基于ITS2条形码的贯叶金丝桃及其混伪品鉴别研究
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基于ITS2序列鉴定川贝母及其混伪品基原植物罗焜;马培;姚辉;宋经元;陈科力;刘义梅【期刊名称】《世界科学技术-中医药现代化》【年(卷),期】2012(014)001【摘要】本研究对川贝母5种不同基原植物ITS2序列进行PCR扩增和测序;同时扩大研究范围,从GenBank上下栽川贝母及其常见混伪品共10个物种13个样本的ITS2序列.用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树.结果显示川贝母基原植物种内最大K-2-P距离为0.0276,与混伪品的种间最小K-2-P距离为0.0583:川贝母及其混伪品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示川贝母不同基原物种聚为一支,能较好与混伪品区分.研究结果表明ITS2条形码序列能够成功鉴定川贝母及其混伪品的原植物,为川贝母混伪鉴别提供了新工具.【总页数】6页(P1153-1158)【作者】罗焜;马培;姚辉;宋经元;陈科力;刘义梅【作者单位】中国医学科学院药用植物研究所/濒危药材繁育国家工程实验室北京100193;北京协和医学院药用植物研究所/濒危药材繁育国家工程实验室北京100193;中国医学科学院药用植物研究所/濒危药材繁育国家工程实验室北京100193;北京协和医学院药用植物研究所/濒危药材繁育国家工程实验室北京100193;中国医学科学院药用植物研究所/濒危药材繁育国家工程实验室北京100193;北京协和医学院药用植物研究所/濒危药材繁育国家工程实验室北京100193;中国医学科学院药用植物研究所/濒危药材繁育国家工程实验室北京100193;北京协和医学院药用植物研究所/濒危药材繁育国家工程实验室北京100193;湖北中医药大学/中药资源和中药复方省部共建教育部重点实验室武汉430061;湖北中医药大学/中药资源和中药复方省部共建教育部重点实验室武汉430061【正文语种】中文【相关文献】1.大黄与易混伪品土大黄、虎杖原植物的ITS2序列鉴定 [J], 李美妮;韩蕊莲;韩建萍;姚辉;罗焜n;宋经元2.基于ITS2序列广陈皮基原植物及药材的DNA分子鉴定 [J], 成树森;王武静;陈超志;段元静;任玲;王秋红;李书渊;;;;;;;;3.基于ITS2序列的车前子原植物及其混伪品的分子鉴定 [J], 邬兰;刘义梅;熊永兴;陈科力4.基于ITS2序列的女贞子原植物及其混伪品的分子鉴定 [J], 李美妮;韩蕊莲;韩建萍;刘美子;姚辉;宋经元5.易混伪品刺果甘草与甘草、苦参和黄芪原植物的ITS2序列鉴定 [J], 赵月梅;侯香莲因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
基于ITS2序列的鬼箭羽及其混伪品DNA条形码鉴定
郭丽嵘;赵伟;杨丽;陈海娟;杨志刚;李一蒙
【期刊名称】《中国中医药信息杂志》
【年(卷),期】2023(30)2
【摘要】目的建立快速鉴别鬼箭羽及其混伪品的方法,确保临床用药安全。
方法采用DNA条形码分析的方法,对16批鬼箭羽药材进行核基因ITS2片段扩增、测序及序列拼接,用MEGA7.0软件进行序列分析,并构建鬼箭羽近源种及混伪品的系统发育分析树。
结果16批鬼箭羽药材中共检测到2种ITS2单倍型,单倍型之间仅有一个位点的突变,说明不同产地鬼箭羽种内保守性高,遗传稳定。
系统聚类分析表明,鬼箭羽与其近源种并为一个大分支,而其混伪品自成一支,可相互区分。
结论ITS2序列作为DNA条形码能够方便、快速地鉴别鬼箭羽及其混伪品。
【总页数】5页(P124-128)
【作者】郭丽嵘;赵伟;杨丽;陈海娟;杨志刚;李一蒙
【作者单位】兰州大学药学院;青海师范大学高原科学与可持续发展研究院;青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室;兰州大学陇药协同创新中心
【正文语种】中文
【中图分类】R282.5
【相关文献】
1.基于 ITS2序列的荆芥及其混伪品的 DNA条形码鉴定
2.基于ITS2条形码序列的山豆根基原植物及其混伪品的DNA分子鉴定
3.基于ITS2条形码的中药材赤芍及
其易混伪品的DNA分子鉴定4.基于DNA条形码(ITS2)的绞股蓝与其混伪品的分子鉴定方法分析5.基于DNA条形码(ITS2)的中药材防风与其混伪品的鉴定
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基于ITS2条形码的中药材天南星及其混伪品DNA分子鉴定该研究收集天南星及其混伪品7种,共58份样品,通过DNA提取和PCR 扩增,经注释后获得其ITS2条形码,然后进行序列变异分析和NJ树聚类分析。
结果表明天南星3种基原天南星、异叶天南星和东北天南星的种内K2P距离均小于其种间K2P距离,在NJ聚类树上天南星3种基原分别聚为独立的支。
天南星3种基原与天南星混伪品聚为不同的支。
因此,ITS2作为DNA条形码可以鉴定天南星3种基原及其混伪品,DNA条形码技术可为天南星及其混伪品的鉴定提供新的方法。
标签:天南星;ITS2;DNA条形码;鉴定天南星为我国常用中药,其性味苦、辛、温、有毒,具有消肿散结之功效,外用可治疗痈肿,蛇虫咬伤。
据2010年版《中国药典》记载,天南星为天南星科植物天南星Arisaema erubescens (Wall.)Schott、异叶天南星A. heterophyllum Bl.和东北天南星A. amurense Maxim的干燥块茎[1]。
由于历代本草记载的不一致和各地民间的用药习惯,中药材天南星基原比较混乱[2]。
除天南星属植物外,天南星科半夏属植物虎掌Pinellia pedatisecta Schott也常作为天南星的代用品而被广泛使用[3]。
天南星为有毒类中药,严重可窒息,甚至昏迷和呼吸停止[4]。
天南星基原及其混伪品多为有毒植物,形态鉴定困难,已有的鉴定方法如性状鉴定、显微鉴定、HPCE鉴定[5]、近红外光谱鉴定[6]、PAGE[7]鉴定均具有不同程度的局限性,急需建立简捷、准确的鉴别方法用于天南星及其混伪品间的鉴定,以保障临床用药安全。
DNA条形码在中药材鉴定中的成功应用带来生药鉴定方法革命性的突破[8]。
当前,国家药典委员会讨论通过在《中国药典》增补本中列入中药材DNA 条形码分子鉴定指导原则,该指导原则规定植物类药材的DNA条形码鉴定以ITS2序列为主[9]。
基于ITS2序列及二级结构的维吾尔族药材孜然及其混伪品鉴别地力努尔·吐尔逊江;程波;何江【期刊名称】《中国现代中药》【年(卷),期】2024(26)2【摘要】目的:应用DNA条形码技术,建立维吾尔族药材孜然及其混伪品小茴香、芫荽子的分子鉴别方法。
方法:提取38批孜然及其混伪品的基因组总DNA,聚合酶链式反应(PCR)扩增内转录间隔区2 (ITS2)序列并双向测序,测序结果经CodonCode Aligner软件进行序列拼接,利用MEGA软件分析序列特征,计算种内、属间遗传距离,构建邻接(neighbor-joining,NJ)系统聚类树,预测其ITS2二级结构。
结果:孜然药材ITS2序列中主体单倍型为A1,序列长度均为226 bp,鸟嘌呤(G)+胞嘧啶(C)占比为47.79%~48.23%;小茴香ITS2序列中,主体单倍型为B1,序列长度均为224~227 bp,G+C占比为53.30%~55.36%;芫荽子ITS2序列中,主体单倍型为C1,序列长度均为220~227 bp,G+C占比为56.82%~56.83%。
孜然的种内遗传距离明显小于属间遗传距离。
二级结构表明,孜然及其混伪品螺旋区的茎环大小、数目、位置及螺旋角度均有明显差异。
结论:ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确地鉴别孜然及其混伪品药材,为保障孜然临床安全用药提供了有效技术手段。
【总页数】6页(P328-333)【作者】地力努尔·吐尔逊江;程波;何江【作者单位】新疆维吾尔自治区药物研究所【正文语种】中文【中图分类】R282.12【相关文献】1.基于ITS2序列及二级结构对紫苏与其变种、紫苏子与其混伪品的鉴别2.基于ITS2一级序列和二级结构对土茯苓及混伪品的鉴别研究3.基于matK和ITS2及二级结构对药材香薷及其混伪品的鉴别研究4.基于ITS2序列及二级结构鉴别维吾尔药材黑加仑及混伪品5.基于ITS2序列及二级结构对药用黄芪及混伪品的鉴别研究因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
基于ITS2序列鉴定谷物芽类药材及其混伪品*熊超;周红;贺海波;胡志刚;刘合刚【期刊名称】《世界科学技术-中医药现代化》【年(卷),期】2014(000)011【摘要】目的:应用ITS2序列对2010版《中国药典》谷物芽类药材稻芽、谷芽、麦芽及其混伪品进行分子鉴定,以保证药材质量和临床疗效。
方法:提取稻芽、谷芽和麦芽药材DNA ,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增其ITS2序列并双向测序,应用CodonCode Aligner软件对测序峰图进行校对拼接,并去除低质量序列及引物区,得到ITS2序列。
用MEGA6.0软件对所有10个物种74条序列计算种内和种间K2P (Kimura 2-Parameter)遗传距离,分析变异位点并构建邻接(NJ)树。
结果:稻芽、谷芽和麦芽的基原植物稻、粟和大麦的种内最大K2P遗传距离均远小于其与混伪品之间的种间最小K2P遗传遗传距离;NJ树结果显示稻、粟和大麦各自聚为一支,均与混伪品明显区分开,各混伪品物种也单独聚为一支。
结论:ITS2序列能准确鉴别稻芽、谷芽、麦芽药材及其混伪品,该研究为保障谷物芽类药材临床准确用药提供了新的技术手段。
【总页数】6页(P2343-2348)【作者】熊超;周红;贺海波;胡志刚;刘合刚【作者单位】湖北中医药大学药学院武汉 430065; 中国中医科学院中药研究所北京 100700;中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京 100193;中国中医科学院中药研究所北京 100700;湖北中医药大学药学院武汉 430065; 中国中医科学院中药研究所北京 100700;湖北中医药大学药学院武汉 430065【正文语种】中文【中图分类】R284.1【相关文献】1.ITS2序列鉴定大蓟、小蓟药材及其近缘混伪品 [J], 张景景;祁晓婷;张超;朱莉敏;杜康;胡志刚2.鸦胆子药材及其混伪品的ITS2序列分子鉴定研究 [J], 马双姣;杨培;周红;孙伟;姚辉;李永华3.基于ITS2序列鉴定中药材金沸草、旋覆花及其近缘混伪品 [J], 郭力城;胡志刚;凃媛;张卫东;金慧子;孙伟;贺海波;马孝熙;黄必胜4.基于ITS2序列鉴定南北葶苈子药材及其混伪品 [J], 凃媛;赵博;温放;孙伟;宋明;贺海波;胡志刚;郭力城;张秀桥5.白芷药材及其混伪品的ITS2序列分子鉴定 [J], 吴正军;魏伟锋;韩正洲;崔英贤;陈新连;王瑀因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
基于DNA条形码(ITS2)的中药材防风与其混伪品的鉴定目的通过ITS2序列分析,对防风及其易混伪品进行鉴定,确保用药安全。
方法从GenBank数据库下载中药材防风与其混伪品的DNA条形码ITS2序列,利用MEGA 6.06软件进行比对分析,计算GC含量及变异位点、种内、种间遗传距离,并构建NJ系统发育树,应用ITS2数据库网站预测其ITS2二级结构。
结果序列分析与遗传距离结果显示,防风与其混伪品存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及其ITS2二级结构均可以将防风与其混伪品进行区分。
结论ITS2能够准确鉴定防风及其易混伪品,可用于中药材的快速鉴别。
[Abstract] Objective To identify Saposhnikovia divaricata and its adulterants by using ITS2 sequence analysis and to secure medication safety. Methods ITS2 sequences of Saposhnikovia divaricata and its adulterants were downloaded from GenBank,MEGA 6.06 software was used for sequence analysis to summarize GC content,variation sites,estimate intra-and inter-specific genetic distances,and built NJ trees.Moreover,the secondary structure of ITS2 was predicted by using the ITS2 database websites. Results ITS2 sequence analysis and genetic distances calculation showed significant difference in the samples.Further more,NJ tree and secondary structure results could distinctly differentiate quality product and adulterants. Conclusion ITS2 can effectively identify Saposhnikovia divaricata and its adulterants,as a result,it can be used for rapid identification of Chinese medicinal materials.[Key words] Saposhnikovia divaricata;DNA barcoding;Adulterants;Internal transcribed spacer 2;Molecular identification防风(Saposhnikovia divaricata)是双子叶植物伞形科(Umbelliferae)多年生草本植物防风属(Saposhnikovia)防风的干燥根[1],是常用的中药材之一,主要产于我国北部和东北部,分布于东北、华北及陕西、宁夏、甘肃、山东等地[2]。
2018年6月5日第27卷第11期v〇L27, N〇. 11,June 5,2018 China Pharmaceuticals Drug Research•实验研究•doi:10. 3969/]. issn. 1006 -4931. 2018. 11.001基于ITS2条形码的贯叶金丝桃及其混伪品鉴别研究*杨宋琪,唐小龙,陈海燕,柯潇△(四川济生堂药业有限公司,四川成都610041)摘要:目的应用IT S2条形码序列鉴别贯叶金丝桃及其混伪品。
方法提取贯叶金丝桃及其混伪品DNA,使用IT S2通用引物进行PCR扩增测序,去除低质量碱基和拼接获得ITS2条形码目的序列。
基于M E G A6.0中的K2P模型,计算贯叶金丝桃及其混伪品的种内和种间遗传距离并构建系统发育树(N J树牘同时预测ITS2二级结构。
结果贯叶金丝桃ITS2序列长度为236 bp,种内最大K2P遗传距离为0. 004,与混伪品的种间K2P遗传距离分布为0. 107 ~0. 490;由N J树可知,所有贯叶金丝桃均聚为一大支,呈现出明显的单系性,能很好地与其混伪品分开,同时贯叶金丝桃与其混伪品在IT S2的二级结构上差异明显。
结论应用IT S2条形码序列可准确鉴别贯叶金丝桃及其混伪品,可用于贯叶金丝桃鉴别。
关键词:贯叶金丝桃;ITS2;鉴别;混伪品中图分类号:R282. 71; R284.1 文献标识码:A 文章编号:1006 - 4931牗018) 11 - 0001 - 04Study on Identification of Hypericum Perforatum and Its Adulterants Based onITS2 Bar CodeYang Songqi,Tang Xiaolong,Chen Haiyan,Ke Xiao(Sichuan Jishengtang Pharmaceutical Co., Ltd., Chengdu, Sichuan, China 610041 牘A bstract: Objective To identify Hypericum perforatum and its adulterants by ITS2 bar code sequence. M ethods The DNA ofcum perforatum a nd its adulterants were extracted and sequenced after ITS2 universal primers were amplified by PCR. Low - qualitybases were removed and spliced to obtain ITS2 bar code sequence. Based on the K2P model in MEGA 6. 0, intraspecific and interspecific genetic distances were calculated and the phylogenetic tree(NJ tree) was constructed, and the secondary structure of ITS2 was predicted. Results ITS2 sequence length of Hypericum perforatum was 236 bp, the maximum K2P genetic distance within the species was0. 004, and the interspecific K2P genetic distance between Hypericum p erforatum and tree, all the Hypericum perforatum clustered into a large branch, showing a clear monophyletic, which could be well separated from its adulterants. Meanwhile, there were significant differences in ITS2 secondar structure between Hypericum perforatum and its adulterants.Conclusion The ITS 2bar code sequence can accurately identify Hyperi p erforatum identification of Hypericum perforatum.Key w ords:Hypericum perforatum; TS2; identification; adulterants贯叶金丝桃Hypefccm p f o a t m L.,别名贯叶连 翘、千层楼、圣约翰草等,为藤黄科金丝桃属多年生草本 植物,原产于欧洲和亚洲,在我国陕西、甘肃、山东、新 疆、四川、贵州等地均有分布[1_3]。
现代研究表明,其成 分金丝桃素、伪金丝桃素在抗抑郁、抗逆转录病毒等方 面具有较高的开发价值,是镇定剂、抗炎药、抗抑郁药、抗肿瘤及艾滋病等病毒疾病治疗药物,特别是抗抑郁制 剂的重要原料犤_6]。
贯叶金丝桃的广泛应用,导致其资 源供不应求,民间常用其他类似品种代替,使其药材品 种质量混乱加剧。
传统的性状鉴定、显微鉴定和理化鉴 定在中药材的物种鉴定上有一定局限性[7],为了保证中 药材临床应用准确、安全、有效,对其准确鉴定很有必 要。
D N A条形码技术最先由加拿大动物学家Paul Hebert提出,通过测定植物D N A序列进行比较,反映其遗传差异,以进行物种分类和鉴定犤-10]JTS2序列是目 前首推的作为植物鉴别的D N A条形码之一,包含丰富 的变异位点和信息位点,对植物有较高的鉴别能力犤1-1。
有研究表明,核ITS2序列的鉴定能力优于国际条形码 协会植物工作组提出的m atK和rb cL组合,首次提出将 ITS2作为药用植物鉴定的通用条形码序列犤3]。
本研究 中应用ITS2条形码序列鉴别贯叶金丝桃及其混伪品,以期为贯叶金丝桃中药材准确鉴定提供新方法。
1 材料与方法1.1 材料收集来自于甘肃地区的贯叶金丝桃及其混伪品90份, 另从GenBank中下载3条贯叶金丝桃ITS2条形码序列,基因登录号为GQ434761,GU596502和EU796888。
样本 信息见表1。
*基金项目:四川省重大产业技术创新专项[012C D00082]。
第一作者:杨宋琪(1981 -),女,大学本科,工程师,研究方向为中药质量标准,(电话)028 -64287669。
△通信作者:柯潇(1983 -),男,硕士研究生,高级工程师,研究方向为中药新药,(电话)028 -64287521。
.研究.Drug Research China Pharmaceuticals v〇i. 21,n〇. n, June 5,201s表1贯叶金丝桃及其混伪品的样本信息序号名称产地序号名称产地1Hypericum perforatum L.甘肃康县46Hypericum perforatum L.甘肃礼县2Hypericum perforatum L.甘肃礼县47Hypericum perforatum L.甘肃礼县3Hypericum perforatum L.甘肃礼县48Hypericum perforatum L.甘肃礼县4Hypericum perforatum L.甘肃武都49Hypericum perforatum L.甘肃礼县5Hypericum perforatum L.甘肃武都5Hypericum perforatum L.甘肃礼县6Hypericum perforatum L.甘肃武都51Hypericum perforatum L.甘肃礼县7Hypericum perforatum L.甘肃武都52Hypericum perforatum L.甘肃礼县8Hypericum perforatum L.甘肃武都53Hypericum perforatum L.甘肃礼县9Hypericum perforatum L.甘肃武都54Hypericum perforatum L.甘肃礼县10Hypericum perforatum L.甘肃武都55Hypericum perforatum L.甘肃礼县11Hypericum perforatum L.甘肃武都56Hypericum perforatum L.甘肃礼县12Hypericum perforatum L.甘肃康县57Hypericum perforatum L.甘肃礼县13Hypericum perforatum L.甘肃康县58Hypericum perforatum L.甘肃礼县14Hypericum perforatum L.甘肃康县59Hypericum perforatum L.甘肃礼县15Hypericum perforatum L.甘肃康县6Hypericum perforatum L.甘肃礼县16Hypericum perforatum L.甘肃康县61Hypericum perforatum L.甘肃礼县17Hypericum perforatum L.甘肃康县62Hypericum perforatum L.甘肃礼县18Hypericum perforatum L.甘肃康县63Hypericum perforatum L.甘肃礼县19Hypericum perforatum L.甘肃康县64Hypericum perforatum L.甘肃礼县20Hypericum perforatum L.甘肃康县65Hypericum perforatum L.甘肃礼县21Hypericum perforatum L.甘肃康县66Hypericum perforatum L.甘肃康县22Hypericum perforatum L.甘肃康县67Hypericum perforatum L.甘肃康县23Hypericum perforatum L.甘肃康县68Hypericum perforatum L.甘肃康县24Hypericum perforatum L.甘肃康县69Hypericum perforatum L.甘肃康县25Hypericum perforatum L.甘肃礼县70Hypericum perforatum L.甘肃康县26Hypericum perforatum L.甘肃礼县71Hypericum perforatum L.甘肃康县27Hypericum perforatum L.甘肃礼县72Hypericum perforatum L.甘肃康县28Hypericum perforatum L.甘肃礼县73Hypericum perforatum L.甘肃康县29Hypericum perforatum L.甘肃礼县74Hypericum perforatum L.甘肃康县30Hypericum perforatum L.甘肃礼县75Hypericum perforatum L.甘肃康县31Hypericum perforatum L.甘肃礼县76Hypericum perforatum L.甘肃康县32Hypericum perforatum L.甘肃礼县77Hypericum perforatum L.甘肃康县33Hypericum perforatum L.甘肃礼县78Achillea millefolium甘肃康县34Hypericum perforatum L.甘肃礼县79Hypericum perforatum L.甘肃康县35Hypericum perforatum L.甘肃康县80Hypericum perforatum L.甘肃康县36Erigeron annuus甘肃康县81Hypericum perforatum L.甘肃礼县37Hypericum perforatum L.甘肃康县82Hypericum perforatum L.甘肃礼县38Hypericum perforatum L.甘肃康县83Hypericum perforatum L.甘肃礼县39Hypericum perforatum L.甘肃康县84Hypericum perforatum L.甘肃礼县4Hypericum perforatum L.甘肃康县85Hypericum perforatum L.甘肃礼县41Hypericum perforatum L.甘肃武都86Hypericum perforatum L.甘肃礼县42Hypericum perforatum L.甘肃武都87Hypericum perforatum L.甘肃礼县43Hypericum perforatum L.甘肃武都88Hypericum perforatum L.甘肃礼县44Hypericum perforatum L.甘肃武都89Hypericum perforatum L.甘肃礼县45Hypericum perforatum L.甘肃礼县9Hypericum ascyron甘肃礼县2018年6月5日第27卷第11期v〇L27, N〇. 11,June 5,2018 China Pharmaceuticals Drug Research1.2 方法1.2.1 D N A提取和PCR扩增采用北京擎科新业生物技术有限公司植物基因组D N A提取试剂盒(货号TSP101)提取贯叶金丝桃 及其混伪品的总DNA。