微卫星DNAPCR扩增结果示例只是分享

应用微卫星标记分析一个日本锦鲤人工养殖群体的遗传多样性陈万光;崔智峰;董彬;王慧【摘要】采用12对微卫星引物,对一个日本锦鲤(Japanese koi)人工养殖群体的遗传多样性进行了检测.结果表明:该日本锦鲤群体在12个微卫星位点的平均等位基因数(Na)为4.916;群体的平均观测杂合度(Ho)为0.177 8;平均期望杂合度(He)为0.636 6;平均多态信息含量为0.554 9,表明其遗传多样性呈中等水平.【期刊名称】《江苏农业科学》【年(卷),期】2008(000)005【总页数】3页(P48-50)【关键词】日本锦鲤;微卫星标记;遗传多样性【作者】陈万光;崔智峰;董彬;王慧【作者单位】洛阳师范学院生命科学系,河南洛阳,471022;山东农业大学动物科技学院,山东泰安,271018;山东农业大学动物科技学院,山东泰安,271018;山东农业大学动物科技学院,山东泰安,271018【正文语种】中文【中图分类】S965.116日本锦鲤(Japanese koi)是一种体色鲜艳、斑纹华丽的变种鲤鱼。

目前世界上不同体色类型的日本锦鲤近百种，我国常见的品种有红白、大正三色、昭和三色、写鲤、浅黄、衣、丹顶、金银鳞、变种日本锦鲤等13个品系。

近年来日本锦鲤养殖技术日趋成熟，养殖者也逐年增多，其养殖逐渐成为发展农村经济新的增长点。

但经过连续多年人工繁殖后，日本锦鲤养殖群体由于近亲繁殖而导致其个体的生长速度和观赏价值等品质明显降低。

随着养殖规模的不断扩大，如何最大限度地保持养殖群体的遗传多样性，维持其优良品质，已成为人们关注的焦点。

微卫星作为一种分子遗传标记，拥有较高的个体特异性和可重复性[1]，并且能够提供丰富的多态位点及基因座位杂合度和纯合度等的遗传信息[2],因而被广泛应用于群体遗传多样性研究[3]、遗传作图[4]、亲子鉴定[5]、品种鉴定[6]和群体进化研究[7]等诸多领域。

目前，有关日本锦鲤遗传多样性的微卫星技术研究，国内开展的较少，刘静霞等[8]应用6对微卫星引物检测了20尾日本锦鲤个体，发现它们具有高度的遗传多态性，不同雌核发育家系内个体的遗传异质性也较大。

目录摘要 (1)Abstract (2)1文献综述 (3)1.1微卫星介绍 (3)1.2 微卫星位点筛选方法 (4)1.3子午沙鼠简介 (5)1.4 研究的目的和意义 (5)1.4.1 研究的目的 (6)1.4.2 研究意义 (6)2.材料与方法 (7)2.1 子午沙鼠基因组DNA的提取 (7)2.2 微卫星位点的选择与引物的合成 (7)2.3 PCR扩增，筛选位点 (8)2.4 筛选高多态性位点 (8)2.5微卫星分型 (9)3.实验结果 (10)3.1微卫星引物筛选结果 (10)3.2微卫星分型结果 (11)3.3微卫星位点遗传参数分析结果 (14)3.4累计排除率分析结果 (15)4.讨论 (17)5.结论 (19)参考文献 (20)致谢 (22)子午沙鼠DNA分子微卫星相关的引物筛选及评价摘要：分子微卫星是一种简单的，重复DNA序列，是真核生物基因组的重要成分之一，其种类多、分布广泛且具有高度的多态性和杂合度等特征。

作为高度可区分性的双亲遗传共显性标记，分子微卫星在亲权鉴定、系谱分析和物种遗传多样性分析中得到了广泛的应用。

因此，为了筛选子午沙鼠高多态性的微卫星位点，本研究选择20个长爪沙鼠(子午沙鼠近缘种)的微卫星位点，使用交叉扩增的方法进行筛选。

通过琼脂糖电泳筛选及微卫星分型验证，最终筛选出7个能够稳定扩增且同时具有高多态性的微卫星位点。

经验证，这七个位点在10个子午沙鼠个体中共扩增出127个等位基因，平均多态信息含量为0.822，平均期望杂合度为0.8849，均为高度多态位点。

因此，可以用于子午沙鼠遗传多样分析及遗传性婚配制度研究。

关键词：子午沙鼠；微卫星DNA；遗传多态性；微卫星分型Screening and evaluation of primers related to microsatellitein Midday gerbilsAbstract: Molecular microsatellite is a simple and repetitive DNA sequence, which is one of the important components of eukaryotic genome. It has many kinds, wide distribution and high polymorphism and heterozygosity. As a highly distinguishable parental codominant marker, microsatellite has been widely used in parental identification, pedigree analysis and species genetic diversity analysis. Therefore, in order to screen the microsatellite Loci with high polymorphism in Midday Jird, we selected 20 microsatellite Loci from close relatives of Midday jird Gerbils by cross-amplification. By agarose Gel electrophoresis and microsatellite typing, 7 microsatellite loci with stable amplification and high polymorphism were selected. It has been proved that these seven loci can be used in the analysis of genetic diversity and the study of genetic mating system in Midday jird.Key words: Midday Jird; microsatellite DNA; Single-nucleotide polymorphism；Microsatellite typing1文献综述1.1微卫星介绍微卫星也常被称为简单的碱基重复分子序列,是以1-6个简单核苷酸碱基为重复序列单位子所组成的5-40个简单分子串联体的重复分子序列。

2004年4月第14卷　第2期中国比较医学杂志CHINESE J OURNAL OF COMPAR ATIVE MEDICINE April ,2004Vol .14　No .2研究报告微卫星DNA 多态性在十种近交系小鼠遗传监测中的应用研究欧阳兆和1,陈振文1,李瑞生1,战大伟1,王承利2(1.军事医学科学院实验动物中心,北京　100071;2.沈阳军区总医院实验动物中心) 【摘要】　目的　研究微卫星DNA 多态性在近交系小鼠遗传监测中的应用。

方法　选取小鼠不同染色体上的16个微卫星位点,应用PCR 技术对常用的10个近交系小鼠进行了微卫星DNA 多态性分析。

结果　14个微卫星DNA 具有稳定扩增效果,在同一品系不同个体之间表现单态性;在不同品系之间表现多态性。

结论　运用所筛选的14个位点进行微卫星多态性分析,能够快速、经济地对近交系小鼠进行遗传监测。

【关键词】　遗传监测;小鼠,近交系;微卫星DNA【中图分类号】Q311+.8 【文献标识码】A 【文章编号】1671-7856(2004)02-0071-04Analysis of Microsatellite DNA Polymorphisms andGenetic Monitoring of Ten In bred Mouse StrainsOUYANG Zhao -he 1,C HE N Zhen -wen 1,LI Rui -sheng 1,ZHAN Da -wei 1,WANG Chen g -li 2(boratory Ani mal Center ,Academy of Military M edical Sciences ,Beijing 100071,China ;boratory Animal Center ,General Hospital of Shenyang Command of PLA )【Abstract 】　Objective To analyse microsatellite DNA polymorphisms and genetic monitoring of ten inbred mouse strains .Metheds 16microsatellites DNA loci on different chromosomes in ten inbred mouse strains were investigated by PCR analysis .Results Fourteen microsatellites DNA could be amplified efficiently ,and displayed polymorphis m among the various strains ,and no pol ymorphism in the same mouse strains .Conclusion Analysis of microsatellites DNA polymorphisms by the fourteen microsa -tellites DNA is a fast and economical way for genetic monitoring among ten in bred mouse strains .【Key words 】　Genetic monitoring ;Mice ,Inbred strains ;Microsatellite DNA[基金项目]总后卫生部基金课题资助(98M 116)[作者简介]欧阳兆和(1972-),男,硕士研究生,专业方向:实验动物遗传监测。

微卫星DNA微卫星DNA在种下分化及近缘种的鉴定中的应用农业昆虫与害虫防治姚远M071105摘要：微卫星DNA标记作为一种多态性和稳定性高、重复性好、呈共显性的分子遗传标记技术，目前已被广泛应用于昆虫学的研究中。

本文介绍了微卫星DNA标记的基本原理和特点，并综述了近年来该技术在昆虫种群遗传结构及分化、近缘种的鉴定、遗传图谱的构建、基因定位以及系统发生等领域中的应用。

关键词: 微卫星DNA标记；多态性；分化；种群早在1974 年，Skinger在蟹的DNA 中发现了一类短串联重复序列TAGG。

随后人们在人、动物和酵母的基因组中都发现了大量的简单重复序列，因为其比小卫星(10~25bp)短，每个重复单位仅1~6bp，重复数10~20次，是头尾相连的串联重复序列，故称微卫星(microsatellite)，又称为简单序列重复DNA(Simple Sequence Repeat，SSR)。

重复类型有两种单核苷酸如A/T、C/G；四种二核苷酸重复AT/TA、AC/TG、AG/TC、CG/GC 以及三、四核苷酸重复类型等，但研究发现较多的为AC/TG，约占57%，其它类型较少。

而且根据微卫星核心序列排列方式的不同，可分为完全(perfect)，不完全(imperfect)和复合型(compound)微卫星。

20世纪七八十年代以来，伴随着分子生物学的飞速发展，出现了多种多样的DNA分子标记[1]。

目前常用的DNA分子标记技术有限制性片段长度多态性( restriction fragment length polymorphism，RFLP) 、数量可变的串联重复序列(variable number of tandem repeat，VNTR) 、随机扩增多态性DNA ( random amp lified polymorphic DNA，RAPD) 、扩增片段长度多态性( amp lified fragment length polymorphism，AFLP) 、微卫星标记(microsatellite marker) 、简单重复序列间扩增( inter-simple sequence repeat，ISSR)和单核苷酸多态性( single nucleotide polymorphysm，SNP) 。

不同基因组野生稻随机微卫星扩增多态ＤＮＡ（ＲＭＡＰＤ）遗传分析摘要：采用32对RMAPD引物对水稻9种类型基因组的44份材料遗传多样性进行研究，PCR产物经凝胶电泳后进行带型统计并用NT3YS软件进行聚类分析，结果显示44份材料可分为AA基因组和其他基因组2个人组，其他基因组可分为BCD、EFG和HJ等3个小组；BCD小组聚类结果表明CC基因组与BBCC基因组关系亲缘最近，与CCDD基因组次之，而与AA基因组最远，结果同时表明，AA基因组野生稻和非AA基因组野生稻含丰富的栽培稻所没有的基因，RMAPD标记在群体遗传结构和亲缘关系分析等水稻遗传育种领域具有广阔的应用前景。

关键词：野生稻；基因组；RMAPD；遗传多样性野生稻长期处于野生状态，经受各种灾害和不良环境的自然选择，拥有丰富的基因库，保存着栽培稻不具有或消失了的特异基因，其遗传多样性远远高于栽培稻，挖掘野生稻优秀基因的研究日益受到重视，近年来从野生稻中筛选出有效基因转入栽培稻中，使栽培稻具有野生稻的高产、抗褐飞虱、抗白叶枯病等性状的研究有了很大的发展，从野生稻中搜寻和克隆优良基因并转入栽培稻中在育种中应用逐渐成为育种家的研究新方向。

在水稻中应用的分子标记很多，从较早应用的RFLP、RAPD和AFLP等标记到现在常用的SSR和ISSR等，这些分子标记在研究水稻的多态性、构建分子图谱、基因的定位与克隆、种子纯度鉴定、品种的鉴定和育种等方面有广泛的应用，各种分子标记都有自己的特点，但RFLP、RAPD和AFLP重复性差，结果不够稳定；SSR多态性不够；ISSR多态性较SSR丰富，但稳定性也不够，且主要扩增的是非编码区。

RMAPD标记采用随机引物和微卫星的上游或下游引物一起作为一对扩增引物，该标记不仅具有RAPD标记的多态性同时还具有SSR标记的稳定性，在群体遗传结构和亲缘关系分析以及标记辅助选择等领域具有广泛的应用前景，该标记是一种新的分子标记。

微卫星标记遗传多样性的度量指标及影响因素乔利英;袁亚男【摘要】本研究对微卫星标记分析畜禽遗传多样性的方法、步骤、度量指标、影响因素及影响因素的原因、解决对策等进行了分析讨论,并对微卫星标记在绵、山羊遗传多样性上的应用与研究进展作了概述,为遗传育种工作提供参考依据.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2010(000)001【总页数】5页(P107-111)【关键词】微卫星标记;遗传多样性;PCR;遗传变异;遗传距离【作者】乔利英;袁亚男【作者单位】山两农业大学动物科技学院,太谷030801;山两农业大学动物科技学院,太谷030801【正文语种】中文【中图分类】Q75家畜遗传多样性是动物遗传育种研究的基础,通过对其进行评估,可了解家畜品种的遗传结构、生活背景,分析其进化的历史及探讨品种濒危的原因和现状,提出合理的保种措施。

近年来,微卫星DNA(microsatellite DNA)在度量品种遗传多样性、估计品种间遗传距离及构建系统发生树等研究中显示出的优势,被认为是各类遗传标记中最有价值的一种。

本研究主要对微卫星标记分析畜禽遗传多样性的度量指标、影响因素及微卫星遗传多样性在绵、山羊上的应用与研究进展作了概述,为绵、山羊的遗传育种工作提供参考依据。

1 微卫星标记的检测程序从动物血液或组织中提取基因组DNA,选择特异性较高的引物通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术进行DNA扩增。

PCR技术的反应体系与条件的优化至关重要,特别是引物的特异性高低直接影响到分析结果的准确性。

然后在1%～2%的琼脂糖凝胶上检测有无产物带,再取检测阳性产物用6%～10%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,用数字凝胶成像分析系统进行等位基因分型。

据研究,微卫星产物在非变性聚丙烯酰胺凝胶中,表现为有较多的非特异带,而在变性胶中微卫星扩增产物条带清晰,易于鉴定(曲鲁江等,2004)。

2 遗传多样性的度量指标及影响因素2.1 等位基因频率和等位基因数2.1.1 等位基因频率(allele frequencies)微卫星呈共显性遗传,其基因型直接反映表型。

目的基因的PCR扩增（含结果）实验二热休克蛋白HSP90的PCR扩增技术一、实验目的与原理简介聚合酶链式反应（polymerase chain reaction）是体外克隆基因的重要方法，它可在几个小时内使模板分子扩增百万倍以上。

因此能用于从微量样品中获得目的基因，同时完成了基因在体外的克隆，是分子生物学及基因工程中极为有用的研究手段。

常规PCR用于已知DNA序列的扩增，具体可分为三个主要过程：一、变性。

通过升高温度使DNA双链模板分子中氢断裂，形成单链DNA分子，温度为94℃，时间1min。

二、复性。

降低温度使DNA单链分子同引物结合。

温度为55℃，时间1min。

三、延伸。

升高温度，在DNA聚合酶最佳活性的条件下在引物3端加入dNTP，实现模板的扩增，温度为72℃，时间2min。

同时第一步变性前要在94℃下预变性5分钟，使DNA双链完全解开。

经过25-35个循环之后，在72℃下继续延伸10分钟。

PCR反应包含的七种基本成分：1）热稳定性DNA聚合酶：Taq DNA聚合酶是最常适用的酶，商品化Taq DNA 酶的特异性活性约为80000单位/mg.2）寡核苷酸引物：寡核苷酸引物的设计是影响PCR扩增反应的效率与特异性的关键因素。

3）脱氧核苷三磷酸（dNTP）：标准的PCR反应体系应包括4种等摩尔浓度的脱氧核苷三磷酸，即dATP、dTTP、dCTP和dGTP。

每种dNTP的浓度一般在200-250μl之间，高浓度的dNTP对扩增反应会起抑制作用，可能是dNTP 与Mg2+螯合有关。

4）二价阳离子：一般需要Mg2+来激活热稳定的DNA聚合酶，由于dNTP与寡聚核酸结Mg2+合，因而反应体系中阳离子的浓度一般要超过dNTP和引物来源的磷酸盐基团的摩尔浓度。

Mg2+的最佳浓度为1.5mmol/L。

5）维持PH值的缓冲液：用Tris-Cl在室温将PCR缓冲液的PH 值调至8.3-8.8之间，标准PCR缓冲液浓度在10mmol/L。

西镇牛微卫星DNA与生长发育性状的关联性分析王斌;昝林森;杜宝民;余横伟;刘红;陈兴平【摘要】[目的]分析12个微卫星DNA与西镇牛长发育性状的关联性,为西镇牛品种资源保护和开发利用提供理论依据.[方法]测定西镇牛的体高、体长、胸围、管围、腰角宽和体质量.利用12对微卫星引物,采用PCR扩增和非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳技术,对48头西镇牛母牛进行了遗传多样性检测,并统计分析各位点各种基因型群体与体尺性状之间的效应关系.[结果]12个微卫星位点各基因型与西镇牛生长发育性状具有关联性.IDVGA2、BM2113、DVGA55、ETH225、HEL9、ILSTS005、BM1824位点与体高,BM2113、DVGA55、ETH225、HEL9、ILSTS005、ETH10、DAVG44位点与体长,IDVGA2、DVGA55、HEL9、ILST093、IDVGA27、BM1824位点与胸围,IDVGA2、ETH225、DAVG44位点与管围,BM2113、DVGA55、ETH225、HEL9、BM1905、ILSTS005、ILST093、ETH10位点与腰角宽,IDVGA2、BM2113、DVGA55、ETH225、HEL9、ILST093、BM1824位点与体质量具有显著或极显著的效应关系.[结论]筛选出了对西镇牛生长发育性状具有正效应的等位基因45个,具有负效应的等位基因40个,可用于指导西镇牛育种实践.%[Objective] This experiment analyzed the association of 12 microsatellite DNA with growth traits of Xizhen cattle to provide theoretical basis for protecting,developing and utilizing Xizhen cattle varieties.[Method] Based on the measurement of withers height,body length,chest circumference,hip width,shank circumference and body weight of Xizhen cattle,PCR and gel electrophoresis technology were employed to detect the genetic diversity of 48 Xizhen cattle and analyzethe relationship between various loci gene batteries and growth traitsusing 12 pairs of microsatellite primers.[Result] The 12 microsatellite loci genotypes were affiliated with growth traits of Xizhencattle.DVGA2,BM2113,DVGA55,ETH225,HEL9,ILSTS005 and BM1824 were related to withers height,BM2113,DVGA55,ETH225,HEL9,ILSTS005,ETH10 and DAVG44 were related to bodylength,IDVGA2,DVGA55,HEL9,ILST093,IDVGA27 and BM1824 were related to chest circumference,IDVGA2,ETH225 and DAVG44 were related to hip width,BM2113,DVGA55,ETH225,HEL9,BM1905,ILSTS005,ILST093 and ETH10 were related to shank circumference,andIDVGA2,BM2113,DVGA55,ETH225,HEL9,ILST093 and BM1824 were significantly related to body weight.[Conclusion] A total of 45 selected alleles had positive effect on growth traits of Xizhen cattle and 40 selected alleles had negative effect.【期刊名称】《西北农林科技大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2017(045)003【总页数】10页(P7-16)【关键词】西镇牛;微卫星DNA;体尺性状【作者】王斌;昝林森;杜宝民;余横伟;刘红;陈兴平【作者单位】汉中职业技术学院农林科学与技术系,陕西汉中723000;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;国家肉牛改良中心,陕西杨凌712100;汉中职业技术学院农林科学与技术系,陕西汉中723000;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;汉中职业技术学院农林科学与技术系,陕西汉中723000;汉中市畜牧技术推广站,陕西汉中723000【正文语种】中文【中图分类】S823.9+4西镇牛体质结实紧凑，肉用性能良好，其中心产区是汉中市的西乡、镇巴两县，洋县、城固、南郑、汉台、勉县等亦有分布[1]。