常见核酸染料选择浅析
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核酸凝胶电泳染料的选择1.EB溴化乙锭(EB)由于其价格便宜、使用方便已成为最常用的核酸染料,被广泛应用于观察、检测琼脂糖凝胶与聚丙烯酰胺凝胶中的DNA或RNA。
然而EB是一种强诱变剂,具有中等毒性,对皮肤、眼睛、口腔和上呼吸道系统有刺激性作用,对人体有潜在危害性。
且废弃的EB染液易污染环境。
EB本身在紫外下不发光,与单链、双链或三链DNA结合后发出明亮的荧光,EB-DNA结合物会导致染料的光漂白和DNA单链断裂,且具有潜在的诱变作用。
EB的使用方法简单,可在制胶时将其加入进行前染,也可在电泳结束后进行后染。
前染有利于节约时间,但是易出现条带变形拖尾等问题,后染较费时,但效果较好。
2.GeneFinderGeneFinder TM是新型的核酸染料,可以代替EB作为各种核酸电泳的染色剂。
与强致癌性的EB不同,GeneFinder TM属于花青类染料,毒性较低,GeneFinder TM与dsDNA结合发出荧光,其检测核酸的灵敏度比EB染色法高。
GeneFinder TM染料最大吸收峰为470nm,与该染料结合的核酸在紫外线下呈现绿色荧光,另外,该染料同样能引起有机体突变,在使用时候一样要采取适当的保护措施。
3.GoldViewGoldView TM也是一种可代替溴化乙锭(EB)的新型核酸染料,采用琼脂糖电泳检测DNA时,GoldView TM与核酸结合后能产生很强的荧光信号,其灵敏度与EB相当,使用方法与之完全相同。
GoldView对于大片段DNA的染色效果较好,但对于500 bp以下的片段效果并不理想,而且它的荧光基团在紫外灯下非常容易淬灭,一般约5-10min条带就会消失。
所以应尽快拍照、观察。
另外,GoldView 灵敏度差,本底色严重,不适用于切胶回收。
且其毒性较大,尤其在紫外灯下,其诱导突变能力极高。
4.SybrGreenISybrGreenI也是一种常用的核酸染料,它与双链DNA(dsDNA)结合后,荧光大大增强,检测的灵敏度也高于EB。
实验室常用染料性能介绍及常用药品试剂和培养基的配制一、实验室常用染料性能介绍1.苏木精:苏木精是一种常用的组织染料,其主要成分是吡啶类化合物。
苏木精具有很好的亲水性,对细胞核染色效果好,特别适用于观察细胞的核结构和形态。
2.基本蓝1:基本蓝1是一种亲水性染料,也是常用的组织染料。
它能与细胞内核酸结合,使细胞核显色。
基本蓝1在显微镜下观察时呈现出暗蓝色,有良好的穿透性,可以用来观察细胞的核仁、蛋白质沉积等。
3.伊红:伊红是一种细胞染色常用的酸碱指示剂。
它在碱性条件下呈红色,在酸性条件下呈黄色,可以用来染色观察细胞的酸性和碱性成分。
4.甲磺酸伊地洛尔:甲磺酸伊地洛尔是一种常用的荧光染料,可以与细胞膜结合,形成荧光标记的细胞,用于细胞增殖、迁移等研究。
在实验室中,还有很多常用的药品试剂和培养基需要配制。
下面介绍一些常见的配制方法:1.X溶液的配制:X溶液通常是用于细胞培养的培养基中的一种添加剂。
具体的配制方法是将X溶液的粉末称取适量加入适量的去离子水中,搅拌均匀即可。
X溶液可以用于抗菌、抗霉等作用。
2.磷酸缓冲盐水的配制:磷酸缓冲盐水经常用于细胞培养中的一种缓冲液。
配制磷酸缓冲盐水需要称取适量的氢磷酸盐和二氢磷酸盐加入适量的去离子水中,搅拌均匀并调节pH值即可。
3.阿霉素的配制:阿霉素是一种常用的抗生素,常用于细胞培养中的抗菌作用。
阿霉素的配制需要将相应的阿霉素粉末加入适量的溶剂中,搅拌均匀形成阿霉素溶液。
4.LB培养基的配制:LB培养基是著名的富含营养成分的培养基,常用于大肠杆菌等细菌的培养。
LB培养基的配制需要称取适量的草莓粉末、酵母粉末、纯化骨粉和氯化钠加入适量的去离子水中,通过高压灭菌形成LB培养基。
以上仅为常用染料性能介绍及部分常用药品试剂和培养基的配制方法,实验室中还有很多其他药品试剂和培养基需要进行配制或选购,要根据实际需要进行选择和使用。
特别的“染料”给特别的你:Invitrogen独家的SYBR GreenER【字体:大中小】 时间:2006年05月23日来源:生物通------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------摘要:要解决SYBR Green的非特异问题,当然不是只有一条途径。
所谓条条道路通罗马,不同于Qiagen或者ABI利用的是提高DNA聚合酶的特异性,“曲线救国”,Invitrogen公司采用直接改造SYBR Green的方法,发展出更特异更灵敏的荧光染料——SYBR® GreenER™ qPCR Reagent System。
SYBR Green系列荧光染料由于低毒、灵敏度度优于EB而日渐受到科研用户的欢迎,这个原属于Molecular Probes公司的专利随着Probes被并购进入Invitrogen 的大家庭,Invitrogen要优化它自然更方便啦。
SYBR® GreenER™被Invitrogen称为新一代定量PCR荧光检测方法的核心技术之一,相比原有的SYBR Green,最大的优势的发光强度更强更明亮,使得原来检测不到的低丰度DNA 的信号更容易被检测到——这也就意味着荧光染料的检测灵敏度提高了,从原来的0.1ng左右提高到6pg,应用在定量PCR检测中就使得基因表达数据分析更为可靠。
此外,对荧光染料构造的修饰使得减少了染料分子对PCR反应的抑制作用。
SYBR GreenER和原有的SYBR Green一样适用相同的滤光片,并不需要增加新的仪器或者新滤光片(filters)。
SYBR GreenER可以看作是SYBR Green的兼容升级版了,具体的升级优化如下:RealTime ready 智力大冲浪!答对5题,即获赠美国傲仕优质保温杯!升级step one:快速反应与高灵敏度增加结果可靠性SYBR GreenER这种新颖的DNA结合染料的一个显著特点就是在检测信号上有了大幅度提高,同时也由于SYBR GreenER消除了一些原有SYBR Green对PCR反应的影响(荧光染料结合入DNA小沟,阻碍扩增反应),因此反应时间得到了提升。
南京灵敏度高的核酸染料的使用方法南京灵敏度高的核酸染料是一种广泛应用于分子生物学领域的染料,它能够在水平上提高DNA和RNA的检测敏感度和定量性能。
本文将详细介绍南京灵敏度高的核酸染料的使用方法,包括选择染料种类、操作前准备工作、实验步骤和注意事项等方面。
一、选择南京灵敏度高的核酸染料目前市场上存在许多种有灵敏度高的核酸染料,要选择适合自己实验的染料,需要考虑到以下几点:1、染料颜色:不需要油绿色或者绿色的染料,而是需要选择在GelDoc等成像软件上具有较高亮度且区分率较高的颜色,比如紫外线激发下的深蓝色或者暗红色。
2、染料浓度:选择进口品牌或者大名鼎鼎的品牌,以确保染料浓度准确,不至于影响定量结果。
3、染料用量:按照各自的实验需求,选择不同的染料用量,最好是浓度低但是能够显色清晰的染料。
二、操作前准备工作在进行核酸染色实验之前,需要进行以下准备工作:1、准备好检测所需要的DNA或者RNA样本。
本实验建议用质粒DNA,其不需要如同限制酶切片段那样到次数轴上,只需要做多次步骤,即可做出好几个等级的对照片。
2、根据实验所需的染色剂量,准备好透明的PCR管和电泳用塑料凝胶。
3、检查好实验平台是否干净。
可以使用0.1%甲醛杀菌,并用去离子水冲洗干净。
三、实验步骤1、样品制备:将DNA或RNA样本加入到PCR管2μl离心管中,加入10μl TBE缓冲液,使用30mm针筒进行混合,至于混合比例是1:6.2、电泳载体准备:将凝胶放在盖板上,在电泳盒中加入TBE缓冲液进行电泳,30分钟后取出。
3、样品电泳:将样品加入到凝胶槽中,进行电泳,电压为180V,电流为60mA,电泳时间为30-40分钟。
4、染色:在按照染料的要求使用,通常是将染料放入PET环中,使用电子泳床对其进行冷泳处理,1-2h后可以进行成像。
5、成像:使用GelDoc等成像软件进行成像。
选择最佳光源,调整图像设置,进行成像。
四、注意事项1、注意实验室卫生,防止氧化还原物质泄漏导致伤害。
上海常用的核酸染料的使用方法
核酸染料在细胞学、免疫学、分子生物学研究以及临床检测等方面都有重要应
用价值。
上海常用的核酸染料有几种,它们在实验室研究样本的各种特性时扮演着重要的角色,如同悬挂灯笼般确定样本当前的活性和分子形态。
下面将介绍上海常用核酸染料在实验室使用时的几种方法。
首先,互补核酸染料可用于核酸的检测,因此很适合检测单链DNA或双链DNA
以及各类核酸杂质。
它可以实现荧光发射或发射的检测,简便的实验方法让许多研究人员受益。
其次,荧光增强剂将普通和低荧光强度红色染料的荧光强度提升10
倍以上,它的覆盖面比吸收染料覆盖的面更广,能检测更少量核酸,在实验室使用时操作起来具有便利性。
再者,序列确定染料用于核酸定位。
它可以识别序列突变,快速检测基因变体,被广泛应用于DNA序列确定,基因组研究、基因诊断,遗传检测等多种研究领域。
最后,荧光寡核苷酸染料可用于克隆验证,它可以测定用于PCR扩增的目的克隆的真实性,从而准确判断是哪个克隆是有进行修饰的。
上海常用的核酸染料的使用方法介绍完毕,总之,核酸染料使用实验室仪器检
测核酸的效果更佳,但更重要的是要根据样本的情况选择合适的染料进行检测,以获取更加准确的实验结果。
另外,掌握正确的染料使用方法也是制定检测流程中不可或缺的一部分,应根据实验规程进行操作,并定期进行染料检测,以确保实验结果准确可靠。
核酸染料简介核酸染料是一种用于染色核酸(DNA和RNA)的化合物,常用于分子生物学实验中的核酸检测、分离和可视化。
核酸染料通常具有高亲和力,能够与核酸分子特异性地结合,并在染色后发出荧光信号,以便观察和测量核酸的存在和定量。
核酸染料在分子生物学领域中具有广泛的应用。
它们可以在凝胶电泳实验中用于可视化和分离DNA,也可用于定量PCR、蛋白质-核酸相互作用研究、细胞核酸染色和细胞核型分析等实验中。
常见的核酸染料1. 基于暗电荷色团的核酸染料基于暗电荷色团的核酸染料是最常见的核酸染料之一。
它们的分子结构中含有芳香环和氮碱基,能够与DNA或RNA 的磷酸二酯链发生静电吸引力作用。
常见的基于暗电荷色团的核酸染料有乙溴铵溴化物(EB)、溴化乙啶(EtBr)等。
这类染料通常呈现橙色到红色的荧光,可以与DNA或RNA 的碱基配对形成稳定的络合物。
它们在紫外-可见光谱中显示出特定的吸收峰,并能够发出强烈的荧光信号,使核酸在凝胶电泳实验中可视化。
然而,这些染料具有一定的毒性,对人体和环境有潜在危害。
2. 基于亮电荷色团的核酸染料基于亮电荷色团的核酸染料是近年来发展起来的一类新型核酸染料。
它们的分子结构中含有多个亮电荷基团,能够与DNA或RNA的排斥性电荷相互作用,实现与核酸的高亲和力结合。
常见的基于亮电荷色团的核酸染料有SYBR Green、SYBR Safe等。
这类染料通常呈现绿色的荧光,能够与DNA或RNA形成稳定的复合物,并显示出荧光增强效应。
相比基于暗电荷色团的染料,这些染料毒性较低,对人体和环境的危害较小。
它们在核酸检测、定量PCR等实验中得到了广泛应用。
3. 其他类型的核酸染料除了基于暗电荷色团和亮电荷色团的核酸染料,还存在其他类型的核酸染料。
例如,环形染料是一类由多环芳香烃环组成的染料,可用于核酸检测和荧光原位杂交实验。
还有一些特殊的核酸染料,如GelRed、GelGreen等,它们能够与DNA 或RNA的双链结合,在凝胶中呈现高亮度的荧光。
四种核酸染料在琼脂糖凝胶电泳中染色特性的比较分析毕业论文四种核酸染料在琼脂糖凝胶电泳中染色特性的比较分析毕业论文目录摘要........................................................................................................................... . (I)ABSTRACT ......................................................................................................... ............................ II 第一章绪论 (1)1 DNA的琼脂糖凝胶电泳 (1)1.1 琼脂糖凝胶电泳概况 (1)1.2 影响电泳因素 (1)1.3 电泳方法 (3)2选题背景 (4)2.1 立题依据及研究意义 (4)2.2 研究领域发展现状及展望 (5)3多种染料概况 (5)3.1 EB (5)3.2 GelRed (5)3.3 GenGreen (6)3.4 SYBR Green? (6)第二章实验材料与方法 (7)1材料及仪器 (7)1.1实验试剂 (7)1.2实验仪器 (7)1.3实验用品 (8)2实验方法 (8)2.1 试剂准备与配制 (8)2.2 琼脂糖凝胶的制备 (9)2.3 点样与电泳 (11)2.4结果观察与记录 (12)第三章实验结果与分析 (13)1电泳分析 (13)1.1胶染法(TBE为缓冲液) (13)1.2胶染法、以TAE为缓冲液时 (17)1.3泡染法、以TBE为缓冲液时 (21)1.4 泡染法、以TAE为缓冲液时 (25)2不同染料比较分析 (29)2.1视觉效果 (29)2.2毒性 (31)2.3 对DNA的迁移影响 (32)2.4 可重复利用率 (32)2.5稳定性 (32)2.6时间成本 (33)2.7价格 (33)3实验结果 (33)第四章讨论 (35)1实验注意事项 (35)2问题及讨论 (36)第五章结论 (39)致谢 (40)参考文献 (42)附页 (44)摘要本实验采用琼脂糖凝胶电泳法,以不同浓度的λDNA作为样品,选用新型核酸荧光染料Gelred、GenGreen、SYBR Green?,以及传统染料EB,分别在TAE、TBE中,分别采用胶染法、泡染法进行染色,进行灵敏度、染色效果、染色时间等对比实验。
G e l R e d-核酸电泳用染料GelRed核酸染料(10,000×水溶液)GelRed核酸染料特点● 无毒性:GelRed独特的油性和大分子量特点使其不能穿透细胞膜进入细胞内,艾姆斯氏试验结果也表明,该染料的诱变性远远小于EB。
● 灵敏度高:适用于各种大小片段的电泳染色,对核酸迁移的影响小于SYBR Green I。
● 稳定性高:适用于使用微波或其它加热方法制备琼脂糖凝胶;室温下在酸或碱缓冲液中极其稳定,耐光性强。
● 信噪比高:样品荧光信号强,背景信号低。
● 操作简单:与 EB 一样,在预制胶和电泳过程中染料不降解;而电泳后染色过程也只需30 分钟且无需脱色或冲洗,即可直接用紫外凝胶透射仪观察。
● 适用范围广:可选择电泳前染色(胶染法)或电泳后染色(泡染法);适用于琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳;可用于 dsDNA 或 ssDNA 或 RNA 染色。
●无需改变滤光片及观察装置:标准的 EB 滤光片或 SYBR 滤光片都适用,使用与观察EB相同的普通紫外凝胶透射仪观察即可,在 300nm 紫外光附近可得到最佳激发。
GelRed使用方法简介1.胶染法(用法同EB)(推荐方法)(1)制胶时加入GelRed核酸染料。
每50mL胶中加入5μL GelRed 核酸染料。
(2)按照常规方法进行电泳即可。
◆注:此方法染色染料用量相对较少。
500 μL染料大约可以做100块 50mL的胶。
当染料稀释在 TBE 或者类似的电泳缓冲溶液中时可以使用微波炉加热,从而与通常制备预制凝胶的方法相同。
含有染料的预制凝胶可以成批制备,并可以长期保存直到使用。
2.泡染法(1)按照常规方法进行电泳。
(2)用0.1M的NaCl水溶液按照3300﹕1的比例稀释GelRed浓缩液,混匀,制成3× GelRed染色溶液。
(例如:在45mL水溶液中加入5mL 1M的NaCl溶液及15μL10,000× GelRed水溶液。
三种染色方式下四种核酸染料的灵敏度比较【摘要】目的探讨补镁对高脂高糖膳食诱导大鼠肥胖模型形成的影响及作用机制。
使用染胶法、染样品法及后染法比较溴化乙锭(EB)与3种新型核酸染料GoldViewna II、GoldView及DNA Green染色DNA 的灵敏度。
方法在琼脂糖凝胶电泳中,分别在3种染色方式下使用4种核酸染料对凝胶中的DNA进行染色,观察并分析电泳结果。
结果核酸染料比较结果:GoldViewna II的灵敏度最高,DNA Green的灵敏度与EB相当,GoldView的灵敏度略低于EB。
染色方式比较结果:使用染胶法的灵敏度最高,后染法次之,染样品法最低。
结论三种新型核酸染料完全可以替代EB,用于琼脂糖凝胶电泳DNA染色。
使用新型核酸染料建议采用染胶法染色DNA。
【关键词】琼脂糖凝胶电泳核酸染料溴化乙锭Abstract:Objective To compare the sensitivity of ethidium bromide(EB)and three types of new nucleic acid dye:GoldViewna II,GoldView and DNA Green staining DNA by three staining methods:prestaining gel method,prestaining sample method and poststaining method.Methods Four nucleic acid dyes were used to stain DNA respectively by three staining menthods in agarose gel electrophoresis and the results were observed and analyzed.Results The comparative result of nucleic acid dye:thesensitivity of GoldViewna II is highest of all;the sensitivities of DNA Green and EB are in the same degree;the sensitivity of GoldView is less than EB.The comparative result of staining method:The sensitivity of staining DNA by prestaining gel method is highest of the three and poststaining method is higher than prestaining sample method.Conclusion These three types of new nucleic acid dye can substitute for EB as a general dye to stain DNA in agarose gel electrophoresis.It is recommended to use Prestaining gel method when using new type of nucleic acid dye.Key words:agarose gel electhophoresis; nucleic acid dye; Ethidium bromide溴化乙锭(EB)曾是琼脂糖凝胶电泳中使用最为普遍的核酸染料,被广泛应用于观察、检测核酸,具有操作简单、快速及灵敏度高等特点[1]。
EB溴化乙锭(EB)是一种荧光染料,这种扁平分子可以嵌入核酸双链的配对的碱基之间,在紫外线激发下,发出红色荧光。
单链DNA、RNA分子常存在自身配对的双链区,也可以嵌入EB分子,但嵌入量少,因而,荧光较低,其最低检测量为0.1μgSYBR Green ISYBR Green I是一种结合于所有dsDNA双螺旋小沟区域的具有绿色激发波长的染料。
在游离状态下,SYBR Green I发出微弱的荧光,但一旦与双链DNA结合后,荧光大大增强。
因此,SYBR Green I的荧光信号强度与双链DNA的数量相关,可以根据荧光信号检测出PCR体系存在的双链DNA数量。
SYBR Green I 的最大吸收波长约为497nm,发射波长最大约为520nm。
1.在"SYBR GreenⅠ预染色方法"中,电泳时间不要超过2小时,否则SYBR GreenⅠ会从DNA上分离出来,会产生弥散状条带。
2.在紫外照射透视下,与双链DNA 接合的SYBR Green I 呈现绿色荧光。
如果胶中含有单链DNA 则颜色为橘黄而不是绿色。
3.SYBR Green对玻璃和非聚丙烯材料具有一定亲合力。
建议在稀释、贮存、染色等使用过程中用聚丙烯类容器。
SYBR Green I ISYBR Green I I可以对RNA或单链的DNA进行染色。
SYBR Green I IRNA染料并不是特异性的结合RNA或DNA单链,但是其对单链的结合效率是双链的约2倍,。
GoldViewGoldView™是一种可代替溴化乙锭(EB)的新型核酸染料,采用琼脂糖电泳检测DNA 时,GoldView™与核酸结合后能产生很强的荧光信号,其灵敏度与EB相当,使用方法与之完全相同。
在紫外透射光下双链DNA呈现绿色荧光,而且也可用于染RNA。
GoldViewⅠ特别适合于大片段DNA的检测(大于1kb的片段,检测灵敏度与EB相当);当DNA片段小于1kb时,检测灵敏度低于EB,特别是低于500bp的片段, GoldViewⅠ型可能亮度很弱或检测不到。
常见核酸染料选择浅析(李路军河南农业职业学院植物科学系河南郑州450000)摘要:由于只需简单温和的物理方法(光照)激发和检测,荧光染料是研究生物学微观世界特别是核酸时最常用的示踪工具之一。
DNA电泳后检测凝胶的EB大概是最为人熟知的荧光核酸染料。
除了染胶,荧光核酸染料还可用于荧光原位杂交中作为常见的复染剂。
下面比较一下在分子生物学实验和细胞学实验中常用的荧光染料。
关键词:核酸染料、EB、GeneFinder、Goldview、SYBER greenI、GelRed、GelGreen引言:作为生物体内的重要的大分子,核酸是研究生命现象与本质的物质基础,通过对它们的理化性质、复制与转录、表达与调控等的研究,可以了解生命有关的本质规律。
因此,对核酸的研究具有及其重要的意义。
但核酸肉眼不可见,对其的研究主要是借助一定的仪器来观察它的形态、大小、表达量,其中最常见的也是最简单的是琼脂糖凝胶电泳。
EB(溴化乙锭)是实验室最常用的核酸染料,有着简单、快速、灵敏度高的特点,但是由于其有着强烈的致突变能力和中度致癌性,对实验者和周围环境都有着较大的危害。
溴化乙锭(EB)是分子生物学实验室常用的一种核酸荧光染料。
但是,由于EB是一种强烈的致癌物,因此,如何消除EB对实验室的污染,是分子生物学实验室安全所必须面对的一个难题。
A bstract:Because only needs the simple temperate physical method(illumination)to stimulate and the examination,the fluorescent dye studies the biology microcosm is when specially the nucleic acid one of most commonly used tracing tools.After DNA electrophoresis,examines the gelatin EB is the fluorescence nucleic acid dye which probably the most person knew very well. Except dyes the rubber,the fluorescence nucleic acid dye may also use in the fluorescence home position hybrid taking the common counterstain.Following compares in the molecular biology experiment and the cytology experiment the commonly used fluorescent dye.Key word:Nucleic acid dye,EB,GeneFinder,Goldview,SYBER greenI,GelRed,GelGreenIntroduction:In the achievement organism's important macro-molecule,the nucleic acid is studies the biological phenomena and the essential material base,through to their physics and chemistry nature,the duplication and the duplication,the expression and the regulation and so on research,may understand the life related essence rule.Therefore,has and the vital significance to the nucleic acid research.But the nucleic acid naked eye is not obvious,is mainly draws support from certain instrument to its research to observe its shape,the size,the expression quantity,what most common is also the simple is the agarose gel electrophoresis.EB(bromination second grade spindle)is the laboratory most commonly used nucleic acid dye,has simply,fast,the sensitivity high characteristic,but because it has intense sends the sudden change ability and the moderatecarcinogenicity,has the big harm to the laboratory technician and the environment.Bromination second grade spindle(EB)is the molecular biology laboratory commonly used one kind of nucleic acid fluorescent dye.But,because EB is one kind of intense careinogen,therefore,how to eliminate EB to the laboratory pollution,is a difficult problem which the molecular biology laboratory security must face.1.EB核酸染料溴化乙锭(EB)是一种常规核酸染料,被广泛应用于观察、检测琼脂糖凝胶与聚丙烯酰胺凝胶中的DNA或RNA。
但EB是一种强诱变剂,并有中等毒性[1],对人体有潜在危害性。
废弃的EB染液易污染环境,必须进行净化处理[3]。
EB本身在紫外下不发光,能与单链、双链甚至三链DNA高效结合并发出明亮的橙色荧光,一直是琼脂糖核酸电泳最常用的荧光染料。
EB的使用非常简单方便,电泳结束后染色可获得最佳效果,也可以在制胶时加入进行前染。
前染有利于节约时间,但是易出现条带变形拖尾等问题。
EB-DNA结合物会导致染料的光漂白和DNA单链断裂,且具有潜在的诱变作用。
另外,EB被广泛用于观察、检测琼脂糖凝胶与聚丙烯酰胺凝胶中的DNA/RNA。
其含有一个可以嵌人DNA堆积碱基之间的一个三环平面基,它与DNA的结合几乎没有碱基序列特异性。
在高离子强度的饱和溶液中,大约每2.5个碱基插人一个溴化乙锭分子。
当染料分子插人后,其平面基团与螺旋的轴线垂直并通过范德华力与上下碱基相互作用。
这个基团的固定位置及其与碱基的密切接近,导致染料与DNA结合并在紫外线激发下呈现红色荧光,其荧光产率比游离染料有所增加[4]。
EB可反复使用、重复性高,在平时实验中发现EB胶反复凝融4次染色效果还能得到保证。
在电泳实验或其他核酸分离实验中,常用EB作非放射性的Marker,来识别和显示核酸条带。
尽管EB是一种高效的显色剂,但它的高危险性要求特殊的安全管理和回收流程。
EB可以通过皮肤吸收,因此应当避免一切与EB的直接接触。
另外,EB对皮肤,眼睛,口腔和上呼吸道系统有刺激性作用。
应将EB安全密封,并密闭存放于干燥避光处。
但其有一个致命的缺点就是可诱发突变,具有潜在致癌性,且具有中等毒性,可能对操作人员造成危害和对环境造成污染[7].因此实验结束后,应对含EB的溶液及其污染物进行净化处理再行弃置,以避免污染环境和危害人体健康。
1.1.EB核酸染料的特点:1.安全性:溴化乙锭可以嵌入碱基分子中,导致错配。
EB是强诱变剂,具有高致癌性2.灵敏度:可以检测出l~10ng的样本3.适用范围:凝胶中有游离的EB(0.5ug/ml)时,可以检测到少至10ng的DNA条带2.GeneFinder核酸染料GeneFinder™是新型核酸染料,具有安全、灵敏等突出优点,可以代替溴化乙锭(EB)作为各种核酸电泳的染色剂。
与强致癌性的EB不同,GeneFinder™属于花青类染料,毒性很低,使用安全,可有效保护实验操作者和环境。
GeneFinder™与dsDNA结合荧光信号可增强800—1000倍,其检测核酸的灵敏度比EB染色法平均高10倍左右,与美国Molecular Probe 公司的SYBR Green I染料的灵敏度相当。
GeneFinder™染料最大吸收峰为470nm,与该染料结合的核酸在紫外线下呈现绿色荧光,另外,该染料同样能引起有机体突变,在使用时候一样要采取适当的保护措施。
溴化乙锭可以嵌入碱基分子中,导致错配。
溴化乙锭是强诱变剂,具有强致癌性!GeneFinder™、SYBR Safe和溴化乙锭(EB)Ames测试结果显示EB容易引起有机体突变,如下图。
灵敏度平均高于EB法10倍左右。
2.1.GeneFinder的特点:1.安全性:GeneFinder核酸染料为花青类染料,其致突变性远低于EB数倍甚至数十倍2.灵敏度:检测核酸的灵敏度平均高于EB染色法10倍左右3.操作简单:本染料有多种使用方法,操作简单4.适用范围:适用于多种核酸电泳分析,可以对DNA、RNA、及寡核苷酸等进行染色5.兼容性:对常用酶(如Taq酶、逆转录酶、内切酶、连接酶等)没有抑制作用3.Goldview核酸染料GoldenView™是一种可代替溴化乙锭(EB)的新型核酸染料,采用琼脂糖电泳检测DNA 时,GoldenView™与核酸结合后能产生很强的荧光信号,其灵敏度与EB相当,使用方法与之完全相同。
在100ml琼脂糖胶溶液中加入5-10µl GoldenView™即可。
在紫外透射光下双链DNA呈现绿色荧光,也可用于染RNA。
通过Ames试验、小鼠骨髓嗜多染红细胞微核试验、小鼠睾丸精母细胞染色体畸变试验,致突变性结果均为阴性;而溴化乙锭EB是一种强致癌剂,选用GoldenView™代替EB比较明智和安全。
目前尚未发现Geneview有致癌性,但是在使用中发现它有一定的刺激性,在使用过程中应戴上手套[8]。
Goldview对于大片段DNA的染色效果还凑合,但是在对于500bp以下的片段效果不是很好,还有一个很致命的弱点是它的荧光基团在紫外灯下非常容易淬灭,一般5-10min条带就会消失。