AutoDock分⼦对接_中⽂分⼦对接——使⽤AutoDock和AutoDock Tools⼀、分⼦对接简介及软件介绍⼆、对接准备及对接操作三、结果分析⼀、分⼦对接简介及软件介绍1．分⼦对接理论基础所谓分⼦对接就是两个或多个分⼦之间通过⼏何匹配和能量匹配⽽相互识别的过程。
分⼦对接在酶学研究以及药物设计中具有⼗分重要的意义。
在酶激活剂、酶抑制剂与酶相互作⽤以及药物分⼦产⽣药理反应的过程中，⼩分⼦（通常意义上的Ligand）与靶酶（通常意义上的Receptor）相互分⼦正确的相对位置和取向，研究两个分⼦的构象，特别是底物构象在形成复合物过程中的变化，是确定酶激活剂、抑制剂作⽤机制以及药物作⽤机制，设计新药的基础。
互补的原则来实时评价配体与受体相互作⽤的好坏，并找到两个分⼦之间最佳的结合模式。
分⼦对接最初思想起源于Fisher E.的“锁和钥匙模型”（图），认为“锁”和“钥匙”的相识别的⾸要条件是他们在空间形状上要互相匹配。
然⽽，配体和受体分⼦之间的识别要⽐“锁和钥匙”模型复杂的多。
⾸先，配体和受体分⼦的构象是变化的，⽽不是刚性的，配体和受体在对接过程中互相适应程的结合⾃由能变化ΔG bind所决定的。
互补性（complementarity）和预组坦织（pre-organization）是决定分⼦对接过程的两个重要原则，前者决定识别过程的选择性，⽽后者决定识别过理的结合能⼒。
互补性包括空间结构的互补性和电学性质的互补性。
1958年Koshland提出了分⼦识别过程中的诱导契合（induced fit）概念，指出配体与受体相互结合时，受体将采取⼀个能同底物达到最佳结合的构象（图1）。
⽽受体与配体分⼦在识别之前将受体中容纳配体的环境组织的越好，其溶剂化能⼒越低，则它们的识别效果越佳，形成的复合物也就越稳定。
图1：“锁和钥模型（a）”和“诱导契合模型（b）”⽰意图2．分⼦对接常⽤⽅法分⼦对接⽅法根据不同的简化程度可以⼤致分为以下三类：（1）刚性对接；2）3）半柔性对接是指在对接过程中，研究体系尤其是配体的构象允许在⼀定的范围内变化；⽽柔性对接则是指在对接过程中，研究体系的构象基本上是可以⾃由变化的。
Flutter控制屏幕旋转的实现最近需要做个平板的项⽬，然后需要直接横屏，有2种实现⽅式。
1, 随着屏幕旋转，布局⾃动调整。
做横竖屏适配2，强制屏幕横屏，不随着屏幕去调整第⼀种⽅式这⾥就不做说明了。
代码做适配就可以。
下⾯说⼀下第⼆种实现⽅式Flutter ⾃带⽅式flutter 为我们提供了⽅法来控制系统的横竖屏显⽰SystemChrome.setPreferredOrientations([ndscapeLeft,ndscapeRight,DeviceOrientation.portraitUp,DeviceOrientation.portraitDown]).then((_) {});包含的⽅向类型。
但是但是但是这个⽅法只适⽤于android在iOS上没有效果，上⽹查资料有⼤神封装的 flutter插件,在iOS上都起不到效果，所以打算⾃⼰写⼀个原⽣⽂件与flutter进⾏通讯，实现屏幕旋转。
也是笔者在查询资料之后做的⼀个整合和解释说明iOS端实现屏幕旋转创建iOS原⽣⽂件创建iOS原⽣⽂件来实现交互，⾸先要创建个原⽣⽂件。
命名为FlutterIOSDevicePlugin。
创建⽂件创建⼀个命名为FlutterIOSDevicePlugin.h 和命名为FlutterIOSDevicePlugin.m⽂件，说明⼀下： FlutterIOSDevicePlugin.h⽂件选择图⽚⾥⾯的header File模块创建即可。
创建之后，⼀起看⼀下FlutterIOSDevicePlugin.h⾥⾯的代码#ifndef FlutterIOSDevicePlugin_h#define FlutterIOSDevicePlugin_h#import <Flutter/Flutter.h>@interface FlutterIOSDevicePlugin : NSObject<FlutterPlugin>+ (void)registerWithRegistrar:(NSObject<FlutterPluginRegistrar>*)registrar flutterViewController:(FlutterViewController*) controller;- (instancetype)newInstance:(NSObject<FlutterPluginRegistrar>*)registrar flutterViewController:(FlutterViewController*) controller;@end#endif /* FlutterIOSDevicePlugin_h */这个不需要过多说明了看⼀下FlutterIOSDevicePlugin.m的代码#import <Foundation/Foundation.h>#import "FlutterIOSDevicePlugin.h"@interface FlutterIOSDevicePlugin () {NSObject<FlutterPluginRegistrar> *_registrar;FlutterViewController *_controller;}@endstatic NSString* const CHANNEL_NAME = @"flutter_ios_device";static NSString* const METHOD_CHANGE_ORIENTATION = @"change_screen_orientation";static NSString* const ORIENTATION_PORTRAIT_UP = @"portraitUp";static NSString* const ORIENTATION_PORTRAIT_DOWN = @"portraitDown";static NSString* const ORIENTATION_LANDSCAPE_LEFT = @"landscapeLeft";static NSString* const ORIENTATION_LANDSCAPE_RIGHT = @"landscapeRight";@implementation FlutterIOSDevicePlugin+ (void)registerWithRegistrar:(NSObject<FlutterPluginRegistrar>*)registrar {FlutterMethodChannel* channel = [FlutterMethodChannelmethodChannelWithName:CHANNEL_NAMEbinaryMessenger:[registrar messenger]];FlutterIOSDevicePlugin* instance = [[FlutterIOSDevicePlugin alloc] newInstance:registrar flutterViewController:nil];[registrar addMethodCallDelegate:instance channel:channel];}+ (void)registerWithRegistrar:(NSObject<FlutterPluginRegistrar>*)registrar flutterViewController:(FlutterViewController*) controller {FlutterMethodChannel* channel = [FlutterMethodChannelmethodChannelWithName:CHANNEL_NAMEbinaryMessenger:[registrar messenger]];FlutterIOSDevicePlugin* instance = [[FlutterIOSDevicePlugin alloc] newInstance:registrar flutterViewController:controller];[registrar addMethodCallDelegate:instance channel:channel];}- (instancetype)newInstance:(NSObject<FlutterPluginRegistrar>*)registrar flutterViewController:(FlutterViewController*) controller{_registrar = registrar;_controller = controller;return self;}- (void)handleMethodCall:(FlutterMethodCall*)call result:(FlutterResult)result {if ([METHOD_CHANGE_ORIENTATION isEqualToString:call.method]) {NSArray *arguments = call.arguments;NSString *orientation = arguments[0];NSNumber *index = [NSNumber numberWithInt: [call.arguments[0] intValue]];NSInteger iOSOrientation;if ([orientation isEqualToString:ORIENTATION_LANDSCAPE_LEFT]){iOSOrientation = UIDeviceOrientationLandscapeLeft;}else if([orientation isEqualToString:ORIENTATION_LANDSCAPE_RIGHT]){iOSOrientation = UIDeviceOrientationLandscapeRight;}else if ([orientation isEqualToString:ORIENTATION_PORTRAIT_DOWN]){iOSOrientation = UIDeviceOrientationPortraitUpsideDown;}else{iOSOrientation = UIDeviceOrientationPortrait;}[[UIDevice currentDevice] setValue:@(iOSOrientation) forKey:@"orientation"];// [[NSNotificationCenter defaultCenter] postNotificationName:@"FlutterIOSDevicePlugin" object:nil userInfo:@{@"orientationMask": index}];// [UIViewController attemptRotationToDeviceOrientation];result(nil);} else {result(FlutterMethodNotImplemented);}}@end以上是全部的代码，其中尝试了⽤通知的⽅式去做屏幕旋转，后来发现其实没有那么⿇烦，直接采⽤的是[[UIDevice currentDevice] setValue:@(iOSOrientation) forKey:@"orientation"];⽅式做的。
转帖】AutoDock使用札记(1)分子对接相关搜索:AutoDock, 分子, 札记, 转帖AutoDock使用札记(1)分子对接fwangj 发表于: 2007-12-14 11:19 来源: 化学吧 - 化学论坛 - 学术论坛网址：/viewthread-11383.html从最初学习AutoDock到现在已经有4年的时间。
据报道，AutoDock是引用最多的分子对接软件，今年又有了最新的版本。
使用多了，就想总结一下。
用了一周的时间，终于总结完了。
觉得和朋友分享一下就更好了。
不完善之处还希望大家能给出意见！AutoDock在2.0以前使用的是模拟退火算法（Simulated Annealing Algorithm），在其后的版本中改为了拉马克遗传算法(Lamarckian Genetic Algorithm,LGA)。
Autodock和Dock一样，都是基于格点（grid）的计算，首先用围绕受体活性位点的氨基酸残基形成box，然后用不同类型的原子作为探针（probe）进行扫描，计算格点能量，然后对配体在box范围内进行构象搜索（conformational search），最后根据配体的不同构象(conformation),方向（orientation）和位置（position）进行评分（scoring），排序（ranking）。
AutoDock虽然提供了诸如ADT(AutoDock Tools)，BDT的图形界面工具，但是我们仍然认为其是一个字符界面运行的分子对接软。
由于运算速度不快，所以在字符界面下对于运算的管理更为方便，可以将长时间的运算放在后台运行。
对于输入文件的准备问题，Autodock有其自带的一些程序，比如addsol等，同时ADT(AutoDock Tools)也提供了一些python脚本（路径：MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24），可以代替这些程序来进行输入文件的处理。
Characteristics and Development of Some Kinds of New Energy VehiclesAbstractNow the global automotive industry is facing the challenge of energy and environment，and developing new energy vehicles becomes many global automotive groups’s same plan.But not all of various types of new energy vehicles which have their own advantages and disadvantages can become the most promising future vehicles。
I will introduce features and development of Pure Electric Vehicles 、Hybrid Electric Vehicle (HEV)、Fuel Cell Electric Vehicles (FCEV）、Natural Gas Vehicles、Hydrogen Engine Vehicles and DME Vehicles Etc. At last we will know which kind of the new energy vehicles will become mainstream in the future of the car by comparing。
Key Word: New Energy Vehicles Future cars HybridHybrid cars is hybrid electric vehicles which use more than one kind of energy provides power to drives the car . Currently hybrid cars is the combination of traditional fossil fuels engin and electric motor.The most prominent advantage of hybrid cars is its fuel economy。
