微生物菌种的保藏_PPT幻灯片
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微生物资源的收集和保藏张道锋上海交通大学农业与生物学院食品安全与微生物实验室2015.1内容提要1.微生物资源分布2.样品收集和处理3.预处理和选择性培养基4.获得纯培养和初步鉴定5.新物种的识别和鉴定6.菌种保藏和编号7.相关机构和网站8.系统分类学简介微生物资源分布普通环境, 33, 21%植物, 5,3%临床样本,85, 55%动物, 27, 18%不详, 5, 3%矿地水池, 1, 1%有机污染土壤, 5, 3%河流, 5, 3%土壤, 20, 13%尘埃, 2, 1%牛, 5, 3%鱼, 8, 5%猴, 2, 1%其他, 12, 8%水苔,5, 3%痰, 28, 19%组织洗液, 9, 6%组织, 31, 21%伤口感染,6, 4%排泄物, 4, 3%其他, 7, 5%分枝杆菌160多个物种的来源分布样品收集和运输原则:避免外源污染;避免长途运输造成目标群体的消亡样品收集样品运输预处理和选择性培养基•分离目的:定向分离,分离未知菌,分离“混合菌”•基本原则:获得目的菌,排除非目的菌•预处理:富集,减少非目的菌,促进萌发,促进释放;干热,湿热,增菌,噬菌体,表面活性剂,机械破碎,震荡均质……•选择性培养基:针对分离目的选择,pH,盐浓度,特殊营养物质,抑制剂•其他因素:氧气、温度、培养时间获得纯培养和初步鉴定•纯培养:只有一种微生物的培养物,都由一个细胞产生(狭义);广义?•初步鉴定:生理生化反应,分子标记(16S rRNA,特异靶点)新物种的识别和鉴定•可能的新物种:独特的属性(生理生化,分子)•证据:16S rRNA similarity≤97%;DDH ≤ 70%;ANI ≤ 95%•鉴定:生理生化,细胞化学,分子特征:多相分类EZbioCloud菌种保藏和编号•菌株定义:待选,初入选,入选,模式菌株,专利或生产菌株•编号:自己可读:123,a12,a1-2-b ,M2-4-5实验室可读:ABC001-ABC999国际可读:DSM 45643T ,ATCC 25923T ,CCTCC AA 209045,SJTUF10781菌种保藏•悬液保存(常温)•液体石腊保存(常温)•沙土管保存(有孢子或芽胞)•甘油保存(-70℃、-20℃)•冻干保存(5℃)•液氮保存(甘油管)普通冰箱,超低温冰箱,冷库,组合式冷柜,液氮柜相关机构和网站菌种保藏中心---《布达佩斯条约》•中国典型培养物保藏中心(CCTCC )•中国普通微生物菌种保藏管理中心(CGMCC)•美国典型微生物菌种保藏中心(ATCC)•德国微生物菌种保藏中心(DSMZ )•台湾生物资源保存及研究中心(BCRC )•韩国典型菌种保藏中心(KCTC)•法国巴斯德菌种保藏中心(CIP)•日本微生物菌种保藏中心(JCM)国内其它保藏中心•中国医学细菌保藏管理中心:CMCC•中国工业微生物菌种保藏管理中心:CICC •中国农业微生物菌种保藏管理中心:ACCC •中国海洋微生物菌种保藏管理中心:MCCC •YIM,SCSIO,及其它地方单位保藏中心DSMZStraininfoBiosafety Level•一级低个体危害,低群体危害对人体、动植物或环境危害较低,不具有对健康成人、动植物致病的致病因子。