核酸序列查询方法

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Blast简介（一）
BLAST 是由美国国立生物技术信息 中心（NCBI）
开发的一个基于序列相似性的数据库搜 索程序。 BLAST是“局部相似性基本查询工 具”(Basic Local Alignment Search Tool)的 缩写。
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Blast简介（二）
Blast 是一个序列相似性搜索的程序包， 其中包含了很多个独立的程序，这些程序 是根据查询的对象和数据库的不同来定义 的。比如说查询的序列为核酸，查询数据 库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择 blastn程序。
2.其他站点：
/blast/ /ncbi_blast.html /blast/（果蝇）
…
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Blast结果给出的信息
Blast结果会列出跟查询序列相似性比较 高，符合限定要求的序列结果，根据这些 结果可以获取以下一些信息。 1.查询序列可能具有某种功能 2.查询序列可能是来源于某个物种 3.查询序列可能是某种功能基因的同源基因 … 这些信息都可以应用到后续分析中。
1.基本概念 相似性，同源性 2.Blast介绍 Blast资源和相关问题 3.Blast的应用 网络版，单机版 4.深入了解Blast(改进程序，算法基础) 5.其他的序列相似性搜索工具（fasta）
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生物序列的相似性
相似性(similarity)： 是指一种很直接的数量关系，比如部 分相同或相似的百分比或其它一些合适 的度量。比如说，A序列和B序列的相似 性是80％，或者4/5。这是个量化的关 系。当然可进行自身局部比较。
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Blast任务提交表单（二）
2.设置各种参数部分
设置搜索的范围，entrez关键词， 或者选择特定物种
一些过滤选项，包括简 单重复序列，人类基因 组中的重复序列等

核酸的鉴定方法(一)核酸的鉴定方法引言核酸的鉴定是一种常用的分子生物学技术，它可以用来确定生物个体的基因序列或者进行亲子鉴定和疾病诊断等。

本文将介绍几种常见的核酸鉴定方法。

PCR法（聚合酶链反应）•PCR法是一种在体外快速扩增核酸的技术。

•PCR法根据被检测样本中的核酸序列，选取特定的引物，利用聚合酶酶链反应的原理，通过一系列温度变化的步骤，扩增特定的核酸片段。

•PCR法可以用来诊断疾病、进行个体鉴定和亲子鉴定。

千基因芯片法•千基因芯片法能够在同一玻片上同时检测几百到几千个基因。

•这种方法使用的是DNA微阵列技术，将被检测样本中的RNA转录成相应的cDNA，再通过杂交与特定序列的探针结合，通过读取探针的荧光信号或者染色物信号，来得到样本中各个基因的表达情况。

•千基因芯片法广泛应用于疾病诊断、药物研发等领域。

快速荧光定量PCR法•快速荧光定量PCR法是PCR技术的一种改进方法。

•这种方法利用特定的荧光探针，通过检测样本中的荧光信号来确定目标核酸的数量。

•快速荧光定量PCR法具有高灵敏度、高检测速度和高准确性的特点，广泛应用于临床诊断、病毒检测等。

DNA指纹鉴定法•DNA指纹鉴定法通过对被检物种或个体的DNA片段进行分析，确定它们的基因型，从而达到鉴定个体的目的。

•这种方法使用的是多态性的DNA序列，例如微卫星或者DNA重复序列，通过PCR扩增、电泳分离和检测来实现。

•DNA指纹鉴定法在刑事侦查、亲子鉴定等领域有广泛的应用。

结论核酸的鉴定方法有很多种，每种方法都有其特定的应用范围和优势。

在选择鉴定方法时，需要根据实际需求和样本特点来进行选择。

希望本文对您理解核酸鉴定方法有所帮助。

4. NCBI参考序列
点击RBP4 mRNA 参考序列的链接 获取序列信息
以GenBank 序列 格式显示RBP4 mRNA序列的 详细信息
NCBI ：获取核酸和蛋白质序列数据


获取序列信息的途径 何谓参考序列 GenBank 序列格式的读解
以rbp4的mRNA（cDNA）参考序列为例
GenBank 序列格式（教材 Page 13～18）



GenBank 数据分类


7. BCT – bacterial sequences 细菌序列 8. VRL – viral sequences 病毒序列 9. PHG – bacteriophage sequences 噬菌体 序列
GenBank 数据分类



10. SYN – synthetic sequences 人工合成的 序列 11. UNA – unannotated sequences 未经注释 的序列 12. EST – EST sequences (expressed sequence tags) EST序列（表达序列标签）

NCBI ：获取核酸和蛋白质序列数据


获取序列信息的途径 何谓参考序列 GenBank 序列格式的读解
示 例
假定我们对人类视黄醇结合蛋白4（retinolbinding protein 4，RBP4）感兴趣，我们可能 关心以下几个问题： 想获取编码RBP4的mRNA（cDNA）序列 获取RBP4核酸序列 想获取RBP4这个蛋白质的氨基酸序列 获取RBP4蛋白质序列 想获取编码RBP4的基因信息 获取RBP4基因（DNA）
2. 基因区域图
DNA links

核酸的序列测定基本原理
核酸序列测定是指确定DNA或RNA分子中的碱基序列。

核酸序列测定的基本原理是利用化学或生物学方法将核酸样本分解成单个的核苷酸，然后通过测量样本中每个核苷酸的数量和顺序来确定核酸的序列。

最早的核酸测序方法是Sanger测序法，该方法利用DNA聚合酶和DNA链终止剂进行DNA合成反应，生成一系列长度不同的DNA片段。

然后将这些片段通过电泳分离，并根据使用的DNA链终止剂的不同，确定每个片段的末端的核苷酸。

现代的核酸测序方法主要使用高通量测序技术，例如Illumina、PacBio、Oxford Nanopore等。

这些技术利用不同的原理，如合成、电泳、光学或纳米孔技术等，以高通量和高精度的方式进行核酸测序。

总之，核酸测序的基本原理是将核酸样品分解成单个核苷酸，然后通过测量每个核苷酸的数量和顺序来确定核酸的序列。