向GenBank批量上传序列的方法
- 格式：doc
- 大小：687.00 KB
- 文档页数：14
向GenBank批量上传序列的方法
Qin
1.利用DNAstar的editSeq制作待序列的FASTA文档：
待上传序列删减至合适长度后，将待上传序列全部打开
随后点击File - export as one，保存文件格式为：*.fas ，将待上传序列全部归至一个FASTA 文档。
注意序列命名：
2.在GenBank的Submission Tools里，下载序列信息编辑软件Sequin。
网址：（下图中点击Instructions下载软件）
注意打开安装文件后，程序会自动安装在安装包所在的文件夹。
3.打开Sequin，点击Start New Submission。
4.随后选择序列发布日期，输入论文题目。
若之前保存有模板，可以点击下面的“Click here to import a template”导入。
模板导出在下文的第五点提到。
5.联系人、作者信息、机构或者学校信息
建议导出模板，之后修改信息时可以直接导入模板而不需重新输入。
6.选择上传的序列类型。
7.导入之前准备好的FASTA文件：
导入之后，输入序列ID（序号ID相当于编号，可以自由命名，只要各个序列的ID不一致即可。
在这里以病人编号作为序列ID）：
导入序列成功后，显示各个序列信息如下：
点击Sequencing Method，将测序方法输入：
选择上传序列的用途：
病毒类型：
8.编辑每条序列的信息：点击Import Source T able可以导入模板，点击Export This Table 可以输出模板备用。
9.选择核酸类型，序列内容后，点击Open Record Viewer。
10.添加每条序列的信息，包括编码区重复区RNA结构等等。
双击相关信息可进行修改，点击Annotate添加相关信息。
11.检查信息是否有误（也可以点击Search里的Validate检测是否有明显错误）：有些错误是可以忽略的，如上传的序列为CDS序列，那么软件报错”序列无终止子”时可忽略。
随后，点击Done保存待上传序列：注意此时保存的文件包含所有序列信息，因此只需保存一次即可。
12.将保存好的文件作为邮件附件，发送至：gb-
13.收到accession number即表示上传成功。
