NCBI数据库文献查找

NCBI如何查找序列NCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物技术信息服务的综合性数据库。

该数据库包含了大量的基因序列、蛋白质序列、文献等信息。

要查找序列，可以使用NCBI提供的不同工具和资源，包括基本功能、BLAST（基本局部序列比对工具）和Entrez等。

1.基本功能：NCBI提供了一个称为"Basic Search"的引擎，可以使用关键字、序列ID、序列描述等进行。

只需要在框中输入关键字，系统将返回与该关键字相关的所有序列。

可以通过筛选选项进一步缩小范围，例如组织选择、物种选择、发表年份等。

这对于查找特定的序列非常有用。

2.BLAST（基本局部序列比对工具）：BLAST是NCBI提供的一种用于快速和比对生物序列的工具。

它可以比对给定的序列与NCBI数据库中的序列进行相似性。

用户只需将目标序列输入到框中，选择BLAST数据库和其他设置，小工具将返回与目标序列相似的其他序列和相关信息，包括序列标识符、比对分数、比对位置等。

3. Entrez：Entrez是NCBI提供的一个综合性数据库引擎，可以用于不同类型的生物信息，包括序列、文献、生物样本等。

用户可以在框中输入关键字，并选择要的数据库类型。

对于序列，选择"Nucleotide"、"Protein"或"Gene"数据库类型。

此外，用户还可以使用高级选项进行更精确的。

结果将包括与关键字相关的序列、文献、记录和其他相关信息。

此外，NCBI还提供一些其他工具和资源，可以进一步帮助用户查找和分析序列，如NCBI数据浏览器、Gene数据库、SRA数据库等。

这些工具和资源可以根据具体需求进行使用。

总之，通过NCBI提供的基本功能、BLAST工具和Entrez系统，用户可以方便地查找到自己需要的生物序列。

1、请练习在GenBank获得一个GenBank序列文件，解释以一下各个部分代表的含义。

①开Genbank主页（/Web/Genbank/），②database选择“Nucleotide”，输入“Monkey（猴子）“，点击“Search”②单击“search”后得到以下页面：③然后选择第一个序列文献打开；找到如下图的位置，选择“file“，保存到电脑。

序列内容如下：序列内容各部分意思如下：Go to:LOCUS AGMSV40RP 436 bp DNA linear PRI （名称）（碱基数）（分子类型）（分子类型）（灵长类）27-APR-1993（修正日期）DEFINITION African green monkey SV40 homologue replication origin. （定义行，精要描述序列特征）ACCESSION K01786（检索号）VERSION K01786.1 GI:176550（版本信息）KEYWORDS origin of replication.（关键词）SOURCE Chlorocebus aethiops (Cercopithecus aethiops)（物种来源及常用名）ORGANISM Chlorocebus aethiops（科学命名及该物种的分类地位）Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata;Euteleostomi;Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates;Haplorrhini;Catarrhini; Cercopithecidae; Cercopithecinae; Chlorocebus. REFERENCE 1 (bases 1 to 436)（参考文献）AUTHORS Queen,C., Lord,S.T., McCutchan,T.F. and Singer,M.F.（作者）TITLE Three segments from the monkey genome that hybridize to simian （题目） virus 40 have common structural elementsJOURNAL Mol. Cell. Biol. 1 (12), 1061-1068 (1981)（期刊来源）PUBMED 6287216（数据库编号）REFERENCE 2 (sites)（参考文献）AUTHORS Dynan,W.S., Saffer,J.D., Lee,W.S. and Tjian,R.（作者）TITLE（题目） Transcription factor Sp1 recognizes promoter sequences from the monkey genome that are simian virus 40 promoterJOURNAL Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82 (15), 4915-4919 (1985)（期刊来源）PUBMED 2991898（数据库编号）COMMENT（注释）Original source text: African green monkey liver DNA, clonepCaOri7.01 [1].[2] sites; Sp1 binding sites.Draft entry and clean copy sequences for [2] kindly provided byW.Dynan, 31-OCT-1985.Two segments of monkey DNA were hybridized and compared to SV40DNA. Each contained multiple copies of the sequence 'gggcggrr'which also appears six times near the origin of SV40 [1]. Bothcontained a long internal degenerate repeat [1]. The SV40 origin ofreplication contains several long repeats [1]. The SV40 hybridizingsegments are members of a larger family of genomic monkey sequencesthat hybridize well to each other, but not necessarily to SV40 [1].Two regions in the monkey DNA bind the promoter-specific cellulartranscription factor (SP1) and are protected by it in DNaseprotection experiments [2].FEATURES Location/Qualifiers（特征）source 1..436（物种来源） /organism="Chlorocebus aethiops"/mol_type="genomic DNA"/db_xref="taxon:9534"ORIGIN（序列区） SalI site.1 tcgaccacag ccagagtcca tgcatcggga ggttcactcg gtttgcgaag aacgggcagg61 gcatgcacgg cctgggctcg gcgggcgggc gggcgggccg gggcgcagtt cccaggttcg121 ccactagagg tcaggaggtg accgcttcgg ggctggaaga cgggcccgtc gtggattggc181 tagtgccggc ggagggcggg gcggagagtg gggcggggcg gagagtgggg cggggcgcag241 ttccccagtt cgccactaga ggtcaggagg tgaccgcttc ggggcgggaa gactggcccg301 tcggggattg gctagtgccg gcggggggcg gggcgggggg cggagggcgg ggtggacgtg361 gcacctggtt gctgacatct ggaatgactt ttttttggca tcggatttcc tgtctttgtg421 gggctgatgg acccga//2.预习genbank中blast的用法BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。

ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。

该网站由美国国家卫生研究院（NIH）建立，旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。

以下是 NCBI 的使用指导：一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具，包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。

这些资源对于生物学和医学研究非常重要。

二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站：https:///2.在主页上，你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。

你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。

3.在数据库或工具页面，你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。

例如，在基因序列数据库中，你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。

三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库（GenBank）：提供了全球各种生物的基因序列信息。

2.蛋白质序列数据库（Protein Database）：提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。

3.基因组数据库（Genome Database）：提供了全球各种生物的基因组信息。

4.生物学文献数据库（PubMed）：提供了全球生物学和医学领域的文献信息。

四、NCBI 的实用工具1.BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。

2.Entrez：用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。

3.Coffee Break：用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。

五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时，请遵守相关的知识产权和版权规定。

如何在ncbi上检索NCBI包括五个部分，第一部分是欢迎进入NCBI，包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。

第二部分是基因序列数据库(GenBank)，包括基因库概述、检索与投稿。

第三部分是数据库服务，包括免费的PubMed检索、Entrez 检索、BLAST序列族性检索、电子邮件服务(详见本章第四节)、匿名FTP服务。

第四部分是NCBI的其它资源。

GenBank的检索在NCBI主页的第二部分点击"Searching GenBank"，即可进入GenBank的检索屏幕。

NCBI•提供了五种检索，即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS•检索和文本检索(Text Searching)。

一、Entrez浏览检索1.Entrez检索的数据库及其检索信息Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI•链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。

••••(1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列; ••••(2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列; ••••(3) 基因和染色体图像数据; ••••(4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构; ••••(5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。

••••2.Entrez检索功能••••Entrez提供了以下三种检索功能。

•• (1)自由词检索功能•••用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。

截词用*号，期刊名必须用Medline刊名缩写，作者姓名必须是姓在前，名在后，用首字母缩写。

••••(2)索引词表(List Terms)检索功能••••索引词表检索是当你键入检索词，Entrez•在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口，这时，你可以选择一个或几个词进行检索，这对单词拼写不准确时非常有用。

收稿日期:2001-09-18美国N CBI 网站基因组数据库使用和检索李晓玲(复旦大学医科图书馆　上海200032) 【摘要】　针对基因组信息在生物信息学中日益占据重要的地位,介绍基因组数据库Genoma 的检索和使用特点。

【关键词】　生物信息学数据库基因组检索策略 【分类号】　G 250Using and Searching on NCBI GenomaLi Xiaoling(L ibrary of F udan University ,S hanghai 200032,China )【Abstract 】　T he ar ticle g iv es intro duction to sear ch st rateg ies and functio n of N CBI G enoma .【Keywords 】　Bioinfo rmat ics database N CBI G enoma Sear ch str ateg ies 美国国家生物技术信息中心(N ational Center for Biotechnolog y infor matio n NCBI )网站http://w w w.ncbi.nlm .nih .g ov 有一系列的生物信息学数据库,其集成系统Entrez 包括了序列报告数据库如N ucleotide 、蛋白质信息数据库Pr otien 、结构数据库Structur e 、基因组数据库G enoma 、遗传信息知识库O M IM 等。

其中G enoma 数据库向全世界提供免费检索特定有机体基因组的遗传学、物理学图谱和序列数据,从而在生物信息学中占据重要位置。

与其它基因组数据库比较,N CBI 网站的G eno ma 数据库具有图形功能强、检索系统全面、界面友好等特点。

本文主要介绍该数据库的使用和检索,以加强我国科技人员对它的认识和理解。

1　Genoma 基因组数据库的数据收录范围至2001年8月,该数据库收录了800多个有机体的基因组信息,这些基因组包括已经测定的有机体完整序列和正在测定中的序列。

PubMed数据库入口：NCBI简介PubMed 是一种由美国国家图书馆（National Library of Medicine，NLM）所提供的生物医学文献数据库，是全球最大的生物医学文献存储库之一。

作为生物医学研究领域的重要工具，PubMed 提供了大量的生物医学文献信息，覆盖了基础医学、临床医学、生物技术等多个研究领域。

PubMed 的数据库入口是由美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）负责维护的。

NCBI 是一个提供了一系列生物技术信息资源和工具的综合性生物技术数据库，帮助研究人员获取和分析生物技术相关的数据。

在本文中，我们将重点介绍 PubMed 数据库的入口，即 NCBI 网站的功能和特点。

NCBI 网站NCBI 网站（https:/// ）是一个免费提供生物医学信息服务的网站，具有丰富全面的生物医学数据库资源。

在 NCBI 网站上，用户可以访问PubMed 数据库以及其他诸如 GenBank、BLAST、PubChem 等数据库。

NCBI 网站提供了直观友好的用户界面，让用户可以轻松访问并获取所需的生物医学文献信息。

下面我们将介绍 PubMed 数据库的一些主要功能和特点。

PubMed 数据库功能文献搜索作为一个重要的生物医学文献数据库，PubMed 提供了强大的搜索功能，帮助用户快速准确地检索感兴趣的文献。

用户可以根据关键词、作者、期刊等信息进行搜索，也可以通过高级搜索来进一步精确检索。

文献浏览用户搜索到感兴趣的文献后，可以通过 PubMed 的文献浏览功能查看摘要和全文。

摘要提供了文章的主要内容和结论，方便用户了解文献的核心内容。

全文则提供了更详细的信息，包括方法、结果和讨论等。

文献收藏用户在浏览文献时，可以将感兴趣的文献添加到自己的收藏夹中。

这样，用户可以方便地管理和访问自己收藏的文献，随时查阅。

NCBI应用之PubMed文献查找来源：easylabs原创,转载请注明发布时间：2009-09-26 查看次数：1288先给大家一段查询语言：(myocardial[Title/Abstract] AND infarction[T itle/Abstract]) AND ("loattrfull text"[sb] AND "2008/09/26"[PDat] : "2009/09/25"[PDat] AND English[lang] AND Review[ptyp])。

能看懂吗，是不太复杂了？其实就是查询近一年的关于心肌梗死的英文综述。

所幸的是，我们不需要记这样的查询语言，有了PubMed，我们完全可以简单的操作就可查到想要的目标文献。

呵呵，有点像做广告哈。

先介绍一下pubmedPubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整内容。

它还包括一些被ME DLINE认为超出范围的文章和杂志，（这些文章或杂志）由于内容或在某一时期不在索引范围内。

因此PubMed是比MEDLINE的更大的集合。

看一下它所收录的数据库：PubMed现已有19 million文章信息（文章的名称，发布日期杂志，摘要，全文链接以及与要查询内容相关的文章），最早的文章可追塑到1948年。

另外，PubMed Central还能提供大概300000篇免费全文。

因此，PubMed是科研过程中文献查找的一个最重要的工具，就我个人而言，一般是先在PubMed中找到全文链接，然后再上相应的数据库查找。

下面我们就一步步的教大家如何有效应用该资源。

首先，进入PubMed的首页面，网址是/pubmed/,如果从NCBI首页进入，Search的地方选择PubMed就可进入了。

页面介绍：最上面一行为查询框，在首页的文字部分给出了三种查询方式：1、topic主题检索。

很简单，在查询框输入主题词（如：心肌梗死myocardi al infarction），点右边的“go”就OK了；2、authors著者检索。

NCBI使用教程
NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是一个公共可访问的数据库平台，为生物学和医学领域的研究人员提供了大量的生物学和遗传学数据资源。

2. 注册一个账号：如果您是第一次使用NCBI平台，建议您注册一个个人账号，以便更好地利用其各类功能和服务。

点击网页右上角的“Sign In”按钮，然后选择“Register for an NCBI account”选项。

3. 寻找信息：在NCBI主页的栏中，输入您感兴趣的关键词，比如基因名称、蛋白质名称、疾病名称等，并选择相应的类型（如"Gene"、"Protein"、"PubMed"等）。

然后，点击“Go”按钮开始。

- PubMed：这是一个生物医学文献数据库，包含大量的科学期刊、会议论文和研究报告。

通过PubMed，您可以并获得最新的科学研究成果。

-BLAST：这是一个序列比对工具，可以用于比较特定序列与NCBI数据库中已知序列的相似性。

您可以上传自己的序列数据，然后使用BLAST 来计算和列出与之相似的序列。

NCBIPubMed检索简介与检索技巧集锦NCBI PubMed 检索简介与检索技巧集锦注：在本文中的叙述中，所有输入PubMED检索框中的内容均用<>符号括起来，如以基因治疗为主题词检索，在检索框中的输入内容表示为<"Gene Therapy"[MESH]>。

PubMed简介PubMed是由隶属于美国国家卫生部（NIH, National Institues of Health）的国家医学图书馆（NLM, Nationa Library of Medicine）下属的国家生物技术信息中心（NCBI, National Center for Biotechnology Information）提供，可通过NCBI网站的Entrez检索系统（Entrez retrieval system）进行MEDLINE和PreMEDLINE引文数据库的在线免费检索。

此外，PubMed还提供引文与其它数据库的接入服务，与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物学数据，序列中心的数据，提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA 与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。

Entrez检索系统是NCBI在线提供的一类基于文字进行搜索与索取的检索系统，可检索NCBI网站的主要数据库，如PubMed，核酸与蛋白序列，基因组序列，蛋白结构，OMIM等等。

PubMed是一类提供生物医学文献资料检索的数据库，此外，它还针对网上资源，提供全文地址及其它相关的NCBI提供的网上资源，如核酸蛋白序列、OMIM入口等，以及其它生命科学数据库。

其文献内容的提供方式，由各期刊出版商在期刊发表前可发表时提供给NCBI。

如果该出版商有网站，则NCBI会提供相应的网络出口。

MEDLINE 及PubMed引文数据库中的新条目在每周周二至周六每日更新。