调整我国财政补贴的理论依据为了维护世界贸易中非歧视、自由透明和公平竞争的秩序，WTO专门制定了《补贴与反补贴措施协议》，旨在规范和统一各国的财政补贴政策及其行为。
《补贴与反补贴措施协议》体现了一种明确的取向，即要求竞争主体共享“国民待遇”，在不受歧视和政企分开的平等条件下进行公平竞争。
按照可能对国际贸易造成的危害程度，《补贴与反补贴措施协议》将补贴分为禁止的、可诉的和不可诉的三类：1.禁止性的补贴。
《补贴与反补贴措施协议》第3条规定：“法律或事实上视出口实绩为惟一或其他多种条件之一而给予的补贴，视使用国产货物而非进口货物的情况为惟一条件或其他多种条件之一而给予的补贴为禁止性补贴”，概括起来，禁止性的补贴包括出口补贴和进口替代补贴两类。
禁止性的财政补贴一旦被证实存在，无须证明其是否对其他成员方造成损害或损害威胁，都必须取消，否则会招致其他成员实施的经WTO争端解决机构授权的反补贴措施或征收反补贴税。
2.可诉补贴。
可诉补贴是指在一定范围内可以实施的补贴，但如果使用此类补贴的成员方在实施过程中对其他成员方的经济利益造成不利影响，则受损的成员方可以向使用此类补贴的成员方提起申诉。
因此，《补贴与反补贴措施协议》第5条、第6条对使用可诉补贴的“度”作出具体界定。
即使用可诉补贴不能造成以下任何情况发生：（1）取代或阻碍另一成员方的产品进口；（2）取代或阻碍另一成员方对第三成员方的出口；（3）补贴的后果造成大幅度削价、压价或销售量减少；（4）实施补贴后的商品在国际市场上的份额增加。
可诉补贴措施允许在一定范围内实施，是因为其有一定的合理性，即一国在一定时期为了使国民经济相对平衡发展，总是需要扶助某些企业，然而政府在采用可诉的补贴时，有可能使受补贴企业的产品在国际市场上具有非正常的竞争能力或在国内市场上具有非正常的进口替代能力，从而扭曲国际贸易的正常发展，损害别国对外贸易的利益，因此，《补贴与反补贴措施协议》又对可诉的补贴予以限制。
可诉补贴并不一定意味着必须取消，一般来说只有同时具备下列三种条件，该种可诉补贴才需要被取消：第一，该种补贴必须要具有专向性。
《补贴与反补贴措施协议》规定了企业专向性（一国政府挑选一个或几个特定公司进行补贴）产业专向性（一国政府针对某一个或几个特定产业部门进行补贴）和地区专向性（一国政府对其领土内特定地区的生产进行补贴）三种专向性标准。
由此看来，我国现行的各种税收优惠政策大多具有专向性，有可能构成可诉补贴。
第二，该种补贴必须被某个成员国起诉。
第三，该补贴必须被证明对成员国造成了实质损害或实质损害威胁。
3.不可诉补贴。
主要包括木具有专向性的补贴、给予基础研究的援助性补贴、给予贫困地区的补贴、为适应新环境而实施的补贴，以及用于鼓励农业研究开发、鼓励农民退休等方面的“绿箱”补贴。
不可诉补贴不专门针对出口，是WTO规则允许的措施，这为我们采取适当的税收优惠，发挥调控作用提供了空间。
不可诉补贴包括，为鼓励某个产业的企业进行R ＆D投资、开展技术创新，可以对R＆D投资占销售额比重设立一个标准，对超过标准的企业实行非专向性补贴；大规模增加对企业、高校、研究机构的科研补贴，只要这种补贴不超过基础工业研究费用的50％或应用研究费用的25％；增加西部大开发的基础设施建设、工业结构调整、教育科研的补贴；对环保性的技术改造项目给予一次性补贴，只要这种补贴不超过改造工程费用的20％。
改革措施（一）取消针对出口的各种财政补贴。
1.取消出口补贴。
根据协议书第11条第3款的规定，将在加入时取消所有属《补贴协议》第3条第1款（a）项范围内的出口补贴。
为此，中国到加入时为止，将停止维持所有先前存在的出口补贴计划，并自加入时起，停止在此类计划下作出额外支付或支出，也不再免除税收或授予任何其他利益。
这一承诺涵盖各级政府所给予的补贴，这些补贴在法律上或事实上观出口义务而给予。
这就意味着财政必须取消针对出口的直接补贴或通过税收形式的间接补贴。
这种针对出口的补贴在当前主要有以下两种方式：（1）取消针对出口的直接补贴。
主要指政府视企业的出口实绩给予补贴、贴息和奖励。
例如，山东省省级财政1998年安排专项资金1200万元，对水泥、冻鸡、罐头、服装、水产品等出口商品进行贴息；河北省出台的对一般贸易出口收汇每美元贴息0.03元人民币政策，对纺织品、服装、鞋、箱包、玩具一般贸易出口收汇每美元贴息0.05元人民币政策，对机电、高新技术产品一般贸易出口收汇每美元贴息0.04元人民币政策，对一般贸易出口500万美元以上的企业收汇每美元贴息0.02元人民币政策。
（2）取消针对出口的间接补贴。
主要指根据企业的出口情况，用税收政策即减免部分或全部企业所得税支持出口而形成的各种间接补贴。
例如，经1992年修正的《湖南省鼓励外商投资条例》政策法规仍有出口实绩的补贴的规定：“产品出口企业按国家规定减免企业所得税期满后，凡当年出口产品产值达到当年企业产品产值70％以上的，按照现行税率减半缴纳企业所得税。
”2.取消进口替代方面的补贴。
根据《中国加入WTOI作组报告书》第168段，自加入时起，中国将取消所有属《补贴协议》第3条第1款（b）项范围内的、视使用国产货物替代进口货物情况而给予的补贴。
当前我国存在用税收支持使用国产品替代进口的补贴，包括减免企业所得税，固定资产投入所纳税额进行更多抵扣，对此类设备投入的增值税予以全额抵扣，加速固定资产折旧等形式。
例如，财政部、国家税务总局发布的《技术改造国产设备抵免企业所得税暂行办法》规定：从1999年起，凡符合国家产业政策的技术改造项目，其所需国产设备投资额的40％，可以从购置设备当年比前一年新增的企业所得税中抵免。
2000年1月又发布《关于外商投资企业和外国企业购买国产设备投资抵免企业所得税有关问题的通知》，将免税范围扩大到外商投资企业和外国企业。
这些政策不符合WTO的规则，防止国外企业对我国提出反补贴起诉，要在过渡期内取消。
3.取消对农产品出口的补贴。
根据我国政府的承诺，中国的农产品出口政策将仅以商业考虑为基础，加入WTO后我国必须立即取消对农产品出口补贴，包括价格补贴、实物补贴，以及对出口产品加工、仓储、运输的补贴。
目前我国在玉米、大米、小麦出口上都有一定的财政补贴，例如，2000年玉米出口；1048万吨，每吨补贴378元。
（二）对国内产业和企业合理利用一些可诉补贴。
可诉补贴是利用一些WTO允许的补贴，合理支持本国工商业。
有操作性的可诉补贴有：政府对某项产品实行不超过从价总额5％的补贴；对某项产业实行小额补贴以弥补经营性亏损；为解决某个大企业长期发展，避免产生严重社会问题而提供一次性补贴；对一些规模有限、影响相对较小的企业直接免除政府债务，或授予补贴以抵消应付债款。
对于可诉补贴的运用关键是要把握好补贴的范围和“度”，避免对我国出口产品起诉。
当前在可诉补贴方面值得关注的是科技补贴。
加入WTO后，《补贴与反补贴措施协议》R＆D补贴条款将对我国的科技支出产生较大冲击。
我国多数科技支出因大量集中于支持科研成果的商业化阶段，将不同程度地面临着不可起诉的补贴条款或被禁止的补贴条款的约束，必须对我国科技支出结构进行调整。
《补贴与反补贴措施协议》第8条规定：在商业性R＆D中，对公司进行研究活动的援助，或对高等教育研究机构或研究机构与公司签约进行研究活动的援助，不能超过工业研究成本的75％或竞争前开发活动成本的50％，而介于上述两类之间的R＆D活动不得超过合法成本的62.5％；当工业研究或竞争前开发活动的补贴超过合法成本的75％和50％（介于其间的为62.5％）时，也就成为可起诉补贴。
结合我国现行的科技支出状况，科技支出中有一部分是用于应用研究、实验开发和成果应用研究，具有明显的促进出口或进口替代作用，属于禁止的补贴或可起诉的补贴范围，加入WTO后，必须对超出不可起诉条款范围的财政补贴进行调整，否则，就有可能遭到其他成员的反补贴措施。
（三）用足用好不可诉补贴。
1.增加对落后地区的补贴。
由于目前我国人均收入与西部收入的差距已达到“不可诉补贴”中对落后地区补贴的标准（人均国民生产总值不超过全国平均国民生产总值的85％等条件），我国的地区倾斜政策应由“东高西低”改为“西高东低”，可以对这些地区的产业和企业采取补贴政策。
如税收优惠、援助等，扶持西部经济的发展。
2.增加环保补贴。
我国传统的粗放型的对外贸易发展模式，不仅造成资源浪费和环境的恶化，而且正日益受到国际绿色消费浪潮的挑战，严重制约着我国外贸的发展。
当今我国生态环境恶化已成为突出的问题之一，体现在：土地退化，森林环境功能减弱，水资源危机，环境污染严重，自然灾害频发等，这已经严重影响我国可持续发展。
同时，随着绿色需求的增长，我国产品在国际市场上屡屡遭遇绿色贸易壁垒。
环境问题不解决，产品出口将越来越困难。
因此，保护自然资源和生态环境实际上就是保护我国经济可持续发展。
在制定政策时要注重环境保护问题，要加大这方面的投入，增加在退耕还林、退耕还草、企业环保技术改造等有利于环境保护方面的支出，逐步改善生态环境。
（四）调整现行一些效率不高的补贴。
1.调整现有我国的粮食补贴政策。
根据《农业协定》，我国当前的粮食补贴政策属于“黄箱”政策，虽然我国“黄箱”政策补贴没有超过入世谈判中农业生产总值8.5％的上限，符合WTO规则，但现行对农产品流通环节的补贴政策，既扭曲资源配置，又造成收入分配不公，还导致各种腐败现象，从而使得国家花费了巨大的财政支出，农民却得不到多少利益，存在补贴效率较低的状况。
据财政部农业司有关人士分析，我国目前通过对粮食流通企业补贴的方式来间接补贴农民，国家需要耗费7元钱才使农民得到1元钱，大部分的财政支农资金浪费在流通环节，无法实现对农民补贴的政策意图。
因此迫切需要将对中间流通环节的补贴转向对直接生产者，切实提高农民收入，提高财政支农资金的使用效益。
2.取消对国有企业的财政补贴，提高财政补贴的使用效率。
取消对国有企业的补贴是加入WTO所必须的，1999年中美就中国加入WTO进行谈判的焦点之一就是要求中国取消对国有企业的补贴。
根据《中华人民共和国加入WTO议定书》附件5B，逐步取消针对促进亏损企业的结构调整以及维持生产和社会安全以保证就业方面的财政补贴。
从实际情况看，由于信息不对称，政府分不清楚国有企业的经营性亏损和政策性亏损，企业经理人员会利用信息优势把所有亏损，包括经营性亏损，都归咎于政策性亏损，而政府既然无法推托对政策性亏损所该负的责任，也就只好把企业的所有亏损都承担起来，以致出现了企业的预算软约束问题、财政资金使用效率低下等问题。
因此，国有企业改革的当务之急在于剥离政策性负担。
政府除了对极少数关系国计民生的企业计划亏损继续提供补贴外，需要取消对大部分企业的财政补贴。
