by dual-luciferase reporter system.EMSA assay was used to detect the ability of p53 binding to the promoter of its target genep21.The expression of p53 downstream target genes p21 was examined by real-time PCR and Western blot experiments.Results The mutation ofR213K disrupted the efficiency of p53 transactivation(P<0.05).The mutants were less efficient in targeting the consensus binding sequences of p53 in the regulatory region of p21 gene(P<0.05), In addition, The R/K mutantattenuated the expression of p21 gene(P<0.05).The mobility of R213Q was increased.Conclusions The different mutations of Arginine 213 have different impact on p21 in colorectal cancer cells.It could exist diverse regulating mechanisms.【期刊名称】《基础医学与临床》【年(卷),期】2017(037)005【总页数】5页(P663-667)【关键词】p53;213位精氨酸;p21;突变【作者】张妍;张艳君;张业【作者单位】首都医科大学附属北京潞河医院中心实验室, 北京 101149;首都医科大学附属北京潞河医院消化内科, 北京 101149;中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室, 北京 100005;中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室, 北京 100005【正文语种】中文【中图分类】Q343.1p53是非常重要的抑癌基因[1]。

结直肠癌患者不同组织中K-ras基因研究宋枫;高峰;吴伟强;杨增强;徐明;张鑫【期刊名称】《医学研究杂志》【年(卷),期】2015(044)003【摘要】目的研究结直肠癌患者不同组织中K-ras基因的临床意义.方法采用实时荧光定量PCR方法检测患者原发灶组织100例、转移淋巴结组织64例、远处转移灶13例、腺瘤组织19例中K-ras基因突变情况.结果结直肠癌原发灶、转移淋巴结组织、远处转移灶、腺瘤组织的K-ras基因检出率分别为100％、92.2％、92.3％、89.5％;K-ras基因突变率分别为39.0％、30.5％、33.3％、17.6％.主要突变基因第12编码子34位G＞T,G＞A,G＞C,35位G＞A,G＞T,G＞C;第13编码子37位G＞C,38位G＞A等8种基因发生突变.结论结直肠癌原发灶、转移淋巴结组织、远处转移灶的K-ras基因突变率基本—致,而腺瘤组织K-ras基因突变率明显低于原发灶、转移淋巴结组织、远处转移灶组织.K-ras基因突变在结直肠癌的发生、发展中起重要作用,这对结直肠癌的防治有重要的指导意义.【总页数】3页(P75-77)【作者】宋枫;高峰;吴伟强;杨增强;徐明;张鑫【作者单位】730050 兰州军区兰州总医院肛肠外科;730050 兰州军区兰州总医院肛肠外科;730050 兰州军区兰州总医院肛肠外科;730050 兰州军区兰州总医院肛肠外科;730050 兰州军区兰州总医院肛肠外科;730050 兰州军区兰州总医院肛肠外科【正文语种】中文【中图分类】R735【相关文献】1.结直肠癌患者组织中K-ras和BRAF基因突变与不同病理特征的相关性分析 [J], 史敏;郭晓波;李思远;孟婷婷;尚丛珊2.结直肠癌患者血清外泌体代替肿瘤组织检测K-Ras基因突变的研究 [J], 崔琮;靳杨;谭招丽;王岩;王友亮;徐建明3.结直肠癌患者组织与粪便中K-ras癌基因12位点突变的分析 [J], 梁志明;王国栋;李佩珍;梁小波;李跃平4.晚期结直肠癌患者血浆cfDNA中K-RAS突变及与西妥昔单抗耐药的关系研究[J], 林琳;庞雄昊;梁文丽;李美香5.晚期结直肠癌患者癌组织K-ras、BRAF基因突变情况观察 [J], 姜晓东;季楚舒;李明;王刚;王峰;王玲玉;胡世莲因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

252例结直肠癌组织中KRAS、NRAS、 BRAF、PIK3CA的基因突变分析刘影;郑细闰;朱亚珍;何青莲;郑广娟【摘要】目的分析结直肠癌(colorectal cancer,CRC)组织中KRAS、NRAS、BRAF和PIK3CA基因的常见突变类型及其与临床病理指标的关系.方法对252例CRC石蜡包埋组织进行DNA提取,采用Sanger测序法对KRAS、NRAS、BRAF和PIK3CA基因进行检测,分析各个基因的突变率与临床病理特征的关系,并统计各个基因的突变类型.结果 252例CRC中,KRAS、BRAF、NRAS和PIK3CA突变发生率在性别、年龄、肿瘤部位、病理分期和有无淋巴结转移上差异均无统计学意义(P＞0.05);检测阳性突变共140例(55.5％),其中KRAS 113例(44.8％),NRAS 1例(0.4％),BRAF 19例(7.5％),PIK3CA 28例(11.1％),包括PIK3 CA与KRAS、NRAS、BRAF基因发生双突变21例(8.3％);KRAS的主要突变类型包括G12A、G12C、G12D、G12R、G12S、G12V、G13D、T20M、A59T、Q61H、Q61L、Q61P;NRAS仅有1例突变为G12D;BRAF的主要突变类型为V600E、D594G、K601E;PIK3CA的主要突变类型包括E542K、E545K、Q546K、Q546P、Q546R、M1043I、H1047R.PIK3CA与KRAS、NRAS、BRAF之间会发生交叉突变,但KRAS、NRAS、BRAF三者之间基本不存在交叉突变.结论 CRC中KRAS阳性突变率居高,PIK3CA次之,BRAF、NRAS突变率最低,且PIK3CA常与KRAS、NRAS、BRAF发生交叉突变.对CRC患者行KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA等多基因检测,可正确指导并选择抗EGFR单抗药,从而实现真正意义上的个体化靶向治疗.【期刊名称】《临床与实验病理学杂志》【年(卷),期】2016(032)008【总页数】6页(P851-855,859)【关键词】结直肠肿瘤;Sanger测序;KRAS;PIK3CA;靶向治疗【作者】刘影;郑细闰;朱亚珍;何青莲;郑广娟【作者单位】广东省中医院病理科,广州510120;广东省中医院病理科,广州510120;广东省中医院病理科,广州510120;广东省中医院病理科,广州510120;广东省中医院病理科,广州510120【正文语种】中文【中图分类】R735.3美国最新癌症统计结果显示，结直肠癌(colorectal cancer, CRC)发病率居全球常见恶性肿瘤的第3位，病死率居第4位[1]。

中南大学学报（医学版）J Cent South Univ (Med Sci)2019, 44(7) 830结直肠癌的表观遗传学研究进展秦璐，康安定(中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院，湖南省肿瘤医院结直肠外科，长沙 410013)[摘要] 结直肠癌是常见的恶性肿瘤之一，其发病率和病死率在各种恶性肿瘤中分别居第3和第2位，严重威胁人类健康。

结直肠癌的发生与发展是一个涉及遗传和表观遗传变化累积的复杂过程。

表观遗传学改变主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNAs(如microRNAs和lncRNAs)等，其对结直肠癌的早期诊断、预后评估及化学药物治疗敏感性评估有重要意义，为结直肠癌的治疗提供了新思路。

[关键词] 结直肠癌；表观遗传学；DNA甲基化；组蛋白修饰；非编码RNAEpigenetic research progress in colorectal cancerQIN Lu, KANG Anding(Department of Colorectal Surgery, Hunan Cancer Hospital & Affiliated Cancer Hospital of Xiangya School of Medicine,Central South University, Changsha 410013, China)ABSTRACTColorectal cancer is one of the common malignant tumors, which seriously threatens humanhealth. Its morbidity and mortality rank the third and the second among all malignant tumors. The progress of colorectal cancer is a complex process involving the accumulation of genetic and epigenetic changes. Epigenetic changes of colorectal cancer mainly include DNA methylation, histone modification, non-coding RNAs (such as microRNAs and lncRNAs), which are of great significance to early diagnosis and prognosis evaluation, and to chemosensitivity assessment for colorectal cancer, providing a new thought for the treatment of colorectal cancer.KEY WORDScolorectal cancer; epigenetics; DNA methylation; histone modification; non-coding RNA收稿日期(Date of reception)：2019-01-28第一作者(First author)：秦璐，Email: lu373037546@, ORCID: 0000-0002-5892-1326通信作者(Corresponding author)：康安定，Email: kandy5501@, ORCID: 0000-0001-7824-9920基金项目(Foundation item )：湖南省自然科学基金(2013SK3201)。

K-ras基因与结直肠腺癌关系研究进展
单宝珍; 刘丽娜
【期刊名称】《《医学与哲学》》
【年(卷),期】2010(031)006
【摘要】肿瘤的发生涉及癌基因的激活及抑癌基因的失活,K-ras基因是与肿瘤形成关系较为密切的一种癌基因,其功能异常能够影响细胞的生长、增殖、分化和凋亡等。

研究已发现K-ras基因的突变激活是结直肠癌变过程中的重要事件之一。

本文拟对K-ras基因的生物学特性、对细胞信号转导的影响及在结直肠腺癌形成与治疗中的作用作一综述。

【总页数】3页(P42-44)
【作者】单宝珍; 刘丽娜
【作者单位】郧阳医学院附属太和医院消化内科湖北十堰 442000; 大连医科大学第一临床学院消化内科辽宁大连 116011
【正文语种】中文
【中图分类】R735.34
【相关文献】
1.K-ras基因突变与胰腺癌关系的研究进展 [J], 赵晶莹;邵春莹
2.K－ras基因与结直肠腺癌关系研究进展 [J], 单宝珍;刘丽娜
3.结直肠癌MICA基因的表达与p53、K-ras基因突变的关系研究 [J], 朱晟易;徐永强
4.结直肠腺癌中Fascin-1、β-catenin蛋白表达及其与K-ras基因突变状态的相关
性 [J], 马桂;王兰;马淑萍;边芳;任艳妮;胡清荣;杨荣
5.结直肠腺癌中K-ras/N-ras基因突变状态及Fascin-1蛋白表达的相关性研究 [J], 马桂; 边芳; 马淑萍; 王兰; 任艳妮; 李晓梅; 胡清荣
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基于生物信息分析的结直肠癌表达和预后的关键基因筛选陈晓玲;杨娟;吕敏敏;贾亦真【期刊名称】《现代医药卫生》【年(卷),期】2024(40)7【摘要】目的识别结直肠癌中的差异表达基因(DEGs),探索结直肠癌的关键通路和基因。

方法选取来自基因表达综合数据集的基因表达谱GSE211496、GSE6988和GSE29900数据集,使用GEO2R分析工具进行分析并下载相关数据,通过在线数据库miRDB和TargetScan对GSE29900数据集的差异miRNAs进行靶基因预测,然后使用韦恩图取3个数据库的DEGs交集,使用DAVID数据库工具进行GO 和KEGG通路富集分析,接着使用PPI进行网络构建并由Cytoscape软件进行可视化,使用TCGA数据库验证Hub基因表达,使用pROC包对与TCGA数据库表达一致的Hub基因进行ROC曲线分析,最后,利用Kaplan-Meier绘图仪在线工具对结直肠癌患者进行预后分析。

结果筛选出GSE211496数据集2570个DEGs(p.adj<0.01且|log 2FC|≥1),GSE6988数据集406个DEGs(p.adj<0.01且|log 2FC|≥1)和GSE29900数据集99个差异表达miRNA(p.adj<0.01且|log2FC|≥1),预测出差异表达miRNAs的靶基因14938个,将靶基因与DEGs重叠共获得30个目标基因。

KEGG通路结果显示,目标基因主要富集于血管平滑肌收缩和矿物吸收通路。

通过连接度从PPI网络中筛选出前10个Hub基因;Hub基因经TCGA数据库验证,发现MYL9、ACTG2、AGT和PDGFRA与GSE211496数据集表达一致。

分析这4个Hub基因对结直肠癌的诊断情况发现,基因AGT(AUC=0.901,95%CI 0.868~0.933)与预测结直肠癌的发生呈正相关,基因MYL9(AUC=0.820,95%CI 0.757~0.884)、ACTG2(AUC=0.855,95%CI0.802~0.908)和PDGFRA(AUC=0.815,95%CI 0.772~0.858)与预测结直肠癌的发生呈负相关。

浅论p53与结肠直肠癌的发生、转移、治疗与预后及筛查关系的研究现状【摘要】 p53是目前公认的重要抑癌基因,在大肠癌中表达率较高，与大肠癌的发生发展等各方面关系密切。

本文阐述了p53与大肠癌发生转移、治疗、预后和筛查关系的研究现状。

【关键词】 p53；大肠癌结肠直肠癌是较常见和危害性较大的恶性肿瘤之一，其发生发展和转归等是多基因参与、多因素影响的复杂过程。

目前，国内外学者在大肠癌的研究方面做了大量工作，并达成不少共识，但仍存在许多有待探讨的问题。

随着分子实验技术的普及，从分子水平上系统地研究大肠癌，已成为研究的热点。

至今已发现众多基因的异常表达与大肠癌关系密切，其中p53表达与大肠癌关系密切且研究颇多，本文就此做一综述。

1 p53概况人类p53基因长度为20303碱基对，定位于染色体，由11个外显子和10个内含子组成［1］。

转录成 mRNA,编码由393个氨基酸组成,是分子量为53KD的核酸蛋白。

1979年，Linzer和Levine用SV40抗T抗体的联合免疫沉淀法从SV40转化的细胞提取物中发现一种与T抗原存在的蛋白质，因其分子量为53KD，故名P53。

此后，在各种病毒、化学诱导剂等因素引起的肿瘤中常发现有P53蛋白异常表达，故p53基因一度被认为是癌基因。

但在随后研究细胞转化时发现体内正常存在的p53基因即野生型p53有抑制细胞癌变作用，而发生突变后的p53基因即突变型p53则有促进细胞癌转化作用，从而确认野生型p53基因是抗癌基因。

对其认识经历了肿瘤抗原、癌基因和抗癌基因三个阶段。

由于野生型P53蛋白的半衰期短，免疫组化难以检测到，而突变型P53蛋白因其空间构象改变，半衰期延长，用免疫组化法可检出，因此，当组织中检测到P53蛋白的高表达，则认为有p53基因的突变［2］。

在约50%人类肿瘤中可发现有p53基因的突变，且见于多种类型的肿瘤细胞中［］。

2 p53与大肠癌2．1 p53与大肠癌发生发展早期Vogelstein［5］综合以往的报道，认为大肠癌发生的一般模式为：正常上皮增生性上皮腺瘤腺瘤癌变腺癌。

结直肠癌患者KRAS、NRAS、BRAF基因突变与临床病理特征关系的研究贠田;王长松;李富林;吕学霞;蒙念龙;高春芳【摘要】目的探讨在结直肠癌中KRAS、NRAS和BRAF基因突变的状态与病理学因素之间的关系.方法采用RT-PCR的方法检测389例结直肠癌患者的KRAS、NRAS和BRAF基因突变情况,并用统计学方法分析与临床病理学因素之间的关系.结果KRAS总突变率为42.4％,该基因在直肠的突变率显著高于结肠.NRAS和BRAF基因的突变率分别为4.6％和4.1％,这两个基因的突变状态与临床病理学关系不大.结论KRAS、NRAS和BRAF基因属于相互联系的通路,一个发生突变将制约另外两个基因的发生改变,检测结直肠癌中KRAS、NRAS和BRAF基因的突变状态能够更好地指导个体化治疗.【期刊名称】《实用医药杂志》【年(卷),期】2019(036)008【总页数】4页(P733-736)【关键词】结直肠癌;KRAS;NRAS;BRAF;临床病理特征【作者】贠田;王长松;李富林;吕学霞;蒙念龙;高春芳【作者单位】471031 河南洛阳,解放军第989医院病理科;471031 河南洛阳,解放军第989医院病理科;471031 河南洛阳,解放军第989医院病理科;471031 河南洛阳,解放军第989医院病理科;471031 河南洛阳,解放军第989医院病理科;471031 河南洛阳,解放军第989医院病理科【正文语种】中文【中图分类】R735.34散发性结直肠癌是消化道最常见的恶性肿瘤之一，发病率和病死率长期高居恶性肿瘤前列。

结直肠癌的发生发展是多基因、多步骤的复杂过程，个体差异较大，随着精准治疗时代的来临，基于基因检测治疗策略的选择在提升结直肠癌的诊治水平中发挥着巨大的作用，在结直肠癌靶向治疗过程中检测KRAS、NRAS、BRAF基因突变状态对于结直肠癌的治疗有很重要的意义［1，2］。

结直肠癌是一个复杂的多基因参与的疾病，这些个体化药物的靶点基因在结直肠癌中起到关键的作用，因此探讨这些靶点与病理学因素之间的关系也很有必要。

基于生物信息学分析的结直肠癌关键基因和通路途径的筛选摘要：结直肠癌是一种常见的恶性肿瘤。

本文采用生物信息学分析方法，以探寻结直肠癌的关键基因和通路途径为目的，通过文献检索和数据挖掘，筛选出了与结直肠癌发生发展密切相关的基因和通路途径。

研究发现，结直肠癌发生发展的过程中涉及了多种关键基因和通路途径，包括Wnt通路、PI3K/Akt 通路、TP53基因等。

这些基因和通路途径的异常表达和突变会影响细胞的增殖、分化、凋亡及侵袭转移等生物学过程，从而促进结直肠癌的发生发展。

本研究所筛选出的基因和通路途径为结直肠癌的早期诊断和治疗提供了新的方向和思路，也为后续的临床研究提供了参考。

关键词：结直肠癌；生物信息学；基因；通路途径；Wnt；PI3K/Akt；TP53基于生物信息学分析的结直肠癌关键基因和通路途径的筛选1. 引言结直肠癌是一种常见的消化道肿瘤，其发生发展涉及多种基因和通路途径的异常表达和突变，尤其是早期的基因变异，往往会导致结直肠癌的发生发展。

生物信息学是发现关键基因和通路途径的重要方法之一，通过数据挖掘和分析，可以筛选出可能涉及到结直肠癌发生发展的关键基因和通路途径，为其临床诊断和治疗提供新的方向和思路，对结直肠癌等恶性肿瘤的治疗具有重要意义。

2. 方法本文采用生物信息学分析方法，以探寻结直肠癌的关键基因和通路途径为目的，通过文献检索和数据挖掘，筛选出了与结直肠癌发生发展密切相关的基因和通路途径。

首先，采用NCBI和PubMed等数据库检索与结直肠癌相关的文献，提取其中的基因和通路途径信息。

然后，使用DAVID和KEGG等公共数据库进行数据挖掘和分析，筛选出结直肠癌与多种基因和通路途径之间的联系，包括Wnt通路、PI3K/Akt通路、TP53基因等。

3. 结果通过文献检索和数据挖掘，我们筛选出了与结直肠癌发生发展密切相关的若干基因和通路途径。

其中，Wnt通路是影响结直肠癌细胞增殖、分化、凋亡等生物学过程的关键通路途径之一。

癌基因C-myc在结直肠癌组织中的表达及临床意义任辉;姜涛;边学海;张研;田宇【期刊名称】《中国实验诊断学》【年(卷),期】2007(011)010【摘要】目的探讨结直肠癌组织中癌基因C-myc在结直肠癌发生、发展中的作用及其与临床病理特征的相关性.方法采用免疫组织化学链霉菌抗生物素蛋白-过氧化酶法(S-P法),检测60例结直肠癌组织、10例癌旁组织及8例正常结直肠黏膜中C-myc蛋白表达.结果结肠癌组织中,C-myc蛋白表达阳性率为76.7%(46/60),显著高于正常及邻近结直肠组织(P＜0.01);C-myc的过度表达与结直肠癌肝转移呈正相关关系(r=5.540,P＜0.05),与TNM分期无相关性(r=0.013,P＞0.05).结论癌基因C-myc在结直肠癌的发生、发展过程中起重要作用,C-myc蛋白过度表达不能代表结直肠癌的肿瘤状态,不能作为判断病人预后的单独指标.【总页数】3页(P1381-1383)【作者】任辉;姜涛;边学海;张研;田宇【作者单位】吉林大学第二医院,基本外科,吉林,长春,130041;吉林大学中日联谊医院,肝胆外科;吉林大学中日联谊医院,肝胆外科;吉林大学中日联谊医院,肝胆外科;吉林大学中日联谊医院,肝胆外科【正文语种】中文【中图分类】R735.3【相关文献】1.抑癌基因PTEN在结直肠癌组织中的表达及临床意义 [J], 任辉;姜涛;李颖;张广;田宇;王巍2.Runx3和C-myc基因在结直肠癌组织中的表达及临床意义 [J], 郑玮;邹兆伟;钟林;黄宗海3.结直肠癌组织抑癌基因PTEN和癌基因C-myc蛋白表达及其相关性 [J], 房学东;任辉;张研;田宇4.癌基因K-ras、H-ras、c-myc和nm 23mRNA在胃癌组织中的表达及意义 [J], 李功;李春生;施秀清;栾汛;倪灿荣;5.p16和PTEN抑癌基因蛋白在结直肠腺癌组织中的表达及临床意义 [J], 吴晓华;张莘;周文阔;易喜贤;吴涛;徐惠绵因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

大肠癌癌前疾病及癌分子诊断的研究进展安太;袁东红;刘琰;马莹;史盛梅;张治星;张金强;孟存英【期刊名称】《安徽医药》【年(卷),期】2017(021)001【摘要】大肠癌又名结直肠癌(CRC)是国内外最常见的恶性肿瘤之一,多数发病隐匿,因而就诊者多已处中晚期,且发病率持续攀升,病死率高;癌症形成经历多步骤、多阶段、多基因参与,由腺瘤向癌的演变,因此早发现、早诊断CRC癌前疾病及CRC 至关重要.目前国内外对CRC癌前疾病及癌相关分子标志物的研究日新月异,尤其CRC的基因、转录、蛋白质、代谢四大组学观点的提出.现就CRC癌前疾病及CRC分子诊断的研究进展进行阐述.【总页数】5页(P14-18)【作者】安太;袁东红;刘琰;马莹;史盛梅;张治星;张金强;孟存英【作者单位】延安大学附属医院消化科,陕西延安 716000;延安大学附属医院消化科,陕西延安 716000;延安大学附属医院消化科,陕西延安 716000;延安大学附属医院消化科,陕西延安 716000;延安大学附属医院消化科,陕西延安 716000;延安大学附属医院消化科,陕西延安 716000;延安大学附属医院消化科,陕西延安 716000;延安大学附属医院消化科,陕西延安 716000【正文语种】中文【相关文献】1.大肠癌癌前疾病和癌前病变研究进展 [J], 张晓慧;许岸高2.抗survivin抗体检测对大肠癌及癌前疾病的诊断价值 [J], 刘三红3.高龄无症状人群大肠癌癌前疾病筛检方法的比较 [J], 李世荣;晨智敏;刘端祺;王志红;张宏光;李雅君;武子涛;4.大肠癌癌前疾病的研究进展 [J], 殷娇娇;庄丽维5.食管癌及癌前不同疾病发病危险因素分析 [J], 王晓伟;刘兵兵;陈云昭;梅红彬;赖卓琪因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

结肠癌的几种相关基因研究进展
赵敏;刘亮;刘凤军
【期刊名称】《中国现代普通外科进展》
【年(卷),期】2012(015)004
【摘要】结肠癌（colorectal cancer,CRC）是人类常见的恶性肿瘤,以往是西方发达国家致死率很高的疾病,如美国CRC每年死亡人数占总死亡人数的9.9%,仅次于肺癌,位于第二位[1]。

随着我国人民生活水平的提高和饮食等生活方式的转变,CRC 的发病率呈不断上升趋势[2]。

CRC的发生与很多因素有关,如遗传、饮食习惯等。

【总页数】2页(P300-301)
【作者】赵敏;刘亮;刘凤军
【作者单位】山东大学校医院,山东济南250061;山东省胸科医院呼吸科,山东济南250061;山东大学齐鲁医院普外科,山东济南250012
【正文语种】中文
【中图分类】R735.3+5
【相关文献】
1.结肠癌中奥沙利铂毒性和耐药性相关基因SNPs的研究进展 [J], 姚雨江;谢妮;;
2.结肠癌中奥沙利铂毒性和耐药性相关基因SNPs的研究进展 [J], 姚雨江;谢妮
3.结肠癌的几种相关基因研究进展 [J], 杜卫华;陈健
4.散发性结肠癌中相关基因突变的研究进展 [J], 潘理会;李育庄;李春辉
5.结肠癌转移相关基因1在妇科恶性肿瘤中的研究进展 [J], 黄文斌;陈微楠;朱雪琼
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结直肠癌遗传异质性与相关信号通路研究进展
吴妍;巩晓艳
【期刊名称】《牡丹江医学院学报》
【年(卷),期】2016(037)006
【摘要】结直肠癌是消化道常见的肿瘤,近几年来发病率成逐渐上升的趋势,并且死亡率也较高.有临床实验研究表明,结直肠癌的发病有一定遗传因素,有明显的遗传异质性.本文主要论述的是利用分子诊断技术,对直肠癌患者的相关遗传异质因素进行分析,并且指导临床治疗.
【总页数】3页(P107-108,96)
【作者】吴妍;巩晓艳
【作者单位】牡丹江医学院第二附属医院,黑龙江牡丹江157011;牡丹江医学院附属红旗医院,黑龙江牡丹江157011
【正文语种】中文
【中图分类】R735
【相关文献】
1.结直肠癌中上皮间质化相关转录调控和信号通路研究进展 [J], 何俊君;刘龙飞;周贤
2.结直肠癌原发与配对转移肿瘤遗传异质性研究进展 [J], 鲁有望;王昆华
3.结直肠癌相关信号通路研究进展 [J], 周钊;牛洪欣
4.结直肠癌相关长链非编码RNA调控信号通路研究进展 [J], 康争春; 鄂继福; 吕
桂芬
5.CaMKⅡ在结直肠癌相关信号通路激活中作用的研究进展 [J], 邓成念;刘模荣因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。