ZYDELIG中文说明书

凤凰牌elisa中文说明书凤凰牌elisa是一种广泛用于检测样品中抗原含量的可靠技术。

您都可以找到您所需的一切信息。

这本中文说明书指导您从凤凰牌elisa基本原理到方案、数据分析、疑难解决涉及全方位的指南手册。

凤凰牌elisa中文说明书包括如下内容：1. 血清：凤凰牌elisa室温血液自然凝固10-20分钟，离心20分钟左右（2000-3000转/分）。

仔细收集上清，保存过程中如出现沉淀，应再次离心。

2. 血浆：应根据凤凰牌elisa标本的要求选择EDTA或柠檬酸钠作为抗凝剂，混合10-20分钟后，离心20分钟左右（2000-3000转/分）。

仔细收集上清，保存过程中如有沉淀形成，应该再次离心。

3. 尿液：用无菌管收集，离心20分钟左右（2000-3000转/分）。

仔细收集上清，保存过程中如有沉淀形成，应再次离心。

胸腹水、脑脊液参照实行。

4. 凤凰牌elisa试剂在细胞培养上清：检测分泌性的成份时，用无菌管收集。

离心20分钟左右（2000-3000转/分）。

仔细收集上清。

检测细胞内的成份时，ELISA试剂盒说明书，用PBS（PH7.2-7.4）稀释细胞悬液，细胞浓度达到100万/ml左右。

通过反复冻融，以使细胞破坏并放出细胞内成份。

离心20分钟左右（2000-3000转/分）。

仔细收集上清。

保存过程中如有沉淀形成，应再次离心。

5. 组织标本：切割标本后，称取重量，凤凰牌elisa进行测量。

凤凰牌elisa试剂盒是固相夹心法酶联免疫吸附实验（ELISA）.已知待测物质浓度的标准品、未知浓度的样品加入微孔酶标板内进行检测。

先将待测物质和生物素标记的抗体同时温育。

洗涤后，加入亲和素标记过的HRP。

再经过温育和洗涤，去除未结合的酶结合物，然后加入底物A、B，和酶结合物同时作用。

产生颜色。

颜色的深浅和样品中待测物质的浓度呈比例关系。

凤凰牌elisa试剂盒研发的种属涵盖：人，大鼠，小鼠，猪丬，牛，羊，兔，植物，农残类，鱼类等。

Products Solutions Services简明操作指南Liquiline System CA80HA光度比色法总硬度分析仪本文档为《简明操作指南》，不能替代设备随箱包装中的《操作手册》。

详细设备信息参见《操作手册》和网站上的其他文档资料：•/device-viewer•智能手机/平板电脑：Endress+Hauser Operations AppKA01331C/28/ZH/03.21715301302021-01-31Liquiline System CA80HA2Endress+HauserLiquiline System CA80HA 目录Endress+Hauser 3目录1文档信息..........................................................................41.1警告.............................................................................41.2信息图标............................................................................41.3设备上的图标.........................................................................41.4文档资料. (5)2基本安全指南.....................................................................62.1人员要求............................................................................62.2指定用途............................................................................62.3工作场所安全.........................................................................62.4操作安全............................................................................62.5产品安全............................................................................73到货验收和产品标识..............................................................83.1到货验收............................................................................83.2产品标识............................................................................83.3供货清单............................................................................93.4证书和认证.. (9)4安装 (10)4.1安装条件...........................................................................104.2安装分析仪.........................................................................154.3安装后检查.........................................................................175电气连接........................................................................175.1连接条件...........................................................................175.2连接分析仪.........................................................................175.3连接样品预处理单元..................................................................215.4确保防护等级........................................................................245.5连接后检查. (24)6操作方式 (25)6.1操作菜单的结构和功能 ................................................................257调试.............................................................................257.1准备步骤...........................................................................267.2功能检查...........................................................................297.3启动测量设备........................................................................307.4设置显示语言........................................................................307.5设置测量设备 (30)文档信息Liquiline System CA80HA 4Endress+Hauser1文档信息1.1 警告1.2 信息图标附加信息，提示允许或推荐的操作禁止或不推荐的操作参见设备文档参考页面参考图操作结果1.3 设备上的图标参见设备文档资料小心：危险电压警告：齿轮旋转存在人员受伤的风险此类产品不可作为未分类城市垃圾废弃处置。

产品信息和操作指南Human IgE预包被 ELISA kit Cat# : DKW12-1820-048 / DKW12-1820-096本试剂盒专用于科研，而非用于诊断Human IgEDKW12-1820目录产品简介 (1)知识背景 (1)试剂盒提供的试剂 (2)需要实验者自行准备的试剂与仪器 (2)注意事项 (3)试剂的配制 (5)操作过程 (7)结果分析 (9)试剂盒的保存 (9)操作步骤一览表 (10)参考文献 (11)ELISA测定中可能会出现的问题及解决方法 (12)预包被ELISA 试剂盒系列产品 (15)1、产品简介：达优®人IgE ELISA试剂盒是通过酶联免疫吸附技术，体外定量检测人血清、血浆、缓冲液或细胞培养液中的IgE，可同时检测天然的和重组的IgE。

本试剂盒为预包被板，整个过程孵育时间不超过4小时，洗涤9次。

本试剂盒专用于科研，而非用于诊断。

使用前请仔细阅读说明书并检查试剂盒组分，若有任何疑问请与达科为生物工程有限公司联系，E-mail：*************.检测范围：32-0.5 ng/mL灵敏度：0.1ng/mL重复性：板内、板间变异系数均＜10％。

2、知识背景：抗体根据抗原性和抗体重链分为IgG、IgA、IgM、IgE和IgD 五种。

IgE是介导I型变态反应的重要抗体，在支气管哮喘、鼻炎、食物过敏、药物、病原体等特应性疾病的发病过程中发挥着关键作用。

而抗IgE单克隆抗体可以与血液中IgE结合，降低血清总IgE水平，并下调肥大细胞、嗜碱性粒细胞表面的IgE高亲和力受体FcεRI的表达，从而抑制了IgE介导的免疫反应（1-6）。

3、试剂盒提供的试剂：试剂规格配制Cytokine standard 2/1瓶* 干粉状，按瓶上说明操作Biotinylated antibody 2/1瓶* 1：100用Dilution buffer R（1×）稀释Streptavidin-HRP 2/1瓶* 1：100用Dilution buffer R（1×）稀释Dilution buffer R（1×） 3/2瓶* 即用型Washing buffer（50×）1瓶 150∶用蒸馏水稀释TMB 1瓶即用型Stop solution 1瓶即用型Precoated ELISA plate 8×12或8×6*即用型封板膜 2/1张* 即用型说明书1份*：96/48 Tests4、需要实验者自行准备的试剂与仪器：1．酶标仪（建议参考仪器使用说明提前预热）2．微量加液器及吸头：P10，P50，P100，P200，P1000 3．蒸馏水或去离子水4．全新滤纸5．旋涡振荡器和磁力搅拌器5、注意事项：1．试剂应按瓶上标签说明储存，使用前室温平衡20-30分钟。

树脂型™质粒DNA小量提取试剂盒操作方法1. 将3~5ml菌液13,000rpm离心30秒收集沉淀（菌体）。

如果用1.5ml或2ml离心管则需反复离心2~3次。

2. 倒掉上清，将沉淀（菌体）完全悬浮于100µl悬浮液（溶液I）中。

上清要尽可能去除干净，可用滤纸吸干。

沉淀要用混旋器完全悬浮，否则将直接导致下一步的裂解不彻底，进而影响质粒DNA的产量和纯度。

3. 加入150µl裂解液（溶液II），轻柔地颠倒混匀10次左右，溶液逐渐变得粘稠、清亮。

不可用混旋器剧烈振荡，否则会使质粒DNA断裂；裂解时间不宜超过5分钟，否则会造成染色体DNA的污染及质粒DNA的产率降低。

4.加入150µl中和液（溶液III），轻柔地颠倒混匀10次左右。

此时可见到白色絮状的染色体DNA及细菌碎片。

5. 13,000rpm离心8~10分钟，将上清液小心转入一个新的1.5ml离心管中，加入0.4ml纯化树脂（使用前充分混匀），颠倒混匀3分钟。

此步是通过离心去除染色体DNA及细菌碎片，并使处于高盐状态下的质粒DNA与纯化树脂结合。

6.将纯化树脂及上清液的混和物吸入离心纯化柱中，13,000rpm离心30秒，倒掉收集管中的废液。

7.将离心纯化柱重新套入废液收集管中，加入600µl 80%异丙醇（或80%乙醇），13,000rpm离心1分钟，倒掉收集管中的废液。

如果离心纯化柱底部残留有异丙醇（或乙醇），可用滤纸吸干，否则将影响以后的酶促反应。

此步是洗涤质粒DNA中混有的杂质及盐类。

8.重复第7步1~2次，尽可能将杂质去除。

9.取出离心纯化柱，将其套入一个干净的1.5ml离心管，开盖放置2~3分钟，将残留的异丙醇或乙醇挥发干净。

加入50µl TE缓冲液（若用于测序，则加50µl超纯水）于纯化树脂上，不能粘在管壁上。

室温下放置3分钟后，13,000rpm离心1分钟。

此步是将纯化树脂上的DNA洗脱下来。

大鼠E选择素（E-Selectin）酶联免疫分析试剂盒使用说明书本试剂盒仅供研究使用预期应用ELISA法定量测定大鼠血清、血浆或其它相关液体中E-选择素（E-Selectin）含量。

实验原理本试剂盒应用双抗体夹心酶标免疫分析法测定标本中E-Selectin水平。

用纯化的抗体包被微孔板，制成固相抗体，往包被单抗的微孔中依次加入E-Selectin抗原、生物素化的抗大鼠E-Selectin抗体、HRP标记的亲和素，经过彻底洗涤后用底物TMB显色。

TMB在过氧化物酶的催化下转化成蓝色，并在酸的作用下转化成最终的黄色。

颜色的深浅和样品中的E-Selectin 呈正相关。

用酶标仪在450nm波长下测定吸光度（OD值），计算样品浓度。

试剂盒组成及试剂配制1.酶联板：一块（96孔）标准品（冻干品）：2瓶，每瓶临用前以样品稀释液稀释至1ml，盖好后静置10分钟以上，然后反复颠倒/搓动以助溶解，其浓度为10,000pg/ml，做系列倍比稀释后，分别稀释10,000 pg/ml，5,000pg/ml，2,500pg/ml，1,250pg/ml，625pg/ml，312.5pg/ml，156pg/ml，样品稀释液直接作为标准浓度0pg/ml，临用前15分钟内配制。

如配制5,000pg/ml标准品：取0.5ml10,000pg/ml的上述标准品加入含有0.5ml样品稀释液的Eppendorf管中，混匀即可，其余浓度以此类推。

2.样品稀释液：1×20ml/瓶。

3.检测稀释液A：1×10ml/瓶。

4.检测稀释液B：1×10ml/瓶。

5.检测溶液A：1×120ul/瓶（1:100）临用前以检测稀释液A1:100稀释，稀释前根据预先计算好的每次实验所需的总量配制（每孔100ul），实际配制时应多配制0.1-0.2ml。

如1ul检测溶液A加99ul检测稀释液A的比例配制，轻轻混匀，在使用前一小时内配制。

全血线粒体DNA萃取试剂盒产品说明书（中文版）主要用途全血线粒体DNA萃取试剂是一种旨在通过化学溶解纯化血白细胞、物理或化学破膜及离心处理获得线粒体，然后进一步生物酶处理以获得高质量的线粒体DNA的权威而经典的技术方法。

该技术经过精心研制、成功实验证明的。

其适用于各种动物血细胞中的线粒体核酸成分处理。

用于后续的杂交、克隆、酶切、PCR 分析等。

产品即到即用，操作简易，性能稳定，无核酶污染，萃取纯度和产量皆高。

技术背景线粒体细胞器的研究是现代细胞生物学的最重要的课题之一。

线粒体成为生物衰老、古生物、细胞凋亡、肿瘤、HIV、老年痴呆症、糖尿病、肌肉疾病等研究的主要对象。

线粒体DNA的分离和定量以及突变分析是研究中必不可少的。

产品内容溶血液（Reagent A）毫升清理液（Reagent B）毫升裂解液（Reagent C）毫升净化液（Reagent D）毫升强化液（Reagent E）毫升保存液（Reagent F）毫升破膜液（Reagent G）毫升去干扰液（Reagent H）微升酶解液（Reagent I）微升萃取液（Reagent J）毫升浓缩液（Reagent K）毫升助沉液（Reagent L）微升沉淀液（Reagent M）毫升纯化液（Reagent N）毫升缓冲液（Reagent O）毫升产品说明书1份保存方式保存净化液（Reagent D）、去干扰液（Reagent H）、酶解液（Reagent I）、萃取液（Reagent J）和助沉液（Reagent L）在－20℃冰箱里，其余的保存在4℃冰箱里，有效保证6月用户自备1.5毫升离心管：用于核酸操作的容器15毫升锥形离心管：用于线粒体初步制备的容器50毫升锥形离心管：用于血细胞处理的容器涡旋震荡仪：用于混匀4℃微型台式离心机：用于沉淀细胞和核酸4℃超速离心机：用于分离细胞器成分DOUNCE匀浆器：用于裂解细胞58℃恒温水槽：用于孵育反应物实验步骤一、白细胞分离实验开始前，室温预热血溶液（Reagent A），同时4℃预冷清理液（Reagent B）。

氧立得电子制氧机使用说明书氧立得电子制氧机横空出世，一次性投入，终身受益。

一、氧立得电子制氧机特点：1、以空气为原料，通过化学原理，使空气中的氧分子自然汇聚，产生约99% 新鲜纯氧，不带任何杂质。

2、三大模式，自由调节使用者可以根据不同的需要，选择三种出氧量不同的供氧模式模式一：300ml～400ml/分钟，浓度约为99％模式二：600ml～800ml/分钟，浓度约为45％～60％模式三：1800ml～2000ml/分钟，浓度约为29％～35％3、即开即用即关即止插上电源，按下电源开关，无需等待，5秒钟后便有氧气输出，想要终止吸氧时，关掉开关即可。

4、体积小，重量轻,体积只有12×29×32（cm），重量仅7.5Kg，老年人也可轻易提起。

5、噪音低,工作时噪音小，对使用者没有影响6、吸氧时间，自由设定,使用者可以根据自身需要，随意调节吸氧时间和吸氧纯度7、制氧过程更安全,安全自然吸附氧分子，自然产出新鲜纯氧，更设有防跌倒装置，制氧过程更安全。

8、一次健康投资，享受一生氧疗只需加水、插电，打开电源，即可源源不断地输出新鲜纯氧，使用起来非常方便。

一次投资，享用终生。

9、可直接连接导管，供需要吸氧者进行吸氧。

二、适合人群：中老年人需要吸氧：可直接弥补由生理功能下降引起的供氧不足，保持身体器官的正常功能，预防缺氧引发的各种中老年病，维护身心健康，延缓衰老过程。

孕妇需要吸氧：可以增加母体的血氧含量，血氧含量增加使胎儿能更加充足的获取氧，从而宝宝有更好的环境生长发育。

学生需要吸氧：补氧能够迅速恢复血氧浓度，增强大脑供氧，提高记忆力与思维能力。

白领阶层需要吸氧：适当补氧对于白领阶层十分重要，能够提高工作效率和精神状态，缓解工作压力。

脑力劳动者需要吸氧：补充足够的氧气能迅速恢复大脑活力，提高大脑的机能，所以脑力劳动者更要吸氧。

病人更需要补氧：定期吸氧可以降低发病频率，改善内脏功能，增强免疫能力。

只用于生命科学研究，不能用于诊断程序仅用于体外实验DIG High Prime DNA Labeling and Detection Starter KitⅡ采用地高辛-dUTP进行随机引物DNA标记，碱性标记，利用CSPD化学发光检测，随时即用。

货号：11 585 614 910此试剂盒储存条件：-15℃到-25℃。

此试剂盒可对10ng-3μgDNA进行12次标记反应，可检测10×10cm2面积的杂交膜24张。

指导手册2005.12 版1 前言1.1 内容表1 前言1.1 内容表1.2 试剂盒成分2.介绍2.1 产品简介3. 操作步骤和所需材料3.1 在你开始前3.2 流程图3.3 地高辛标记DNA3.4 标记效率的确定3.5 DNA的转移和固定3.6 杂交3.7 免疫检测3.8 DNA印记的洗脱和再杂交4. 附录4.1 故障排除4.2 参考文献4.3 订购信息1.2 试剂盒的成分附加仪器与所需试剂除了上表中列出的试剂外，你必须准备一些溶液。

在下表中，你可以找到不同操作程序需要准备的设备概要。

在每个操作程序的前面提供了详细的信息。

*标记的产品可以从Roche Applied Science 获得。

2.介绍2.1 产品概况实验原则此试剂盒采用DIG(地高辛)，一种甾类半抗原，steroid hapten 去标记DNA探针用于杂交和后续的免疫检测[1,2,3]。

图1 DIG-dUTP ，碱性标记图2 CSPD反应应用地高辛标记DNA探针可以用于：所有类型的滤膜杂交总基因组DNA中单拷贝基因的检测，甚至对于高度复杂的生物体也可以进行检测，如人，大麦和小麦。

样品材料至少100bp的DNA片段线性的质粒，cos质粒或者DNA超螺旋的DNA实验时间此表格列出了每一步实验所需的反应时间。

检测数量一个试剂盒足够用于:12个标准的标记反应，每个反应的膜板DNA不超过3μg；并可以检测24张10×10cm2的杂交膜。

Package‘geneHummus’October13,2022Title A Pipeline to Define Gene Families in Legumes and BeyondVersion1.0.11Description A pipeline with high specificity and sensitivity in extracting proteins from the RefSeq database(National Center for BiotechnologyInformation).Manual identification of gene families is highlytime-consuming and laborious,requiring an iterative process of manual and computational analysis to identify members of a given family.The pipelines implements an automatic approach for the identification of gene familiesbased on the conserved domains that specifically define that family.SeeDie et al.(2018)<doi:10.1101/436659>for more information and examples. Depends R(>=3.4.0)License MIT+file LICENSEEncoding UTF-8LazyData trueImports rentrez(>=1.2.1),stringr(>=1.4.0),dplyr(>=0.8.0.1),httr(>=1.4.0),utils,curl(>=3.3)Suggests knitr,rmarkdownURL https:///NCBI-Hackathons/GeneHummusBugReports https:///NCBI-Hackathons/GeneHummus/issues RoxygenNote6.1.1NeedsCompilation noAuthor Jose V.Die[aut,cre](<https:///0000-0002-7506-8590>), Moamen M.Elmassry[ctb],Kimberly H.LeBlanc[ctb],Olaitan I.Awe[ctb],Allissa Dillman[ctb],Ben Busby[aut]Maintainer Jose V.Die<***************>Repository CRANDate/Publication2019-04-0422:30:03UTC12accessions_by_spp R topics documented:accessions_by_spp (2)accessions_from_spp (3)accessions_warning (4)archids_warning (4)extract_proteins (5)filterarchids_warning (5)filterArch_ids (6)geneHummus (7)getAccessions (7)getArch_ids (8)getArch_labels (9)getProteins_from_tax_ids (10)getProtlinks (10)getSparcleArchs (11)get_spp (11)labels_warning (12)legumesIds (12)my_legumes (13)proteins_warning (13)sizeIds (14)Index15 accessions_by_spp Compute the total number of accession proteins per speciesDescriptionSummarizes a dataframe of protein ids and return the total number of accessions per organism.Usageaccessions_by_spp(my_accessions)Argumentsmy_accessions A data frame with accession protein ids and organismsValueA data.frame of summarized results including columns:•organism,taxonomic species•N.seqs,total number of sequencesaccessions_from_spp3Author(s)Jose V.DieSee AlsogetAccessions to create the data frame with acession id and organism for each protein identifier.Examplesmy_prots=data.frame(accession=c("XP_014620925","XP_003546066","XP_025640041","XP_019453956","XP_006584791","XP_020212415","XP_017436622","XP_004503803","XP_019463844"),organism=c("Glycine max","Glycine max","Arachis hypogaea","Lupinus angustifolius","Glycine max","Cajanus cajan","Vigna angularis","Cicer arietinum","Lupinus angustifolius"))accessions_by_spp(my_prots)accessions_from_spp Extract the accession ids(XP accession)for a given organismDescriptionFilter a dataframe of protein ids and return the accessions for a given species or organism.Usageaccessions_from_spp(my_accessions,spp)Argumentsmy_accessions A data frame with accession protein ids and organismsspp A string with the scientific name of the species or organism.ValueA string vector with protein accession(XP accession,RefSeq database)Author(s)Jose V.DieSee AlsogetAccessions to create the data frame with accession id and organism for each protein identifier.4archids_warningExamplesmy_prots=data.frame(accession=c("XP_014620925","XP_003546066","XP_025640041","XP_019453956","XP_006584791","XP_020212415","XP_017436622","XP_004503803","XP_019463844"),organism=c("Glycine max","Glycine max","Arachis hypogaea","Lupinus angustifolius","Glycine max","Cajanus cajan","Vigna angularis","Cicer arietinum","Lupinus angustifolius"))accessions_from_spp(my_prots,"Glycine max")accessions_warning Get acessions and organism for each protein identifierDescriptionCore function used by getAccessions.Usageaccessions_warning(protein_ids)Argumentsprotein_ids A string vector containing protein identifiers.Author(s)Jose V.Diearchids_warning Get architecture identifiers for the conserved domainsDescriptionParses SPARCLE database(NCBI)and extract electronic identifiers for each conserved domain. Usagearchids_warning(gene_family)Argumentsgene_family A string with conserved domain(s).Author(s)Jose V.Dieextract_proteins5 extract_proteins Get the protein identifiersDescriptionExtract the protein identifier for the given taxonomic species,which are hosted by the RefSeq database(NCBI).Usageextract_proteins(targets,taxonIds)Argumentstargets A string with the electronic links for the SPARCLE architecture.taxonIds A string with the taxonomic species identifiers;legume species(by default). DetailsFirst,get the protein ids from RefSeq database.Then,extract only the ids for the selected taxonomic species(by default,legume species).Author(s)Jose V.Diefilterarchids_warning Filter protein architectures based on conserved domainsDescriptionParse the architecture identifiers and extract those that contain,at least,the conserved domaind selected asfilter.Usagefilterarchids_warning(archs_ids,filter)Argumentsarchs_ids A string with the architecture identifiers.filter A string with the domains asfilter.Author(s)Jose V.Die6filterArch_ids filterArch_ids Filter the protein architectures based on conserved domainsDescriptionParse the architecture identifiers and extract those that contain,at least,those selected in thefilter.UsagefilterArch_ids(archs_ids,filter)Argumentsarchs_ids A string with the architecture identifiers that contain,at least,one of the con-served domains defining the gene family.filter A string with the domains(and order)that are required(at least)for the proteins to have.Valuethe architecture identifiers from all the potential protein architectures defined by getArch_ids that contain,at least,the conserved domains explicitily show by thefilter.Author(s)Jose V.DieSee AlsogetArch_idsExamples##Not run:archs_ids<-getArch_ids("pfam02362")my_filter<-c("B3_DNA","Auxin_resp")filterArch_ids(archs_ids,my_filter)##End(Not run)geneHummus7 geneHummus genehummus:A pipeline to define gene families in Legumes and be-yondDescriptiongenehummus is a pipeline with high specificity and sensitivity in extracting proteins from the Ref-Seq database(NCBI).Author(s)Jose V.Die<***************>,Moamen M.Elmassry,Kimberly H.LeBlanc,Olaitan I.Awe, Allissa Dillman,Ben BusbySee Alsosee the preprint in BioRvixgetAccessions Get the acessions ids and the organism for each protein identifierDescriptionThe getAccessions function parses the protein page for each identifier and extracts the accession id(usually referred as XP accession in the RefSeq database)and the organism given by the scientific name.The accessions_by_spp and accessions_from_spp functions are convenientfilters for further cleaning of getAccessions by giving the total number of XP accessions per species or extracting the XP accessions for a given species,respectively.UsagegetAccessions(protein_ids)Argumentsprotein_ids A string vector containing protein identifiers.ValueA data.frame of protein ids including columns:•accession•organism8getArch_ids Author(s)Jose V.DieSee Alsoaccessions_by_spp to summarize the total number of accession proteins per species.accessions_from_spp tofilter the accession ids for a given speciesExamplesprot_ids<-c("593705262","1379669790","357520645","1150156484")getAccessions(prot_ids)getArch_ids Get the potential architecture identifiers for the conserved domainsDescriptionParses the SPARCLE database(NCBI)and extract the electronic identifiers for each conserved domain.UsagegetArch_ids(gene_family)Argumentsgene_family A string with the conserved domain(s)defining the gene family.The domains have to be shown in the same order appearing in the sequences.Valuethe architectures identifiers for each of the conserved domains.Author(s)Jose V.DieExamplesarf<-c("pfam06507")getArch_ids(arf)getArch_labels9 getArch_labels Get the description label for a protein architecture identifierDescriptionParses the architecture identifiers and extract their corresponding labels.UsagegetArch_labels(arch_ids)Argumentsarch_ids A string with the architecture electronic identifiers.Valueprint out the description label for the candidate architectures that contain the proteins we are looking for.Author(s)Jose V.DieSee AlsofilterArch_idsExamplesfiltered_archids<-c("12034188","12034184")getArch_labels(filtered_archids)10getProtlinksgetProteins_from_tax_idsGet the RefSeq protein identifiers for the given taxonomic speciesDescriptionParse the RefSeq database using protein architecture identifiers(SPARCLE dabatse)and extract the protein ids.for the selected taxonomic species.UsagegetProteins_from_tax_ids(arch_ids,taxonIds)Argumentsarch_ids A string with the electronic links for the SPARCLE.taxonIds A vector string with taxonomy ids;Legume species available in RefSeq,by default.ValueRefSeq protein identifiers for selected species.Author(s)Jose V.DieExamplesfiltered_archids<-c("12034184")medicago<-c(3880)getProteins_from_tax_ids(filtered_archids,medicago)getProtlinks Get the protein identifiers for a given architectureDescriptionParse the RefSeq database and extract all the protein identifiers that have a given architecture.UsagegetProtlinks(archs_ids)getSparcleArchs11Argumentsarchs_ids A string with the architecture identifiers(SPARCLE database,NCBI)Author(s)Jose V.DiegetSparcleArchs Get the electronic architecture for a conserved domainDescriptionParses the SPARCLE database(NCBI)and extract the electronic links for a given conserved do-main.UsagegetSparcleArchs(CD)ArgumentsCD A string with the conserved domain(s)Author(s)Jose V.Dieget_spp Get the species name from the description sequenceDescriptionParse a string vector with sequence descriptions(title and species)and extract the species name. Usageget_spp(description)Argumentsdescription A string vector with the sequence description(title and species).Valuefor each sequence description,extract the species name.Author(s)Jose V.Die12legumesIds labels_warning Get description label for a protein architecture identifierDescriptionParses the architecture identifier and extract the corresponding labels.Usagelabels_warning(arch_ids)Argumentsarch_ids A string with the architecture electronic identifiers.Author(s)Jose V.DielegumesIds NCBI taxonomy ids for the legume familyDescriptionTaxonomy identifier for about10,000legume speciesUsagedata(legumesIds)Formata numeric vector with10.009elementsSourceTaxonomy identifiers for Fabaceae species(Taxonomy databse,NCBI).my_legumes13 my_legumes ARF proteins per legume specieDescriptionXP accessions for the Auxin Response Factor gene family in the Legume Legume taxonomy(NCBI RefSeq database,as of SEP2018).Usagedata(my_legumes)Formata list of length10with563elements.•1.chickpea•2.medicago•3.soybean•4.arachis_duranensis•5.arachis_ipaensis•6.cajanus•7.vigna_angulata•8.vigna_radiata•9.phaseolus•10.lupinusSourceProtein identifiers for Fabaceae species(RefSeq databse,NCBI).proteins_warning Get RefSeq protein identifiers for the given taxonomic speciesDescriptionParse the RefSeq database using protein architecture identifiers and extract protein ids.for selected taxonomic species.Core function used by getProteins_from_tax_ids.Usageproteins_warning(arch_ids,taxonIds)14sizeIdsArgumentsarch_ids A string with the electronic links for the SPARCLE.taxonIds A vector string with taxonomy ids.Author(s)Jose V.DiesizeIds Build a list containing N elements per element listDescriptionSplit a vector into N elements,so that each element contains a given length.UsagesizeIdsFormatAn object of class numeric of length1.Author(s)Jose V.DieIndex∗datasetslegumesIds,12my_legumes,13sizeIds,14accessions_by_spp,2,8accessions_from_spp,3,8accessions_warning,4archids_warning,4extract_proteins,5filterArch_ids,6filterarchids_warning,5geneHummus,7geneHummus-package(geneHummus),7get_spp,11getAccessions,3,4,7getArch_ids,6,8getArch_labels,9getProteins_from_tax_ids,10,13 getProtlinks,10getSparcleArchs,11labels_warning,12legumesIds,12my_legumes,13proteins_warning,13sizeIds,1415。